TCRep 3D: an automated in silico approach to study the structural properties of TCR repertoires.

TCRep 3D is an automated systematic approach for TCR-peptide-MHC class I structure prediction, based on homology and ab initio modeling. It has been considerably generalized from former studies to be applicable to large repertoires of TCR. First, the location of the complementary determining regions of the target sequences are automatically identified by a sequence alignment strategy against a database of TCR Vα and Vβ chains. A structure-based alignment ensures automated identification of CDR3 loops. The CDR are then modeled in the environment of the complex, in an ab initio approach based on a simulated annealing protocol. During this step, dihedral restraints are applied to drive the CDR1 and CDR2 loops towards their canonical conformations, described by Al-Lazikani et. al. We developed a new automated algorithm that determines additional restraints to iteratively converge towards TCR conformations making frequent hydrogen bonds with the pMHC. We demonstrated that our approach outperforms popular scoring methods (Anolea, Dope and Modeller) in predicting relevant CDR conformations. Finally, this modeling approach has been successfully applied to experimentally determined sequences of TCR that recognize the NY-ESO-1 cancer testis antigen. This analysis revealed a mechanism of selection of TCR through the presence of a single conserved amino acid in all CDR3β sequences. The important structural modifications predicted in silico and the associated dramatic loss of experimental binding affinity upon mutation of this amino acid show the good correspondence between the predicted structures and their biological activities. To our knowledge, this is the first systematic approach that was developed for large TCR repertoire structural modeling.

How to measure cortical folding from MR images: a step-by-step tutorial to compute local gyrification index.

Cortical folding (gyrification) is determined during the first months of life, so that adverse events occurring during this period leave traces that will be identifiable at any age. As recently reviewed by Mangin and colleagues(2), several methods exist to quantify different characteristics of gyrification. For instance, sulcal morphometry can be used to measure shape descriptors such as the depth, length or indices of inter-hemispheric asymmetry(3). These geometrical properties have the advantage of being easy to interpret. However, sulcal morphometry tightly relies on the accurate identification of a given set of sulci and hence provides a fragmented description of gyrification. A more fine-grained quantification of gyrification can be achieved with curvature-based measurements, where smoothed absolute mean curvature is typically computed at thousands of points over the cortical surface(4). The curvature is however not straightforward to comprehend, as it remains unclear if there is any direct relationship between the curvedness and a biologically meaningful correlate such as cortical volume or surface. To address the diverse issues raised by the measurement of cortical folding, we previously developed an algorithm to quantify local gyrification with an exquisite spatial resolution and of simple interpretation. Our method is inspired of the Gyrification Index(5), a method originally used in comparative neuroanatomy to evaluate the cortical folding differences across species. In our implementation, which we name local Gyrification Index (lGI(1)), we measure the amount of cortex buried within the sulcal folds as compared with the amount of visible cortex in circular regions of interest. Given that the cortex grows primarily through radial expansion(6), our method was specifically designed to identify early defects of cortical development. In this article, we detail the computation of local Gyrification Index, which is now freely distributed as a part of the FreeSurfer Software (http://surfer.nmr.mgh.harvard.edu/, Martinos Center for Biomedical Imaging, Massachusetts General Hospital). FreeSurfer provides a set of automated reconstruction tools of the brain's cortical surface from structural MRI data. The cortical surface extracted in the native space of the images with sub-millimeter accuracy is then further used for the creation of an outer surface, which will serve as a basis for the lGI calculation. A circular region of interest is then delineated on the outer surface, and its corresponding region of interest on the cortical surface is identified using a matching algorithm as described in our validation study(1). This process is repeatedly iterated with largely overlapping regions of interest, resulting in cortical maps of gyrification for subsequent statistical comparisons (Fig. 1). Of note, another measurement of local gyrification with a similar inspiration was proposed by Toro and colleagues(7), where the folding index at each point is computed as the ratio of the cortical area contained in a sphere divided by the area of a disc with the same radius. The two implementations differ in that the one by Toro et al. is based on Euclidian distances and thus considers discontinuous patches of cortical area, whereas ours uses a strict geodesic algorithm and include only the continuous patch of cortical area opening at the brain surface in a circular region of interest.

Invaded cluster dynamics for frustrated models

The invaded cluster (IC) dynamics introduced by Machta et al. [Phys. Rev. Lett. 75, 2792 (1995)] is extended to the fully frustrated Ising model on a square lattice. The properties of the dynamics that exhibits numerical evidence of self-organized criticality are studied. The fluctuations in the IC dynamics are shown to be intrinsic of the algorithm and the fluctuation-dissipation theorem is no longer valid. The relaxation time is found to be very short and does not present a critical size dependence.

Valoración de credit default swaps: una aplicación del modelo de Hull-White al mercado español

En este trabajo se presenta una aplicación empírica del modelo de Hull-White (2000) al mercado de renta fija español. Este modelo proporciona la expresión por el cálculo de los pagos hechos por el comprador de un credit default swap (CDS), bajo la hipótesis de que no existe riesgo de contrapartida. Se supone, además, que la curva cupón cero, la tasa de recuperación constante y el momento del suceso de crédito son independientes. Se utilizan bonos del Banco Santander Central Hispano para mesurar la probabilidad neutra al riesgo de quiebra y, bajo hipótesis de no arbitraje, se calculan las primas de un CDS, por un bono subyacente con la misma calificación crediticia que la entidad de referencia. Se observa que las primas se ajustan bien a los spreads crediticios del mercado, que se acostumbran a utilizar como alternativa a las mismas.

Un modelo de riesgo de crédito basado en opciones compuestas con barrera. Aplicación al mercado continuo español

In this work the valuation methodology of compound option written on a downand-out call option, developed by Ericsson and Reneby (2003), has been applied to deduce a credit risk model. It is supposed that the firm has a debt structure with two maturity dates and that the credit event takes place when the assets firm value falls under a determined level called barrier. An empirical application of the model for 105 firms of Spanish continuous market is carried out. For each one of them its value in the date of analysis, the volatility and the critical value are obtained and from these, the default probability to short and long-term and the implicit probability in the two previous probabilities are deduced. The results are compared with the ones obtained from the Geskemodel (1977).

Naître et grandir au sein de la triade : le développement de l'alliance familiale

INTRODUCTION : L'alliance familiale : une jonction entre les approches développementale, familiale et systémique / Nicolas Pavez, France Frascarolo-Moutinot et Hervé Tissot - LA TRIADE PARENTS-BEBE : THEORIE ET EVALUATION DES INTERACTIONS : Le modèle de l'alliance familiale et le Jeu Trilogique de Lausanne (LTP) / Nicolas Favez - Observation des interactions triadiques en périnatalité : le Jeu du Change / Jérôme Rime et Werner Stadlmayr - Observation des interactions dans les familles avec plusieurs enfants : le Jeu du Pique-Nique / France Frascarolo-Moutinot et Nicolas Favez - L'observation du coparentage dans les familles biparentales : influence du contexte et de l'âge de l'enfant / Regina Kuersten-Hogan et James P. McHale - LE DEVELOPPEMENT NORMATIF DE LA GROSSESSE A L'ECOLE : La capacité triangulaire du bébé : une illustration à l'aide de deux cas contrastés / Elisabeth Fivaz-Depeursinge et Nicolas Favez - L'alliance coparentale prénatale comme prédicteur des perceptions du coparentage au post-partum / Sarah J. Schappe-Sullivan, Claire M. Kamp Dush et Daniel J. Bower - L'évolution de l'alliance familiale et son impact sur l'enfant à l'âge de 5 ans : une étude longitudinale en Suisse / Nicolas Favez, France Frascarolo-Moutinot et Chloé Lavanchy Scaiola - L'évolution de l'alliance familiale et son impact sur l'enfant à l'âge de 4 ans : une étude longitudinale en Italie / Alessandra Simonelli, Mara Bighin et Francesca De Palo - LA THÉRAPIE AVEC LES TRIADES : Alliance familiale dans les troubles fonctionnels et du comportement du nourrisson : évaluation avant et après une intervention thérapeutique. Une étude exploratoire / Marie-Joëlle Hervé... et al. - Le Jeu Trilogique de Lausanne (LTP) en clinique : application dans le contexte d'interventions de soutien à la relation parents-enfants / Silvia Mazzoni et Anna Lubrano Lavadera - Les comportements relationnels de l'enfant comme porte d'entrée pour intervenir sur le système familial / Chloé Lavanchy Scaiola et Kaija Puura - Le Reflective Family Play : un traitement de la famille entière centré sur l'attachement et le système familial / Diane Philipp et Christie Hayos - APPLICATIONS SPECIFIQUES : Le coparentage comme construit universel caractérisant diverses formes familiales : avancées et perspectives / James McHale et Rahael Kurrien - Les alliances coparentales dans les familles lesboparentales / Salvatore D'Amore, Alessandra Simonelli et Marina Miscioscia - Alliance familiale entre père, mère et leur bébé conçu par fécondation in vitro / Joëlle Darwiche... et al. - CONCLUSION : Le bébé dans la triade précoce / Nicolas Pavez, France Frascarolo-Moutinot et Hervé Tissot

Digital holographic microscopy: a noninvasive contrast imaging technique allowing quantitative visualization of living cells with subwavelength axial accuracy.

We have developed a digital holographic microscope (DHM), in a transmission mode, especially dedicated to the quantitative visualization of phase objects such as living cells. The method is based on an original numerical algorithm presented in detail elsewhere [Cuche et al., Appl. Opt. 38, 6994 (1999)]. DHM images of living cells in culture are shown for what is to our knowledge the first time. They represent the distribution of the optical path length over the cell, which has been measured with subwavelength accuracy. These DHM images are compared with those obtained by use of the widely used phase contrast and Nomarski differential interference contrast techniques.

Los factores de éxito de las universidades europeas en el proceso de incorporación al espacio europeo de educación superior y la experiencia de una universidad catalana

El objetivo de este artículo es poner en relación los «factores de éxito» de la implementación de la reforma europea de la educación superior, que se mencionan en el informe de la European University Association (EUA) (2005), con los resultados de un estudio de caso llevado a término en una universidad catalana (Masjuan y otros, 2006). Se pretende analizar a un nivel más próximo los particularismos de una institución concreta y aproximarnos a los mecanismos que pueden hacer avanzar la reforma u obstacularizarla. Por razones de espacio, se tienen en cuenta en este artículo solamente tres factores de éxito: la relación con otras reformas de enseñanza superior; el equilibrio correcto entre regulación y coordinación de ámbito estatal y autonomía institucional, y el soporte financiero estatal.

Dones migrants al servei domèstic: conciliació de la vida de les conciliadores

Actualment el flux migratori internacional s"ha feminitzat, quasi la meitat és compost per dones. No obstant això, malgrat exercir una influència en el comportament i en els projectes migratoris, la variable de gènere habitualment no ha estat recollida com a variable específica. L"article posa atenció en el col·lectiu de treballadores de la llar atesa la poca visibilitat que tenen en el debat públic. Al mateix temps, ha d"assumir un triple risc d"exclusió social (dones, migrants i amb precarietat laboral). Aquest col·lectiu ha estat un suport important per a moltes famílies europees en permetre a la dona, que continua assumint amb major grau la responsabilitat de la llar, conciliar la vida familiar i professional. Les qüestions clau sobre les quals reflexionarem són les possibilitats de conciliació que tenen les mateixes «reconciliadores », i també les oportunitats de participació i, per tant, d"integració a la societat d"acollida. El sector econòmic no afavoreix l"accés a aquests dos processos atès que l"accés a drets laborals és desigual i també hi ha una part important de situacions dins l"economia submergida. Aquesta realitat no ha estat abordada en profunditat dins del debat públic. Són els moviments de dones dins del marc del feminisme dialògic els que estan formulant estratègies més efectives i equitatives d"inclusió social i d"igualtat d"oportunitats. Paraules clau: gènere, immigració, conciliació, inclusió.

Memòria del projecte: Trajectòries d'èxit de joves immigrants a l'ensenyament superior i al món professional

[cat] L'educació dels immigrants és un tema prioritari a les agendes polítiques de molts països de la OCDE. En molts casos, els governs s'han preocupat especialment de la seva integració al món del treball però creix l'interès en els seus resultats al sistema educatiu i en la revisió de les polítiques adreçades a respondre a les seves necessitats educatives i formatives. La majoria d'aquests estudis es situen a l'esfera de l'educació infantil, primària, secundaria i formació professional, per això resulta pràcticament impossible trobar informes que analitzin el baix percentatge d'accés d'estudiants immigrants extracomunitaris a la universitat (al voltant de 3,3% en el cas de Catalunya); que contribueixin a entendre els factors que configuren les trajectòries d'èxit escolar i d'integració laboral dels estudiants immigrants que accedeixen i completen els estudis universitaris; que puguin donar pautes per desenvolupar polítiques educatives que millorin els resultats d'aprenentatge dels estudiants immigrants; i que puguin servir com a mirall i incentiu per a altres persones immigrants i, perquè no, també del país. Aquest projecte ha estudiat el conjunt d'elements que condicionen l'accés dels joves immigrants als estudis universitaris, i a l'estatus laboral que els hi hauria de possibilitar la seva formació universitària.L'estudi ha consistit en una metaanàlisi dels documents existents sobre el tema i en la realització de 8 narratives biogràfiques; quatre de persones cursant diferents estudis a les universitats catalanes i quatre que ja s'han incorporat al món del professional. Aquestes narratives venen acompanyades de 8 vídeos que exploren noves maneres de visibilització d'aquesta població i es transformen en una pràctica d'autoria. Aquest material visual pot servir com a recurs educatiu, en la mida que pugui ser un mirall i un incentiu per a altres persones immigrants i del país.Finalment, presenta un seguit de recomanacions per als responsables de les polítiques i dels centres educatius.

Un conjunt faunístic de finals de l'Antiguitat Tardana al jaciment de Santa Margarida (Martorell, Baix Llobregat)

El present treball analitza les restes de fauna procedents de la UE 3006 de l'església de Santa Margarida (s. VIII d.C.). El conjunt és compost majoritàriament per deixalles alimentàries de macromamífers, aus i mol·luscs. La ponderació del nombre de restes, l'anàlisi de la representació anatòmica i l'estudi de les traces d'origen antròpic han permés establir la composició de la cabana ramadera al jaciment i els patrons de gestió dels animals amb fins alimentaris (corba de mortalitat i patró d'especejament dels animals). El conjunt dóna testimoni de l'alimentació d'origen càrnic del baix clergat a finals de l'Antiguitat tardana.

Recherches su l'ocupation d'Althiburos (région du Kef, Tunisie) et de ses environs à l'époque numide.

El desenvolupament durant els anys 2006-2007 del projecte de recerca sobre la formació de l'Estat númida ha revelat l'existència a Althiburos d'un hàbitat preromà d'extensió considerable (almenys 4 ha), l¿origen del qual remunta com a mínim al segle VI aC. La prospecció del territori adjacent ha mostrat l'existència de diversos jaciments númides de dimensions més reduïdes, d'algunes estructures funeràries de la mateixa època i d'una cinquantena de dòlmens, la datació dels quals (tal vegada del Bronze final) roman encara incerta. Les dades obtingudes permeten situar en el segle VI aC, o fins i tot abans, l'inici del procés de complexificació social que va conduir a la formació dels regnes númides.

Un conjunt faunístic de finals de l'Antiguitat tardana al jaciment de Santa Margarida (Martorell, Baix Llobregat)

El present treball analitza les restes de fauna procedents de la UE 3006 de l¿església de Santa Margarida (s. VIII d.C.). El conjunt és compost majoritàriament per deixalles alimentàries de macromamífers, aus i mol·luscs. La ponderació del nombre de restes, l¿anàlisi de la representació anatòmica i l¿estudi de les traces d¿origen antròpic han permés establir la composició de la cabana ramadera al jaciment i els patrons de gestió dels animals amb fins alimentaris (corba de mortalitat i patró d¿especejament dels animals). El conjunt dóna testimoni de l¿alimentació d¿origen càrnic del baix clergat a finals de l¿Antiguitat tardana.