Data size sufficiency analyses of haplotype inference algortihms

We present experimental and theoretical analyses of data requirements for haplotype inference algorithms. Our experiments include a broad range of problem sizes under two standard models of tree distribution and were designed to yield statistically robust results despite the size of the sample space. Our results validate Gusfield's conjecture that a population size of n log n is required to give (with high probability) sufficient information to deduce the n haplotypes and their complete evolutionary history. The experimental results inspired our experimental finding with theoretical bounds on the population size. We also analyze the population size required to deduce some fixed fraction of the evolutionary history of a set of n haplotypes and establish linear bounds on the required sample size. These linear bounds are also shown theoretically.

MB-MDR: Model-Based Multifactor Dimensionality Reduction for detecting interactions in high-dimensional genomic data

L’anàlisi de l’efecte dels gens i els factors ambientals en el desenvolupament de malalties complexes és un gran repte estadístic i computacional. Entre les diverses metodologies de mineria de dades que s’han proposat per a l’anàlisi d’interaccions una de les més populars és el mètode Multifactor Dimensionality Reduction, MDR, (Ritchie i al. 2001). L’estratègia d’aquest mètode és reduir la dimensió multifactorial a u mitjançant l’agrupació dels diferents genotips en dos grups de risc: alt i baix. Tot i la seva utilitat demostrada, el mètode MDR té alguns inconvenients entre els quals l’agrupació excessiva de genotips pot fer que algunes interaccions importants no siguin detectades i que no permet ajustar per efectes principals ni per variables confusores. En aquest article il•lustrem les limitacions de l’estratègia MDR i d’altres aproximacions no paramètriques i demostrem la conveniència d’utilitzar metodologies parametriques per analitzar interaccions en estudis cas-control on es requereix l’ajust per variables confusores i per efectes principals. Proposem una nova metodologia, una versió paramètrica del mètode MDR, que anomenem Model-Based Multifactor Dimensionality Reduction (MB-MDR). La metodologia proposada té com a objectiu la identificació de genotips específics que estiguin associats a la malaltia i permet ajustar per efectes marginals i variables confusores. La nova metodologia s’il•lustra amb dades de l’Estudi Espanyol de Cancer de Bufeta.

New morphological data on Opecoeloides pedicathedrae Travassos, Freitas & Buhrnheim, 1966 (Digenea: Opecoelidae)

New morphological data on the ventral sucker of Opecoeloides pedicathedrae with ten papilliform processes, original figures and measurementes, are reported.

Portal web inmobiliario

Aquest projecte neix d'una demanda real d'una empresa del sector immobiliari, amb la finalitat d'actualitzar i augmentar les funcionalitats que presenta la web d'aquesta, s'ha implementat un aplicatiu que satisfà tant a l'empresa com als seus clients potencials. S'ha elaborat una completa documentació que inclou una memòria on es descriuen detalladament totes les etapes seguides en el desenvolupament del projecte, un manual d'usuari documentat gràficament, una valoració econòmica del projecte i una descripció de cadascun dels scripts utilitzats per facilitar el manteniment de l'aplicació.

Influenza surveillance using data from a telemedicine centre.

OBJECTIVES: This study aimed at investigating whether data from medical teleconsultations may contribute to influenza surveillance. METHODS: International Classification of Primary Care 2nd Edition (ICPC-2) codes were used to analyse the proportion of teleconsultations due to influenza-related symptoms. Results were compared with the weekly Swiss Sentinel reports. RESULTS: When using the ICPC-2 code for fever we could reproduce the seasonal influenza peaks of the winter seasons 07/08, 08/09 and 09/10 as depicted by the Sentinel data. For the pandemic influenza 09/10, we detected a much higher first peak in summer 2009 which correlated with a potential underreporting in the Sentinel system. CONCLUSIONS: ICPC-2 data from medical teleconsultations allows influenza surveillance in real time and correlates very well with the Swiss Sentinel system.

Example of Data Telemetry for Biomedical Applications: An In Vivo Experiment

This letter describes a data telemetry biomedical experiment. An implant, consisting of a biometric data sensor, electronics, an antenna, and a biocompatible capsule, is described. All the elements were co-designed in order to maximize the transmission distance. The device was implanted in a pig for an in vivo experiment of temperature monitoring.

Control de entrenamientos para deportistas de alto nivel: portal web

Aquesta memòria tracta sobre el desenvolupament d’una aplicació en un portal web, la qual ha de ser un suport per a que els entrenadors puguin controlar i analitzar els entrenaments de cada un dels seus esportistes, sense la necessitat de tenir que perdre molt de temps en la captació, transmissió i processament de la informació resultant de realitzar un entrenament. Aquesta aplicació neix amb la intenció de ser una eina útil tant per entrenadors, metges i esportistes, en l’obtenció dels objectius fixats.

La biblioteca recombinada: portals i persones

Aquest article explora el disseny i l'ús dels portals en un entorn bibliotecari. Tracta les motivacions per construir portals, així com l'estructura i la tipologia d'aquests. A més, examina l'entorn de l'usuari en què es desenvolupen aquests portals. També argumenta que aporten serveis útils d'integració i presentació, però que s'han de considerar com a component d'un conjunt de serveis més ampli que la biblioteca està construint per tal d'introduir aquests recursos útils als usuaris. Així mateix, considera breument els serveis que els portals ofereixen: consulta distribuïda o metacerca, personalització, demandes, resolució OpenURL, avisos, etc. També considera l'emergent necessitat de serveis de directori o de registre per a coses com la descripció de col·leccions i serveis, dades de drets i polítiques, etc. Tracta l'impacte dels serveis web i el canvi en els models d'investigació i aprenentatge en relació al subministrament i ús d'informació en xarxa. Finalment, considera els serveis bibliotecaris com a part d'un entorn de sistemes, cada vegada més ric, que inclou els sistemes de gestió d'aprenentatge i de programari educatiu, portals de campus, serveis compartits com l'autenticació, i altres sistemes i serveis.

Addressing Sea Surface Salinity retrieval at different spatial resolution. Feasibility study using OCCAM data within SEPS simulator and L2 processor tools

Projecte de recerca elaborat a partir d’una estada a la National Oceanography Centre of Southampton (NOCS), Gran Bretanya, entre maig i juliol del 2006. La possibilitat d’obtenir una estimació precissa de la salinitat marina (SSS) és important per a investigar i predir l’extensió del fenòmen del canvi climàtic. La missió Soil Moisture and Ocean Salinity (SMOS) va ser seleccionada per l’Agència Espacial Europea (ESA) per a obtenir mapes de salinitat de la superfície marina a escala global i amb un temps de revisita petit. Abans del llençament de SMOS es preveu l’anàlisi de la variabilitat horitzontal de la SSS i del potencial de les dades recuperades a partir de mesures de SMOS per a reproduir comportaments oceanogràfics coneguts. L’objectiu de tot plegat és emplenar el buit existent entre les fonts de dades d’entrada/auxiliars fiables i les eines desenvolupades per a simular i processar les dades adquirides segons la configuració de SMOS. El SMOS End-to-end Performance Simulator (SEPS) és un simulador adhoc desenvolupat per la Universitat Politècnica de Catalunya (UPC) per a generar dades segons la configuració de SMOS. Es va utilitzar dades d’entrada a SEPS procedents del projecte Ocean Circulation and Climate Advanced Modeling (OCCAM), utilitzat al NOCS, a diferents resolucions espacials. Modificant SEPS per a poder fer servir com a entrada les dades OCCAM es van obtenir dades de temperatura de brillantor simulades durant un mes amb diferents observacions ascendents que cobrien la zona seleccionada. Les tasques realitzades durant l’estada a NOCS tenien la finalitat de proporcionar una tècnica fiable per a realitzar la calibració externa i per tant cancel•lar el bias, una metodologia per a promitjar temporalment les diferents adquisicions durant les observacions ascendents, i determinar la millor configuració de la funció de cost abans d’explotar i investigar les posibiltats de les dades SEPS/OCCAM per a derivar la SSS recuperada amb patrons d’alta resolució.

Toward interoperable bioscience data.

To make full use of research data, the bioscience community needs to adopt technologies and reward mechanisms that support interoperability and promote the growth of an open 'data commoning' culture. Here we describe the prerequisites for data commoning and present an established and growing ecosystem of solutions using the shared 'Investigation-Study-Assay' framework to support that vision.

Aplicaciones Single Program Multiple Data (SPMD) en ambientes distribuidos

Un reto al ejecutar las aplicaciones en un cluster es lograr mejorar las prestaciones utilizando los recursos de manera eficiente, y este reto es mayor al utilizar un ambiente distribuido. Teniendo en cuenta este reto, se proponen un conjunto de reglas para realizar el cómputo en cada uno de los nodos, basado en el análisis de cómputo y comunicaciones de las aplicaciones, se analiza un esquema de mapping de celdas y un método para planificar el orden de ejecución, tomando en consideración la ejecución por prioridad, donde las celdas de fronteras tienen una mayor prioridad con respecto a las celdas internas. En la experimentación se muestra el solapamiento del computo interno con las comunicaciones de las celdas fronteras, obteniendo resultados donde el Speedup aumenta y los niveles de eficiencia se mantienen por encima de un 85%, finalmente se obtiene ganancias de los tiempos de ejecución, concluyendo que si se puede diseñar un esquemas de solapamiento que permita que la ejecución de las aplicaciones SPMD en un cluster se hagan de forma eficiente.

Effects of precocene and azadirachtin in Rhodnius prolixus: some data on development and reproduction

The results presented in this paper clearly indicate that precocene and azadirachtin are effective inhibitors of moulting and reproduction in the hemipteran Rhodnius prolixus. The time of application is important and only applications of these substances early in the intermoulting period cause their effects in nymphs. The inhibition of moulting is fully reversed by ecdysone therapy. Precocene and azadirachtin also affected drastically the oogenesis and egg deposition in this insect. Precocene-induced sterilization is reversed by application of juvenile hormone III. However, this hormone is unable to reverse the effect of azadirachtin on reproduction. Ecdysteroid titers in nymphs and adult females are decreased by these treatments. In vitro analysis suggest that precocene and azadirachtin may act directly on the prothoracic glands and ovaries producing ecdysteroids. Based on these and other findings the possible mode of action of these compounds on the development and reproduction of Rhodnius prolixus is discussed.

Cell-matrix interactions in Schistosomal portal fibrosis: a dynamic event

In recent years, one of the most significant progress in the understanding of liver diseases was the demonstration that liver fibrosis is a dynamic process resulting from a balance between synthesis and degradation of several matrix components, collagen in particular. Thus, fibrosis has been found to be a very early event during liver diseases, be it of toxic, viral or parasitic origin, and to be spontaneously reversible, either partially or totally. In liver fibrosis cell matrix interactions are dependent on the existence of the many factors (sometimes acting in combination) which produce the same events at the cellular and molecular levels. These events are: (i) the recruitment of fiber-producing cells, (ii) their proliferation, (iii) the secretion of matrix constituents of the extracellular matrix, and (iv) the remodeling and degradation of the newly formed matrix. All these events represent, at least in principle, a target for a therapeutic intervention aimed at influencing the experimentally induced hepatic fibrosis. In this context, hepatosplenic schistosomiasis is of particular interest, being an immune cell-mediated granulomatous disease and a model of liver fibrosis allowing extensive studies in human and animals as well as providing original in vitro models.