X-ray studies on crystalline complexes involving amino acids and peptides. XV. Crystal structures of L-lysine D-glutamate and L-lysine D-aspartate monohydrate and the effect of chirality on molecular aggregation

L-Lysine D-glutamate crystallizes in the monoclinic space group P2(1) with a = 4.902, b = 30.719, c = 9.679 A, beta = 90 degrees and Z = 4. The crystals of L-lysine D-aspartate monohydrate belong to the orthorhombic space group P2(1)2(1)2(1) with a = 5.458, b = 7.152, c = 36.022 A and Z = 4. The structures were solved by the direct methods and refined to R values of 0.125 and 0.040 respectively for 1412 and 1503 observed reflections. The glutamate complex is highly pseudosymmetric. The lysine molecules in it assume a conformation with the side chain staggered between the alpha-amino and the alpha-carboxylate groups. The interactions of the side chain amino groups of lysine in the two complexes are such that they form infinite sequences containing alternating amino and carboxylate groups. The molecular aggregation in the glutamate complex is very similar to that observed in L-arginine D-aspartate and L-arginine D-glutamate trihydrate, with the formation of double layers consisting of both types of molecules. In contrast to the situation in the other three LD complexes, the unlike molecules in L-lysine D-aspartate monohydrate aggregate into alternating layers as in the case of most LL complexes. The arrangement of molecules in the lysine layer is nearly the same as in L-lysine L-aspartate, with head-to-tail sequences as the central feature. The arrangement of aspartate ions in the layers containing them is, however, somewhat unusual. Thus the comparison between the LL and the LD complexes analyzed so far indicates that the reversal of chirality of one of the components in a complex leads to profound changes in molecular aggregation, but these changes could be of more than one type.

Fin de millénaire eli maailmanlopun satiiri : Frédéric Beigbederin Au secours pardon, Marie Darrieussecqin Truismes ja Michel Houellebecqin La Possibilité d'une île

Pro gradu -työni käsittelee ranskalaisen nykykirjallisuuden yhteiskunnallista suuntausta, jota kirjallisuudentutkija Ruth Cruickshank kutsuu fin de millénaire -kirjallisuudeksi. Tutkimani teokset ovat Frédéric Beigbederin Au secours pardon (2007), Marie Darrieussecqin Truismes (1996) ja Michel Houellebecqin La Possibilité d'une île (2005). Pohdin, millaisena ja millaisin keinoin teokset kuvaavat seksuaalisuutta ja sen tulevaisuudennäkymiä kulutusyhteiskunnassa, ja millaisiin yhteiskunnallisiin olosuhteisiin niiden havainnot perustuvat. Hahmottelen reittejä, joita pitkin globaalin mittakaavan yhteiskunnalliset muutokset vaikuttavat ihmisten intiimeihin tunteisiin ja ihmissuhteisiin. Seksuaalisuuden tarkastelun avulla osoitan, että ranskalaisessa nykykirjallisuudessa ilmenee varsin yhteneviä näkemyksiä ja uhkakuvia aikamme sosiaalisesta todellisuudesta. Tällä tavoin tarkennan ja vankennan vielä hajanaista fin de millénaire -käsitettä. Fin de millénaire -kirjallisuuden oma lajityyppi on massakulttuurin, esimerkiksi viihteen ja mainosten, kielestä vaikutteita ammentava dystopian ja satiirin liitto. Kuten Cruickshank kirjoittaa, fin de millénaire -kirjallisuus heijastaa Ranskassa vuosituhannen vaihteessa korostunutta tunnetta käännekohtaan saapumisesta. Dystopian ohella voidaankin puhua myös apokalyptisesta tekstistä, etenkin siksi, että teokset tarjoavat niukasti ratkaisuja kuvaamiinsa ongelmiin. Eritoten Houellebecqin ja Beigbederin teokset käsittelevät tarpeiden luomista kuluttajille seksuaalivietin ja seksuaalisen kilpailun avulla. Kutsun tätä järjestelmää halutaloudeksi, ja käytän sen toiminnan analysoimisessa apuna Michel Foucault'n käsityksiä vallasta ja Jean Baudrillardin käsityksiä kulutusyhteiskunnasta. Halutalouden sosiaalisia seurauksia ovat vieraantuminen, seksuaalisten hierarkioiden jyrkentyminen ja valinnanvapauden kaventuminen. Teosten kuvaamassa yhteiskunnassa erilaiset esimerkiksi sukupuolen, iän ja ulkonäön perusteella rakentuvat seksuaaliset hierarkiat käyvät yhä merkittävämmiksi. Au secours pardon ja La Possibilité d'une île kuvaavat tapahtumaketjua, jossa etenkin heteromiehistä yhä useampi luisuu seksuaaliseen kurjuuteen muun muassa naisten emansipaation sekä yleisen nuoruuden ja kauneuden palvonnan myötä. Truismesissa taas kuvitellaan yhteiskunta, johon feminismi ei ole päässyt vaikuttamaan mutta pornoistuminen on; naisten ruumiista on tullut miesten yhteistä omaisuutta ja seksuaalinen väkivalta on arkipäivää. Sen maailmassa viehättävä ulkonäkö on naisille miltei elinehto. Yleistäen Houellebecqin ja Beigbederin teokset edustavat miesnäkökulmaa ja Darrieussecqin teos naisnäkökulmaa. Teosten näkemyksiä naisten ja miesten välisistä valtasuhteista pohdin naisten seksuaalisesta vallasta kirjoittaneen Henry Laasasen käyttökelpoisten käsitteiden avulla. Kolmea teosta yhdistävät kuvaukset kulttuurista, jossa ihmissuhteet ovat kaupankäyntiä ja seksuaalinen viehätysvoima määrittelee ihmisen arvon. Darrieussecqin teos on lähitulevaisuuteen sijoittuva dystopia, jossa Beigbederin ja Houellebecqin kuvaama arvoliberalismia ja taloudellista liberalismia yhdistävä kulttuuri on vaihtunut uuskonservatiiviseen ja kaksinaismoralistiseen, naisia räikeästi sortavaan yhteiskuntaan. Teoksen kertoja vähättelee itseensä kohdistuvia koskemattomuuden loukkauksia ja pahoittelee kertomuksensa käänteiden säädyttömyyttä varsinkin kuvatessaan omaa haluaan ja seksuaalista subjektiuttaan. Katson teoksen kritisoivan kirjallisuudentutkija Shirley Ann Jordanin termein poliittisen korrektiuden tyranniaa ja peräänkuuluttavan suoraa puhetta pornografiasta ja naisen halusta. Seksuaalisuus toimii tutkimuksessani lähtökohtana, jonka avulla teoksista nousee esiin julma ja rakkaudeton, säälimättömän kilpailun ja väkivallan täyttämä yhteiskunta. Viime kädessä teosten kuvaama maailmanloppu on se, että rakkaus katoaa ihmisten välisistä suhteista, koska rakkaudessa ei ole voiton tavoittelun kannalta mitään järkeä. Satiirin keinojen, kuten päättymättömän ja monikerroksisen ironian, yhdistyminen dystopiaan pelastaa teokset osoittelevalta moralisoinnilta ja tekee niistä toimivaa yhteiskunnallista kirjallisuutta.

Mechanism of interaction of O-amino-D-serine with sheep liver serine hydroxymethyltransferase

The mechanism of interaction of 0-amino-D-serine (OADS) with sheep liver serine hydroxymethyltransferase (EC 2.1.2.1) (SHMT) was established by measuring changes in the enzyme activity,absorption spectra, circular dichroism (CD) spectra, and stopped-flow spectrophotometry. OADS was a reversible noncompetitive inhibitor (Ki = 1.8 pM) when serine was the varied substrate. The first step in the interaction of OADS with the enzyme was the disruption of enzyme-Schiff base, characterized by the rapid disappearance of absorbance at 425 nm (6.5 X lo3 M-' s-') and CD intensity at 430 nm. Concomitantly,there was a rapid increase in absorbance and CD intensity at 390 nm. The spectral properties of this intermediate enabled its identification as pyridoxal 5'-phosphate (PLP). These changes were followed by a slow unimolecular step (2 X s-') leading to the formation of PLP-OADS oxime, which was confirmed by its absorbance and fluorescence spectra and retention time on high-performance liquid chromatography. The PLP-OADS oxime was displaced from the enzyme by the addition of PLP as evidenced by the restoration of complete enzyme activity as well as by the spectral properties. The unique feature of the mechanism proposed for the interaction of OADS with sheep liver SHMT was the formation of PLP as an intermediate.

Search on a hypercubic lattice using a quantum random walk. I. d > 2

Random walks describe diffusion processes, where movement at every time step is restricted to only the neighboring locations. We construct a quantum random walk algorithm, based on discretization of the Dirac evolution operator inspired by staggered lattice fermions. We use it to investigate the spatial search problem, that is, to find a marked vertex on a d-dimensional hypercubic lattice. The restriction on movement hardly matters for d > 2, and scaling behavior close to Grover's optimal algorithm (which has no restriction on movement) can be achieved. Using numerical simulations, we optimize the proportionality constants of the scaling behavior, and demonstrate the approach to that for Grover's algorithm (equivalent to the mean-field theory or the d -> infinity limit). In particular, the scaling behavior for d = 3 is only about 25% higher than the optimal d -> infinity value.

Search on a hypercubic lattice using a quantum random walk. II. d = 2

We investigate the spatial search problem on the two-dimensional square lattice, using the Dirac evolution operator discretized according to the staggered lattice fermion formalism. d = 2 is the critical dimension for the spatial search problem, where infrared divergence of the evolution operator leads to logarithmic factors in the scaling behavior. As a result, the construction used in our accompanying article A. Patel and M. A. Rahaman, Phys. Rev. A 82, 032330 (2010)] provides an O(root N ln N) algorithm, which is not optimal. The scaling behavior can be improved to O(root N ln N) by cleverly controlling the massless Dirac evolution operator by an ancilla qubit, as proposed by Tulsi Phys. Rev. A 78, 012310 (2008)]. We reinterpret the ancilla control as introduction of an effective mass at the marked vertex, and optimize the proportionality constants of the scaling behavior of the algorithm by numerically tuning the parameters.

Eigenvalues of kinematical conservation laws (KCL) based 3-D weakly nonlinear ray theory (WNLRT)

System of kinematical conservation laws (KCL) govern evolution of a curve in a plane or a surface in space, even if the curve or the surface has singularities on it. In our recent publication K. R. Arun, P. Prasad, 3-D kinematical conservation laws (KCL): evolution of a surface in R-3-in particular propagation of a nonlinear wavefront, Wave Motion 46 (2009) 293-311] we have developed a mathematical theory to study the successive positions and geometry of a 3-D weakly nonlinear wavefront by adding an energy transport equation to KCL. The 7 x 7 system of equations of this KCL based 3-D weakly nonlinear ray theory (WNLRT) is quite complex and explicit expressions for its two nonzero eigenvalues could not be obtained before. In this short note, we use two different methods: (i) the equivalence of KCL and ray equations and (ii) the transformation of surface coordinates, to derive the same exact expressions for these eigenvalues. The explicit expressions for nonzero eigenvalues are important also for checking stability of any numerical scheme to solve 3-D WNLRT. (C) 2010 Elsevier Inc. All rights reserved.

Non-enzymatic Degradation of (1→3)(1→4)-β-D-glucan in Aqueous Processing of Oats

Cereal water-soluble β-glucan [(1→3)(1→4)-β-D-glucan] has well-evidenced health benefits and it contributes to the texture properties of foods. These functions are characteristically dependent on the excellent viscosity forming ability of this cell wall polysaccharide. The viscosity is affected by the molar mass, solubility and conformation of β-glucan molecule, which are further known to be altered during food processing. This study focused on demonstrating the degradation of β-glucan in water solutions following the addition of ascorbic acid, during heat treatments or high pressure homogenisation. Furthermore, the motivation of this study was in the non-enzymatic degradation mechanisms, particularly in oxidative cleavage via hydroxyl radicals. The addition of ascorbic acid at food-related concentrations (2-50 mM), autoclaving (120°C) treatments, and high pressure homogenisation (300-1000 bar) considerably cleaved the β-glucan chains, determined as a steep decrease in the viscosity of β-glucan solutions and decrease in the molar mass of β-glucan. The cleavage was more intense in a solution of native β-glucan with co-extracted compounds than in a solution of highly purified β-glucan. Despite the clear and immediate process-related degradation, β-glucan was less sensitive to these treatments compared to other water-soluble polysaccharides previously reported in the literature. In particular, the highly purified β-glucan was relatively resistant to the autoclaving treatments without the addition of ferrous ions. The formation of highly oxidative free radicals was detected at the elevated temperatures, and the formation was considerably accelerated by added ferrous ions. Also ascorbic acid pronounced the formation of these oxidative radicals, and oxygen was simultaneously consumed by ascorbic acid addition and by heating the β-glucan solutions. These results demonstrated the occurrence of oxidative reactions, most likely the metal catalysed Fenton-like reactions, in the β-glucan solutions during these processes. Furthermore, oxidized functional groups (carbonyls) were formed along the β-glucan chain by the treatments, including high pressure homogenisation, evidencing the oxidation of β-glucan by these treatments. The degradative forces acting on the particles in the high pressure homogenisation are generally considered to be the mechanical shear, but as shown here, carbohydrates are also easily degraded during the process, and oxidation may have a role in the modification of polysaccharides by this technique. In the present study, oat β-glucan was demonstrated to be susceptible to degradation during aqueous processing by non-enzymatic degradation mechanisms. Oxidation was for the first time shown to be a highly relevant degradation mechanism of β-glucan in food processing.

Size-Dependent Tuning of Mn2+ d Emission in Mn2+-Doped CdS Nanocrystals: Bulk vs Surface

We show that the characteristic Mn2+ d emission color from Mn2+-doped CdS nanocrystals can be tuned over as much as 40 nm, in contrast to what should be expected from such a nearly localized d-d transition. This is achieved surprisingly by a fine-tuning of the host particle diameter from 1.9 to 2.6 nm, thereby changing the overall emission color from red to yellow. Systematic experiments in conjunction with state-of-the-art ab initio calculations with full geometry optimization establish that Mn2+ ions residing at surface/subsurface regions have a distorted tetrahedral coordination resulting in a larger ligand field splitting. Consequently, these near-surface Mn2+ species exhibit a lower Mn2+ d emission energy, compared to those residing at the core of the nanocrystal with an undisturbed tetrahedral coordination. The origin of the tunability of the observed Mn2+ emission is the variation of emission contributions arising from Mn2+ doped at the core, subsurface, and surface of the host. Our findings provide a unique and easy method to identify the location of an emitting Mn2+ ion in the nanocrystal, which would be otherwise very difficult to decipher.

Total synthesis of enokipodins A-D and cuparene-1,4-diol

A Claisen rearrangement and RCM reaction based sequence has been developed for total synthesis of the antifungal sesquiterpenes enokipodins A-D and cuparene-1,4-diol starting from 2,5-dimethoxy-4-methylhydroquinone.

Solution structure of Am2766: A highly hydrophobic d-conotoxin from Conus amadis that inhibits inactivation of brain voltage gated sodium channels

The three-dimensional (3D) NMR solution structure (MeOH) of the highly hydrophobic δ-conotoxin δ-Am2766 from the molluscivorous snail Conus amadis has been determined. Fifteen converged structures were obtained on the basis of 262 distance constraints, 25 torsion-angle constraints, and ten constraints based on disulfide linkages and H-bonds. The root-mean-square deviations (rmsd) about the averaged coordinates of the backbone (N, Cα, C) and (all) heavy atoms were 0.62±0.20 and 1.12±0.23 Å, respectively. The structures determined are of good stereochemical quality, as evidenced by the high percentage (100%) of backbone dihedral angles that occupy favorable and additionally allowed regions of the Ramachandran map. The structure of δ-Am2766 consists of a triple-stranded antiparallel β-sheet, and of four turns. The three disulfides form the classical ‘inhibitory cysteine knot’ motif. So far, only one tertiary structure of a δ-conotoxin has been reported; thus, the tertiary structure of δ-Am2766 is the second such example.Another Conus peptide, Am2735 from C. amadis, has also been purified and sequenced. Am2735 shares 96% sequence identity with δ-Am2766. Unlike δ-Am2766, Am2735 does not inhibit the fast inactivation of Na+ currents in rat brain Nav1.2 Na+ channels at concentrations up to 200 nM.

Äidin raskausajan D-vitamiinitilanteen yhteys lapsen luustoon yhden vuoden iässä

Johdanto: Raskaudenaikaisen D-vitamiinin puutoksen on havaittu vaikuttavan negatiivisesti syntyvän lapsen luuston kasvuun. Myös lapsen riittävä D-vitamiinin saanti on merkittävä tekijä lapsen luuston hyvinvoinnissa. Suomalaisten odottavien äitien D-vitamiinin saanti on usein puutteellista, eikä D-vitamiinia muodostu iholla talvikuukausina Suomen pohjoisen sijainnin vuoksi. Suomalaisten raskaana olevien naisten heikko D-vitamiinitilanne saattaa vaikuttaa lasten luuston terveyteen. Tavoitteet: Työn tavoitteena oli tutkia ovatko raskauden aikainen D-vitamiinitilanne, lapsen D-vitamiinitilanne ja D-vitamiinin saanti vuoden iässä yhteydessä luuntiheyden ja -mineraalipitoisuuden muutoksiin lapsen ensimmäisen elinvuoden aikana. Aineisto ja menetelmät: Raskausaikana rekrytoiduista 126 äiti-lapsi-parista vuoden iässä seurantakäynnille saapui 89 (69 %). Lapsilta otettiin verinäyte ja siitä määritettiin D-vitamiinitilannetta kuvaava seerumin 25-hydroksi-D-vitamiinipitoisuus (25(OH)D) immunoentsymometrisellä menetelmällä. Lasten sääriluu tutkittiin pQCT-menetelmällä. Vastaavat tutkimukset oli suoritettu sekä lapsille että äideille synnytyksen jälkeen. Äitien seerumin 25(OH)D-pitoisuus alkuraskauden aikana määritettiin THL:n keräämistä verinäytteistä. Lapsilta kerättiin kolmen vuorokauden ruokapäiväkirja sekä kyselylomake, joiden avulla selvitettiin D-vitamiinin saanti ruokavaliosta, D-vitamiinilisän käyttö ja taustatekijöitä. Äideille suoritettiin lyhyt haastattelu koskien lapsen terveyttä ja kehitystä. Tilastollinen tarkastelu suoritettiin SPSS (versio 16.0) –ohjelmalla. Korrelaatioanalyysilla selvitettiin minkä tekijöiden kanssa 1-vuotiaan luuston laatua kuvaavat muuttujat ja niissä tapahtuneet muutokset korreloivat. Regressioanalyysilla tutkittiin selittääkö raskausajan D-vitamiinitilanne, lapsen D-vitamiinitilanteen muutos tai lapsen D-vitamiinin saanti yhden vuoden iässä luustomuuttujien muutoksia. Monimuuttujamallin avulla tarkasteltiin, onko raskaudenaikainen D-vitamiinitilanne lineaarisesti yhteydessä luumuuttujien arvoihin. Tulokset: Lasten D-vitamiinin saanti ylitti keskimäärin suositukset (KA 12,3 ?g/vrk), mutta 20 %:lla seerumin 25(OH)D-pitoisuus oli riittämätön (< 50 nmol/l). Seurantakäynnin aikaan yhä imetetyillä lapsilla Dvitamiinitilanne oli heikompi kuin ei-imetetyillä (p=0,044). Luun mineraalimäärä (BMC, engl. bone mineral content) oli kasvanut eniten niillä lapsilla, joiden äitien D-vitamiinitilanne oli ollut heikoin raskauden aikana ja vähiten niillä, joilla D-vitamiinitilanne raskausaikana oli ollut riittävä. Tulos ei kuitenkaan yltänyt merkitsevälle tasolle (p=0.069). Muissa luumuuttujissa viitteitä yhteyksistä ei löytynyt. Taustatietoja tarkastellessa havaittiin merkitsevä negatiivinen yhteys raskausajan D-vitamiinitilanteen ja lapsen sairastamien nuhakuumeiden lukumäärän välillä (p=0.044). Johtopäätökset: Lasten D-vitamiinin saanti oli suositusten mukaista, mutta siitä huolimatta osalla lapsista Dvitamiinitilanne ei ollut optimaalinen. Erot BMC:n muutoksessa ryhmien välillä viittaavat saavutuskasvuun eli heikomman D-vitamiinitilanteen vaikutus luustoon kompensoituu BMC:n osalta ensimmäisen elinvuoden aikana. Pitkäkestoisia lisätutkimuksia raskausajan D-vitamiinitilanteen ja lapsen luuston yhteyksistä suuremmilla tutkimusotoksilla tarvitaan.

Visualization of enantiomers and determination of homo- and hetero-nuclear residual dipolar and scalar couplings: The natural abundant C-13 edited J/D-resolved NMR techniques

The simple two dimensional C-13-satellite J/D-resolved experiments have been proposed for the visualization of enantiomers, extraction of homo- and hetero-nuclear residual dipolar couplings and also H-1 chemical shift differences between the enantiomers in the anisotropic medium. The significant advantages of the techniques are in the determination of scalar couplings of bigger organic molecules. The scalar couplings specific to a second abundant spin such as F-19 can be selectively extracted from the severely overlapped spectrum. The methodologies are demonstrated on a chiral molecule aligned in the chiral liquid crystal medium and two different organic molecules in the isotropic solutions. (C) 2010 Elsevier B.V. All rights reserved.