The Total Deviation Index estimated by Tolerance Intervals to evaluate the concordance of measurement devices

Background In an agreement assay, it is of interest to evaluate the degree of agreement between the different methods (devices, instruments or observers) used to measure the same characteristic. We propose in this study a technical simplification for inference about the total deviation index (TDI) estimate to assess agreement between two devices of normally-distributed measurements and describe its utility to evaluate inter- and intra-rater agreement if more than one reading per subject is available for each device. Methods We propose to estimate the TDI by constructing a probability interval of the difference in paired measurements between devices, and thereafter, we derive a tolerance interval (TI) procedure as a natural way to make inferences about probability limit estimates. We also describe how the proposed method can be used to compute bounds of the coverage probability. Results The approach is illustrated in a real case example where the agreement between two instruments, a handle mercury sphygmomanometer device and an OMRON 711 automatic device, is assessed in a sample of 384 subjects where measures of systolic blood pressure were taken twice by each device. A simulation study procedure is implemented to evaluate and compare the accuracy of the approach to two already established methods, showing that the TI approximation produces accurate empirical confidence levels which are reasonably close to the nominal confidence level. Conclusions The method proposed is straightforward since the TDI estimate is derived directly from a probability interval of a normally-distributed variable in its original scale, without further transformations. Thereafter, a natural way of making inferences about this estimate is to derive the appropriate TI. Constructions of TI based on normal populations are implemented in most standard statistical packages, thus making it simpler for any practitioner to implement our proposal to assess agreement.

Tolerance and Relative Utility: Two Proposed Indices for Comparing Change in Clinical Measurement Noise Between Different Populations (Repeatability) or Measurement Methods (Agreement).

Reaching a consensus in terms of interchangeability and utility (i.e., disease detection/monitoring) of a medical device is the eventual aim of repeatability and agreement studies. The aim of the tolerance and relative utility indices described in this report is to provide a methodology to compare change in clinical measurement noise between different populations (repeatability) or measurement methods (agreement), so as to highlight problematic areas. No longitudinal data are required to calculate these indices. Both indices establish a metric of least to most effected across all parameters to facilitate comparison. If validated, these indices may prove useful tools when combining reports and forming the consensus required in the validation process for software updates and new medical devices.

Biogeochemical processes controlling oxygen and carbon isotopes of diatom silica in Late Glacial to Holocene lacustrine rhythmites

Biogeochemical cycles and sedimentary records in lakes are related to climate controls on hydrology and catchment processes. Changes in the isotopic imposition of the diatom frustules (δ 18 O diatom and δ 13 C diatom ) in lacustrine sediments can be used to reconstruct palaeoclimatic and palaeoenvironmental changes. The Lago Chungará (Andean Altiplano, 18°15 ′ S, 69°10 ′ W, 4520 masl) diatomaceous laminated sediments are made up of white and green multiannual rhythmites. White laminae were formed during short-term diatom super-blooms, and are composed almost exclusively of large-sized Cyclostephanos andinus.These diatoms bloom during mixing events when recycled nutrients from the bottom waters are brought to the surface and/or when nutrients are introduced from the catchment during periods of strong runoff. Conversely, the green laminae are thought to have been deposited over several years and are composed of a mixture of diatoms (mainly smaller valves of C. andinus and Discostella stelligera ) and organic matter. These green laminae reflect the lake's hydrological recovery from a status favouring the diatom super-blooms (white laminae) towards baseline conditions. δ 18 O diatom and δ 13 C diatom from 11,990 to 11,530 cal years BP allow us to reconstruct shifts in the precipitation/evaporation ratio and changes in the lake water dissolved carbon concentration, respectively. δ 18 O diatom values indicate that white laminae formation occurred mainly during low lake level stages, whereas green laminae formation generally occurred during high lake level stages. The isotope and chronostratigraphical data together suggest that white laminae deposition is caused by extraordinary environmental events. El Niño-Southern Oscillation and changes in solar activity are the most likely climate forcing mechanisms that could trigger such events, favouring hydrological changes at interannual-to-decadal scale. This study demonstrates the potential for laminated lake sediments to document extreme pluriannual events.

Benchmarked Quality Measurement Process in a Software Validation Process

Jatkuva laadunmittaus osana ohjelmistoprosessia on yleistynyt ohjelmistoyritysten keskuudessa viime vuosien aikana. ISO 9001:2000 -laatustandardi vaatii yrityksiltä tuotteiden ja prosessien laadun mittaamista ja seuraamista. Laadun mittareiden valinta on haastava tehtävä. Yritykset luulevat usein mittaavansa laatua, vaikka ne todellisuudessa mittaavatkin ohjelmistojen eri ominaisuuksia kuten kokoa tai monimutkaisuutta. Tässä diplomityössä kehitetään ohjelmistojen validointiprosessiin vertailuun perustuva laadunmittausprosessi ohjelmistotuotteiden laadun arviointiin, mittaamiseen ja seurantaan. Laatumittarit valitaan ennalta määriteltyjen kriteereiden mukaisesti, ja niille asetetaan tavoitearvot vertailuanalyysistä saatujen tulosten perusteella. Laadunmittausprosessin lisäksi työssä annetaan suositus prosessin käyttöönotosta ja käytöstä osana yrityksen toimintaa, mikä mahdollistaa jatkuvan seurannan sekä kehityksen tulevaisuudessa.

Measurement Problems and Problem-Solving in Kraft Pulping

Tämän työn tarkoituksena on koota yhteen selluprosessin mittausongelmat ja mahdolliset mittaustekniikat ongelmien ratkaisemiseksi. Pääpaino on online-mittaustekniikoissa. Työ koostuu kolmesta osasta. Ensimmäinen osa on kirjallisuustyö, jossa esitellään nykyaikaisen selluprosessin perusmittaukset ja säätötarpeet. Mukana on koko kuitulinja puunkäsittelystä valkaisuun ja kemikaalikierto: haihduttamo, soodakattila, kaustistamo ja meesauuni. Toisessa osassa mittausongelmat ja mahdolliset mittaustekniikat on koottu yhteen ”tiekartaksi”. Tiedot on koottu vierailemalla kolmella suomalaisella sellutehtaalla ja haastattelemalla laitetekniikka- ja mittaustekniikka-asiantuntijoita. Prosessikemian paremmalle ymmärtämiselle näyttää haastattelun perusteella olevan tarvetta, minkä vuoksi konsentraatiomittaukset on valittu jatkotutkimuskohteeksi. Viimeisessä osassa esitellään mahdollisia mittaustekniikoita konsentraatiomittausten ratkaisemiseksi. Valitut tekniikat ovat lähi-infrapunatekniikka (NIR), fourier-muunnosinfrapunatekniikka (FTIR), online-kapillaarielektroforeesi (CE) ja laserindusoitu plasmaemissiospektroskopia (LIPS). Kaikkia tekniikoita voi käyttää online-kytkettyinä prosessikehitystyökaluina. Kehityskustannukset on arvioitu säätöön kytketylle online-laitteelle. Kehityskustannukset vaihtelevat nollasta miestyövuodesta FTIR-tekniikalle viiteen miestyövuoteen CE-laitteelle; kehityskustannukset riippuvat tekniikan kehitysasteesta ja valmiusasteesta tietyn ongelman ratkaisuun. Työn viimeisessä osassa arvioidaan myös yhden mittausongelman – pesuhäviömittauksen – ratkaisemisen teknis-taloudellista kannattavuutta. Ligniinipitoisuus kuvaisi nykyisiä mittauksia paremmin todellista pesuhäviötä. Nykyään mitataan joko natrium- tai COD-pesuhäviötä. Ligniinipitoisuutta voidaan mitata UV-absorptiotekniikalla. Myös CE-laitetta voitaisiin käyttää pesuhäviön mittauksessa ainakin prosessikehitysvaiheessa. Taloudellinen tarkastelu pohjautuu moniin yksinkertaistuksiin ja se ei sovellu suoraan investointipäätösten tueksi. Parempi mittaus- ja säätöjärjestelmä voisi vakauttaa pesemön ajoa. Investointi ajoa vakauttavaan järjestelmään on kannattavaa, jos todellinen ajotilanne on tarpeeksi kaukana kustannusminimistä tai jos pesurin ajo heilahtelee eli pesuhäviön keskihajonta on suuri. 50 000 € maksavalle mittaus- ja säätöjärjestelmälle saadaan alle 0,5 vuoden takaisinmaksuaika epävakaassa ajossa, jos COD-pesuhäviön vaihteluväli on 5,2 – 11,6 kg/odt asetusarvon ollessa 8,4 kg/odt. Laimennuskerroin vaihtelee tällöin välillä 1,7 – 3,6 m3/odt asetusarvon ollessa 2,5 m3/odt.

Oxygen adsorption on clean and oxygen precovered Cu(100)

Kuparipinnan hapettumisen alkuvaiheet ovat vielä nykyisin tutkijoille epäselviä. Kuitenkin, jotta hapettumisprosessia voitaisiin säädellä, on sangen tärkeää ymmärtää mistä varsinainen hapettuminen lähtee liikkeelle ja mitkä ovat hapettumisen seuraavat vaiheet. Tähän kysymykseen haetaan vastauksia tässä työssä käyttäen puhtaasti teoreettisia menetelmiä pinnan käsittelyssä. Aikaisempien teoreettisten ja kokeellisten tutkimusten välillä on pieni ristiriita liittyen hapen tarttumistodennäköisyyteen. Teoreettisten tutkimusten mukaan happi ei puhtaalle pinnalle tullessaan näe potentiaalivallia, mutta kokeelliset tutkimukset osoittavat sellaisen kuitenkin olevan. Tuohon ristiriitaan pureudutaan käyttäen aikaisemmista laskuista poikkeavaa kvanttimekaaniseen molekyylidynamiikkaan perustuvaa lähestymistapaa. Työssä havaitaan, että aikaisemmin yleisesti käytetty menetelmä hukkaa huomattavan määrän tietoa ja siten tutkijat eivät voi ainoastaan tyytyä tarkastelemaan kyseisellä menetelmällä saatuja tuloksia. Kuparipinnalle havaittiin, että korkeilla molekyylin kineettisen energian arvolla aikaisemmin suoritetut laskut hajottavista trajektoreista pitävät paikkansa, mutta matalilla kineettisen energian arvoilla molekyyli kohtaa erittäin voimakkaan ``steering'' vaikutuksen ja trajektorit joiden piti olla hajottavia johtavatkin molekulaariseen adsorptioon. Kun hapen konsentraatio pinnalla on suurempi kuin 0.5 ML, pinta rekonstruoituu. Myös rekonstruktion jälkeistä pintaa on tutkittu samanlaisilla menetelmillä kuin puhdasta pintaa. Rekonstruoituneelle pinnalle ei löydetty hajottavia trajektoreita ja havaittiin, että hapelle annetun kineettisen energian matalilla arvoilla myös tässä tapauksessa on erittäin voimakas ``steering'' vaikutus.

Re-examination of Customer Satisfaction Measurement Results

Asiakastyytyväisyys on läheisesti yhteydessä yrityksen taloudelliseen menestykseen ja yrityksen yleisen laadun määrittämiseen. Asiakastyytyväisyyden mittaamista vaaditaan tällä hetkellä myös ISO 9001 laatujärjestelmästandardissa. Tämän vuoksi tarve tutkia ja mitata asiakastyytyväisyyttä on kasvanut yritysten ja yhteisöjen joukossa. Kokonaisvaltainen asiakastyytyväisyyden tutkiminen sisältää sekä asiakastyytyväisyyden mittaamista ja järjestelmällistä asiakaspalautteen tutkimista ja analysointia. Asiakastyytyväisyysmittaamisessa käytetään menettelytapoja ja tekniikoita, jotka ovat yleisesti käytössä markkinointitutkimuksessa. Menetelmiä on kuitenkin mukautettava, jotta ne sopivat asiakastyytyväisyyden mittaamiseksi. Asiakastyytyväisyysmittaustulosten perusanalyysit ovat helppo toteuttaa mutta tulokset voidaan helposti tulkita väärin ilman syvällisempiä tilastomatemaattisia analyysejä. Asiakastyytyväisyyden mittaaminen on helppo toteuttaa mutta tutkimussuunnitelma ja tulostenkeräysmenetelmä pitää suunnitella huolellisesti, jotta mittaustulosten luotettavuus ja validiteetti voidaan taata. Jotta asiakastyytyväisyyden tutkimisesta saataisiin maksimaalinen hyöty, pitäisi tutkimuksen myös tarkastella kuinka asiakastyytyväisyys, yrityksen sisäinen ja ulkoinen laatu sekä asiakaslojaalisuus ovat yhteydessä toisiinsa.

Combinative effects of β-Lapachone and APO866 on pancreatic cancer cell death through reactive oxygen species production and PARP-1 activation.

UNLABELLED: Pancreatic cancer (PC) is one of the most lethal human malignancies and a major health problem. Patients diagnosed with PC and treated with conventional approaches have an overall 5-year survival rate of less than 5%. Novel strategies are needed to treat this disease. Herein, we propose a combinatorial strategy that targets two unrelated metabolic enzymes overexpressed in PC cells: NAD(P)H: quinone oxidoreductase-1 (NQO1) and nicotinamide phosphoribosyl transferase (NAMPT) using β-lapachone (BL) and APO866, respectively. We show that BL tremendously enhances the antitumor activity of APO866 on various PC cell lines without affecting normal cells, in a PARP-1 dependent manner. The chemopotentiation of APO866 with BL was characterized by the following: (i) nicotinamide adenine dinucleotide (NAD) depletion; (ii) catalase (CAT) degradation; (iii) excessive H2O2 production; (iv) dramatic drop of mitochondrial membrane potential (MMP); and finally (v) autophagic-associated cell death. H2O2 production, loss of MMP and cell death (but not NAD depletion) were abrogated by exogenous supplementation with CAT or pharmacological or genetic inhibition of PARP-1. Our data demonstrates that the combination of a non-lethal dose of BL and low dose of APO866 optimizes significantly cell death on various PC lines over both compounds given separately and open new and promising combination in PC therapy.

Offset-print mottling measurement using machine vision

Mottling is one of the key defects in offset-printing. Mottling can be defined as unwanted unevenness of print. In this work, diameter of a mottle spot is defined between 0.5-10.0 mm. There are several types of mottling, but the reason behind the problem is still not fully understood. Several commercial machine vision products for the evaluation of print unevenness have been presented. Two of these methods used in these products have been implemented in this thesis. The one is the cluster method and the other is the band-pass method. The properties of human vision system have been taken into account in the implementation of these two methods. An index produced by the cluster method is a weighted sum of the number of found spots, and an index produced by band-pass method is a weighted sum of coefficients of variations of gray-levels for each spatial band. Both methods produce larger indices for visually poor samples, so they can discern good samples from the poor ones. The difference between the indices for good and poor samples is slightly larger produced by the cluster method. 11 However, without the samples evaluated by human experts, the goodness of these results is still questionable. This comparison will be left to the next phase of the project.

How we experience immersive virtual environments: the concept of presence and its measurement

This paper reviews the concept of presence in immersive virtual environments, the sense of being there signalled by people acting and responding realistically to virtual situations and events. We argue that presence is a unique phenomenon that must be distinguished from the degree of engagement, involvement in the portrayed environment. We argue that there are three necessary conditions for presence: the (a) consistent low latency sensorimotor loop between sensory data and proprioception; (b) statistical plausibility: images must be statistically plausible in relation to the probability distribution of images over natural scenes. A constraint on this plausibility is the level of immersion;(c) behaviour-response correlations: Presence may be enhanced and maintained over time by appropriate correlations between the state and behaviour of participants and responses within the environment, correlations that show appropriate responses to the activity of the participants. We conclude with a discussion of methods for assessing whether presence occurs, and in particular recommend the approach of comparison with ground truth and give some examples of this.

Visual Measurement and Modelling of Tool Wear in Rough Turning

Huolimatta korkeasta automaatioasteesta sorvausteollisuudessa, muutama keskeinen ongelma estää sorvauksen täydellisen automatisoinnin. Yksi näistä ongelmista on työkalun kuluminen. Tämä työ keskittyy toteuttamaan automaattisen järjestelmän kulumisen, erityisesti viistekulumisen, mittaukseen konenäön avulla. Kulumisen mittausjärjestelmä poistaa manuaalisen mittauksen tarpeen ja minimoi ajan, joka käytetään työkalun kulumisen mittaukseen. Mittauksen lisäksi tutkitaan kulumisen mallinnusta sekä ennustamista. Automaattinen mittausjärjestelmä sijoitettiin sorvin sisälle ja järjestelmä integroitiin onnistuneesti ulkopuolisten järjestelmien kanssa. Tehdyt kokeet osoittivat, että mittausjärjestelmä kykenee mittaamaan työkalun kulumisen järjestelmän oikeassa ympäristössä. Mittausjärjestelmä pystyy myös kestämään häiriöitä, jotka ovat konenäköjärjestelmille yleisiä. Työkalun kulumista mallinnusta tutkittiin useilla eri menetelmillä. Näihin kuuluivat muiden muassa neuroverkot ja tukivektoriregressio. Kokeet osoittivat, että tutkitut mallit pystyivät ennustamaan työkalun kulumisasteen käytetyn ajan perusteella. Parhaan tuloksen antoivat neuroverkot Bayesiläisellä regularisoinnilla.

Revising customer profitability measurement in a paper industry company

Tämän tutkimuksen tavoitteena oli selvittää, pitäisikö trimmihävikin kustannukset lisätä case yrityksen asiakaskannattavuuslaskelmaan. Trimmihävikin vaihtelua asiakkaiden välillä tutkittiin yhdellä case yrityksen tuotantolinjalla. Myös tilaustekijöiden sekä ajankohdan vaikutusta trimmihävikin määrään selvitettiin. Teoreettinen viitekehys rakennettiin asiakaskannattavuuden ja asiakassuhteiden johtamisen ympärille. Tutkimuksen empiirisessä osassa hyödynnettiin kvantitatiivista tutkimusmenetelmää ja tilastollisissa analyyseissä käytettiin laajaa aineistoa. Tulokset osoittivat, että trimmihävikin määrä vaihteli asiakkaiden kesken. Asiakkaista muodostettiin kolme klusteria. Näiden klustereiden tarkempi tutkiminen osoitti selvän yhteyden asiakkaan ostokäyttäytymisen ja trimmihävikin välillä. Lopuksi tutkimuksen tulosten hyödyntämismahdollisuuksia pohdittiin ja myös tutkimuksen rajoitukset tunnistettiin.

Blood monitoring of perfluorocarbon compounds (F-tert-butylcyclohexane, perfluoromethyldecalin and perfluorodecalin) by headspace-gas chromatography-tandem mass spectrometry.

A headspace-gas chromatography-tandem mass spectrometry (HS-GC-MS/MS) method for the trace measurement of perfluorocarbon compounds (PFCs) in blood was developed. Due to oxygen carrying capabilities of PFCs, application to doping and sports misuse is speculated. This study was therefore extended to perform validation methods for F-tert-butylcyclohexane (Oxycyte(®)), perfluoro(methyldecalin) (PFMD) and perfluorodecalin (PFD). The limit of detection of these compounds was established and found to be 1.2µg/mL blood for F-tert-butylcyclohexane, 4.9µg/mL blood for PFMD and 9.6µg/mL blood for PFD. The limit of quantification was assumed to be 12µg/mL blood (F-tert-butylcyclohexane), 48µg/mL blood (PFMD) and 96µg/mL blood (PFD). HS-GC-MS/MS technique allows detection from 1000 to 10,000 times lower than the estimated required dose to ensure a biological effect for the investigated PFCs. Thus, this technique could be used to identify a PFC misuse several hours, maybe days, after the injection or the sporting event. Clinical trials with those compounds are still required to evaluate the validation parameters with the calculated estimations.