983 resultados para Clone
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Temporal changes in the prevalence of antigenic variants in Plasmodium falciparum populations have been interpreted as evidence of immune-mediated frequency-dependent selection, but evolutively neutral processes may generate similar patterns of serotype replacement. Over 4 years, we investigated the population dynamics of P. falciparum polymorphisms the community level by using 11 putatively neutral microsatellite markers. Plasmodium falciparum Populations were less diverse than sympatric P. vivax isolates, with less multiple-clone infections, lower number of alleles per locus and lower Virtual heterozygosity, but both species showed significant multilocus linkage disequilibrium. Evolutively neutral P. falciparum polymorphisms showed a high turnover rate, with few lineages persisting for several months in the population. Similar results had previously been obtained, in the same community, for sympatric P. vivax isolates. In contrast, the prevalence of the 2 dimorphic types of a major antigen, MSP-2, remained remarkably stable throughout the Study period. We Suggest that the relatively fast turnover of parasite lineages represents the typical population dynamics of neutral polymorphisms in small populations, with clear implications for the detection of frequency-dependent selection of polymorphisms.
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The population structure of Plasmodium vivax remains elusive. The markers of choice for large-scale population genetic studies of eukaryotes, short tandem repeats known as microsatellites, have been recently reported to be less polymorphic in R vivax. Here we investigate the microsatellite diversity and geographic structure in P vivax, at both local and global levels, using 14 new markers consisting of tri- or tetranucleotide repeats. The local-level analysis, which involved 50 field isolates from Sri Lanka, revealed unexpectedly high diversity (average virtual heterozygosity [H-E], 0.807) and significant multilocus linkage disequilibrium in this region of low malaria endemicity. Multiple-clone infections occurred in 60% of isolates sampled in 2005. The global-level analysis of field isolates or monkey-adapted strains identified 150 unique haplotypes among 164 parasites from four continents. Individual P. vivax isolates could not be unambiguously assigned to geographic populations. For example, we found relatively low divergence among parasites from Central America, Africa, Southeast Asia and Oceania, but substantial differentiation between parasites from the same continent (South Asia and Southeast Asia) or even from the same country (Brazil). Parasite relapses, which may extend the duration of P. vivax carriage in humans, are suggested to facilitate the spread of strains across continents, breaking down any pre-existing geographic structure. (C) 2008 Elsevier B.V. All rights reserved.
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Alkane monooxygenases (Alk) are the key enzymes for alkane degradation. In order to understand the dispersion and diversity of alk genes in Antarctic marine environments, this study analysed by clone libraries the presence and diversity of alk genes (alkB and alkM) in sediments from Admiralty Bay, King George Island, Peninsula Antarctica. The results show a differential distribution of alk genes between the sites, and the predominant presence of new alk genes, mainly in the pristine site. Sequences presented 53.10-69.60% nucleotide identity and 50.90-73.40% amino acid identity to alkB genes described in Silicibacter pomeroyi, Gordonia sp., Prauserella rugosa, Nocardioides sp., Rhodococcus sp., Nocardia farcinica, Pseudomonas putida, Acidisphaera sp., Alcanivorax borkumensis, and alkM described in Acinetobacter sp. This is the first time that the gene alkM was detected and described in Antarctic marine environments. The presence of a range of previously undescribed alk genes indicates the need for further studies in this environment.
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Background and Objective: Although certain serotypes of Aggregatibacter actinomycetemcomitans are associated more with aggressive periodontitis than are other serotypes, the correlation between distinct lineages and virulence traits in this species is poorly understood. This study aimed to evaluate the polymorphism of genes encoding putative virulence factors of clinical isolates, and to correlate these findings with A. actinomycetemcomitans serotypes, genotypes and periodontal status of the hosts. Material and Methods: Twenty-six clinical isolates from diverse geographic populations with different periodontal conditions were evaluated. Genotyping was performed using pulse-field gel electrophoresis. Polymorphisms in the genes encoding leukotoxin, Aae, ApaH and determinants for serotype-specific O polysaccharide were investigated. Results: The isolates were classified into serotypes a-f, and exhibited three apaH genotypes, five aae alleles and 25 macrorestriction profiles. Two serotype b isolates (7.7%), obtained from Brazilian patients with aggressive periodontitis, were associated with the highly leukotoxic genotype; these isolates showed identical fingerprint patterns and aae and apaH genotypes. Serotype c, obtained from various periodontal conditions, was the most prevalent among Brazilian isolates, and isolates were distributed in two aae alleles, but formed a genetically distinct group based on apaH analysis. Cluster analysis showed a close relationship between fingerprinting genotypes and serotypes/apaH genotypes, but not with aae genotypes. Conclusion: Apart from the deletion in the ltx promoter region, no disease-associated markers were identified. Non-JP2-like strains recovered from individuals with periodontal disease exhibited considerable genetic variation regarding aae/apaH genotypes, serotypes and XhoI DNA fingerprints.
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Brazil is a country with continental proportions with high geographic and economic diversity. Despite its medical centers of excellence, antimicrobial resistance poses a major therapeutic challenge. Rates of methicillin-resistant Staphylococcus aureus are up to 60% and are related to an endemic Brazilian clone. Local resistance to vancomycin in Enterococci was first related to Enterococcus faecalis, which differs from European and American epidemiology. Also, local Klebsiella pneumoniae and Escherichia coli isolates producing extended-spectrum beta-lactamases have a much higher prevalence (40%-50% and 10%-18%, respectively). Carbapenem resistance among the enterobacteriaceae group is becoming a major problem, and K. pneumoniae carbapenemase isolates have been reported in different states. Among nonfermenters, carbapenem resistance is strongly related to SPM-1 (Pseudomonasaeruginosa) and OXA-23 (Acinetobacter baumannii complex) enzymes, and a colistin-only susceptible phenotype has also emerged in these isolates, which is worrisome. Local actions without loosing the global resistance perspective will demand multidisciplinary actions, new policies, and political engagement.
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HSP90 proteins are important molecular chaperones involved in multiple cellular processes. This work reports the characterization of cDNAs encoding two distinct HSP90 proteins (named HSP90A and HSP90B) from the chytridiomycete Blastocladiella emersonii. Deduced amino acid sequences of HSP90A and HSP90B exhibit signatures of the cytosolic and endoplasmic reticulum (ER) HSP90 proteins, respectively. A genomic clone encoding HSP90A was also characterized indicating the presence of a single intron of 184 bp interrupting the coding region, located near the amino-terminus of the protein. Expression of both HSP90A and HSP90B genes increases significantly during heat shock at 38 degrees C, with highest induction ratios observed in cells stressed during germination of the fungus. Changes in the amount of HSP90A transcript were also evaluated during B. emersonii life cycle at physiological temperature (27 degrees C), and its levels were found to increase both during germination and sporulation of the fungus. HSP90A protein levels were analyzed during B. emersonii life cycle and significant changes were observed only during sporulation. Furthermore, during heat stress a large increase in the amount of HSP90A protein was observed. Induction of HSP90A and HSP90B genes during heat stress indicates the importance of both genes in the response to high temperature in B. emersonii. (C) 2008 Elsevier B.V. All rights reserved.
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In recent years, it has been observed that software clones and plagiarism are becoming an increased threat for one?s creativity. Clones are the results of copying and using other?s work. According to the Merriam Webster dictionary, A clone is one that appears to be a copy of an original form. It is synonym to duplicate. Clones lead to redundancy of codes, but not all redundant code is a clone.On basis of this background knowledge ,in order to safeguard one?s idea and to avoid intentional code duplication for pretending other?s work as if their owns, software clone detection should be emphasized more. The objective of this paper is to review the methods for clone detection and to apply those methods for finding the extent of plagiarism occurrence among the Swedish Universities in Master level computer science department and to analyze the results.The rest part of the paper, discuss about software plagiarism detection which employs data analysis technique and then statistical analysis of the results.Plagiarism is an act of stealing and passing off the idea?s and words of another person?s as one?s own. Using data analysis technique, samples(Master level computer Science thesis report) were taken from various Swedish universities and processed in Ephorus anti plagiarism software detection. Ephorus gives the percentage of plagiarism for each thesis document, from this results statistical analysis were carried out using Minitab Software.The results gives a very low percentage of Plagiarism extent among the Swedish universities, which concludes that Plagiarism is not a threat to Sweden?s standard of education in computer science.This paper is based on data analysis, intelligence techniques, EPHORUS software plagiarism detection tool and MINITAB statistical software analysis.
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The AFN1 gene is transiently expressed in germinating oat grains. As AFN1 is not expressed in dormant oat grains during imbibition, we hypothesize that AFN1 may be involved in stimulating the germination process. Sequence analysis of an AFN1 cDNA clone indicates that the AFN1 polypeptide is similar to a previously identified abscisic acid (ABA) glucosyl transferase. This suggests that AFN1 may be acting to glucosylate ABA, thereby inactivating it. As the hormone ABA is known to inhibit germination, ABA glucosylation/inactivation could lead to germination in grains expressing AFN1. To test this hypothesis, we have constructed an expression plasmid that encodes an MBP::AFN1 (maltose binding protein) fusion protein. E. coli cells carrying the expression plasmid were found to produce the MBP::AFN1 fusion protein as a substantial fraction of total protein. We are currently in the process of purifying the MBP::AFN1 fusion protein by affinity chromatography, so that it can be assayed for ABA glucosyl transferase activity. We also wish to test the effect of AFN1 gene expression during grain imbibition on the germination behavior of the grains. To this end, we have constructed plasmids for the overexpression and RNAi-based suppression of AFN1 in transgenic plants. These plasmids have been introduced into oat cells by particle bombardment and we are in the process of regenerating transgenic plants for study.
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Plantas de batata (Solanum tuberosum L.) com sintomas de murcha bacteriana (MB) foram coletadas em 25 lavouras de 10 municpios de quatro regies produtoras do Rio Grande do Sul (RS), de setembro a dezembro de 1999. Quatrocentos e noventa isolados de Ralstonia solanacearum foram obtidos e 96 e 4% identificados como biovares 1 e 2, respectivamente. A anlise dos resultados da PCR-ERIC e BOX de 13 estirpes da biovar 1 e 72 da biovar 2 demonstrou baixa variabilidade gentica. Atravs de RAPD foi possvel associar local de origem do isolado com perfil eletrofortico. Em outro experimento avaliou-se o comportamento de 14 cultivares e clones de batata cultivados nos perodos das safras de primavera de 1999 e 2000, em uma rea naturalmente infestada com a biovar 2, em Caxias do Sul, RS. O nmero de plantas com sintomas foi registrado semanalmente. Os tubrculos produzidos por plantas assintomticas foram coletados e submetidos a testes para detectar a presena de R. solanacearum. A rea sob a curva de progresso da doena foi utilizada para comparar a resistncia dos gentipos de batata MB e o modelo logstico foi o que melhor se ajustou. A cultivar cruza 148 e o clone MB 03 mostraram-se como os mais resistentes, apresentando, no entanto, tubrculos com infeces latentes. As implicaes da incidncia de R. solanacearum em lavouras de batata e de sua variabilidade gentica, assim como da resistncia dos gentipos acompanhada de infeces latentes, no manejo integrado da MB no RS foram discutidas.
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O carrapato Boophilus microplus um ectoparasita hematfago de bovino que causa srias perdas econmicas. Estudos para o desenvolvimento de formas alternativas de controle do carrapato tem sido realizados para diminuir ou substituir a aplicao de agentes qumicos, que contaminam o ambiente, os derivados da carne, alm dos problemas de resistncia das geraes de carrapatos aos acaricidas. As vacinas so uma forma alternativa de controle do carrapato. As enzimas glutationa S-transferase (GSTs) so alvo potencial para interveno imunolgica contra alguns parasitas. Este trabalho teve como objetivo isolar e caracterizar parcialmente um cDNA de B. microplus similar a GST da classe Mu. O clone SG2 foi isolado dentre aproximadamente 8 x 103 pfu de fagos recombinantes de uma biblioteca de cDNA de glndula salivar de partengina, sondada com anti-soro de coelho contra glndula salivar. O clone SG2 contendo um inserto de 864 pb teve sua seqncia determinada e a fase de leitura aberta corresponde a 220 amino cidos. A anlise desta seqncia indicou que o gene clonado codifica uma GST de B. microplus (BmGST) com um motivo altamente conservado entre os resduos 60 e 68 que compreende o stio de ligao a glutationa (GSH) e outro motivo SLAILRYL, centrado no resduo 78 da seqncia. No alinhamento mltiplo da AgSG2 com outras GSTs foi observada uma similaridade de at 41% com GSTs da classe Mu de outros organismos e inclusive com outra GST da classe Mu isolada de larva de B. microplus (HE et al., 1999). A protena recombinante AgSG2 purificada apresentou atividade enzimtica contra o substrato cromognico CDNB. Ensaios de atividade enzimtica com extratos de tecidos, secrees e excrees foram realizados para verificar a presena de GST. Ensaios de RT-PCR com tecidos de B. microplus indicaram que os stios de sntese de BmGST so glndulas salivares e intestino de partengina e telegina.
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INTRODUO: No mundo ocidental, a prevalncia de adenocarcinoma da juno esofagogstrica vem crescendo nas ltimas dcadas. Atualmente, aceito que o adenocarcinoma do esfago se desenvolve de uma leso pr-maligna: esfago de Barrett. Este carcinoma de difcil diagnstico nos seus estgios iniciais, o que resulta em uma mortalidade significativa. O estudo da biologia molecular tem demonstrado que grande parte dos tumores malignos tem origem na interao entre o componente hereditrio e influncias externas, que em indivduos predispostos podem ocasionar alteraes genticas que influenciem o controle da diferenciao e crescimento celular. O p21 (WAF1/CIP1) tem um papel fundamental na regulao do ciclo celular, e sua expresso imunoistoqumica tem sido estudada em diversos tumores, mostrando influncia no prognstico de vrias neoplasias. OBJETIVO: Verificar a prevalncia da expresso da protena p21 em pacientes com adenocarcinoma de esfago diagnosticados nos ltimos cinco anos no Grupo de Cirurgia de Esfago e Estmago do Hospital de Clnicas de Porto Alegre (GCEE/HCPA). METODOLOGIA: A populao em estudo foi constituda de 42 pacientes com adenocarcinoma de esfago diagnosticados no GCEE/HCPA entre janeiro de 1998 e dezembro de 2002. A expresso da protena p21 foi realizada por meio de imunoistoqumica, com anticorpo primrio, p21, clone SX118, cdigo M7202 da DAKO, e avaliada de acordo com o Sistema de Escore de Imunorreatividade (Immunoreactive scoring system IRS). RESULTADOS: Foram estudados 42 pacientes. 83,3% eram do sexo masculino, com idade superior a 40 anos. Destes, 56,2% foram submetidos a procedimentos cirrgicos com inteno curativa: Gastrectomia total e Esofagogastrectomia transiatal. Os demais foram submetidos cirurgia paliativa ou no sofreram tratamento cirrgico. Apenas cinco pacientes receberam tratamento adjuvante com quimioterapia e radioterapia, isoladas ou combinadas. Quanto ao estadiamento, 78,6% dos pacientes apresentavam doena avanada, estdios III e IV. Apenas 9 apresentaram positividade para o p21, quando considerado o Sistema de Escore de Imunorreatividade (em que p21+ 3). CONCLUSO: A protena p21 esteve expressa em 9 dos 42 pacientes (21,4%) com adenocarcinoma de esfago diagnosticados nos ltimos cinco anos no Grupo de Cirurgia de Esfago e Estmago do Hospital de Clnicas de Porto Alegre. Nessa casustica, o acmulo de p21 no se mostrou essencial no processo de carcinognese do adenocarcinoma esofgico.
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O objetivo do presente trabalho foi otimizar o sistema de transformao gentica de embries somticos de soja [Glycine max (L.) Merr.] utilizando a biolstica e o sistema Agrobacterium de maneira integrada. Os antibiticos, adicionados ao meio de cultura para supresso da bactria aps a transferncia do transgene, foram o alvo do estudo. Inicialmente, comparou-se o efeito de diferentes tratamentos com antibiticos sobre o tecido embriognico de soja e sua eficincia na supresso da linhagem LBA4404 de Agrobacterium tumefaciens durante o processo de transformao. A carbenicilina (500 mg/l) apresentou efeitos diferentes sobre o tecido vegetal das duas cultivares testadas. Os tecidos embriognicos da cv. IAS5 no apresentaram diferenas significativas em relao ao controle, enquanto que a proliferao dos embries somticos da cv. Bragg foi trs vezes maior com a adio deste antibitico ao meio de cultura. Contudo, a presena da carbenicilina nas duas concentraes testadas (500 e 1000 mg/l) no foi eficiente para supresso de Agrobacterium. Por outro lado, nos tratamentos com cefotaxima sozinha (350 e 500 mg/l), ou cefotaxima (250 mg/l) + vancomicina (250 mg/l) esta bactria foi completamente suprimida da superfcie dos embries somticos aps 49 dias de tratamento. No entanto, enquanto a presena de cefotaxima, em qualquer concentrao, foi prejudicial sobrevivncia do tecido embriognico, a combinao de cefotaxima + vancomicina no afetou significativamente os embries somticos de soja at os 63 dias de tratamento. Portanto, os resultados indicam que o tratamento com cefotaxima + vancomicina por um perodo de 49 - 63 dias o mais adequado para a transformao gentica de soja, por suprimir Agrobacterium e apresentar mnimos efeitos sobre o tecido embriognico. Por fim, conjuntos de embries somticos de soja foram transformados e tratados com a combinao recomendada de antibiticos para avaliao da eficincia do mtodo na obteno de transformantes estveis. Foram obtidos 48 e 232 clones higromicina-resistentes para Bragg e IAS5, respectivamente. Para cv. Bragg, 26 plantas foram obtidas de um nico clone, enquanto 580 plantas foram regeneradas de 105 clones da cv. IAS5. As plantas transgnicas eram frteis e morfologicamente normais. A presena do transgene no genoma destas plantas foi confirmada por anlises moleculares. Portanto, a adequao dos antibiticos permitiu o desenvolvimento de um mtodo de transformao altamente eficiente para soja. Os resultados do presente trabalho constituem o primeiro registro (1) do efeito de antibiticos sobre tecidos de soja ou de leguminosas e (2) de obteno de transformantes estveis de soja utilizando a biolstica e o sistema Agrobacterium de maneira integrada.
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O enrolamento do arroz uma doena viral emergente no Brasil causada pelo Rice stripe necrosis virus (RSNV) que transmitido pelo protozorio Polymyxa graminis. RSNV um membro do gnero Benyvirus com genoma dividido em 4 RNAs de fita simples no sentido positivo (ssRNA +). Em funo da falta de conhecimento sobre a seqncia de nucleotdeos do seu genoma, a deteco de RSNV atravs de mtodos moleculares no utilizada. O objetivo deste trabalho foi identificar seqncias do genoma de RSNV que possibilitassem sua deteco em plantas de arroz atravs da tcnica de transcrio reversa seguida da reao em cadeia da polimerase (RT-PCR). As seqncias do genoma foram identificadas a partir de clones de uma biblioteca de cDNAs obtidos de uma amostra do vrus parcialmente purificado. Os clones que hibridizaram com sondas sintetizadas a partir de RNA de plantas infectadas com RSNV foram seqenciados e comparados s seqncias do GenBank. Um fragmento de 957 nt da extremidade 3 da fita de um dos 4 RNAs genmicos de RSNV foi obtido. A anlise da seqncia nucleotdeos desse fragmento no revelou qualquer similaridade com seqncias conhecidas, tampouco indicou uma possvel funo. Um par de oligonucleotdeos iniciadores foi desenhado a partir de um clone que potencialmente contm uma seqncia de RSNV. A especificidade e a sensibilidade da RT-PCR utilizando esse par de oligonucleotdeos iniciadores, bem como sua eficincia na deteco do vrus em diferentes partes da planta de arroz, foram avaliadas. Os resultados indicam que a RT-PCR especfica para RSNV e pode detectar o vrus em tecido oriundo das razes, do colo e de folhas com distoro. Comparada ao diagnstico da doena atravs da observao de sintomas e de estruturas do vetor, a RT-PCR uma ferramenta confivel para a diagnose do enrolamento do arroz.
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As acidemias orgnicas so desordens metablicas caracterizadas, bioquimicamente, pelo acmulo de um ou mais cidos orgnicos e, clinicamente, por disfunes neurolgicas graves. Os cidos propinico (PA) e metilmalnico (MMA) so metablitos presentes, em altas concentraes, nos tecidos e fludos biolgicos de pacientes afetados pelas acidemias propinica e metilmalnica, respectivamente. Os neurofilamentos (NFs) so protenas do citoesqueleto neuronal formados pela polimerizao de trs subunidades, denominadas: NF de alto peso molecular (NFH), NF de mdio peso molecular (NF-M) e NF de baixo peso molecular (NF-L), com pesos moleculares aparentes de 200, 150 e 68 kDa, respectivamente. Essas protenas so amplamente fosforiladas, sendo que seu nvel de fosforilao est relacionado com a polimerizao dos NFs e com a regulao das interaes entre os constituintes do citoesqueleto. Neste trabalho fizemos um estudo ontogentico dos efeitos in vitro do PA e do MMA 2,5 mM sobre a imunorreatividade da subunidade NF-H em fatias de crtex cerebral de ratos de 9, 12, 17, 21 e 60 dias de idade. Para tanto utilizamos uma abordagem metodolgica baseada na imunodeteco da NF-H com dois anticorpos diferentes: o anticorpo monoclonal anti NF-200 clone NE14 que se liga somente a eptopos fosforilados da NF-H e, portanto, reconhece a NF-H fosforilada; e o anticorpo monoclonal anti NF-200 clone N52 que reconhece a NF-H total, independentemente do nvel de fosforilao. Nossos resultados mostraram que os metablitos induzem alteraes na imunorreatividade da NF-H presente na frao citoesqueltica de maneira dependente do estgio de desenvolvimento do animal Considerando o conjunto de dados obtidos com os anticorpos NE14 e N52 na frao citoesqueltica, podemos dizer que o tratamento das fatias de crtex cerebral de ratos de 9 dias aumentou o nvel de fosforilao sem alterar o imunocontedo total; em ratos de 12 e 17 dias de vida levou a um acmulo da subunidade NF-H na frao citoesqueltica e que esta protena est na forma fosforilada; e finalmente, em ratos de 21 e 60 dias de vida os metablitos no alteraram os parmetros estudados. Mostramos, tambm, que o acmulo da NF-H provocado pelos metablitos em ratos de 12 e 17 dias de vida no decorreu de um aumento na sntese da protena, mas, provalvelmente devido a um desequilbrio na relao NF-H solvel/NF-H polimerizada, que favoreceu a forma polimerizada. Finalmente, mostramos um possvel envolvimento de mecanismos de neurotransmisso GABArgica e glutamatrgica para os efeitos observados em ratos de 12 e 17 dias de idade, respectivamente. Considerando que a fosforilao um mecanismo importante para a regulao da dinmica de polimerizao dos NFs e das interaes com outros componentes do citoesqueleto, sugerimos que uma desorganizao na sua homeostase possa causar uma neurodegenerao, que caracterstica dos pacientes portadores das acidemias propinica e metilmalnica.
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O presente artigo busca trazer uma perspectiva jurdica ao debate sobre o impacto da replicao de modelos de negcio na Internet. O objetivo oferecer uma anlise sobre os copycats empresas que reproduzem modelos de negcio inovadores desenvolvidos por empresas terceiras em conjunto com os institutos da liberdade de concorrncia e propriedade intelectual, examinando a contraposio existente entre esses no arcabouo jurdico nacional e buscando responder, como pergunta de trabalho, se esses mecanismos podem ser interpretados, luz do ordenamento brasileiro, como mecanismos de incentivo ou restrio ao desenvolvimento de copycats no pas.
