Études fonctionnelles de deux nouvelles protéines centrosomales, NPHP5 et Cep76, et leurs implications dans les maladies humaines

Les centrosomes sont de petits organites qui régulent divers processus cellulaires comme la polarité ou la mitose dans les cellules de mammifères. Ils sont composés de deux centrioles entourés par une matrice péricentriolaire. Ces centrosomes sont les principaux centres organisateurs de microtubules. De plus, ils favorisent la formation de cils, des protubérances sur la surface des cellules quiescentes qui sont critiques pour la transduction du signal. Une grande variété de maladies humaines telles que les cancers ou les ciliopathies sont liées à un mauvais fonctionnement des centrosomes et des cils. C’est pourquoi le but de mes projets de recherche est de comprendre les mécanismes nécessaires à la biogénèse et au fonctionnement des centrosomes et des cils. Tout d'abord, j’ai caractérisé une nouvelle protéine centrosomale nommée nephrocystine - 5 (NPHP5). Cette protéine est localisée dans les cellules en interphase au niveau de la région distale des centrioles. Sa déplétion inhibe la migration des centrosomes à la surface cellulaire lors de l’étape précoce de la formation des cils. NPHP5 interagit avec la protéine CEP290 via sa région C-terminale qui est essentielle pour la ciliogenèse. Elle interagit également avec la calmoduline ce qui empêche son auto-agrégation. J’ai démontré que les domaines de liaison de NHPH5 à CEP290 et à la calmoduline, ainsi que son domaine de localisation centrosomale sont séparables. De plus, j’ai démontré que les protéines NPHP5 présentant des mutations pathogènes ne peuvent plus interagir avec CEP290 et ne sont plus localisées aux centrosomes, rendant ainsi ces protéines non fonctionnelles. Enfin, en utilisant une approche pharmacologique pour moduler les événements en aval dans la voie ciliogénique, j’ai montré que la formation des cils peut être restaurée même en absence de NPHP5. D’autre part, j’ai étudié le rôle de NPHP5 dans l'assemblage et le trafic du complexe BBSome dans le cil. Le BBSome est composé de huit sous-unités différentes qui s’assemblent en un complexe fonctionnel dont on sait peu de chose sur la régulation spatiotemporelle de son processus d'assemblage. J’ai précédemment montré que NPHP5 favorisait la formation des cils et que son dysfonctionnement contribuait au développement de néphronophtise (NPHP). Bien que la NPHP et le syndrome de Bardet-Biedl (BBS) soient des ciliopathies qui partagent des caractéristiques cliniques communes, la base moléculaire de ces ressemblances phénotypiques n’est pas comprise. J’ai constaté que NPHP5, localisé à la base du cil, contient deux sites de liaison distincts pour le BBSome. De plus, j’ai démontré que NPHP5 et son partenaire CEP290 interagissent de façon dynamique avec le BBSome pendant la transition de la prolifération à la quiescence. La déplétion de NPHP5 ou CEP290 conduit à la dissociation d’au moins deux sous-unités du BBSome formant alors un sous-complexe dont la capacité de migration dans le cil n’est pas compromise. J’ai montré que le transport des cargos vers le compartiment ciliaire par ce sous-complexe n’est que partiellement altéré. Enfin, j’ai également concentré mes recherches sur une autre protéine centrosomale peu caractérisée. La protéine centrosomale de 76 kDa (Cep76) a été précédemment impliquée dans le maintien d’une duplication unique des centrioles par cycle cellulaire, et dans une interaction avec la kinase cycline-dépendante 2 (CDK2). Cep76 est préférentiellement phosphorylée par le complexe cycline A/CDK2 sur le site unique S83. Cet événement est essentiel pour supprimer l'amplification des centrioles en phase S. J’ai démontré que Cep76 inhibe cette amplification en bloquant la phosphorylation de Plk1 au niveau des centrosomes. D’autre part, Cep76 peut être acétylée au site K279 en phase G2, ce qui régule négativement son activité et sa phosphorylation sur le site S83. Ces études permettent d'améliorer notre compréhension de la biologie des centrosomes et des cils et pourraient conduire au développement de nouvelles applications diagnostiques et thérapeutiques.

Implications physiopathologiques de la Nestine lors du remodelage pulmonaire et cardiaque à la suite de l’infarctus du myocarde, du diabète et de l’hypertension pulmonaire

Il est reconnu que la protéine filamenteuse intermédiaire Nestine est exprimée lors du processus de cicatrisation et du remodelage fibrotique. De plus, nous avons identifié l’expression de la Nestine au sein de deux populations distinctes qui sont directement impliquées dans les réponses de fibroses réparative et réactive. Ainsi, une population de cellules souches neurales progénitrices résidentes du coeur de rat adulte exprime la Nestine et a été identifiée à titre de substrat de l’angiogenèse et de la neurogenèse cardiaque. Également, la Nestine est exprimée par les myofibroblastes cicatriciels cardiaques et il a été établi que la protéine filamenteuse intermédiaire joue un rôle dans la prolifération de ces cellules. Ainsi, l’objectif général de cette thèse était de mieux comprendre les évènements cellulaires impliqués dans la réponse neurogénique des cellules souches neurales progénitrices résidentes cardiaques Nestine(+) (CSNPRCN(+)) lors de la fibrose réparative cardiaque et d’explorer si l’apparition de fibroblastes Nestine(+) est associée avec la réponse de fibrose réactive secondaire du remodelage pulmonaire. Une première publication nous a permis d’établir qu’il existe une régulation à la hausse de l’expression de la GAP43 (growth associated protein 43) et que cet événement transitoire précède l’acquisition d’un phénotype neuronal par les CSNPRCN(+) lors du processus de cicatrisation cardiaque chez le rat ayant subi un infarctus du myocarde. De plus, la surimposition de la condition diabétique de type 1, via l’injection unique de Streptozotocine chez le rat, abolit la réponse neurogénique des CSNPRCN(+), qui est normalement induite à la suite de l’ischémie cardiaque ou de l’administration de 6-hydroxydopamine. Le second article a démontré que le développement aigu de la fibrose pulmonaire secondaire de l’infarctus du myocarde chez le rat est associé avec une augmentation de l’expression protéique de la Nestine et de l’apparition de myofibroblastes pulmonaires Nestine(+). Également, le traitement de fibroblastes pulmonaires avec des facteurs de croissances peptidiques pro-fibrotiques a augmenté l’expression de la Nestine par ces cellules. Enfin, le développement initial de la condition diabétique de type 1 chez le rat est associé avec une absence de fibrose réactive pulmonaire et à une réduction significative des niveaux protéiques et d’ARN messager de la Nestine pulmonaire. Finalement, la troisième étude représentait quant à elle un prolongement de la deuxième étude et a alors examiné le remodelage pulmonaire chronique chez un modèle établi d’hypertension pulmonaire. Ainsi, les poumons de rats adultes mâles soumis à l’hypoxie hypobarique durant 3 semaines présentent un remodelage vasculaire, une fibrose réactive et une augmentation des niveaux d’ARN messager et de la protéine Nestine. De plus, nos résultats ont démontré que la Nestine, plutôt que l’alpha-actine du muscle lisse, est un marqueur plus approprié des diverses populations de fibroblastes pulmonaires activés. Également, nos données suggèrent que les fibroblastes pulmonaires activés proviendraient en partie de fibroblastes résidents, ainsi que des processus de transition épithélio-mésenchymateuse et de transition endothélio-mésenchymateuse. Collectivement, ces études ont démontré que des populations distinctes de cellules Nestine(+) jouent un rôle majeur dans la fibrose réparative cardiaque et la fibrose réactive pulmonaire.

Non-Invasive Prenatal Testing: Review of Ethical, Legal and Social Implications

Article

Implications of Government Sponsored Social Security and Welfare Schemes on Socioeconomic Status of Small Scale Marine Fisherfolk in Kerala

A socio-economic research is required as an attempt to address the socio-economic issues facing small-scale fisheries. A study of the socio economic conditions of small-scale fishermen is a prerequisite for good design and successful implementation of effective assistance Programmes. It will provide an overall pidure of the structure, activities and standards of living of small-scale fisherfolk The study is confined to the coastal districts of Ernakulam, Thrissur and Malappuram districts. It also gives a picture of socio-economic conditions of the fisher folk in the study area. The variables that may depict the standard of living of the small-scale fisherfolk are occupational structure, family size, age structure, income, expenditure, education, housing and other social amenities. It attempts to see the asset creation of the fisherfolk with the help of government agencies, and the nature of savings and expenditure pattern of the fisherfolk. It also provides a picture of the indebtedness of the fisherfolk in the study area. The study analyses the schemes implemented by the government through its agencies, like Fisheries Department, Matsyaboard, and Matsyafed; and the awareness of fisherfolk regarding these schemes, their attitude and reactions, the extent of accessibility, and the viability of the schemes.

Implications of Hydrobiology and Nutrient dynamics on trophic structure and interactions in Cochin backwaters

In the present thesis entitled” Implications of Hydrobiology and Nutrient dynamics on Trophic structure and Interactions in Cochin backwaters”, an attempt has been made to assess the influence of general hydrography, nutrients and other environmental factors on the abundance, distribution and trophic interactions in Cochin backwater system. The study was based on five seasonal sampling campaigns carried out at 15 stations spread along the Cochin backwater system. The thesis is presented in the following 5 chapters. Salient features of each chapter are summarized below: Chapter 1- General Introduction: Provides information on the topic of study, environmental factors, back ground information, the significance, review of literature, aim and scope of the present study and its objectives.Chapter 2- Materials and Methods: This chapter deals with the description of the study area and the methodology adopted for sample collection and analysis. Chapter 3- General Hydrograhy and Sediment Characteristics: Describes the environmental setting of the study area explaining seasonal variation in physicochemical parameters of water column and sediment characteristics. Data on hydrographical parameters, nitrogen fractionation, phosphorus fractionation and biochemical composition of the sediment samples were assessed to evaluate the trophic status. Chapter 4- Nutrient Dynamics on Trophic Structure and Interactions: Describes primary, secondary and tertiary production in Cochin backwater system. Primary production related to cell abundance, diversity of phytoplankton that varies seasonally, concentration of various pigments and primary productivitySecondary production refers to the seasonal abundance of zooplankton especially copepod abundance and tertiary production deals with seasonal fish landings, gut content analysis and proximate composition of dominant fish species. The spatiotemporal variation, interrelationships and trophic interactions were evaluated by statistical methods. Chapter 5- Summary: The results and findings of the study are summarized in the fifth chapter of the thesis.

Attribute exploration with background implications and exceptions

Implications between attributes can represent knowledge about objects in a specified context. This knowledge representation is especially useful when it is not possible to list all specified objects. Attribute exploration is a tool of formal concept analysis that supports the acquisition of this knowledge. For a specified context this interactive procedure determines a miminal list of valid implications between attributes of this context together with a list of objects which are counterexamples for all implications not valid in the context. This paper describes how the exploration can be modified such that it determines a mimimal set of implications that fills the gap between previously given implications (called background implications) and all valid implications. The list of implications can be simplified further if exceptions are allowed for the implications.

Horns in cattle - implications of keeping horned cattle or not

Literaturreview zum Thema Behornung und Enthornung bei Rindern,Qualitative und quantitative Befragung von Landwirten zur Enthornungspraxis, Untersuchung zur Auswirkung von unterschiedlichen Vorwartehofgrößen auf die Herzfrequenz und die agonistischen Interaktionen von eher ranghohen und eher rangniedrigen horntragenden Milchkühen, Untersuchung zur Auswirkung von zeitlich begrenztem Weidegang auf die Herzfrequenz, die Herzfrequenzvariabilität und die agonistischen Interaktionen von horntragenden Milchkühen im Laufstall

Farmers’ desired traits and selection criteria for maize varieties and their implications for maize breeding: A case study from KwaZulu-Natal Province, South Africa

Adoption of hybrids and improved varieties has remained low in the smallholder farming sector of South Africa, despite maize being the staple food crop for the majority of households. The objective of this study was to establish preferred maize characteristics by farmers which can be used as selection criteria by maize breeders in crop improvement. Data were collected from three villages of a selected smallholder farming area in South Africa using a survey covering 300 households and participatory rural appraisal methodology. Results indicated a limited selection of maize varieties grown by farmers in the area compared to other communities in Africa. More than 97% of the farmers grew a local landrace called Natal-8-row or IsiZulu. Hybrids and improved open pollinated varieties were planted by less than 40% of the farmers. The Natal-8-row landrace had characteristics similar to landraces from eastern and southern Africa and closely resembled Hickory King, a landrace still popular in Southern Africa. The local landrace was preferred for its taste, recycled seed, tolerance to abiotic stresses and yield stability. Preferred characteristics of maize varieties were high yield and prolificacy, disease resistance, early maturity, white grain colour, and drying and shelling qualities. Farmers were willing to grow hybrids if the cost of seed and other inputs were affordable and their preferences were considered. Our results show that breeding opportunities exist for improving the farmers’ local varieties and maize breeders can take advantage of these preferred traits and incorporate them into existing high yielding varieties.

The Food Crisis: Implications for Labor

Food prices have gone up to prohibitive levels for many of the world’s poor. The vast majority of those who are hungry in the world today are working in agriculture, either as small landholders or as waged agricultural workers. The majority of the food producers have not benefited from rising prices. Apparently, the bargaining power of many producers, just as that of the end consumers, has been weakened vis-à-vis the buyers and retailers of agricultural produce. This powerlessness is also in the face of governments that fail to provide an appropriate infrastructure for smallholders and social protection. The first part of the book provides an introduction to the immediate and structural causes of the food crisis. The second part contains contributions that not only highlight the plight of rural labour but also develop tools for measuring the decent work deficit. The last part emphasizes income security as a major precondition for food security. It looks at the experiences of Brazil and India with the extension of social protection for the poor.

The Brazilian Zero Hunger social program implications in achieving sustainable development

This article aims to analyse the progress taken by Brazil towards the accomplishment of a sustainable development, mainly highlighting the success of the Zero Hunger social programme in achieving the elimination of starvation. As one of the essential pillars to the sustainable development, the State’s social performance demands actions directed to the elimination of extreme poverty and hunger, establishing a basis for equitable growth. It is necessary to clarify the juridical and constitutional framework of Brazil, aiming to emphasise the Zero Hunger importance in achieving the Brazilian Republic’s goals and reaching an international pattern on sustainable development. Also, it will be stressed that the international order influences Brazilian domestic law and is one of the main aspects for the Zero Hunger program development.

An algorithmic approach for collaborative-based prediction of user contexts in ubiquitous environments under consideration of legal implications

Mit Hilfe der Vorhersage von Kontexten können z. B. Dienste innerhalb einer ubiquitären Umgebung proaktiv an die Bedürfnisse der Nutzer angepasst werden. Aus diesem Grund hat die Kontextvorhersage einen signifikanten Stellenwert innerhalb des ’ubiquitous computing’. Nach unserem besten Wissen, verwenden gängige Ansätze in der Kontextvorhersage ausschließlich die Kontexthistorie des Nutzers als Datenbasis, dessen Kontexte vorhersagt werden sollen. Im Falle, dass ein Nutzer unerwartet seine gewohnte Verhaltensweise ändert, enthält die Kontexthistorie des Nutzers keine geeigneten Informationen, um eine zuverlässige Kontextvorhersage zu gewährleisten. Daraus folgt, dass Vorhersageansätze, die ausschließlich die Kontexthistorie des Nutzers verwenden, dessen Kontexte vorhergesagt werden sollen, fehlschlagen könnten. Um die Lücke der fehlenden Kontextinformationen in der Kontexthistorie des Nutzers zu schließen, führen wir den Ansatz zur kollaborativen Kontextvorhersage (CCP) ein. Dabei nutzt CCP bestehende direkte und indirekte Relationen, die zwischen den Kontexthistorien der verschiedenen Nutzer existieren können, aus. CCP basiert auf der Singulärwertzerlegung höherer Ordnung, die bereits erfolgreich in bestehenden Empfehlungssystemen eingesetzt wurde. Um Aussagen über die Vorhersagegenauigkeit des CCP Ansatzes treffen zu können, wird dieser in drei verschiedenen Experimenten evaluiert. Die erzielten Vorhersagegenauigkeiten werden mit denen von drei bekannten Kontextvorhersageansätzen, dem ’Alignment’ Ansatz, dem ’StatePredictor’ und dem ’ActiveLeZi’ Vorhersageansatz, verglichen. In allen drei Experimenten werden als Evaluationsbasis kollaborative Datensätze verwendet. Anschließend wird der CCP Ansatz auf einen realen kollaborativen Anwendungsfall, den proaktiven Schutz von Fußgängern, angewendet. Dabei werden durch die Verwendung der kollaborativen Kontextvorhersage Fußgänger frühzeitig erkannt, die potentiell Gefahr laufen, mit einem sich nähernden Auto zu kollidieren. Als kollaborative Datenbasis werden reale Bewegungskontexte der Fußgänger verwendet. Die Bewegungskontexte werden mittels Smartphones, welche die Fußgänger in ihrer Hosentasche tragen, gesammelt. Aus dem Grund, dass Kontextvorhersageansätze in erster Linie personenbezogene Kontexte wie z.B. Standortdaten oder Verhaltensmuster der Nutzer als Datenbasis zur Vorhersage verwenden, werden rechtliche Evaluationskriterien aus dem Recht des Nutzers auf informationelle Selbstbestimmung abgeleitet. Basierend auf den abgeleiteten Evaluationskriterien, werden der CCP Ansatz und weitere bekannte kontextvorhersagende Ansätze bezüglich ihrer Rechtsverträglichkeit untersucht. Die Evaluationsergebnisse zeigen die rechtliche Kompatibilität der untersuchten Vorhersageansätze bezüglich des Rechtes des Nutzers auf informationelle Selbstbestimmung auf. Zum Schluss wird in der Dissertation ein Ansatz für die verteilte und kollaborative Vorhersage von Kontexten vorgestellt. Mit Hilfe des Ansatzes wird eine Möglichkeit aufgezeigt, um den identifizierten rechtlichen Probleme, die bei der Vorhersage von Kontexten und besonders bei der kollaborativen Vorhersage von Kontexten, entgegenzuwirken.

Transaction costs of farmers’ participation in forest management: Policy implications of payments for environmental services schemes in Vietnam

Recent research on payments for environmental services (PES) has observed that high transaction costs (TCs) are incurred through the implementation of PES schemes and farmer participation. TCs incurred by households are considered to be an obstacle to the participation in and efficiency of PES policies. This study aims to understand transactions related to previous forest plantation programmes and to estimate the actual TCs incurred by farmers who participated in these programmes in a mountainous area of northwestern Vietnam. In addition, this study examines determinants of households’ TCs to test the hypothesis of whether the amount of TCs varies according to household characteristics. Results show that average TCs are not likely to be a constraint for participation since they are about 200,000 VND (USD 10) per household per contract, which is equivalent to one person’s average earnings for about two days of labour. However, TCs amount to more than one-third of the programmes’ benefits, which is relatively high compared to PES programmes in developed countries. This implies that rather than aiming to reduce TCs, an appropriate agenda for policy improvement is to balance the level of TCs with PES programme benefits to enhance the overall attractiveness of afforestation programmes for smallholder farmers. Regression analysis reveals that education, gender and perception towards PES programmes have significant effects on the magnitude of TCs. The analyses also points out the importance of local conditions on the level of TCs, with some unexpected results.

Diversity and nutritional properties of Pakistani dates: implications for sustainable value chain and decent living perspectives of rural households

Date palm (Phoenix dactylifera L.) occupies almost three percent of the total worldwide cultivated area, with an annual production of seven million tonnes (t). Pakistan is an ideal place for the cultivation of date palm due to its sandy loam soil and semi-arid climate. In 2012, Pakistan produced 600,000 t of dates, on an area of 95,000 ha. Baluchistan province is the country’s top date producer, followed by Sindh, Punjab and Khyber Pakhtunkhwa (KPK) provinces. More than 300 date varieties are known to exist in Pakistan and some commercially important cultivars are: Karbalaen, Aseel, Muzawati, Fasli, Begum Jhangi, Hillawi, Dashtiari, Sabzo, Koharaba, Jaan Swore, Rabai and Dhakki. Six districts from the four provinces of Pakistan (Jhang, Muzaffargarh and Bahawalpur (Punjab), Dera Ismail Khan (KPK), Khairpur (Sindh) and Panjgur (Baluchistan)) with largest area under date palm cultivation were selected to conduct socio-economic surveys including the income sources of date palm growers. A structured questionnaire with open-ended and closed questions was used for face-to-face interviews of 170 date palm growers. At each location after selection of a first farmer through a local guide, the former was requested to provide names and addresses of three other date growers in his area. From these three names, one was randomly selected for the next sampling. Additionally, date palm fronds and fruits of all available cultivars were collected for morphological and nutritional analyses. Soil samples were collected from the groves for subsequent chemical and physical analyses. Almost all farmers used dates as a food item for their families and some were using low quality dates as a feed for their livestock. Apart from dates, other date palm components (trunk, spadix, frond, inflorescence and seed) were used by date palm growers as a raw material for making many by-products for their families. Date palm had a major contribution in the income of households, 24% received 91-100% of their income from date palms. More than half of the surveyed farmers had date palm groves, but scattered plantations, home gardens and intercropping systems with cereal and other fruits were also present. Dhakki, Muzawati, Aseel, and Karbalaen were the most important commercial cultivars grown in the provinces of KPK, Baluchistan, and Sindh. Aseel, Karoch, Haleni, Karbalaen, and Muzawati cultivars had the most firm fruit and good total soluble sugar, calcium and magnesium contents. The amount of magnesium found in dates of studied cultivars ranged from 0.143 to 0.876 mg g-1. A great variation in frond morphology was recorded among the cultivars. Fruit length and fruit weight was highest in Dhakki date, making it visually more attractive for customers in addition to its good nutritional properties. The seed weight of the studied cultivars ranged from 0.7-2.0 g, while Desi dates had largest seed, making them less attractive for marketing. However, in terms of nutritional value and fruit size, most of the investigated varieties can compete with globally important commercial dates.

Perception of quality in certified organic pineapples by farmers in Kayunga district, Central Uganda: Implications for food security

In East Africa, Uganda is one of the major producers of organic pineapples for export. These pineapples are mainly produced in central Uganda and have to meet stringent quality standards before they can be allowed on international markets. These quality standards may put considerable strain on farmers and may not be wholly representative of their quality interpretation. The aim of this paper is therefore, to determine the Ugandan organic pineapple farmers’ quality perception, the activities they carry out in order to attain that quality and challenges (production, postharvest & marketing) faced on the same. Qualitative semi-structured interviews were carried out among 28 organic pineapple farmers in Kayunga district, central Uganda. Findings suggest that quality of organic pineapples is mainly perceived in terms of product attributes particularly appearance followed by food security provision. Certification plays a minor role in what farmers describe as organic quality. High production input costs (labour and coffee husks) coupled with a stagnant premium are some of the major challenges faced by farmers in attaining organic quality. The paper argues that currently there are concealed negative food security effects embroiled in these pineapple schemes. It is recommended that the National Organic Agricultural Movement of Uganda (NOGAMU) works with all relevant stakeholders to have the farmer premium price raised and an official organic policy enacted.