Evaluación de la disponibilidad de los servicios desplegados sobre Volunteer Computing

Implementación y evaluación de un algoritmo híbrido que selecciona el conjunto de nodos de menor coste que permite desplegar un servicio, con una disponibilidad determinada, en un entorno de computación voluntaria.

Cas d'ús HTCondor & Amazon EC2

En aquest Treball Final de Grau s'ha implementat un clúster d'alta eficiència (HTC) amb nodes físics d'una aula d'informàtica i nodes virtuals a partir d'instàncies d'Amazon EC2 (Elastic Compute Cloud). Mitjançant la creació de dos bash scripts es gestionarà la posada en marxa dels nodes del clúster, tant físics com virtuals, per tal d'optimitzar l'ús dels recursos físics, reduir el cost energètic i disposar de la flexibilitat que ofereix el sistema de màquines virtuals d'Amazon EC2.

Excision of the Staphylococcal Cassette Chromosome mec (SCCmec) and its crucial role in the horizontal transfer of methicillin resistance in staphylococci.

Staphylococcus aureus est un pathogène humain majeur ayant développé des résistances contre la quasi totalité des antibiotiques disponibles, incluant la très importante famille des β- lactamines. La résistance à cette classe d'antibiotiques est conférée par la « Staphylococcal Cassette Chromosome mec » (SCCmec), qui est un élément génétique mobile capable de s'insérer dans le chromosome bactérien et capable d'être transféré horizontalement chez d'autres staphylocoques. Le mécanisme moléculaire impliqué dans ce transfert horizontal demeure largement inconnu. L'une des premières étapes du transfert est l'excision du SCC mec du chromosome bactérien. Cette excision est promue par des enzymes codées par l'élément SCCmec lui- même et appelées de ce fait « Cassette Chromosome Recombinases » (Ccr). L'un des buts de ce travail de thèse a été de comprendre la régulation de l'expression des gènes codant pour les Ccr recombinases. En utilisant des outils moléculaires originaux, nous avons été en mesure de démontrer en premier lieu que les Ccr recombinases étaient exprimées de façon « bistable », c'est à dire qu'uniquement quelques pourcents de cellules dans une population exprimaient ces gènes à un temps donné. Dans un deuxième temps, nous avons également démontré que l'expression de ces gènes était régulée par des facteurs étrangers au SCC mec. L'expression bistable des recombinases est un concept important. Effectivement, cela permet à la majorité des cellules d'une population de conserver l'élément SCC mec, alors que seulement une petite fraction le perd afin de le rendre disponible pour un transfert. Ainsi, alors que l'élément SCC mec continue de se propager avec la multiplication des bactéries Staphylococcus aureus résistant à la méticilline (SARM), il peut être simultanément transmis à des souches susceptibles (Staphylococcus aureus susceptible à la méticilline, SASM), entraînant l'apparition de nouveaux SARM. De façon très intéressante, le fait que cette bistabilité est contrôlée par les bactéries, et non le SCCmec lui-même, montre que la décision de transférer ou non la cassette SCC mec appartient à la bactérie. En conséquence, il doit exister dans la nature des souches qui sont plus ou moins aptes à effectuer ce transfert. En nous appuyant sur ces observations, nous avons montré que l'excision du SCC mec était effectivement régulée de façon très étroite au cours de la division cellulaire, et ne se passait que pendant un temps limité au début de la croissance. Ce résultat est compatible avec une régulation génétique commandée par la densité cellulaire, qui pourrait être dépendante de la production de signaux extracellulaires, du type que l'on rencontre dans le quorum sensing. Les signaux hypothétiques entraînant l'excision du SCC mec restent inconnus à l'heure actuelle. La connaissance de ces signaux pourrait se révéler très importante afin de développer des stratégies pour interférer avec la dissémination de la résistance au β-lactamines. Deux sujets additionnels ont été logiquement investigués au vu de ces premiers résultats. Premièrement, si certaines souches de SARM sont plus ou moins aptes à déclencher l'excision du SCC mec, de même certaines souches de SASM devraient être plus ou moins aptes à acquérir cet élément. Deuxièmement, afin d'étudier ces mécanismes de transfert au niveau épidémiologique, il nous a été nécessaire de développer des outils nous permettant d'explorer le phénomène à une plus large échelle. Concernant le premier point, il a été postulé que certains SASM seraient réfractaires à l'intégration génomique d'un SCC mec en raison de polymorphismes particuliers à proximité du site d'insertion chromosomique (attB). En étudiant plus de 40 isolais de S. aureus, provenant de porteurs sains, nous avons confirmé ce polymorphisme dans l'environnement à'attB. De plus, nous avons pu montrer que ces régions polymorphiques ont évolué parallèlement à des groupes phylogénétiques bien connus. Ainsi, si des telles régions réfractaires à l'intégration de SCC mec existent, celles-ci devraient ségréger dans des complexes clonaux bien définis qui devraient être facilement identifiables au niveau épidémiologique. Concernant le second point, nous avons été capables de construire un système rapporteur de l'excision du SCCmec, en utilisant un plasmide à faible copie. Ce système consistait en un promoteur fort et un gène codant pour une protéine verte fluorescente (GFP) sous le contrôle d'un promoteur fort séparés à l'aide d'un élément SCC artificiel portant trois terminateurs de transcription. Ainsi, la fluorescence ne s'exprime que si l'élément SCC est excisé du plasmide. Ce système a été testé avec succès dans plusieurs types de staphylocoques, et est actuellement évalué dans d'autres souches et conditions stimulant ou inhibant l'excision. De manière générale, cette dissertation représente parcours scientifique à travers plusieurs aspects d'un problème de santé publique majeur en rapport avec la résistance bactérienne aux antibiotiques. Ce travail s'attaque à des problèmes fondamentaux concernant le transfert horizontal de l'élément SCC mec. De plus, il s'intéresse à des aspects plus généraux de cet élément génétique mobile qui pourraient se révéler très importants en terme de mouvement de gènes au sein des staphylocoques, voir d'autres bactéries gram-positives. Finalement ce travail de thèse met en place le fondamentaux requis pour des recherches futures visant à interférer avec le transfert horizontal de la résistance aux β-lactamines. - Staphylococcus aureus is a major human pathogen. Moreover, S. aureus have developed resistance to almost all available antibiotics, including the important family of β-lactam molecules. Intrinsic resistance to β-lactams is conferred by the Staphylococcal Cassette Chromosome mec (SCCmec), which is a mobile genomic island that inserts into the staphylococcal chromosome and can be horizontally transferred into other staphylococci. However, little is known about the molecular mechanisms involved in this horizontal transfer into naïve strains. One of the first steps in SCC mec horizontal transfer is its excision from the chromosome. Excision is mediated by recombinase enzymes that are encoded by SCC mec itself, and named accordingly Ccr recombinases - for Cassette Chromosome recombinases. One goal of this thesis was to understand the regulation these recombinase genes. By using original molecular tools we could demonstrate first that the Ccr recombinases were expressed in a "bistable" manner, i.e. in only few percentages of the bacterial cells at a given time, and second that they were regulated by determinants that were not encoded on the SCC mec element, but elsewhere on the staphylococcal genome. "Bistable" expression Ccr recombinases is an important concept. It allows SCC mec to be excised and thus available for horizontal transfer, while ensuring that only some cells, but not the whole population, loose their valuable SCC mec genes. Thus, while the SCC mec element expands with the multiplication of the MRSA colony, it can simultaneously be transmitted into methicillin-susceptible S. aureus (MSSA), which convert into new MRSA. Most interestingly, the fact that bistability was regulated by the cells, rather than by SCC mec, indicates that it was the choice of the bacteria to trigger or not SCC mec transfer. As a consequence, there must be, in nature, staphylococcal strains that are more or less prone to sustain SCC mec transfer. Following these seminal observations we found that excision was indeed tightly regulated during bacterial division, and occurred only during a limited period of time at the beginning of bacterial growth. This is compatible with cell-density mediated gene regulation, and may depend on the production of extracellular signal molecules that transmit appropriate orders to neighboring cells, such as in quorum sensing. The potential signal triggering SCCmec excision is as yet unknown. However, it could be critical in promoting the horizontal transfer of methicillin resistance, or for the possible development of means to interfere with it. Two additional hypothesis were logically investigated in the view of these first results. First, if some strains of MRSA might be more prone than others to promote SCC mec excision, then some strains of MS SA might be more or less prone to acquire the element as well. Second, to investigate these multiple mechanisms at an epidemiological level, one would need to develop tools amenable to explore S. aureus strains at a larger scale. Regarding the first issue, it was postulated by others that some MSSA might be refractory to SCC mec integration because they had peculiar DNA polymorphisms in the vicinity of the site-specific chromosomal entry point {attB) of SCC mec. By studying >40 S. aureus isolates from healthy carriers, we confirmed the polymorphism of the attB environment. Moreover, we could show that these polymorphic regions co-evolved with well-known phylogenic clonal clusters. Therefore, if SCCwec-refractory attB environments exist, then they would segregate in well- defined S. aureus clonal clusters that would be easy to identify at the epidemiological level. Regarding the second issue, we were able to construct a new excision reporter system in a low copy number S. aureus plasmid. The reporter system consists in a strong promoter driving a green fluorescent protein {gfp) gene, separated by an artificial SCC-like element carrying three transcriptional terminators. Thus, fluorescence is not expressed unless the SCC-like element is excised. The system has been successfully tested in several aureus and non- aureus staphylococci, and is now being applied to more strains and various excision- triggering or inhibiting conditions. Altogether the dissertation is a scientific journey through various aspects of a salient medical problem with regard to antibiotic resistance and public health threat. The research work tackles fundamental issues about the mechanisms of horizontal transfer of the SCC mec element. Moreover, it also addresses more general features of this mobile element, which could be of larger importance with regard to gene trafficking in staphylococci, and maybe other gram-positive bacteria. Finally, the dissertation sets the fundamentals for future work and possible new ways to interfere with the horizontal transfer of methicillin resistance.

Lymph node stromal cells in homeostasis and immune response

Summary : Antigen-specific T lymphocytes constantly patrol the body to search for invading pathogens. Given the large external and internal body surfaces that need to be surveyed, a sophisticated strategy is necessary to facilitate encounters between T cells and pathogens. Dendritic cells present at all body surfaces are specialized in capturing pathogens and bringing them to T zones of secondary lymphoid organs, such as the lymph nodes and the spleen. Here, dendritic cells present antigenic fragments and activate the rare antigen-specific T lymphocytes. This induction of an immune response is facilitated in multiple ways by a dense network of poorly characterized stromal cells, termed fibroblastic reticular cells (FRCs). They constitutively produce the chemokines CCL21 and CCL19, which attract naïve T cells and dendritic cells into the T zone. Further, they provide an adhesion scaffold for dendritic cells and a migration scaffold for naïve T cells, allowing efficient screening of dendritic cell by thousands of T cells. FRCs also form a system of microchannels (conduits) that allows rapid transport of antigen or cytokines from the subcapsular sinus to the T zone. We characterized lymph node FRCS by flow cytometry, immunofluorescence microscopy, real time PCR and functional assays and could show that FRCs are a unique type of myofibroblasts which produce the T cell survival factor IL-7. This function was shown to be critically involved in regulating the size of the peripheral T cell pool and further demonstrates the importance of FRCs in maintaining immunocompetence. As we observed that some dendritic cells also express the receptor for IL-7, we expected a similar function of IL-7 in their survival. Surprisingly, we found no role for IL-7 in their survival but in their development. Analysis of hematopoietic precursors suggested that part of the dendritic cell pool develops out of an IL-7 dependent precursor, which maybe shared with lymphocytes. During the induction of an immune response, lymph node homeostasis is drastically altered when the lymph node expands several-fold in size to accommodate many more lymphocytes. Here, we describe that this expansion of the T zone is accompanied by the activation and proliferation of FRCs thereby preserving T zone architecture and function. This expansion of the FRC network is regulated by antigen-independent and -dependent events. It demonstrates the incredible plasticity of this organ allowing clonal expansion of antigen-specific lymphocytes. Résumé : Les lymphocytes T, spécifiques pour un antigène particulier, patrouillent constamment le corps à la recherche de l'invasion de pathogène. A cause des grandes surfaces externes et internes du corps, une stratégie sophistiquée est nécessaire afin de faciliter les rencontres entre les cellules T et les agents pathogènes. Les cellules dendritiques présentes dans toutes les surfaces du corps sont spécialisées dans la capture des agents pathogènes et dans le transport vers les zones T des organes lymphoïdes secondaires, comme les ganglions lymphatiques et la rate. Dans ces organes, les cellules dendritiques présentent les fragments antigéniques et activent les lymphocytes T rares. L'induction de cette réponse immunitaire est facilitée de différentes manières par un réseau dense de cellules strornales mal caractérisé, appelées 'fibroblastic reticular tells' (FRCs). FRCs produisent constitutivement les chimiokines CCL21 et CCL19, qui attirent les lymphocytes T naïfs et les cellules dendritiques vers la zone T. En outre, elles donnent une base d'adhérence pour les cellules dendritiques et elles attirent les cellules T naïves vers les cellules dendritiques. Les FRCs forment des petits canaux (ou conduits) qui permettent le transport rapide d'antigènes solubles ou de cytokines vers la zone T. Nous avons caractérisé les FRCs par cytométrie en flux, immunofluorescence et par PCR en temps réel et nous avons démontré que les FRCs sont un type unique de rnyofibroblastes qui produisent un facteur de survie des cellules T, l'Interleukine-7. Il a été démontré que cette fonction est cruciale afin d'augmenter la taille et la diversité du répertoire de cellules T, et ainsi, maintenir l'immunocompétence. Comme nous avons observé que certaines cellules dendritiques expriment également le récepteur de l'IL-7, nous avons testé une fonction similaire dans leur survie. Étonnamment, nous n'avons pas trouvé de rôle pour l'IL-7 dans leur survie, mais dans leur développement. L'analyse des précurseurs hématopoïétiques a suggéré qu'une fraction des cellules dendritiques se développe à partir des précurseurs dépendants de l'IL-7, qui sont probablement partagés avec les lymphocytes. Au cours de l'induction d'une réponse immunitaire, l'homéostasie du ganglion lymphatique est considérablement modifiée. En effet, sa taille augmente considérablement afin d'accueillir un plus grand nombre de lymphocytes. Nous décrivons ici que cet élargissement de la zone T est accompagné par l'activation et 1a prolifération des FRCs, préservant l'architecture et la fonction de la zone T. Cette expansion du réseau des FRCs est régie par des évènements à la fois dépendants et indépendants de l'antigène. Cela montre l'incroyable plasticité de cet organe qui permet l'expansion clonale des lymphocytes T spécifiques.

Recent advances in intestinal lymphomas.

A large variety of lymphoma types may develop as primary intestinal neoplasms in the small intestines or, less often, in the colorectum. Among these are a few entities such as enteropathy-associated T-cell lymphoma or immunoproliferative small intestinal disease that, essentially, do not arise elsewhere than in the gastrointestinal tract. In most instances the primary intestinal lymphomas belong to entities that also occur in lymph nodes or other mucosal sites, and may show some peculiar features. In the case of follicular lymphoma, important differences exist between the classical nodal cases and the intestinal cases, considered as a variant of the disease. It is likely that the local intestinal mucosal microenvironment is a determinant in influencing the pathobiological features of the disease. In this review we will present an update on the clinical, pathological and molecular features of the lymphoid neoplasms that most commonly involve the intestines, incorporating recent developments with respect to their pathobiology and classification. We will emphasize and discuss the major differential diagnostic problems encountered in practice, including the benign reactive or atypical lymphoid hyperplasias, indolent lymphoproliferative disorders of T or natural killer (NK) cells, and Epstein-Barr virus (EBV)-related lymphoproliferations.

A New Imaging Software To Evaluate The Centration Of Capsulorhexis And Intraocular Lens (IOL) After Cataract Surgery

Purpose: IOL centration and stability after cataract surgery is of high interest for cataract surgeons and IOL-producing companies. We present a new imaging software to evaluate the centration of the rhexis and the centration of the IOL after cataract surgery.Methods: We developed, in collaboration with the Biomedical Imaging Group (BIG), EPFL, Lausanne, a new working tool in order to assess precisely outcomes after IOL-implantation, such as ideal capsulorhexis and IOL-centration. The software is a plug-in of ImageJ, a general-purpose image processing and image-analysis package. The specifications of this software are: evaluation of the rhexis-centration and evaluation the position of the IOL in the posterior chamber. The end points are to analyze the quality of the centration of a rhexis after cataract surgery, the deformation of the rhexis with capsular bag retraction and the centration of the IOL after implantation.Results: This software delivers tools to interactively measure the distances between limbus, IOL and capsulorhexis and its changes over time. The user is invited to adjust nodes of three radial curves for the limbus, rhexis and the optic of the IOL. The radial distances of the curves are computed to evaluate the IOL implantation. The user is also able to define patterns for ideal capsulorhexis and optimal IOL-centration. We are going to present examples of calculations after cataract surgery.Conclusions: Evaluation of the centration of the rhexis and of the IOL after cataract surgery is an important end point for optimal IOL implantation after cataract surgery. Especially multifocal or accommodative lenses need a precise position in the bag with a good stability over time. This software is able to evaluate these parameters just after the surgery but also its changes over time. The results of these evaluations can lead to an optimizing of surgical procedures and materials.

Development of a T Cell Receptor Targeting an HLA-A*0201 Restricted Epitope from the Cancer-Testis Antigen SSX2 for Adoptive Immunotherapy of Cancer.

The clinical success of adoptive immunotherapy of cancer relies on the selection of target antigens that are highly expressed in tumor cells but absent in essential normal tissues. A group of genes that encode the cancer/testis or cancer germline antigens have been proposed as ideal targets for immunotherapy due to their high expression in multiple cancer types and their restricted expression in immunoprivileged normal tissues. In the present work we report the isolation and characterization of human T cell receptors (TCRs) with specificity for synovial sarcoma X breakpoint 2 (SSX2), a cancer/testis antigen expressed in melanoma, prostate cancer, lymphoma, multiple myeloma and pancreatic cancer, among other tumors. We isolated seven HLA-A2 restricted T cell receptors from natural T cell clones derived from tumor-infiltrated lymph nodes of two SSX2-seropositive melanoma patients, and selected four TCRs for cloning into retroviral vectors. Peripheral blood lymphocytes (PBL) transduced with three of four SSX2 TCRs showed SSX241-49 (KASEKIFYV) peptide specific reactivity, tumor cell recognition and tetramer binding. One of these, TCR-5, exhibited tetramer binding in both CD4 and CD8 cells and was selected for further studies. Antigen-specific and HLA-A*0201-restricted interferon-γ release, cell lysis and lymphocyte proliferation was observed following culture of TCR engineered human PBL with relevant tumor cell lines. Codon optimization was found to increase TCR-5 expression in transduced T cells, and this construct has been selected for development of clinical grade viral vector producing cells. The tumor-specific pattern of expression of SSX2, along with the potent and selective activity of TCR-5, makes this TCR an attractive candidate for potential TCR gene therapy to treat multiple cancer histologies.

Weighted Shape-based Averaging with Neighborhood Prior Model for Multiple Atlas Fusion-based Medical Image Segmentation

In medical imaging, merging automated segmentations obtained from multiple atlases has become a standard practice for improving the accuracy. In this letter, we propose two new fusion methods: "Global Weighted Shape-Based Averaging" (GWSBA) and "Local Weighted Shape-Based Averaging" (LWSBA). These methods extend the well known Shape-Based Averaging (SBA) by additionally incorporating the similarity information between the reference (i.e., atlas) images and the target image to be segmented. We also propose a new spatially-varying similarity-weighted neighborhood prior model, and an edge-preserving smoothness term that can be used with many of the existing fusion methods. We first present our new Markov Random Field (MRF) based fusion framework that models the above mentioned information. The proposed methods are evaluated in the context of segmentation of lymph nodes in the head and neck 3D CT images, and they resulted in more accurate segmentations compared to the existing SBA.

Invasive bladder carcinoma: a pilot study of conservative treatment with accelerated radiotherapy and concomitant cisplatin.

From November 1992 to December 1997, 25 patients (inoperable or refusing cystectomy) were included in a prospective study to assess the feasibility, tolerance, and curative potential of accelerated radiotherapy (RT) and concomitant cisplatin. Median age was 74 years (range 49-86). Stage distribution was as follows: 1 T1, 10 T2, 8 T3, and 6 T4. Two patients had clinically positive pelvic nodes. The goal was to deliver a total dose of 40 Gy to the whole pelvis and bladder in 4 weeks using a concomitant boost of 20 Gy to the tumor or to the whole bladder during the third and fourth weeks (total dose 60 Gy), with daily cisplatin (6 mg/m(2)) before RT for patients with creatinine clearance > 50 ml/min. All but one patient completed the RT protocol. Daily cisplatin was successfully delivered in 18 patients. One patient presented with grade III ototoxicity. Diarrhea was scored grade III in two and grade IV in two patients. Acute urinary toxicity was scored grade III in one patient. Posttreatment late effects included bladder grade II and grade III in two patients and one patient, respectively; large bowel grade III in one; urethral grade III in one; and femoral head radionecrosis in one. Four-year overall and disease-specific survival rates were 23% and 35%, respectively. The latter was 60% for patients with T2 tumors. The 4-year actuarial locoregional control rate for all patients was 61%. In summary, accelerated RT and concomitant cisplatin is feasible with acceptable tolerance even in relatively old patients. Although outcome was better for patients with low-stage tumors, local control and survival rates appeared similar to those of standard RT schedules for a similar patient population.

Disseny i implementació d'un sistema de detecció de recursos i topologia de xarxa per a entorns Multicluster no dedicats

Degut a la gran quantitat de problemes que requereixen grans potències de càlcul, s'empren sistemes de computació anomenats clústers, multiclústers i supercomputadors. Avui en dia aquests clústers son emprats en àrees de recerca, centres facultatius, etc. Per aconseguir optimitzar al màxim els recursos cal estudiar la interconnexió entre els sistemes per tal de determinar les possibles restriccions que es poden donar i disposar d'un mecanisme de monitorització de l'estat de la xarxa i dels nodes. Aquest treball pretén resoldre aquestes carències, aportant un estudi de la xarxa de l'àrea de treball d'un multiclúster i un programa que permeti descobrir les màquines d'un domini i la seva capacitat de comunicació amb la resta.

Entorn web per a l'administració d'un cluster de computació distribuïda

S'ha creat un entorn web que permet executar les tasques d'administració que comporta un cluster, de firma gràfica. Algunes d'aquestes tasques són la creació de còpies seguretat o la gestió d'usuaris i grups. A més, des d'aquest entorn es permet la monitorització del cluster, per veure els seus recursos i l'estat dels nodes.

Outcome and Prognostic Factors in Adenosquamous Carcinoma of the Head and Neck - a Multicenter Rare Cancer Network Study

Background: Adenosquamous carcinoma (AC) of the head and neck is a distinct entity first described in 1968. Its natural history is more aggressive than squamous-cell carcinoma. The aim of this study was to assess the clinical profile, patterns of failure, and prognostic factors in patients with AC of the head and neck treated by radiation therapy (RT) with or without chemotherapy (CT).Materials and Methods: Data from 19 patients with stage I (n = 3), II (n = 1), III (n = 4), or IVa (n = 11) AC, treated between 1989 and 2009, were collected in a retrospective multicenter Rare Cancer Network study. Median age was 60 years (range, 48−73). Fifteen patients were male, and 4 female. Risk factors, including perineural invasion, lymphangitis, vascular invasion, positive margins were present in the majority (83%) of the patients. Tumour sites included oral cavity in 4, oropharynx in 4, hypopharynx in 2, larynx in 2, salivary glands in 2, nasal vestibule in 2, maxillary sinus in 2, and nasopharynx in 1 patient. Surgery (S) was performed in all but 5 patients. S alone was performed in only 1 patient, and definitive RT alone in 3 patients. Fifteen patients received combined modality treatment (S+RT in 11, RT+CT in 2, and all of the three modalities in 2 patients). Median RT dose to the primary and to the nodes was 66 Gy (range, 50−72) and 53 Gy (range, 44−66), respectively (1.8−2.0 Gy/fr., 5 fr./week). In 4 patients, the planning treatment volume included the primary tumour site only. Eight patients were treated with 2D RT, 7 with 3D conformal RT, and 2 with intensity-modulated RT.Results: After a median follow-up period of 39 months (range, 9−62), 9 patients developed distant metastases (lung, bone, mediastinum, and liver), 7 presented nodal recurrences, and only 4 had a local relapse at the primary site (all in-field recurrences). At last follow-up, 7 patients were alive without disease, 1 alive with disease, 9 died from progressive disease, and 2 died from intercurrent disease. The 3-year and median overall survival, disease-free survival (DFS), and locoregional control rates were 55% (95% confidence interval [CI]: 32−78%) and 39 months, 34% (95% CI: 12−56%) and 22 months, and 50% (95% CI: 22−78%) and 33 months, respectively. In multivariate analysis (Cox model), DFS was negatively influenced by the presence of extracapsular extension (p = 0.01) and advanced stage (IV versus I−III, p = 0.002).Conclusions: Overall prognosis of locoregionally advanced AC remains poor, and distant metastases and nodal relapse occur in almost half of the cases. However, local control is relatively better, and early stage AC patients had prolonged DFS when treated with combined-modality treatment.

Despliegue desatendido de GNU/Linux

Instal·lació i configuració de Fully Automatic Installation per automatitzar instal·lacions repetitives en els nodes d'un clúster. S'explica com modificar els paquets oficials d'Ubuntu 8.10 per a què els paquets de Fully Automatic Installation puguin servir als nodes del clúster la distribució Ubuntu 8.10 sense problemes.

Novel immunotherapeutic strategies against human papillomavirus type 16 (HPV 16) induced lesions and cervical cancer

RESUME Le cancer du col de l'utérus, deuxième cause de mort par cancer chez la femme, a pu être associé à une infection par plusieurs types de virus du Papillome Humain (HPV), et en particulier HPV 16. Les vaccins prophylactiques sont efficaces à prévenir le cancer du col utérin alors que les lésions de haut grade sont généralement traitées par ablation chirurgicale et par d'éventuels traitements additionnels. Les risques de récurrence liés aux ablations et le taux de mortalité (50%) lié au cancer, démontrent le besoin de développer des stratégies alternatives afin de cibler les lésions précancéreuses. A ce jour, les vaccins thérapeutiques ont démontré peu de résultats cliniques, contrastant avec les régressions de tumeurs ectopiques observées après vaccination dans des modèles murins avec tumeurs associées à HPV. L'induction de réponses immunitaires protectrices dans la muqueuse génitale semble être cruciale pour l'efficacité des vaccins thérapeutiques HPV et évaluer leur efficacité dans un modèle murin avec tumeurs-HPV génitales représente un pré-requis important avant de procéder à des études cliniques. Par conséquent, nous avons établi un modèle murin orthotopique où des tumeurs se développent dans (a muqueuse génitale après une instillation intra-vaginale (i.vag) de cellules tumorales exprimant les oncogènes E6/E7 d'HPV 16 et transduites par un vecteur lentiviral codant la luciferase afin de suivre le développement de ces tumeurs in vivo par imagerie. La caractérisation histologique a démontré que les tumeurs grandissaient dans l'épithélium vaginal et en accord avec leur localisation, des cellules Τ CD8 spécifiques à E7 induites par la tumeur n'étaient détectées que dans la muqueuse génitale et les ganglions drainants. Une infiltration de cellules Τ régulatrices a aussi été mise en évidence, empêchant la régression spontanée de ces tumeurs. Par conséquent, ce modèle devrait être plus adéquat pour tester des stratégies thérapeutiques, étant donné qu'il partage certaines similarités immunologiques avec les lésions génitales naturelles causées par HPV. Etant donné que les oncogènes E6 et E7 d'HPV sont nécessaires à la maintenance du phénotype cancéreux des cellules cervicales, elles représentent des antigènes cibles pour la vaccination thérapeutique. Nous avons démontré que des souris immunisées par voie sous-cutanée (s.c.) avec une dose d'un vaccin à base de polypeptide E7 d'HPV 16 et d'adjuvants, présentaient de nombreuses cellules Τ CD8 sécrétant de l'IFN-γ spécifiquement à E7 dans leurs organes lymphatiques mais également dans la muqueuse génitale. De plus, le manque de corrélation entre les réponses spécifiques mesurées dans la périphérie et dans la muqueuse génitale souligne la nécessité et l'importance de déterminer les réponses immunitaires localement là où les lésions dues à HPV se développent. Si une vaccination par voie muqueuse est plus propice à traiter/régresser des infections génitales/tumeurs que le voie parentérale est un sujet débattu. Nos données montrent que seule la voie s.c. était capable de régresser la quasi totalité des tumeurs génitales chez la souris bien que des réponses CD8 spécifiques à E7 similaires étaient mesurées dans la muqueuse génitale après des vaccinations intra-nasale et i.vag. Afin d'augmenter la réponse spécifique au vaccin dans la muqueuse génitale, des immunostimulants ont été administrés par voie i.vag après vaccination. Nous avons démontré qu'une application i.vag d'agonistes des Toll like receptors après une vaccination s.c. induisait de manière significative une augmentation des cellules Τ CD8 sécrétant de l'IFN-γ spécifiquement à E7 dans la muqueuse génitale. Plus précisément et concernant les CpG et Poly l:C, l'effet était probablement associé à une attraction locale des cellules Τ CD8 et deuxièmement dépendait respectivement des voies de signalisation TLR9 et TLR3/Mda5. Finalement, cette stratégie combinatoire a permis de régresser des grosses tumeurs génitales chez la souris, suggérant qu'une telle immunothérapie pourrait adéquatement traiter des lésions dues à HPV chez les femmes. SUMMARY Cervical cancer is the second leading cause of cancer mortality in women worldwide and results from an infection with a subset of Human Papillomavirus (HPV), HPV 16 representing the most prevalent type. The available prophylactic vaccines are an effective strategy to prevent cervical cancer while already established high grade lesions usually require surgical ablation of lesion with possible additional treatments. Recurrence risks linked to conventional ablations and the high mortality (50%) related to cervical cancer demonstrate the need for alternative strategies like immunotherapies to target pre¬cancerous lesions. Until now, therapeutic vaccines only showed limited clinical results, which strongly contrast with the regression of ectopic tumors observed in the available murine HPV tumor models after vaccination. Induction of protective immune responses in the genital mucosa (GM) may be crucial for efficacy of HPV therapeutic vaccines and evaluating their efficacy in a murine model with genital HPV- tumors represents an important prerequisite for clinical trials. Thus, we have here established an orthotopic mouse model where tumors in the GM develop after an intravaginal (i.vag) instillation of HPV 16 E6/E7 oncogenes-expressing tumor cells transduced with a luciferase encoding lentivirus vector for in vivo imaging of tumor growth. Histological characterization showed that tumor grew within the vaginal epithelium and according to their mucosal location tumor- induced E7-specific CD8 Τ cells were restricted to the GM and genital draining lymph nodes together with high Τ regulatory cells infiltrates preventing spontaneous regression. Consequently, sharing several immunological similarities with natural genital HPV lesions, this novel genital tumor model may be more adequate to test therapeutic strategies. As E6 and/or E7 HPV oncogenes expression is required for the maintenance of the cancerous phenotype of cervical cells, they represent target antigens for therapeutic vaccination. We reported that mice subcutaneously (s.c.) immunized once with an adjuvanted HPV 16 E7 polypeptide vaccine harbored high E7-specific IFN-γ secreting CD8 Τ cells in their lymphoid organs and more importantly in the GM. In addition, the lack of correlation between specific responses measured in the periphery with those measured in the GM highlighted the necessity and relevance to determine the immune responses locally where HPV 16-induced lesions develop. Whether a mucosal route of immunization is better to treat/regress genital infections/tumors than parenteral immunization is still debated. Our data shows that although similar E7-specific IFN-γ secreting CD8 Τ cells responses were measured in the GM upon mucosal routes of E7 vaccine delivery (nasal and vaginal immunizations), only the s.c immunization was able to regress at least all genital tumors in mice. To further increase the vaccine-specific responses in the GM, immunostimulatory agents were i.vag administrated after vaccination. We demonstrated that a single i.vag application of toll like receptor (TLR) agonists after a s.c. E7 vaccination induced a significant increase of E7-specific IFN-γ secreting CD8 Τ cells in the GM. More precisely, regarding CpG and Poly l:C, the effect is most probably associated with a local attraction of total CD8 Τ cells and secondly depends on TLR9 and TLR3/Mda5 signaling pathways, respectively. Finally, this combinatorial strategy induced tumor regression in mice harboring large genital tumors, suggesting that such an immunotherapy could be adequate to treat HPV-induced lesions in women.

Anti-CD154 mAb and rapamycin induce T regulatory cell mediated tolerance in rat-to-mouse islet transplantation.

BACKGROUND: Anti-CD154 (MR1) monoclonal antibody (mAb) and rapamycin (RAPA) treatment both improve survival of rat-to-mouse islet xenograft. The present study investigated the effect of combined RAPA/MR1 treatment on rat-to-mouse islet xenograft survival and analyzed the role of CD4(+)CD25(+)Foxp3(+) T regulatory cells (Treg) in the induction and maintenance of the ensuing tolerance. METHODOLOGY/PRINCIPAL FINDINGS: C57BL/6 mice were treated with MR1/RAPA and received additional monoclonal anti-IL2 mAb or anti CD25 mAb either early (0-28 d) or late (100-128 d) post-transplantation. Treg were characterised in the blood, spleen, draining lymph nodes and within the graft of tolerant and rejecting mice by flow cytometry and immunohistochemistry. Fourteen days of RAPA/MR1 combination therapy allowed indefinite islet graft survival in >80% of the mice. Additional administration of anti-IL-2 mAb or depleting anti-CD25 mAb at the time of transplantation resulted in rejection (100% and 89% respectively), whereas administration at 100 days post transplantation lead to lower rejection rates (25% and 40% respectively). Tolerant mice showed an increase of Treg within the graft and in draining lymph nodes early post transplantation, whereas 100 days post transplantation no significant increase of Treg was observed. Rejecting mice showed a transient increase of Treg in the xenograft and secondary lymphoid organs, which disappeared within 7 days after rejection. CONCLUSIONS/SIGNIFICANCES: These results suggest a critical role for Treg in the induction phase of tolerance early after islet xenotransplantation. These encouraging data support the need of developing further Treg therapy for overcoming the species barrier in xenotransplantation.