Assembly of viral genomes from metagenomes

Viral infections remain a serious global health issue. Metagenomic approaches are increasingly used in the detection of novel viral pathogens but also to generate complete genomes of uncultivated viruses. In silico identification of complete viral genomes from sequence data would allow rapid phylogenetic characterization of these new viruses. Often, however, complete viral genomes are not recovered, but rather several distinct contigs derived from a single entity are, some of which have no sequence homology to any known proteins. De novo assembly of single viruses from a metagenome is challenging, not only because of the lack of a reference genome, but also because of intrapopulation variation and uneven or insufficient coverage. Here we explored different assembly algorithms, remote homology searches, genome-specific sequence motifs, k-mer frequency ranking, and coverage profile binning to detect and obtain viral target genomes from metagenomes. All methods were tested on 454-generated sequencing datasets containing three recently described RNA viruses with a relatively large genome which were divergent to previously known viruses from the viral families Rhabdoviridae and Coronaviridae. Depending on specific characteristics of the target virus and the metagenomic community, different assembly and in silico gap closure strategies were successful in obtaining near complete viral genomes.

O périplo da formação de Berardo Viola e de Franz Biberkopf: um estudo do Bildungsroman em Fontamara, de Ignazio Silone, e em Berlin Alexanderplatz, de Alfred Döblin

Esta pesquisa analisa Berlin Alexanderplatz (1929), de Alfred Döblin, e Fontamara (1933), de Ignazio Silone, baseada nas novas concepções sobre o Bildungsroman, ou romance de formação, estabelecidas pelos olhares atualizadores de teóricos do século XX. O Bildungsroman, modalidade narrativa surgida no século XVIII, cuja obra paradigma é Os anos de aprendizado de Wilhelm Meister, de Johann Wolfgang Von Goethe, ressalta o desenvolvimento humano, seu processo de amadurecimento e conscientização ao longo de sua trajetória existencial. Os corpora desta dissertação são romances escritos no período conflituoso do entreguerras, cujo enredo destaca a luta interior e exterior das personagens em sobreviver àquele período e a consequente tomada de consciência adquirida neste percurso. O périplo metafórico vivenciado pelos protagonistas, de Fontamara, Berardo Viola, e de Berlin Alexanderplatz, Franz Biberkopf, tem como consequência uma nova consciência política, para o primeiro protagonista, e uma nova consciência social, para o segundo. O caminho formativo dos protagonistas constitui-se de maneira diversa. O objetivo deste estudo é, portanto, analisar como se realiza o processo de formação de Berardo Viola e Franz Biberkopf, apontando identidades e diferenças entre os dois processos, e, por fim, apontando como tais romances podem atualizar o conceito de Bildungsroman na história literária

Eu mesma matei meu filho: do filicídio materno como poética trágica em Eurípides, Goethe e García Lorca

A presente tese investiga as poéticas do trágico nas obras teatrais de Eurípides (Grécia, c. 484 406 a.C.), Johann Wolfgang von Goethe (Alemanha, 1749 1832) e Federico García Lorca (Espanha, 1898 1936) e defende que, nos três autores, as concepções estéticas do trágico se constituem principalmente sobre a representação poética do filicídio materno. A antinomia trágica engendrada, metaforicamente, no assassinato da criança pelas mãos daquela que lhe deu a vida é tema de Medeia (431 a.C.), Tragédia de Margarida (1790) e Yerma (1934), obras fundamentais para compreender a visada trágica dos três poetas aqui, em respectivo, estudados. O conflito com o sagrado e com a razão, ao apontar para a afirmação trágica do corpo e do feminino, frequenta as três obras. O paralelismo entre as dimensões política e estética é, por conseguinte, patente nos três dramas, ao mesmo tempo em que cada um dos autores, com contexto e assinatura próprios, configura uma ideia estética acerca do trágico inteiramente singular. O diálogo entre literatura e filosofia, ou entre intuição e conceito, atravessa, nesta tese, a leitura do trágico na metáfora do filicídio. Sob tal perspectiva, a Medeia de Eurípides impõe-se no centro do debate entre socráticos e sofistas, e aborda temas, como o domínio das paixões sobre a razão, que também aliciaram autores como Platão, Aristóteles e Nietzsche. A Gretchentragödie, de Goethe, apresenta-se, por sua vez, como obra poética aonde convergem as mais calorosas discussões estéticas do moderno pensamento alemão, como as questões do sublime (Kant, Schiller) e da vontade (Schopenhauer). Yerma, de García Lorca, será também uma obra de convergência filosófica, expressando a nueva manera espiritualista que marca a última fase da produção lorquiana: a perspectiva trágica de Nietzsche, na afirmação do corpo como grande razão, assim como o diálogo de Lorca com o pensamento de Miguel de Unamuno sobre El sentimiento trágico de la vida, caracteriza uma espécie de tragédia às avessas, que nega o sagrado e afirma o trágico como síntese libertária do eu, do corpo e do feminino