Concept oriented biomedical information retrieval

Le domaine biomédical est probablement le domaine où il y a les ressources les plus riches. Dans ces ressources, on regroupe les différentes expressions exprimant un concept, et définit des relations entre les concepts. Ces ressources sont construites pour faciliter l’accès aux informations dans le domaine. On pense généralement que ces ressources sont utiles pour la recherche d’information biomédicale. Or, les résultats obtenus jusqu’à présent sont mitigés : dans certaines études, l’utilisation des concepts a pu augmenter la performance de recherche, mais dans d’autres études, on a plutôt observé des baisses de performance. Cependant, ces résultats restent difficilement comparables étant donné qu’ils ont été obtenus sur des collections différentes. Il reste encore une question ouverte si et comment ces ressources peuvent aider à améliorer la recherche d’information biomédicale. Dans ce mémoire, nous comparons les différentes approches basées sur des concepts dans un même cadre, notamment l’approche utilisant les identificateurs de concept comme unité de représentation, et l’approche utilisant des expressions synonymes pour étendre la requête initiale. En comparaison avec l’approche traditionnelle de "sac de mots", nos résultats d’expérimentation montrent que la première approche dégrade toujours la performance, mais la seconde approche peut améliorer la performance. En particulier, en appariant les expressions de concepts comme des syntagmes stricts ou flexibles, certaines méthodes peuvent apporter des améliorations significatives non seulement par rapport à la méthode de "sac de mots" de base, mais aussi par rapport à la méthode de Champ Aléatoire Markov (Markov Random Field) qui est une méthode de l’état de l’art dans le domaine. Ces résultats montrent que quand les concepts sont utilisés de façon appropriée, ils peuvent grandement contribuer à améliorer la performance de recherche d’information biomédicale. Nous avons participé au laboratoire d’évaluation ShARe/CLEF 2014 eHealth. Notre résultat était le meilleur parmi tous les systèmes participants.

How Could Emergency Modify our Normal Ethics Standards? A Brief Review of Selected Chapters in Emergency Ethics

Compte-rendu / Review

Étude de faisabilité de l’implantation d’un système de management de la qualité et la certification ISO 9001 :2008 au service du Génie biomédical de l’hôpital Maisonneuve-Rosemont.

Projet de maîtrise

Judging Culpability in Dwyer’s Climate Change “Gaia Commission”: A Response to Dwyer

Commentaire / Commentary

Épistémologie des théories de l’urbanisme : proposition d’un cadre de réflexivité

Faisant confiance à leur intuition les urbanistes s’inscrivent souvent dans un flou théorique qui les rend susceptibles de succomber à l’idéologie dominante et aux modes du moment. La première partie de ce mémoire vise à démontrer que cette posture par rapport à la théorie entraine un manque de réflexivité qui constitue un obstacle majeur à l’exercice d’une pratique urbanistique véritablement professionnelle, éthique et respectueuse du territoire. En effet, selon Bourdieu, un corpus théorique autonome permettrait d’offrir à l’urbaniste un cadre de réflexivité lui permettant de prendre du recul sur le quotidien et d’échapper à l’influence indue de l’idéologie sur sa pratique. Ce mémoire vise à comprendre la configuration actuelle du champ des théories de l’urbanisme en Occident (compris selon la théorie des champs de Bourdieu) et à proposer un modèle synthèse spécifiquement destiné à servir d’outil de réflexivité à l’urbaniste. Pour y parvenir, il a été privilégié de faire une relecture herméneutique de modèles théoriques existants, mais considérés comme incomplets, des théories de l’urbanisme. Dans ce domaine, deux Écoles de pensée ont été définies (École française et École anglo-saxonne). Ensuite, une typologie emblématique de chaque École a été choisie pour être revue à la lumière de l’objectif fixé. Ainsi, les typologies de Françoise Choay (École française) et de Philip Allmendinger (École anglo-saxonne) ont été analysées et mises en commun au moyen de la construction d’une historiographie commune des théories de l’urbanisme. Finalement, un modèle théorique original (la typologie intégrée) a été formulé. Celui-ci définit quatre grands courants théoriques : le rationalisme instrumental, le rationalisme intersubjectif, le mouvement pragmatico-postmoderne et le mouvement patrimonial. Il apparaît alors que le rationalisme occupe une position hégémonique dans le champ des théories de l’urbanisme depuis sa fondation et qu’elle est assumée par le rationalisme intersubjectif depuis le milieu des années 1990.

Développement d'une nouvelle méthode de caractérisation tissulaire basée sur l'élastographie ultrasonore : application pour le dépistage précoce du cancer du sein

Le cancer du sein est le cancer le plus fréquent chez la femme. Il demeure la cause de mortalité la plus importante chez les femmes âgées entre 35 et 55 ans. Au Canada, plus de 20 000 nouveaux cas sont diagnostiqués chaque année. Les études scientifiques démontrent que l'espérance de vie est étroitement liée à la précocité du diagnostic. Les moyens de diagnostic actuels comme la mammographie, l'échographie et la biopsie comportent certaines limitations. Par exemple, la mammographie permet de diagnostiquer la présence d’une masse suspecte dans le sein, mais ne peut en déterminer la nature (bénigne ou maligne). Les techniques d’imagerie complémentaires comme l'échographie ou l'imagerie par résonance magnétique (IRM) sont alors utilisées en complément, mais elles sont limitées quant à la sensibilité et la spécificité de leur diagnostic, principalement chez les jeunes femmes (< 50 ans) ou celles ayant un parenchyme dense. Par conséquent, nombreuses sont celles qui doivent subir une biopsie alors que leur lésions sont bénignes. Quelques voies de recherche sont privilégiées depuis peu pour réduire l`incertitude du diagnostic par imagerie ultrasonore. Dans ce contexte, l’élastographie dynamique est prometteuse. Cette technique est inspirée du geste médical de palpation et est basée sur la détermination de la rigidité des tissus, sachant que les lésions en général sont plus rigides que le tissu sain environnant. Le principe de cette technique est de générer des ondes de cisaillement et d'en étudier la propagation de ces ondes afin de remonter aux propriétés mécaniques du milieu via un problème inverse préétabli. Cette thèse vise le développement d'une nouvelle méthode d'élastographie dynamique pour le dépistage précoce des lésions mammaires. L'un des principaux problèmes des techniques d'élastographie dynamiques en utilisant la force de radiation est la forte atténuation des ondes de cisaillement. Après quelques longueurs d'onde de propagation, les amplitudes de déplacement diminuent considérablement et leur suivi devient difficile voir impossible. Ce problème affecte grandement la caractérisation des tissus biologiques. En outre, ces techniques ne donnent que l'information sur l'élasticité tandis que des études récentes montrent que certaines lésions bénignes ont les mêmes élasticités que des lésions malignes ce qui affecte la spécificité de ces techniques et motive la quantification de d'autres paramètres mécaniques (e.g.la viscosité). Le premier objectif de cette thèse consiste à optimiser la pression de radiation acoustique afin de rehausser l'amplitude des déplacements générés. Pour ce faire, un modèle analytique de prédiction de la fréquence de génération de la force de radiation a été développé. Une fois validé in vitro, ce modèle a servi pour la prédiction des fréquences optimales pour la génération de la force de radiation dans d'autres expérimentations in vitro et ex vivo sur des échantillons de tissu mammaire obtenus après mastectomie totale. Dans la continuité de ces travaux, un prototype de sonde ultrasonore conçu pour la génération d'un type spécifique d'ondes de cisaillement appelé ''onde de torsion'' a été développé. Le but est d'utiliser la force de radiation optimisée afin de générer des ondes de cisaillement adaptatives, et de monter leur utilité dans l'amélioration de l'amplitude des déplacements. Contrairement aux techniques élastographiques classiques, ce prototype permet la génération des ondes de cisaillement selon des parcours adaptatifs (e.g. circulaire, elliptique,…etc.) dépendamment de la forme de la lésion. L’optimisation des dépôts énergétiques induit une meilleure réponse mécanique du tissu et améliore le rapport signal sur bruit pour une meilleure quantification des paramètres viscoélastiques. Il est aussi question de consolider davantage les travaux de recherches antérieurs par un appui expérimental, et de prouver que ce type particulier d'onde de torsion peut mettre en résonance des structures. Ce phénomène de résonance des structures permet de rehausser davantage le contraste de déplacement entre les masses suspectes et le milieu environnant pour une meilleure détection. Enfin, dans le cadre de la quantification des paramètres viscoélastiques des tissus, la dernière étape consiste à développer un modèle inverse basé sur la propagation des ondes de cisaillement adaptatives pour l'estimation des paramètres viscoélastiques. L'estimation des paramètres viscoélastiques se fait via la résolution d'un problème inverse intégré dans un modèle numérique éléments finis. La robustesse de ce modèle a été étudiée afin de déterminer ces limites d'utilisation. Les résultats obtenus par ce modèle sont comparés à d'autres résultats (mêmes échantillons) obtenus par des méthodes de référence (e.g. Rheospectris) afin d'estimer la précision de la méthode développée. La quantification des paramètres mécaniques des lésions permet d'améliorer la sensibilité et la spécificité du diagnostic. La caractérisation tissulaire permet aussi une meilleure identification du type de lésion (malin ou bénin) ainsi que son évolution. Cette technique aide grandement les cliniciens dans le choix et la planification d'une prise en charge adaptée.

Charles Taylor et le pluralisme moral

Ce mémoire porte sur le problème de la légitimité de revendications émanant de multiples sources d’autorité (morales, politiques et légales). L’histoire conceptuelle du pluralisme montre que les significations qui lui sont attribuées sont à la fois contingentes et hétéroclites, leurs traductions en pratique étant loin d’être évidentes. Notre principal objectif est de remettre en question l’hypothèse selon laquelle l’approche de Charles Taylor est pluraliste. Si la reconnaissance d’une pluralité de biens joue un rôle fondamental dans la philosophie de Taylor, il est néanmoins nécessaire de montrer l’important clivage existant entre, d’une part, le fait d’accepter que nos conflits de valeurs soient souvent irréconciliables et, d’autre part, la volonté de trouver un moyen de mettre en harmonie des finalités concurrentes. Au terme de notre enquête, nous espérons mettre en lumière l’écart que nous constatons entre les questions reliées à la différence culturelle et les problèmes posés par des revendications d’autorité formulées par des associations formelles.

Beyond Doing Good: An Interview with Dr. Kirsten Johnson on the Canadian Disaster and Humanitarian Response Training Program

Compte-rendu / Review

Analyse quantifiée de l'asymétrie de la marche par application de Poincaré

La marche occupe un rôle important dans la vie quotidienne. Ce processus apparaît comme facile et naturel pour des gens en bonne santé. Cependant, différentes sortes de maladies (troubles neurologiques, musculaires, orthopédiques...) peuvent perturber le cycle de la marche à tel point que marcher devient fastidieux voire même impossible. Ce projet utilise l'application de Poincaré pour évaluer l'asymétrie de la marche d'un patient à partir d'une carte de profondeur acquise avec un senseur Kinect. Pour valider l'approche, 17 sujets sains ont marché sur un tapis roulant dans des conditions différentes : marche normale et semelle de 5 cm d'épaisseur placée sous l'un des pieds. Les descripteurs de Poincaré sont appliqués de façon à évaluer la variabilité entre un pas et le cycle complet de la marche. Les résultats montrent que la variabilité ainsi obtenue permet de discriminer significativement une marche normale d'une marche avec semelle. Cette méthode, à la fois simple à mettre en oeuvre et suffisamment précise pour détecter une asymétrie de la marche, semble prometteuse pour aider dans le diagnostic clinique.

Se convertir à l'épicurisme : ou comment devenir pieux.

Les épicuriens étaient-ils pieux? Des témoins du moyen et du dernier épicurisme, tels Cicéron et Plutarque, ont eu beaucoup de peine à le croire : selon eux, les épicuriens ne voyaient dans les prêtres que des bouchers, et ne participaient au culte populaire que pour éviter les accusations d’athéisme. Les épicuriens, quant à eux, se sont toujours qualifiés de pieux. L’archéologie nous confirme que les épicuriens ont activement participé au culte populaire, et ce tout au long de l’histoire de l’école. Malgré ces preuves archéologiques, la théologie épicurienne reste problématique : bien que leur éthique fasse des dieux des modèles, il ne semble pas y avoir de place pour les dieux dans leur physique. Que faire, donc, des pratiques rituelles où les dieux sont invoqués, voire où ils sont montrés au moyen d’un support matériel? Pourrait-on réduire la piété épicurienne à un exercice rationnel, froid et distant, au cœur même des temples? Mais cette distance avec le culte ne supposerait-elle pas une certaine hypocrisie, celle-là même qui fut décriée par Cicéron ou par Plutarque? Notre travail entend montrer de quelle manière les épicuriens purent être pieux, de façon non distante, tout en restant cohérents avec le problème philosophique de la représentation des dieux. Cette cohérence ne sera possible qu’au prix d’une « conversion » à l’épicurisme (et à son épistémologie) grâce à laquelle nous pourrons voir les dieux et nous reconnaître nous-mêmes comme des dieux.

Analysis of intrinsic cardiac neuron activity in relation to neurogenic atrial fibrillation and vagal stimulation

La fibrillation auriculaire est le trouble du rythme le plus fréquent chez l'homme. Elle conduit souvent à de graves complications telles que l'insuffisance cardiaque et les accidents vasculaires cérébraux. Un mécanisme neurogène de la fibrillation auriculaire mis en évidence. L'induction de tachyarythmie par stimulation du nerf médiastinal a été proposée comme modèle pour étudier la fibrillation auriculaire neurogène. Dans cette thèse, nous avons étudié l'activité des neurones cardiaques intrinsèques et leurs interactions à l'intérieur des plexus ganglionnaires de l'oreillette droite dans un modèle canin de la fibrillation auriculaire neurogène. Ces activités ont été enregistrées par un réseau multicanal de microélectrodes empalé dans le plexus ganglionnaire de l'oreillette droite. L'enregistrement de l'activité neuronale a été effectué continument sur une période de près de 4 heures comprenant différentes interventions vasculaires (occlusion de l'aorte, de la veine cave inférieure, puis de l'artère coronaire descendante antérieure gauche), des stimuli mécaniques (toucher de l'oreillette ou du ventricule) et électriques (stimulation du nerf vague ou des ganglions stellaires) ainsi que des épisodes induits de fibrillation auriculaire. L'identification et la classification neuronale ont été effectuées en utilisant l'analyse en composantes principales et le partitionnement de données (cluster analysis) dans le logiciel Spike2. Une nouvelle méthode basée sur l'analyse en composante principale est proposée pour annuler l'activité auriculaire superposée sur le signal neuronal et ainsi augmenter la précision de l'identification de la réponse neuronale et de la classification. En se basant sur la réponse neuronale, nous avons défini des sous-types de neurones (afférent, efférent et les neurones des circuits locaux). Leur activité liée à différents facteurs de stress nous ont permis de fournir une description plus détaillée du système nerveux cardiaque intrinsèque. La majorité des neurones enregistrés ont réagi à des épisodes de fibrillation auriculaire en devenant plus actifs. Cette hyperactivité des neurones cardiaques intrinsèques suggère que le contrôle de cette activité pourrait aider à prévenir la fibrillation auriculaire neurogène. Puisque la stimulation à basse intensité du nerf vague affaiblit l'activité neuronale cardiaque intrinsèque (en particulier pour les neurones afférents et convergents des circuits locaux), nous avons examiné si cette intervention pouvait être appliquée comme thérapie pour la fibrillation auriculaire. Nos résultats montrent que la stimulation du nerf vague droit a été en mesure d'atténuer la fibrillation auriculaire dans 12 des 16 cas malgré un effet pro-arythmique défavorable dans 1 des 16 cas. L'action protective a diminué au fil du temps et est devenue inefficace après ~ 40 minutes après 3 minutes de stimulation du nerf vague.

Ruptures et disjonctions dans le cinéma de Djibril Diop Mambety : le film-griot ou l'invention d'une oralité moderne

Cette étude se penche sur le geste singulier se dégageant de l’œuvre du cinéaste sénégalais Djibril Diop Mambety. Une force de « mise en présence » y est identifiée, dont la présente recherche démontre qu’elle s’apparente à l’action médiatrice du griot des traditions orales d’Afrique de l’Ouest. Singulièrement, cette force tenant de l’oralité ne repose pas sur le récit ou la parole comme discours, mais relève au contraire de ruptures narratives et de disjonctions image-son qui mettent le récit en question, invitant le spectateur à fréquemment réviser son interprétation de ce qu’il voit et entend. C’est le film lui-même qui devient alors griot, actualisant un lien en constante transformation entre l’univers qu’il porte et son spectateur. En instaurant un rapport critique à l’égard du monde dans lequel s’inscrit le récit, les multiples ruptures dans le cinéma de Mambety sont également les brèches par lesquelles se crée un espace d’accueil pour la marginalité, qui habite tous ses films. La tradition orale et le griot sont présentés en premier lieu, de manière à poser les bases à partir desquelles peut se développer la réflexion. La description et l’analyse des films Parlons Grand-mère et Le franc démontrent en quoi ceux-ci sont des films médiateurs, qui se comportent en griots. Cette découverte ouvre la voie à une réflexion plus large sur la médiation au cinéma, où la portée éthique du film-médiateur est explorée, ainsi que la nature des relations possibles entre médiation et récit. Finalement, l’analyse du film Hyènes, eu égard à la différence qu’il présente en déployant un récit plus linéaire, est l’occasion d’approfondir une compréhension à la fois de ce que font les films de Mambety et de ce que peut la médiation au cinéma de façon plus large.

Étude des discours experts sur la régulation et la criminalisation du trafic d'organes

La présente recherche décrit et examine la problématique posée par le trafic d’organes, de tissus et de cellules d’origine humaine, ainsi que les modes de régulation envisagés au niveau mondial pour lutter contre ce trafic, appréhendés sous l’angle de l’analyse de plusieurs conventions et protocoles internationaux et de leurs recommandations. Nous avons sélectionné, analysé et comparé les discours les plus significatifs de quatre types d’organisations internationales, les associations médicales internationales, l’Organisation des Nations Unies, l’Organisation mondiale de la Santé et le Conseil de l’Europe. Nous avons cherché à connaître leur point de vue sur la commercialisation des organes humains et plus spécifiquement sur le trafic des organes humains, à travers 17 textes que ces acteurs ont produit de 1987 jusqu’en 2014. L’analyse de ces discours experts révèle que la perspective éthique domine l’ensemble des documents. Elle met en évidence les convergences des discours sur la nécessité d’adopter une double stratégie fondée à la fois sur la prévention et la criminalisation du trafic d’organes ainsi que sur l’analyse du lien existant entre la pénurie croissante d’organes et l’avènement du trafic d’organes. Les discours sur la régulation et la criminalisation ont évolué vers un degré de précision et de complexification de la notion du trafic d’organes, une notion qui reste encore peu consensuelle dans sa définition. Quant aux stratégies, il faut observer que l’évolution des discours est assez significative et inégale à ce chapitre. C’est surtout dans les discours experts produits à partir des années 2000 que nous retrouvons des propositions plus concrètes sur les stratégies. La régulation des transactions financières, notamment par les balises de pratiques médicales et celles des intermédiaires, ainsi que les prescriptions entourant le consentement forment les deux types de stratégies les plus souvent mises de l’avant par les experts, toutes organisations confondues. Au fil de l’analyse des textes sur la régulation il est possible d’entrevoir des nuances et des brèches dans le principe d’interdiction de la commercialisation des organes humains, plus précisément en ce qui concerne les types d’organes, de tissus ou de cellules.

Qu’est-ce que le bien des écosystèmes? Fondements philosophiques des notions de fonction écologique et de santé écosystémique

L’objectif de cette thèse est de proposer une caractérisation du bien propre des touts écologiques, comme les communautés biotiques et les écosystèmes, dont peut être dérivée une notion de ce qui est bon pour eux. Ceci vise à défendre les deux principales approches holistes en éthique de l’environnement, c’est-à-dire l’approche pragmatiste défendue par Bryan G. Norton et l’approche écocentriste défendue par J. Baird Callicott, contre certaines objections ayant été soulevées contre elles, faisant valoir l’impossibilité pour les écosystèmes d’avoir un bien propre. Cette thèse répond à ces objections en mobilisant plusieurs ressources théoriques issues de la philosophie de la biologie et de la méta-éthique. Ces ressources sont notamment celles fournies par les discussions sur les notions de fonction et de santé en philosophie de la biologie, celles fournies par les conceptions néo-aristotéliciennes de la normativité en méta-éthique, et celles offertes par les discussions de philosophie de l’écologie sur le holisme et le réductionnisme, sur l’idée d’équilibre de la nature, et sur le concept de santé écosystémique. Cette thèse mobilise ces ressources afin d’élaborer les fondements philosophiques des notions de fonction écologique et de santé écosystémique, desquelles est dérivée une caractérisation du bien propre des écosystèmes.

Multiplicité et sensation dans l'oeuvre d'Aida Makoto : une approche schizo-analytique

La question posée dans ce mémoire de recherche concerne l’artiste contemporain japonais Aida Makoto, comme figure provocante et ironique, remettant en question les appareils de répression et d’aliénation de la société capitaliste japonaise. L’objectif de ma réflexion est de montrer l’apport de la schizo-analyse dans l’analyse d’œuvres plastiques comportant des prédispositions à l’utilisation de celle-ci. À travers les œuvres de l’artiste Aida Makoto où une multiplicité de corps emplit l’espace de la toile, et à partir des concepts de multiplicité et de sensation théorisés par Gilles Deleuze et Félix Guattari, la recherche apportera une seconde lecture aux œuvres de cet artiste en mettant en avant les aspects révolutionnaires de sa création artistique. Constitué de deux chapitres, le mémoire porte dans un premier temps sur la picturalité de l’œuvre, d’ordre technique, esthétique et éthique, en mettant en avant les composés de sensation présents sur la toile, ceci afin, dans un second temps, d’appréhender la figuration, de la visagéité à la multiplicité, comme aspect central de l’œuvre. Ainsi, la Figure, au sens deleuzien du terme, permettrait à l’artiste Aida Makoto d’entamer une fuite schizophrénique à l’occasion de laquelle il pourra créer à l’abri de toute répression ou normalisation de ses machines désirantes par la société capitaliste japonaise.