Temporal quantification of MAPK induced expression in single yeast cells.

The quantification of gene expression at the single cell level uncovers novel regulatory mechanisms obscured in measurements performed at the population level. Two methods based on microscopy and flow cytometry are presented to demonstrate how such data can be acquired. The expression of a fluorescent reporter induced upon activation of the high osmolarity glycerol MAPK pathway in yeast is used as an example. The specific advantages of each method are highlighted. Flow cytometry measures a large number of cells (10,000) and provides a direct measure of the dynamics of protein expression independent of the slow maturation kinetics of the fluorescent protein. Imaging of living cells by microscopy is by contrast limited to the measurement of the matured form of the reporter in fewer cells. However, the data sets generated by this technique can be extremely rich thanks to the combinations of multiple reporters and to the spatial and temporal information obtained from individual cells. The combination of these two measurement methods can deliver new insights on the regulation of protein expression by signaling pathways.

Modelling hydrodynamics in the Rio Parana, Argentina : an evaluation and inter-comparison of reduced-complexity and physics based models applied to a large sand-bed river

Depth-averaged velocities and unit discharges within a 30 km reach of one of the world's largest rivers, the Rio Parana, Argentina, were simulated using three hydrodynamic models with different process representations: a reduced complexity (RC) model that neglects most of the physics governing fluid flow, a two-dimensional model based on the shallow water equations, and a three-dimensional model based on the Reynolds-averaged Navier-Stokes equations. Row characteristics simulated using all three models were compared with data obtained by acoustic Doppler current profiler surveys at four cross sections within the study reach. This analysis demonstrates that, surprisingly, the performance of the RC model is generally equal to, and in some instances better than, that of the physics based models in terms of the statistical agreement between simulated and measured flow properties. In addition, in contrast to previous applications of RC models, the present study demonstrates that the RC model can successfully predict measured flow velocities. The strong performance of the RC model reflects, in part, the simplicity of the depth-averaged mean flow patterns within the study reach and the dominant role of channel-scale topographic features in controlling the flow dynamics. Moreover, the very low water surface slopes that typify large sand-bed rivers enable flow depths to be estimated reliably in the RC model using a simple fixed-lid planar water surface approximation. This approach overcomes a major problem encountered in the application of RC models in environments characterised by shallow flows and steep bed gradients. The RC model is four orders of magnitude faster than the physics based models when performing steady-state hydrodynamic calculations. However, the iterative nature of the RC model calculations implies a reduction in computational efficiency relative to some other RC models. A further implication of this is that, if used to simulate channel morphodynamics, the present RC model may offer only a marginal advantage in terms of computational efficiency over approaches based on the shallow water equations. These observations illustrate the trade off between model realism and efficiency that is a key consideration in RC modelling. Moreover, this outcome highlights a need to rethink the use of RC morphodynamic models in fluvial geomorphology and to move away from existing grid-based approaches, such as the popular cellular automata (CA) models, that remain essentially reductionist in nature. In the case of the world's largest sand-bed rivers, this might be achieved by implementing the RC model outlined here as one element within a hierarchical modelling framework that would enable computationally efficient simulation of the morphodynamics of large rivers over millennial time scales. (C) 2012 Elsevier B.V. All rights reserved.

Seguiment temporal de la reserva marina de les Illes Medes. Informe anual. Any 1997

L'objectiu que marca la Llei 19/1990, de 10 de desembre del Parlament de Catalunya és la conservació de la fauna i flora dels fons marins de les illes Medes. I l¿objectiu dels treballs de seguiment que, des del 1990, ve efectuant l¿equip del Departament d¿Ecologia en la Reserva Marina de les Illes Medes per encàrrec delDepartament d¿Agricultura, Ramaderia i Pesca (primer de la seva Direcció General de Pesca Marítima, i des del 1996 de la Direcció General de Medi Natural) és avaluar els resultats de la dita conservació.

Seguiment temporal de la reserva marina de les Illes Medes. Informe anual. Any 1999

Aquesta Memòria constitueix la novena entrega, corresponent als resultatsobtinguts al llarg de 1999, dels treballs de seguiment que, des del 1990, ve efectuantl'equip del Departament d'Ecologia de la Universitat de Barcelona en laReserva Marina de les Illes Medes, en compliment dels imperatius que marca la Llei19/1990, de 10 de desembre del Parlament de Catalunya. L'objectiu d'aquesta Lleiés la conservació de la fauna i flora dels fons marins de les illes Medes, i el seu Plad'Usos estableix l'obligatorietat de realitzar estudis científics de monitorització que guiïn i avalin l'adequació de la gestió.

Seguiment temporal de l'àrea marina protegida de les Illes Medes. Informe anual. Any 2000

Aquesta Memòria constitueix la desena remesa, corresponent als resultats obtinguts en 2000, dels treballs de seguiment que, des del 1990, ve efectuant l'equip del Departament d'Ecologia en la Reserva Marina de les Illes Medes per encàrrec del Departament d'Agricultura, Ramaderia i Pesca (de 1990 a 1998) i del Departament de Medi Ambient (des de 1999) en compliment dels imperatius que marca la Llei 19/1990, de 10 de desembre del Parlament de Catalunya. L'objectiu de dita Llei és la conservació de la fauna i flora dels fons marins de les illes Medes, i el seu Pla d'Usos estableix l'obligatorietat de realitzar estudis científics de monitoritzacióque guiïn i avalin l'adequació de la gestió.

Seguiment temporal de l'àrea marina protegida de les Illes Medes. Informe anual. Any 2001

Aquesta Memòria constitueix la onzena remesa, corresponent als resultats obtinguts en 2001, dels treballs de seguiment que, des del 1990, ve efectuant l'equip del Departament d'Ecologia en la Reserva Marina de les Illes Medes per encàrrec del Departament d'Agricultura, Ramaderia i Pesca (de 1990 a 1998) i del Departament de Medi Ambient (des de 1999) en compliment dels imperatius que marca la Llei 19/1990, de 10 de desembre del Parlament de Catalunya. L'objectiu de dita Llei és la conservació de la fauna i flora dels fons marins de les illes Medes, i el seu Pla d'Usos estableix l'obligatorietat de realitzar estudis científics de monitorització que guiïn i avalin l'adequació de la gestió.

Seguiment temporal de les àrees protegides del Cap de Creus, del Montgrí i de les Illes Medes

Els fons rocosos del litoral català són d'una immensa varietat biogeogràfica. La Costa Brava i especialmentles àrees que interessen aquest estudi, presenten una morfologia molt variada amb fons de roca i desediments que ofereixen una amplíssima riquesa d'hàbitats i de comunitats d'animals i vegetals submarins. L'explotació continuada d'aquests indrets tant a nivell pesquer com turístic, ha deixat la seva empremta, especialment en les comunitats de peixos. Malgrat tot, la dinàmica de recuperació de les poblacions d'algunes espècies, com ara el mero, evidencia molt marcadament un abans i un després la implementació de mesures de protecció en aquests indrets.

Seguiment temporal de la reserva marina de les Illes Medes - I. Informe anual. Any 1995

Els seguiments o monitoritzacions, com els empenys humans, tenen per tret diferencial els alts i baixos, les dents de serra. I aixó, no només és vàlid per al comportament de les variables monitoritzades, sino també per als avatars administratius i financers. Fins l'extrem que la continuitat temporal, i no sols l'antiguitat delsregistres, és la millor mesura de la seriositat en la gestió d'un país; en aquest sentit, és evident que els països anglo-saxons tenen molt que ensenyar als llatins (p.e. en els registres de dades metereològiques).Abans del que haguèssim volgut, els alts i baixos polítics i financers van tocar, fent trontollar l'any 1995, al Seguiment del Patrimoni Biològic de les Illes Medes. L'any 1994 s'acabà el primer cicle del Pla d'Usos de l'Àrea protegida de les illes Medes (sorgit de la llei 19/1990 de 10 de desembre del Parlament de Catalunya).Aquest havia d'obrir les portes a un segon cicle quatrienal en el que, de forma preceptiva segons l'esmentada llei, s'havien de continuar els controls biològics del seu patrimoni natural. Per tant, no calia recorrer al nostre reiterat argument que en ecologia hom precisa de períodes d'estudi relativament llargs per definir amb fiabilitat les tendències de canvi: l'administració havia assumit l'argument i el feia seu. Malgrat tot, no podem dir que causès sorpresa la notícia que, després de moltes dil.lacions, informacions contradictòries i canvis de titularitat en els òrgans de gestió, el seguiment de 1995 es veia desproveït de suport financer (ens apresurem a reconeixer que a nivell d'intencions, el suport de les administracions involucrades no es va veure mai compromés). Conscients de la ingenuïtat d'esperar un suport lliure d'entrebancs, el nostre equip de treball havia assumit, des de l'inici del seguiment en 1990, el risc d'aquesta eventualitat. I havia previst que, arribat el cas, caldria continuar el seguiment, omplint si calia el buit derivat de la manca del marcadministratiu (en aquest cas el nou conveni entre la conselleria d'Agricultura, Ramaderia i Pesca i la Universitat de Barcelona) que per motius diversos no es restablí en tot el curs del 1995. És així que el seguiment del patrimoni natural de l'Àrea protegida de les illes Medes al llarg de l'any 1995 es feu amb recursos propis, la qual cosa vol dir amb moltes estretors econòmiques. Afortunadament, la situaciós'ha redrecat, en renovar-se per tres anys més (1996-1998) el conveni que estableix el seguiment. La satisfacció per la signatura d'aquest nou conveni, em fa alimentar l'esperança que ens anys a venir els nous gestors de la Reserva Marina de les Illes Medes, conscients del paper capdavanter d'aquest espai en la gestió dels espais litorals mediterrànis, no permetràn que tals anomalies es repeteixin.

Seguiment temporal de la gorgonia Paramuricea clavata de les Illes Medes. Exercici 1995

Podeu consultar l'Informe complet a: http://hdl.handle.net/2445/24663

Seguiment temporal de la garota comuna Paracentrotus lividus en les Illes Medes. Exercici 1995

Podeu consultar l'Informe complet a: http://hdl.handle.net/2445/24663