Object-Oriented Genetic Programming for the Automatic Inference of Graph Models for Complex Networks

Complex networks are systems of entities that are interconnected through meaningful relationships. The result of the relations between entities forms a structure that has a statistical complexity that is not formed by random chance. In the study of complex networks, many graph models have been proposed to model the behaviours observed. However, constructing graph models manually is tedious and problematic. Many of the models proposed in the literature have been cited as having inaccuracies with respect to the complex networks they represent. However, recently, an approach that automates the inference of graph models was proposed by Bailey [10] The proposed methodology employs genetic programming (GP) to produce graph models that approximate various properties of an exemplary graph of a targeted complex network. However, there is a great deal already known about complex networks, in general, and often specific knowledge is held about the network being modelled. The knowledge, albeit incomplete, is important in constructing a graph model. However it is difficult to incorporate such knowledge using existing GP techniques. Thus, this thesis proposes a novel GP system which can incorporate incomplete expert knowledge that assists in the evolution of a graph model. Inspired by existing graph models, an abstract graph model was developed to serve as an embryo for inferring graph models of some complex networks. The GP system and abstract model were used to reproduce well-known graph models. The results indicated that the system was able to evolve models that produced networks that had structural similarities to the networks generated by the respective target models.

User Generated Content in Researching for Design: How the Internet Supports Creativity

Résumé Cette recherche a débuté avec l’idée que l’Internet est en train de changer la manière dont nous créons des connaissances et du contenu culturel. Notre point de départ était d’utiliser l’Internet afin de rassembler et amplifier plusieurs points de vue dans un processus de design. Une approche complexe a exposé l’Internet comme un système et conséquemment comme une plateforme pour l’innovation. La structure ouverte de l’Internet a soutenu le mouvement participatif des usagers qui ont choisi de partager leurs besoins, leurs désirs et leurs solutions. Notre recherche a pour but d’étudier ce contenu généré par les usagers en ligne et comprendre sa valeur pour les designers. Les usagers créatifs veulent s’exprimer et participer activement dans le processus de design. Notre recherche tente de démontrer que les designers ont beaucoup à apprendre du contenu généré par les usagers car ceux-ci soumettent des éléments qui ont attrait à toutes les étapes du processus de design et révèlent des relations présentes dans la situation de design à l’étude. Pour en apprendre plus sur ce contenu nous nous demandons : Quel type d’information offre le contenu généré par les usagers pour la phase de recherche dans le processus de design. Afin de centrer la portée de l’étude, nous nous sommes aussi questionné si cette information est plus pertinente au design de produits, au design de services ou au design de système de produits et de services. Aspirant aux idéaux du design participatif, notre méthodologie fut développée afin d’apprendre comment le contenu généré par les usagers pourrait influencer le processus de design. Pour ce faire, nous avons choisi de chercher sur l’Internet pour du contenu qui concerne la mobilité via l’usage d’une automobile. Les trois différents types de média considérés étaient les vidéos sur YouTube, les images sur Flickr et les textes sur Blogger. Afin de répondre à notre première question de recherche, nous nous sommes penchés sur deux éléments lorsque l’on recherche pour le design : les espaces de design et les relations de design. Premièrement, nous avons catégorisé le contenu récolté selon l’espace problème, créatif et solution. Deuxièmement, nous avons catégorisé le contenu dépendant de laquelle des relations de design elle démontrait soit une combinaison d’usagers, objets et contextes. Dans le but de répondre à la deuxième question de cette recherche, nous avons examiné trois types V de produits de design : les automobiles privées comme produit, le partage de voiture comme système de produit et de service, et le taxi comme service. Chaque élément pertinent généré par les usagés trouvé dans cette recherche fut catégorisé jusqu’à ce que l’on récolte 50 échantillons pour chaque combinaison de ces variables. Nous en sommes arrivés avec une matrice de 50 éléments de chaque produit de design, pour chacun des médias, puis catégorisé selon les espaces de design et les relations dans le design. Cette recherche démontre que l’Internet, comme médium, produit les conditions avantageuses pour que les usagers partagent de grandes quantités de contenu original et diversifié qui est pertinent aux situations de design. À partir de nos données de recherche, nous avons identifié des tendances dans le contenu généré par les usagers. Notamment, nous sommes en mesure d’affirmer que le contenu généré par les usagers offre de l’information pertinente à la recherche pour le design, et ce dans tous les espaces de design et toutes les relations de design. Il en fut de même pour les différentes issues du design car du contenu sur les produits, les systèmes de produits et de services et les services était présent et pertinent. Bref, nous avons démontré que l’Internet supporte la créativité et conséquemment il y abonde de contenu créatif produit par les usagers. Suivant dans les traces dessinées par d’autres chercheurs en design participatif, cette étude devrait être considérée comme un nouvel exemple des moyens qu’ont les designers pour percevoir les besoins tacites des usagers en leur permettant d’exprimer leurs idées. Alors que ceux-ci créent librement et intuitivement ainsi exposant leurs besoins, solutions et idées, les designers peuvent porter un regard de tierce partie sur les résultats. Jumelant des techniques comme le crowdsourcing et le brainstorming, nous avons créé une nouvelle activité et le néologisme : brainsourcing. En demeurant dans une forme de pratique réflexive, les designers peuvent réfléchir et ajouter au contenu généré par les usagers qui lui n’est pas biaisé par une éducation ou une culture du design. Ce processus est similaire au design participatif professionnel où le brainsourcing est une activité parallèle lorsque le designer fait des recherches pour le design. C’est cette perspective sur la somme des idées des participants qui peut contribuer à comprendre la complexité de la situation de design. VI Cette recherche a aussi soulevé des questions par rapport à l’effet de démocratisation de l’Internet. Bien que les usagers n’ont pas l’éducation, ni les habiletés des designers, ils aspirent à démocratiser le processus du design en voulant participer activement et en exposant leurs besoins, idées et solutions. Nous avons pu déterminer que les usagers n’étaient pas qualifiés pour entreprendre le processus complet du design comme les designers professionnels, mais nous avons observé directement la capacité des usagers à mettre de l’avant leur créativité. À propos de la relation entre les usagers créatifs et les designers, nous avons étudié des langages communs tels les scénarios et les prototypes. Tous deux sont présents dans le contenu généré par les usagers que nous avons récolté dans nos recherches sur Internet. Ceci nous a mené vers une nouvelle perspective sur l’activité du design où des opportunités créatives ressortent d’une conversation avec les usagers. Cette recherche a dévoilé de grandes tendances dans la manière dont les usagers communiquent naturellement dans un processus de design. Nous espérons avoir offert un aperçu de comment les designers peuvent prendre avantage de tous les types de contenu généré par les usagers en ligne. Dans le futur, nous souhaitons que les designers aient la possibilité d’interagir avec les participants en prenant le rôle de facilitateur de la conversation. La responsabilité du résultat ne tombe pas sur les épaules du designer car son mandat est d’assurer le bon fonctionnement du processus. Les designers rejoignent les usagers en ne demandant plus comment les choses peuvent être créées, mais pourquoi elles devraient exister. En tant que designers, nous aspirons à générer plus à partir de nouvelles connaissances, nous aspirons à créer plus de sens. Mots clés: Recherche en design, complexité, design participatif, contenu généré par les usagers, démocratisation, Internet, créativité, crowdsourcing, brainstorming, brainsourcing, réflexion-en-action.

Analysing artefacts dependencies to evolving software systems

Les logiciels sont en constante évolution, nécessitant une maintenance et un développement continus. Ils subissent des changements tout au long de leur vie, que ce soit pendant l'ajout de nouvelles fonctionnalités ou la correction de bogues. Lorsque les logiciels évoluent, leurs architectures ont tendance à se dégrader et deviennent moins adaptables aux nouvelles spécifications des utilisateurs. En effet, les architectures de ces logiciels deviennent plus complexes et plus difficiles à maintenir à cause des nombreuses dépendances entre les artefacts. Par conséquent, les développeurs doivent comprendre les dépendances entre les artefacts des logiciels pour prendre des mesures proactives qui facilitent les futurs changements et ralentissent la dégradation des architectures des logiciels. D'une part, le maintien d'un logiciel sans la compréhension des les dépendances entre ses artefacts peut conduire à l'introduction de défauts. D'autre part, lorsque les développeurs manquent de connaissances sur l'impact de leurs activités de maintenance, ils peuvent introduire des défauts de conception, qui ont un impact négatif sur l'évolution du logiciel. Ainsi, les développeurs ont besoin de mécanismes pour comprendre comment le changement d'un artefact impacte le reste du logiciel. Dans cette thèse, nous proposons trois contributions principales : La spécification de deux nouveaux patrons de changement et leurs utilisations pour fournir aux développeurs des informations utiles concernant les dépendances de co-changement. La spécification de la relation entre les patrons d'évolutions des artefacts et les fautes. La découverte de la relation entre les dépendances des anti-patrons et la prédisposition des différentes composantes d'un logiciel aux fautes.

Systems biology of the human MHC class I immunopeptidome

Le système de différenciation entre le « soi » et le « non-soi » des vertébrés permet la détection et le rejet de pathogènes et de cellules allogéniques. Il requiert la surveillance de petits peptides présentés à la surface cellulaire par les molécules du complexe majeur d’histocompatibilité de classe I (CMH I). Les molécules du CMH I sont des hétérodimères composés par une chaîne lourde encodée par des gènes du CMH et une chaîne légère encodée par le gène β2-microglobuline. L’ensemble des peptides est appelé l’immunopeptidome du CMH I. Nous avons utilisé des approches en biologie de systèmes pour définir la composition et l’origine cellulaire de l’immunopeptidome du CMH I présenté par des cellules B lymphoblastoïdes dérivés de deux pairs de fratries avec un CMH I identique. Nous avons découvert que l’immunopeptidome du CMH I est spécifique à l’individu et au type cellulaire, qu’il dérive préférentiellement de transcrits abondants, est enrichi en transcrits possédant d’éléments de reconnaissance par les petits ARNs, mais qu’il ne montre aucun biais ni vers les régions génétiques invariables ni vers les régions polymorphiques. Nous avons également développé une nouvelle méthode qui combine la spectrométrie de masse, le séquençage de nouvelle génération et la bioinformatique pour l’identification à grand échelle de peptides du CMH I, dont ceux résultants de polymorphismes nucléotidiques simples non-synonymes (PNS-ns), appelés antigènes mineurs d’histocompatibilité (AMHs), qui sont les cibles de réponses allo-immunitaires. La comparaison de l’origine génomique de l’immunopeptidome de soeurs avec un CMH I identique a révélé que 0,5% des PNS-ns étaient représentés dans l’immunopeptidome et que 0,3% des peptides du CMH I seraient immunogéniques envers une des deux soeurs. En résumé, nous avons découvert des nouveaux facteurs qui modèlent l’immunopeptidome du CMH I et nous présentons une nouvelle stratégie pour l’indentification de ces peptides, laquelle pourrait accélérer énormément le développement d’immunothérapies ciblant les AMHs.

Geochemical, Sedimentological And Remote Sensing Studies Of Kayamkulam Estuary, South West Coast Of India- A Gis Approach

In this study, an attempt has been made to find the textural, geochemical, sedimentological characteristics of sediments and water phases of the kayamkulam estuary located in the Southwest coast of Kerala, besides the impact of gas based thermal power plant located at the northern part of the estuary. Estuaries are an important stage in the transport of the solid weathering product of the earth’s crust. These weathered products or sediments are complex mixtures of a number of solid phases that may include clays, silica, organic matter, metal oxides, carbonates, sulfides and a number of minerals. Studies on the aquatic systems revealed the fact that it posses severe ecological impairments due to heavy discharge of sediments from 44 rivers, the continued disposal of pollutants rich materials from industries, sewage channels, agricultural areas and retting yards

Synthesis, Characterization and Properties of Ca5A2TiO12 (A=Nb, Ta) Ceramic Dielectric Materials for Applications in Microwave Telecommunication Systems

Microwave ceramic dielectric materials Ca5Nb2TiO12 and Ca5Ta2TiO12 have been prepared by a conventional solid-state ceramic process. The structure was studied by X-ray diffraction and the dielectric properties were characterized at microwave frequencies. The ceramics posses a relatively high dielectric constant, very low dielectric loss (Q5 x f > 30000GHz) and small temperature variation of resonant frequency. These materials are potential candidates for dielectric resonator applications in microwave integrated circuits. [DOI: 10. 1 143/JJAP.41.3834]

Studies on the Effect of Randomness on the Synchronization of Coupled Systems and on the Dynamics of Intermittently driven systems

Nonlinear dynamics has emerged into a prominent area of research in the past few Decades.Turbulence, Pattern formation,Multistability etc are some of the important areas of research in nonlinear dynamics apart from the study of chaos.Chaos refers to the complex evolution of a deterministic system, which is highly sensitive to initial conditions. The study of chaos theory started in the modern sense with the investigations of Edward Lorentz in mid 60's. Later developments in this subject provided systematic development of chaos theory as a science of deterministic but complex and unpredictable dynamical systems. This thesis deals with the effect of random fluctuations with its associated characteristic timescales on chaos and synchronization. Here we introduce the concept of noise, and two familiar types of noise are discussed. The classifications and representation of white and colored noise are introduced. Based on this we introduce the concept of randomness that we deal with as a variant of the familiar concept of noise. The dynamical systems introduced are the Rossler system, directly modulated semiconductor lasers and the Harmonic oscillator. The directly modulated semiconductor laser being not a much familiar dynamical system, we have included a detailed introduction to its relevance in Chaotic encryption based cryptography in communication. We show that the effect of a fluctuating parameter mismatch on synchronization is to destroy the synchronization. Further we show that the relation between synchronization error and timescales can be found empirically but there are also cases where this is not possible. Studies show that under the variation of the parameters, the system becomes chaotic, which appears to be the period doubling route to chaos.

Studies on function projective synchronization in chaotic and hyperchaotic systems

FPS is a more general form of synchronization. Hyperchaotic systems possessing more than one positive Lypaunov exponent exhibit highly complex behaviour and are more suitable for some applications like secure communications. In this thesis we report studies of FPS and MFPS of a few chaotic and hyperchaotic systems. When all the parameters of the system are known we show that active nonlinear control method can be efectively used to obtain FPS. Adaptive nonlinear control and OPCL control method are employed for obtaining FPS and MFPS when some or all parameters of the system are uncertain. A secure communication scheme based on MFPS is also proposed in theory. All our theoretical calculations are verified by numerical simulations.

Iron Promoted Sulphated Zirconia Systems as Efficient Catalysts for Phenol Hydroxylation

The present work investigates on the applicability of metal promoted sulphated zirconia catalysts for the hydroxylation of phenol under mild conditions. The percentage conversion and product distribution was highly sensitive towards the reaction parameters like the catalyst composition, reaction temperature, H202/ phenol ratio and the solvent used.

Studies on some supported transition metal complex and metal oxide catalysts for oxidation reactions

Zeolite encapsulated transition metal complexes have received wide attention as an effective heterogenized system that combines the tremendous activity of the metal complexes and the attractive features of the zeolite structure. Zeolite encapsulated complexes offer a bright future for attempts to replace homogeneous systems retaining its catalytic activity and minimizing the technical problems. especially for the partial oxidation of organic compounds. Studies on some zeolite encapsulated transition metal complexes are presented in this thesis. The ligands selected are technically important in a bio-mimetic or structural perspective. Attempts have been made in this study to investigate the composition, structure and stability of encapsulated complexes using available techniques. The catalytic activity of encapsulated complexes was evaluated for the oxidation of some organic compounds. The recycling ability of the catalyst as a result of the encapsulation was also studied.Our studies on Cu-Cr/Al2O3, a typical metal oxide catalyst. illustrate the use of design techniques to modify the properties of such conventional catalysts. The catalytic activity of this catalyst for the oxidation of carbon monoxide was measured. The effect of additives like Ce02 or Ti02 on the activity and stability of this system was also investigated. The additive is potent to improve the activity and stability ofthe catalyst so as to be more effective in commercial usage.

Catalytic oxidation of cyclohexane over Cu-Zn-Cr ternary spinel systems

Spinel systems with the composition of Cu 1−x Zn x Cr 2 O 4 [x = 0 CCr, x = 0.25 CZCr-1, x = 0.5 CZCr-2, x = 0.75 CZCr-3 and x = 1 ZCr] were prepared by homogeneous co-precipitation method and were characterized by X-ray diffraction (XRD) and FT-IR spectroscopy. Elemental analysis was done by EDX, and surface area measurements by the BET method. The redox behavior of these catalysts in cyclohexane oxidation at 243 K using TBHP as oxidant was examined. Cyclohexanone was the major product over all catalysts with some cyclohexanol. 69.2% selectivity to cyclohexanol and cyclohexanone at 23% conversion of cyclohexane was realized over zinc chromite spinels in 10 h.

Dynamical aspects of coupled Rossler systems: effects of noise

Nonlinear time series analysis is employed to study the complex behaviour exhibited by a coupled pair of Rossler systems. Dimensional analysis with emphasis on the topological correlation dimension and the Kolmogorov entropy of the system is carried out in the coupling parameter space. The regime of phase synchronization is identified and the extent of synchronization between the systems constituting the coupled system is quantified by the phase synchronization index. The effect of noise on the coupling between the systems is also investigated. An exhaustive study of the topological, dynamical and synchronization properties of the nonlinear system under consideration in its characteristic parameter space is attempted.

Design and Development of Instrumentation Systems to determine the Dry Rubber Content in Natural Rubber Latex

Hevea latex is a natural biological liquid of very complex composition .Besides rubber hydrocarbons,it contains many proteinous and resinous substances,carbohydrates,inorganic matter,water,and others.The Dry Rubber Content (DRC) of latex varies according to season, tapping system,weather,soil conditions ,clone,age of the tree etc. The true DRC of the latex must be determined to ensure fair prices for the latex during commercial exchange.The DRC of Hevea latex is a very familiar term to all in the rubber industry.It has been the basis for incentive payments to tappers who bring in more than the daily agreed poundage of latex.It is an important parameter for rubber and latex processing industries for automation and verious decesion making processes.This thesis embodies the efforts made by me to determine the DRC of rubber latex following different analytical tools such as MIR absorption,thermal analysis.dielectric spectroscopy and NIR reflectance.The rubber industry is still Looking for a compact instrument that is accurate economical,easy to use and environment friendly.I hope the results presented in this thesis will help to realise this goal in the near future.

Permutation Entropy Based Analysis of Complex Signals for Characterising Change in System Dynamics

Timely detection of sudden change in dynamics that adversely affect the performance of systems and quality of products has great scientific relevance. This work focuses on effective detection of dynamical changes of real time signals from mechanical as well as biological systems using a fast and robust technique of permutation entropy (PE). The results are used in detecting chatter onset in machine turning and identifying vocal disorders from speech signal.Permutation Entropy is a nonlinear complexity measure which can efficiently distinguish regular and complex nature of any signal and extract information about the change in dynamics of the process by indicating sudden change in its value. Here we propose the use of permutation entropy (PE), to detect the dynamical changes in two non linear processes, turning under mechanical system and speech under biological system.Effectiveness of PE in detecting the change in dynamics in turning process from the time series generated with samples of audio and current signals is studied. Experiments are carried out on a lathe machine for sudden increase in depth of cut and continuous increase in depth of cut on mild steel work pieces keeping the speed and feed rate constant. The results are applied to detect chatter onset in machining. These results are verified using frequency spectra of the signals and the non linear measure, normalized coarse-grained information rate (NCIR).PE analysis is carried out to investigate the variation in surface texture caused by chatter on the machined work piece. Statistical parameter from the optical grey level intensity histogram of laser speckle pattern recorded using a charge coupled device (CCD) camera is used to generate the time series required for PE analysis. Standard optical roughness parameter is used to confirm the results.Application of PE in identifying the vocal disorders is studied from speech signal recorded using microphone. Here analysis is carried out using speech signals of subjects with different pathological conditions and normal subjects, and the results are used for identifying vocal disorders. Standard linear technique of FFT is used to substantiate thc results.The results of PE analysis in all three cases clearly indicate that this complexity measure is sensitive to change in regularity of a signal and hence can suitably be used for detection of dynamical changes in real world systems. This work establishes the application of the simple, inexpensive and fast algorithm of PE for the benefit of advanced manufacturing process as well as clinical diagnosis in vocal disorders.

Development and Evaluation of Blind Identification Techniques for Nonlinear Systems

Identification and Control of Non‐linear dynamical systems are challenging problems to the control engineers.The topic is equally relevant in communication,weather prediction ,bio medical systems and even in social systems,where nonlinearity is an integral part of the system behavior.Most of the real world systems are nonlinear in nature and wide applications are there for nonlinear system identification/modeling.The basic approach in analyzing the nonlinear systems is to build a model from known behavior manifest in the form of system output.The problem of modeling boils down to computing a suitably parameterized model,representing the process.The parameters of the model are adjusted to optimize a performanace function,based on error between the given process output and identified process/model output.While the linear system identification is well established with many classical approaches,most of those methods cannot be directly applied for nonlinear system identification.The problem becomes more complex if the system is completely unknown but only the output time series is available.Blind recognition problem is the direct consequence of such a situation.The thesis concentrates on such problems.Capability of Artificial Neural Networks to approximate many nonlinear input-output maps makes it predominantly suitable for building a function for the identification of nonlinear systems,where only the time series is available.The literature is rich with a variety of algorithms to train the Neural Network model.A comprehensive study of the computation of the model parameters,using the different algorithms and the comparison among them to choose the best technique is still a demanding requirement from practical system designers,which is not available in a concise form in the literature.The thesis is thus an attempt to develop and evaluate some of the well known algorithms and propose some new techniques,in the context of Blind recognition of nonlinear systems.It also attempts to establish the relative merits and demerits of the different approaches.comprehensiveness is achieved in utilizing the benefits of well known evaluation techniques from statistics. The study concludes by providing the results of implementation of the currently available and modified versions and newly introduced techniques for nonlinear blind system modeling followed by a comparison of their performance.It is expected that,such comprehensive study and the comparison process can be of great relevance in many fields including chemical,electrical,biological,financial and weather data analysis.Further the results reported would be of immense help for practical system designers and analysts in selecting the most appropriate method based on the goodness of the model for the particular context.