Consumption to biomass (Q/B) ratio and estimates of Q/B-predictor parameters for Caribbean fishes

Estimates of the Q/B ratio and parameters of equations to 'predict' Q/B values for 116 fish stocks in the Gulf of Salamanca, Colombia are presented. A compilation of these estimates available for Caribbean Sea fishes (264 stocks) is also provided for comparison purposes. General trends in the value of Q/B resulting from differences in the equation and parameter values used are briefly discussed.

Construção, clonagem e expressão do fragmento B da toxina diftérica de Corynebacterium diphtheriae (cepa PW- 8) em Mycobacterium bovis BCG sub-cepa Moreau

A vacina anti-diftérica de uso corrente no Brasil (DTP), embora de alta eficácia na prevenção da difteria, está associada com episódios de toxicidade e reatogenicidade no recipiente vacinal, resultantes de proteínas residuais derivadas do processo de produção ou detoxificação. Estratégias para o desenvolvimento de vacinas menos reatogênicas e ao mesmo tempo mais eficazes e economicamente viáveis contra a difteria têm sido alvo de intensa investigação. A alternativa proposta por nosso grupo é a utilização da vacina contra a tuberculose (Mycobacterium bovis BCG sub-cepa Moreau), como vetor do gene que codifica o fragmento B da toxina diftérica (dtb) de 58,3 kDa. Neste trabalho o dtb foi clonado no vetor micobacteriano bifuncional (pUS977) de expressão citoplasmática e os clones recombinantes (pUS977dtbPW8), após a transformação do BCG, foram testados com relação a expressão do DTB em BCG e quanto a antigenicidade frente a anticorpos policlonais anti-toxóide diftérico por Immunobloting. A integridade do gene dtb e a identidade das sequências de DNA da construção plasmidial pUS977dtbPW8 foram confirmadas por sequenciamento de DNA e análise de similaridade. A imunogenicidade do BCGr pUS977dtbPW8 expressando o DTB foi investigada em camundongos BALB/c, os resultados obtidos revelaram uma soroconversão específica (IgG). A infectividade e atividade microbicida do BCGr pUS977dtbPW8 no ambiente intracelular foi avaliada através da infecção de linhagens de células de monócitos humano (THP-1), os dados obtidos indicaram que houve sobrevivência intracelular em até 12 dias. Nesse contexto, esplenócitos dos camundongos imunizados com 30 e 60 dias foram extraídos, mostrando que o BCGr pUS977dtbPW8 persistiu até 60 dias na ausência de pressão seletiva e a viabilidade celular não sofreu alteração significativa durante o período testado. Por outro lado, o BCGr pUS977dtbPW8, quando submetido a seis sub-cultivos consecutivos in vitro não apresentou diferença significativa na capacidade de expressar o DTB, demonstrando portanto a persistência da estabilidade funcional da linhagem recombinante. A estabilidade estrutural da construção pUS977dtbPW8 também foi avaliada por PCR confirmando a presença do gene dtb em colônias do BCGr pUS977dtbPW8 . Adicionalmente, foi possível avaliar preliminarmente in vitro a capacidade soroneutralizante dos soros de camundongos imunizados com BCGr pUS977dtbPW8 após 30 e 60 dias em células VERO. A ação citotóxica da toxina diftérica entre as diluições de 1/4 e 1/16 foram neutralizadas com o pool de soros imunes com 60 dias. Finalmente, em nosso estudo foi possível avaliar o potencial da vacina BCG como vetor de expressão de um antígeno de Corynebacterium diphtheriae in vitro e in vivo.

Avaliação da eficácia de uma nova formulação de anfotericina B poliagregada em diferentes esquemas terapêuticos no tratamento da esporotricose experimental causada por Sporothrix brasiliensis

A esporotricose é uma micose subcutânea, crônica, causada por espécies termo-dimórficas do complexo Sporothrix schenckii. Esta micose apresenta diferentes manifestações clínicas sendo mais comum a forma linfocutânea. Casos graves causados por Sporothrix brasiliensis têm sido descritos recentemente, exigindo um tratamento prolongado com antifúngicos de alta toxicidade como a anfotericina B-desoxicolato ou suas versões menos tóxicas, mas de alto custo. Neste trabalho visamos testar in vitro e in vivo a eficácia de uma nova formulação intravenosa de anfotericina B poliagregada (P-AmB) e testar in vivo sua versão semi-sólida (AmB tópica), comparando-a com o itraconazol (ITC) e a anfotericina B-desoxicolato (D-AmB). Ensaios de susceptibilidade in vitro com S. brasiliensis mostraram que esta espécie é suscetível aos antifúngicos testados. Para os testes de eficácia in vivo foram estabelecidos um modelo de esporotricose disseminada e outro de esporotricose subcutânea, causados por S. brasiliensis. No modelo de esporotricose disseminada camundongos BALB/c foram inoculados intravenosamente com leveduras de S. brasiliensis e, 72 h pós-infecção, tratados sob diferentes regimes terapêuticos: i) uma monoterapia de ITC, D-AmB ou P-AmB; ii) uma combinação terapêutica entre D-AmB e ITC ou P-AmB e ITC; iii) um regime de pulso com D-AmB ou P-AmB. A sobrevivência (n= nove) e a carga fúngica em órgãos internos (n= três, no mínimo) foram avaliadas, sendo observado que o regime de pulso com D-AmB ou P-AmB foi o mais efetivo em prolongar a sobrevivência dos animais e reduzir a carga fúngica nos órgãos, seguido pela combinação terapêutica, porém o tratamento com D-AmB e ITC foi a combinação mais efetiva. A monoterapia com ITC e P-AmB e D-AmB foram menos eficazes, sendo corroborados pelas análises histopatológicas. Ensaios de toxicidade in vivo com as diferentes drogas revelaram que ITC e D-AmB induziram a uma toxicidade hepática e renal nos animais, respectivamente, mas P-AmB não induziu a nenhuma toxicidade. Nos ensaios de citoxicidade in vitro foi observado que ITC foi a menos citotóxica e hemolítica e a mais seletiva das drogas testadas, seguida por P-AmB, que foi menos citotóxica e mais seletiva que D-AmB. No modelo de esporotricose subcutânea camundongos da mesma linhagem foram inoculados por via subcutânea com conídios de S. schenckii e de S. brasiliensis (n=9/ grupo). Os animais infectados com S. brasiliensis apresentaram regressão das lesões primárias e disseminação. Usando o modelo de esporotricose subcutânea murina causada por S. brasiliensis testamos peliminarmente a formulação tópica de AmB poliagregada, que reduziu a extensão das lesões de animais infectados. Este é o primeiro trabalho a avaliar diferentes regimes de tratamento da esporotricose disseminada murina causada por S. brasiliensis utilizando ITC, D-AmB e uma nova formulação menos tóxica de anfotericina B poliagregada. O estudo revelou que o regime de pulso foi o mais eficaz para as formulações intravenosas de AmB. Nosso estudo também estabeleceu pioneiramente um modelo de esporotricose subcutânea induzido por S. brasiliensis, que se revelou uma ferramenta útil para comparar a virulência das espécies do complexo S. schenckii e para testar a eficácia de antifúngicos contra essas novas espécies.

增强UV-B辐射对暖温带落叶阔叶林下土庄绣线菊水分生理和氮素利用及形态特性的影响

在中国北方大部分地区，水分始终是影响植物生长和分布的最主要限制性因子之一，植物在其生长期经常遭受水分胁迫。不仅如此，随着大气同温层中臭氧浓度的减少，过量的有害紫外辐射（主要是UV-B，280nm-320nm）将穿透大气层达到地球表面。随着全球变化的加剧，这些地区的植物将不可避免地受UV-B和水分胁迫的共同作用。 本实验是在北京东灵山暖温带森林生态系统中，选择常见灌丛土庄绣线菊(Spiraea pubescens)，建立UV-B控制实验。连续三个生长季每天增补9.4kJ•m-2的辐射剂量，模拟臭氧衰减17%时近地表面UV-B辐射的增强。本实验的目的是观测在野外环境下，长时间人工增强UV-B辐射对土庄绣线菊水分生理、氮素利用以及形态特征的影响。具体对以下指标进行测定：叶片的气孔导度、碳同位素比率（δ13 C）、叶含水量、叶面积、水分利用效率（WUE）、叶全氮含量、叶氮素再吸收率。 实验结果表明，增强UV-B辐射显著减少了土庄绣线菊的叶面积（50.1%），提高了叶片全氮含量(102%)，处理植株的氮素再吸收率比对照植株高出50.9%。同时，UV-B辐射还在一定程度上（尽管统计显示不显著）降低了气孔导度(16.1%)、胞间CO2浓度与大气CO2浓度之比(Ci/Ca) (4.0%)、提高了碳同位素比率（δ13 C）(20.5‰)、叶含水量(3.1%)及比叶重（SLW）(5.2%)，从而导致水分利用效率（WUE）的增加(4.1%)，植物的抗旱能力增强。值得注意的是，深层土壤（30-40cm）含水量变化会影响气孔导度、δ13 C、WUE对紫外辐射的响应程度：在土壤干旱的季节（6月和9月），气孔导度、δ13 C、WUE这些指标处理和对照的差异很小，但是当土壤水分充足时（7月和8月），处理和对照的差异就较为显著。另外，随着实验处理时间的延长UV-B的效应变得不显著。相关分析表明，UV-B辐射降低了土壤含水量（30-40cm）与土庄绣线菊叶含水量、δ13 C、Ci/Ca、气孔导度的相关系数，增强了WUE与土壤含水量的相关性，这也许是由于UV-B辐射增强了WUE对土壤水分变化的敏感性。本研究的结果表明UV-B辐射对土庄绣线菊的形态和生长有显著的影响，但对主要水分生理指标影响不显著。

Phylogenetic study of complete cytochrome b genes in musk deer (genus Moschus) using museum samples

As an endangered animal group, musk deer (genus Moschus) are not only a great concern of wildlife conservation, but also of special interest to evolutionary studies due to long-standing arguments on the taxonomic and phylogenetic associations in this group. Using museum samples, we sequenced complete mitochondrial cytochrome b genes (1140 bp) of all suggested species of musk deer in order to reconstruct their phylogenetic history through molecular information. Our results showed that the cytochrome b gene tree is rather robust and concurred for all the algorithms employed (parsimony, maximum likelihood, and distance methods). Further, the relative rate test indicated a constant sequence substitution rate among all the species, permitting the dating of divergence events by molecular clock. According to the molecular topology, M. moschiferus branched off the earliest from a common ancestor of musk deer (about 700,000 years ago); then followed the bifurcation forming the M. berezouskii lineage and the lineage clustering M. fuscus, M. chrysogaster, and M. leucogaster (around 370,000 years before present), interestingly the most recent speciation event in musk deer happened rather recently (140,000 years ago), which might have resulted from the diversified habitats and geographic barriers in southwest China caused by gigantic movements of the Qinghai-Tibetan Plateau in history. Combining the data of current distributions, fossil records, and molecular data of this study, we suggest that the historical dispersion of musk deer might be from north to south in China. Additionally, in our further analyses involving other pecora species, musk deer was strongly supported as a monophyletic group and a valid family in Artiodactyla, closely related to Cervidae. (C) 1999 Academic Press.

A novel short neurotoxin, cobrotoxin c, from monocellate cobra (Naja kaouthia) venom: isolation and purification, primary and secondary structure determination, and tertiary structure modeling

A novel short neurotoxin, cobrotoxin c (CBT C) was isolated from the venom of monocellate cobra (Naja kaouthia) using a combination of ion-exchange chromatography and FPLC. Its primary structure was determined by Edman degradation. CBT C is composed of 61 amino acid residues. It differs from cobrotoxin b (CBT B) by only two amino acid substitutions, Thr/Ala11 and Arg/Thr56, which are not located on the functionally important regions by sequence similarity. However, the LD50 is 0.08 mg/g to mice, i.e. approximately five-fold higher than for CBT B. Strikingly, a structure-function relationship analysis suggests the existence of a functionally important domain on the outside of Loop III of CBT C. The functionally important basic residues on the outside of Loop III might have a pairwise interaction with alpha subunit, instead of gamma or delta subunits of the nicotinic acetylcholine receptor (nAChR). (C) 2002 Elsevier Science Inc. All rights reserved.

养殖褐牙鲆细胞色素b 基因序列的初步研究

对养殖褐牙鲆( Paralichthys olivaceus) 的线粒体DNA Cytb 基因的部分序列进行测定,测得的目的DNA 片段的长 度为410 bp ,其A(104 bp) 、T(119 bp) 、C(117 bp) 、G(70 bp) 4 种碱基平均含量分别为25. 4 %、29. 0 %、28. 5 %、17. 1 %。 在28 个褐牙鲆个体中共出现了3 种单倍型。白化褐牙鲆出现的第1 种和第3 种单倍型个体数分别为10 尾(占白 化褐牙鲆样本数的90. 91 %) 和1 尾(9. 09 %) ;6 尾黑化褐牙鲆均出现第1 种单倍型(100 %) ;正常褐牙鲆出现的3 种 单倍型尾数分别为7 尾(占正常褐牙鲆样本数的55. 56 %) 、2 尾(22. 22 %) 和2 尾(22. 22 %) ;测得的序列与既知序列 间在第6 bp 、第19 bp 和第402 bp 碱基处出现差异。由于褐牙鲆Cytb 基因的高度同源性,研究其白化、黑化和正常 状态时出现的序列差异,对于寻找褐牙鲆白化机理研究的分子标记意义重大。

Study on Mitochondrial DNA Cytochrome b Gene of Chinese sea bass, Lateolabrax sp.

参考鳗鲡等鱼类线粒体 DNA序列进行了中国花鲈线粒体 DNA细胞色素 b基因片断的引物设计、PCR扩增及其序列测定。得到中国花鲈的碱基序列为 4 10 bp,其 A、T、G、C含量分别为 10 1bp(2 4 .6 3% )、112 bp(2 7.32 % )、72 bp(17.56 % )、12 5bp(30 .4 9% ) ,与鳗鲡等其他鱼类相同基因片断序列碱基含量相似。

日本花鲈细胞色素b基因部分序列的研究

首次报道日本花鲈线粒体DNA细胞色素b基因片段的PCR扩增及其序列测 定。得到410bp的碱基序列，其A、T、G、C含量分别为99bp(24．15哟、113bp(27．56旧、 72bp(17．56嗡、126bp(30．73哟，与其他鱼类相同基因片段碱基序列含量相似。

中国花鲈细胞色素b基因片断的序列研究

参考鳗鲡等鱼类线粒体DNA序列进行了中国花鲈线粒体DNA细胞色素b基因片断的引物设计、PCR扩增及其序列测定。得到中国花鲈的碱基序列为410bp，其A、T、G、C含量分别为101bp（24.63%）、112bp（27.32%）、72bp（17.56%）、125bp（30.49%），与鳗鲡等其他鱼类相同基因片断序列碱基含量相似。

Effects of control of C/N ratio by low-cost carbohydrate addition on water quality and pond ecology in freshwater prawn Macrobrachium rosenbergii post-larvae nursing system

An experiment was conducted to evaluate the effects of control of carbon/nitrogen ratio (C/N ratio) by addition of low cost carbohydrate to the water column on water quality and pond ecology in freshwater prawn Macrobrachium rosenbergii post-larvae nursing system. In this experiment, two level of dietary protein 20% and 35% without carbohydrate addition (‘P20' and ‘P35') and with carbohydrate addition (‘P20+CH' and ‘P35+CH') were compared in small ponds of 40 m² area stocked with 20 post-larvae (0.021 ± 0.001g) per m² . Maize flour was used as low cost carbohydrate and applied to the water column followed by the first feeding during the day. The addition of carbohydrate significantly reduced (p< 0.05) ammonia-nitrogen (NH sub(3)-N) and nitrite-nitrogen (NO sub(2) - N) of water in P20 + CH and P35 + CH treatments. It significantly increased (p< 0.05) the total heterotrophic bacteria (THB) population both in water and sediment. Fifty nine genera of plankton were identified belonging to the Bacillariophyceae (11), Chlorophyceae (21), Cyanophyceae (7), Dinophyceae (1), Rotifera (7) and Crustacea (9) without any significant difference (p>0.05) of total phytoplankton and zooplankton among the treatments. Survival rate of prawn was significantly lowest (p<0.05) in P20 and no significant difference (p>0.05) was observed between P20+CH and P35 treatments. Control of C/N ratio by the addition of low-cost carbohydrate to the pond water column benefited the freshwater prawn nursing practices in three ways (1) increased heterotrophic bacterial growth supplying bacterial protein augment the prawn post-larvae growth performances, (2) reduced demand for supplemental feed protein and subsequent reduction in feed cost and (3) reduced toxic NH sub(3)-N and NO sub(2)-N levels in pond nursing system.

Molecular phylogeny and taxonomy of wood mice (genus Apodemus Kaup, 1829) based on complete mtDNA cytochrome b sequences, with emphasis on Chinese species

Phylogenetic relationships among 15 species of wood mice (genus Apodemus) were reconstructed to explore some long-standing taxonomic problems. The results provided support for the monophyly of the genus Apodemus, but could not reject the hypothesis of paraphyly for this genus. Our data divided the 15 species into four major groups: (1) the Sylvaemus group (A. sylvaticus, A. flavicollis, A. alpicola, and A. uralensis), (2) the Apodemus group (A. peninsulae, A. chevreri, A. agrarius, A. speciosus, A. draco, A. ilex, A. semotus, A. latronum, and A. mystacinus), (3) A. argenteus, and (4) A. gurkha. Our results also suggested that orestes should be a valid subspecies of A. draco rather than an independent species; in contrast, A. ilex from Yunnan may be regarded as a separate species rather than a synonym of orestes or draco. The species level status of A. latronum, tscherga as synonyms of A. uralensis, and A. chevrieri as a valid species and the closest sibling species of A. agrarius were further corroborated by our data. Applying a molecular clock with the divergences of Mus and Rattus set at 12 million years ago (Mya) as a calibration point, it was estimated that five old lineages (A. mystacinus and four major groups above) diverged in the late Miocene (7.82-12.74 Mya). Then the Apodemus group (excluding A. mystacinus) split into two subgroups: agrarius and draco, at about 7.17-9.95 Mya. Four species of the Sylvaemus group were estimated to diverge at about 2.92-5.21 Mya. The Hengduan Mountains Region was hypothesized to have played important roles in Apodemus evolutionary histories since the Pleistocene. (C) 2004 Elsevier Inc. All rights reserved.