The role of the efflux mechanisms in multidrug resistance in Mycobacterium tuberculosis

Abstract The emergence of multi and extensively drug resistant tuberculosis (MDRTB and XDRTB) has increased the concern of public health authorities around the world. The World Health Organization has defined MDRTB as tuberculosis (TB) caused by organisms resistant to at least isoniazid and rifampicin, the main first-line drugs used in TB therapy, whereas XDRTB refers to TB resistant not only to isoniazid and rifampicin, but also to a fluoroquinolone and to at least one of the three injectable second-line drugs, kanamycin, amikacin and capreomycin. Resistance in Mycobacterium tuberculosis is mainly due to the occurrence of spontaneous mutations and followed by selection of mutants by subsequent treatment. However, some resistant clinical isolates do not present mutations in any genes associated with resistance to a given antibiotic, which suggests that other mechanism(s) are involved in the development of drug resistance, namely the presence of efflux pump systems that extrude the drug to the exterior of the cell, preventing access to its target. Increased efflux activity can occur in response to prolonged exposure to subinhibitory concentrations of anti-TB drugs, a situation that may result from inadequate TB therapy. The inhibition of efflux activity with a non-antibiotic inhibitor may restore activity of an antibiotic subject to efflux and thus provide a way to enhance the activity of current anti-TB drugs. The work described in this thesis foccus on the study of efflux mechanisms in the development of multidrug resistance in M. tuberculosis and how phenotypic resistance, mediated by efflux pumps, correlates with genetic resistance. In order to accomplish this goal, several experimental protocols were developed using biological models such as Escherichia coli, the fast growing mycobacteria Mycobacterium smegmatis, and Mycobacterium avium, before their application to M. tuberculosis. This approach allowed the study of the mechanisms that result in the physiological adaptation of E. coli to subinhibitory concentrations of tetracycline (Chapter II), the development of a fluorometric method that allows the detection and quantification of efflux of ethidium bromide (Chapter III), the characterization of the ethidium bromide transport in M. smegmatis (Chapter IV) and the contribution of efflux activity to macrolide resistance in Mycobacterium avium complex (Chapter V). Finally, the methods developed allowed the study of the role of efflux pumps in M. tuberculosis strains induced to isoniazid resistance (Chapter VI). By this manner, in Chapter II it was possible to observe that the physiological adaptation of E. coli to tetracycline results from an interplay between events at the genetic level and protein folding that decrease permeability of the cell envelope and increase efflux pump activity. Furthermore, Chapter III describes the development of a semi-automated fluorometric method that allowed the correlation of this efflux activity with the transport kinetics of ethidium bromide (a known efflux pump substrate) in E. coli and the identification of efflux inhibitors. Concerning M. smegmatis, we have compared the wild-type M. smegmatis mc2155 with knockout mutants for LfrA and MspA for their ability to transport ethidium bromide. The results presented in Chapter IV showed that MspA, the major porin in M. smegmatis, plays an important role in the entrance of ethidium bromide and antibiotics into the cell and that efflux via the LfrA pump is involved in low-level resistance to these compounds in M. smegmatis. Chapter V describes the study of the contribution of efflux pumps to macrolide resistance in clinical M. avium complex isolates. It was demonstrated that resistance to clarithromycin was significantly reduced in the presence of efflux inhibitors such as thioridazine, chlorpromazine and verapamil. These same inhibitors decreased efflux of ethidium bromide and increased the retention of [14C]-erythromycin in these isolates. Finaly, the methods developed with the experimental models mentioned above allowed the study of the role of efflux pumps on M. tuberculosis strains induced to isoniazid resistance. This is described in Chapter VI of this Thesis, where it is demonstrated that induced resistance to isoniazid does not involve mutations in any of the genes known to be associated with isoniazid resistance, but an efflux system that is sensitive to efflux inhibitors. These inhibitors decreased the efflux of ethidium bromide and also reduced the minimum inhibitory concentration of isoniazid in these strains. Moreover, expression analysis showed overexpression of genes that code for efflux pumps in the induced strains relatively to the non-induced parental strains. In conclusion, the work described in this thesis demonstrates that efflux pumps play an important role in the development of drug resistance, namely in mycobacteria. A strategy to overcome efflux-mediated resistance may consist on the use of compounds that inhibit efflux activity, restoring the activity of antimicrobials that are efflux pump substrates, a useful approach particularly in TB where the most effective treatment regimens are becoming uneffective due to the increase of MDRTB/XDRTB.

Building a person home behavior model based on data from smart house sensors 2015

Dissertação para a obtenção do grau de Mestre em Engenharia Electrotécnica Ramo de Energia

Performance evaluation of a cooperative reputation system for vehicular delay-tolerant networks

In the last decade, both scientific community and automotive industry enabled communications among vehicles in different kinds of scenarios proposing different vehicular architectures. Vehicular delay-tolerant networks (VDTNs) were proposed as a solution to overcome some of the issues found in other vehicular architectures, namely, in dispersed regions and emergency scenarios. Most of these issues arise from the unique characteristics of vehicular networks. Contrary to delay-tolerant networks (DTNs), VDTNs place the bundle layer under the network layer in order to simplify the layered architecture and enable communications in sparse regions characterized by long propagation delays, high error rates, and short contact durations. However, such characteristics turn contacts very important in order to exchange as much information as possible between nodes at every contact opportunity. One way to accomplish this goal is to enforce cooperation between network nodes. To promote cooperation among nodes, it is important that nodes share their own resources to deliver messages from others. This can be a very difficult task, if selfish nodes affect the performance of cooperative nodes. This paper studies the performance of a cooperative reputation system that detects, identify, and avoid communications with selfish nodes. Two scenarios were considered across all the experiments enforcing three different routing protocols (First Contact, Spray and Wait, and GeoSpray). For both scenarios, it was shown that reputation mechanisms that punish aggressively selfish nodes contribute to increase the overall network performance.

Functional studies on magnetic resonance

Dissertation submitted in Faculdade de Ciências e Tecnologia of Universidade Nova de Lisboa for the degree of Master in Biomedical Engineering

Fly by data link: feasibility of a relative navigation solution for aviation relying on a future L-band data link

Trabalho final de Mestrado para obtenção do grau de Mestre em Engenharia de Electrónica e Telecomunicações

In Situ Near-Infrared (NIR) Versus High-Throughput Mid- Infrared (MIR) Spectroscopy to Monitor Biopharmaceutical Production

The development of biopharmaceutical manufacturing processes presents critical constraints, with the major constraint being that living cells synthesize these molecules, presenting inherent behavior variability due to their high sensitivity to small fluctuations in the cultivation environment. To speed up the development process and to control this critical manufacturing step, it is relevant to develop high-throughput and in situ monitoring techniques, respectively. Here, high-throughput mid-infrared (MIR) spectral analysis of dehydrated cell pellets and in situ near-infrared (NIR) spectral analysis of the whole culture broth were compared to monitor plasmid production in recombinant Escherichia coil cultures. Good partial least squares (PLS) regression models were built, either based on MIR or NIR spectral data, yielding high coefficients of determination (R-2) and low predictive errors (root mean square error, or RMSE) to estimate host cell growth, plasmid production, carbon source consumption (glucose and glycerol), and by-product acetate production and consumption. The predictive errors for biomass, plasmid, glucose, glycerol, and acetate based on MIR data were 0.7 g/L, 9 mg/L, 0.3 g/L, 0.4 g/L, and 0.4 g/L, respectively, whereas for NIR data the predictive errors obtained were 0.4 g/L, 8 mg/L, 0.3 g/L, 0.2 g/L, and 0.4 g/L, respectively. The models obtained are robust as they are valid for cultivations conducted with different media compositions and with different cultivation strategies (batch and fed-batch). Besides being conducted in situ with a sterilized fiber optic probe, NIR spectroscopy allows building PLS models for estimating plasmid, glucose, and acetate that are as accurate as those obtained from the high-throughput MIR setup, and better models for estimating biomass and glycerol, yielding a decrease in 57 and 50% of the RMSE, respectively, compared to the MIR setup. However, MIR spectroscopy could be a valid alternative in the case of optimization protocols, due to possible space constraints or high costs associated with the use of multi-fiber optic probes for multi-bioreactors. In this case, MIR could be conducted in a high-throughput manner, analyzing hundreds of culture samples in a rapid and automatic mode.

Monitoring the ex-vivo expansion of human mesenchymal stem/stromal cells in xeno-free microcarrier-based reactor systems by MIR spectroscopy

Human mesenchymal stem/stromal cells (MSCs) have received considerable attention in the field of cell-based therapies due to their high differentiation potential and ability to modulate immune responses. However, since these cells can only be isolated in very low quantities, successful realization of these therapies requires MSCs ex-vivo expansion to achieve relevant cell doses. The metabolic activity is one of the parameters often monitored during MSCs cultivation by using expensive multi-analytical methods, some of them time-consuming. The present work evaluates the use of mid-infrared (MIR) spectroscopy, through rapid and economic high-throughput analyses associated to multivariate data analysis, to monitor three different MSCs cultivation runs conducted in spinner flasks, under xeno-free culture conditions, which differ in the type of microcarriers used and the culture feeding strategy applied. After evaluating diverse spectral preprocessing techniques, the optimized partial least square (PLS) regression models based on the MIR spectra to estimate the glucose, lactate and ammonia concentrations yielded high coefficients of determination (R2 ≥ 0.98, ≥0.98, and ≥0.94, respectively) and low prediction errors (RMSECV ≤ 4.7%, ≤4.4% and ≤5.7%, respectively). Besides PLS models valid for specific expansion protocols, a robust model simultaneously valid for the three processes was also built for predicting glucose, lactate and ammonia, yielding a R2 of 0.95, 0.97 and 0.86, and a RMSECV of 0.33, 0.57, and 0.09 mM, respectively. Therefore, MIR spectroscopy combined with multivariate data analysis represents a promising tool for both optimization and control of MSCs expansion processes.

Server to Mobile Device Communication: A Case Study

Develop a client-server application for a mobile environment can bring many challenges because of the mobile devices limitations. So, in this paper is discussed what can be the more reliable way to exchange information between a server and an Android mobile application, since it is important for users to have an application that really works in a responsive way and preferably without any errors. In this discussion two data transfer protocols (Socket and HTTP) and three serialization data formats (XML, JSON and Protocol Buffers) were tested using some metrics to evaluate which is the most practical and fast to use.

New ultrasonic-based methods in proteomics

Dissertação apresentada para obtenção do Grau de Doutor em Bioquímica pela Universidade Nova de Lisboa, Faculdade de Ciências e Tecnologia.A presente dissertação foi preparada no âmbito do convénio bilateral existente entre a Universidade Nova de Lisboa e a Universidade de Vigo.

Estudo e análise das redes centradas em conteúdos

A Internet, conforme a conhecemos, foi projetada com base na pilha de protocolos TCP/IP, que foi desenvolvida nos anos 60 e 70 utilizando um paradigma centrado nos endereços individuais de cada máquina (denominado host-centric). Este paradigma foi extremamente bem-sucedido em interligar máquinas através de encaminhamento baseado no endereço IP. Estudos recentes demonstram que, parte significativa do tráfego atual da Internet centra-se na transferência de conteúdos, em vez das tradicionais aplicações de rede, conforme foi originalmente concebido. Surgiram então novos modelos de comunicação, entre eles, protocolos de rede ponto-a-ponto, onde cada máquina da rede pode efetuar distribuição de conteúdo (denominadas de redes peer-to-peer), para melhorar a distribuição e a troca de conteúdos na Internet. Por conseguinte, nos últimos anos o paradigma host-centric começou a ser posto em causa e apareceu uma nova abordagem de Redes Centradas na Informação (ICN - information-centric networking). Tendo em conta que a Internet, hoje em dia, basicamente é uma rede de transferência de conteúdos e informações, porque não centrar a sua evolução neste sentido, ao invés de comunicações host-to-host? O paradigma de Rede Centrada no Conteúdo (CCN - Content Centric Networking) simplifica a solução de determinados problemas de segurança relacionados com a arquitetura TCP/IP e é uma das principais propostas da nova abordagem de Redes Centradas na Informação. Um dos principais problemas do modelo TCP/IP é a proteção do conteúdo. Atualmente, para garantirmos a autenticidade e a integridade dos dados partilhados na rede, é necessário garantir a segurança do repositório e do caminho que os dados devem percorrer até ao seu destino final. No entanto, a contínua ineficácia perante os ataques de negação de serviço praticados na Internet, sugere a necessidade de que seja a própria infraestrutura da rede a fornecer mecanismos para os mitigar. Um dos principais pilares do paradigma de comunicação da CCN é focalizar-se no próprio conteúdo e não na sua localização física. Desde o seu aparecimento em 2009 e como consequência da evolução e adaptação a sua designação mudou atualmente para Redes de Conteúdos com Nome (NNC – Named Network Content). Nesta dissertação, efetuaremos um estudo de uma visão geral da arquitetura CCN, apresentando as suas principais características, quais os componentes que a compõem e como os seus mecanismos mitigam os tradicionais problemas de comunicação e de segurança. Serão efetuadas experiências com o CCNx, que é um protótipo composto por um conjunto de funcionalidades e ferramentas, que possibilitam a implementação deste paradigma. O objetivo é analisar criticamente algumas das propostas existentes, determinar oportunidades, desafios e perspectivas para investigação futura.

Metodologias e Ferramentas da Gestão da Manutenção e da Metrologia numa Unidade Hospitalar

A metrologia na saúde tem um elevado grau de importância no quotidiano hospitalar dado que muitas decisões são tomadas com base em medições. Além disso, a constante evolução tecnológica na área da saúde e o número crescente de parâmetros fisiológicos dos equipamentos médicos exige a constante preocupação com o controlo metrológico. Assim, o funcionamento eficiente destes poderá contribuir para a segurança, uma melhor e mais rápida recuperação do doente e, consequentemente, um aumento do tempo de vida do equipamento, o que por sua vez se reflete numa maior economia de custos. A otimização de protocolos de metrologia em saúde, a elaboração de planos de controlo para validação de equipamentos médicos-hospitalares, a sensibilização de profissionais de saúde para o controlo metrológico, assim como o conhecimento das aplicações informáticas da organização são essenciais para uma eficaz gestão da manutenção hospitalar. O Serviço de Instalações e Equipamentos do Centro Hospitalar do Tâmega e Sousa, trabalha no sentido de assegurar uma resposta rápida, otimizada e eficiente para satisfazer as necessidades hospitalares através da aplicação de metodologias e ferramentas da qualidade destinadas à metrologia em saúde. Assim, o objetivo principal deste trabalho é apresentar metodologias e ferramentas aplicadas no controlo de parâmetros de equipamentos médico-hospitalares tais como, dispositivos de infusão, monitores de sinais vitais, eletrocardiógrafos, cardiotocógrafos, desfibrilhadores, incubadoras, aparelhos de fototerapia, bem como, o processo de gestão da manutenção aplicado pelo Serviço de Instalações e Equipamentos. Neste sentido foi possível demonstrar que o controlo metrológico é de extrema importância para uma instituição hospitalar.

Environmental management and mudit training at the New University of Lisbon by University-Industry co-operation

Environmental Training in Engineering Education (ENTREE 2001) - integrated green policies: progress for progress, p. 329-339 (Florence, 14-17 November 2001; proceedings published as book)

Fisioterapia : influência na qualidade de vida da mulher com cancro da mama : contributo para a qualidade do serviço em oncologia

RESUMO - O cancro da mama é uma preocupação da saúde pública a nível mundial, pela sua incidência, mortalidade e custos económicos associados. As terapias utilizadas no seu tratamento, embora eficazes, conduzem a alterações de todas as dimensões da Qualidade de Vida (QdV) da mulher com cancro da mama. A garantia de uma qualidade de serviço prestado deve ser uma prioridade das organizações de saúde, sendo a QdV uma medida de resultado. Partindo do pressuposto que em Portugal existe uma diferença potencial na forma como as mulheres com cancro da mama recebem o apoio por parte da fisioterapia, importa saber se a fisioterapia tem ou não influência na QdV da mulher com cancro da mama, o que, no caso de ser afirmativo, poderá constituir uma mais-valia para a qualidade do serviço prestado em oncologia. O Objectivo deste trabalho é construir um modelo de análise no sentido de responder à questão inicial de investigação: “Será que a fisioterapia contribui para a melhoria da Qualidade de Vida das mulheres com cancro da mama submetidas a cirurgia e outras terapias oncológicas?”. Neste sentido o trabalho de projecto dividiu-se por etapas. Inicialmente foi realizado um enquadramento teórico, através de uma revisão de literatura e da realização de entrevistas exploratórias, permitindo desta forma ter um conhecimento actual das temáticas que definem as variáveis e o objecto de estudo. Na etapa seguinte, foi feita uma análise crítica sobre o conhecimento actual do tema em estudo, que permitiu definir as variáveis a estudar, escolher o instrumento de medida a utilizar, ter conhecimento dos procedimentos a seguir. Após a definição do objectivo geral (avaliar se a fisioterapia tem influência na QdV das mulheres submetidas a cirurgia e outras terapias oncológicas) e dos objectivos específicos, iniciou-se o delineamento da metodologia tida como adequada para responder às questões de investigação levantadas (tipo de estudo, as variáveis, a unidade de análise, os métodos e técnicas de recolha de dados, os procedimentos e a metodologia de tratamento de dados). No âmbito do trabalho de projecto está definida a colocação em campo de um caso de estudo efectivo que permita dar um contributo real no delineamento da metodologia. Neste trabalho optou-se pela realização de um estudo piloto, que se enquadra nos procedimentos da metodologia e que teve por objectivo retirar algumas conclusões sobre: a aplicabilidade do instrumento de medida; os tempos definidos para a recolha de dados; as características sociodemográficas e clínicas da amostra; as questões de investigação levantadas. O estudo piloto consistiu num estudo pré-experimental, com uma amostra de 35 indivíduos, submetidos a cirurgia a cancro da mama e a outras terapias oncológicas. Foram avaliadas as dimensões do bem-estar físico e actividades quotidianas, bem-estar psicológico, relações sociais, sintomas e características sociodemográficas/clínicas, no início do tratamento individual de fisioterapia e no momento de alta. Utilizou-se como instrumento de medida o questionário EORTC QLQ–30 e o seu questionário complementar EORTC QLQ–23. Tendo sido construída uma ficha para recolha de dados sociodemográficos e clínicos. A significância estatística foi aceite para valores de p<0,05. Para comparação entre grupos e evolução dentro de cada grupo aplicou-se o teste t-student e o teste de Mann-Whitney. A análise dos resultados do estudo piloto permitiu verificar que: - O instrumento de medida proposto (questionário EORTC QLQ30 e BR23) mostrou ser de fácil aplicação, não tendo existido dificuldade por parte das doentes no seu preenchimento. Não houve problemas no cálculo dos scores e na sua interpretação; - Parte considerável das mulheres com cancro da mama será submetida a protocolos que se poderão prolongar por vários meses após a cirurgia (ex: QT+RT+HT). Esta realidade leva-nos a propor que sejam realizados vários momentos de avaliação, para que possam ser avaliadas as dimensões da QdV ao longo dos diferentes protocolos de tratamentos. Pensamos que o ideal seria a realização de 4 momentos de avaliação (3 a 4 semanas após a cirurgia, 3 meses, 6 meses e 9 meses após cirurgia). Sugerimos também que o estudo proposto seja realizado com uma amostra de maior dimensão; - O estudo piloto como recorreu a uma metodologia pré-experimental (ausência de grupo de controlo e apenas dois momentos de avaliação), não permite a consistência dos resultados; no entanto os resultados obtidos podem constituir um indicador de que a fisioterapia tem influência nas diferentes dimensões da QdV da mulher com cancro da mama submetida a cirurgia e a outras terapias oncológicas, podendo constituir uma mais-valia para a qualidade do serviço prestado em oncologia. Os resultados do estudo piloto permitiram redefinir a metodologia tida como adequada para responder à questão de investigação inicial. Apresentamos de seguida a mesma: Estudo quase-experimental, sendo a amostra constituída por dois grupos de 60 mulheres cada, submetidas a cirurgia a cancro da mama e a outras terapias oncológicas. O grupo experimental será submetido a tratamentos individuais de fisioterapia. Serão avaliadas as dimensões do bem-estar físico e actividades quotidianas, bem-estar psicológico, relações sociais e sintomas. A recolha de dados será realizada 3 semanas, 3 meses, 6 meses e 9 meses após a cirurgia. Como instrumento de medida será utilizado o questionário EORTC QLQ–30 e o seu questionário complementar EORTC QLQ–23, serão também recolhidos dados sociodemográficos e clínicos. A significância estatística será aceite para valores de p<0,05. Para comparação entre grupos e evolução dentro de cada grupo serão utilizados testes paramétricos e não paramétricos. A realização de um estudo que seguisse a metodologia acima referida permitiria uma maior consistência dos resultados, podendo eventualmente existir a confirmação de que a fisioterapia pode ter influência na QdV da mulher submetida a cirurgia a cancro da mama e a outras terapias oncológicas. A evidência de que a fisioterapia tem influência na QdV da mulher com cancro da mama, e o facto de a QdV ser um indicador da qualidade do serviço prestado em oncologia, poderão constituir um agente facilitador para a mudança na gestão de recursos humanos em organizações de saúde com a valência de oncologia, levando a uma alteração dos padrões de prática na área da fisioterapia em oncologia em Portugal, que poderá conduzir a uma melhor qualidade de serviço prestado ao doente oncológico. ----- ABSTRACT - Breast Cancer is a worldwide public health concern due to the incidence, mortality and economic costs associated. Although effective, therapies used in its treatment lead to changes in all Quality of Life (QoL) dimensions of a woman suffering from Breast Cancer. QoL is an outcome measure, and the insurance of quality of care provided should be a priority to health organizations. Taking into consideration that in Portugal there is a potential difference in the way women with Breast Cancer are provided with physical therapy, it is important to know whether physical therapy does or does not influence the QoL of women with breast cancer. If it does, it will lead to a health care quality improvement to cancer patients. The goal of the following study is to build an analysis model in order to answer the initial investigation question: “Does Physical Therapy contribute to enhance the Quality of Life of women with breast cancer who underwent surgery and other oncology treatments?” The project was divided in different stages. Initially, a literature revision was elaborated and exploratory interviews were held, which allowed an actual knowledge of the themes that define the variables and the object of study. The next stage included a critical analysis of the theme, which allowed the definition of variables of study, the choice of instrument of measure and the acquisition of some knowledge on how to proceed. After the definition of the general goal (to evaluate the influence of physical therapy on the QoL of women with breast cancer who underwent surgery and other oncology treatments) and specific goals, the choice of a right methodology took place, in order to answer the investigation questions (type of study, variables, unit analysis, methods and techniques on data collection, procedures and data treatment). In the scope of the project, it is decided to put out on the field an effective case-study which assures a real contribution on the choice of te methodology. In this particular work, there was a pilot study, included in the methodology procedures, with the goal of obtaining conclusions on the applicability of the instrument of measure; the length of time to collect data, the socio-demographic and clinical characteristics of the sample; the investigation questions. The pilot study consisted on a one group pretest-postest design, with a sample of 35 individuals who underwent surgery and other oncology treatments. Dimensions such as physical well-being and everyday life activities, psychological well-being, social relationships, symptoms and socio-demographical/clinical characteristics were assessed at the beginning of physical therapy individual treatment and at the moment of release. The instrument of measure used was the EORTC QLQ–30 questionnaire and its complementary questionnaire EORTC QLQ–23. A chart was made in order to collect socio-demographic and clinical data. Statistic significance was accepted for values of p<0,05. To compare between groups and to detect the evolution within each group, the t-student test and the Mann-Whitney test were applied. The outcome analysis of the pilot study allowed to verify that: - The instrument of measure proposed (EORTC QLQ30 and BR23) was easy to apply, and the subjects did not show any difficulty in filling it up. There was also no problem on calculating the scores or interpreting them; - A considerable part of the women with breast cancer will be submitted to protocols that may occur throughout several months after surgery (e.g., QT+RT+HT). This reality leads us to suggest several moments of assessment of the QoL dimensions in various moments of the different protocol treatments. We consider that the ideal number of evaluations would be 4 (3/4 weeks, 3 months, 6 months and 9 months after surgery). We also suggest the use of a larger sample; - Since the pilot study resorted to a one group pretest-postest design (there is an absence of control group and only two moments of assessment), there is no consistency of outcome. However, the results obtained indicate that physical therapy influences the dimensions of QoL on women with breast cancer who underwent surgery and other oncology treatments, which may be an asset to the quality of care provided to cancer patients. The outcome of the pilot study allowed to redefine the methodology given as adequate to answer the initial investigation question. Our suggestion is as follows: quasi-experimental design, with a sample of 120 subjects (2 groups of 60 women) with breast cancer who underwent surgery and other oncology treatments. The experimental group will be submitted to individual treatments of physical therapy. Dimensions such as physical well-being and everyday life activities, psychological well-being, social relationships and symptoms will be assessed. The collection of data will occur at 3 weeks, 3 months, 6 months and 9 months after surgery. The instrument of measure is the EORTC QLQ–30 questionnaire and its complementary questionnaire EORTC QLQ–23, and social-demographic and clinical information will also be collected. The statistic significance will be accepted for values of p<0,05. Parametric and non-parametric tests will be used to compare between groups and to detect the evolution within each group. Carrying out a study that followed the methodology discussed above would allow a better consistency of results, possibly enabling the confirmation that physical therapy influences the QoL of women with breast cancer who underwent surgery and other oncology treatments. The evidence that physical therapy influences the QoL of women with breast cancer, and the fact that QoL is an indicator of quality of care provided to cancer patients, may work as a facilitating agent in the change of human resources management in health organizations associated to oncology, which will lead to a change in oncology physical therapy practice patterns in Portugal, guiding to a health care quality improvement to cancer patients.

Imagiologia Espetral - Análise Forense de Notas e Escrita Manual

A análise forense de documentos é uma das áreas das Ciências Forenses, responsável pela verificação da autenticidade dos documentos. Os documentos podem ser de diferentes tipos, sendo a moeda ou escrita manual as evidências forenses que mais frequentemente motivam a análise. A associação de novas tecnologias a este processo de análise permite uma melhor avaliação dessas evidências, tornando o processo mais célere. Esta tese baseia-se na análise forense de dois tipos de documentos - notas de euro e formulários preenchidos por escrita manual. Neste trabalho pretendeu-se desenvolver técnicas de processamento e análise de imagens de evidências dos tipos referidos com vista a extração de medidas que permitam aferir da autenticidade dos mesmos. A aquisição das imagens das notas foi realizada por imagiologia espetral, tendo-se definidas quatro modalidades de aquisição: luz visível transmitida, luz visível refletida, ultravioleta A e ultravioleta C. Para cada uma destas modalidades de aquisição, foram também definidos 2 protocolos: frente e verso. A aquisição das imagens dos documentos escritos manualmente efetuou-se através da digitalização dos mesmos com recurso a um digitalizador automático de um aparelho multifunções. Para as imagens das notas desenvolveram-se vários algoritmos de processamento e análise de imagem, específicos para este tipo de evidências. Esses algoritmos permitem a segmentação da região de interesse da imagem, a segmentação das sub-regiões que contém as marcas de segurança a avaliar bem como da extração de algumas características. Relativamente as imagens dos documentos escritos manualmente, foram também desenvolvidos algoritmos de segmentação que permitem obter todas as sub-regiões de interesse dos formulários, de forma a serem analisados os vários elementos. Neste tipo de evidências, desenvolveu-se ainda um algoritmo de análise para os elementos correspondentes à escrita de uma sequência numérica o qual permite a obtenção das imagens correspondentes aos caracteres individuais. O trabalho desenvolvido e os resultados obtidos permitiram a definição de protocolos de aquisição de imagens destes tipos de evidências. Os algoritmos automáticos de segmentação e análise desenvolvidos ao longo deste trabalho podem ser auxiliares preciosos no processo de análise da autenticidade dos documentos, o qual, ate então, é feito manualmente. Apresentam-se ainda os resultados dos estudos feitos às diversas evidências, nomeadamente as performances dos diversos algoritmos analisados, bem como algumas das adversidades encontradas durante o processo. Apresenta-se também uma discussão da metodologia adotada e dos resultados, bem como de propostas de continuação deste trabalho, nomeadamente, a extração de características e a implementação de classificadores capazes aferir da autenticidade dos documentos.

Computational design with flexible backbone sampling for protein remodeling and scaffolding of complex binding sites

Dissertation presented to obtain the Doutoramento (Ph.D.) degree in Biochemistry at the Instituto de Tecnologia Qu mica e Biol ogica da Universidade Nova de Lisboa