Application of self-quenched JH consensus primers for real-time quantitative PCR of IGH gene to minimal residual disease evaluation in multiple myeloma.

Monitoring multiple myeloma patients for relapse requires sensitive methods to measure minimal residual disease and to establish a more precise prognosis. The present study aimed to standardize a real-time quantitative polymerase chain reaction (PCR) test for the IgH gene with a JH consensus self-quenched fluorescence reverse primer and a VDJH or DJH allele-specific sense primer (self-quenched PCR). This method was compared with allele-specific real-time quantitative PCR test for the IgH gene using a TaqMan probe and a JH consensus primer (TaqMan PCR). We studied nine multiple myeloma patients from the Spanish group treated with the MM2000 therapeutic protocol. Self-quenched PCR demonstrated sensitivity of >or=10(-4) or 16 genomes in most cases, efficiency was 1.71 to 2.14, and intra-assay and interassay reproducibilities were 1.18 and 0.75%, respectively. Sensitivity, efficiency, and residual disease detection were similar with both PCR methods. TaqMan PCR failed in one case because of a mutation in the JH primer binding site, and self-quenched PCR worked well in this case. In conclusion, self-quenched PCR is a sensitive and reproducible method for quantifying residual disease in multiple myeloma patients; it yields similar results to TaqMan PCR and may be more effective than the latter when somatic mutations are present in the JH intronic primer binding site.

Minimal residual disease monitoring in multiple myeloma: a comparison between allelic-specific oligonucleotide real-time quantitative polymerase chain reaction and flow cytometry.

BACKGROUND AND OBJECTIVES: Minimal residual disease (MRD) studies are useful in multiple myeloma (MM). However, the definition of the best technique and clinical utility are still unresolved issues. The aim of this study was to analyze and compare the clinical utility of MRD studies in MM with two different techniques: allelic-specific oligonucleotide real-time quantitative PCR (ASO-RQ-PCR), and flow cytometry (FCM). DESIGN AND METHODS: Bone marrow samples from 32 MM patients who had achieved complete response after transplantation were evaluated by ASO-RQ-PCR, using TaqMan technology, and multiparametric FCM. RESULTS: ASO-RQ-PCR was only applicable in 75% of patients for a variety of technical reasons, while FCM was applicable in up to 90%. Therefore, simultaneous PCR/FCM analysis was possible in only 24 patients. The number of residual tumor cells identified by both techniques was very similar (mean=0.29%, range=0.001-1.61%, correlation coefficient=0.861). However, RQ-PCR was able to detect residual myelomatous cells in 17 patients while FCM only did so in 11; thus, 6 cases were FCM negative but PCR positive, all of them displaying a very low number of clonal cells (median=0.014%, range=0.001-0.11). Using an MRD threshold of 0.01% (10(-4)) two risk groups with significantly different progression-free survival could be identified by either PCR (34 vs. 15m, p=0.04) or FCM (27 vs. 10m, p=0.05). INTERPRETATION AND CONCLUSIONS: Although MRD evaluation by ASO-RQ-PCR is slightly more sensitive and specific than FCM, it is applicable in a lower proportion of MM patients and is more time-consuming, while both techniques provide similar prognostic information.

Incomplete DJH rearrangements as a novel tumor target for minimal residual disease quantitation in multiple myeloma using real-time PCR.

The hypervariable regions of immunoglobulin heavy-chain (IgH) rearrangements provide a specific tumor marker in multiple myeloma (MM). Recently, real-time PCR assays have been developed in order to quantify the number of tumor cells after treatment. However, these strategies are hampered by the presence of somatic hypermutation (SH) in VDJH rearrangements from multiple myeloma (MM) patients, which causes mismatches between primers and/or probes and the target, leading to a nonaccurate quantification of tumor cells. Our group has recently described a 60% incidence of incomplete DJH rearrangements in MM patients, with no or very low rates of SH. In this study, we compare the efficiency of a real-time PCR approach for the analysis of both complete and incomplete IgH rearrangements in eight MM patients using only three JH consensus probes. We were able to design an allele-specific oligonucleotide for both the complete and incomplete rearrangement in all patients. DJH rearrangements fulfilled the criteria of effectiveness for real-time PCR in all samples (ie no unspecific amplification, detection of less than 10 tumor cells within 10(5) polyclonal background and correlation coefficients of standard curves higher than 0.98). By contrast, only three out of eight VDJH rearrangements fulfilled these criteria. Further analyses showed that the remaining five VDJH rearrangements carried three or more somatic mutations in the probe and primer sites, leading to a dramatic decrease in the melting temperature. These results support the use of incomplete DJH rearrangements instead of complete somatically mutated VDJH rearrangements for investigation of minimal residual disease in multiple myeloma.

Generic wind estimation and compensation based on residual generators and higher-order sliding mode schemes

This master thesis proposes a solution to the approach problem in case of unknown severe microburst wind shear for a fixed-wing aircraft, accounting for both longitudinal and lateral dynamics. The adaptive controller design for wind rejection is also addressed, exploiting the wind estimation provided by suitable estimators. It is able to successfully complete the final approach phase even in presence of wind shear, and at the same time aerodynamic envelope protection is retained. The adaptive controller for wind compensation has been designed by a backstepping approach and feedback linearization for time-varying systems. The wind shear components have been estimated by higher-order sliding mode schemes. At the end of this work the results are provided, an autonomous final approach in presence of microburst is discussed, performances are analyzed, and estimation of the microburst characteristics from telemetry data is examined.

Residual Stresses and Fatigue Behavior of Welded Structural Members, HR-94, 1967

A research project entitled "Residual Stresses and Fatigue Behavior of Welded Structural Members" was conducted at the Structural Research Laboratory of the Engineering Research Institute at Iowa State University under the sponsorship of the Iowa State Highway Commission. The objective of the project was to study experimentally the fatigue behavior of flange plates in welded beam sections as influenced by different residual stress distributions which are caused by different sizes of welds.

Medición del desempeño : retorno sobre inversión, ROI; ingreso residual, IR; valor económico agregado, EVA; análisis comparado

El artículo quiere a partir de un recuento crítico de los análisis tradicionales del ROI y del IR dar una mirada analítica a estos indicadores comparándolos entre sí, mirando su alcance e importancia reales, igualmente sus problemas conceptuales y limitaciones. Al final se introduce el EVA, como medida y filosofía, mirando lo novedoso de la misma y los aspectos comunescon el ROI y el IR.

Evaluación de vetiver (Chrysopogon zizanioides) y la elefanta (Pennisetum purpureum) en el diseño de humedales artificiales

En este trabajo se presenta la descripción e investigación en la evaluación de vetiver (Chrysopogon zizanioides) y la elefanta (Pennisetum purpureum) en el diseño de humedales artificiales. Para el tratamiento de aguas residuales de origen doméstico, siendo la vegetación uno de los principales componentes de estos sistemas de tratamientos no convencionales. Muchos \sistemas naturales" están siendo considerados con el propósito del tratamiento del agua residual y control de la contaminación del agua, debido a su alta fiabilidad ambiental y los bajos costos de construcción y mantenimiento, es el caso de los humedales artificiales. El interés en los sistemas naturales está basado en la conservación de los recursos asociados con estos sistemas como opuesto al proceso de tratamiento convencional de aguas residuales que es intensivo respecto al uso de energía y químicos. Los wetlands o humedales artificiales constituyen una alternativa de tratamiento debido a su alta eficiencia de remoción de contaminantes, a su bajo costo de instalación y mantenimiento y a su alta fiabilidad ambiental, generalmente un humedal artificial esta constituido por un medio de soporte el cual generalmente es arena o grava, vegetación y microorganismos o biopelícula los cuales llevan los diferentes procesos bioquímicos para remover los contaminantes del afluente. El objetivo general de este trabajo ha sido: Evaluar la eficiencia de remoción de materia orgánica, sólidos, nitrógeno y fósforo total de dos especies de plantas: vetiver (Chrysopogon zizanioides) y la elefanta (Pennisetum purpureum), en el diseño de humedales artificiales para el tratamiento de aguas residuales de origen doméstico. Los humedales artificiales o sistemas pilotos, se encuentran ubicados en la universidad de Medellín y reciben una preparación de agua sintética, que asemeja a las características de un agua residual de origen doméstico. En el presente trabajo se evalúa el porcentaje de remoción de la carga orgánica de aguas residuales, en un sistema de tratamiento por humedales artificiales con dos especies vegetales. El sistema fue diseñado con tres módulos instalados de manera adjunta. En el primero no se integra ninguna especie vegetal, solo el medio de sustrato el cual constituye el blanco (-), en el segundo se integraron organismos de la especie vetiver (Chrysopogon zizanioides), en el tercer sistema piloto, organismos de la especie elefanta (Pennisetum purpureum) y en el cuarto organismos de la especie papiro japones (Cyperus alternifolius), los cuales constituyen el control positivo (+). Los módulos experimentales fueron limpiados, cortados y adecuados acorde al montaje inicial de las plantas y al espacio requerido para su disposición. A cada sistema piloto se le agrega medio de soporte constituido por grava (5 a 10 cm) y arena (15 a 20 cm), el sustrato es evaluado y caracterizado por su diámetro nominal, posterior en cada sistema se siembran las especies en un área de 3x3 y cada humedal por dos semanas se adecua bajo la solución de Hoagland y Arnon y régimen de humedad. En el agua sintética se analizaron los siguientes parámetros: pH, sólidos totales, sólidos suspendido totales, sólidos disueltos totales, demanda química de oxígeno (DQO), demanda bioquímica de oxígeno (DBO5), nitrógeno total (NTK) y fosforo total (PT). También se realizó la determinación del crecimiento de las plantas a partir del incremento de biomasa, porosidad de la raíz y de igual forma se determina NTK y PT. Los resultados demostraron que el sistema es una opción para la remoción de la carga orgánica y de nutrientes en aguas residuales de origen doméstico, de bajo costo de operación y mantenimiento, especialmente se observa que las plantas que crecen en sistemas de régimen de humedad ácuico y ústico, tienden a tener una mayor recepción y adaptación en los humedales artificiales pilotos, es el caso de la elefanta (Pennisetum purpureum), el cual presenta las más altas tasas de remoción de contaminantes y nutrientes en el afluente, seguido por el papiro japonés (Cyperus alternifolius) y el vetiver (Chrysopogon zizanioides), respecto a tasas de remoción. La remoción de contaminantes que se presentan más altos respectivamente, constituyen sólidos en primera instancia, seguido por la demanda bioquímica de oxigeno (DBO5), demanda química de oxígeno (DQO), nitrógeno total (NTK) y fósforo total (PT), estos últimos presentan una baja tasa de remoción, debido a la naturaleza misma del contaminante, a los organismos que realizan la remoción y absorción y al tiempo de retención que se elige, el cual influye en la tasa de remoción del contaminante siendo menor en la concentración de fósforo, pero se encuentranen el rango esperado para estos sistemas de tratamiento no convencionales.

Characterization of Non-linear Polymer Properties to Predict Process Induced Warpage and Residual Stress of Electronic Packages

Nonlinear thermo-mechanical properties of advanced polymers are crucial to accurate prediction of the process induced warpage and residual stress of electronics packages. The Fiber Bragg grating (FBG) sensor based method is advanced and implemented to determine temperature and time dependent nonlinear properties. The FBG sensor is embedded in the center of the cylindrical specimen, which deforms together with the specimen. The strains of the specimen at different loading conditions are monitored by the FBG sensor. Two main sources of the warpage are considered: curing induced warpage and coefficient of thermal expansion (CTE) mismatch induced warpage. The effective chemical shrinkage and the equilibrium modulus are needed for the curing induced warpage prediction. Considering various polymeric materials used in microelectronic packages, unique curing setups and procedures are developed for elastomers (extremely low modulus, medium viscosity, room temperature curing), underfill materials (medium modulus, low viscosity, high temperature curing), and epoxy molding compound (EMC: high modulus, high viscosity, high temperature pressure curing), most notably, (1) zero-constraint mold for elastomers; (2) a two-stage curing procedure for underfill materials and (3) an air-cylinder based novel setup for EMC. For the CTE mismatch induced warpage, the temperature dependent CTE and the comprehensive viscoelastic properties are measured. The cured cylindrical specimen with a FBG sensor embedded in the center is further used for viscoelastic property measurements. A uni-axial compressive loading is applied to the specimen to measure the time dependent Young’s modulus. The test is repeated from room temperature to the reflow temperature to capture the time-temperature dependent Young’s modulus. A separate high pressure system is developed for the bulk modulus measurement. The time temperature dependent bulk modulus is measured at the same temperatures as the Young’s modulus. The master curve of the Young’s modulus and bulk modulus of the EMC is created and a single set of the shift factors is determined from the time temperature superposition. The supplementary experiments are conducted to verify the validity of the assumptions associated with the linear viscoelasticity. The measured time-temperature dependent properties are further verified by a shadow moiré and Twyman/Green test.

Contaminación por coliformes fecales en Anadara similis y A. tuberculosa en los estuarios Barra de Santiago, Jaltepeque y El Tamarindo

En este estudio se midieron los niveles de Coliformes fecales en ejemplares de Anadara similis y A. tuberculosa recolectados en los estuarios Barra de Santiago, Jaltepeque y El Tamarindo con la finalidad de verificar la utilidad de estos bivalvos para ser utilizados como biomonitores de contaminación por material fecal en esos ecosistemas.

Produção de exopolissacarídeos bacterianos a partir de glicerol residual gerado na síntese de biodiesel

A busca por combustíveis alternativos, tais como os biocombustíveis, torna-se necessária devido à crescente demanda por combustíveis em todos os setores da atividade humana, sendo que quase toda energia consumida no mundo provém do petróleo, uma fonte limitada, que emite grande quantidade de gases poluentes. Devido à grande diversidade de culturas oleoginosas no país, o Brasil demonstra potencial para substituição do diesel pelo biodiesel. No processo de obtenção deste, o óleo vegetal sofre uma transesterificação, sob a ação de um catalisador básico e na presença de um álcool, formando três moléculas de ésteres metílicos ou etílicos de ácidos graxos, que constituem o biodiesel em sua essência, liberando uma molécula de glicerol, que é o coproduto mais abundante desta reação. Sendo assim, a utilização do glicerol residual é uma ótima alternativa para agregar valor à cadeia produtiva do biodiesel, minimizar os danos de um possível descarte inadequado, além de diminuir os custos do processo. Com este intuito, este trabalho propõe o uso do glicerol residual como fonte de carbono para produção de exopolissacarídeos (EPSs). Para tal, foram utilizadas linhagens de bactérias mencionadas na literatura como produtoras de EPSs de importância comercial, sendo elas: Xanthomonas campestris pv. mangiferaeindicae IBSBF 1230, Pseudomonas oleovarans NRRL B-14683, Sphingomonas capsulata NRRL B-4261 e Zymomonas mobilis NRRL B-4286. Os cultivos foram realizados em meio apropriado para cada micro-organismo, e como fontes de carbono foram testadas a sacarose, o glicerol residual e uma mistura de ambos na proporção de 1:1 m/m. Os meios foram inoculados com suspensão da bactéria em estudo, sendo avaliados parâmetros relativos ao crescimento celular e à produção de EPSs. Para X. campestris pv. mangiferaeindicae, foram determinadas algumas propriedades reológicas e térmicas dos EPSs produzidos com as diferentes fontes de carbono, bem como o índice de emulsificação com diferentes óleos vegetais. X. campestris apresentou uma concentração de EPSs em torno de 4 g.L-1 em todos os meios estudados, comportamento similar ao da bactéria P. oleovorans, diferindo apenas no meio contendo sacarose (0,8 g.L-1 ). S. capsulata apresentou uma maior concentração de EPSs em meios contendo sacarose e a mistura de sacarose com glicerol residual, em torno de 3,4 g.L-1 , e em meio contendo glicerol residual este valor caiu para 1,7 g.L-1 . Já Z. mobilis apresentou um melhor resultado em meio contendo sacarose e glicerol residual, atingindo 1,3 g.L-1 , sendo que em meio contendo somente sacarose e glicerol residual estes valores foram inferiores alcançando 0,2 e 0,7 g.L-1 , respectivamente. Quase todas as bactérias atingiram a fase estacionária em 24 h de cultivo e o pH permaneceu praticamente constante, sendo verificada uma queda mais acentuada somente para Z. mobilis. O comportamento reológico foi similar para as xantanas produzidas nos diferentes meios, entretanto a viscosidade inicial foi maior com o meio a sacarose (637 cP), seguido da mistura de sacarose com glicerol residual (279 cP) e glicerol residual (60 cP). O IE24 foi superior quando utilizado o óleo de milho, atingindo valores de 97, 72 e 64 % em sacarose, mistura de sacarose com glicerol e glicerol residual, respectivamente. Desta forma, pode-se afirmar que a mudança na fonte de carbono afeta estas propriedades.

Contaminación ambiental y su relación con síntomas respiratorios en los pacientes que asisten a la consulta de pediatría de la Clínica El Carmelo, Soyapango, y consulta de neumología del Hospital Nacional Benjamín Bloom del 20 de Octubre al 14 de Noviembre de 2014

La evidencia de estudios alrededor del mundo relaciona altas concentraciones de contaminantes del aire con efectos agudos y crónicos en la salud. “Muertes por causas cardiovasculares, cáncer de pulmón e infecciones respiratorias en los niños se asoció a niveles de contaminantes que exceden las normas de calidad del aire exterior” (Cohen 2004). Marco teórico: la contaminación del aire se puede definir como “cualquier condición atmosférica en la que las sustancias presentes producen un efecto adverso medible, en la salud del humano, los animales y vegetales, o bien un daño físico en los materiales". Debido al tamaño fino de estas partículas (30 veces más pequeñas que el grosor de un cabello), estas pueden ingresar en las partes más profundas de los pulmones, como son los alvéolos, lo cual relaciona éstas partículas finas y varios problemas de salud incluyendo asma, bronquitis y síntomas respiratorios agudos y crónicos. Metodología: compuesta por 90 pacientes que provienen de dos centros asistenciales, residentes dentro de un radio de 4 km. alrededor de las torres de monitoreo. Método: análisis descriptivo basado en medidas de frecuencias medias y tendencias para caracterizar la población y la exposición a material particulado. Análisis de los datos mediante GRAPH PAD PRISM 6.0 usando las tablas de contingencia para la estimación de diferencia entre proporciones y el riesgo relativo. Se utilizó test de normalidad de D´Agostino Pearson para definir trato estadístico. Se utilizó test de KolmorogovSmirnov y Test de Fisher para encontrar la relación entre calidad de aire y aparecimiento de síntomas. Se aplicó regresión lineal de Deming para establecer relación en cuanto a los síntomas. Resultados: no hay relación estadísticamente significativa entre la calidad del aire y los síntomas respiratorios. La regresión lineal de Deming si encontró cambios estadísticos significativos para los síntomas: sibilancias, taquipnea y estornudos. Conclusiones: no se consideraron otros factores importantes como contaminación intradomiciliar y exposición a tabaco que pudo haber modificado el resultado del estudio. Se demostró que existe una tendencia a relacionar síntomas como la taquipnea, rinorrea, estornudos y sibilancias con niveles no satisfactorios de calidad del aire.