The nesting biology of Ceratina (Hymenoptera: Apidae) in the Niagara Region : new species, nest site selection and parasitism

One of the most common bee genera in the Niagara Region, the genus Ceratina (Hymenoptera: Apidae) is composed of four species, C. dupla, C. calcarata, the very rare C. strenua, and a previously unknown species provisionally named C. near dupla. The primary goal of this thesis was to investigate how these closely related species coexist with one another in the Niagara ~ee community. The first necessary step was to describe and compare the nesting biologies and life histories of the three most common species, C. dupla, C. calcarata and the new C. near dupla, which was conducted in 2008 via nest collections and pan trapping. Ceratina dupla and C. calcarata were common, each comprising 49% of the population, while C. near dupla was rare, comprising only 2% of the population. Ceratina dupla and C. near dupla both nested more commonly in teasel (Dipsacus sp.) in the sun, occasionally in raspberry (Rubus sp.) in the shade, and never in shady sumac (Rhus sp.), while C. calcarata nested most commonly in raspberry and sumac (shaded) and occasionally in teasel (sunny). Ceratina near dupla differed from both C. dupla and C. calcarata in that it appeared to be partially bivoltine, with some females founding nests very early and then again very late in the season. To examine the interactions and possible competition for nests that may be taking place between C. dupla and C. calcarata, a nest choice experiment was conducted in 2009. This experiment allowed both species to choose among twigs from all three substrates in the sun and in the shade. I then compared the results from 2008 (where bees chose from what was available), to where they nested when given all options (2009 experiment). Both C. dupla and C. calcarata had the same preferences for microhabitat and nest substrate in 2009, that being raspberry and sumac twigs in the sun. As that microhabitat and nest substrate combination is extremely rare in nature, both species must make a choice. In nature Ceratina dupla nests more often in the preferred microhabitat (sun), while C. calcarata nests in the preferred substrate (raspberry). Nesting in the shade also leads to smaller clutch sizes, higher parasitism and lower numbers of live brood in C. calcarata, suggesting that C. dupla may be outcompeting C. calcarata for the sunny nesting sites. The development and host preferences of Ceratina parasitoids were also examined. Ceratina species in Niagara were parasitized by no less than eight species of arthropod. Six of these were wasps from the superfamily Chalcidoidea (Hymenoptera), one was a wasp from the family Ichneumonidae (Hymenoptera) and one was a physogastric mite from the family Pyemotidae (Acari). Parasites shared a wide range of developmental strategies, from ichneumonid larvae that needed to consume multiple Ceratina immatures to complete development, to the species from the Eulophidae (Baryscapus) and Encyrtidae (Coelopencyrtus), in which multiple individuals completed development inside a single Ceratina host. Biological data on parasitoids is scarce in the scientific literature, and this Chapter documents these interactions for future research.

Delineation of within-site terroir effects using soil and vine water measurements in Riesling vineyards within the Niagara Peninsula

The major focus of this dissertation was to explain terroir effects that impact wine varietal character and to elucidate potential determinants of terroir by testing vine water status (VWS) as the major factor of the terroir effect. It was hypothesized that consistent water status zones could be identified within vineyard sites, and, that differences in vine performance, fruit composition and wine sensory attributes could be related to VWS. To test this hypothesis, ten commercial Riesling vineyards representative of each Vintners Quality Alliance sub-appellation were selected. Vineyards were delineated using global positioning systems and 75 to 80 sentinel vines per vineyard were geo-referenced for data collection. During the 2005 to 2007 growing seasons, VWS measurements [midday leaf water potential ('l')] were collected from a subset of these sentinel vines. Data were collected on soil texture and composition, soil moisture, vine performance (yield components, vine size) and fruit composition. These variables were mapped using global information system (GIS) software and relationships between them were elucidated. Vines were categorized into "low" and "high" water status regions within each vineyard block and replicate wines were made from each. Many geospatial patterns and relationships were spatially and temporally stable within vineyards. Leaf'l' was temporally stable within vineyards despite different weather conditions during each growing season. Generally, spatial relationships between 'l', soil moisture, vine size, berry weight and yield were stable from year to year. Leaf", impacted fruit composition in several vineyards. Through sorting tasks and multidimensional scaling, wines of similar VWS had similar sensory properties. Descriptive analysis further indicated that VWS impacted wine sensory profiles, with similar attributes being different for wines from different water status zones. Vineyard designation had an effect on wine profiles, with certain sensory and chemical attributes being associated from different subappellations. However, wines were generally grouped in terms of their regional designation ('Lakeshore', 'Bench', 'Plains') within the Niagara Peninsula. Through multivariate analyses, specific sensory attributes, viticulture and chemical variables were associated with wines of different VWS. Vine water status was a major contributor to the terroir effect, as it had a major impact on vine size, berry weight and wine sensory characteristics.

DINOFLAGELLATE CYSTS FROM THE LATEST MIOCENE THROUGH MIDDLE PLEISTOCENE OF THE CARIBBEAN SEA, ODP SITE 1000: BIOSTRATIGRAPHY, PALEOCEANOGRAPHY, AND SHOALING OF THE CENTRAL AMERICAN SEAWAY

This is the first detailed study of organic-walled dinoflagellate cysts (dinocysts) and acritarchs for the latest Miocene–Middle Pleistocene of Ocean Drilling Program Site 1000 in the Caribbean Sea. Well-preserved and moderately diverse dinocysts and other palynomorphs reflect the interplay between neritic (carbonate-platform sourced) and oceanic species. The dinocyst biostratigraphy is tied to an existing marine isotope stratigraphy for the interval 5.5–2.2 Ma. For the interval 5.5–3.8 Ma, palynological samples are coupled to published sea-surface temperature estimates based on planktonic foraminiferal Mg/Ca. Changes in dinocyst assemblage composition are noted at ca. 4.6 Ma when shoaling of the Central American Seaway caused a temperature rise in the Caribbean, ca. 3.8–3.6 Ma, during the cold Marine Isotope Stage M2 when pronounced warming occurred, at ca. 2.7 Ma where possible weak cooling may reflect the onset of Northern Hemisphere glaciation, and in the Middle Pleistocene presumably reflecting global cooling and sea-level fall.

Camp Niagara Field Site States Forms from July to October 1916

A set of forms which was held together by a string. The title page is brittle and crumbling. Each page is dated and signed either by the Colonel or Lieutenant Colonel A.A.G. [Assistand Adjutant General] Niagara.

Samuel DeVeaux Woodruff, Casualty Details, Grave site information etc.

Copies (these items were copied from the internet) of Samuel DeVeaux's attestation paper, casualty details and a copy of a photo of Wailly Orchard Cemetery in which the old wooden crosses have been replaced by stones.

(A) Photoregulation of DNA Functions by Cyclic Azobenzene-tethered Oligonucleotides (B) Site-specific Fluorescent Labeling of DNA using Inverse Electron Demand Diels-Alder Reaction between trans-Cyclooctene Derivatives and BODIPY-Tetrazine Adducts

(A) Most azobenzene-based photoswitches require UV light for photoisomerization, which limit their applications in biological systems due to possible photodamage. Cyclic azobenzene derivatives, on the other hand, can undergo cis-trans isomerization when exposed to visible light. A shortened synthetic scheme was developed for the preparation of a building block containing cyclic azobenzene and D-threoninol (cAB-Thr). trans-Cyclic azobenzene was found to thermally isomerize back to the cis-form in a temperature-dependent manner. cAB-Thr was transformed into the corresponding phosphoramidite and subsequently incorporated into oligonucleotides by solid phase synthesis. Melting temperature measurement suggested that incorporation of cis-cAB into oligonucleotides destabilizes DNA duplexes, these findings corroborate with circular dichroism measurement. Finally, Fluorescent Energy Resonance Transfer experiments indicated that trans-cAB can be accommodated in DNA duplexes. (B) Inverse Electron Demand Diels-Alder reactions (IEDDA) between trans-olefins and tetrazines provide a powerful alternative to existing ligation chemistries due to its fast reaction rate, bioorthogonality and mutual orthogonality with other click reactions. In this project, an attempt was pursued to synthesize trans-cyclooctene building blocks for oligonucleotide labeling by reacting with BODIPY-tetrazine. Rel-(1R-4E-pR)-cyclooct-4-enol and rel-(1R,8S,9S,4E)-Bicyclo[6.1.0]non-4-ene-9-ylmethanol were synthesized and then transformed into the corresponding propargyl ether. Subsequent Sonogashira reactions between these propargylated compounds with DMT-protected 5-iododeoxyuridine failed to give the desired products. Finally a methodology was pursued for the synthesis of BODIPY-tetrazine conjugates that will be used in future IEDDA reactions with trans-cyclooctene modified oligonucleotides.

Optimizing Computational Frameworks to Study the Influence of the Protein Environment on the Individual Site Energies of Chromophores in Photosystem II of Photosynthesis

Photosynthesis is a process in which electromagnetic radiation is converted into chemical energy. Photosystems capture photons with chromophores and transfer their energy to reaction centers using chromophores as a medium. In the reaction center, the excitation energy is used to perform chemical reactions. Knowledge of chromophore site energies is crucial to the understanding of excitation energy transfer pathways in photosystems and the ability to compute the site energies in a fast and accurate manner is mandatory for investigating how protein dynamics ef-fect the site energies and ultimately energy pathways with time. In this work we developed two software frameworks designed to optimize the calculations of chro-mophore site energies within a protein environment. The first is for performing quantum mechanical energy optimizations on molecules and the second is for com-puting site energies of chromophores in a fast and accurate manner using the polar-izability embedding method. The two frameworks allow for the fast and accurate calculation of chromophore site energies within proteins, ultimately allowing for the effect of protein dynamics on energy pathways to be studied. We use these frame-works to compute the site energies of the eight chromophores in the reaction center of photosystem II (PSII) using a 1.9 Å resolution x-ray structure of photosystem II. We compare our results to conflicting experimental data obtained from both isolat-ed intact PSII core preparations and the minimal reaction center preparation of PSII, and find our work more supportive of the former.

Suppression of long-branch attraction artefacts in the animal phylogeny using a site-heterogeneous model

Affiliation: Département de Biochimie, Université de Montréal

A step-by-step guide for building localised versions of the MIC site. Version 1.1

This is a test version of the kit for localising the Moving Image Collections (MIC) site, designed in the context of a research project undertaken by the Audiovisual and Multimedia Section (AVMS) of IFLA.

Études Structurales par Résonance Magnétique Nucléaire (RMN) du Site Actif du Ribozyme VS de Neurospora.

Nous étudions le ribozyme VS de Neurospora, en tant que système modèle, pour augmenter nos connaissances sur la relation entre la structure et la fonction chez les ARNs, ainsi que pour mieux comprendre le mécanisme de clivage de ce ribozyme. Il a été proposé précédemment que la boucle interne A730 dans la tige-boucle VI (SLVI) contient le site actif du ribozyme et lie un ou plusieurs ions métalliques qui pourraient participer au mécanisme réactionnel. Nous avons déterminé par spectroscopie RMN la structure de la tige-boucle SLVI contenant la boucle A730 afin d’éclaircir ce mécanisme. La structure obtenue est en accord avec les études biochimiques antérieures et présente un ou plusieurs sites de liaison au magnésium associé à la boucle interne. Suite à des études de cinétique et de mutagenèse, il a été proposé qu’une adénine localisée dans le site actif, A756, participe à la catalyse par acide/base générale. Des études de pH effectuées précédemment ont identifié un pKa catalytique (5.2-5.8) qui correspond probablement à l’équilibre de protonation du A756. À l’aide de méthodes utilisant le carbone-13, nous avons identifié un pKa modifié appartenant au A756, ce qui supporte le rôle de ce résidu dans la catalyse par acide/base générale. Les études structurales présentées ici aident donc à augmenter notre compréhension du mécanisme de clivage chez le ribozyme VS.

Directed evolution of human dihydrofolate reductase: towards a better understanding of binding at the active site

La dihydrofolate réductase humaine (DHFRh) est une enzyme essentielle à la prolifération cellulaire, ce qui en fait une cible de choix pour le traitement de différents cancers. À cet effet, plusieurs inhibiteurs spécifiques de la DHFRh, les antifolates, ont été mis au point : le méthotrexate (MTX) et le pemetrexed (PMTX) en sont de bons exemples. Malgré l’efficacité clinique certaine de ces antifolates, le développement de nouveaux traitements s’avère nécessaire afin de réduire les effets secondaires liés à leur utilisation. Enfin, dans l’optique d’orienter la synthèse de nouveaux composés inhibiteurs des DHFRh, une meilleure connaissance des interactions entre les antifolates et leur enzyme cible est primordiale. À l’aide de l’évolution dirigée, il a été possible d’identifier des mutants de la DHFRh pour lesquels l’affinité envers des antifolates cliniquement actifs se voyait modifiée. La mutagenèse dite ¬¬de saturation a été utilisée afin de générer des banques de mutants présentant une diversité génétique au niveau des résidus du site actif de l’enzyme d’intérêt. De plus, une nouvelle méthode de criblage a été mise au point, laquelle s’est avérée efficace pour départager les mutations ayant entrainé une résistance aux antifolates et/ou un maintient de l’activité enzymatique envers son substrat natif, soient les phénotypes d’activité. La méthode de criblage consiste dans un premier temps en une sélection bactérienne à haut débit, puis dans un second temps en un criblage sur plaques permettant d’identifier les meilleurs candidats. Plusieurs mutants actifs de la DHFRh, résistants aux antifolates, ont ainsi pu être identifiés et caractérisés lors d’études de cinétique enzymatique (kcat et IC50). Sur la base de ces résultats cinétiques, de la modélisation moléculaire et des données structurales de la littérature, une étude structure-activité a été effectuée. En regardant quelles mutations ont les effets les plus significatif sur la liaison, nous avons commencé à construire un carte moléculaire des contacts impliqués dans la liaison des ligands. Enfin, des connaissances supplémentaires sur les propriétés spécifiques de liaison ont put être acquises en variant l’inhibiteur testé, permettant ainsi une meilleure compréhension du phénomène de discrimination du ligand.

Mutagénèse semi-aléatoire au site actif de la DHFR humaine : création et caractérisation de variantes hautement résistantes au MTX.

La dihydrofolate réductase humaine (DHFRh) est une enzyme essentielle à la prolifération cellulaire. Elle réduit le dihydrofolate en tétrahydrofolate, un co-facteur impliqué dans la biosynthèse des purines et du thymidylate. La DHFRh est une cible de choix pour des agents de chimiothérapie comme le méthotrexate (MTX), inhibant spécifiquement l’enzyme ce qui mène à un arrêt de la prolifération et ultimement à la mort cellulaire. Le MTX est utilisé pour le traitement de plusieurs maladies prolifératives, incluant le cancer. La grande utilisation du MTX dans le milieu clinique a mené au développement de mécanismes de résistance, qui réduisent l’efficacité de traitement. La présente étude se penche sur l’un des mécanismes de résistance, soit des mutations dans la DHFRh qui réduisent son affinité pour le MTX, dans le but de mieux comprendre les éléments moléculaires requis pour la reconnaissance de l’inhibiteur au site actif de l’enzyme. En parallèle, nous visons à identifier des variantes plus résistantes au MTX pour leur utilisation en tant que marqueurs de sélection en culture cellulaire pour des systèmes particuliers, tel que la culture de cellules hématopoïétiques souches (CHS), qui offrent des possibilités intéressantes dans le domaine de la thérapie cellulaire. Pour étudier le rôle des différentes régions du site actif, et pour vérifier la présence d’une corrélation entre des mutations à ces régions et une augmentation de la résistance au MTX, une stratégie combinatoire a été dévelopée pour la création de plusieurs banques de variantes à des résidus du site actif à proximité du MTX lié. Les banques ont été sélectionnées in vivo dans un système bactérien en utilisant des milieux de croissance contenant des hautes concentrations de MTX. La banque DHFRh 31/34/35 généra un nombre considérable de variantes combinatoires de la DHFRh hautement résistantes au MTX. Les variantes les plus intéressantes ont été testées pour leur potentiel en tant que marqueur de sélection dans plusieurs lignées cellulaires, dont les cellules hématopoïétiques transduites. Une protection complète contre les effets cytotoxiques du MTX a été observée chez ces cellules suite à leur infection avec les variantes combinatoires. Pour mieux comprendre les causes moléculaires reliées à la résistance au MTX, des études de structure tridimensionnelle de variantes liées au MTX ont été entreprises. La résolution de la structure de la double variante F31R/Q35E lié au MTX a révélé que le phénotype de résistance était attribuable à d’importantes différences entre le site actif de la double variante et de l’enzyme native, possiblement dû à un phénomème dynamique. Une compréhension plus générale de la reconnaissance et la résistance aux antifolates a été réalisée en comparant des séquences et des structures de variantes de la DHFR résistants aux antifolates et provenant de différentes espèces. En somme, ces travaux apportent de nouveaux éléments pour la comprehension des intéractions importantes entre une enzyme et un ligand, pouvant aider au développement de nouveaux antifolates plus efficaces pour le traitement de diverses maladies. De plus, ces travaux ont généré de nouveaux gènes de résistance pouvant être utilisés en tant que marqueurs de sélection en biologie cellulaire.

Diminution de la performance motrice du membre ipsilatéral au site de l’accident vasculaire cérébral lors de tâches bilatérales

Suite à un accident vasculaire cérébral (AVC), des déficits au membre controlatéral et ipsilatéral à la lésion cérébrale sont observés chez les personnes avec un AVC. La performance du membre ipsilatéral est déterminée par l’importance de la sévérité clinique du membre controlatéral ainsi que par l’adéquation du traitement bihémisphérique des informations sensori-motrices. L’objectif de la présente étude est de comparer la performance motrice de la main ipsilatérale lors de diverses tâches nécessitant un niveau plus ou moins complexe de traitement de l’information chez une clientèle hémiplégique ayant une faible sévérité clinique. Les résultats démontrent que les forces de pinces entre le pouce et l’index du membre ipsilatéral sont modulées et anticipées adéquatement chez les personnes avec un AVC ayant une faible sévérité clinique tel que démontré par des scores de cinq ou plus au Chedoke-McMaster Stroke Assessment (modules bras et main). La performance motrice du membre ipsilatéral lors de l’exécution d’une tâche de coordination bilatérale est comparable à celle du membre dominant des sujets sains lorsque la tâche est réalisée sans interaction entre les membres supérieurs (deux objets) et elle est perturbée lorsqu’elle implique une action coordonnée et réciproque des membres supérieurs sur un même objet. Ces personnes, ayant une bonne récupération motrice, ont donc une problématique centrale d’intégration et de traitement de l’information sensori-motrice lorsqu’il y a une complexification de la tâche à réaliser. Ces résultats suggèrent donc que les cliniciens devraient porter une attention plus particulière aux activités unilatérales et de coordination bilatérales lors le l’exécution de tâches complexes nécessitant un niveau d’intégration sensori-motrice élevé.

Le site CjEd-8 : l'Archaïque supérieur au Témiscouata

Occupé depuis près de 10 000 ans, le Témiscouata est un lieu clé pour mieux comprendre la préhistoire du Québec, en raison de son emplacement stratégique entre l’Atlantique et la vallée du Saint-Laurent et de la cinquantaine de sites archéologiques connus dans la région. Le site CjEd-8 est le seul site associé à l’Archaïque supérieur (6 000 à 4 000 ans avant aujourd’hui) connu dans la région. Cette recherche palethnographique porte sur l’analyse de la collection lithique du site archéologique CjEd-8. Nos questions de recherche sont les suivantes : quel était le mode de vie et les activités des occupants du site CjEd-8? Quel était leur environnement et comment s’y sont-ils adapté? Comment l’espace était-il utilisé sur le site? Comment ce site se compare-t-il aux autres sites de l’Archaïque supérieur au Québec et dans le nord-est américain? Est-il possible de relier l’occupation du site CjEd-8 à un plus vaste cadre régional ou culturel, comme un réseau d’interaction, par exemple? Nous avons effectué une analyse techno-morphologique individuelle de tous les outils et du débitage de la collection. Nous avons pu constater que tous les stades de réduction lithique (initial, intermédiaire et final) sont présents sur le site CjEd-8. Les matières premières locales sont représentées dans tous ces stades de réduction, bien que les matières premières exotiques soient surtout présentes au sein du stade initial de réduction, davantage que les matières premières locales. Ceci laisse croire que le dégrossissement initial des blocs et galets de matière première locale se faisait ailleurs que sur le site, fort probablement sur les carrières de chert de la région, et que des matières exotiques ont aussi été travaillées sur le site. Des activités de taille ont eu lieu sur les deux zones du site, probablement autour de deux foyers distincts. Les quelques individus présents y sont demeurés très brièvement, semblent avoir effectué un nombre limité d’activités et sont peut-être repassés quelques temps après. L’Archaïque supérieur est caractérisé par une augmentation de la population et par l’intensification des interactions et de l’appartenance régionale. Or, il semblerait que ce soit l’inverse que l’on observe archéologiquement au Témiscouata. L’assemblage de CjEd-8 ne présente aucune ressemblance particulière avec les sites associés à l’Archaïque supérieur au Québec, bien que pour presque tous ces sites, on constate une exploitation importante des matières premières locales (même si ces dernières sont de qualité moyenne), combinée à l’exploitation de matières premières exotiques de sources très éloignées. L’industrie du quartz, importante dans la plupart des sites de l’Archaïque supérieur, se reflète très peu sur CjEd-8. Bien qu’il nous soit impossible d’associer l’occupation du site CjEd-8 à une tradition culturelle précise, cela ne signifie pas que ses occupants n’étaient pas en interaction avec l’une ou l’autre des entités culturelles de la fin de l’Archaïque, que ce soit avec les groupes de la région de Quoddy, de la Gaspésie, de la Vallée du Saint-Laurent, de l’Outaouais, de la Haute Côte nord, du Vermont, de l’État de New York et de l’intérieur du Maine. La question des modes de subsistance des occupants de CjEd-8 n’a pas été soulevée lors de nos analyses. Nous savons toutefois que les occupants du Témiscouata avaient alors accès à une faune riche et diversifiée.

Reconversion de l'usine Gaspésia de Chandler. D'un site industriel à un parc récréo-industriel

Affiche de projet terminal, baccalauréat en Urbanisme. Institut d'urbanisme, Université de Montréal.