Microbial load in instruments used in surgeries classified as clean

Introduction / objectives The number of orthopedic surgery, especially surgery of total hip and knee, have been more frequent due to technological advances. This study aims to determine the microbial load in the instruments used in clean surgeries, quantifying and identifying the genus and species of microbial growth.Methods Orthopedic surgical instruments were immersed, after use, in sterile water, sonicated in ultrasonic washer and consecutively shaken. Then, the lavage was filtered through a 0.45micron membrane, the result was incubated in aerobic medium, anaerobic medium and medium for fungi and yeasts. Results In clean surgeries, results showed that 47% of used instruments had microbiological growth in the range of 1 to 100 CFU/instrument. The most prevalent organism was Staphylococcus coagulase negative (28%), followed by Bacillus subtilis (11%).This study refuted the hypothesis that clean surgeries happen in micro-organismsfree surgery field. Conclusion The microbiological findings reinforce the importance of antibiotic prophylaxis, practice already well established for this category of surgical procedure.

Assessment of SNPs for linkage mapping in Eucalyptus: construction of a consensus SNP/microsatellite map from two unrelated pedigrees

Financial support. Brazilian Ministry of Science and Technology (CNPq Grant 577047-2008-6), FAP-DF NEXTREE Grant 193.000.570/2009 and EMBRAPA Macroprogram 2 project grant 02.07.01.004.

Different approaches for dealing with rare variants in family-based genetic studies: application of a Genetic Analysis Workshop 17 problem

Rare variants are becoming the new candidates in the search for genetic variants that predispose individuals to a phenotype of interest. Their low prevalence in a population requires the development of dedicated detection and analytical methods. A family-based approach could greatly enhance their detection and interpretation because rare variants are nearly family specific. In this report, we test several distinct approaches for analyzing the information provided by rare and common variants and how they can be effectively used to pinpoint putative candidate genes for follow-up studies. The analyses were performed on the mini-exome data set provided by Genetic Analysis Workshop 17. Eight approaches were tested, four using the trait’s heritability estimates and four using QTDT models. These methods had their sensitivity, specificity, and positive and negative predictive values compared in light of the simulation parameters. Our results highlight important limitations of current methods to deal with rare and common variants, all methods presented a reduced specificity and, consequently, prone to false positive associations. Methods analyzing common variants information showed an enhanced sensibility when compared to rare variants methods. Furthermore, our limited knowledge of the use of biological databases for gene annotations, possibly for use as covariates in regression models, imposes a barrier to further research.

Transcription profiling in papillary thyroid carcinoma reveals potential diagnostic markers and drug targets

Financial support FAPESP and CAPES.

Utilização do ambiente colaborativo TIDIA-AE pelo grupo de gerenciamento do Vocabulário Controlado do SIBIUSP - Biênio 2011-2013

Describes the Use of collaborative environment TIDIA-AE by the management group of Controlled Vocabulary SIBIUSP - 2011-2013 Biennium

Acesso aos livros eletrônicos (E-books), disponíveis para a comunidade USP

Este trabalho tem por objetivo demonstrar o processo de implementação de uma Base de Busca Unificada, para acesso aos títulos de E-books, adquiridos pelo Consórcio CRUESP Bibliotecas e desenvolvida pelo Sistema Integrado de Bibliotecas da Universidade de São Paulo (SIBi/USP). A Metodologia utilizada para elaboração do serviço foi a exportação dos registros de cada base dos fornecedores de E-books para um banco de dados MySQL, integrado com a linguagem Hypertext Preprocessor (PHP), a elaboração de treinamento com bibliotecários e usuários para utilização do recurso e o desenvolvimento de estatística por Unidades da USP. Após a realização dos treinamentos e análise dos dados estatísticos verificou-se um aumento significativo da utilização do serviço desde a sua implantação em 2008, pelos usuários das Bibliotecas da USP. Conclui-se que o serviço é essencial para o desenvolvimento das atividades de ensino, pesquisa e extensão da Universidade, além de estar em consonância com as Tecnologias de Informação e Comunicação (TIC) utilizadas atualmente em bibliotecas universitárias. Para aprimoramento do serviço outras atividades estão em desenvolvimento, como a ampliação da divulgação e a inclusão dos registros no Banco de Dados Bibliográficos da USP – DEDALUS

EndNote Web: capacitação de bibliotecários do SIBiUSP

Introdução: O EndNote Web é um gerenciador de referências bibliográficas que permite o armazenamento e a organização de referências obtidas nas buscas em bases de dados, permitindo também a inclusão automática de citações e referências durante a elaboração de um texto e a mudança para diversos estilos de normalização. Aproveitando a experiência de algumas bibliotecas na capacitação para o uso do EndNote Web, o Sistema Integrado de Bibliotecas da USP (SIBiUSP) formou um grupo com a finalidade de: capacitar as equipes bibliotecárias das demais unidades interessadas em oferecer o produto aos seus usuários; e elaborar um manual e tutorial de uso do software como ferramenta de apoio. Material e métodos: Principais atividades executadas: a) Identificação das principais Bases de Dados de periódicos utilizadas pelas bibliotecas do SIBiUSP; b) Leitura e análise de manuais e tutoriais do software; c) Elaboração de plano para treinamento a ser oferecido às equipes bibliotecárias, considerando a participação de profissionais das áreas de Biológicas, Humanas e Exatas; d) Definição de conteúdo e elaboração de manual e tutorial. Resultados e Discussão: Foram capacitados 40 profissionais de várias unidades da USP e publicado na página do SIBiUSP um manual contendo todas as funcionalidades e recursos do software, com instruções para todas as bases de dados disponíveis pela USP e CAPES, além das principais bases de acesso livre. A capacitação para o uso do EndNote Web pelas bibliotecas da USP contribui para a competência informacional de seus usuários. Conclusões: A capacitação das equipes bibliotecárias do SIBiUSP possibilitou às bibliotecas do Sistema a oportunidade de oferecer a seus usuários treinamento no uso do EndNote Web, disseminando uma ferramenta que auxilia o pesquisador (docente, pós-graduando, graduando etc.) na elaboração de seus trabalhos científicos e acadêmicos.

Portal de Busca Integrada

O SIBiUSP lançou em março de 2012 uma nova ferramenta de busca de conteúdos acadêmicos/científicos, o nome dado foi Portal de Busca Integrada. Esta ferramenta pertence à uma categoria de softwares intitulada de “Web Scale Discovery”, que permitem a integração de diversas e dispersas fontes de dados em uma única interface de busca e entrega de resultados. Dessa forma, apresentam-se aqui os processos de seleção e implantação desta solução.