A proteome-wide strategy reveals a novel mechanism of control of cell cycle progression through modulation of cyclin mRNA stability

La quantité de données générée dans le cadre d'étude à grande échelle du réseau d'interaction protéine-protéine dépasse notre capacité à les analyser et à comprendre leur sens; d'une part, par leur complexité et leur volume, et d'un autre part, par la qualité du jeu de donnée produit qui semble bondé de faux positifs et de faux négatifs. Cette dissertation décrit une nouvelle méthode de criblage des interactions physique entre protéines à haut débit chez Saccharomyces cerevisiae, la complémentation de fragments protéiques (PCA). Cette approche est accomplie dans des cellules intactes dans les conditions natives des protéines; sous leur promoteur endogène et dans le respect des contextes de modifications post-traductionnelles et de localisations subcellulaires. Une application biologique de cette méthode a permis de démontrer la capacité de ce système rapporteur à répondre aux questions d'adaptation cellulaire à des stress, comme la famine en nutriments et un traitement à une drogue. Dans le premier chapitre de cette dissertation, nous avons présenté un criblage des paires d'interactions entre les protéines résultant des quelques 6000 cadres de lecture de Saccharomyces cerevisiae. Nous avons identifié 2770 interactions entre 1124 protéines. Nous avons estimé la qualité de notre criblage en le comparant à d'autres banques d'interaction. Nous avons réalisé que la majorité de nos interactions sont nouvelles, alors que le chevauchement avec les données des autres méthodes est large. Nous avons pris cette opportunité pour caractériser les facteurs déterminants dans la détection d'une interaction par PCA. Nous avons remarqué que notre approche est sous une contrainte stérique provenant de la nécessité des fragments rapporteurs à pouvoir se rejoindre dans l'espace cellulaire afin de récupérer l'activité observable de la sonde d'interaction. L'intégration de nos résultats aux connaissances des dynamiques de régulations génétiques et des modifications protéiques nous dirigera vers une meilleure compréhension des processus cellulaires complexes orchestrés aux niveaux moléculaires et structuraux dans les cellules vivantes. Nous avons appliqué notre méthode aux réarrangements dynamiques opérant durant l'adaptation de la cellule à des stress, comme la famine en nutriments et le traitement à une drogue. Cette investigation fait le détail de notre second chapitre. Nous avons déterminé de cette manière que l'équilibre entre les formes phosphorylées et déphosphorylées de l'arginine méthyltransférase de Saccharomyces cerevisiae, Hmt1, régulait du même coup sont assemblage en hexamère et son activité enzymatique. L'activité d'Hmt1 a directement un impact dans la progression du cycle cellulaire durant un stress, stabilisant les transcrits de CLB2 et permettant la synthèse de Cln3p. Nous avons utilisé notre criblage afin de déterminer les régulateurs de la phosphorylation d'Hmt1 dans un contexte de traitement à la rapamycin, un inhibiteur de la kinase cible de la rapamycin (TOR). Nous avons identifié la sous-unité catalytique de la phosphatase PP2a, Pph22, activé par l'inhibition de la kinase TOR et la kinase Dbf2, activé durant l'entrée en mitose de la cellule, comme la phosphatase et la kinase responsable de la modification d'Hmt1 et de ses fonctions de régulations dans le cycle cellulaire. Cette approche peut être généralisée afin d'identifier et de lier mécanistiquement les gènes, incluant ceux n'ayant aucune fonction connue, à tout processus cellulaire, comme les mécanismes régulant l'ARNm.

Effets des nanoparticules d'argent sur les processus enzymatiques des sols

Les nanomatériaux sont de plus en plus présents dans les produits consommables du quotidien. L’argent est le métal le plus utilisé en nanotechnologie pour ses propriétés antimicrobiennes. Par différentes voies d’entrée, les nanoparticules d’argent (nAg) se retrouvent dans l’environnement en quantité significative, notamment dans les sols suite à la valorisation agricole des biosolides municipaux. Il est prévu qu’une interaction négative sur la communauté microbienne terrestre ait des répercussions sur la fertilité du sol et les processus biogéochimiques. Les mesures de l’activité enzymatique ont déjà montré leur efficacité et leur sensibilité dans la détection d’une perturbation physique et chimique du sol. Les effets potentiels des nAg sur l’écosystème terrestre ont été évalués en mesurant l’activité des enzymes β-D-glucosidase (EC 3.2.1.21), leucine-aminopeptidase (EC 3.4.11.1), phosphomonoesterase (EC 3.1.3) et arylsulfatase (EC 3.1.6.1) intervenant dans les cycles des éléments essentiels C, N, P et S, respectivement. L’activité enzymatique est mesurée à l’aide d’une technique basée sur la fluorescence qui requière des substrats synthétiques liés à un fluorophore. Un sol de type sableux a été échantillonné au Campus Macdonald de l’Université McGill (Sainte-Anne-de-Bellevue, Qc) puis exposé aux nAg (taille ~20 nm) ou à la forme ionique Ag+ (Ag-acetate) à des concentrations nominales de 1,25 × 10-3, 1,25 × 10-2, 0,125, 1,25, 6,25 et 31,25 mg Ag kg-1 sol. De plus, le rôle de la matière organique (MO) a été évalué en effectuant un amendement du sol avec un compost de feuilles. Pour mieux comprendre les effets observés, des analyses de spéciation de l’Ag ont été réalisées. Les concentrations en Ag dissous ont été déterminées après filtration à travers des membranes de 0,45 µm ou de 3 kDa (~1 nm, ultrafiltration) pour séparer la phase particulaire des ions dissous. De façon générale, une inhibition de l’activité enzymatique a été observée pour les 4 enzymes en fonction de l’augmentation de la concentration en Ag (totale et dissoute) mais elle est significativement moins importante avec l’ajout de la MO. Les résultats suggèrent que l’inhibition de l’activité des enzymes aux faibles expositions aux nAg est due aux nanoparticules puisqu’une très faible fraction des nAg est réellement dissoute et aucun effet significatif n’a été observé pour les sols traités à des concentrations similaires en Ag+. Par contre, les effets mesurés aux concentrations plus élevées en nAg sont semblables aux expositions à l’Ag+ et suggèrent un rôle de l’Ag colloïdale dans l’inhibition du processus enzymatique des sols.

Territoires émergents de citoyenneté pour des jeunes des Premières Nations du Québec : contraintes et ouvertures de dialogues aux voix/es multiples

Les territoires et les relations sociospatiales liés au vivre-ensemble entre Autochtones et non-Autochtones au Québec sont en transformation. Ces bouleversements prennent place dans de nouveaux lieux de rencontre où s’ancrent des expériences de subjectivation politique et de citoyenneté. Le Wapikoni mobile, un atelier de création audiovisuelle qui visite les communautés des Premières Nations du Québec pour offrir une formation aux jeunes de 15 à 30 ans, semble s’inscrire dans ces processus. Depuis 2004, le Wapikoni mobile dénombre 2400 participants, 500 courts-métrages réalisés et une soixantaine de prix remportés. Ces vidéos de jeunes des Premières Nations sont projetées dans différents évènements au Québec et à l’étranger ; des lieux où les réalisateurs sont parfois invités à prendre la parole. Cette recherche étudie les pratiques, les relations et les lieux liés à ces actes de parole en personne, afin de dégager les transformations sociopolitiques auxquelles ils participent. Elle montre que les parcours de ces personnes sont limités par les contextes politicoéconomiques locaux, nationaux et mondiaux, mais qu’ils permettent néanmoins l’appropriation de lieux et l’apparition de relations qui reterritorialisent les espaces de représentation(s) et de visibilité. Ces mutations sont provoquées par la mise en place de dialogues aux voix et aux voies multiples qui participent à la formation de territoires émergents de citoyenneté.

Régionalisation et renouvellement des politiques territoriales dans un contexte de mondialisation : le cas de la coopération décentralisée et transfrontalière en Méditerranée entre 2000 et 2011

Notre thèse a pour objectif de déterminer la nature des liens entre la multiplication des processus de macro-régionalisation, dans un contexte de mondialisation, et le renouvellement des politiques d’aménagement du territoire à travers la mise en place de nouvelles formes de coopération décentralisée entre villes et territoires. Notre projet de recherche cherche ainsi à établir comment la régionalisation permet la mise en place d’une gouvernance à niveaux multiples mettant en relation des acteurs territoriaux, à différents échelons de décision (supranational, national et infranational) dans le but de faire face à la complexité grandissante des problèmes actuels à l’échelle mondiale. Parmi ces projets régionaux qui émergent dans plusieurs parties du monde, nous avons choisi le Partenariat euro-méditerranéen comme cas d'étude en s'intéressant de manière particulière aux projets et programmes de coopération décentralisée et transfrontalière qui se mettent en place autour de la Méditerranée et qui mettent en relation plusieurs villes et régions riveraines. Afin de répondre à ces questions, nous avons décliné notre argumentation en plusieurs axes de réflexion. Un premier axe de réflexion tourne autour de la nature du projet régional euro-méditerranéen et de son implication au niveau des stratégies territoriales principales. Un deuxième axe concerne le contenu et les processus de mise en œuvre des programmes et projets de coopération décentralisée et transfrontalière et leur pertinence au niveau du développement local des territoires du Sud. Un troisième axe s’intéresse au rôle de l’État central en face du développement de ces initiatives qui le contourne. Enfin, un quatrième axe de réflexion concerne l’attitude de l’échelon local par rapport à ces initiatives qui l’interpellent et le sollicitent en tous sens.

Représentation et identité collective dans la collaboration interorganisationnelle : le cas de la Table québécoise de la sécurité routière

Les collaborations interorganisationnelles apparaissent de plus en plus incontournables pour s’attaquer concrètement, et avec quelques chances de résultats, à nos problèmes et défis collectifs les plus importants, que ce soit dans les domaines de l’environnement, de la santé ou de la sécurité publique. Ces initiatives de gouvernance collaborative surpassent chacune des organisations individuelles pour décider et intervenir collectivement. Dans cette visée, cette recherche contribue à mieux comprendre le processus de concertation et les interactions entre les acteurs et les organisations qui participent à des initiatives de collaboration interorganisationnelle où de nombreuses parties prenantes sont interpellées. Plus précisément, cette étude porte sur la problématique des réseaux d’acteurs et de la gouvernance en sécurité routière au Québec. Nous nous sommes penchés sur l’expérience de la Table québécoise de la sécurité routière (TQSR) afin de comprendre les enjeux actuels de représentation et de concertation en matière d’action gouvernementale. Cette recherche examine le rôle de l’identité des acteurs et de leurs interactions dans les processus de construction de consensus et de prise de décision, de même que les divers enjeux de communication inhérents à ce genre d’exercice collectif. Nous démontrons également qu’un facteur de succès d’une collaboration interorganisationnelle repose sur la capacité des acteurs à construire une identité collective malgré leurs intérêts divergents et parfois opposés. Cette thèse améliore donc notre compréhension des mécanismes et des processus à la base des collaborations interorganisationnelles comme pratique de gouvernance collaborative, un mode de gestion de plus en plus utilisé dans l’administration de nos sociétés contemporaines. Cette thèse contribue également à montrer la manière dont les organisations se construisent et se maintiennent localement par l’entremise de la communication et de ses modalités.

Marginalization and Transnationalizing Movements: How Does One Relate to the Other?

The main objective of this chapter is to address the following theoretical issue: How are the transnationalization and the marginalization processes related? We suggest that in order to understand more accurately how marginalized people’s movements and transnationalization processes are embedded, we need to open our understanding of transnationalization processes to see what the actors do when they build transnationalizing movements. In order to analyze experiences of poor people’s movement transnationalizing, we propose first to consider transnationalization as a social practice of solidarities building and second, as practices of “translation,” a search of recognition beyond borders.

Preparation and characterisation of certain II-VI, I-III-VI2 semiconductor thin films and transparent conducting oxides

There is an increasing demand for renewable energies due to the limited availability of fossil and nuclear fuels and due to growing environmental problems. Photovoltaic (PV) energy conversion has the potential to contribute significantly to the electrical energy generation in the future. Currently, the cost for photovoltaic systems is one of the main obstacles preventing production and application on a large scale. The photovoltaic research is now focused on the development of materials that will allow mass production without compromising on the conversion efficiencies. Among important selection criteria of PV material and in particular for thin films, are a suitable band gap, high absorption coefficient and reproducible deposition processes capable of large-volume and low cost production. The chalcopyrite semiconductor thin films such as Copper indium selenide and Copper indium sulphide are the materials that are being intensively investigated for lowering the cost of solar cells. Conversion efficiencies of 19 % have been reported for laboratory scale solar cell based on CuInSe2 and its alloys. The main objective of this thesis work is to optimise the growth conditions of materials suitable for the fabrication of solar cell, employing cost effective techniques. A typical heterojunction thin film solar cell consists of an absorber layer, buffer layer and transparent conducting contacts. The most appropriate techniques have been used for depositing these different layers, viz; chemical bath deposition for the window layer, flash evaporation and two-stage process for the absorber layer, and RF magnetron sputtering for the transparent conducting layer. Low cost experimental setups were fabricated for selenisation and sulphurisation experiments, and the magnetron gun for the RF sputtering was indigenously fabricated. The films thus grown were characterised using different tools. A powder X-ray diffractometer was used to analyse the crystalline nature of the films. The energy dispersive X-ray analysis (EDX) and scanning electron microscopy i (SEM) were used for evaluating the composition and morphology of the films. Optical properties were investigated using the UV-Vis-NIR spectrophotometer by recording the transmission/absorption spectra. The electrical properties were studied using the two probe and four probe electrical measurements. Nature of conductivity of the films was determined by thermoprobe and thermopower measurements. The deposition conditions and the process parameters were optimised based on these characterisations.

Spatial and Temporal Variability of some Meteorological Parameters over Tropical Indian Ocean

The objective of the present study is to understand the spatial and temporal variability of sea surface temperature(SST), precipitable water, zonal and meridional components of wind stress over the tropical Indian Ocean to understand the different scales of variability of these features of Indian Ocean. Empirical Orthogonal Function (EOF) and wavelet analysis techniques are utilized to understand the standing oscillations and multi scale oscillations respectively. The study has been carried out over Indian Ocean and South Indian Ocean. For the present study, NCEP/NCAR(National Center for Environmental Prediction National Center for Atmospheric Research) reanalyzed daily fields of sea surface temperature, zonal and meridional surface wind components and precipitable water amount during 1960-1998 are used. The principle of EOF analysis and the methodology used for the analysis of spatial and temporal variance modes.

Biogeochemistry of trace metals in the Indian EEZ of the Arabian Sea and Bay of Bengal

The present study has been initiated to unravel the distribution of trace metals and its geochemical behavior in the Indian EEZ of the Arabian Sea and Bay of Bengal. Trace metal accumulation in aquatic consumers is of interest to ecologists and environmentalists so as to understand the fate and effect of contaminants in the food web dynamics and the biogeochemical cycling of trace metals. It is well established that oceanic distribution of macronutrients such as nitrate, phosphate and silicate provide critical to biological growth and related geochemical processes. In this study it can be inferred, that there is a need for a better understanding of background informations on trace metal concentrations with respect to space and time and their fluctuations in the Arabian Sea and Bay of Bengal zooplankton. Without a sound knowledge on spatio-temporal fluctuations, it will be impossible to differentiate anthropogenic metal inputs from natural background concentrations with a routine biomonitoring programme. Fe, Cu, Zn, Cd & Pb showed a slight enrichment in zooplankton from the Arabian Sea during spring intermonsoon compared to intermonsoon fall. The relative enrichment of Fe, Cu & Zn in zooplankton from the Arabian Sea during intermonsoon spring than intermonsoon fall was due to favourable bioaccumulation factors of these elements during this season. Nevertheless this study can be looked upon as a starting point for further investigations on these biogeochemically important processes, which are vital in addressing the dynamics of productivity of waters.

DESIGN AND DEVELOPMENT OF COMPACT ASYMMETRIC COPLANAR STRIP FED ANTENNAS

Antennas are indispensable component of any wireless communication device. An antenna is a transducer between the transmitter and the free space waves and vice versa. They efficiently transfer electromagnetic energy from a transmission line into free space. But the present day communication applications require compact and ultra wide band designs which cannot be catered by simple microstrip based designs. PIFAs have solved the problem to some extend, but the field of antennas needs more innovative designs In this thesis the design and development of compact planner antenna are presented. Emphasis is given to the design of the feed as well as the radiator resulting in simple compact uniplanar geometries. The Asymmetric coplanar feed used to excite the antennas is found to be a suitable choice for feeding compact antennas.The main objectives of the study are the design of compact single, dual and multi band antennas with uniplanar structure and extension of the design for practical GSM/WLAN applications and Ultra compact antennas using the above techniques and extension of the design to antennas for practical applications like RFID/DVB-H. All the above objectives are thoroughly studied. Antennas with ultra compact dimensions are obtained as a result of the study. Simple equations are provided to design antennas with the required characteristics. The design equations are verified by designing different antennas for different applications.

Studies on Non-Resonant Multiphoton Processes in Atomic Hydrogen

In the present thesis we have formulated the Dalgarno-Lewis procedure for two-and three-photon processes and an elegant alternate expressions are derived. Starting from a brief review on various multiphoton processes we have discussed the difficulties coming in the perturbative treatment of multiphoton processes. A small discussion on various available methods for studying multiphoton processes are presented in chapter 2. These theoretical treatments mainly concentrate on the evaluation of the higher order matrix elements coming in the perturbation theory. In chapter 3 we have described the use of Dalgarno-Lewis procedure and its implimentation on second order matrix elements. The analytical expressions for twophoton transition amplitude, two-photon ionization cross section, dipole dynamic polarizability and Kramers-Heiseberg are obtained in a unified manner. Fourth chapter is an extension of the implicit summation technique presented in chapter 3. We have clearly mentioned the advantage of our method, especially the analytical continuation of the relevant expressions suited for various values of radiation frequency which is also used for efficient numerical analysis. A possible extension of the work is to study various multiphoton processcs from the stark shifted first excited states of hydrogen atom. We can also extend this procedure for studying multiphoton processes in alkali atoms as well as Rydberg atoms. Also, instead of going for analytical expressions, one can try a complete numerical evaluation of the higher order matrix elements using this procedure.

Synthesis and Photochemistry of a few Olefin appended Dibenzobarrelenes and Bisdibenzobarrelenes

The thesis entitled: ‘Synthesis and Photochemistry of a few Olefin appended Dibenzobarrelenes and Bisdibenzobarrelenes’ is divided into 5 chapters.In Chapter 1, the fundamental concepts of Diels-Alder reaction, di-r:methane rearrangement and energy transfer process in organic photochemistry is discussed.Chapter 2 presents the synthesis of 9-olefin appended anthracenes and bisanthracenes. The target of synthesising various bridgehead olefin appended dibenzobarrelenes and some novel bisdibenzobarrelenes, led us to the synthesis of the appropriate alkenylanthracenes and bisanthracenes as precursor molecules. Diels-Alder reaction was the synthetic tool for the preparation of the target olefin appended dibenzobarrelenes and bisdibenzobarrelenes. This chapter attempts to throw light on our endeavours in synthesising the various 9-alkenylanthracenes and bisanthracenes.Chapter 3 deals with the synthesis of olefin appended dibenzobarrelenes and bisdibenzobarrelenes. Ever since the discovery of di-It-methane rearrangement dibenzobarrelenes, tailored with dijferent substituents at various positions have always been a tool to photochemists in unravelling the mechanisms of light induced reactions. Our intention of analysing the role of a It-moiety at the bridgehead position of the dibenzobarrelene, was synthetically envisaged via the Diels-Alder reaction. Bisdibenzobarrelenes were synthesised through tandem Diels-Alder reaction. Various alkenylanthracenes and bisanthracenes were employed as dienes and the dienophiles used were dimethyl acetylenedicarboxylate and dibenzoylacetylene. In this chapter, we report our venture in synthesising the various olefin appended dibenzobarrelenes and bisdibenzobarrelenes. Chapter 4 describes the preliminary time-resolved fluorescence studies of some olefin appended dibenzobarrelenes and bisdibenzobarrelenes.To understand the primary and secondary physicochemical processes in a photochemical reaction it is necessary to characterise the excited states and the transient intermediates during their short lifetime. A number of methods developed on the basis of the physical properties of the transient species are available for their detection. Time-correlated single-photon counting technique has been utilised in the present study of the excited states of olefin appended dibenzobarrelenes and bisdibenzobarrelenes. To understand the primary and secondary physicochemical processes in a photochemical reaction it is necessary to characterise the excited states and the transient intermediates during their short lifetime. A number of methods developed on the basis of the physical properties of the transient species are available for their detection. Time-correlated single-photon counting technique has been utilised in the present study of the excited states of olefin appended dibenzobarrelenes and bisdibenzobarrelenes.Chapter 5 portrays the photochemistry of olefin appended dibenzobarrelenes and bisdibenzobarrelenes. Dibenzocyclooctatetraene and dibenzosemibullvalene are the photoproducts obtained respectively through the singlet excited state and the triplet excited state of dibenzobarrelenes. Chemical literature shows evidences of the photoreactivity of dibenzobarrelenes generating both the singlet and triplet mediated photoproducts, in a single photoreaction. Our research target in synthesising various bridgehead olefin appended dibenzobarrelenes and bisdibenzobarrelenes, was based on the perception that olefins are eflicient triplet quenchers, thereby quenching intramolecularly the triplet excited state of the barrelenes. A It-moiety at the bridgehead position of the dibenzobarrelene, creates a tetra tr-methane system, which similar to a 6li—7l' or tri-tr-methane systems, could be the fertile ground for interesting photochemical rearrangements. Our attempts in deciphering the photochemistry of the olefin appended dibenzobarrelenes and bisdibenzobarrelenes is the substance of this chapter.

Electronic structure and magnetic interactions of the spin-chain compounds Ca2CuO3 and Sr2CuO3

The results are presented of a combined periodic and cluster model approach to the electronic structure and magnetic interactions in the spin-chain compounds Ca2CuO3 and Sr2CuO3. An extended t-J model is presented that includes in-chain and interchain hopping and magnetic interaction processes with parameters extracted from ab initio calculations. For both compounds, the in-chain magnetic interaction is found to be around -240 meV, larger than in any of the other cuprates reported in the literature. The interchain magnetic coupling is found to be weakly antiferromagnetic, -1 meV. The effective in-chain hopping parameters are estimated to be ~650 meV for both compounds, whereas the value of the interchain hopping parameter is 30 meV for Sr2CuO3 and 40 meV for Ca2CuO3, in line with the larger interchain distance in the former compound. These effective parameters are shown to be consistent with expressions recently suggested for the Néel temperature and the magnetic moments, and with relations that emerge from the t-J model Hamiltonian. Next, we investigate the physical nature of the band gap. Periodic calculations indicate that an interpretation in terms of a charge-transfer insulator is the most appropriate one, in contrast to the suggestion of a covalent correlated insulator recently reported in the literature.

Investigations on Nonlinear and Radiative Properties of Certain Phatonic Materials

Light in its physical and philosophical sense has captured the imagination of human mind right from the dawn of civilization. The invention of lasers in the 60’s caused a renaissance in the field of optics. This intense, monochromatic, highly directional radiation created new frontiers in science and technology. The strong oscillating electric field of laser radiation creates a. polarisation response that is nonlinear in character in the medium through which it passes and the medium acts as a new source of optical field with alternate properties. It was in this context, that the field of optoelectronics which encompasses the generation, modulation, transmission etc. of optical radiation has gained tremendous importance. Organic molecules and polymeric systems have emerged as a class of promising materials of optoelectronics because they offer the flexibility, both at the molecular and bulk levels, to optimize the nonlinearity and other suitable properties for device applications. Organic nonlinear optical media, which yield large third-order nonlinearities, have been widely studied to develop optical devices like high speed switches, optical limiters etc. Transparent polymeric materials have found one of their most promising applicationsin lasers, in which they can be used as active elements with suitable laser dyes doped in it. The solid-matrix dye lasers make possible combination of the advantages of solid state lasers with the possibility of tuning the radiation over a broad spectral range. The polymeric matrices impregnated with organic dyes have not yet widely used because of the low resistance of the polymeric matrices to laser damage, their low dye photostability, and low dye stability over longer time of operation and storage. In this thesis we investigate the nonlinear and radiative properties of certain organic materials and doped polymeric matrix and their possible role in device development