Homology modeling and metabolism prediction of human carboxylesterase-2 using docking analyses by GriDock: a parallelized tool based on AutoDock 4.0.

Metabolic problems lead to numerous failures during clinical trials, and much effort is now devoted to developing in silico models predicting metabolic stability and metabolites. Such models are well known for cytochromes P450 and some transferases, whereas less has been done to predict the activity of human hydrolases. The present study was undertaken to develop a computational approach able to predict the hydrolysis of novel esters by human carboxylesterase hCES2. The study involved first a homology modeling of the hCES2 protein based on the model of hCES1 since the two proteins share a high degree of homology (congruent with 73%). A set of 40 known substrates of hCES2 was taken from the literature; the ligands were docked in both their neutral and ionized forms using GriDock, a parallel tool based on the AutoDock4.0 engine which can perform efficient and easy virtual screening analyses of large molecular databases exploiting multi-core architectures. Useful statistical models (e.g., r (2) = 0.91 for substrates in their unprotonated state) were calculated by correlating experimental pK(m) values with distance between the carbon atom of the substrate's ester group and the hydroxy function of Ser228. Additional parameters in the equations accounted for hydrophobic and electrostatic interactions between substrates and contributing residues. The negatively charged residues in the hCES2 cavity explained the preference of the enzyme for neutral substrates and, more generally, suggested that ligands which interact too strongly by ionic bonds (e.g., ACE inhibitors) cannot be good CES2 substrates because they are trapped in the cavity in unproductive modes and behave as inhibitors. The effects of protonation on substrate recognition and the contrasting behavior of substrates and products were finally investigated by MD simulations of some CES2 complexes.

Caracterització dels materials de l’ Església de Sant Feliu de Girona

La finalitat del present projecte es l’estudi dels materials de construcció delcampanar de Sant Feliu de Girona, es a dir com son la pedra de Girona i el morter decalç del que esta fet, analitzant el seu comportament i l’evolució soferta en les sevesdiverses parts des de que va ser construït. En aquest projecte s’intenta analitzar la construcció del campanar, els materials que el formen, d’on provenen i les solucions que es poden adoptar a l’hora de restaurar un monument com aquest

Anàlisi del flux de materials del sector de la fusta a Catalunya per l’any 2005

Anàlisi del flux de manterials que travessen el sector de la fusta a Catalunya durant l’any 2005 calculant els balanços de matèria i els indicadors derivats, de cara a avaluar la gestió dels boscos a Catalunya

The cover basement contact beneath the Rawil axial depression (Western Alps) - True amplitude seismic processing, petrophysical properties, and modeling

Since 1986, several near-vertical seismic reflection profiles have been recorded in Switzerland in order to map the deep geologic structure of the Alps. One objective of this endeavour has been to determine the geometries of the autochthonous basement and of the external crystalline massifs, important elements for understanding the geodynamics of the Alpine orogeny. The PNR-20 seismic line W1, located in the Rawil depression of the western Swiss Alps, provides important information on this subject. It extends northward from the `'Penninic front'' across the Helvetic nappes to the Prealps. The crystalline massifs do not outcrop along this profile. Thus, the interpretation of `'near-basement'' reflections has to be constrained by down-dip projections of surface geology, `'true amplitude'' processing, rock physical property studies and modelling. 3-D seismic modelling has been used to evaluate the seismic response of two alternative down-dip projection models. To constrain the interpretation in the southern part of the profile, `'true amplitude'' processing has provided information on the strength of the reflections. Density and velocity measurements on core samples collected up-dip from the region of the seismic line have been used to evaluate reflection coefficients of typical lithologic boundaries in the region. The cover-basement contact itself is not a source of strong reflections, but strong reflections arise from within the overlaying metasedimentary cover sequence, allowing the geometry of the top of the basement to be determined on the basis of `'near-basement'' reflections. The front of the external crystalline massifs is shown to extend beneath the Prealps, about 6 km north of the expected position. A 2-D model whose seismic response shows reflection patterns very similar to the observed is proposed.

Aplicatiu de gestió de magatzem amb dispositiu mòbils de Materials Brecor

Disseny d’un projecte que controli la gestió d’ubicacions del magatzem d’una empresa del sector de materials de construcció, concretament de “Materials Brecor”, una empresa líder de la zona compresa entre la costa brava sud i el maresme nord. L’Objectiu principal és concebre un projecte que permeti controlar en temps real tant l’entrada com la sortida de mercaderies, a més a més de poder consultar la ubicació de cadascuna d’elles dins el magatzem. Aconseguint millorar els temps de resposta en el moment de localitzar l’article demanat i la seva posterior expedició al client

Els Materials de construcció de la bòbila romana d’Ermedàs

Estudi i descripció dels materials de construcció d’un centre terrisser concret, la bòbila d’Ermedàs situada a la comarca del Pla de l’Estany. Mitjançant aquests materials pretén acostar-se a les formes socials, històriques, econòmiques i tècniques que es donaven a la bòbila i als seus entorns, i també comprendre el marc natural, geogràfic, polític i històric d’aquesta zona

Projecte d'ampliació d'una nau destinada a l'exposició i venda de materials de construcció

El peticionari és el propietari d’una nau industrial aïllada del terme municipal de Cassà de la Selva destinada a la venda i exposició de materials per a la construcció. A causa de la creixent demanda en el sector es vol ampliar la superfície de la nau, amb la intenció d’augmentar la zona comercial. El disseny i càlcul de l’ampliació de la nau aïllada inclou moviment de terres, fonaments, estructura, tancaments, coberta, paviments, obra de paleta, fusteria, i pintura. També s’inclourà el disseny i càlcul de les instal·lacions (aigua, baixa tensió, il·luminació, climatització, ventilació, contra incendis, plaques solars, sanejament) de l’ampliació

Modelització de la contribució del formigó traccionat entre fissures en estructures reforçades amb armadures de materials compostos amb matriu polimèrica (FRP).

El present treball s’emmarca dins el camp de les estructures de formigó, i mésconcretament, a les que es troben reforçades amb armadures de materials compostos amb matriu polimèrica, és a dir FRP “Fiber Reinforced Polymer”

La cascarilla cerámica y su uso innovador

The ceramic shell is a material mainly used for making foundry molds. This research demonstrates that ceramic shell can be used for making sculptures with exceptional definition in its finish. The research has identified a number of advantages of the material to meet the challenges of an artist during the making of a sculpture. The research has been developed in six stages: In the first stage data were collected from the chaff as the process material. This was the starting point for research. In the second stage, we have set the appropriate composition of the slurry, both in percentage and type of binder, and firing curve. To this end, we evaluated the application characteristics, thickness, drying, mechanical strength, the reduction coefficient and porosity. In the third stage it was observed that the husk is suitable for all types of materials acting as support. It was also found that the slurry can be used with various sculptural processes: modeling, molding using silicone or plaster mold, shuttering, with internal metal frame, and so on. In addition, we have established methods to repair and modify the husk by hand and power tools. In the fourth stage we have found ways to modify the surface of the husk with other minerals that affect the structure: introduction of filing of copper, bronze and iron in the slurry ceramics, different staining procedure in hot or cold, by enamel slip, and so on. In the fifth stage sculptures were made using the methods established in the previous stages, to verify this hypothesis. The sixth stage, which is annexed, contains a new method to process the ceramic shell as a mold in casting that emerged from the proven methods in the investigation.

Lifelong dynamics of human CD4+CD25+ regulatory T cells: insights from in vivo data and mathematical modeling.

Despite their limited proliferation capacity, regulatory T cells (T(regs)) constitute a population maintained over the entire lifetime of a human organism. The means by which T(regs) sustain a stable pool in vivo are controversial. Using a mathematical model, we address this issue by evaluating several biological scenarios of the origins and the proliferation capacity of two subsets of T(regs): precursor CD4(+)CD25(+)CD45RO(-) and mature CD4(+)CD25(+)CD45RO(+) cells. The lifelong dynamics of T(regs) are described by a set of ordinary differential equations, driven by a stochastic process representing the major immune reactions involving these cells. The model dynamics are validated using data from human donors of different ages. Analysis of the data led to the identification of two properties of the dynamics: (1) the equilibrium in the CD4(+)CD25(+)FoxP3(+)T(regs) population is maintained over both precursor and mature T(regs) pools together, and (2) the ratio between precursor and mature T(regs) is inverted in the early years of adulthood. Then, using the model, we identified three biologically relevant scenarios that have the above properties: (1) the unique source of mature T(regs) is the antigen-driven differentiation of precursors that acquire the mature profile in the periphery and the proliferation of T(regs) is essential for the development and the maintenance of the pool; there exist other sources of mature T(regs), such as (2) a homeostatic density-dependent regulation or (3) thymus- or effector-derived T(regs), and in both cases, antigen-induced proliferation is not necessary for the development of a stable pool of T(regs). This is the first time that a mathematical model built to describe the in vivo dynamics of regulatory T cells is validated using human data. The application of this model provides an invaluable tool in estimating the amount of regulatory T cells as a function of time in the blood of patients that received a solid organ transplant or are suffering from an autoimmune disease.

Síntesi de nous catecols amb aplicació en materials adhesius bioinspirats

En el nostre grup de recerca i en col·laboració amb el doctor Daniel Ruiz-Molina del Centre d’Investigació en Nanociència i Nanotecnologia (CIN2) d’aquest campus universitari, hem iniciat un projecte que es planteja aconseguir biomimetitzar certes proteïnes adhesives de mol·luscs, l’adherència de les quals es deu a la presència de la funcionalitat catecol. L’objectiu és poder desenvolupar nous materials adhesius basats en aquesta funcionalitat, per tant, és necessari posar a punt protocols sintètics per a l’obtenció de compostos tipus catecol convenientment substituïts. Concretament, en el present treball s’ha aconseguit la síntesi del nou catecol 10, que incorpora en la seva estructura una cadena alquílica acabada en la funcionalitat tiol, amb la finalitat de desenvolupar, més endavant, superfícies o nanopartícules d’or adhesives. En el transcurs d’aquest treball s’ha sintetitzat 4-(6’-mercaptohexil)catecol 10 en una síntesi de tipus convergent l’etapa clau de la qual és una reacció de Wittig entre la sal de fosfoni 11 i l’aldehid 20. La síntesi desenvolupada consta de 9 etapes i s’ha obtingut un rendiment global del 2%.

Mathematical modeling and analysis of the interaction of populations of bacteria and bacteriophages within chicken intestine

Vegeu el resum a l'inici del document de l'arxiu adjunt

Nanopartícules metàl·liques estabilitzades en materials híbrids orgànico-inorgànics. Aplicacions en catàlisi

En el present treball de recerca s’ha reproduït la síntesi de nanopartícules de Rh i Ru estabilitzades en el material híbrid orgànico-inorgànic altament fluorat i s’han realitzat estudis de l’activitat catalítica en les reaccions d’hidrogenacions d’arens i hidròlisi de nitrils respectivament. S’han sintetitzat per primera vegada nanopartícules d’Ir i Os estabilitzades per el material. S’ha assajat l’activitat catàlitica de les nanopartícules d’Ir en la reacció d’alquilació d’amines amb alcohols i la de les nanopartícules d’Os en l’oxidació aeròbica de l’alcohol benzílic i de l’estirè. S’ha sintetitzat un nou monòmer, que mitjançant processos sol-gel ha donat lloc a diversos materials híbrids orgànico-inorgànics i s’han sintetitzat nanopartícules d’Au estabilitzades.