Adding SOS Core & transactional profiles support to a web thin client

Dissertation submitted in partial fulfillment of the requirements for the Degree of Master of Science in Geospatial Technologies.

Creating a GWT web application for the SOS standard enhanced profile

Dissertation submitted in partial fulfillment of the requirements for the Degree of Master of Science in Geospatial Technologies.

Heterogeneous sensor database framework for the sensor observation service: integrating remote and in-situ sensor observations at the database backend

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Spatio-Temporal data modeling in response to deforestation monitoring (a case study of small region in Riau Province, Indonesia)

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DETERMINATION OF VIRAL TROPISM BY GENOTYPING AND PHENOTYPING ASSAYS IN BRAZILIAN HIV-1-INFECTED PATIENTS

The clinical application of CCR5 antagonists involves first determining the coreceptor usage by the infecting viral strain. Bioinformatics programs that predict coreceptor usage could provide an alternative method to screen candidates for treatment with CCR5 antagonists, particularly in countries with limited financial resources. Thus, the present study aims to identify the best approach using bioinformatics tools for determining HIV-1 coreceptor usage in clinical practice. Proviral DNA sequences and Trofile results from 99 HIV-1-infected subjects under clinical monitoring were analyzed in this study. Based on the Trofile results, the viral variants present were 81.1% R5, 21.4% R5X4 and 1.8% X4. Determination of tropism using a Geno2pheno[coreceptor] analysis with a false positive rate of 10% gave the most suitable performance in this sampling: the R5 and X4 strains were found at frequencies of 78.5% and 28.4%, respectively, and there was 78.6% concordance between the phenotypic and genotypic results. Further studies are needed to clarify how genetic diversity amongst virus strains affects bioinformatics-driven approaches for determining tropism. Although this strategy could be useful for screening patients in developing countries, some limitations remain that restrict the wider application of coreceptor usage tests in clinical practice.

Culture boundaries in semantic web

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A Web based geospatial application for disaster preparedness in Uganda

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Sistema de localização de veículos para smartphone android

Atualmente os sistemas Automatic Vehicle Location (AVL) fazem parte do dia-a-dia de muitas empresas. Esta tecnologia tem evoluído significativamente ao longo da última década, tornando-se mais acessível e fácil de utilizar. Este trabalho consiste no desenvolvimento de um sistema de localização de veículos para smartphone Android. Para tal, foram desenvolvidas duas aplicações: uma aplicação de localização para smarphone Android e uma aplicação WEB de monitorização. A aplicação de localização permite a recolha de dados de localização GPS e estabelecer uma rede piconet Bluetooth, admitindo assim a comunicação simultânea com a unidade de controlo de um veículo (ECU) através de um adaptador OBDII/Bluetooth e com até sete sensores/dispositivos Bluetooth que podem ser instalados no veículo. Os dados recolhidos pela aplicação Android são enviados periodicamente (intervalo de tempo definido pelo utilizador) para um servidor Web No que diz respeito à aplicação WEB desenvolvida, esta permite a um gestor de frota efetuar a monitorização dos veículos em circulação/registados no sistema, podendo visualizar a posição geográfica dos mesmos num mapa interativo (Google Maps), dados do veículo (OBDII) e sensores/dispositivos Bluetooth para cada localização enviada pela aplicação Android. O sistema desenvolvido funciona tal como esperado. A aplicação Android foi testada inúmeras vezes e a diferentes velocidades do veículo, podendo inclusive funcionar em dois modos distintos: data logger e data pusher, consoante o estado da ligação à Internet do smartphone. Os sistemas de localização baseados em smartphone possuem vantagens relativamente aos sistemas convencionais, nomeadamente a portabilidade, facilidade de instalação e baixo custo.

Classificação de sons urbanos usando motifs e MFCC

A classificação automática de sons urbanos é importante para o monitoramento ambiental. Este trabalho apresenta uma nova metodologia para classificar sons urbanos, que se baseia na descoberta de padrões frequentes (motifs) nos sinais sonoros e utiliza-los como atributos para a classificação. Para extrair os motifs é utilizado um método de descoberta multi-resolução baseada em SAX. Para a classificação são usadas árvores de decisão e SVMs. Esta nova metodologia é comparada com outra bastante utilizada baseada em MFCC. Para a realização de experiências foi utilizado o dataset UrbanSound disponível publicamente. Realizadas as experiências, foi possível concluir que os atributos motif são melhores que os MFCC a discriminar sons com timbres semelhantes e que os melhores resultados são conseguidos com ambos os tipos de atributos combinados. Neste trabalho foi também desenvolvida uma aplicação móvel para Android que permite utilizar os métodos de classificação desenvolvidos num contexto de vida real e expandir o dataset.

Hypermedia-based Web Services as System Integrators

As we move more closely to the practical concept of the Internet of Things and, our reliance on public and private APIs increases, web services and their related topics have become utterly crucial to the informatics community. However, the question about which style of web services would best solve a particular problem, can raise signi cant and multifarious debates. There can be found two implementation styles that highlight themselves: the RPC-oriented style represented by the SOAP protocol’s implementations and the hypermedia style, which is represented by the REST architectural style’s implementations. As we search examples of already established web services, we can nd a handful of robust and reliable public and private SOAP APIs, nevertheless, it seems that RESTful services are gaining popularity in the enterprise community. For the current generation of developers that work on informatics solutions, REST seems to represent a fundamental and straightforward alternative and even, a more deep-rooted approach than SOAP. But are they comparable? Do both approaches have each speci c best suitable scenarios? Such study is brie y carried out in the present document’s chapters, starting with the respective background study, following an analysis of the hypermedia approach and an instantiation of its architecture, in a particular case study applied in a BPM context.

Estudo de vulnerabilidades em aplicações web e o seu reflexo em domínios Portugueses

Muito se tem falado sobre revolução tecnológica e do aparecimento constante de novas aplicações Web, com novas funcionalidades que visam facilitar o trabalho dos utilizadores. Mas será que estas aplicações garantem que os dados transmitidos são tratados e enviados por canais seguros (protocolos)? Que garantias é que o utilizador tem que mesmo que a aplicação utilize um canal, que prevê a privacidade e integridade de dados, esta não apresente alguma vulnerabilidade pondo em causa a informação sensível do utilizador? Software que não foi devidamente testado, aliado à falta de sensibilização por parte dos responsáveis pelo desenvolvimento de software para questões de segurança, levam ao aumento de vulnerabilidades e assim exponenciam o número de potenciais vítimas. Isto aliado ao efeito de desinibição que o sentimento de invisibilidade pode provocar, conduz ao facilitismo e consequentemente ao aumento do número de vítimas alvos de ataques informáticos. O utilizador, por vezes, não sabe muito bem do que se deve proteger, pois a confiança que depõem no software não pressupõem que os seus dados estejam em risco. Neste contexto foram recolhidos dados históricos relativos a vulnerabilidades nos protocolos SSL/TLS, para perceber o impacto que as mesmas apresentam e avaliar o grau de risco. Para além disso, foram avaliados um número significativo de domínios portugueses para perceber se os mesmos têm uma vulnerabilidade específica do protocolo SSL/TLS.

Coreceptor Usage by HIV-1 and HIV-2 Primary Isolates: The Relevance of CCR8 Chemokine Receptor as an Alternative Coreceptor

The human immunodeficiency virus replication cycle begins by sequential interactions between viral envelope glycoproteins with CD4 molecule and a member of the seven-transmembrane, G-protein-coupled, receptors' family (coreceptor). In this report we focused on the contribution of CCR8 as alternative coreceptor for HIV-1 and HIV-2 isolates. We found that this coreceptor was efficiently used not only by HIV-2 but particularly by HIV-1 isolates. We demonstrate that CXCR4 usage, either alone or together with CCR5 and/or CCR8, was more frequently observed in HIV-1 than in HIV-2 isolates. Directly related to this is the finding that the non-usage of CXCR4 is significantly more common in HIV-2 isolates; both features could be associated with the slower disease progression generally observed in HIV-2 infected patients. The ability of some viral isolates to use alternative coreceptors besides CCR5 and CXCR4 could further impact on the efficacy of entry inhibitor therapy and possibly also in HIV pathogenesis.

Monitoring Abacavir Bioactivation in Humans: Screening for an Aldehyde Metabolite

The anti-HIV drug abacavir is associated with idiosyncratic hypersensitivity reactions and cardiotoxicity. Although the mechanism underlying abacavir-toxicity is not fully understood, drug bioactivation to reactive metabolites may be involved. This work was aimed at identifying abacavir-protein adducts in the hemoglobin of HIV patients as biomarkers of abacavir bioactivation and protein modification. The protocol received prior approval from the Hospital Ethics Committee, patients gave their written informed consent and adherence was controlled through a questionnaire. Abacavir-derived Edman adducts with the N-terminal valine of hemoglobin were analyzed by an established liquid chromatography-electrospray ionization-tandem mass spectrometry method. Abacavir-valine adducts were detected in three out of ten patients. This work represents the first evidence of abacavir-protein adduct formation in humans. The data confirm the ability of abacavir to modify self-proteins and suggest that the molecular mechanism(s) of some abacavir-induced adverse reactions may require bioactivation.

Texto e Leitura na Web 2.0 : o Facebok e os novos leitores

Trabalho de projecto apresentado para cumprimento dos requisitos necessários à obtenção do grau de Mestre em Edição de Texto.

Improving search engines with open Web-based SKOS vocabularies

Dissertação para obtenção do Grau de Mestre em Engenharia Informática