Molecular identification and characterization of the Arabidopsis delta(3,5),delta(2,4)-dienoyl-coenzyme A isomerase, a peroxisomal enzyme participating in the beta-oxidation cycle of unsaturated fatty acids.

Degradation of unsaturated fatty acids through the peroxisomal beta-oxidation pathway requires the participation of auxiliary enzymes in addition to the enzymes of the core beta-oxidation cycle. The auxiliary enzyme delta(3,5),delta(2,4)-dienoyl-coenzyme A (CoA) isomerase has been well studied in yeast (Saccharomyces cerevisiae) and mammals, but no plant homolog had been identified and characterized at the biochemical or molecular level. A candidate gene (At5g43280) was identified in Arabidopsis (Arabidopsis thaliana) encoding a protein showing homology to the rat (Rattus norvegicus) delta(3,5),delta(2,4)-dienoyl-CoA isomerase, and possessing an enoyl-CoA hydratase/isomerase fingerprint as well as aspartic and glutamic residues shown to be important for catalytic activity of the mammalian enzyme. The protein, named AtDCI1, contains a peroxisome targeting sequence at the C terminus, and fusion of a fluorescent protein to AtDCI1 directed the chimeric protein to the peroxisome in onion (Allium cepa) cells. AtDCI1 expressed in Escherichia coli was shown to have delta(3,5),delta(2,4)-dienoyl-CoA isomerase activity in vitro. Furthermore, using the synthesis of polyhydroxyalkanoate in yeast peroxisomes as an analytical tool to study the beta-oxidation cycle, expression of AtDCI1 was shown to complement the yeast mutant deficient in the delta(3,5),delta(2,4)-dienoyl-CoA isomerase, thus showing that AtDCI1 is also appropriately targeted to the peroxisome in yeast and has delta(3,5),delta(2,4)-dienoyl-CoA isomerase activity in vivo. The AtDCI1 gene is expressed constitutively in several tissues, but expression is particularly induced during seed germination. Proteins showing high homology with AtDCI1 are found in gymnosperms as well as angiosperms belonging to the Monocotyledon or Dicotyledon classes.

Livre acesso à publicação acadêmica

Descreve a criação e o desenvolvimento de um catálogo de periódicos eletrônicos de livre acesso ao texto completo, mantido pelo Centro de Informações Nucleares, da Comissão Nacional de Energia Nuclear, como suporte das atividades de busca e localização de documentos, para o fornecimento de cópias.

A comunicação científica e o movimento de acesso livre ao conhecimento

Trata do problema da aceitação, pela comunidade científica, dos periódicos eletrônicos de acesso aberto. Propõe a questão da legitimação e legitimidade dessas publicações como elemento essencial para sua plena aceitação. Define legitimação e legitimidade com base em alguns autores. Mostra como a crise dos periódicos da década de 1980 detonou o início do processo de aceitação dos periódicos eletrônicos e como agora o movimento pelo acesso aberto vem crescendo e, ao mesmo tempo, enfrentando barreiras do preconceito e interesses. Nota, como grandes empecilhos ao pleno reconhecimento, o processo de avaliação pelos pares, interesses de segmentos da comunidade científica e interesses das editoras comerciais. Conclui notando o fortalecimento do conceito da necessidade da avaliação prévia e amadurecimento nas idéias pioneiras de democratização na publicação do conhecimento científico e avanço na aceitação das idéias. Mas reconhece também o papel das editoras e das elites de cada área como os poderes com maior influência na direção e velocidade do percurso das publicações eletrônicas de acesso livre e sua incorporação ao sistema de comunicação científica como canais legítimos.

Mapa Dinâmico & Texto Livre: uma nova abordagem de práticas educacionais

Mais recentemente, o impacto dos avanços tecnológicos aplicados à educação contribuiu para o aprimoramento das metodologias utilizadas no ensino. Um reflexo disto reside no aperfeiçoamento dos instrumentos educacionais, trabalhados aqui como os textos e mapas conceituais, que partem em busca de um caráter mais significativo, inspirado na teoria ausubeliana, permitindo, por meio da ferramenta computacional, o aumento de sua interação e expansão a outras fronteiras como as do mundo multidimensional. Com base nestes avanços, este artigo apresenta abordagens diferenciadas, articuladas com a visão epistêmica do filósofo da ciência Gaston Bachelard às práticas educacionais tradicionais referentes ao uso de textos e mapas conceituais, principalmente quando aplicados em temas relacionados às ciências, a fim de trazer à tona mais uma possibilidade de trabalho no meio educacional.

An essential role for the stalk region of CD8 beta in the coreceptor function of CD8.

The CD8alphabeta heterodimer is integral to the selection of the class I-restricted lineage in the thymus; however, the contribution of the CD8beta chain to coreceptor function is poorly understood. To understand whether the CD8beta membrane proximal stalk region played a role in coreceptor function, we substituted it with the corresponding sequence from the CD8alpha polypeptide and expressed the hybrid molecule in transgenic mice in place of endogenous CD8beta. Although the stalk-swapped CD8beta was expressed on the cell surface as a disulfide-bonded heterodimer at equivalent levels of expression to an endogenous CD8beta molecule, it failed to restore selection of CD8(+) class I MHC-restricted T cells and it altered the response of peripheral T cells. Thus, the stalk region of the CD8beta polypeptide has an essential role in ensuring functionality of the CD8alphabeta heterodimer and its replacement compromises the interaction of CD8 with peptide-MHC complexes.

Involvement of microRNAs in the cytotoxic effects exerted by proinflammatory cytokines on pancreatic beta-cells.

OBJECTIVE: Pancreatic beta-cells exposed to proinflammatory cytokines display alterations in gene expression resulting in defective insulin secretion and apoptosis. MicroRNAs are small noncoding RNAs emerging as key regulators of gene expression. Here, we evaluated the contribution of microRNAs to cytokine-mediated beta-cell cytotoxicity. RESEARCH DESIGN AND METHODS: We used global microarray profiling and real-time PCR analysis to detect changes in microRNA expression in beta-cells exposed to cytokines and in islets of pre-diabetic NOD mice. We assessed the involvement of the microRNAs affected in cytokine-mediated beta-cell failure by modifying their expression in insulin-secreting MIN6 cells. RESULTS: We found that IL-1beta and TNF-alpha induce the expression of miR-21, miR-34a, and miR-146a both in MIN6 cells and human pancreatic islets. We further show an increase of these microRNAs in islets of NOD mice during development of pre-diabetic insulitis. Blocking miR-21, miR-34a, or miR-146a function using antisense molecules did not restore insulin-promoter activity but prevented the reduction in glucose-induced insulin secretion observed upon IL-1beta exposure. Moreover, anti-miR-34a and anti-miR-146a treatment protected MIN6 cells from cytokine-triggered cell death. CONCLUSIONS: Our data identify miR-21, miR-34a, and miR-146a as novel players in beta-cell failure elicited in vitro and in vivo by proinflammatory cytokines, notably during the development of peri-insulitis that precedes overt diabetes in NOD mice.

Parâmetros genéticos em progênies de polinização livre de acerola

A acerola (Malpighia emarginata D.C.) é uma cultura que vem despertando grande interesse por parte de consumidores, produtores, industriais e exportadores, dado o seu alto teor de vitamina C. No Brasil, não existem variedades recomendadas para o plantio comercial; por esta razão, os dados de produção são muito variáveis. O presente trabalho visa estimar e interpretar geneticamente a porção de variabilidade existente quanto a alguns caracteres, em uma população de plântulas de aceroleira obtidas de sementes, originalmente selecionadas em plantio comercial no Estado do Ceará. O experimento foi instalado no local definitivo em abril/96, na Estação Experimental da Embrapa-Centro Nacional de Pesquisa de Agroindústria Tropical (CNPAT), no município de Pacajus, CE, sob arranjo experimental de blocos casualizados, com 62 tratamentos, três repetições e quatro plantas por parcelas, no espaçamento de 4 m entre linhas e 3 m entre plantas. Os tratamentos são constituídos por progênies de polinização livre. No primeiro ano de idade das plantas, a maioria das progênies já tinha frutificado, sendo que a proporção de florescimento era menor do que a frutificação no período de avaliação. Pelas estimativas dos coeficientes de herdabilidade dos caracteres, pode-se afirmar que a seleção de progênies resultará em ganhos superiores em relação à seleção de plantas. Os índices b1 e b2, que quantificam a relação da variação genética em face da variação ambiental entre e dentro de progênies, respectivamente, revelam uma condição favorável à seleção dentro de progênies.

MMPBSA decomposition of the binding energy throughout a molecular dynamics simulation of Amyloid-Beta (Aß10-35) aggregation

Recent experiments with amyloid-beta (Aß) peptides indicate that the formation of toxic oligomers may be an important contribution to the onset of Alzheimer's disease. The toxicity of Aß oligomers depend on their structure, which is governed by assembly dynamics. However, a detailed knowledge of the structure of at the atomic level has not been achieved yet due to limitations of current experimental techniques. In this study, replica exchange molecular dynamics simulations are used to identify the expected diversity of dimer conformations of Aß10-35 monomers. The most representative dimer conformation has been used to track the dimer formation process between both monomers. The process has been characterized by means of the evolution of the decomposition of the binding free energy, which provides an energetic profile of the interaction. Dimers undergo a process of reorganization driven basically by inter-chain hydrophobic and hydrophilic interactions and also solvation/desolvation processes.