Using data mining techniques to support breast cancer diagnosis

More than ever, there is an increase of the number of decision support methods and computer aided diagnostic systems applied to various areas of medicine. In breast cancer research, many works have been done in order to reduce false-positives when used as a double reading method. In this study, we aimed to present a set of data mining techniques that were applied to approach a decision support system in the area of breast cancer diagnosis. This method is geared to assist clinical practice in identifying mammographic findings such as microcalcifications, masses and even normal tissues, in order to avoid misdiagnosis. In this work a reliable database was used, with 410 images from about 115 patients, containing previous reviews performed by radiologists as microcalcifications, masses and also normal tissue findings. Throughout this work, two feature extraction techniques were used: the gray level co-occurrence matrix and the gray level run length matrix. For classification purposes, we considered various scenarios according to different distinct patterns of injuries and several classifiers in order to distinguish the best performance in each case described. The many classifiers used were Naïve Bayes, Support Vector Machines, k-nearest Neighbors and Decision Trees (J48 and Random Forests). The results in distinguishing mammographic findings revealed great percentages of PPV and very good accuracy values. Furthermore, it also presented other related results of classification of breast density and BI-RADS® scale. The best predictive method found for all tested groups was the Random Forest classifier, and the best performance has been achieved through the distinction of microcalcifications. The conclusions based on the several tested scenarios represent a new perspective in breast cancer diagnosis using data mining techniques.

Estudo clínico da oncocercose na Guiné-Bissau

Em África e no Sul da Arábia, a oncocercose está essencialmente associada ao complexo Simulium damnosum (Ovazza, 1967). A propagação da doença resulta essencialmente do tipo de actividade humana, e das alterações do ambiente, especìalmente a desflorestação maciça, transformando o habitat florestal em habitat de savana (Hocking, 1953, Dadzie, 1980, Amazigo, 1991, Amazigo, 2002 a, WHO, 1995 b). 2- Morfologia 2.1 - O ovo O ovo, têm uma forma triangular, com os vértices arredondados, medindo de 0,1 a 0,5 mm de comprimento. A casca é lisa, não apresentando qualquer adaptação especial e o revestimento é viscoso. São de cor branca aquando da oviposição, escurecendo com a embriogénese, aparecendo então com cores rosadas, amareladas e acinzentadas. 2.2 - A larva A larva dos simulídeos, apresenta um formato mais ou menos cilíndrico, com duas dilatações, uma no tórax, ligeira e outra mais acentuada na parte terminal do abdómen. Pode atingir o comprimento de um centímetro, e uma coloração muito variada, dependendo do tipo de alimentos ingeridos, e apresentar-se de coloração totalmente escura, a esbranquiçada. O corpo da larva é formado por três partes distintas – a cabeça, o tórax e o abdómen. A cabeça: A cabeça de uma larva de simulídeo, à observação dorsal, apresenta-se pigmentada, podendo com essa pigmentação expressar-se de duas formas, ou com manchas escuras em fundo claro (modelo positivo), ou manchas claras em fundo escuro (modelo negativo), e um par de finas antenas. Á observação ventral destacam-se dois caracteres de grande valor sistemático – a fenda pósgenal e o hipostoma.

Validação da antropometria e ultrassonografia do braço, para medição dos respectivos compartimentos, em lactentes nascidos pré-termo : contributo para a avaliação corporal do recem-nascido e do lactente

RESUMO: Contexto: Indicadores fidedignos da composição corporal são importantes na orientação das estratégias nutricionais de recém-nascidos e pequenos lactentes submetidos a cuidados intensivos. O braço é uma região acessível para avaliar a composição corporal regional, pela medida dos seus compartimentos. A antropometria e a ultrassonografia (US) são métodos não invasivos, relativamente económicos, que podem ser usados à cabeceira do paciente na medição desses compartimentos, embora esses métodos não tenham ainda sido validados neste subgrupo etário. A ressonância magnética (RM) pode ser usada como método de referência na validação da medição dos compartimentos do braço. Objectivo: Validar em lactentes pré-termo, as medidas do braço por antropometria e por US. Métodos: Foi estudada uma coorte de recém-nascidos admitidos consecutivamente na unidade de cuidados intensivos neonatais, com  33 semanas de idade de gestação e peso adequado para a mesma, sem anomalias congénitas major e não submetidas a diuréticos ou oxigenoterapia no momento da avaliação. Nas vésperas da alta, foram efectuadas medições do braço, com ocultação, pelos métodos antropométrico, ultrassonográfico e RM. As medidas antropométricas directas foram: peso (P), comprimento (C), perímetro cefálico (PC), perímetro braquial (PB) e prega cutânea tricipital (PT). As área braquial total, área muscular (AM) e área adiposa foram calculadas pelos métodos de Jeliffee & Jeliffee e de Rolland-Cachera. Utilizando uma sonda PSH-7DLT de 7 Hz no ecógrafo Toshiba SSH 140A foram medidos os perímetros braquial e muscular e calculadas automaticamente as áreas braquial e muscular, sendo a área adiposa obtida por subtracção. Como método de referência foi utilizada a RM – Philips Gyroscan ACS-NT, Power-Track 1000 ®, 1.5 Tesla com uma antena de quadratura do joelho. Na análise estatística foram utilizados os métodos paramétricos e não paramétricos, conforme adequado. Resultados: Foram incluídas 30 crianças, nascidas com ( ±DP) 30.7 ±1.9 semanas de gestação, pesando 1380 ±325g, as quais foram avaliadas às 35.4 ±1.1 semanas de idade corrigida, quando pesavam 1786 ±93g. Nenhuma das medidas antropométricas, individualmente, constitui um indicador aceitável (r2 <0.5) das medições por RM. A melhor e mais simples equação alternativa encontrada é a que estima a AM (r2 = 0.56), derivada dos resultados da análise de regressão múltipla: AMRM = (P x 0.17) + (PB x 5.2) – (C x 6) – 150, sendo o P expresso em g, o C e o PB em cm. Nenhuma das medidas ultrassonográficas constitui um indicador aceitável (r2 <0.4) das medições por RM. Conclusões: A antropometria e as medidas ultrassonográficas do braço não são indicadores fidedignos da composição corporal regional em lactentes pré-termo, adequados para a idade de gestação.----------ABSTRACT: Background: Accurate predictors for body composition are valuable tools guiding nutritional strategies in infants needing intensive care. The upper-arm is a part of the body that is easily accessible and convenient for assessing the regional body composition, throughout the assessment of their compartments. Anthropometry and by ultrasonography (US) are noninvasive and relatively nonexpensive methods for bedside assessment of the upper-arm compartments. However, these methods have not yet been validated in infants. Magnetic resonance imaging (MRI) may be used as gold standard to validate the measurements of the upper-arm compartments. Objective: To validate the upper-arm measurements by anthropometry and by US in preterm infants. Methods: A cohort of neonates consecutively admitted at the neonatal intensive care unit, appropriate for gestational age, with  33 weeks, without major congenital abnormalities and not subjected to diuretics or oxygen therapy, was assessed. Before the discharge, the upper-arm was blindly measured by anthropometry, US and MRI. The direct anthropometric parameters measured were: weight (W), length (L), head circumference (HC), mid-arm circumference (MAC), and tricipital skinfold thickness. The arm area (AA), arm muscle area (AMA) and arm fat area were calculated applying the methods proposed by Jeliffee & Jeliffee and by Rolland-Cachera. Using the sonolayer Toshiba SSH 140A and the probe PSH-7DLT 7Hz, the arm and muscle perimeters were measured by US, the arm and muscle areas included were automatically calculated, and the fat area was calculated by subtraction. The MR images were acquired on a 1.5-T Philips Gyroscan ACS-NT, Power-Track 1000 scanner, and a knee coil was chosen for the upper-arm measurements. For statistical analysis parametric and nonparametric methods were used as appropriate. Results: Thirty infants born with ( ±SD) 30.7 ±1.9 weeks of gestational age and weighing 1380 ±325g were included in the study; they were assessed at 35.4 ±1.1 weeks of corrected age, weighing 1786 ±93g. None of the anthropometric measurements are individually acceptable (r2 <0.5) for prediction of the measurements obtained by MRI. The best and simple alternative equation found is the equation for prediction of the AMA (r2 = 0.56), derived from the results of multiple regression analysis: AMARM = (W x 0.17) + (MAC x 5.2) – (L x 6) – 150, being the W expressed in g, and L and MAC in cm. None of the ultrasonographic measurements are acceptable (r2 <0.5) predictors for the measurements obtained by MRI. Conclusions: The measurements of the upper-arm by anthropometry and by US are not accurate predictors for the regional body composition in preterm appropriate for gestational age infants.

Optimização do processo de perfuração em maciços rochosos: consequências técnico-económicas

Este estudo centra-se na temática da perfuração de maciços rochosos. A perfuração, dependendo do seu objectivo, diâmetro e comprimento, tem um vasto leque de aplicações incluindo a perfuração para o desmonte com explosivos e colocação de elementos de contenção. Este estudo esta focado na perfuração, tendo normalmente um papel preponderante no rendimento dos ciclos de trabalho em que esta inserida. O processo de perfuração implica uma estreita interacção das ferramentas de perfuração com maciço rochoso a perfurar, como tal um conhecimento rigoroso dos parâmetros geológicos, geotécnicos, geomecânicos do maciço rochoso e preponderante para auxiliar a gestão, do ponto de vista técnico-económico, da operação de perfuração. Este estudo tem como principal objectivo a optimização técnico-económica desta operação através da introdução de processos baseados nas boas práticas de engenharia na perfuração de maciços rochosos, nomeadamente a definição e introdução do processo de afiação dos bits no ciclo de perfuração. Na caracterização do maciço rochoso, para além da pesquisa e recolha bibliográfica pretende-se recorrer a ensaios ”in situ” e laboratoriais que permitam obter informacao útil para a avaliação da perfurabilidade e abrasividade do maciço rochoso.

Projeto Estrutural de um Edifício em Betão Armado

O presente projeto foi elaborado no âmbito da disciplina de DIPRE (Dissertação/ Projeto/ Estágio) referente ao Mestrado em Engenharia Civil do Ramo de Estruturas, no decorrer do ano letivo de 2012/13. A elaboração do projeto teve início em Dezembro, uma vez que até lá foi necessário escolher orientador, tema e projeto de arquitetura. Inicialmente os avanços foram reduzidos dado que foi necessário aprender a metodologia de uso de um programa de cálculo de raiz. A escolha do uso do programa TRICALC foi aconselhado pela Engenheira Isabel Teles, conselho esse que foi aceite com todo o gosto. Com o presente trabalho demonstram-se algumas etapas no desenvolvimento de um projeto de estabilidade de um edifício com 14 pisos, desde a análise de projeto de arquitetura que serviu de base, à fase final de produção de peças desenhadas, passando pelo moroso processo de dimensionamento e otimização de elementos estruturais.

Fundamentos históricos da poesia luso-árabe (no século de almutâmide) na nova música portuguesa o amor e o vinho

Dissertação apresentada para cumprimento dos requisitos necessários à obtenção do grau de Doutor em História Cultural e das Mentalidades Contemporâneas

Dinâmicas sociais,institucionais e políticas na constituição, dissolução e recomposição familiar em Portugal.

Tese apresentada para cumprimentos dos requisitos necessários à obtenção do grau de Doutor em Ciências Sociais

Desenvolvimento de um sistema para irradiação por ultravioleta de biomoléculas

Dissertação apresentada na Faculdade de Ciências e Tecnologia da Universidade Nova de Lisboa para a obtenção do grau de Mestre em Engenharia Biomédica

Controlo supervisionado

Dissertação apresentada na Faculdade de Ciências e Tecnologia da Universidade Nova de Lisboa para obtenção do grau de Mestre em Engenharia Electrotécnica e de Computadores

Estudo do efeito do tratamento por laser de objectos arqueológicos ferrosos

Dissertação de Mestrado em Conservação e Restauro - Metais

Análise da ocorrência de hidroplanagem num caso real

Dissertação apresentada na Faculdade de Ciências e Tecnologia da Universidade Nova de Lisboa para obtenção do grau Mestre em Engenharia Civil,Perfil de Construção

Modelo de seleção de fornecedores baseado em dados reais – desenvolvimento de ferramentas para os métodos de seleção

A seleção de fornecedores é considerada atualmente estratégica para as empresas que estão inseridas em ambientes cada vez mais dinâmicos e exigentes. Nesta dissertação são determinados os critérios e métodos mais usados no problema de seleção de fornecedores. Para estes serem alcançados, analisaram-se artigos da área e de ilustres autores para assim se perceber quais os critérios das áreas mais influentes, na hora de tomada de decisão sobre os melhores fornecedores para as empresas. A partir deste estudo foi construído um inquérito de resposta curta, enviado a empresas a laborar em Portugal, para se obter as importâncias dadas aos critérios por parte das empresas. Com estas respostas conclui-se que critérios relacionados com a qualidade e o custo são os mais relevantes. Relativamente aos métodos, foram estudados teórica e praticamente, o AHP e o SMART. O primeiro por ser o mais referenciado nos artigos estudados e o segundo por ser o mais simples de implementar e usar. No SMART foram criadas as funções valor para regerem o funcionamento do método. Estas funções foram desenvolvidas de raiz, com base num estudo bibliográfico prévio para cada um dos subcritérios, para se entender qual o melhor tipo de função a aplicar definindo matematicamente melhor o comportamento de cada um deles. A tomada de decisão é bastante importante nas organizações, pois pode conduzir ao sucesso ou insucesso. Assim é explicado a envolvente da tomada de decisão, o problema da seleção dos fornecedores, como se desenvolve o processo de seleção e quais são os métodos existentes para auxiliar a escolha dos mesmos. Por fim é apresentado o modelo proposto baseado nos resultados obtidos através do inquérito, e a aplicação dos dois métodos (AHP e SMART) para um melhor entendimento dos mesmos.

Modelação e reforço de vigas de betão armado com laminados de fibra de carbono

Com o atual estado da construção em Portugal, a reabilitação urbana é uma realidade. Com muitos dos edifícios a necessitarem de reforço, procurou-se abordar o comportamento real das estruturas, indo além da típica análise linear elástica. Desta forma, pretendeu-se aumentar o conhecimento acerca da modelação numérica não-linear de estruturas de betão armado, expondo modelos de cálculo relativamente simples e de fácil compreensão, com o objetivo de servir de base a uma avaliação da capacidade de carga de um elemento estrutural. O modelo de cálculo foi validado com recurso ao trabalho experimental de Bresler e Scordelis (1963). Analisou-se o comportamento até à rotura de três vigas ensaiadas à flexão. Posteriormente, foi realizado um estudo paramétrico de algumas propriedades do betão com vista à discussão do melhor de ajuste. Em seguida, já no campo do reforço estrutural, simulou-se numericamente vigas reforçadas com CFRP, com recurso à técnica EBR e NSM. Comparam-se os resultados numéricos com os ensaios experimentais de Cruz et al. (2011a). Avaliou-se ainda o desempenho de soluções alternativas com variações na área e comprimento dos laminados. Para finalizar, foi desenvolvida uma campanha experimental com diferentes áreas de reforço. Conceberam-se e executaram-se três vigas de betão armado sobre as quais se instalaram laminados de CFRP. Os resultados experimentais são apresentados e discutidos à luz dos resultados do respetivo modelo numérico. No cômputo geral, o presente trabalho permitiu aferir a validade de modelos não-lineares na previsão do comportamento efetivo das estruturas até à rotura. Assinala-se a concordância em vários resultados experimentais analisados. Ficaram também patentes os principais fenómenos ligados ao reforço de vigas com CFRP, focados nos respetivos modelos de cálculo e nos resultados experimentais apresentados.

Estudo laboratorial de escoamentos em leitos com vegetação emersa e rígida

Dissertação apresentada na Faculdade de Ciências e Tecnologia da Universidade Nova de Lisboa para obtenção do grau de Mestre em Engenharia Civil,Perfil de Construção

Experimental infection and horizontal transmission of Bartonella henselae in domestic cats

In order to study B. henselae transmission among cats, five young cats were kept in confinement for two years, one of them being inoculated by SC route with B. henselae (10(5) UFC). Only occasional contact among cats occurred but the presence of fleas was observed in all animals throughout the period. Blood culture for isolation of bacteria, PCR-HSP and FTSZ (gender specific), and BH-PCR (species-specific), as well as indirect immunofluorescence method for anti-B. henselae antibodies were performed to confirm the infection of the inoculated cat as well as the other naive cats. Considering the inoculated animal, B. henselae was first isolated by blood culture two months after inoculation, bacteremia last for four months, the specific antibodies being detected by IFI during the entire period. All contacting animals presented with bacteremia 6 months after experimental inoculation but IFI did not detect seroconversion in these animals. All the isolates from these cats were characterized as Bartonella (HSP and FTSZ-PCR), henselae (BH-PCR). However, DNA of B. henselae could not be amplified directly from peripheral blood by the PCR protocols used. Isolation of bacteria by blood culture was the most efficient method to diagnose infection compared to PCR or IFI. The role of fleas in the epidemiology of B. henselae infection in cats is discussed.