A comparison of four DNA extraction protocols for the analysis of urine from patients with visceral leishmaniasis

Introduction Polymerase chain reaction (PCR) may offer an alternative diagnostic option when clinical signs and symptoms suggest visceral leishmaniasis (VL) but microscopic scanning and serological tests provide negative results. PCR using urine is sensitive enough to diagnose human visceral leishmaniasis (VL). However, DNA quality is a crucial factor for successful amplification. Methods A comparative performance evaluation of DNA extraction methods from the urine of patients with VL using two commercially available extraction kits and two phenol-chloroform protocols was conducted to determine which method produces the highest quality DNA suitable for PCR amplification, as well as the most sensitive, fast and inexpensive method. All commercially available kits were able to shorten the duration of DNA extraction. Results With regard to detection limits, both phenol: chloroform extraction and the QIAamp DNA Mini Kit provided good results (0.1 pg of DNA) for the extraction of DNA from a parasite smaller than Leishmania (Leishmania) infantum (< 100fg of DNA). However, among 11 urine samples from subjects with VL, better performance was achieved with the phenol:chloroform method (8/11) relative to the QIAamp DNA Mini Kit (4/11), with a greater number of positive samples detected at a lower cost using PCR. Conclusion Our results demonstrate that phenol:chloroform with an ethanol precipitation prior to extraction is the most efficient method in terms of yield and cost, using urine as a non-invasive source of DNA and providing an alternative diagnostic method at a low cost.

Modelo de estrutura organizacional baseado nos princípios do pensamento Lean

No caminho da competitividade, a gestão das Organizações tornou-se cada vez mais complexa. Como observaremos ao longo do trabalho, a complexidade resulta da realidade interna das Organizações mas, acima de tudo, do ambiente organizacional que condiciona fortemente a realidade interna. Para responder às diferentes solicitações, requisitos e pressões concorrenciais a integração tem-se mostrado uma vantagem competitiva para as Organizações que nesta ferramenta têm apostado, obtendo melhores resultados de produtividade e de motivação dos recursos humanos. Paralelamente à continua integração de diferentes aspectos, as Organizações têm procurado concentrar-se no seu core business e passar para outsourcing as actividades de apoio à sua missão, visando “emagrecer” a Organização mas mantendo ou melhorando os rácios de eficácia e eficiência. Para tanto, há que actuar sobre a Estrutura Organizacional concebendo uma gestão integrada de todas as actividades de suporte, visando libertar recursos para o cumprimento da missão da Organização. O presente trabalho visa apresentar uma Estrutura Organizacional que, assentando na Logística Estratégica e considerando os princípios do Pensamento Magro, permitirá a integração dos processos de suporte e a clarificação dos processos da missão, logo da competitividade da Organização. A análise detalhada das diferentes estruturas organizacionais conhecidas e normalmente implementadas nas Organizações, permitiu perceber que estas estruturas precisam de evoluir por forma a permitirem uma melhor resposta aos ambientes organizacionais mais turbulentos e complexos. Como resultante conceptual do presente trabalho alcançámos a Estrutura Organizacional Lean (EOL) com vantagens potenciais significativas nomeadamente ao nível da redução dos desperdícios organizacionais e da agilidade organizacional, sendo possível esperar um melhor desempenho organizacional. Para o desenvolvimento do trabalho recorremos à Soft Systems Methodology (SSM), aplicando, de forma simulada, o modelo numa empresa referência no mercado e avaliando o desempenho estimado com a aplicação do modelo à realidade organizacional em questão. Os resultados obtidos podem ser considerados muito interessantes segundo as vertentes da Eficácia, Eficiência, Efectividade, Ética e Elegância (5E’s).

Teste de um modelo preditor de satisfação com a vida em adultos idosos

Dissertação de Mestrado apresentada ao ISPA - Instituto Universitário

Teste de um modelo preditor da integridade

Dissertação de Mestrado apresentada ao ISPA - Instituto Universitário

Avaliação da sustentabilidade corporativa: estudo das relações híbridas pelo modelo do Hybrid Bottom Line

A presente tese reflete sobre os temas do desenvolvimento sustentável, da sustentabilidade corporativa, da responsabilidade social corporativa e das dimensões do Triple Bottom Line. O principal objetivo do nosso trabalho é contribuir para o conhecimento das relações que se estabelecem nas interseções entre a dimensão económica, social e ambiental da sustentabilidade corporativa, aqui designadas de relações híbridas. Neste sentido, desenvolveu-se um enquadramento teórico que fundamenta o modelo proposto, designado por Hybrid Bottom Line. De acordo com este enquadramento procurou-se conceber uma metodologia que permitisse analisar como é que estas relações de interseção entre economia-ambiente e economia-social se verificam e de que forma os seus resultados podem beneficiar a compreensão, avaliação e melhorias no entendimento da sustentabilidade corporativa, bem como possibilitar uma análise dirigida a fatores recombinantes específicos. Em complemento, foi desenvolvida uma proposta que permite posicionar o esforço desenvolvido pela empresa no âmbito da sustentabilidade e desta forma tipificar as suas ações. Nesta tese a abordagem empírica recaiu na análise dos relatórios de sustentabilidade publicados pelas empresas e baseados nas diretivas de relato propostas pelo Global Reporting Initiative. A amostra para o estudo abrangeu um total de 85 empresas de diferentes dimensões de 36 sectores económicos e representando 36 países de 5 continentes. A análise dos resultados foi feita utilizando diversos métodos de análise de dados (de frequência e de conteúdo) e análises estatísticas (análise de contingência, variância e de correspondências múltiplas) que permitiram observar as relações entre as dimensões do Triple Bottom Line, dando lugar à construção de uma matriz de relações híbridas. Seguidamente foi realizada uma análise longitudinal de uma das empresas da amostra tendo como referência a matriz híbrida obtida, assim como a tipificação da empresa no âmbito da sustentabilidade. Os resultados alcançados nas diferentes fases indicam que o enquadramento teórico que foi utilizado é útil para a análise das interseções entre as dimensões e permite uma avaliação dirigida a fatos ocorridos entre pares dimensionais, bem como projetar análises e posicionamentos futuros. Os resultados obtidos sugerem que a proposta apresentada é útil e deverá ser utilizada e desenvolvida noutros contextos. Esta tese contribui para a ideia de que a responsabilidade corporativa não deve ser só vista e operacionalizada como uma realidade de dimensões segmentadas mas também deve ser observada como um conjunto possível de interações que se manifestam nas interseções das suas diferentes dimensões.

Integração de energias renováveis num modelo de edifício de Balanço Energético Quase Zero (NZEB)

Neste estudo aborda-se o novo conceito dos edifícios com necessidades quase nulas de energia (Nearly Zero Energy Buildings, NZEB) no parque edificado Europeu, nomeadamente os edifícios de habitação que serão construídos a partir de 2020. Estes edifícios terão que respeitar os requisitos mínimos de eficiência energética de modo a reduzir a dependência dos combustíveis fósseis que tem vindo a aumentar significativamente ao longo dos últimos anos. Ao longo deste trabalho foi modelado e dimensionado um edifício de habitação unifamiliar situado na zona de Lisboa e recorreu-se a técnicas e estratégias que aumentam a eficiência energética do mesmo. Este dimensionamento foi feito recorrendo ao software DesignBuilder, tendo sido em seguida efetuada uma análise energética, com recurso ao software EnergyPlus. Posteriormente à análise estar feita, realizou-se um estudo utilizando o software SolTerm para se integrar sistemas de produção de energia renovável no edifício, de modo a tentar suprir as necessidades energéticas do edifício no que se refere a aquecimento ambiente, águas quentes sanitárias (AQS) e necessidades elétricas. Para suprir as necessidades de arrefecimento e aquecimento que o sistema solar térmico não tem capacidade de suprir foi introduzida uma bomba de calor, reduzindo assim o consumo elétrico tornando o edifício mais sustentável. Já para produção de energia elétrica foi inserido um sistema solar fotovoltaico. Foi avaliada também nesta fase a relação custo-benefício da aplicação de cada um destes sistemas, de modo a escolher aquele que maximiza o suprimento das necessidades e que ao mesmo tempo é economicamente viável. Por último foi realizada uma análise crítica aos resultados obtidos e é feito o enquadramento com o que é pretendido num edifício NZEB.

Detection of Leishmania (Viannia) DNA in leucocytes from the blood of patients with cutaneous leishmaniasis

ABSTRACTINTRODUCTION:Cutaneous leishmaniasis (CL) is a serious and global public health issue, with the potential of developing a mucosal form, occurring as subclinical cases, and showing recurrence despite previous treatment.METHODS:Polymorphonuclear and mononuclear DNA obtained from 49 patients was subjected to polymerase chain reaction for detection of Leishmania (Viannia).RESULTS:DNA was detected in mononuclear cells from two patients with active primary lesions positive for CL, with infection periods of 3 and 6 months, respectively.CONCLUSIONS:The DNA of Leishmania (Viannia) indicates probable parasite dissemination possibly explaining subclinical case emergence, lesion recurrence, and mucosal lesion appearance.

O poder dos media sociais no modelo de comunicação da World Cruising Club

O presente relatório descreve o trabalho desenvolvido durante o estágio na WCC (World Cruising Club), no departamento de Rally Control, que acompanha os diversos eventos da agência. Os serviços da empresa oferecem uma série de regatas à volta do mundo que dão, a quem participa, uma oportunidade de turismo diferente que inclui navegar, conhecer novos povos, países e culturas assim como muita diversão. O departamento do qual fiz parte, para além de toda organização do evento em cada destino visitado, desenvolve ainda projetos na área dos novos media com o intuito, não só, da promoção da empresa, mas também de mostrar às família e amigos dos participantes, que se encontram longe, onde os mesmos se encontram, as diferentes atividades e descobertas feitas em cada destino visitado. Procurou-se compreender quais as melhores estratégias de comunicação para a promoção desta empresa através dos novos meios de comunicação, recorrendo a conceitos do marketing digital, nomeadamente a promoção a partir das plataformas Facebook e Twitter.

Single-tube nested PCR assay with in-house DNA extraction for Mycobacterium tuberculosis detection in blood and urine

Abstract: INTRODUCTION : Molecular analyses are auxiliary tools for detecting Koch's bacilli in clinical specimens from patients with suspected tuberculosis (TB). However, there are still no efficient diagnostic tests that combine high sensitivity and specificity and yield rapid results in the detection of TB. This study evaluated single-tube nested polymerase chain reaction (STNPCR) as a molecular diagnostic test with low risk of cross contamination for detecting Mycobacterium tuberculosis in clinical samples. METHODS: Mycobacterium tuberculosis deoxyribonucleic acid (DNA) was detected in blood and urine samples by STNPCR followed by agarose gel electrophoresis. In this system, reaction tubes were not opened between the two stages of PCR (simple and nested). RESULTS: STNPCR demonstrated good accuracy in clinical samples with no cross contamination between microtubes. Sensitivity in blood and urine, analyzed in parallel, was 35%-62% for pulmonary and 41%-72% for extrapulmonary TB. The specificity of STNPCR was 100% in most analyses, depending on the type of clinical sample (blood or urine) and clinical form of disease (pulmonary or extrapulmonary). CONCLUSIONS: STNPCR was effective in detecting TB, especially the extrapulmonary form for which sensitivity was higher, and had the advantage of less invasive sample collection from patients for whom a spontaneous sputum sample was unavailable. With low risk of cross contamination, the STNPCR can be used as an adjunct to conventional methods for diagnosing TB.

Extraction of Trypanosoma cruzi DNA from food: a contribution to the elucidation of acute Chagas disease outbreaks

Abstract: INTRODUCTION: Before 2004, the occurrence of acute Chagas disease (ACD) by oral transmission associated with food was scarcely known or investigated. Originally sporadic and circumstantial, ACD occurrences have now become frequent in the Amazon region, with recently related outbreaks spreading to several Brazilian states. These cases are associated with the consumption of açai juice by waste reservoir animals or insect vectors infected with Trypanosoma cruzi in endemic areas. Although guidelines for processing the fruit to minimize contamination through microorganisms and parasites exist, açai-based products must be assessed for quality, for which the demand for appropriate methodologies must be met. METHODS: Dilutions ranging from 5 to 1,000 T. cruzi CL Brener cells were mixed with 2mL of acai juice. Four Extraction of T. cruzi DNA methods were used on the fruit, and the cetyltrimethyl ammonium bromide (CTAB) method was selected according to JRC, 2005. RESULTS: DNA extraction by the CTAB method yielded satisfactory results with regard to purity and concentration for use in PCR. Overall, the methods employed proved that not only extraction efficiency but also high sensitivity in amplification was important. CONCLUSIONS: The method for T. cruzi detection in food is a powerful tool in the epidemiological investigation of outbreaks as it turns epidemiological evidence into supporting data that serve to confirm T. cruzi infection in the foods. It also facilitates food quality control and assessment of good manufacturing practices involving acai-based products.

Desenvolvimento do modelo para avaliação de parâmetros hemodinâmicos do sistema mãe-placenta

Uma das principais causas de mortalidade durante a gravidez está relacionada com variações na pressão arterial materna, tal como a pré-eclâmpsia. Esta dissertação surgiu da necessidade de compreender o que provoca alterações na pressão arterial, a sua relação com o fluxo e velocidade e os efeitos nas artérias uterinas. De forma a perceber os efeitos da pressão no fluxo sanguíneo, modelou-se o sistema arterial materno, desde a aorta até às artérias uterinas, numa ferramenta de desenho tridimensional. Neste modelo foi aplicado um método de cálculo utilizando uma ferramenta de dinâmica de fluídos computacional, no qual se simulou o fluxo sanguíneo. Utilizaram-se como parâmetros de entrada, na aorta ascendente, uma função de velocidade e um valor saudável de pressão arterial central, e como parâmetro de saída introduziram-se vários valores de pressão arterial periférica normal e típicos de situações patofisiológicas, tais como hipertensão e pré-eclâmpsia. Obtiveram-se diagramas de velocidade, pressão e tensão de corte ao longo de todo o modelo arterial. Em cada saída do modelo, obtiveram-se os valores de fluxo calculados automaticamente, para cada pressão de saída introduzida. Alguns dos valores de fluxo obtidos foram comparados com valores existentes na literatura, de forma a avaliar a eficácia do modelo desenhado, concluindo-se que este produzia valores próximos dos reais. Desta forma efectuaram-se várias simulações, através das quais se percebeu que aumentando a pressão nas artérias uterinas, e mantendo constante a pressão de entrada, o fluxo de saída também aumenta.

Modelo hidrogeológico e rede de monitorização da água subterrânea na Zona Industrial e Logística de Sines (ZILS)

Na Zona Industrial e Logística de Sines (ZILS) estão instaladas empresas e indústrias que interferem na quantidade e qualidade da água subterrânea de aquíferos da região. Estas utilizam e libertam poluentes que, consequentemente, quando não cumpridas as normas de segurança, podem causar impactes no ambiente. A ZILS situa-se no Sistema Aquífero de Sines, na Massa de Água 032-Sines, este é constituído por dois aquíferos, um superficial detrítico livre e outro carbonatado profundo confinado. Apesar de se encontrarem separados em grande parte da sua extensão, na região sul, estes aquíferos encontram-se em conexão hidráulica. Esta ocorre a este da falha da Maria das Moitas onde, a partir da qual e até ao limite com o Paleozóico, não foi reconhecida a unidade argilosa do Miocénico, aumentado assim a vulnerabilidade do sistema e a pertinente otimização da rede de monitorização. Para a realização de um estudo mais aprofundado e avaliação dos efeitos sobre as águas subterrâneas na área de estudo, definiu-se uma metodologia de trabalho que engloba 4 etapas: (i) revisão bibliográfica; (ii) recolha de dados geológicos e hidrogeológicos dos arquivos da aicep Global Parques, S.A., SNIRH e LNEG; (iii) tratamento e análise dos dados obtidos em ArcGIS e traçado de perfis geológicos interpretativos; (iv) realização do modelo geológico e hidrogeológico e respetiva adequação da rede de monitorização. O modelo hidrogeológico concebido mostra que o escoamento no Sistema Aquífero de Sines se processa, predominantemente, de E para W a partir do limite situado no contacto por falha entre as unidades do Paleozóico e Meso-Cenozóico com orientação, quase perpendicular, à ribeira dos Moinhos. A este deste alinhamento é assinalada a presença de um aquífero fissurado sob as areias do Plio-Plistocénico localizado na Formação de Mira. O escoamento neste aquífero faz-se de NE para SW, em direção ao oceano, para a praia de S. Torpes.

Aplicação do modelo HDM-4 na previsão do IRI para pavimentos rodoviários da rede nacional

Os modelos de previsão da degradação dos pavimentos são um elemento-chave para os sistemas de gestão dos pavimentos sendo utilizados para prever a evolução das suas condições de circulação. O presente trabalho tem como objetivo estabelecer um modelo de previsão da evolução do indice de irregularidade longitudinal (IRI), principal indicador da qualidade funcional de um pavimento. Para tal, foram utilizados dados da base de dados da empresa Infraestrutruras de Portugal (IP). Esta mantém um programa de monitorização da rede com o objetivo de controlar a qualidade de serviço e gerir de forma consciente os recursos disponíveis. O modelo HDM-4 foi implementado em código do programa Matlab com o objetivo de apoiar este estudo. Primeiro, procedeu-se à avaliação da forma com que os parâmetros do modelo HDM-4 atuam sobre o valor do IRI no modelo HDM-4. Posteriormente, procurou-se ajustar os resultados obtidos efetuando calibrações, com o intuito de minimizar o erro entre os valores calculados e os valores medidos pela IP. Concluiu-se que é possível estabelecer modelos com base no modelo HDM-4, em pavimentos flexíveis, ajustados à rede rodoviária nacional. No entanto, para serem incluidos fatores que deveriam ser contabilizados no modelo, deverão ser realizadas algumas alterações na base de dados a utilizar.

Human identification and analysis of DNA in bones

The introduction of molecular biology techniques, especially of DNA analysis, for human identification is a recent advance in legal medicine. Substantial effort has continuously been made in an attempt to identify cadavers and human remains after wars, socio-political problems and mass disasters. In addition, because of the social dynamics of large cities, there are always cases of missing people, as well as unidentified cadavers and human remains that are found. In the last few years, there has also been an increase in requests for exhumation of human remains in order to determine genetic relationships in civil suits and court action. The authors provide an extensive review of the literature regarding the use of this new methodology for human identification of ancient or recent bones.