Sensitivity and specificity of pooled faecal culture and serology as flock-screening tests for detection of ovine paratuberculosis in Australia

The flock-level sensitivity of pooled faecal culture and serological testing using AGID for the detection of ovine Johne's disease-infected flocks were estimated using non-gold-standard methods. The two tests were compared in an extensive field trial in 296 flocks in New South Wales during 1998. In each flock, a sample of sheep was selected and tested for ovine Johne's disease using both the AGID and pooled faecal culture. The flock-specificity of pooled faecal culture also was estimated from results of surveillance and market-assurance testing in New South Wales. The overall flock-sensitivity of pooled faecal culture was 92% (95% CI: 82.4 and 97.4%) compared to 61% (50.5 and 70.9%) for serology (assuming that both tests were 100% specific). In low-prevalence flocks (estimated prevalence

Characterisation of chronic lateral epicondylalgia using the McGill pain questionnaire, visual analog scales, and quantitative sensory tests

Aims: To characterise chronic lateral epicondylalgia using the McGill Pain Questionnaire, Visual Analog Scales for pain and function, and Quantitative Sensory Tests; and to examine the relationship between these tests in a population with chronic lateral epicondylalgia. Method: Fifty-six patients (29 female, 27 male) diagnosed with unilateral lateral epicondylalgia of 18.7 months (mean) duration (range 1-300), with a mean age of 50.7 years (range 27-73) participated in this study. Each participant underwent assessment with the McGill Pain Questionnaire (MPQ), Visual Analog Scales (VAS) for pain and function. and Quantitative Sensory Tests (QST) including thermal and pressure pain thresholds, pain free grip strength, and neuromeningeal tissue testing via the upper limb tension test 2b (ULTT 2b). Results: Moderate correlation (r = .338-.514, p = .000-.013) was found between all indices of the MPQ and VAS for pain experienced in the previous 24 hours and week. Thermal pain threshold was found to be significantly higher in males. A significant poor to moderate correlation was found between the Pain Rating Index (PRI) in the sensory category of the MPQ and ULTT2b scores (r = .353, p = .038). There was no other significant correlation between MPQ and QST data. Pain free grip strength was poorly yet significantly correlated with duration of pathology (r = 318, p = .038). Conclusion: The findings of this study are in agreement with others (Melzack and Katz, 1994) regarding the multidimensional nature of pain, in a condition conventionally conceived as a musculoskeletal pain state. The findings also suggest that utilisation of only one pain measurement tool is unlikely to provide a thorough clinical picture of pain experienced with chronic lateral epicondylalgia.

Bridging the gap between different statistical approaches: An integrated framework for modelling

This paper proposes a template for modelling complex datasets that integrates traditional statistical modelling approaches with more recent advances in statistics and modelling through an exploratory framework. Our approach builds on the well-known and long standing traditional idea of 'good practice in statistics' by establishing a comprehensive framework for modelling that focuses on exploration, prediction, interpretation and reliability assessment, a relatively new idea that allows individual assessment of predictions. The integrated framework we present comprises two stages. The first involves the use of exploratory methods to help visually understand the data and identify a parsimonious set of explanatory variables. The second encompasses a two step modelling process, where the use of non-parametric methods such as decision trees and generalized additive models are promoted to identify important variables and their modelling relationship with the response before a final predictive model is considered. We focus on fitting the predictive model using parametric, non-parametric and Bayesian approaches. This paper is motivated by a medical problem where interest focuses on developing a risk stratification system for morbidity of 1,710 cardiac patients given a suite of demographic, clinical and preoperative variables. Although the methods we use are applied specifically to this case study, these methods can be applied across any field, irrespective of the type of response.

A study of five cervicocephalic relocation tests in three different subject groups

Objective: To compare head relocation accuracy in traumatic ( whiplash), insidious onset neck pain patients and asymptomatic subjects when targeting a natural head posture (NHP) and complex predetermined positions. Design: A case-control study. Setting: University-based musculoskeletal research clinic. Participants: Sixty-three volunteers divided into three groups of similar gender and age: Group 1 (n=21) an asymptomatic group; group 2 (n=20) insidious onset neck pain; group 3 (n=22) a history of whiplash injury. Intervention: Five randomly ordered tests designed to detect relocation accuracy of the head. Outcome measures: A 3-Space Fastrak system measured the mean absolute relocation error of three trials of each relocation test. Results: A significant difference was found between groups in one of the tests targeting the NHP (p=0.001). Post-hoc pairwise comparisons revealed a significant difference (pless than or equal to0.05) between the asymptomatic group and each symptomatic group. The difference between the symptomatic groups just failed to reach significance (p=0.07). None of the other four tests revealed significant differences. Conclusion: The test of targeting the NHP indicates that relocation inaccuracy exists in patients with neck pain with a trend to suggest that the deficit may be greater in whiplash patients. Tests employing unfamiliar postures or more complex movement were not successful in differentiating subject groups.

Effect of changing data collection parameters on statistical motor unit number estimates

The effect of number of samples and selection of data for analysis on the calculation of surface motor unit potential (SMUP) size in the statistical method of motor unit number estimates (MUNE) was determined in 10 normal subjects and 10 with amyotrophic lateral sclerosis (ALS). We recorded 500 sequential compound muscle action potentials (CMAPs) at three different stable stimulus intensities (10–50% of maximal CMAP). Estimated mean SMUP sizes were calculated using Poisson statistical assumptions from the variance of 500 sequential CMAP obtained at each stimulus intensity. The results with the 500 data points were compared with smaller subsets from the same data set. The results using a range of 50–80% of the 500 data points were compared with the full 500. The effect of restricting analysis to data between 5–20% of the CMAP and to standard deviation limits was also assessed. No differences in mean SMUP size were found with stimulus intensity or use of different ranges of data. Consistency was improved with a greater sample number. Data within 5% of CMAP size gave both increased consistency and reduced mean SMUP size in many subjects, but excluded valid responses present at that stimulus intensity. These changes were more prominent in ALS patients in whom the presence of isolated SMUP responses was a striking difference from normal subjects. Noise, spurious data, and large SMUP limited the Poisson assumptions. When these factors are considered, consistent statistical MUNE can be calculated from a continuous sequence of data points. A 2 to 2.5 SD or 10% window are reasonable methods of limiting data for analysis. Muscle Nerve 27: 320–331, 2003

Polymerase chain reaction tests for the identification of Ross River, Kunjin and Murray Valley encephalitis virus infections in horses

Objective To develop and validate specific, sensitive and rapid diagnostic tests using RT-PCR for the detection of Ross River virus (RRV), Kunjin virus (KV) and Murray Valley encephalitis virus (MVEV) infections in horses. Methods Primer sets based on nucleotide sequence encoding the envelope glycoprotein E2 of RRV and on the nonstructural protein 5 (NS5) of KV and MVEV were designed and used in single round PCRs to test for the respective viruses in infected cell cultures and, in the case of RRV, in samples of horse blood and synovial fluid. Results The primer pairs designed for each of the three viruses amplified a product of expected size from prototype viruses that were grown in cell culture. The identity of each of the products was confirmed by nucleotide sequencing indicating that in the context used the RT-PCRs were specific. RRV was detected in serums from 8 horses for which there were clinical signs consistent with RRV infection such that an acute-phase serum sample was taken and submitted for RRV serology testing. The RRV RT-PCR was analytically sensitive in that it was estimated to detect as little as 50 TCID50 of RRV per mL of serum and was specific in that the primer pairs did not amplify other products from the 8 serum samples. The RRV primers also detected virus in three independent mosquito pools known to contain RRV by virus isolation in cell culture. Samples from horses suspected to be infected with KV and MVEV were not available. Conclusion Despite much anecdotal and serological evidence for infection of horses with RRV actual infection and associated clinical disease are infrequently confirmed. The availability of a specific and analytically sensitive RT-PCR for the detection of RRV provides additional opportunities to confirm the presence of this virus in clinical samples. The RTPCR primers for the diagnosis of KV and MVEV infections were shown to be specific for cell culture grown viruses but the further validation of these tests requires the availability of appropriate clinical samples from infected horses.

Avaliação assistida informatizada : indicadores do potencial cognitivo de crianças com deficiência

A identificação e a avaliação de crianças com desenvolvimento atípico configuram um processo muito importante para subsidiar as estratégias de ensino voltadas para a promoção do potencial de aprendizagem. O interesse em relação ao prognóstico de crianças com deficiência tem impulsionado o desenvolvimento de novas tecnologias e pesquisas relacionadas à avaliação, prevenção e intervenção. Nesse contexto, torna-se relevante verificar com instrumentos adequados indicadores linguísticos, cognitivos e comportamentais, para assim traçar metas a partir daquilo que as crianças podem aprender. Dessa forma, esta pesquisa teve por objetivo verificar se a avaliação assistida informatizada se apresenta como uma modalidade de diagnóstico mais prescritivo do desenvolvimento cognitivo, quando comparada à avaliação psicométrica, na aplicação em crianças com deficiência. Na modalidade assistida há ajuda do examinador para conduzir a criança a um melhor nível de desempenho cognitivo. Participaram 11 crianças que frequentam uma instituição de atendimento clínico, em saúde, para crianças com deficiência, na Grande Vitória. Na avaliação psicométrica foram utilizados a Escala de Maturidade Mental Colúmbia computadorizada – Colúmbiacomp e o Teste de Vocabulário por Imagens Peabody - TVIPcomp. Na avaliação assistida informatizada foram aplicadas três provas voltadas para as habilidades de classificação e raciocínio analógico: Exclusão de Objetos, Exclusão de Figuras Geométricas e Jogo de Analogia de Figuras, no ambiente informatizado SINDAPSI. Protocolos de registro de fatores afetivo-motivacionais e de operações cognitivas foram utilizados durante as tarefas assistidas. Na avaliação do comportamento, o Child Behavior Checklist – CBCL foi respondido pelas mães. Dados documentais e dos instrumentos foram submetidos à análise estatística descritiva para verificar o desempenho das crianças nas duas formas de avaliação informatizada (psicométrica e assistida). Nos testes psicométricos, 64% das crianças alcançaram índice “abaixo da média” no TVIPcomp, e 55% “médio-inferior” no Colúmbiacomp. Em relação ao perfil de desempenho cognitivo, na Prova de Exclusão de Objetos computadorizada 55% das crianças foram avaliadas como “não-mantenedoras”. Na Prova de Exclusão de Figuras Geométricas computadorizada 55% da amostra foi classificada no perfil “alto-escore”, e no Jogo de Analogias de Figuras computadorizado 45% apresentou o perfil “ganhador”. A amostra demonstrou níveis de dificuldade na realização dos testes,tanto na modalidade psicométrica quanto assistida. Contudo, o desempenho nos testes assistidos foi relativamente melhor, evidenciando que o grupo se beneficiou da mediação,implementada na fase de assistência, para melhorar as habilidades cognitivas. Além disso, a apresentação informatizada dos testes apresentou-se como fator motivador para a realização e persistência nas tarefas.

O impacto da exposição a experiências adversas na infância na ocorrência de dor crônica e depressão na vida adulta

A associação entre experiências adversas na infância e o desencadeamento de depressão ou dor crônica na vida adulta tem sido documentada, assim como a relação entre os sintomas de dor crônica e depressão. No entanto, há poucos estudos avaliando o papel da exposição a experiências adversas na infância na ocorrência dessa comorbidade. O objetivo deste trabalho é avaliar a influência da exposição a experiências adversas na infância na ocorrência de dor crônica, de depressão e na comorbidade dor crônica e depressão na vida adulta, em uma amostra da população geral adulta (maiores de 18 anos) residente na Região metropolitana de São Paulo, Brasil. Os dados são resultantes do Estudo Epidemiológicos dos Transtornos Mentais São Paulo Megacity. Os respondentes foram avaliados usando a versão desenvolvida para o Estudo Mundial de Saúde Mental do Composite International Diagnostic Interview da Organização Mundial da Saúde (WMH-CIDI), que é composto por módulos clínicos e nãoclínicos provendo diagnósticos de acordo com os critérios do Manual Diagnóstico e Estatístico dos Transtornos Mentais 4ª edição (DSM-IV). Um total de 5.037 indivíduos foi entrevistado, com uma taxa global de resposta de 81,3%. Foram realizadas análises descritivas para médias e proporções, e associações (Razões de Chances – OR) entre experiências adversas na infância, dor crônica e depressão através de regressão logística. Todas as análises foram realizadas através do programa estatístico Data Analysis and Statistical Software versão 12.0 (STATA 12.0), com testes bi-caudais com nível de significância de 5%. Uma elevada taxa de prevalência de dor crônica (31%, Erro Padrão [ER]=0.8) foi encontrada, Dor Crônica esteve associada aos transtornos de ansiedade (OR=2,3; 95% IC=1,9 – 3,0), transtornos de humor (OR=3,3; IC=2,6 – 4,4) em qualquer transtorno mental (OR=2,7; 95% IC=2,3 – 3,3). As adversidades na infância estiveram fortemente associadas aos respondentes com dor crônica e depressão concomitante, principalmente quanto ao abuso físico (OR=2,7; 95% IC=2,1 – 3,5) e sexual (OR=7,4; 95% IC=3,4 – 16,1).

Controle estatístico de processo aplicado no monitoramento da absorção de água por carcaças de frango durante a etapa de pré-resfriamento

A absorção de água por carcaças de frango na etapa de pré-resfriamento da linha abate representa uma característica de qualidade importante relacionada ao rendimento do produto final. Uma forma de manter o padrão de qualidade de um produto é garantir que as etapas do processo sejam estáveis e replicáveis. Ao empregar o Controle Estatístico de Processo (CEP) é possível obter estabilidade e melhorias nos processos, por meio da redução da variabilidade. Neste contexto, o objetivo deste trabalho foi a aplicação de gráficos de controle, análise de correlação, estatística descritiva, testes de hipóteses e regressão linear múltipla na linha de abate de um abatedouro-frigorífico de aves para monitorar a variabilidade da absorção de água pelas carcaças de frango após a etapa de pré-resfriamento. Como resultado, verificou-se que o teor de absorção de água das carcaças de frango apresentou elevada variabilidade, sendo que 10% (8/80) das carcaças apresentaram absorção de água superior ao limite de 8% definido pela legislação brasileira. Do total de 16 variáveis de entrada analisadas, as mais impactantes no teor de absorção de água foram o “tempo de retenção da carcaça no pré-chiller” e o “tempo de espera da carcaça após a etapa de gotejamento”. Entretanto, o modelo de regressão obtido apresentou baixa correlação (R²=0,16) que foi associada à elevada variabilidade da variável-resposta. Os resultados da estatística descritiva demonstraram que as variáveis de entrada também apresentaram elevada variabilidade, com coeficiente de variação entre 7,95 e 63,5%. Verificou-se, pela análise dos gráficos de controle de medida individual e da amplitude móvel, que 15 das 16 variáveis de entrada se apresentaram fora de controle estatístico assim como a variável-resposta. Baseado no fluxograma e na descrição das etapas da linha de abate, previamente realizados, atribuiu-se à falta de padronização na condução das etapas e de procedimentos para o controle de qualidade das operações na linha de abate como fatores relevantes que poderiam estar associados à presença de causas especiais no processo. Concluiu-se que para reduzir a elevada variabilidade das variáveis e eliminar as causas especiais presentes são necessários ajustes operacionais para, dessa forma, obter um processo mais estável e mais uniforme garantindo o padrão de qualidade das carcaças de frango em relação ao teor de absorção de água.

Qualidade da água da lagoa Juara (Serra/ES) : avaliações físicas, químicas e respostas fisiológicas e citogenéticas em plantas

A gestão dos recursos hídricos necessita da integração entre os critérios físicos e químicos, e os aspectos bióticos, os quais possibilitam identificar os efeitos combinados de substâncias e avaliar suas influências. Os sistemas testes Allium cepa e Tradescantia pallida, são utilizados para o estudo da poluição aquática a partir de aspectos citogenéticos. Além destes biomarcadores, os teores de clorofila também são utilizados em estudos de estresse devido ao reflexo a múltiplos fatores. Assim, o objetivo deste trabalho foi avaliar a qualidade da água da lagoa Juara (Município de Serra/ES) pela análise integrada de aspectos físicos, químicos e ecotoxicológicos a partir de estudos citogenéticos em A. cepa e T. pallida, e fotossintéticos nesta última espécie. Foram definidas três estações amostrais ao longo da lagoa e a partir de amostras de água foram analisados parâmetros tais como condutividade, oxigênio dissolvido, concentração de nutrientes e metais. A determinação dos metais ocorreu por análises de espectrometria de massa. O teste do A. cepa foi realizado a partir sementes germinadas em amostras de água da lagoa. Com plantas de T. pallida, foi realizado o ensaio da mitose em ponta de raiz de T. pallida e dosado os teores de pigmentos cloroplastídicos em folhas totalmente expandidas. Para tanto, foi realizado ensaio utilizando-se a água da lagoa como solvente para solução de Hoagland onde estacas previamente enraizadas de T. pallida foram expostas durante 24 horas e 40 dias para as avaliações citogenéticas e fotossintéticas, respectivamente. Foi realizado novo teste do A. cepa nas águas da lagoa após os 40 dias de ensaio para aferir a manutenção das propriedades químicas das amostras. A avaliação citogenética nas duas espécies envolveu a análise dos índice mitótico (IM), índice de aberrações cromossômicas (AC) e frequência de micronúcleos (MN). Para a análise estatística foi utilizada a análise de variância seguida pelo teste de Tukey (p < 0.05) para a comparação dos tratamentos durante a mesma campanha, e teste de Bonferroni (p < 0,05) para a comparação entre as campanhas. Os resultados físicos e químicos mensurados demonstram que a lagoa Juara apresenta indícios de eutroficação artificial. Duas estações amostrais, em pelo menos uma campanha amostral, apresentaram potenciais citotóxico, genotóxico e mutagênico. Todavia, esses potenciais não demonstram relação com os teores de Fe e Mn quantificados, levando a crer que tais pontos apresentam outros potenciais poluentes. Os danos citogenéticos observados apresentaram efeitos maximizados durante a segunda campanha, demostrando o efeito do período de chuva na intensificação da poluição nesse ambiente. O estudo do metabolismo fotossintético em T. pallida, demonstrou os teores de pigmentos cloroplastídicos relacionados ao elevado aporte de nutrientes presentes nas estações J2 e J3. Sendo o excesso destes, o provável responsável pelo teor inferior de pigmentos em J3. Observa-se que os ensaios com A. cepa e T. pallida responderam de maneira fidedigna ao risco potencial do ambiente, complementando as análises físicas e químicas usualmente utilizadas na avaliação da qualidade da água de ambientes lacustres.

Eventos de vida em mulheres com diagnóstico de câncer de mama

Introdução: A relação entre eventos de vida e o surgimento e progressão do câncer de mama tem sido investigada por alguns estudos. Objetivo: Identificar os eventos de vida ocorridos em mulheres com diagnóstico de câncer de mama, examinar o tempo transcorrido entre o evento e o diagnóstico, examinar a associação entre a sobrecarga ocasionada pelo evento no momento da ocorrência e após o diagnóstico e examinar a associação entre metástase e eventos de vida pós diagnóstico de câncer de mama. Metodologia: Estudo transversal realizado no Hospital Santa Rita de Cássia, Vitória – ES. Compõe-se a amostra por 300 mulheres. Coletaram-se os dados no período de setembro a dezembro de 2014. Utilizou-se o instrumento Life Events Units – LEU/VAS que se baseia na Escala de Avaliação de Reajustamento Social de Holmes e Rahe, que no Brasil foi adaptada por Vasconcellos. Utilizou-se o Pacote Estatístico para Ciências Sociais (SPSS), versão 20.0, para calcular a frequência, média, mediana, desvio padrão e aplicar os testes não paramétrico de Wilcoxon e qui-quadrado. Resultados: A média de idade foi de 53 anos. Predominou-se mulheres de raça/cor não branca (65%), com menos de 8 anos de estudo (64%) e casadas (54%). Identificou-se que a maioria da amostra relatou pelo menos um evento de vida (99,3%). O principal evento de vida relatado foi morte de alguém na família. As medianas do tempo transcorrido entre os eventos de vida mais relatados e o diagnóstico de câncer de mama variaram de 5 a 15 anos. Observou-se diferença significante (p< 0,05) entre a sobrecarga ocasionada pelos eventos de vida nos dois momentos examinados. Em relação à metástase, 31,7% das que tiveram recidivas relataram um ou mais eventos de vida (p= 0,001). Quando considerado o tempo transcorrido entre o diagnóstico e o surgimento da metástase nas 46 mulheres, observou-se uma mediana de 18,0 meses. Conclusão: Os resultados deste estudo são potencialmente importantes, pois dão suporte a uma possível interação entre eventos de vida pós diagnóstico de câncer de mama e metástase. Estudos futuros são necessários para melhor compreensão desta relação.

The need for standardized tests to evaluate the reliability of data transport in wireless medical systems

Wireless medical systems are comprised of four stages, namely the medical device, the data transport, the data collection and the data evaluation stages. Whereas the performance of the first stage is highly regulated, the others are not. This paper concentrates on the data transport stage and argues that it is necessary to establish standardized tests to be used by medical device manufacturers to provide comparable results concerning the communication performance of the wireless networks used to transport medical data. Besides, it suggests test parameters and procedures to be used to produce comparable communication performance results.

Preliminary clinical trial in percutaneous nephrolithotomy using a real-time navigation system for percutaneous kidney access

Background: Precise needle puncture of renal calyces is a challenging and essential step for successful percutaneous nephrolithotomy. This work tests and evaluates, through a clinical trial, a real-time navigation system to plan and guide percutaneous kidney puncture. Methods: A novel system, entitled i3DPuncture, was developed to aid surgeons in establishing the desired puncture site and the best virtual puncture trajectory, by gathering and processing data from a tracked needle with optical passive markers. In order to navigate and superimpose the needle to a preoperative volume, the patient, 3D image data and tracker system were previously registered intraoperatively using seven points that were strategically chosen based on rigid bone structures and nearby kidney area. In addition, relevant anatomical structures for surgical navigation were automatically segmented using a multi-organ segmentation algorithm that clusters volumes based on statistical properties and minimum description length criterion. For each cluster, a rendering transfer function enhanced the visualization of different organs and surrounding tissues. Results: One puncture attempt was sufficient to achieve a successful kidney puncture. The puncture took 265 seconds, and 32 seconds were necessary to plan the puncture trajectory. The virtual puncture path was followed correctively until the needle tip reached the desired kidney calyceal. Conclusions: This new solution provided spatial information regarding the needle inside the body and the possibility to visualize surrounding organs. It may offer a promising and innovative solution for percutaneous punctures.

Comparative analysis between statistical and artificial intelligence models in business failure prediction

A growing number of predicting corporate failure models has emerged since 60s. Economic and social consequences of business failure can be dramatic, thus it is not surprise that the issue has been of growing interest in academic research as well as in business context. The main purpose of this study is to compare the predictive ability of five developed models based on three statistical techniques (Discriminant Analysis, Logit and Probit) and two models based on Artificial Intelligence (Neural Networks and Rough Sets). The five models were employed to a dataset of 420 non-bankrupt firms and 125 bankrupt firms belonging to the textile and clothing industry, over the period 2003–09. Results show that all the models performed well, with an overall correct classification level higher than 90%, and a type II error always less than 2%. The type I error increases as we move away from the year prior to failure. Our models contribute to the discussion of corporate financial distress causes. Moreover it can be used to assist decisions of creditors, investors and auditors. Additionally, this research can be of great contribution to devisers of national economic policies that aim to reduce industrial unemployment.

Comparative Analysis between Statistical and Artificial Intelligence Models in Business Failure Prediction

A growing number of predicting corporate failure models has emerged since 60s. Economic and social consequences of business failure can be dramatic, thus it is not surprise that the issue has been of growing interest in academic research as well as in business context. The main purpose of this study is to compare the predictive ability of five developed models based on three statistical techniques (Discriminant Analysis, Logit and Probit) and two models based on Artificial Intelligence (Neural Networks and Rough Sets). The five models were employed to a dataset of 420 non-bankrupt firms and 125 bankrupt firms belonging to the textile and clothing industry, over the period 2003–09. Results show that all the models performed well, with an overall correct classification level higher than 90%, and a type II error always less than 2%. The type I error increases as we move away from the year prior to failure. Our models contribute to the discussion of corporate financial distress causes. Moreover it can be used to assist decisions of creditors, investors and auditors. Additionally, this research can be of great contribution to devisers of national economic policies that aim to reduce industrial unemployment.