Monoclonal antibody to serotype 17 of Neisseria meningitidis and their prevalence in Brazilian States

Neisseria meningitidis are gram-negative diplococci responsible for cases of meningococcal disease all over the world. The epidemic potential of N. meningitidis serogroup B and C is clearly a function of their serotype antigens more than of their capsular polysaccharides. Until recently, hiperimmune sera were used to detect typing antigens on the bacteria. The advent of monoclonal antibodies (MAbs) offered the opportunity to eliminate many of the cross-reactions and have improved the accuracy and reproducibility of meningococcal serotyping. We have produced a MAb to the outer membrane protein of the already existent serotype 17 that have been detected by the use of hiperimmune rabbit sera. The prevalence of this serotype epitope is low in the Brazilian strains. By using the MAb 17 we could not decrease the percentage of nontypeable serogroup C strains. However, there were a decreasing in nontypeable strains to 13% into serogroup B strains and to 25% into the other serogroups.

Transporte marítimo de curta distância na União Europeia e em Portugal

O transporte marítimo sempre assumiu uma importância primordial no transporte, quer de pessoas como de mercadorias. O uso das vias marítimas para o transporte de mercadorias é uma prática utilizada desde os tempos antigos. O transporte marítimo na Europa sempre foi uma forma eficaz e de baixo custo de transportar passageiros e mercadorias de um local para outro. Atualmente, todos os modos de transporte necessitam de melhorar a sua eficiência e reduzir o montante de poluentes que libertam para o meio-ambiente. O transporte marítimo de curta distância (TMCD) é parte essencial no sistema de transporte multimodal Europeu representando cerca de 37% das transações intracomunitárias (tkm). Os resultados alcançados advêm desde que, em 2001, a European Shortsea Network (ESN) em parceria com os Shortsea Promotion Centres (SPC) de cada Estado-Membro da União Europeia (EU) conseguiram efetuar progressos significativos na promoção e desenvolvimento do transporte por esta via. Esta tese de mestrado pretende caraterizar o TMCD na EU e em Portugal e a sua articulação com os outros meios de transporte de mercadorias. Será também analisada a situação Portuguesa ao nível do transporte marítimo de mercadorias fazendo especial relevância à mercadoria contentorizada, às infraestruturas atualmente existentes em Portugal assim como às perspetivas futuras para o setor. A metodologia utilizada inclui a revisão de literatura da investigação efetuada sobre o setor, a recolha de informação primária através do instrumento inquérito e a recolha de informação estatística a partir de fontes secundárias, permitindo a caraterização do setor. O inquérito foi desenvolvido e partilhado com mais de um milhar de empresas a operar em Portugal, nas que se incluem as empresas transportadoras, operadores logísticos, agentes de navegação e as principais empresas exportadoras/importadoras a operar em Portugal, tendo-se obtido 106 respostas válidas. A nível nacional, o inquérito realizado permitiu confirmar que os principais portos logísticos para a movimentação internacional de mercadorias são os portos de Leixões, Lisboa, Sines e Setúbal, estando a maioria das empresas inquiridas localizadas no hinterland destes portos. O inquérito permitiu também concluir que o facto de o transporte rodoviário ser um meio de transporte rápido, de baixo custo para curtas e médias distâncias, de elevada frequência de transporte, de oferecer elevada capacidade e diversos tipos de carga transportada, de oferecer serviços Porta-a-Porta, da elevada flexibilidade e mobilidade oferecida, assim como a rapidez das operações de carga e descarga continuam a contribuir para a elevada competitividade deste modo de transporte de mercadorias, sendo as razões pelo qual este modo é escolhido, pese embora, ser o modo mais poluente por tonelada transportada. Os modos de transporte TMCD e ferroviário apenas são alvo de escolha, como modo de transporte de mercadorias, por parte das empresas mais responsáveis socialmente e ambiental. O inquérito permitiu ainda concluir que, para haver uma melhor articulação entre o TMCD com outros meios de transporte, é necessário que sejam disponibilizados novos serviços, portos e terminais logísticos com serviços privatizados, assim como a redução das tarifas aplicáveis TMCD.

Estudo e análise das redes centradas em conteúdos

A Internet, conforme a conhecemos, foi projetada com base na pilha de protocolos TCP/IP, que foi desenvolvida nos anos 60 e 70 utilizando um paradigma centrado nos endereços individuais de cada máquina (denominado host-centric). Este paradigma foi extremamente bem-sucedido em interligar máquinas através de encaminhamento baseado no endereço IP. Estudos recentes demonstram que, parte significativa do tráfego atual da Internet centra-se na transferência de conteúdos, em vez das tradicionais aplicações de rede, conforme foi originalmente concebido. Surgiram então novos modelos de comunicação, entre eles, protocolos de rede ponto-a-ponto, onde cada máquina da rede pode efetuar distribuição de conteúdo (denominadas de redes peer-to-peer), para melhorar a distribuição e a troca de conteúdos na Internet. Por conseguinte, nos últimos anos o paradigma host-centric começou a ser posto em causa e apareceu uma nova abordagem de Redes Centradas na Informação (ICN - information-centric networking). Tendo em conta que a Internet, hoje em dia, basicamente é uma rede de transferência de conteúdos e informações, porque não centrar a sua evolução neste sentido, ao invés de comunicações host-to-host? O paradigma de Rede Centrada no Conteúdo (CCN - Content Centric Networking) simplifica a solução de determinados problemas de segurança relacionados com a arquitetura TCP/IP e é uma das principais propostas da nova abordagem de Redes Centradas na Informação. Um dos principais problemas do modelo TCP/IP é a proteção do conteúdo. Atualmente, para garantirmos a autenticidade e a integridade dos dados partilhados na rede, é necessário garantir a segurança do repositório e do caminho que os dados devem percorrer até ao seu destino final. No entanto, a contínua ineficácia perante os ataques de negação de serviço praticados na Internet, sugere a necessidade de que seja a própria infraestrutura da rede a fornecer mecanismos para os mitigar. Um dos principais pilares do paradigma de comunicação da CCN é focalizar-se no próprio conteúdo e não na sua localização física. Desde o seu aparecimento em 2009 e como consequência da evolução e adaptação a sua designação mudou atualmente para Redes de Conteúdos com Nome (NNC – Named Network Content). Nesta dissertação, efetuaremos um estudo de uma visão geral da arquitetura CCN, apresentando as suas principais características, quais os componentes que a compõem e como os seus mecanismos mitigam os tradicionais problemas de comunicação e de segurança. Serão efetuadas experiências com o CCNx, que é um protótipo composto por um conjunto de funcionalidades e ferramentas, que possibilitam a implementação deste paradigma. O objetivo é analisar criticamente algumas das propostas existentes, determinar oportunidades, desafios e perspectivas para investigação futura.

Cross-reactivity of antibodies in human infections by the kinetoplastid protozoa Trypanosoma cruzi, Leishmania chagasi and Leishmania (Viannia) braziliensis

We have detected antibodies, in the sera of Chagas disease, Kala-azar and Mucocutaneous leishmaniasis patients, that bind multiple antigens shared between the three causative agents. The Chagas disease sera showed 98 to 100% positive results by ELISA when the Leishmania braziliensis and Leishmania chagasi antigens were used, respectively. The Kala-azar sera showed 100% positive results with Trypanosoma cruzi or L. braziliensis antigens by immunofluorescence assays. The antibodies in the sera of Mucocutaneous leishmaniasis patients showed 100% positive results by ELISA assays with T. cruzi or L. chagasi antigens. Furthermore, the direct agglutination of L. chagasi promastigotes showed that 95% of Kala-azar and 35% of Mucocutaneous leishmaniasis sera agglutinated the parasite in dilutions above 1:512. In contrast, 15% of Chagas sera agglutinated the parasite in dilutions 1:16 and below. Western blot analysis showed that the Chagas sera that formed at least 24 bands with the T. cruzi also formed 13 bands with the L. chagasi and 17 bands with the L. braziliensis. The Kala-azar sera that recognized at least 29 bands with the homologous antigen also formed 14 bands with the T. cruzi and 10 bands with the L. braziliensis antigens. Finally, the Mucocutaneous leishmaniasis sera that formed at least 17 bands with the homologous antigen also formed 10 bands with the T. cruzi and four bands with the L. chagasi antigens. These results indicate the presence of common antigenic determinants in several protozoal proteins and, therefore, explain the serologic cross-reactions reported here.

Depressão : detecção, diagnóstico e tratamento. Estudo de prevalência e despite das perturbações depressivas e tratamento

RESUMO:A depressão clínica é uma patologia do humor, dimensional e de natureza crónica, evoluindo por episódios heterogéneos remitentes e recorrentes, de gravidade variável, correspondendo a categorias nosológicas porventura artificiais mas clinicamente úteis, de elevada prevalência e responsável por morbilidade importante e custos sociais crescentes, calculando-se que em 2020 os episódios de depressão major constituirão, em todo o mundo, a segunda causa de anos de vida com saúde perdidos. Como desejável, na maioria dos países os cuidados de saúde primários são a porta de entrada para o acesso à recepção de cuidados de saúde. Cerca de 50% de todas as pessoas sofrendo de depressão acedem aos cuidados de saúde primários mas apenas uma pequena proporção é correctamente diagnosticada e tratada pelos médicos prestadores de cuidados primários apesar dos tratamentos disponíveis serem muito efectivos e de fácil aplicabilidade. A existência de dificuldades e barreiras a vários níveis – doença, doentes, médicos, organizações de saúde, cultura e sociedade – contribuem para esta generalizada ineficiência de que resulta uma manutenção do peso da depressão que não tem sido possível reduzir através das estratégias tradicionais de organização de serviços. A equipa comunitária de saúde mental e a psiquiatria de ligação são duas estratégias de intervenção com desenvolvimento conceptual e organizacional respectivamente na Psiquiatria Social e na Psicossomática. A primeira tem demonstrado sucesso na abordagem clínica das doenças mentais graves na comunidade e a segunda na abordagem das patologias não psicóticas no hospital geral. Todavia, a efectividade destas estratégias não se tem revelado transferível para o tratamento das perturbações depressivas e outras patologias mentais comuns nos cuidados de saúde primários. Novos modelos de ligação e de trabalho em equipa multidisciplinar têm sido demonstrados como mais eficazes e custo-efectivos na redução do peso da depressão, ao nível da prestação dos cuidados de saúde primários, quando são atinentes com os seguintes princípios estratégicos e organizacionais: detecção sistemática e abordagem da depressão segundo o modelo médico, gestão integrada de doença crónica incluindo a continuidade de cuidados mediante colaboração e partilha de responsabilidades intersectorial, e a aposta na melhoria contínua da qualidade. Em Portugal, não existem dados fiáveis sobre a frequência da depressão, seu reconhecimento e a adequação do tratamento ao nível dos cuidados de saúde primários nem se encontra validada uma metodologia de diagnóstico simples e fiável passível de implementação generalizada. Foi realizado um estudo descritivo transversal com os objectivos de estabelecer a prevalência pontual de depressão entre os utentes dos cuidados de saúde primários e as taxas de reconhecimento e tratamento pelos médicos de família e testar metodologias de despiste, com base num questionário de preenchimento rápido – o WHO-5 – associado a uma breve entrevista estruturada – o IED. Foram seleccionados aleatoriamente 31 médicos de família e avaliados 544 utentes consecutivos, dos 16 aos 90 anos, em quatro regiões de saúde e oito centros de saúde dotados com 219 clínicos gerais. Os doentes foram entrevistados por psiquiatras, utilizando um método padronizado, o SCAN, para diagnóstico de perturbação depressiva segundo os critérios da 10ª edição da Classificação Internacional de Doenças. Apurou-se que 24.8% dos utentes apresentava depressão. No melhor dos cenários, menos de metade destes doentes, 43%, foi correctamente identificada como deprimida pelo seu médico de família e menos de 13% dos doentes com depressão estavam bem medicados com antidepressivo em dose adequada. A aplicação seriada dos dois instrumentos não revelou dificuldades tendo permitido a identificação de pelo menos 8 em cada 10 doentes deprimidos e a exclusão de 9 em cada 10 doentes não deprimidos. Confirma-se a elevada prevalência da patologia depressiva ao nível dos cuidados primários em Portugal e a necessidade de melhorar a capacidade diagnóstica e terapêutica dos médicos de família. A intervenção de despiste, que foi validada, parece adequada para ser aplicada de modo sistemático em Centros de Saúde que disponham de recursos técnicos e organizacionais para o tratamento efectivo dos doentes com depressão. A obtenção da linha de base de indicadores de prevalência, reconhecimento e tratamento das perturbações depressivas nos cuidados de saúde primários, bem como a validação de instrumentos de uso clínico, viabiliza a capacitação do sistema para a produção de uma campanha nacional de educação de grande amplitude como a proposta no Plano Nacional de Saúde 2004-2010.------- ABSTRACT: Clinical depression is a dimensional and chronic affective disorder, evolving through remitting and recurring heterogeneous episodes with variable severity corresponding to clinically useful artificial diagnostic categories, highly prevalent and producing vast morbidity and growing social costs, being estimated that in 2020 unipolar major depression will be the second cause of healthy life years lost all over the world. In most countries, primary care are the entry point for access to health care. About 50% of all individuals suffering from depression within the community reach primary health care but a smaller proportion is correctly diagnosed and treated by primary care physicians though available treatments are effective and easily manageable. Barriers at various levels – pertaining to the illness itself, to patients, doctors, health care organizations, culture and society – contribute to the inefficiency of depression management and pervasiveness of depression burden, which has not been possible to reduce through classical service strategies. Community mental health teams and consultation-liaison psychiatry, two conceptual and organizational intervention strategies originating respectively within social psychiatry and psychosomatics, have succeeded in treating severe mental illness in community and managing non-psychotic disorders in the general hospital. However, these strategies effectiveness has not been replicated and transferable for the primary health care setting treatment of depressive disorders and other common mental pathology. New modified liaison and multidisciplinary team work models have been shown as more efficacious and cost-effective reducing depression burden at the primary care level namely when in agreement with principles such as: systematic detection of depression and approach accordingly to the medical model, chronic llness comprehensive management including continuity of care through collaboration and shared responsibilities between primary and specialized care, and continuous quality improvement. There are no well-founded data available in Portugal for depression prevalence, recognition and treatment adequacy in the primary care setting neither is validated a simple, teachable and implementable recognition and diagnostic methodology for primary care. With these objectives in mind, a cross-sectional descriptive study was performed involving 544 consecutive patients, aged 16-90 years, recruited from the ambulatory of 31 family doctors randomized within the 219 physicians working in eight health centres from four health regions. Screening strategies were tested based on the WHO-5 questionnaire in association with a short structured interview based on ICD-10 criteria. Depression ICD-10 diagnosis was reached according to the gold standard SCAN interview performed by trained psychiatrists. Any depressive disorder ICD-10 diagnosis was present in 24.8% of patients. Through the use of favourable recognition criteria, 43% of the patients were correctly identified as depressed by their family doctor and about 13% of the depressed patients were prescribed antidepressants at an adequate dosage. The serial administration of both instruments – WHO-5 and short structured interview – was feasible, allowing the detection of eight in ten positive cases and the exclusion of nine in ten non-cases. In Portugal, at the primary care level, high depressive disorder prevalence is confirmed as well as the need to improve depression diagnostic and treatment competencies of family doctors. A two-stage screening strategy has been validated and seems adequate for systematic use in health centres where technical and organizational resources for the effective management of depression are made available. These results can be viewed as primary care depressive disorders baseline indicators of prevalence, detection and treatment and, along with clinical useful instruments, the health system is more capacitated for the establishment of a national level large education campaign on depression such as proposed in the National Health Plan 2004-2010.

Conservation GIS: Ontology and spatial reasoning for commonsense knowledge.

Dissertation submitted in partial fulfilment of the requirements for the Degree of Master of Science in Geospatial Technologies.

Computational design with flexible backbone sampling for protein remodeling and scaffolding of complex binding sites

Dissertation presented to obtain the Doutoramento (Ph.D.) degree in Biochemistry at the Instituto de Tecnologia Qu mica e Biol ogica da Universidade Nova de Lisboa

Integração modular em visualizadores médicos e aposição da marcação CE do Dispositivo Médico

Neste documento ´e feita a descrição detalhada da integração modular de um script no software OsiriX. O objectivo deste script ´e determinar o diâmetro central da artéria aorta a partir de uma Tomografia Computorizada. Para tal são abordados conceitos relacionados com a temática do processamento de imagem digital, tecnologias associadas, e.g., a norma DICOM e desenvolvimento de software. Como estudo preliminar, são analisados diversos visualizadores de imagens médica, utilizados para investigação ou mesmo comercializados. Foram realizadas duas implementações distintas do plugin. A primeira versão do plugin faz a invocação do script de processamento usando o ficheiro de estudo armazenado em disco; a segunda versão faz a passagem de dados através de um bloco de memória partilhada e utiliza o framework Java Native Interface. Por fim, é demonstrado todo o processo de aposição da Marcação CE de um dispositivo médico de classe IIa e obtenção da declaração de conformidade por parte de um Organismo Notificado. Utilizaram-se os Sistemas Operativos Mac OS X e Linux e as linguagens de programação Java, Objective-C e Python.

Evaluation of oral mucosal transudate for immunodiagnosis of Chagas´ disease

Anticorpos anti-Trypanosoma cruzi (isotipo IgG) foram detectados no transudato da mucosa oral (TMO) através de um ensaio imunoenzimático. Foram estudados 21 indivíduos com doença de Chagas crônica comprovada através de diagnóstico clínico, eletrocardiográfico, epidemiológico e sorológico: 10 com forma cardíaca, 2 com forma digestiva, 6 com forma mista e 3 com forma assintomática. Sete indivíduos de área endêmica, com sorologia negativa, constituiram o grupo controle. O soro destes grupos foi armazenado a -20 oC. A coleta de TMO de ambos os grupos foi realizada com o dispositivo OraSureâ seguindo orientação do fabricante (OraSureâ , Epitope Inc., Beaverton, OR, USA). As amostras de TMO foram diluídas (1:2) e testadas em duplicata através de um ensaio imunoenzimático da Abbott Laboratories para detectar anticorpos IgG contra doença de Chagas. Vinte dos vinte e um pacientes chagásicos apresentaram densidade óptica acima do limiar de reatividade e foram considerados positivos para doença de Chagas. Nenhuma das amostras provenientes de indivíduos soronegativos foi positiva. A sensibilidade e especificidade foram de 95% e 100%, respectivamente. Estes resultados indicam que TMO poderá ser utilizado como um fluido biológico alternativo para o diagnóstico da doença de Chagas. Nós estamos aumentando o número de indivíduos para validar estes resultados incluindo a análise comparativa entre amostras de TMO e soro.

Hantavirus pulmonary syndrome in Brazil: clinical aspects of three new cases

Hantavirus pulmonary syndrome (HPS) has been recognized recently in Brazil, where 28 cases have been reported as of September 1999. We report here the clinical and laboratory findings of three cases whose diagnoses were confirmed serologically. All the patients were adults who presented a febrile illness with respiratory symptoms that progressed to respiratory failure that required artificial ventilation in two of them. Laboratory findings were most of the time consistent with those reported in the United States in patients infected with the Sin Nombre virus, and included elevated hematocrit and thrombocytopenia; presence of atypical lymphocytes was observed in one patient. The chest radiological findings observed in all the patients were bilateral, diffuse, reticulonodular infiltrates. Two patients died. Histopathological examination of the lungs of these patients revealed interstitial and alveolar edema, alveolar hemorrhage, and mild interstitial pneumonia characterized by infiltrate of immunoblasts and mononuclear cells. In the epidemiologic investigation of one of the cases, serologic (ELISA) tests were positive in 3 (25%) out of 12 individuals who shared the same environmental exposure. HPS should be included in the differential diagnosis of interstitial pneumonia progressing to acute respiratory failure.

Models and tools for value systems analysis in collaborative environments

Dissertation to obtain the degree of Doctor in Electrical and Computer Engineering, specialization of Collaborative Networks

Alteração do paradigma da gestão dos cuidados à pessoa com infecção VIH : um modelo centrado nos cuidados de saúde primários

RESUMO - A infecção por VIH é reconhecida mundialmente como um problema de saúde pública, apesar de todos os esforços e recursos despendidos e dos avanços científicos conseguidos nos últimos anos. Portugal, apesar do registo da diminuição de novos casos de infecção VIH, encontra-se no 4.º lugar (dos países da União Europeia) em termos de incidência de infecção por VIH (dados de 2008). Esta situação, juntamente com a crescente constatação dos custos elevados para o tratamento desta infecção, da variabilidade de práticas e a fragmentação dos cuidados, motivou a reflexão sobre modelos alternativos de organização de cuidados, inspirados em modelos de gestão da doença e idealmente centrados nos cuidados de saúde primários. O presente trabalho teve como objectivos analisar os modelos de organização de cuidados prestados à pessoa com VIH, nos países desenvolvidos, a nível dos cuidados de saúde primários e compreender o nível de adequação dos resultados encontrados, para a realidade portuguesa. Para os alcançar foi realizada uma revisão da literatura e a realização de entrevistas a profissionais de saúde. Nos artigos analisados na revisão da literatura, verificou-se consenso em torno de um modelo baseado em cuidados partilhados, entre os prestadores primários e os diferenciados. Foram ainda referenciados múltiplos factores e condições que terão de ser assegurados para uma possível implementação do modelo. Quanto aos entrevistados verificou-se uma opinião favorável em relação ao modelo de cuidados partilhados, mostrando-se expectantes e despertos para a necessidade de mudança, perspectivando uma maior integração do actual estado de organização dos cuidados para a pessoa com VIH. Estes indícios reflectem a relevância de maior investigação sobre o modelo de cuidados partilhados.

Enterococcus and biocides: mechanisms of tolerance and selection for vancomycin resistance

Dissertation presented to obtain a Doctoral degree in Biology, Instituto de Tecnologia Química e Biológica, Universidade Nova de Lisboa.

Terminology as a sensemaking social tool

Since the middle of the first decade of this century, several authors have announced the dawn of a new Age, following the Information/ Knowledge Age (1970-2005?). We are certainly living in a Shift Age (Houle, 2007), but no standard designation has been broadly adopted so far, and others, such as Conceptual Age (Pink, 2005) or Social Age (Azua, 2009), are only some of the proposals to name current times. Due to the amount of information available nowadays, meaning making and understanding seem to be common features of this new age of change; change related to (i) how individuals and organizations engage with each other, to (ii) the way we deal with technology, to (iii) how we engage and communicate within communities to create meaning, i.e., also social networking-driven changes. The Web 2.0 and the social networks have strongly altered the way we learn, live, work and, of course, communicate. Within all the possible dimensions we could address this change, we chose to focus on language – a taken-for-granted communication tool, used, translated and recreated in personal and geographical variants, by the many users and authors of the social networks and other online communities and platforms. In this paper, we discuss how the Web 2.0, and specifically social networks, have contributed to changes in the communication process and, in bi- or multilingual environments, to the evolution and freeware use of the so called “international language”: English. Next, we discuss some of the impacts and challenges of this language diversity in international communication in the shift age of understanding and social networking, focusing on specialized networks. Then we point out some skills and strategies to avoid babelization and to build meaningful and effective content in mono or multilingual networks, through the use of common and shared concepts and designations in social network environments. For this purpose, we propose a social and collaborative approach to terminology management, as a shared, strategic and sense making tool for specialized communication in Web 2.0 environments.

P System antigenic determiners expression in Ascaris lumbricoides

The P System antigens have been detected in numerous parasites, bacterias and viruses, nevertheless the clinical significance is still unknown. The aim was to study the presence of P1 antigenic determiners in A. lumbricoides extracts by means of the use of 6 different monoclonal antibodies of well-known concentrations and Ig class. We worked with 14 A. lumbricoides extracts. Inhibition Agglutination Test was made in a bromelin enzymatic medium and 4 ºC temperature. Titre, Score and Sensitivity Parameter were determined for each monoclonal antibody against red cells suspension used as revealing system. Ten extracts inhibited the agglutination of all anti P1 monoclonal antibodies. The 4 remaining extracts only inhibited the agglutination of some of them. It is demonstrated that the extracts have P1 activity. This activity is independent of titre, Score, Sensitivity Parameter, concentration and Ig class and it depends on the epitope at which the monoclonal antibody is directed.