Integrating sequence information in microarray data analysis by free energy modeling

Microarray technology is a high-throughput method for genotyping and gene expression profiling. Limited sensitivity and specificity are one of the essential problems for this technology. Most of existing methods of microarray data analysis have an apparent limitation for they merely deal with the numerical part of microarray data and have made little use of gene sequence information. Because it's the gene sequences that precisely define the physical objects being measured by a microarray, it is natural to make the gene sequences an essential part of the data analysis. This dissertation focused on the development of free energy models to integrate sequence information in microarray data analysis. The models were used to characterize the mechanism of hybridization on microarrays and enhance sensitivity and specificity of microarray measurements. ^ Cross-hybridization is a major obstacle factor for the sensitivity and specificity of microarray measurements. In this dissertation, we evaluated the scope of cross-hybridization problem on short-oligo microarrays. The results showed that cross hybridization on arrays is mostly caused by oligo fragments with a run of 10 to 16 nucleotides complementary to the probes. Furthermore, a free-energy based model was proposed to quantify the amount of cross-hybridization signal on each probe. This model treats cross-hybridization as an integral effect of the interactions between a probe and various off-target oligo fragments. Using public spike-in datasets, the model showed high accuracy in predicting the cross-hybridization signals on those probes whose intended targets are absent in the sample. ^ Several prospective models were proposed to improve Positional Dependent Nearest-Neighbor (PDNN) model for better quantification of gene expression and cross-hybridization. ^ The problem addressed in this dissertation is fundamental to the microarray technology. We expect that this study will help us to understand the detailed mechanism that determines sensitivity and specificity on the microarrays. Consequently, this research will have a wide impact on how microarrays are designed and how the data are interpreted. ^

Tensiones entre educación institucional y redes sociales

La irrupción masiva de las Tecnologías de la Información y la Conectividad (TICs) está produciendo cambios radicales en la configuración de las prácticas sociales en ámbitos tan variados como la política, la economía y la cultura. Una de las dimensiones de cambio que están produciendo las TICs es una reformulación de las concepciones de tiempo y espacio, que se traducen en una creciente tendencia a la deslocalización y la desterritorialización. En el ámbito de la educación, esas tendencias se reflejan en la aparición de nuevas prácticas de enseñanza-aprendizaje como las denominadas “Comunidades de práctica" o el “Aprendizaje Ubicuo". A la luz de algunas dimensiones de la experiencia latinoamericana y argentina, en este último caso sumergida en un amplio proceso de reforma curricular del nivel Primario y Secundario, vistas a partir de la elaboración de un marco teórico pertinente, este trabajo busca sumariar los principales problemas que se presentan a la hora de introducir las TICs en los sistemas educativos nacionales en general partiendo de la tensión que se surge las nuevas formas de transmisión del conocimiento que ellas proponen frente a una concepción institucionalizada del saber y el poder transmitida a través de un rol docente bien definido que, ahora, ha entrado en un creciente cuestionamiento.

Educación pública universitaria : República Argentina 1998-2008

La educación en la Argentina está articulada bajo criterios sociales establecidos pero que son básicamente arbitrarios y sustentados en supuestos no demostrados que afirman que el conocimiento se construye a partir de ciertos contenidos y no de otros. Dichos criterios no han variado mayormente durante las últimas décadas y siguen utilizándose como plataforma inicial a partir de los cuales se articula la educación posterior del educando. Los sistemas de educación superior en América Latina sufren una crisis a raíz de la creciente internacionalización de las nuevas tecnologías de comunicación e información y de los reclamos de inclusión social de los sectores marginados, entre otras razones. Las tecnologías de compresión digital dan origen a un modelo educativo "en red" caracterizado por un funcionamiento no presencial, mediante el cual se produce la transformación del rol de la Universidad, como centro de descubrimiento y posesión del conocimiento, para convertirse en apenas una intermediaria en la búsqueda del saber y la información. Esta nueva modalidad de educación crece en la medida en que puede cubrir una demanda social de educación superior insatisfecha, conformada básicamente por adultos que trabajan, estudiantes de zonas alejadas de los centros educativos, extranjeros que carecen de opciones educativas y alumnos globalizados. Por ello, la educación virtual nace como una nueva respuesta a viejas demandas. La construcción de una sociedad planetaria y la convivencia del multiculturalismo, además de representar la expresión de sociedades abiertas, que quizás no dispongan de bases comunes de cohesión nacional, debe ser parte de un nuevo proyecto de solidaridad y confraternidad mundial.Resulta sumamente importante que las Universidades de América Latina defiendan su participación como tales en los mercados regionales mediante la adquisición de mayor flexibilidad, actualización y excelencia, para erigirse de esta manera como una opción comparativamente válida. Asimismo, creemos que la educación, entendida como todo el corpus del conocimiento que tiene una persona, no se construye de manera arbitraria sino, por el contrario, de manera selectiva de acuerdo a las posibilidades del educando; y es precisamente sobre la base de esta pormenorizada elección el sustento sobre el cual el alumno llega posteriormente a desarrollos intelectuales superiores. El objetivo del presente trabajo se centra en mostrar la importancia de índole social y política que tienen la flexibilización y la personalización en el currículum de estudios universitarios, al momento de observar el resultado final del ejercicio profesional del graduado. Desde este punto de vista, es fundamental que la elección de los contenidos del plan de estudios de la carrera universitaria estén a cargo del educando, con la dirección de una unidad académica, especialmente en relación con lo que hoy se conoce como "aprendizaje justo a tiempo". Dicho en otras palabras, solamente cuando el educando trasciende ese fundamento institucional e inicial de conocimientos para abrevar en otras fuentes, como las Artes, la Religión, la Filosofía, etc., puede relacionar y comparar conocimientos diferentes entre sí, pero cuya elección obedece fundamentalmente a criterios personales y no meramente institucionales

Educación pública universitaria : República Argentina 1998-2008

La educación en la Argentina está articulada bajo criterios sociales establecidos pero que son básicamente arbitrarios y sustentados en supuestos no demostrados que afirman que el conocimiento se construye a partir de ciertos contenidos y no de otros. Dichos criterios no han variado mayormente durante las últimas décadas y siguen utilizándose como plataforma inicial a partir de los cuales se articula la educación posterior del educando. Los sistemas de educación superior en América Latina sufren una crisis a raíz de la creciente internacionalización de las nuevas tecnologías de comunicación e información y de los reclamos de inclusión social de los sectores marginados, entre otras razones. Las tecnologías de compresión digital dan origen a un modelo educativo "en red" caracterizado por un funcionamiento no presencial, mediante el cual se produce la transformación del rol de la Universidad, como centro de descubrimiento y posesión del conocimiento, para convertirse en apenas una intermediaria en la búsqueda del saber y la información. Esta nueva modalidad de educación crece en la medida en que puede cubrir una demanda social de educación superior insatisfecha, conformada básicamente por adultos que trabajan, estudiantes de zonas alejadas de los centros educativos, extranjeros que carecen de opciones educativas y alumnos globalizados. Por ello, la educación virtual nace como una nueva respuesta a viejas demandas. La construcción de una sociedad planetaria y la convivencia del multiculturalismo, además de representar la expresión de sociedades abiertas, que quizás no dispongan de bases comunes de cohesión nacional, debe ser parte de un nuevo proyecto de solidaridad y confraternidad mundial.Resulta sumamente importante que las Universidades de América Latina defiendan su participación como tales en los mercados regionales mediante la adquisición de mayor flexibilidad, actualización y excelencia, para erigirse de esta manera como una opción comparativamente válida. Asimismo, creemos que la educación, entendida como todo el corpus del conocimiento que tiene una persona, no se construye de manera arbitraria sino, por el contrario, de manera selectiva de acuerdo a las posibilidades del educando; y es precisamente sobre la base de esta pormenorizada elección el sustento sobre el cual el alumno llega posteriormente a desarrollos intelectuales superiores. El objetivo del presente trabajo se centra en mostrar la importancia de índole social y política que tienen la flexibilización y la personalización en el currículum de estudios universitarios, al momento de observar el resultado final del ejercicio profesional del graduado. Desde este punto de vista, es fundamental que la elección de los contenidos del plan de estudios de la carrera universitaria estén a cargo del educando, con la dirección de una unidad académica, especialmente en relación con lo que hoy se conoce como "aprendizaje justo a tiempo". Dicho en otras palabras, solamente cuando el educando trasciende ese fundamento institucional e inicial de conocimientos para abrevar en otras fuentes, como las Artes, la Religión, la Filosofía, etc., puede relacionar y comparar conocimientos diferentes entre sí, pero cuya elección obedece fundamentalmente a criterios personales y no meramente institucionales

Educación pública universitaria : República Argentina 1998-2008

La educación en la Argentina está articulada bajo criterios sociales establecidos pero que son básicamente arbitrarios y sustentados en supuestos no demostrados que afirman que el conocimiento se construye a partir de ciertos contenidos y no de otros. Dichos criterios no han variado mayormente durante las últimas décadas y siguen utilizándose como plataforma inicial a partir de los cuales se articula la educación posterior del educando. Los sistemas de educación superior en América Latina sufren una crisis a raíz de la creciente internacionalización de las nuevas tecnologías de comunicación e información y de los reclamos de inclusión social de los sectores marginados, entre otras razones. Las tecnologías de compresión digital dan origen a un modelo educativo "en red" caracterizado por un funcionamiento no presencial, mediante el cual se produce la transformación del rol de la Universidad, como centro de descubrimiento y posesión del conocimiento, para convertirse en apenas una intermediaria en la búsqueda del saber y la información. Esta nueva modalidad de educación crece en la medida en que puede cubrir una demanda social de educación superior insatisfecha, conformada básicamente por adultos que trabajan, estudiantes de zonas alejadas de los centros educativos, extranjeros que carecen de opciones educativas y alumnos globalizados. Por ello, la educación virtual nace como una nueva respuesta a viejas demandas. La construcción de una sociedad planetaria y la convivencia del multiculturalismo, además de representar la expresión de sociedades abiertas, que quizás no dispongan de bases comunes de cohesión nacional, debe ser parte de un nuevo proyecto de solidaridad y confraternidad mundial.Resulta sumamente importante que las Universidades de América Latina defiendan su participación como tales en los mercados regionales mediante la adquisición de mayor flexibilidad, actualización y excelencia, para erigirse de esta manera como una opción comparativamente válida. Asimismo, creemos que la educación, entendida como todo el corpus del conocimiento que tiene una persona, no se construye de manera arbitraria sino, por el contrario, de manera selectiva de acuerdo a las posibilidades del educando; y es precisamente sobre la base de esta pormenorizada elección el sustento sobre el cual el alumno llega posteriormente a desarrollos intelectuales superiores. El objetivo del presente trabajo se centra en mostrar la importancia de índole social y política que tienen la flexibilización y la personalización en el currículum de estudios universitarios, al momento de observar el resultado final del ejercicio profesional del graduado. Desde este punto de vista, es fundamental que la elección de los contenidos del plan de estudios de la carrera universitaria estén a cargo del educando, con la dirección de una unidad académica, especialmente en relación con lo que hoy se conoce como "aprendizaje justo a tiempo". Dicho en otras palabras, solamente cuando el educando trasciende ese fundamento institucional e inicial de conocimientos para abrevar en otras fuentes, como las Artes, la Religión, la Filosofía, etc., puede relacionar y comparar conocimientos diferentes entre sí, pero cuya elección obedece fundamentalmente a criterios personales y no meramente institucionales

On the Evolution of the Spatial Economy with Multi-unit/Multi-plant Firms: The Impact of IT Development

This paper examines how the decline of communication costs between management and production facilities within firms and the decrease in trade costs of manufactured goods affect the spatial organization of a two-region economy with multi-unit/multi-plant firms. The development of information technology decreases the costs of communication and trade costs. Thus, the fragmentation of firms is promoted. Our result indicates that, with decreasing communication costs, firms producing low trade-cost products (such as consumer electronics) tend to concentrate their manufacturing plants in low wage countries. In contrast, firms producing high trade-cost products (such as automobiles) tend to have multiple plants serving to segmented markets, even in the absence of wage differentials.

IT Clusters in India

One of the facilitating factors that enabled the rise of IT industry in India is the evolution of IT clusters. A study of these clusters can provide interesting insights. The rise of the Banglaore IT cluster was due, among other things, to some of the policies the Indian government took three decades or earlier. It would be difficult to talk of "benign neglect" of the government towards this sector. Different factors worked in the case of Hyderabad. A comparison between the IT clusters in India has much to tell the new emerging IT clusters in India as well as those outside of it.

Technology Choice, Change of Trade Structure, and A Case of Hungarian Economy

In the IT industry, there has been a remarkable increase in the demand for system LSI. A system LSI must be tailor-designed for each electrical appliance, and then produced. It is said that in recent years, this production method has made the IC cycle ambiguous. It can be sought that the choice of whether the economy pursues a development path centering on technology which is tradable or technology which is embodied in labor, depends on the historical background. In this paper, the economic background is explained in order to analyze and capture movements in the IT industry and technology. Then, an econometric model for Hungary has been constructed to estimate the effect of technological progress on the economy.

Outsourcing and acquisition models comparison related to IT supplier selection decision analysis

This paper presents a comparison of acquisition models related to decision analysis of IT supplier selection. The main standards are: Capability Maturity Model Integration for Acquisition (CMMI-ACQ), ISO / IEC 12207 Information Technology / Software Life Cycle Processes, IEEE 1062 Recommended Practice for Software Acquisition, the IT Infrastructure Library (ITIL) and the Project Management Body of Knowledge (PMBOK) guide. The objective of this paper is to compare the previous models to find the advantages and disadvantages of them for the future development of a decision model for IT supplier selection.

Repercusión y análisis de las nuevas tecnologías en el entorno educativo del siglo XXI

Desde que se implantó la Sociedad de la Información, educadores e investigadores de todo el mundo han discutido y reflexionado sobre temáticas acerca de cómo deben ser usadas las Tecnologías de la Información y la Comunicación (TIC) para apoyar los aprendizajes, y cómo estas herramientas pueden ser útiles para mejorar los resultados académicos. Vivimos en una sociedad dinámica, sujeta a continuos cambios que afectan a cada una de los sectores de nuestra vida. El auge de las TIC ha transformado nuestro modo de pensar, de relacionarnos e incluso la manera de enseñar y de aprender. De ahí que la incorporación de las TIC a la sociedad en general y, de forma específica, al mundo de la educación se perciba hoy, como una realidad cada vez más consolidada y también como una necesidad. Por eso, este trabajo tiene como objetivo fundamental la evaluación de la implantación y el desarrollo que la educación y las TIC han tenido desde comienzos del siglo XXI hasta nuestros días. Este trabajo se dividirá en dos partes diferenciadas y complementarias. En una primera sección se presenta el marco teórico de los pilares fundamentales que sustentan la interacción entre educación y nuevas tecnologías y lo que ello conlleva. Un segundo apartado presenta el diseño metodológico de la investigación y los resultados alcanzados al aplicar instrumentos de evaluación en un centro escolar y su posterior análisis e interpretación de los resultados en referencia al impacto de las nuevas tecnologías en las aulas. ABSTRACT Since Information Society was introduced, educators and researchers from around the world have discussed and have reflected on issues about how the Information Technology and Communication (ICT) must be used to support learning, and how these tools can be useful for improving academic outcomes. We live in a dynamic society that is subject to continuous changes affecting every sector of our life. The growth of ICT has transformed the way we think and interact and even the way of teaching and learning. Hence, the incorporation of ICT in society in general and, specifically, in the world of education today is perceived as an increasingly consolidated reality and also as a necessity. Therefore, this work has as main objective the evaluation of the implementation and the development that education and ICT have had since the beginning of the XXI century to today. This work is divided into two distinct and complementary parts. The first section presents the theoretical framework of the pillars that support the interaction between education and new technology and what it entails. The second section presents the methodology of the research and results achieved by applying assessment instruments in a school and its subsequent analysis and interpretation of the results concerning to the impact of new technologies in the classrooms.

Reporting experiments to satisfy professionals information needs

Although the aim of empirical software engineering is to provide evidence for selecting the appropriate technology, it appears that there is a lack of recognition of this work in industry. Results from empirical research only rarely seem to find their way to company decision makers. If information relevant for software managers is provided in reports on experiments, such reports can be considered as a source of information for them when they are faced with making decisions about the selection of software engineering technologies. To bridge this communication gap between researchers and professionals, we propose characterizing the information needs of software managers in order to show empirical software engineering researchers which information is relevant for decision-making and thus enable them to make this information available. We empirically investigated decision makers? information needs to identify which information they need to judge the appropriateness and impact of a software technology. We empirically developed a model that characterizes these needs. To ensure that researchers provide relevant information when reporting results from experiments, we extended existing reporting guidelines accordingly.We performed an experiment to evaluate our model with regard to its effectiveness. Software managers who read an experiment report according to the proposed model judged the technology?s appropriateness significantly better than those reading a report about the same experiment that did not explicitly address their information needs. Our research shows that information regarding a technology, the context in which it is supposed to work, and most importantly, the impact of this technology on development costs and schedule as well as on product quality is crucial for decision makers.