eggNOG v4.0: nested orthology inference across 3686 organisms

With the increasing availability of various 'omics data, high-quality orthology assignment is crucial for evolutionary and functional genomics studies. We here present the fourth version of the eggNOG database (available at http://eggnog.embl.de) that derives nonsupervised orthologous groups (NOGs) from complete genomes, and then applies a comprehensive characterization and analysis pipeline to the resulting gene families. Compared with the previous version, we have more than tripled the underlying species set to cover 3686 organisms, keeping track with genome project completions while prioritizing the inclusion of high-quality genomes to minimize error propagation from incomplete proteome sets. Major technological advances include (i) a robust and scalable procedure for the identification and inclusion of high-quality genomes, (ii) provision of orthologous groups for 107 different taxonomic levels compared with 41 in eggNOGv3, (iii) identification and annotation of particularly closely related orthologous groups, facilitating analysis of related gene families, (iv) improvements of the clustering and functional annotation approach, (v) adoption of a revised tree building procedure based on the multiple alignments generated during the process and (vi) implementation of quality control procedures throughout the entire pipeline. As in previous versions, eggNOGv4 provides multiple sequence alignments and maximum-likelihood trees, as well as broad functional annotation. Users can access the complete database of orthologous groups via a web interface, as well as through bulk download.

0 AND 02 ADSORPTION ON Ag/Cu[100]

In this work the adsorption mechanisms of atomic and molecular oxygen on Cu(100) surface are studied using ab initio simulation methods. Through the atomistic scale under-standing of the elementary oxidation processes we can further understand the large-scale oxidation. Copper is a material widely used in industry which makes it an interesting subject, and also understanding the oxidation of copper helps us understand the oxidation mechanism of other metals. First we have a look on some theory on surface alloys in general and behaviour of Ag on Cu(100) surface. After that the physical background there is behind the methods of density functional calculations are discussed, and some methods, namely potential energy surfaces and molecular dynamics, are introduced. Then there is a brief look on the numerical details used in the calculations, and after that, the results of the simulations are exhibited.

Modulation of pancreatic β-cell mass and insulin secretion by PPARβ/δ

SUMMARY : Peroxisome proliferator-activated receptor ß/δ protects against obesity by reducing dyslipidemia and insulin resistance via effects in various organs, including muscle, adipose tissue and liver. However, nothing is known about the function of PPARß in pancreas, a prime organ in the control of glucose homeostasis. To gain insight into so far hypothetical functions of this PPAR isotype in ß-cell function, we specifically ablated Pparß in the whole epithelial compartment of the pancreas. The mutated mice presented expanded ß-cell mass, possibly, this is due to increased burst of ß-cell proliferation at 2 weeks of age. These PPARß null pancreas mice exhibit hyperinsulinemia-hypoglycaemia starting at 4 weeks of age, due to hyperfunctionality of ß-cell. Gene expression profiling indicated a broad repressive function of PPARß impacting the vesicular and granular compartment, actin cytoskeleton, and metabolism of glucose and fatty acids. Analyses of insulin release from isolated islets revealed accelerated second-phase of glucose-stimulated insulin secretion. Higher levels of PKD and PKCS in mutated animals, in concert with F-actin disassembly, lead to an increased insulin secretion and its associated systemic effects. Enhanced palmitate potentiation of glucose-stimulated insulin secretion in PPARß mutant islets, suggests an important role of this receptor in lipid/glucose metabolism in ß-cell. Taken together, these results provide evidence for PPARß playing a repressive role on ß-cell growth and insulin exocytosis, and shed new light on its metabolic .action. RESUME : Le récepteur nucléaire PPARß (Peroxisome proliferator-activated receptor ß/δ) protège contre l'obésité en réduisant la dyslipidémie et la résistance à l'insuline dans différents organes, comme le muscle, le tissue adipeux et le foie. Cependant, il y a, à ce jour, très peu de connaissance par rapport au rôle de PPARß dans le pancréas, qui est un organe très important dans le contrôle homéostatique du glucose. Afin de comprendre le rôle de cet isotype de PPAR dans le fonctionnement des cellules beta du pancréas, nous avons invalidé le gène Pparß dans tout le compartiment pancréatique de la souris. Ces souris mutantes présentent une augmentation de la masse totale de cellules beta; Cela serait dû à une intense prolifération des cellules beta à 2 semaines après la naissance. Également, ces souris présentent une hyperinsulinémie et une hypoglycémie qui commencent à l'âge de 4 semaines; la raison de ce phénotype serait une hyperactivité des cellules beta. Le profil d'expression génique indique une fonction répressive globale de PPARß en se référant aux compartiments vésiculaire et granulaire, au cytosquelette d'actine, et au métabolisme du glucose et des acides gras. L'analyse de la sécrétion d'insuline par les cellules beta a démontré que la deuxième phase de sécrétion d'insuline après stimulation au glucose est augmentée. Les niveaux élevés de PKD et PKCS dans les îlots pancréatiques de souris mutantes, ainsi qu'une augmentation de la dépolymérisation des filaments d'active génèrent un surplus de sécrétion d'insuline après stimulation au glucose. Les îlots pancréatiques des souris mutantes secrètent plus d'insuline après stimulation au glucose et au palmitate que les îlots de souris contrôles. Ceci suggère un rôle important de PPARß dans le métabolisme des lipides et du glucose des cellules beta. En résumé, ces résultats mettent en évidence un rôle répressif de PPARß dans la croissance des cellules beta et dans l'exocytose d'insuline.

Basin-internal derivation of hydrocarbons in the Witwatersrand Basin, South Africa: evidence from bulk and molecular δ13C data

Gold in the quartz-pebble conglomerates of the late Archean Witwatersrand Basin, South Africa, is often intimately associated with carbonaceous matter of organic/biogenic origin which occurs in the form of stratiform carbon seams and paragenetically late bitumen nodules. Both carbon forms are believed to be formed by solidification of migrating hydrocarbons. This paper presents bulk and molecular chemical and stable carbon isotope data for the carbonaceous matter, all of which are used to provide a clue to the source of the hydrocarbons. These data are compared with those from intra-basinal shales and overlying dolostone of the Transvaal Supergroup. The delta C-13 values of the extracts from the Witwatersrand carbonaceous material show small differences (up to 2.4 parts per thousand) compared to the associated insoluble organic matter. This suggests that the auriferous rocks were stained by mobile hydrocarbons produced by thermal and oxidative alteration of indigenous bitumens, a contribution from hydrocarbons derived from intra-basinal Witwatersrand shales cannot be excluded. Individual aliphatic hydrocarbons of the various carbonaceous materials were subjected to compound specific isotope analysis using on-line gas chromatography/combustion/stable isotope ratio mass spectrometry (GC/C/IRMS). The limited variability of the molecular parameters and uniform delta C-13 values of individual n-alkanes (-31.1 +/- 1.7 parts per thousand) and isoprenoids (-30.7 +/- 1.1 parts per thousand) in the Witwatersrand samples exclude the mixing of oils from different sources. Carbonaceous matter in the dolostones shows distinctly different bulk and molecular isotope characteristics and thus cannot have been the source of the hydrocarbons in the Witwatersrand deposits. All the various forms of Witwatersrand carbon appear indigenous to the Witwatersrand Basin, and the differences between them are explained by variable, in general probably short (centimeter- to meter-scale) hydrocarbon migration during diagenesis and subsequent hydrothermal infiltration. (C) 2001 Elsevier Science B.V. All rights reserved.

Nou portal d'accés als materials en obert de la UdG : DUGi 2.0

La Biblioteca de la Universitat de Girona és l'encarregada de coordinar els repositoris digitals de la Universitat. A l'inici el repositori neix de la necessitat de difondre i preservar tota la recerca de la Universitat, però mica en mica el projecte va creixent i es creen diferents repositoris per a diferents tipus de continguts. Així es creen els repositoris DUGiDocs, DUGiMedia i DUGiFonsEspecials.L'objectiu d'aquest PFC és desenvolupar un portal web amb un sistema d'indexació que permeti la cerca per diferents criteris com, per exemple, autor, matèria i títol. L'entorn ha de tenir un disseny agradable per a l'usuari final i ha de permetre obtenir les dades del repositori que se li indiquin. També ha de ser capaç de detectar els possibles duplicats en els criteris de cerca i notificar-ho a l'administrador

Manual de la técnica de rejilla mediante el programa RECORD ver. 2.0: Capítulos I (introducció), II (Etapa de diseño) y III (Fase de administración)

La técnica de rejilla es un instrumento de evaluación de las dimensiones y estructura del significado personal que se deriva de la teoría de los constructos personales. Tanto en la versión original de G. A. Kelly (1955) como en sus continuas actualizaciones, esta técnica pretende captar la forma en que una persona da sentido a su experiencia en sus propios términos. No se trata, por tanto, de un test convencional, sino de una forma de entrevista estructurada orientada a explicitar y analizar los constructos con los que la persona organiza su mundo. De la entrevista se genera una matriz de datos que se somete a varios análisis para revelar su estructura implícita. El programa RECORD ofrece los resultados de una forma clara y proporciona además una serie de gráficos de fácil interpretación. Todo ello permite dibujar la estructura del mapa cognitivo del sujeto desde su propia semántica, culminando así, con rigor metodológico, una vieja aspiración fenomenológica. Se trata de un instrumento muy 'flexible que puede adaptarse a diversas áreas de aplicación: evaluación individual, grupal, familiar y de pareja, intervención psicoeducativa, asesoramiento vocacional, investigación de mercados, asesoramiento empresarial, investigación terapéutica, estudio de la estructura cognitiva de la personalidad, etc.

Manual de la técnica de rejilla mediante el programa RECORD ver. 2.0: Capítulos I (introducció), II (Etapa de diseño) y III (Fase de administración)

La técnica de rejilla es un instrumento de evaluación de las dimensiones y estructura del significado personal que se deriva de la teoría de los constructos personales. Tanto en la versión original de G. A. Kelly (1955) como en sus continuas actualizaciones, esta técnica pretende captar la forma en que una persona da sentido a su experiencia en sus propios términos. No se trata, por tanto, de un test convencional, sino de una forma de entrevista estructurada orientada a explicitar y analizar los constructos con los que la persona organiza su mundo. De la entrevista se genera una matriz de datos que se somete a varios análisis para revelar su estructura implícita. El programa RECORD ofrece los resultados de una forma clara y proporciona además una serie de gráficos de fácil interpretación. Todo ello permite dibujar la estructura del mapa cognitivo del sujeto desde su propia semántica, culminando así, con rigor metodológico, una vieja aspiración fenomenológica. Se trata de un instrumento muy 'flexible que puede adaptarse a diversas áreas de aplicación: evaluación individual, grupal, familiar y de pareja, intervención psicoeducativa, asesoramiento vocacional, investigación de mercados, asesoramiento empresarial, investigación terapéutica, estudio de la estructura cognitiva de la personalidad, etc.

Nou portal d'accés als materials en obert de la UdG : DUGi 2.0

La Biblioteca de la Universitat de Girona és l'encarregada de coordinar els repositoris digitals de la Universitat. A l'inici el repositori neix de la necessitat de difondre i preservar tota la recerca de la Universitat, però mica en mica el projecte va creixent i es creen diferents repositoris per a diferents tipus de continguts. Així es creen els repositoris DUGiDocs, DUGiMedia i DUGiFonsEspecials.L'objectiu d'aquest PFC és desenvolupar un portal web amb un sistema d'indexació que permeti la cerca per diferents criteris com, per exemple, autor, matèria i títol. L'entorn ha de tenir un disseny agradable per a l'usuari final i ha de permetre obtenir les dades del repositori que se li indiquin. També ha de ser capaç de detectar els possibles duplicats en els criteris de cerca i notificar-ho a l'administrador

Blind docking of 260 protein-ligand complexes with EADock 2.0.

Molecular docking softwares are one of the important tools of modern drug development pipelines. The promising achievements of the last 10 years emphasize the need for further improvement, as reflected by several recent publications (Leach et al., J Med Chem 2006, 49, 5851; Warren et al., J Med Chem 2006, 49, 5912). Our initial approach, EADock, showed a good performance in reproducing the experimental binding modes for a set of 37 different ligand-protein complexes (Grosdidier et al., Proteins 2007, 67, 1010). This article presents recent improvements regarding the scoring and sampling aspects over the initial implementation, as well as a new seeding procedure based on the detection of cavities, opening the door to blind docking with EADock. These enhancements were validated on 260 complexes taken from the high quality Ligand Protein Database [LPDB, (Roche et al., J Med Chem 2001, 44, 3592)]. Two issues were identified: first, the quality of the initial structures cannot be assumed and a manual inspection and/or a search in the literature are likely to be required to achieve the best performance. Second the description of interactions involving metal ions still has to be improved. Nonetheless, a remarkable success rate of 65% was achieved for a large scale blind docking assay, when considering only the top ranked binding mode and a success threshold of 2 A RMSD to the crystal structure. When looking at the five-top ranked binding modes, the success rate increases up to 76%. In a standard local docking assay, success rates of 75 and 83% were obtained, considering only the top ranked binding mode, or the five top binding modes, respectively.

[Magnificentiores selectioresque Urbis Venetiarum prospectus quos olim Michael Marieschi, Venetus pictor et architectus in plerisque tabulis depinxit, nunc vero ab ipsomet acurate delineante, incidente, tyspisque mandante, iterum in sexdecim aereis tabulis in lucem aeduntur]. [0], [Frontispice] : [estampe] / [Michele Marieschi]

Référence bibliographique : Toledano, Marieschi, HC

Aportaciones a la mejora de la evaluación de la accesibilidad en entornos web 2.0 interactivos administrados mediante sistemas de gestión de contenido

El objetivo final de este trabajo es estudiar las metodologías, técnicas y herramientas que faciliten el proceso de desarrollo de entornos web interactivos dentro de lo que se conoce como paradigma de la web 2.0. Inicialmente se analiza el estado del arte en cuanto a la accesibilidad de entornos digitales y se presentan las características y problemas específicos de accesibilidad de los sistemas de gestión de contenido (o entornos CMS). Posteriormente se describe una metodología para la ingeniería de la accesibilidad en entornos web 2.0. También se presenta un framework con la intención de sustentar la metodología propuesta con el mayor grado de automatización y disminución del esfuerzo requerido por parte de las personas encargadas de gestionar la evaluación de la accesibilidad. Finalmente, se presentan una serie de prototipos que estudian el resultado que ha de ofrecer el framework respecto a diversos casos de estudio referentes a entornos web 2.0 administrados mediante gestores de contenido, concretamente un entorno genérico, una wiki y un blog.