Sensitivity of single-voxel 1H-MRS in investigating the metabolism of the activated human visual cortex at 7 T.

Proton magnetic resonance spectroscopy (1H-MRS) has been used in a number of studies to noninvasively assess the temporal changes of lactate in the activated human brain. However, the results have not been consistent. The aim of the present study was to test the sensitivity of 1H-MRS during functional experiments at the highest magnetic field currently available for human studies (7 T). Stability and reproducibility of the measurements were evaluated from LCModel analysis of time series of spectra measured during a visual stimulation paradigm and by examination of the difference between spectra obtained at rest and during activation. The sensitivity threshold to detect concentration changes was 0.2 micromol/g for most of the quantified metabolites. The possible variations of metabolite concentrations during visual stimulation were within the same range (+/-0.2 micromol/g). In addition, the influence of a small line-narrowing effect due to the blood oxygenation level-dependent (BOLD) T2* changes on the estimated concentrations was simulated. Quantification of metabolites was, in general, not affected beyond 1% by line-width changes within 0.5 Hz.

Different methods to assess yield temporal stability in rubber

The objective of this work was to assess, during six years, the temporal stability of natural rubber yield of 25 superior Hevea brasiliensis genotypes, using the Wricke, Eberhart & Russell, Lin & Binns, additive main effect and multiplicative interaction (AMMI) analysis, and harmonic mean of the relative performance of the genetic values (HMRPGV) methods. The IAC 40 and IAC 300 genotypes were identified as stable and high yielding by the Eberhart & Russell, Lin & Binns, HMRPGV, and AMMI Biplot methods. The ranking of the other more stable genotypes identified by these analyses was altered. The observed results in the AMMI Biplot agreed with those observed in the Wricke method for identifying stable, but lower yielding genotypes. The simultaneous use of different methods allows a more accurate indication of stable genotypes. Stability analyses based on different principles show agreement in indicating stable genotypes.

Stability and adaptability of runner peanut genotypes based on nonlinear regression and AMMI analysis

The objective of this work was to estimate the stability and adaptability of pod and seed yield in runner peanut genotypes based on the nonlinear regression and AMMI analysis. Yield data from 11 trials, distributed in six environments and three harvests, carried out in the Northeast region of Brazil during the rainy season were used. Significant effects of genotypes (G), environments (E), and GE interactions were detected in the analysis, indicating different behaviors among genotypes in favorable and unfavorable environmental conditions. The genotypes BRS Pérola Branca and LViPE‑06 are more stable and adapted to the semiarid environment, whereas LGoPE‑06 is a promising material for pod production, despite being highly dependent on favorable environments.

Adaptability and stability of white oat cultivars in relation to chemical composition of the caryopsis

The objective of this work was to characterize the chemical properties of white oat (Avena sativa) caryopsis and to determine the adaptability and stability of cultivars recommended for cultivation in the state of Rio Grande do Sul, Brazil. The trials were carried out in the 2007, 2008 and 2009 crop seasons, in three municipalities: Augusto Pestana, Capão do Leão, and Passo Fundo. Fifteen cultivars were evaluated in a randomized block design, with four replicates. The contents of protein, lipid, and nitrogen-free extract were evaluated in the caryopsis. Cultivar performances for the measured characters varied according to location and year of cultivation. The cultivar URS Guapa showed high content of nitrogen-free extract and low contents of protein and lipid in the caryopsis. 'FAPA Louise' showed high content of lipid, whereas 'Albasul', 'UPF 15', and 'UPF 18' showed high content of protein and low content of nitrogen-free extract. There is no evidence of an ideal biotype for the evaluated characters, which could simultaneously show high average performance, adaptability to favorable and unfavorable environments, and stability.

Metabolic attributes, yield and stability of milk in Jersey cows fed diets containing sodium citrate and sodium bicarbonate

The objective of this work was to evaluate the inclusion of sodium citrate and sodium bicarbonate in the diet of lactating Jersey cows, and its effects on the metabolic attributes, productivity and stability of milk. We evaluated urinary pH, levels of glucose and urea in blood, body weight, body condition score, milk yield, milk stability (ethanol test), and milk physicochemical properties of 17 cows fed diets containing sodium citrate (100 g per cow per day), sodium bicarbonate (40 g per cow per day) or no additives. Assessments were made at the 28th and 44th days. Supply of sodium citrate or bicarbonate has no influence on the metabolic attributes, productivity, body weight, and body condition score of the cows, neither on the composition and stability of milk.

Repeatability of adaptability and stability parameters of common bean in unpredictable environments

The objective of this work was to estimate the repeatability of adaptability and stability parameters of common bean between years, within each biennium from 2003 to 2012, in Minas Gerais state, Brazil. Grain yield data from trials of value for cultivation and use common bean were analyzed. Grain yield, ecovalence, regression coefficient, and coefficient of determination were estimated considering location and sowing season per year, within each biennium. Subsequently, a analysis of variance these estimates was carried out, and repeatability was estimated in the biennia. Repeatability estimate for grain yield in most of the biennia was relatively high, but for ecovalence and regression coefficient it was null or of small magnitude, which indicates that confidence on identification of common bean lines for recommendation is greater when using means of yield, instead of stability parameters.

Spinor Bose-Einstein Condensates and Topological Defects

This thesis concentrates on the topological defects of spin-1 and spin-2 Bose-Einstein condensates, the ground states of spin-3 condensates, and the inert states of spinor condensates with arbitrary spin. Our work is based on the description of a spinor condensate of spin-S atoms in terms of a state vector of a spin-S particle. The results of the homotopy theory are used to study the existence and structure of the topological defects in spinor condensates. We construct examples of defects, study their energetics, and examine how their stability is affected by the presence of an external magnetic field. The ground states of spin-3 condensates are calculated using analytical and numerical means. Special emphasis is put on the ground states of a chromium condensate, whose dependence on the magnetic dipole-dipole interaction is studied. A simple geometrical method for the calculation of inert states of spinor condensates is presented. This method is used to find candidates for the ground states of spin-S condensates.

Genetic parameters and simultaneous selection for root yield, adaptability and stability of cassava genotypes

The objective of this work was to estimate genetic parameters and to evaluate simultaneous selection for root yield and for adaptability and stability of cassava genotypes. The effects of genotypes were assumed as fixed and random, and the mixed model methodology (REML/Blup) was used to estimate genetic parameters and the harmonic mean of the relative performance of genotypic values (HMRPGV), for simultaneous selection purposes. Ten genotypes were analyzed in a complete randomized block design, with four replicates. The experiment was carried out in the municipalities of Altamira, Santarém, and Santa Luzia do Pará in the state of Pará, Brazil, in the growing seasons of 2009/2010, 2010/2011, and 2011/2012. Roots were harvested 12 months after planting, in all tested locations. Root yield had low coefficients of genotypic variation (4.25%) and broad-sense heritability of individual plots (0.0424), which resulted in low genetic gain. Due to the low genotypic correlation (0.15), genotype classification as to root yield varied according to the environment. Genotypes CPATU 060, CPATU 229, and CPATU 404 stood out as to their yield, adaptability, and stability.

Fluid flow and dispersion predictions in porous media by utilizing advanced numerical methods

Diplomityön tavoitteena oli tarkastella numeerisen virtauslaskennan avulla virtaukseen liittyviä ilmiöitä ja kaasun dispersiota. Diplomityön sisältö on jaettu viiteen osaan; johdantoon, teoriaan, katsaukseen virtauksen mallinnukseen huokoisessa materiaalissa liittyviin tutkimusselvityksiin, numeeriseen mallinnukseen sekä tulosten esittämiseen ja johtopäätöksiin. Diplomityön alussa kiinnitettiin huomiota erilaisiin kokeellisiin, numeerisiin ja teoreettisiin mallinnusmenetelmiin, joilla voidaan mallintaa virtausta huokoisessa materiaalissa. Kirjallisuusosassa tehtiin katsaus aikaisemmin julkaistuihin puoliempiirisiin ja empiirisiin tutkimusselvityksiin, jotka liittyvät huokoisen materiaalin aiheuttamaan painehäviöön. Numeerisessa virtauslaskenta osassa rakennettiin ja esitettiin huokoista materiaalia kuvaavat numeeriset mallit käyttäen kaupallista FLUENT -ohjelmistoa. Työn lopussa arvioitiin teorian, numeerisen virtauslaskennan ja kokeellisten tutkimusselvitysten tuloksia. Kolmiulotteisen huokoisen materiaalinnumeerisessa mallinnuksesta saadut tulokset vaikuttivat lupaavilta. Näiden tulosten perusteella tehtiin suosituksia ajatellen tulevaa virtauksen mallinnusta huokoisessa materiaalissa. Osa tässä diplomityössä esitetyistä tuloksista tullaan esittämään 55. Kanadan Kemiantekniikan konferenssissa Torontossa 1619 Lokakuussa 2005. ASME :n kansainvälisessä tekniikan alan julkaisussa. Työ on hyväksytty esitettäväksi esitettäväksi laskennallisen virtausmekaniikan (CFD) aihealueessa 'Peruskäsitteet'. Lisäksi työn yksityiskohtaiset tulokset tullaan lähettämään myös CES:n julkaisuun.

Lon protease negatively affects GacA protein stability and expression of the Gac/Rsm signal transduction pathway in Pseudomonas protegens.

In Pseudomonas protegens CHA0 and other fluorescent pseudomonads, the Gac/Rsm signal transduction pathway controls secondary metabolism and suppression of fungal root pathogens via the expression of regulatory small RNAs (sRNAs). Because of its high cost, this pathway needs to be protected from overexpression and to be turned off in response to environmental stress such as the lack of nutrients. However, little is known about its underlying molecular mechanisms. In this study, we demonstrated that Lon protease, a member of the ATP-dependent protease family, negatively regulated the Gac/Rsm cascade. In a lon mutant, the steady-state levels and the stability of the GacA protein were significantly elevated at the end of exponential growth. As a consequence, the expression of the sRNAs RsmY and RsmZ and that of dependent physiological functions such as antibiotic production were significantly enhanced. Biocontrol of Pythium ultimum on cucumber roots required fewer lon mutant cells than wild-type cells. In starved cells, the loss of Lon function prolonged the half-life of the GacA protein. Thus, Lon protease is an important negative regulator of the Gac/Rsm signal transduction pathway in P. protegens.

Aerodynamical instability of web

Diplomityön tavoitteena oli tutkia miten ilman turbulenttisuus vaikuttaa tasaisesti liikkuvan rainan tilaan. Yhtenä sovelluskohteena teollisuudessa voidaan mainita esimerkiksi leiju-kuivain. Tiedetään, että konenopeuksien kasvu ja siitä johtuva ilmavirran nopeuden kasvu aiheuttaa voimavaikutuksia rainaan ja voi aiheuttaa lepatusta. Lepatus johtaa dynaamiseen epästabiilisuuteen, joka voidaan havaita, kun lineaarinen systeemi tulee epävakaaksi ja joh-taa epälineaariseen, rajoitettuun värähtelyyn. Lepatus huonontaa tuotteiden laatua ja voi johtaa ratakatkoihin. Työssä on esitetty tietoa ilman ja rainan vuorovaikutuksesta, jota hyödyntämällä voidaan kehittää yksinkertaistettu malli, jonka avulla liikkuvaa rainaa voidaan simuloida kuivaimes-sa. Kaasufaasin virtausyhtälöt on ratkaistu eri turbulenttimalleja käyttäen. Myös viskoelas-tisen rainan muodonmuutosta on tarkasteltu. Koska rainalle ei ole kirjallisuudesta saatavilla tarkkoja fysikaalisia ja mekaanisia arvoja, näitä ominaisuuksia testattiin eri arvoilla, jotta rainan käyttäytymistä jännityksen alaisena voidaan tarkastella. Näiden ominaisuuksien tun-teminen on ensiarvoisen tärkeää määritettäessä rainan aeroviskoelastista käyttäytymistä. Virtaussimulointi on kallista ja aikaa vievää. Tämä tarkoittaa uusien tutkimusmenetelmien omaksumista. Tässä työssä vaihtoehtoisena lähestymistapana on esitetty yksinkertaistettu malli, joka sisältää ilman ja rainan vuorovaikutusta kuvaavat ominaisuudet. Mallin avulla saadaan tietoa epälineaarisuuden ja turbulenssin vaikutuksesta sekä monimutkaisesta yh-teydestä stabiilisuuden ja ulkoisesti aikaansaadun värähtelyn sekä itse aiheutetun värähtelyn välillä. Työn lopussa on esitetty havainnollinen esimerkki, jolla voidaan kuvata olosuhteita, jossa rainan tasainen liike muuttuu epävakaaksi. Kun turbulenttisuudesta johtuva painevaih-telu ylittää tietyn rajan, rainan värähtely kasvaa muuttuen satunnaisesta järjestäytyneeksi. Saaduttulokset osoittavat, että turbulenttisuudella on suuri vaikutus eikä sitä voi jättää huomioimatta. Myös rainan viskoelastiset ominaisuudet tulee huomioida, jotta rainan käyt-täytymistä voidaan kuvata tarkasti.

Numerical Modelling of Combustion and Emission Formation in a Diesel Engine with Different Fuel Injection Characteristics

Päästöjen vähentäminen on ollut viime vuosina tärkeässä osassa polttomoottoreita kehitettäessä.Monet viralliset tahot asettavat uusia tiukempia päästörajoituksia. Päästörajatovat tyypillisesti olleet tiukimmat autoteollisuuden valmistamille pienille nopeakäyntisille diesel-moottoreille, mutta viime aikoina paineita on kohdistunut myös suurempiin keskinopeisiin ja hidaskäyntisiin diesel-moottoreihin. Päästörajat ovat erilaisia riippuen moottorin tyypistä, käytetystä polttoaineesta ja paikasta missä moottoria käytetään johtuen erilaisista paikallisista laeista ja asetuksista. Eniten huomiota diesel-moottorin päästöissä täytyy kohdistaa typen oksideihin, savun muodostukseen sekä partikkeleihin. Laskennallisen virtausmekaniikan (CFD) avulla on hyvät mahdollisuudet tutkia diesel-moottorin sylinterissä tapahtuvia ilmiöitä palamisen aikana. CFD on hyödyllinen työkalu arvioitaessa moottorin suorituskykyä ja päästöjen muodostumista. CFD:llä on mahdollista testata erilaisten parametrien ja geometrioiden vaikutusta ilman kalliita moottorinkoeajoja. CFD:tä voidaan käyttää myös opetustarkoituksessa lisäämään paloprosessin tuntemusta. Tulevaisuudessa palamissimuloinnit CFD:llä tulevat epäilemättä olemaan tärkeä osa moottorin kehityksessä. Tässä diplomityössä on tehty palamissimuloinnit kahteen erilaisilla poittoaineenruiskutuslaitteistoilla varustettuun Wärtsilän keskinopeaan diesel-moottoriin. W46 moottorin ruiskutuslaitteisto on perinteinen mekaanisesti ohjattu pumppusuutin ja W46-CR moottorissa on elektronisesti ohjattu 'common rail' ruiskutuslaitteisto. Näiden moottorien ja käytössä olevien ruiskutusprofiilien lisäksi on simuloinneilla testattu erilaisia uusia ruiskutusprofiileja, jotta erityyppisten profiilien hyvät ja huonot ominaisuudet tulisivat selville. Matalalla kuormalla kiinnostuksen kohteena on nokipäästöjen muodostus ja täydellä kuormalla NOx-päästöjen muodostus ja polttoaineen kulutus. Simulointien tulokset osoittivat, että noen muodostusta matalalla kuormalla voidaan selvästi vähentää monivaiheisella ruiskutuksella, jossa yksi ruiskutusjakso jaetaan kahteen tai useampaan jaksoon. Erityisen tehokas noen vähentämisessä vaikuttaa olevan ns. jälkiruiskutus (post injection). Matalat NOx-päästöt ja hyvä polttoaineen kulutus täydellä kuormalla on mahdollista saavuttaaasteittain nostettavalla ruiskutusnopeudella.

Predicting prognosis using molecular profiling in estrogen receptor-positive breast cancer treated with tamoxifen.

Background: Estrogen receptor positive (ER+) breast cancers (BC) are heterogeneous with regard to their clinical behavior and response to therapies. The ER is currently the best predictor of response to the anti-estrogen agent tamoxifen, yet up to 30-40% of ER+ BC will relapse despite tamoxifen treatment. New prognostic biomarkers and further biological understanding of tamoxifen resistance are required. We used gene expression profiling to develop an outcome-based predictor using a training set of 255 ER+ BC samples from women treated with adjuvant tamoxifen monotherapy. We used clusters of highly correlated genes to develop our predictor to facilitate both signature stability and biological interpretation. Independent validation was performed using 362 tamoxifen-treated ER+ BC samples obtained from multiple institutions and treated with tamoxifen only in the adjuvant and metastatic settings.Results: We developed a gene classifier consisting of 181 genes belonging to 13 biological clusters. In the independent set of adjuvantly-treated samples, it was able to define two distinct prognostic groups (HR 2.01 95% CI: 1.29-3.13; p = 0.002). Six of the 13 gene clusters represented pathways involved in cell cycle and proliferation. In 112 metastatic breast cancer patients treated with tamoxifen, one of the classifier components suggesting a cellular inflammatory mechanism was significantly predictive of response.Conclusion: We have developed a gene classifier that can predict clinical outcome in tamoxifen-treated ER+ BC patients. Whilst our study emphasizes the important role of proliferation genes in prognosis, our approach proposes other genes and pathways that may elucidate further mechanisms that influence clinical outcome and prediction of response to tamoxifen.