Dividing population genetic distance data with the software Partitioning Optimization with Restricted Growth Strings (PORGS): an application for Chinook salmon (Oncorhynchus tshawytscha), Vancouver Island, British Columbia

A new method of finding the optimal group membership and number of groupings to partition population genetic distance data is presented. The software program Partitioning Optimization with Restricted Growth Strings (PORGS), visits all possible set partitions and deems acceptable partitions to be those that reduce mean intracluster distance. The optimal number of groups is determined with the gap statistic which compares PORGS results with a reference distribution. The PORGS method was validated by a simulated data set with a known distribution. For efficiency, where values of n were larger, restricted growth strings (RGS) were used to bipartition populations during a nested search (bi-PORGS). Bi-PORGS was applied to a set of genetic data from 18 Chinook salmon (Oncorhynchus tshawytscha) populations from the west coast of Vancouver Island. The optimal grouping of these populations corresponded to four geographic locations: 1) Quatsino Sound, 2) Nootka Sound, 3) Clayoquot +Barkley sounds, and 4) southwest Vancouver Island. However, assignment of populations to groups did not strictly reflect the geographical divisions; fish of Barkley Sound origin that had strayed into the Gold River and close genetic similarity between transferred and donor populations meant groupings crossed geographic boundaries. Overall, stock structure determined by this partitioning method was similar to that determined by the unweighted pair-group method with arithmetic averages (UPGMA), an agglomerative clustering algorithm.

The ECOPATH II software

Problems involved in the development of ecosystem models are discussed, considering in particular the use of the ECOPATH II software and the approach used at ICLARM in the project Global comparisons of trophic aquatic ecosystem models designed to support modelling efforts of research groups throughout the world.

ICLARM software projects: back to the future

The different computer softwares developed by the International Center for Living Aquatic Resources (ICLARM) and its functions and uses in fisheries science are presented.

A computer software package for assessing and managing risks posed by experiments with genetically modified fish and shellfish

Assessment and management of risk is needed for sustainable use of genetically modified aquatic organisms (aquatic GMOs). A computer software package for safely conducting research with genetically modified fish and shellfish is described. By answering a series of questions about the organism and the accessible aquatic ecosystem, a researcher or oversight authority can either identify specific risks or conclude that there is a specific reason for safety of the experiment. Risk assessment protocols with examples involving transgenic coho salmon, triploid grass carp and hybrid tilapia are described. In case a specific risk is identified, the user is led to consider risk management measures, involving culture methods, facilities design and operations management, to minimize the risk. Key features of the software are its user-friendly organization; easy access to explanatory text, literature citations and glossary; and automated completion of a worksheet. Documented completion of the Performance Standards can facilitate approval of a well designed experiment by oversight authorities.

Efeitos da restrição energética sobre a apneia do sono, atividade simpática, estresse oxidativo, biomarcadores inflamatórios, função endotelial, adiposidade corporal, perfil metabólico e pressão arterial em pacientes obesos com apneia obstrutiva do sono

A intervenção nutricional para perda ponderal é uma das opções terapêuticas para a apneia obstrutiva do sono (AOS) em pacientes com excesso de adiposidade corporal. No entanto, os efeitos da restrição energética moderada, recomendada pelas diretrizes atuais para o tratamento da obesidade, sobre a AOS ainda não são conhecidos. Avaliar em indivíduos obesos com diagnóstico de AOS os efeitos da restrição energética moderada sobre a adiposidade corporal; gravidade da AOS; pressão arterial; atividade simpática; estresse oxidativo; biomarcadores inflamatórios; perfil metabólico e função endotelial. Ensaio clínico randomizado, com duração de 16 semanas, envolvendo 21 indivíduos obesos grau I ou II, apresentando idade entre 20-55 anos e índice de apneia/hipopneia (IAH) > 5 eventos/h. Os participantes foram randomizados em 2 grupos: 11 no grupo restrição energética (GRE) e 10 no grupo controle (GC). O GRE foi orientado a realizar restrição energética (-800 Kcal/dia) e o GC não modificou sua ingestão alimentar. No início e ao final do estudo, os participantes foram submetidos à avaliação do (a): AOS com o equipamento Watch-PAT 200 incluindo a determinação dos seguintes parâmetros de gravidade da AOS: IAH, saturação mínima de O2, número de dessaturações de O2>4%; adiposidade corporal (peso, % gordura corporal e circunferências da cintura, quadril e pescoço); pressão arterial (PA); atividade do sistema nervoso simpático (concentrações plasmáticas de catecolaminas); biomarcadores inflamatórios (proteína C reativa e adiponectina); estresse oxidativo (malondialdeído); metabolismo glicídico (glicose, insulina e HOMA-IR) e lipídico (colesterol total e frações e triglicerídeos); e função endotelial (índice de hiperemia reativa avaliado com o equipamento Endo-PAT 2000 e moléculas de adesão). A análise estatística foi realizada com o software STATA v. 10. O nível de significância estatística adotado foi p<0,05. Resultados: O GRE, em comparação com o GC, apresentou redução significativamente maior no peso corporal (-5,571,81 vs. 0,431,21kg, p<0,001) e nos demais parâmetros de adiposidade corporal; no IAH (-7,222,79 vs. 0,131,88 eventos/h, p=0,04); no número de dessaturações de O2>4% (-33,7015,57 vs. 1,807,85, p=0,04); nas concentrações plasmáticas de adrenalina (-12,703,00 vs. -1,303,90pg/mL, p=0,04); além de aumento significativamente maior na saturação mínima de O2 (4,601,55 vs. -0,601,42%,p=0,03). O GRE, em comparação com o GC, apresentou maior redução, porém sem alcançar significância estatística, na PA sistólica (-4,231,95 vs. 2,341,39mmHg, p=0,05), na concentração de insulina (-5,111,93 vs. -0,651,28U/mL, p=0,07) e no HOMA-IR (-1,150,49 vs. -0,080,33, p=0,09). Durante o período do estudo, as modificações na adiposidade corporal total e central apresentaram correlação significativa com as variações nos parâmetros de gravidade da AOS; na PA sistólica e diastólica; nas concentrações de insulina e no HOMA-IR, mesmo após ajuste para fatores de confundimento. As modificações na adiposidade corporal central apresentaram associação significativa com as variações nas concentrações de noradrenalina e adiponectina. As modificações nos parâmetros de gravidade da AOS apresentaram associação significativa com as variações nas concentrações séricas da proteína C reativa. Este estudo sugere que em pacientes obesos com AOS a restrição energética moderada é capaz de reduzir a adiposidade corporal total e central, os parâmetros de avaliação da gravidade da AOS e a atividade do sistema nervoso simpático.