Systems biology of plants : from intraspecific genome variation to computational morphodynamics

Recently, the introduction of second generation sequencing and further advance-ments in confocal microscopy have enabled system-level studies for the functional characterization of genes. The degree of complexity intrinsic to these approaches needs the development of bioinformatics methodologies and computational models for extracting meaningful biological knowledge from the enormous amount of experi¬mental data which is continuously generated. This PhD thesis presents several novel bioinformatics methods and computational models to address specific biological questions in Plant Biology by using the plant Arabidopsis thaliana as a model system. First, a spatio-temporal qualitative analysis of quantitative transcript and protein profiles is applied to show the role of the BREVIS RADIX (BRX) protein in the auxin- cytokinin crosstalk for root meristem growth. Core of this PhD work is the functional characterization of the interplay between the BRX protein and the plant hormone auxin in the root meristem by using a computational model based on experimental evidence. Hyphotesis generated by the modelled to the discovery of a differential endocytosis pattern in the root meristem that splits the auxin transcriptional response via the plasma membrane to nucleus partitioning of BRX. This positional information system creates an auxin transcriptional pattern that deviates from the canonical auxin response and is necessary to sustain the expression of a subset of BRX-dependent auxin-responsive genes to drive root meristem growth. In the second part of this PhD thesis, we characterized the genome-wide impact of large scale deletions on four divergent Arabidopsis natural strains, through the integration of Ultra-High Throughput Sequencing data with data from genomic hybridizations on tiling arrays. Analysis of the identified deletions revealed a considerable portion of protein coding genes affected and supported a history of genomic rearrangements shaped by evolution. In the last part of the thesis, we showed that VIP3 gene in Arabidopsis has an evo-lutionary conserved role in the 3' to 5' mRNA degradation machinery, by applying a novel approach for the analysis of mRNA-Seq data from random-primed mRNA. Altogether, this PhD research contains major advancements in the study of natural genomic variation in plants and in the application of computational morphodynamics models for the functional characterization of biological pathways essential for the plant. - Récemment, l'introduction du séquençage de seconde génération et les avancées dans la microscopie confocale ont permis des études à l'échelle des différents systèmes cellulaires pour la caractérisation fonctionnelle de gènes. Le degrés de complexité intrinsèque à ces approches ont requis le développement de méthodologies bioinformatiques et de modèles mathématiques afin d'extraire de la masse de données expérimentale générée, des information biologiques significatives. Ce doctorat présente à la fois des méthodes bioinformatiques originales et des modèles mathématiques pour répondre à certaines questions spécifiques de Biologie Végétale en utilisant la plante Arabidopsis thaliana comme modèle. Premièrement, une analyse qualitative spatio-temporelle de profiles quantitatifs de transcripts et de protéines est utilisée pour montrer le rôle de la protéine BREVIS RADIX (BRX) dans le dialogue entre l'auxine et les cytokinines, des phytohormones, dans la croissance du méristème racinaire. Le noyau de ce travail de thèse est la caractérisation fonctionnelle de l'interaction entre la protéine BRX et la phytohormone auxine dans le méristème de la racine en utilisant des modèles informatiques basés sur des preuves expérimentales. Les hypothèses produites par le modèle ont mené à la découverte d'un schéma différentiel d'endocytose dans le méristème racinaire qui divise la réponse transcriptionnelle à l'auxine par le partitionnement de BRX de la membrane plasmique au noyau de la cellule. Cette information positionnelle crée une réponse transcriptionnelle à l'auxine qui dévie de la réponse canonique à l'auxine et est nécessaire pour soutenir l'expression d'un sous ensemble de gènes répondant à l'auxine et dépendant de BRX pour conduire la croissance du méristème. Dans la seconde partie de cette thèse de doctorat, nous avons caractérisé l'impact sur l'ensemble du génome des délétions à grande échelle sur quatre souches divergentes naturelles d'Arabidopsis, à travers l'intégration du séquençage à ultra-haut-débit avec l'hybridation génomique sur puces ADN. L'analyse des délétions identifiées a révélé qu'une proportion considérable de gènes codant était affectée, supportant l'idée d'un historique de réarrangement génomique modelé durant l'évolution. Dans la dernière partie de cette thèse, nous avons montré que le gène VÏP3 dans Arabidopsis a conservé un rôle évolutif dans la machinerie de dégradation des ARNm dans le sens 3' à 5', en appliquant une nouvelle approche pour l'analyse des données de séquençage d'ARNm issue de transcripts amplifiés aléatoirement. Dans son ensemble, cette recherche de doctorat contient des avancées majeures dans l'étude des variations génomiques naturelles des plantes et dans l'application de modèles morphodynamiques informatiques pour la caractérisation de réseaux biologiques essentiels à la plante. - Le développement des plantes est écrit dans leurs codes génétiques. Pour comprendre comment les plantes sont capables de s'adapter aux changements environnementaux, il est essentiel d'étudier comment leurs gènes gouvernent leur formation. Plus nous essayons de comprendre le fonctionnement d'une plante, plus nous réalisons la complexité des mécanismes biologiques, à tel point que l'utilisation d'outils et de modèles mathématiques devient indispensable. Dans ce travail, avec l'utilisation de la plante modèle Arabidopsis thalicinci nous avons résolu des problèmes biologiques spécifiques à travers le développement et l'application de méthodes informatiques concrètes. Dans un premier temps, nous avons investigué comment le gène BREVIS RADIX (BRX) régule le développement de la racine en contrôlant la réponse à deux hormones : l'auxine et la cytokinine. Nous avons employé une analyse statistique sur des mesures quantitatives de transcripts et de produits de gènes afin de démontrer que BRX joue un rôle antagonisant dans le dialogue entre ces deux hormones. Lorsque ce-dialogue moléculaire est perturbé, la racine primaire voit sa longueur dramatiquement réduite. Pour comprendre comment BRX répond à l'auxine, nous avons développé un modèle informatique basé sur des résultats expérimentaux. Les simulations successives ont mené à la découverte d'un signal positionnel qui contrôle la réponse de la racine à l'auxine par la régulation du mouvement intracellulaire de BRX. Dans la seconde partie de cette thèse, nous avons analysé le génome entier de quatre souches naturelles d'Arabidopsis et nous avons trouvé qu'une grande partie de leurs gènes étaient manquant par rapport à la souche de référence. Ce résultat indique que l'historique des modifications génomiques conduites par l'évolution détermine une disponibilité différentielle des gènes fonctionnels dans ces plantes. Dans la dernière partie de ce travail, nous avons analysé les données du transcriptome de la plante où le gène VIP3 était non fonctionnel. Ceci nous a permis de découvrir le rôle double de VIP3 dans la régulation de l'initiation de la transcription et dans la dégradation des transcripts. Ce rôle double n'avait jusqu'alors été démontrée que chez l'homme. Ce travail de doctorat supporte le développement et l'application de méthodologies informatiques comme outils inestimables pour résoudre la complexité des problèmes biologiques dans la recherche végétale. L'intégration de la biologie végétale et l'informatique est devenue de plus en plus importante pour l'avancée de nos connaissances sur le fonctionnement et le développement des plantes.

Contribution of NFI-C to TGF-β1 signalling and tissue regeneration

Summary : Platelet Derived Growth Factor (PDGF) and Transforming Growth Factor-ß (TGF-ß) are two crucial growth factors in tissue repair and regeneration. They control migration and proliferation of macrophages and fibroblasts, as well as myofibroblast differentiation and synthesis of the new connective tissue. The transcription factor Nuclear Factor I-C (NFI-C) has been implicated in the TGF-ß pathway and regulation of extracellular matrix proteins in vitro. This suggests a possible implication of NFI-C in tissue repair. In this study, our purpose was to identify the NFI-C target genes in TGF-ß1 pathway activation and define the relationship between these two factors in cutaneous wound healing process. High-throughput genomic analysis in wild-type and NFI-C knock-out embryonic fibroblasts indicated that NFI-C acts as a repressor of the expression of genes which transcriptional activity is enhanced by TGF-ß. Interestingly, we found an over representation of genes involved in connective tissue inflammation and repair. In accordance with the genomic analysis, NFI-C-/- mice showed an improvement of skin healing during the inflammatory stage. Analysis of this new phenotype indicated that the expression of PDGFA and PDGF-Ra genes were increased in the wounds of NFI-C-/- mice resulting in early recruitment of macrophages and fibroblasts in the granulation tissue. In correlation with the stimulation effect of TGF-ß on myofibroblast differentiation we found an increased differentiation of these cells in null mice, providing a rationale for rapid wound closure. Thus, in the absence of NFI-C, both TGF-ß and PDGF pathways may be activated, leading to enhanced healing process. Therefore, the inhibition of NFI-C expression could constitute a suitable therapy for healing improvement. In addition, we identified a delay of hair follicle cycle initiation in NFI-C-/- mice. This prompted us to investigate the role of NFI-C in skin appendage. The transition from a quiescent to a proliferative phase requires a perfect timing of signalling modulation, leading to stem cell activation. As a consequence of cycle initiation delay in null mice, the activation of signalling involved in cell proliferation was also retarded. Interestingly, at the crucial moment of cell fate determination, we identified a decrease of CD34 gene in mutant mice. Since CD34 protein is involved in migration of multipotent cells, we suggest that NFI-C may be involved in stem cell mobilisation required for hair follicle renewal. Further investigations of the role of NFI-C in progenitor cell activation will lead to a better understanding of tissue regeneration and raise the possibility of treating alopecia with NFI-C-targeting treatment. In summary, this study demonstrates new regenerative functions of NFI-C in adult mice, which regulates skin repair and hair follicle renewal. Résumé : PDGF et TGF-ß sont des facteurs important du mécanisme de défense immunitaire. Ils influencent la prolifération et migration des macrophages et des fibroblastes, ainsi que la différenciation des myofibroblastes et la formation du nouveau tissu conjonctif. Le facteur de transcription NFI-C a été impliqué dans la voie de signalisation de TGF-ß et dans 1a régulation de l'expression des protéines de la matrice extracellulaire in vitro. Ces études antérieures laissent supposer que NFI-C serait un facteur important du remodelage tissulaire. Cependant le rôle de NFI-C dans un tissu comme la peau n'a pas encore été étudié. Dans ce travail, le but a été de d'identifier la relation qu'il existe entre I~1FI-C et TGF-ßl à un niveau transcriptionnel et dans le processus de cicatrisation cutanée in vivo. Ainsi, une analyse génétique à grande échelle, a permis d'indiquer que NFI-C agit comme un répresseur sur l'expression des gènes dont l'activité transcriptionnelle est activée par TGF-ß. De plus nous avons identifié un groupe de gènes qui controlent le développement et l'inflammation du tissue conjonctif. En relation avec ce résultat, l'absence de NFI-C dans la peau induit une cicatrisation plus rapide pendant la phase inflammatoire. Durant cette période, nous avons montré que les expressions de PDGFA et PDGFRa seraient plus élevées en absence de NFI-C. En conséquence, l'activation de la voie de PDGF induit une infiltration plus importante des macrophages et fibroblastes dans le tissue granuleux des souris mutantes. De plus, en corrélation avec le rôle de TGF-ßl dans la différenciation des myofibroblasts, nous avons observé une différenciation plus importante de ces cellules chez les animaux knock-out, ce qui peut expliquer une contraction plus rapide de la plaie. De plus, nous avons découvert que NFI-C est impliqué dans l'initiation du cycle folliculaire. La caractérisation de ce nouveau phénotype a montré un ralentissement de la transition telogène-anagène des souris NFI-C-/-. Or, un événement clé de cette transition est la modulation de plusieurs signaux moléculaires aboutissant à' l'activation des cellules souches. En corrélation avec le decalage du cycle, l'activation de ces signaux est également décalée dans les souris NFI-C-/-. Ainsi, au commencement de l'anagène, la prolifération des keratinocytes,NFI-C-/- est retardée et corrèle avec une diminution de l'expression de CD34, une protéine responsable de la détermination du migration des cellules multipotentes. Ainsi, NFI-C semble être impliqué dans la mobilisation des cellules souches qui sont nécessaires au renouvellement folliculaire. En résumé, NFI-C est impliqué dans la régulation des signaux moléculaires nécessaires à la réparation tissulaire et son inhibition pourrait constituer un traitement de la cicatrisation. L'analyse de son rôle dans l'activation des cellules souches permettrait de mieux comprendre le renouvellement tissulaire et, à long terme, d'améliorer les techniques de greffe des cellules souches épithéliales ou consituter une cible pour le traitement de l'alopecie.

Questions et réponses sur l'utilisation du rivaroxaban (Xarelto) dans la pratique [Questions and answers regarding the use of rivaroxaban in daily practice].

Several new oral anticoagulants are now on the Swiss market and the general practitioner faces new challenges regarding the management of these new drugs. This consensus document aims to answer to the most frequently asked questions regarding rivaroxaban and covers different topics such as indications, initiation of treatment, drug-drug interactions and perioperative management.

Le problème synoptique

(Résumé de l'ouvrage) Cette Introduction informe ses lecteurs des questions essentielles abordées dans l'étude des vingt-sept livres du Nouveau Testament. Chacun d'eux fait ici l'objet d'un chapitre qui développe les rubriques suivantes : présentation littéraire de l'écrit, milieu et circonstances historiques de sa production, composition littéraire, visée théologique et indications bibliographiques. Regroupant des exégètes francophones de sensibilité protestante et catholique, cet ouvrage est devenu un manuel de référence.

L'évangile selon Luc

(Résumé de l'ouvrage) Cette Introduction informe ses lecteurs des questions essentielles abordées dans l'étude des vingt-sept livres du Nouveau Testament. Chacun d'eux fait ici l'objet d'un chapitre qui développe les rubriques suivantes : présentation littéraire de l'écrit, milieu et circonstances historiques de sa production, composition littéraire, visée théologique et indications bibliographiques. Regroupant des exégètes francophones de sensibilité protestante et catholique, cet ouvrage est devenu un manuel de référence.

Les Actes des apôtres

(Résumé de l'ouvrage) Cette Introduction informe ses lecteurs des questions essentielles abordées dans l'étude des vingt-sept livres du Nouveau Testament. Chacun d'eux fait ici l'objet d'un chapitre qui développe les rubriques suivantes : présentation littéraire de l'écrit, milieu et circonstances historiques de sa production, composition littéraire, visée théologique et indications bibliographiques. Regroupant des exégètes francophones de sensibilité protestante et catholique, cet ouvrage est devenu un manuel de référence.

Pour lire les récits bibliques

La Bible est l'un des plus fabuleux trésors d'histoires de l'humanité. Car depuis la nuit des temps, les croyants racontent. Mais pas n'importe quoi. Longuement façonnés dans l'oralité, patiemment rédigés, les récits bibliques obéissent à de subtiles règles de composition. Derrière les histoires apparemment naives se cache la fine stratégie d'un narrateur. Grâce à ses qualités pédagogiques, le livre de Daniel Marguerat et Yvan Bourquin s'est imposé comme un manuel de référence pour l'initiation à l'analyse narrative des textes bibliques. Il a été traduit en plusieurs langue.

Cutaneous cancer stem cell maintenance is dependent on beta-catenin signalling.

Continuous turnover of epithelia is ensured by the extensive self-renewal capacity of tissue-specific stem cells. Similarly, epithelial tumour maintenance relies on cancer stem cells (CSCs), which co-opt stem cell properties. For most tumours, the cellular origin of these CSCs and regulatory pathways essential for sustaining stemness have not been identified. In murine skin, follicular morphogenesis is driven by bulge stem cells that specifically express CD34. Here we identify a population of cells in early epidermal tumours characterized by phenotypic and functional similarities to normal bulge skin stem cells. This population contains CSCs, which are the only cells with tumour initiation properties. Transplants derived from these CSCs preserve the hierarchical organization of the primary tumour. We describe beta-catenin signalling as being essential in sustaining the CSC phenotype. Ablation of the beta-catenin gene results in the loss of CSCs and complete tumour regression. In addition, we provide evidence for the involvement of increased beta-catenin signalling in malignant human squamous cell carcinomas. Because Wnt/beta-catenin signalling is not essential for normal epidermal homeostasis, such a mechanistic difference may thus be targeted to eliminate CSCs and consequently eradicate squamous cell carcinomas.

Appropriateness of methadone maintenance treatment for opiate addiction: evaluation by an expert panel.

With some 30,000 dependent persons, opiate addiction constitutes a major public health problem in Switzerland. The Swiss Federal Office of Public Health (FOPH) has long played a leading role in the prevention and treatment of opiate addiction and in research on effective means of containing the epidemic of opiate addiction and its consequences. Major milestones on that path have been the successive "Methadone reports" published by that Office and providing guidance on the care of opiate addiction with substitution treatment. In view of updating the recommendations for the appropriateness of substitution treatment for opiate addiction, in particular for the prescription of methadone, the FOPH commissioned a multi-component project involving the following elements. A survey of current attitudes and practices in Switzerland related to opiate substitution treatment Review of Swiss literature on methadone substitution treatment Review of international literature on methadone substitution treatment National Methadone Substitution Conference Multidisciplinary expert panel to evaluate the appropriateness of substitution treatment. The present report documents the process and summarises the results of the latter element above. The RAND appropriateness method (RAM) was used to distil from literature-based evidence and systematically formulated expert opinion, areas where consensus exist on the appropriateness (or inappropriateness) of methadone maintenance treatment (MMT) and areas where disagreement or uncertainty persist and which should be further pursued. The major areas which were addressed by this report are Initial assessment of candidates for MMT Appropriate settings for initiation of MMT (general and special cases) Appropriateness of methadone supportive therapy Co-treatments and accompanying measures Dosage schedules and pharmacokinetic testing Withdrawal from MMT Miscellaneous questions Appropriateness of other (non-methadone) substitution treatment Summary statements for each of the above categories are derived from the panel meeting and presented in the report. In the "first round", agreement was observed for 31% of the 553 theoretical scenarios evaluated. The "second round" rating, following discussion of divergent ratings, resulted in a much higher agreement among panellists, reaching 53% of the 537 scenarios. Frank disagreement was encountered for 7% of all scenarios. Overall 49% of the clinical situations (scenarios) presented were considered appropriate. The areas where at least 50% of the situations were considered appropriate were "initial assessment of candidates for MMT", the "appropriate settings for initiation of MMT", the "appropriate settings for methadone supportive treatment" and "Appropriateness of other (non-methadone) substitution treatment". The area where there was the least consensus on appropriateness concerned "appropriateness of withdrawal from MMT" (6%). The report discusses the implications and limitations of the panel results and provides recommendations for the dissemination, application, and future use of the criteria for the appropriateness of MMT. The RAND Appropriateness Method proved to be an accepted and appreciated method to assess the appropriateness of methadone maintenance treatment for opiate addicts. In the next step, the results of the expert panel process must now be combined with those of the Swiss and international literature reviews and the survey of current attitudes and practices in Switzerland, to be synthesized into formal practice guidelines. Such guidelines should be disseminated to all concerned, promoted, used and rigorously evaluated for compliance and outcome.

Início da atividade de vôo em Triatoma infestans (Klug, 1834) e T. melanosoma Martínez, Olmedo & Carcavallo, 1987 (Hemiptera, Reduviidae)

The flight initiation of T. infestans, the main vector of Chagas disease in the Southern Cone countries of Latin America, and of the closely-related species T. melanosoma was studied in laboratory. The results demonstrated that after the beginning of observations the peak of the flight activity was about 14 days after feeding in both species and it was usually more marked in the females than in the males, but there were no significant differences in the flight behaviour of the two species.

Promoter architecture of mouse olfactory receptor genes.

Odorous chemicals are detected by the mouse main olfactory epithelium (MOE) by about 1100 types of olfactory receptors (OR) expressed by olfactory sensory neurons (OSNs). Each mature OSN is thought to express only one allele of a single OR gene. Major impediments to understand the transcriptional control of OR gene expression are the lack of a proper characterization of OR transcription start sites (TSSs) and promoters, and of regulatory transcripts at OR loci. We have applied the nanoCAGE technology to profile the transcriptome and the active promoters in the MOE. nanoCAGE analysis revealed the map and architecture of promoters for 87.5% of the mouse OR genes, as well as the expression of many novel noncoding RNAs including antisense transcripts. We identified candidate transcription factors for OR gene expression and among them confirmed by chromatin immunoprecipitation the binding of TBP, EBF1 (OLF1), and MEF2A to OR promoters. Finally, we showed that a short genomic fragment flanking the major TSS of the OR gene Olfr160 (M72) can drive OSN-specific expression in transgenic mice.

Use of antibiotics in pediatric intensive care and potential savings.

OBJECTIVE: Minimizing unwarranted prescription of antibiotics remains an important objective. Because of the heterogeneity between units regarding patient mix and other characteristics, site-specific targets for reduction must be identified. Here we present a model to address the issue by means of an observational cohort study. SETTING: A tertiary, multidisciplinary, neonatal, and pediatric intensive care unit of a university teaching hospital. PATIENTS: All newborns and children present in the unit (n = 456) between September 1998 and March 1999. Reasons for admission included postoperative care after cardiac surgery, major neonatal or pediatric surgery, severe trauma, and medical conditions requiring critical care. METHODS: Daily recording of antibiotics given and of indications for initiation. After discontinuation, each treatment episode was assessed as to the presence or absence of infection. RESULTS: Of the 456 patients 258 (56.6%) received systemic antibiotics, amounting to 1815 exposure days (54.6%) during 3322 hospitalization days. Of these, 512 (28%) were prescribed as prophylaxis and 1303 for suspected infection. Treatment for suspected ventilator-associated pneumonia accounted for 616 (47%) of 1303 treatment days and suspected sepsis for 255 days (20%). Patients were classified as having no infection or viral infection during 552 (40%) treatment days. The average weekly exposure rate in the unit varied considerably during the 29-week study period (range: 40-77/100 hospitalization days). Patient characteristics did not explain this variation. CONCLUSION: In this unit the largest reduction in antibiotic treatment would result from measures assisting suspected ventilator-associated pneumonia to be ruled out and from curtailing extended prophylaxis.

Dépendances [Addiction]

This year review emphasizes four aspects coming from addiction psychiatry: 1. Initiation and maintenance of cannabis use. 2. Methadone and heart toxicity. 3. Suicidal behaviour in gambling. 4. Treatment of addictive disorders via internet: present and future perspectives.

Assessing multiple sclerosis activity: is the in vitro production of tumor necrosis factor-alpha, interleukins 2, 6, 4, and 10, and immunoglobulin G of value?

Tumor necrosis factor (TNF) alpha, interleukins (IL) 2, 4, 6, and 10, and IgG oligoclonal bands (IgG OB) in vitro production was assessed, after whole-blood stimulation with lipopolysaccharide or concanavalin A, in 61 patients presenting with relapsing-remitting, relapsing-progressive, or chronic progressive multiple sclerosis. Multiple sclerosis patients were receiving no treatment or azathioprine (AZA), cyclosporin, cyclophosphamide, subcutaneous interferon (IFN) beta 1 a, or corticosteroids (CST). Statistical correlations significantly showed that: (a) AZA lowers TNF-alpha (P = 0.002) and increases IL-4 production (P = 0.0024), and IFN-beta 1 a increases TNF-alpha and decreases IL-4 levels; (b) CST has a negative effect on TNF-alpha, IL-6, and IL-4 synthesis; and (c) AZA, IFN-beta 1 a, and CST diminish IgG OB synthesis (P = 0.001). Although our study of the dynamics of TNF-alpha, IL-2, IL-4, IL-6, and IL-10 in vitro production generally found no statistically significant correlations (partly explained by the limited number of values in the various groups), IL-6 was shown to drop during the periods surrounding relapse (P = 0.05) in the absence of treatment, while TNF-alpha (P = 0.04) and IL-6 (P < 0.05) dropped before exacerbation in the presence of AZA. In vitro production of TNF-alpha was closely and positively correlated with that of IL-6, independently of clinical features. The enhanced production of IL-10 detected before or at relapse with AZA and IFN-beta 1 a (trends) may interfere with initiation of the immune reaction and with the development of new CNS lesions. Some discrepancies with previously published results stress the difficulties in studying the state of stimulation of different populations of leukocytes by using a variety of in vitro stimuli and in establishing a correlation between mRNA studies and the amount of final or active protein produced.

An mRNA region of the canine distemper virus fusion protein gene lacking AUG codons can promote protein expression.

Canine distemper virus (CDV) produces a glycosylated type I fusion protein (F) with an internal hydrophobic signal sequence beginning around 115 residues downstream of the first AUG used for translation initiation. Cleavage of the signal sequence yields the F0 molecule, which is cleaved into the F1 and F2 subunits. Surprisingly, when all in-frame AUGs located in the first third of the F gene were mutated a protein of the same molecular size as the F0 molecule was still expressed from both the Onderstepoort (OP) and A75/17-CDV F genes. We designated this protein, which is initiated from a non-AUG codon protein Fx. Site-directed mutagenesis allowed to identify codon 85, a GCC codon coding for alanine, as the most likely position from which translation initiation of Fx occurs in OP-CDV. Deletion analysis demonstrated that at least 60 nucleotides upstream of the GCC codon are required for efficient Fx translation. This sequence is GC-rich, suggesting extensive folding. Secondary structure may therefore be important for translation initiation at codon 85.