Gene finding in the chicken genome

Background: Despite the continuous production of genome sequence for a number of organisms,reliable, comprehensive, and cost effective gene prediction remains problematic. This is particularlytrue for genomes for which there is not a large collection of known gene sequences, such as therecently published chicken genome. We used the chicken sequence to test comparative andhomology-based gene-finding methods followed by experimental validation as an effective genomeannotation method.Results: We performed experimental evaluation by RT-PCR of three different computational genefinders, Ensembl, SGP2 and TWINSCAN, applied to the chicken genome. A Venn diagram wascomputed and each component of it was evaluated. The results showed that de novo comparativemethods can identify up to about 700 chicken genes with no previous evidence of expression, andcan correctly extend about 40% of homology-based predictions at the 5' end.Conclusions: De novo comparative gene prediction followed by experimental verification iseffective at enhancing the annotation of the newly sequenced genomes provided by standardhomology-based methods.

Transcription factor map alignment of promoter regions

We address the problem of comparing and characterizing the promoter regions of genes with similar expression patterns. This remains a challenging problem in sequence analysis, because often the promoter regions of co-expressed genes do not show discernible sequence conservation. In our approach, thus, we have not directly compared the nucleotide sequence of promoters. Instead, we have obtained predictions of transcription factor binding sites, annotated the predicted sites with the labels of the corresponding binding factors, and aligned the resulting sequences of labels—to which we refer here as transcription factor maps (TF-maps). To obtain the global pairwise alignment of two TF-maps, we have adapted an algorithm initially developed to align restriction enzyme maps. We have optimized the parameters of the algorithm in a small, but well-curated, collection of human–mouse orthologous gene pairs. Results in this dataset, as well as in an independent much larger dataset from the CISRED database, indicate that TF-map alignments are able to uncover conserved regulatory elements, which cannot be detected by the typical sequence alignments.

What can spike train distances tell us about the neural code?

Time scale parametric spike train distances like the Victor and the van Rossum distancesare often applied to study the neural code based on neural stimuli discrimination.Different neural coding hypotheses, such as rate or coincidence coding,can be assessed by combining a time scale parametric spike train distance with aclassifier in order to obtain the optimal discrimination performance. The time scalefor which the responses to different stimuli are distinguished best is assumed to bethe discriminative precision of the neural code. The relevance of temporal codingis evaluated by comparing the optimal discrimination performance with the oneachieved when assuming a rate code.We here characterize the measures quantifying the discrimination performance,the discriminative precision, and the relevance of temporal coding. Furthermore,we evaluate the information these quantities provide about the neural code. Weshow that the discriminative precision is too unspecific to be interpreted in termsof the time scales relevant for encoding. Accordingly, the time scale parametricnature of the distances is mainly an advantage because it allows maximizing thediscrimination performance across a whole set of measures with different sensitivitiesdetermined by the time scale parameter, but not due to the possibility toexamine the temporal properties of the neural code.

Definitional verbal patterns for semantic relation extraction

In this paper we present a description of the role of definitional verbal patterns for the extraction of semantic relations. Several studies show that semantic relations can be extracted from analytic definitions contained in machine-readable dictionaries (MRDs). In addition, definitions found in specialised texts are a good starting point to search for different types of definitions where other semantic relations occur. The extraction of definitional knowledge from specialised corpora represents another interesting approach for the extraction of semantic relations. Here, we present a descriptive analysis of definitional verbal patterns in Spanish and the first steps towards the development of a system for the automatic extraction of definitional knowledge.

El Corpus de l'IULA: etiquetaris

El projecte central que es duu a terme a l'Institut Universitari de Lingüística Aplicada (IULA) de la Universitat Pompeu Fabra és el corpus de Llenguatges especialitzats. En el marc d'aquest projecte —que implica cinc dominis d'especialitat (dret, economia, informàtica, medi ambient i medicina) i cinc llengües (català, castellà, francès, anglès i alemany)— s'han desenvolupat dos etiquetaris per a la llengua catalana i castellana. Amb el desenvolupament d'aquests etiquetaris es pretén facilitar l'etapa del processament lingüístic del corpus. En aquest paper es discuteixen, d'una banda, alguns aspectes teòrics relatius a la construcció d'etiquetaris i, de l'altra, es presenten els dos etiquetaris que s'han elaborat a l'IULA.

Ontologies: a review

En aquest paper, analitzem les principals ontologies amb la finalitat de dibuixar un panorama general d'una de les eines més utilitzades en l'estructuració del coneixement. En primer lloc, presentem una àmplia descripció de les cinc ontologies més difoses entre la comunitat científica dedicada a la gestió de la informació. Seguidament, repassem breument algunes de les eines de gestió que s'utilitzen per crear i actualitzar ontologies. I, finalment, presentem algunes conclusions en relació a la selecció d'una ontologia i d'un sistema de gestió per a la seva utilització en el marc dels projectes vigents del grup IULATERM.

Agrupación de resultados de una consulta de corpus según medidas de similitud léxica

A medida que el tamaño de un corpus aumenta, aumenta también el número de concordancias obtenidas al consultar una forma. Un número muy elevado de concordancias, de cientos o de miles, dificulta la sistematicidad de la tarea del lexicógrafo. La propuesta del artículo consiste en el uso de un sistema automático de agrupación de concordancias según su similitud léxica (es decir, qué elementos léxicos comparten), con el objetivo de presentar dichas concordancias agrupadas y asociadas a un único representante de todo el conjunto de las que son consideradas como léxicamente similares, de manera que la cardinalidad efectiva de los datos de corpus se vea reducida. El sistema se ha desarrollado teniendo en cuenta las ventajas de una arquitectura distribuida, por lo que cada una de las partes del sistema (stemming, identificación de stop words, cálculo de similitud entre concordancias, ordenación final de los datos, etc.) se ha desarrollado en módulos diferentes que pueden estar alojados en servidores, ya que las necesidades de cálculo del sistema harían que su uso desde un ordenador personal resultara muy lento.

El Mercat de les llars d'infants a Barcelona

La realització d’aquest treball s’ha centrat principalment en intentar trobar resposta a la següent pregunta: “Hi ha inadequació entre l’oferta i la demanda en el mercat de les llars d’infants a Barcelona?”. Per tal de desenvolupar aquest tema, s’han estudiat diferents aspectes que han servit per entendre aquest mercat i per tenir una petitanoció de la seva extraordinària complexitat.Primerament, s’han treballat i descrit els assumptes relacionats amb l’oferta de llars d’infants, com ara la situació actual en què es troba Barcelona, les restriccions que existeixen a la creació de noves llars d’infants, així com els costos i beneficis que determinen el nivell d’oferta de places. A més a més, s’ha comparat l’oferta pública amb la privada amb l’ajuda de diverses taules obtingudes mitjançant el treball de camp realitzat explicat més endavant i finalment s’ha estudiat per què no creix més l’oferta donat l’excés de demanda que hi ha en aquest mercat.En segon lloc, com era d’esperar, es parla de la demanda a les llars d’infants. En aquest apartat es pot trobar la descripció de l’estat actual de la demanda a Barcelona, es detalla tot el procés d’obtenció de dades per tal de trobar la demanda en els diversosdistrictes i s’explica breument el fenomen de la demanda amagada.En tercer lloc, es troba la part principal del treball, allà on es dóna resposta a lapregunta formulada a l’inici del treball. Es posen en comú l’oferta i la demanda, es creenambdues corbes i se n’estudia el desequilibri i les seves possibles causes.En un quart punt es tracta sobre l’efecte que té aquest desequilibri entre oferta idemanda sobre el mercat laboral de la dona i quins en són els principals perjudicats en lasocietat actual.Finalment, es fan diferents propostes per tal de donar una solució al desequilibriexistent entre l’oferta i la demanda de llars d’infants a Barcelona. Es pretén esbrinar la manera mitjançant la qual es podria millorar aquesta diferència entre oferta i demanda i, per tant, poder assolir un punt més proper a l’equilibri teòric que el que hi ha actualment.Pel que fa a la metodologia seguida, s’ha realitzat un treball de camp que ha consistit en demanar informació a un nombre prou significatiu de llars d’infants de laciutat de Barcelona per tal d’aconseguir amb certa fiabilitat algunes de les dades que nohan estat possibles de trobar, com per exemple la demanda en excés mitjana per districte.Amb aquesta ajuda, s’han pogut realitzar tota una sèrie de taules estadístiques molt útils pel desenvolupament del treball.Les fonts d’informació utilitzades han estat nombroses, entre les quals es troben:primerament, l’Administració (a tots els nivells: Ajuntament de Barcelona, Diputació de Barcelona, Generalitat de Catalunya i Estat); en segon lloc, diversos articles de diaris i revistes que han servit per conèixer la importància que té aquest tema avui en dia en la societat; finalment, els testimonis de propietaris d’algunes llars d’infants de la ciutat de Barcelona i altres persones relacionades amb aquest àmbit com ara treballadors o mares i pares d’infants de zero a tres anys.

Cost del tractament del SIDA i d'Hepatitis C per a l'Estat : Comparació de la despesa d'una persona en llibertat vs. un pres

Un dels principals motius que ens va impulsar en l’elecció del tema és que es tracta d’untema que pot despertar curiositat entre la població.Un altre motiu, es que varem trobar que està íntimament relacionat amb els estudis queestem cursant, donat que afecta als pressupostos de l’estat i a la seva restricciópressupostària, i per tant, està directament relacionat amb la macroeconomia. En el nostrecas, reduirem l’àmbit d’estudi al territori català, de manera que estudiarem aquestes duesmalalties dins la despesa en sanitat pública catalana. A demés, estan finançades amb elsnostres impostos, i per tant la seva despesa afecta a la restricció pressupostària delsciutadans.L’elecció d’aquestes malalties no ha estat feta a l’atzar. Inicialment, varem pensar enestudiar els costos dels interns penitenciaris que patien aquestes malalties. Com que laSIDA i d’hepatitis C són les malalties més freqüents dins la presó, i les que tenen unscostos més característics donada la complexitat dels seus tractaments, varem pensar queserien prou representatives.No obstant, a mesura que ens anàvem endinsant en el tema, ens varem adonar que tambéseria molt interessant comparar el cost de les malalties amb el de les persones no recluses, iesbrinar si hi havia algun tipus de cost diferencial. És per això que varem decidir analitzaraquestes dues malalties tant dins com fora.Un altre factor que ens ha impulsat en l’elecció del tema és el fet que el nombre d’interns ales presons té un ritme de creixement constant que s’ha accelerat en els últims anys,sobretot degut a l’augment de la immigració. Això implica un augment progressiu de ladespesa, que es tradueix en una necessitat d’ingressos majors per tal de poder equilibrar larestricció de la qual parlàvem abans.També varem voler anar una mica més lluny i analitzar el pes d’aquestes malalties dins dela despesa que la generalitat ha establert per a la sanitat pública. Com les dues son MDO (malalties de declaració obligatòria ) estan finançades completament pel sector públic.L’objectiu era veure si representaven un cost tant elevat com pensàvem.OBJECTIUS DEL TREBALL:· Demostrar l’elevat cost que suposen certes malalties per l’estat.· Manifestar els canvis en el cost de les malalties amb l’evolució delstractaments.· Analitzar els costos sanitaris extres que es produeixen a les presons.· Destacar l’augment accelerat del nombre d’interns i l’augment del cost sanitarique això suposa. METODOLOGIA: Per tal de poder realitzar l’estudi comparatiu, hem hagut de calcular manualment els costosde les malalties, tot informant-nos del preu dels medicament, les dosis, el cost de lesconsultes externes,etc. A més, per a calcular el cost del tractament dins la presó, ens hemhagut d’informar dels aspectes més generals que envolten a un pres, per poder veure sirealment existeix un cost diferencial respecte la malaltia a l’exterior. Per obtenir aquestesdiverses informacions, ens hem hagut de posar en contacte amb el personal que treballa ala presó que hem pres com a model d’estudi.Així, podem dividir les nostres fonts d’informació en 3 categories:• Obtenció d’informació directament amb el personal de la presó:– Entrevista amb la directora d’infermeria de la Secretaria de ServeisPenitenciaris, Rehabilitació i Justícia Juvenil– Entrevista amb la Cap d’infermeria del Centre Quatre Camins.• Informació a partir de mostres facilitades pels propis funcionaris de la presó• Informació a partir d’estudis sobre el tema i de dades oficials, concretament lesdades oficials sobre els Pressupostos de la Generalitat.

Intervención estratégica con familias: reducir la complejidad para potenciar sus recursos

La pretensión de este artículo es repasar algunos reductores de complejidad que nos permitan acercarnos a situaciones familiares diversas, con sus contradicciones y paradojas, y contribuir a potenciar sus recursos para afrontarlas. Se hará un ejercicio de aplicación en ámbitos sociales y educativos de algunas propuestas nacidas inicialmente en ámbitos psicoterapéuticos. Se entiende que algunas de las lógicas de intervención útiles en la práctica clínica pueden resultar también eficaces en la práctica socioeducativa, a pesar de estar atentos a asimilaciones automáticas de un ámbito a otro. Hay que aceptar el hecho de la necesaria mirada social, política, económica, contextual… imprescindible en los escenarios educativos y sociales y quizás no tan claramente en los escenarios clínicos.

Diagnosi de necessitats socials i educatives de l'aula multilingüe: aproximació des del cas de matemàtiques

El nostre objectiu principal ha estat estudiar el desenvolupament de competències discursives de l’alumnat (d’origen) estranger que contribueixin a entendre i atendre les seves necessitats socials i educatives a l’aula (de matemàtiques) multilingüe. Amb aquesta intenció, hem dut a terme accions científiques a dos nivells: amb professorat i amb estudiants. Quant a la caracterització de la complexitat normativa de l’aula de matemàtiques multilingüe, tal com estava previst: 1) hem exemplificat diverses normes socials i lingüístiques existents en el desenvolupament de pràctiques matemàtiques a l’aula; i 2) hem particularitzat el fenomen de la diversitat de normes socials i lingüístiques en casos de sessions de classe de secundària. Quant a la documentació d'indicadors de progrés en la comprensió de normes socials i lingüístiques de l’aula, i en el desenvolupament de competències discursives d’adequació a aquestes normes, tal com estava previst: 1) hem caracteritzat estratègies d’ensenyament i aprenentatge de normes socials i lingüístiques en situacions d’interacció social en petit i gran grup; i 2) hem construït criteris de seguiment del grau de desenvolupament de competències discursives d’adequació a les normes, tant pel que a professorat com alumnat. Finalment, quant a l'anàlisi de la contribució de les competències discursives a la construcció d’identitats socials, lingüístiques i matemàtiques compartides: 1) hem estudiat els usos que l’estudiant (d’origen) estranger fa de normes escolars vinculades a pràctiques socials, lingüístiques i matemàtiques; i 2) hem examinat la construcció de significats socials, lingüístics i matemàtics compartits en un ampli ventall de processos d’adequació a normes de l’aula orquestrades pel professorat de la nostra mostra.

Planeamento de equipamentos educativos em Cabo Verde

Esta tese visa contribuir para o desenvolvimento de modelos de planeamento e gestão de redes de equipamentos educativos mais realistas e operacionais. Entretanto, apresenta modelos de optimização para o problema de localização de equipamentos educativos em Cabo Verde, tendo em consideração que estes modelos quando aplicados aos serviços públicos são importantes, pois racionalizam os recursos disponíveis, beneficiando directamente a população. Geralmente, a localização adequada de equipamentos educativos e a atribuição dos utentes, a este serviço, têm constituído um dos grandes problemas enfrentados pelo sector da educação. Contudo, o desenvolvimento de uma proposta, que maximize a acessibilidade, traduzida na minimização da distância média, que estes utentes percorrem para utilizar esse serviço, é de fundamental importância, pois são serviços de necessidade básica e os seus recursos são normalmente muito escassos. Cabo Verde é um pequeno país africano, considerado emergente, que acaba de ser incluído no grupo de Países do Rendimento Médio. A sua economia está orientada para os serviços e depende quase totalmente do exterior. Tem sido feita uma grande aposta no seu capital humano, investimento na educação como a chave para seu sucesso. Consequentemente, a optimização dos seus recursos educativos é actualmente de grande interesse. Os objectivos dos modelos são a maximização da acessibilidade e a minimização do investimento (garantindo uma boa cobertura). Os modelos do tipo p-mediana foram utilizados e implementados, através dos métodos exactos e do algoritmo de entropia cruzada. Os modelos foram aplicados em dois estudos de caso: para as escolas básicas do município de Santa Cruz e para as escolas secundárias da ilha de Santiago. Ainda, foi concebido um Sistema de Informação para o Planeamento da Educação com o objectivo de integrar num único sistema os recursos necessários à tomada de decisão sobre o planeamento da educação. Os modelos apresentaram soluções óptimas ou muito boas. Em qualquer dos casos, as soluções parecem realistas e podem ser aplicadas à realidade cabo-verdiana. A resolução dos modelos não suscitou problemas em termos de processamento e o tempo computacional foi bastante reduzido.

Schubert i les seves composicions per a violí

Amb aquest projecte he volgut aproximar-me al repertori de cambra per violí i piano del compositor vienès Franz Schubert. Les tres obres escollides són poc habituals a les sales de concert, en part per la seva complexitat tècnica i interpretativa, i representen tres propostes ben contrastants en la seva trajectòria compositiva. Es tracte de la introspectiva Sonatina en La menor D. 385, l’eloqüent Rondó Brillant en Si menor D. 895 i la seva obra de maduresa, la gran Fantasia en Do Major D. 934. Gràcies a l’anàlisi musical i la recerca del seu context cultural i artístic, juntament amb la meva experiència en l’instrument, he guanyat una percepció i comprensió molt més profunda de les seves obres, creixent com a persona i intèrpret amb el procés.

Hidrossedimentologia e disponibilidade hídrica da bacia hidrográfica da Barragem de Poilão

TEIXEIRA, José João Lopes. Departamento de Engenharia Agrícola, Centro de Ciências Agrárias da Universidade Federal do Ceará, Agosto de 2011. Hidrossedimentologia e disponibilidade hídrica da bacia hidrográfica da Barragem de Poilão, Cabo Verde. Orientador: José Carlos de Araújo. Examinadores: George Leite Mamede, Pedro Henrique Augusto Medeiros. O Arquipélago de Cabo Verde, situado na costa ocidental africana, sofre influência do deserto de Saara tornando o clima caraterizado por pluviometria muito baixa e distribuída irregularmente no espaço e no tempo. As chuvas são muito concentradas, gerando grandes escoamentos para o mar. O aumento da disponibilidade hídrica requer além da construção e manutenção de infraestrutura de captação e conservação de águas pluviais, uma gestão eficiente destes recursos. Atualmente, constitui um dos eixos estratégicos da política do estado de Cabo Verde, a captação, armazenamento e mobilização de águas superficiais através de construção de barragens. Estudos do comportamento hidrológico e sedimentológico do reservatório e da sua bacia de contribuição constituem premissas básicas para um ótimo dimensionamento, gestão e monitoramento da referida infraestrutura. É neste sentido que o presente estudo objetivou sistematizar informações hidrológicas e sedimentológicas da bacia hidrográfica da Barragem de Poilão (BP) e apresentar proposta operacional de longo prazo. A área de estudo ocupa 28 km² a montante da Bacia Hidrográfica da Ribeira Seca (BHRS) na Ilha de Santiago. A altitude da bacia varia de 99 m, situada na cota da barragem, até 1394 m. Para o estudo, foram utilizados e sistematizados, série pluviométrica de 1973 a 2010, registos de vazão instantânea do período 1984 a 2000 e registos agroclimáticos da área de estudo (1981 a 2004). Para o preenchimento das falhas tanto dos escoamentos como da descarga sólida em suspensão, foi utilizado o método de curva chave. Para estimativa de produção de sedimentos na bacia, aplicou-se a Equação Universal de Perda de Solo (USLE) e a razão de aporte de sedimentos (SDR). O índice de retenção de sedimentos no reservatório foi estimado pelo método de Brune e a distribuição de sedimento pelo método empírico de redução de área descrito por Borland e Miller e, revisado por Lara. Para gerar e simular curvas de vazão versus garantia foi utilizado código computacional VYELAS, desenvolvido por Araújo e baseado na abordagem de Campos. Também foi avaliada a redução da vazão de retirada do período 2006 a 2026, provocado pelo assoreamento do reservatório. Concluiu-se que em média a precipitação anual é de 323 mm, concentrando-se 73% nos meses de agosto e setembro; a bacia de contribuição apresenta como valor um número de curva (CN) de 76, com abstração inicial (Ia) de 26 mm, coeficiente de escoamento de 19% e uma vazão anual afluente de 1,7 hm³(cv= 0,73); a disponibilidade hídrica para uma garantia de 85% é avaliada em 0,548 hm³/ano e não 0,671 hm³/ano como indica o projeto original. Com uma descarga sólida estimada em 22.185 m³/ano conclui-se que até o ano de 2026, a capacidade do reservatório reduz a uma taxa de 1,8 % ao ano, devido ao assoreamento, provocando uma redução de 41% da disponibilidade hídrica inicial. Nessa altura, as perdas por evaporação e sangria serão da ordem de 81% da vazão afluente de entrada no reservatório. Na base desses resultados se apresentou proposta de operação da BP.