Design and analysis of ChIP-Seq experiments for nuclear factor I DNA-binding proteins

SUMMARY : Eukaryotic DNA interacts with the nuclear proteins using non-covalent ionic interactions. Proteins can recognize specific nucleotide sequences based on the sterical interactions with the DNA and these specific protein-DNA interactions are the basis for many nuclear processes, e.g. gene transcription, chromosomal replication, and recombination. New technology termed ChIP-Seq has been recently developed for the analysis of protein-DNA interactions on a whole genome scale and it is based on immunoprecipitation of chromatin and high-throughput DNA sequencing procedure. ChIP-Seq is a novel technique with a great potential to replace older techniques for mapping of protein-DNA interactions. In this thesis, we bring some new insights into the ChIP-Seq data analysis. First, we point out to some common and so far unknown artifacts of the method. Sequence tag distribution in the genome does not follow uniform distribution and we have found extreme hot-spots of tag accumulation over specific loci in the human and mouse genomes. These artifactual sequence tags accumulations will create false peaks in every ChIP-Seq dataset and we propose different filtering methods to reduce the number of false positives. Next, we propose random sampling as a powerful analytical tool in the ChIP-Seq data analysis that could be used to infer biological knowledge from the massive ChIP-Seq datasets. We created unbiased random sampling algorithm and we used this methodology to reveal some of the important biological properties of Nuclear Factor I DNA binding proteins. Finally, by analyzing the ChIP-Seq data in detail, we revealed that Nuclear Factor I transcription factors mainly act as activators of transcription, and that they are associated with specific chromatin modifications that are markers of open chromatin. We speculate that NFI factors only interact with the DNA wrapped around the nucleosome. We also found multiple loci that indicate possible chromatin barrier activity of NFI proteins, which could suggest the use of NFI binding sequences as chromatin insulators in biotechnology applications. RESUME : L'ADN des eucaryotes interagit avec les protéines nucléaires par des interactions noncovalentes ioniques. Les protéines peuvent reconnaître les séquences nucléotidiques spécifiques basées sur l'interaction stérique avec l'ADN, et des interactions spécifiques contrôlent de nombreux processus nucléaire, p.ex. transcription du gène, la réplication chromosomique, et la recombinaison. Une nouvelle technologie appelée ChIP-Seq a été récemment développée pour l'analyse des interactions protéine-ADN à l'échelle du génome entier et cette approche est basée sur l'immuno-précipitation de la chromatine et sur la procédure de séquençage de l'ADN à haut débit. La nouvelle approche ChIP-Seq a donc un fort potentiel pour remplacer les anciennes techniques de cartographie des interactions protéine-ADN. Dans cette thèse, nous apportons de nouvelles perspectives dans l'analyse des données ChIP-Seq. Tout d'abord, nous avons identifié des artefacts très communs associés à cette méthode qui étaient jusqu'à présent insoupçonnés. La distribution des séquences dans le génome ne suit pas une distribution uniforme et nous avons constaté des positions extrêmes d'accumulation de séquence à des régions spécifiques, des génomes humains et de la souris. Ces accumulations des séquences artéfactuelles créera de faux pics dans toutes les données ChIP-Seq, et nous proposons différentes méthodes de filtrage pour réduire le nombre de faux positifs. Ensuite, nous proposons un nouvel échantillonnage aléatoire comme un outil puissant d'analyse des données ChIP-Seq, ce qui pourraient augmenter l'acquisition de connaissances biologiques à partir des données ChIP-Seq. Nous avons créé un algorithme d'échantillonnage aléatoire et nous avons utilisé cette méthode pour révéler certaines des propriétés biologiques importantes de protéines liant à l'ADN nommés Facteur Nucléaire I (NFI). Enfin, en analysant en détail les données de ChIP-Seq pour la famille de facteurs de transcription nommés Facteur Nucléaire I, nous avons révélé que ces protéines agissent principalement comme des activateurs de transcription, et qu'elles sont associées à des modifications de la chromatine spécifiques qui sont des marqueurs de la chromatine ouverte. Nous pensons que lés facteurs NFI interagir uniquement avec l'ADN enroulé autour du nucléosome. Nous avons également constaté plusieurs régions génomiques qui indiquent une éventuelle activité de barrière chromatinienne des protéines NFI, ce qui pourrait suggérer l'utilisation de séquences de liaison NFI comme séquences isolatrices dans des applications de la biotechnologie.

El impacto diferencial del capital social sobre la salud de la población autóctona y los inmigrantes residentes en Cataluña

El fenómeno de la inmigración está transformando las sociedades receptoras. Un creciente número de estudios revela que la reciente inmigración en España es principalmente motivada por razones económicas y por tanto se trata de una población compuesta por gente joven, cualificada y sana. Por otro lado, hay cada vez más evidencia sobre la relevancia del capital social sobre la salud. Nuestro trabajo pretende crear un puente entre la literatura sobre la inmigración y la que relaciona el capital social y la salud. El presente trabajo tiene un doble objetivo. Por un lado, queremos dilucidar la verdadera relación entre el capital social y la salud utilizando por primera vez datos de Cataluña. Por otro lado, pretendemos determinar un posible efecto diferencial del capital social sobre la salud en tres grupos de población, más concretamente, los nacidos en Cataluña, los españoles nacidos fuera de Cataluña y los inmigrantes extranjeros. Utilizamos datos de la Encuesta de Salud de Cataluña 2006, que contiene una muestra representativa del colectivo inmigrante. Los indicadores contextuales provienen de fuentes alternativas. Para determinar la relación entre el capital social y la salud (salud auto-percibida y salud mental, GHQ-12), controlando por otros factores determinantes, estimados modelos multinivel separadamente para las tres muestras poblacionales. Distinguimos entre capital social individual y capital social comunitario. Nuestros resultados revelan que el capital social individual tiene mayor impacto sobre la salud que el capital social comunitario. Sin embargo, independientemente de los indicadores de capital social empleados en el análisis, observamos que el capital social ejerce un efecto beneficioso tanto para la salud física como la salud mental en Cataluña. Además, encontramos que las redes sociales son más importantes para la salud de la población autóctona, que para la salud de los inmigrantes. Creemos que potenciar la acumulación de capital social puede ser un instrumento potencialmente eficaz (y que requiere, en comparación con otras medidas políticas, menos recursos económicos) para la consecución de los objetivos relacionados con la mejora de la salud y la reducción de las desigualdades en salud entre los colectivos de nativos e inmigrantes. Palabras clave: estado de salud, capital social, inmigración

Ad-Pay: Programa de control de bons d'hores

Sistema de fidelització de clients mitjançant bons d’hores que el client anirà recarregant i del que se li descomptaran les feines que se li vagin fent. També ha d’ajudar a assegurar-se el cobrament de les feines realitzades. L’aplicació és capaç de mantenir una cartera de clients amb el seu saldo de bons, fer les imposicions de diners i introduir els albarans de les feines produïdes. També mostra dades interessants perquè el gerent de l’empresa client pugui treure les estadístiques necessàries per explotar al màxim la capacitat de la seva empresa.

Insights into the regulation of two caspase-activating platforms, the inflammasome and the PIDDosome

Résumé: Les organismes multicellulaires ont adopté diverses stratégies pour répondre aux stress auxquels ils sont exposés. Cette étude a exploré deux de ces stratégies l'inflammation en réponse à une invasion par un pathogène, et l'apoptose ou la survie en réponse aux dommages à l'ADN. L'interleukine-lß (IL-lß) est une importante cytokine inflammatoire. Elle est synthétisée sous forme d'un précurseur inactif et nécessite un clivage par la caspase-1 pour être activée. La caspase-1 elle-même est activée dans un complexe appelé inflammasome. Certains NLRs (Nod-like receptors), IPAF et les NALPs, sont capables de former des inflammasomes fonctionnels. Cette étude s'est intéressée au rôle d'un autre NLR structurellement proche, la protéine NAIP, dans la régulation de la caspase-1 et la maturation de l'IL-1 ß. NAIP est incorporé à l'inflammasome contenant NALP3 et est capable d'inhiber l'activation de la caspase-1 et la maturation de l'IL-lß. Cette fonction inhibitrice dépend des ses domaines BIR et est inhibée par ses LRRs. Le mécanisme exact d'inhibition reste à définir et la régulation de l'activation de NAIP est discutée. La deuxième partie de cette étude concerne la protéine PIDD. Cette protéine est impliquée avec RAIDD dans l'activation de la caspase-2, et est aussi capable, avec l'aide de RIP et de NEMO, d'activer NF-κB en réponse aux dommages à l'ADN. Deux isoformes de PIDD ont déjà été décrites dans la littérature, PIDD (isoforme 1) et LRDD (isoforme 2) et une troisième isoforme est rapportée ici. L'étude de l'expression de ces isoformes a montré qu'elles sont exprimées différemment dans les tissus et dans les lignées cellulaires, et que l'isoforme 3 est induite en réponse à un stress génotoxique. La caractérisation fonctionnelle a établi que les trois isoformes sont capables d'activer NF-κB, donc la survie, mais que seule l'isoforme 1 peut interagir avec RAIDD pour activer la caspase-2 et sensibiliser les cellules à la mort induite par un stress génotoxique. Le domaine intermédiaire de PIDD, situé entre le deuxième ZU5 et le DD est essentiel pour l'interaction entre PIDD et RAIDD et l'activation de la caspase-2 qui en découle. En conclusion, l'épissage différentiel de l'ARNm de PIDD permet la production d'au moins trois protéines possédant des fonctions agonistes ou antagonistes et qui peuvent participer au choix cellulaire entre survie et apoptose en réponse aux dommages à l'ADN. Summary: Multicellular organisms have evolved several strategies to cope with the stresses they encounter. The present study has explored two of these strategies: inflammation in response to a pathogenic invasion, and apoptosis or repair/survival in response to DNA damage. Interleukin-lß (IL-lß) is a key mediator of inflammation. It is synthesized as an inactive precursor and requires cleavage by caspase-1 to be activated. caspase-1 itself is activated in molecular platforms called inflammasomes, which can be formed by members of the NOD-like receptors (NLR) family, like IPAF and NALPs. This study has investigated the role of another NLR, the structurally related protein NAIP, in the regulation of caspase-1 activation and IL-lß maturation. An inhibitory role of NAIP on caspase-1 activation and IL-lß maturation was demonstrated, as well as NAIP incorporation in the NALP3 inflammasome. This inhibitory property relies on NAIP BIR domains and is inhibited by NAIP LRRs. The exact mechanism of NAIP-mediated caspase-1 activation remains to be elucidated and the regulation of NAIP activation is discussed. The second part of this study focused on the caspase-2 activating protein PIDD. This protein is known to mediate caspase-2 activation via RAIDD and to signal NF-κB via RIP and NEMO in response to DNA damage. Two isoforms of PIDD, PIDD (isoform 1) and LRDD (isoform 2), have already been reported and a third isoform is described here. Investigation of the expressional regulation of these isoforms indicated that they are differentially expressed in tissues and cell lines, and that isoform 3 mRNA levels are upregulated in response to genotoxic stress. Functional studies demonstrated that all three isoforms can activate NF-κB in response to DNA damage, but only isoform 1 is able to interact with RAIDD and activate caspase-2, sensitizing cells to genotoxic stress-induced cell death. The intermediate domain located between the second ZUS and the DD is essential for the interaction of PIDD and RAIDD and the subsequent caspase-2 activation. Thus the differential splicing of PIDD mRNA leads to the formation of at least thrée proteins with antagonizing/agonizing functions that could participate in determining cell fate in response to DNA damage.

Diseño de filtros transversales mediante el híbrido de 90º

Los filtros de microondas son uno de los elementos clave en el diseño de la mayoría de sistemas de RF que soportan servicios de telecomunicaciones modernos. Algunas de las aplicaciones actuales son, por ejemplo, los nuevos sistemas radar de banda ultra ancha (UWB – Ultra Wide Band) y sistemas de transmisión de servicios multimedia, donde se requieren dimensiones pequeñas del circuito, bajas pérdidas de inserción y una alta selectividad. Una de las tendencias que ha surgido como alternativa a las teorías clásicas de diseño de filtros, es el diseño de filtros basados en técnicas de señales interferentes, conocidos como filtros transversales. En esta memoria es muestra como diseñar un filtro transversal mediante el Híbrido de 90º y mediante el Híbrido de 90º con líneas acopladas, planteando 3 posibles soluciones de la ubicación de las líneas acopladas.

The role of Pten in the Hematopoietic System and the Hematopoietic Stem Cells

Résumé Identification, localisation et activation des cellules souches hématopoiétiques dormantes in vivo Les cellules souches somatiques sont présentes dans la majorité des tissus régénératifs comme la peau, l'épithélium intestinal et le système hématopoiétique. A partir d'une seule cellule, elles ont les capacités de produire d'autres cellules souches du même type (auto-renouvellement) et d'engendrer un ensemble défini de cellules progénitrices différenciées qui vont maintenir ou réparer leur tissu hôte. Les cellules souches adultes les mieux caractérisées sont les cellules souches hématopoiétiques (HSC), localisées dans la moelle osseuse. Un des buts de mon travail de doctorat était de caractériser plus en profondeur la localisation des HSCs endogènes in vivo. Pour ce faire, la technique "label retaining assay", se basant sur la division peu fréquentes et sur la dormance des cellules souches, a été utilisée. Après un marquage des souris avec du BrdU (analogue à l'ADN) suivi d'une longue période sans BrdU, les cellules ayant incorporés le marquage ("label retaining cells" LCRs) ont pu être identifiées dans la moelle osseuse. Ces cellules LCRs étaient enrichies 300 fois en cellules de phenotype HSC et, en utilisant de la cytofluorométrie, il a pu être montré qu'environ 15% de toutes les HSCs d'une souris restent dormantes durant plusieures semaines. Ces HSCs dormantes à long terme ne sont probablement pas impliquées dans la maintenance de 'hématopoièse. Par contre, on assiste à l'activation rapide de ces HSCs dormantes lors d'une blessure, comme une ablation myéloide. Elles re-entrent alors en cycle cellulaire et sont essentielles pour une génération rapide des cellules progénitrices et matures qui vont remplacer les cellules perdues. De plus, la détection des LCRs, combinée avec l'utilisation du marqueur de HSCs c-kit, peut être utilisée pour la localisation des HSCs dormantes présentes dans la paroi endostéale de la cavité osseuse. De manière surprenante, les LCRs c-kit+ ont surtout étés trouvées isolées en cellule unique, suggérant que le micro-environement spécifique entourant et maintenant les HSCs, appelé niche, pourrait être très réduit et abriter une seule HSC par niche. Rôles complexes du gène supresseur de tumeur Pten dans le système hématopoiétique La phosphatase PTEN disparaît dans certains cancers héréditaires ou sporadiques humains, comme les gliomes, les cancers de l'utérus ou du sein. Pten inhibe la voie de signalisation de la PI3-kinase et joue un rôle clé dans l'apoptose, la croissance, la prolifération et la migration cellulaire. Notre but était d'étudier le rôle de Pten dans les HSC normale et durant la formation de leucémies. Pour ce faire, nous avons généré un modèle murin dans lequel le gène Pten peut être supprimé dans les cellules hématopoiétiques, incluant les HSCs. Ceci a été possible en croissant l'allèle conditionnelle ptenflox soit avec le transgène MxCre inductible par l'interféron α soit avec le transgène Scl-CreERt inductible par le tamoxifen. Ceci permet la conversion de l'allèle ptenflox en l'allèle nul PtenΔ dans les HSCs et les autres types cellulaires hématopoiétiques. Les souris mutantes Pten développent une splénomégalie massive causée par une expansion dramatiques de toutes les cellules myéloides. De manière interessante, alors que le nombre de HSCs dans la moelle osseuse diminue progressivement, le nombre des HSCs dans la rate augmente de manière proportionnelle. Etrangement, les analyses de cycle cellulaire ont montrés que Pten n'avait que peu ou pas d'effet sur la dormance des HSCs ou sur leur autorenouvellement. En revanche, une augmentation massive du niveau de la cytokine de mobilisation G-CSF a été détéctée dans le serum sanguin, suggérant que la suppression de Pten stimulerait la mobilisation et la migration des HSC de la moelle osseuse vers la rate. Finallement, la transplantation de moelle osseuse délétée en Pten dans des souris immuno-déficientes montre que Pten fonctionnerait comme un suppresseur de tumeur dans le système hématopoiétique car son absence entraîne la formation rapide de leucémies lymphocytaires. Summary Identification, localization and activation of dormant hematopoietic stun cells in vivo Somatic stem cells are present in most self-renewing tissues including the skin, the intestinal epithelium and the hematopoietic system. On a single cell basis they have the capacity to produce more stem cells of the same phenotype (self-renewal) and to give rise to a defined set of mature differentiated progeny, responsible for the maintenance or repair of the host tissue. The best characterized adult stem cell is the hematopoietic stem cell (HSC) located in the bone marrow. One goal of my thesis work was to further characterize the location of endogenous HSCs in vivo. To do this, a technique called "label retaining assay» was used which takes advantage of the fact that stem cells (including HSCs) divide very infrequently and can be dormant for months. After labeling mice with the DNA analogue BrdU followed by a long BrdU free "chase", BrdU "label retaining cells" (CRCs) could be identified in the bone marrow. These CRCs were 300-fold enriched for phenotypic HSCs and by using flow cytometry analysis it could be shown that about 15% of all HSCs in the mouse are dormant for many weeks. Our results suggest that these long-term dormant HSCs are unlikely to be involved in homeostatic maintenance. However they are rapidly activated and reenter the cell cycle in response to injury signals such as myeloid ablation. In addition, detection of LRCs in combination with the HSC marker c-Kit could be used to locate engrafted dormant HSCs close to the endosteal lining of the bone marrow cavities. Most surprisingly, c-Kit+LRCs were found predominantly as single cells suggesting that the specific stem cell maintaining microenvironment, called niche, has limited space and may house only single HSCs. Complex roles of the tumor suppressor gene Pten in the hematopoietic system. The phosphatase PTEN is lost in hereditary and sporadic forms of human cancers, including gliomas, endometrial and breast cancers. Pten inhibits the PI3-kina.se pathway and plays a key role in apoptosis, cell growth, proliferation and migration. Our aim was to study the role of Pten in normal HSCs and during leukemia formation. To do this, we generated a mouse model in which the Pten gene can be deleted in hematopoietic cells including HSCs. This was achieved by crossing the conditional ptenflox allele with either the interferona inducible MxCre or the tamoxifen inducible Scl-CreERT transgene. This allowed the conversion of the ptenflox allele into a pterr' null allele in HSCs and other hematopoietic cell types. As a result Pten mutant mice developed massive splenomegaly due to a dramatic expansion of all myeloid cells. Interestingly, while the number of bone marrow HSCs progressively decreased, the number of HSCs in the spleen increased to a similar extent. Unexpectedly, extensive cell cycle analysis showed that Pten had little or no effect on HSC dormancy or HSC self-renewal. Instead, dramatically increased levels of the mobilizing cytokine G-CSF were detected in the blood serum suggesting that loss-of Pten stimulates mobilization and migration of HSC from the BM to the spleen. Finally, transplantation of Pten deficient BM cells into immuno-compromised mice showed that Pten can function as a tumor suppressor in the hematopoietic system and that its absence leads to the rapid formation of T cell leukemia.

Movilidad ocupacional de los inmigrantes en una economía de bajas cualificaciones. El caso de España

Esta investigación analiza la movilidad ocupacional de los inmigrantes entre sus países de origen y España, así como sus principales determinantes. La misma se basa en los microdatos de la Encuesta Nacional de Inmigrantes y el uso de una escala de estatus ocupacional de carácter internacional (ISEI). La evidencia muestra que, por lo general, los inmigrantes sufren una fuerte degradación ocupacional en España con respecto a sus países de origen. Ésta se explica en buena medida por la intensa degradación que suelen experimentar al incorporarse al mercado de trabajo español, puesto que la mejora ocupacional asociada a su estancia en nuestro país es limitada. La degradación ocupacional al llegar es mayor para las mujeres, los inmigrantes de mayor nivel educativo y los procedentes de países en desarrollo. La recuperación posterior confirma la hipótesis de una movilidad ocupacional en forma de U profunda para los dos últimos colectivos, mientras que las mujeres padecen mayores dificultades para progresar ocupacionalmente. Residir en España, convalidar estudios extranjeros, aprender castellano y regularizar la situación documental mejoran el estatus ocupacional, pero, excepto en el último caso, de forma lenta. Acceder al primer empleo en España a través de redes informales tiene un efecto negativo sobre el logro ocupacional. Por último, mayor tiempo buscando empleo y una búsqueda de trabajo que incluya la movilidad geográfica se traducen en una mejora ocupacional mayor, mientras que el desempleo tiene un efecto negativo.

Biblioteca Digital de Catalunya: 10 anys d'activitats

El Consorci de Biblioteques Universitàries de Catalunya (CBUC) va ser creat el 1996 amb l'objectiu de fer i mantenir el catàleg col·lectiu de les universitats de Catalunya (CCUC) però aviat va ampliar les seves activitats amb el préstec interbibliotecari i les compres conjuntes d'informació electrònica. Aquesta darrera activitat va iniciar-se a finals de 1997 quan el CBUC va presentar als vicerectors de recerca de les universitats públiques de Catalunya el projecte de comprar bases de dades de manera consorciada. Aquests van estar-hi d'acord i van manifestar el seu interès de que en les compres conjuntes també s'incloguessin revistes electròniques. El CBUC va decidir englobar aquestes activitats sota el nom Biblioteca Digital de Catalunya (BDC) la qual naixia amb la "finalitat de proporcionar un conjunt nuclear comú d'informació electrònica per a la totalitat dels usuaris de les biblioteques del CBUC". A finals de 1998 el projecte de la BDC es va presentar a la Generalitat de Catalunya i es va obtenir un finançament per al projecte que cobria el període 1999-2001. Des de llavors la BDC ha passat per almenys tres fases: Una de formació, 1999-2001, que es va iniciar amb un ajut del llavors Departament d'Universitats, Recerca i Societat de la Informació (DURSI) de la Generalitat de Catalunya, ajut que es va traduir en una inversió de 180.000€/any i que va permetre l'inici de subscripcions conjuntes, principalment bases de dades. Una de creixement, 2002-2004, realitzada a partir d'un increment de l'ajut del DURSI, ajut que s'usa com a "capital llavor" per subscriure de forma especial revistes. En aquest moment la BDC s'amplia a universitats no membres del CBUC. Una d'estabilització, 2005-2009, en la que s'han fet algunes compres per a una part de les universitats (i no per a totes com fins llavors) i s'han iniciat alguns intents d'estendre la BDC a altres institucions de recerca. L'article caracteritza les diferents fases i mostra les causes de la seva evolució. Finalment, s'exposen els principals assoliments de la BDC així com els reptes de futur més immediats.

Genetic survey of "spinturnix sp" (Acari, Mesostigmata) and their bat hosts in Western Palearctic

SUMMARY : The coevolution between two intimately associated organisms, like host and parasite, is a widely investigated theme in evolutionary biology. Recently, the use of genetic data in the study of host-parasite systems evidences that the genetic information from some parasites can complement genetic data from their hosts and thus may help to better understand their host's evolutionary history. Phylogenetic and population genetic aspects of bat parasites have been poorly investigated. Spinturnicid mites are highly specialized ectoparasites, exclusively associated with bats and therefore represent an ideal model to extant our knowledge on bat and parasite biology and on their coevolutionary history. In this thesis, I developed several molecular markers (mitochondrial DNA) to compare the genetic patterns of Spinturnix mites with their bat hosts at different levels. The molecular co-phylogeny between Spinturnix sp. and their bat hosts suggests a partial cospeciation and the occurrence of failure to speciate events and multiple host switches. Thus, Spinturnix mites do not exactly mirror the phylogenetic pattern of their hosts, despite their intimate association. Similar roosting habits of the hosts seem to promote host switches between different species, as far as ecological conditions are favourable. The phylogeographic study of the Maghrebian bat M. punicus in the Mediterranean area confirms the presence of M. punicus in North Africa, Corsica and Sardinia and highlights that islands and mainland are genetically highly divergent. The comparison between the parasitic mite S. myoti and the Maghrebian bat suggests that the phylogeographic pattern of the mite is moulded by its host, with open water as main barrier for host and parasite dispersal. Moreover, the unique presence of a European S. myoti lineage on M. punicus from Corsica strongly suggests the former presence of mouse-eared bats (M. myotis and/or M. blythii) in Corsica. By highlighting the probable presence of a nowadays locally extinct host species, S. myoti may represent a good proxy for inferring complex evolutionary history of bat hosts. Finally, population genetic surveys of S. myoti and S. bechsteinii suggest that these mites benefit from close contacts between individuals during the mating season and/or hibernation to disperse among remote colonies. The contrasted genetic patterns of these two distinct bat-mite systems evidence that bat social structure is a determinant factor of the genetic structure of mite populations. Altogether, this PhD thesis demonstrates the usefulness of parasites to gather information about their bat hosts. In addition, my results illustrate how different ecological and biological characteristics of bat species allow the emergence of a surprising diversity in the genetic patterns of the parasites, which may contribute to the diversification and speciation of parasites. RESUME : La co-évolution entre deux organismes intimement liés, comme un parasite et son hôte, fait partie des questions largement étudiées en biologie évolutive. Récemment, l'utilisation de données génétique dans l'étude des interactions hôte-parasite a montré que l'information génétique de certains parasites peut compléter les données génétiques de l'hôte et ainsi peut éclairer l'histoire évolutive de leur hôte. Très peu études ont étudié les interactions entre les chauves-souris et leurs parasites d'un point de vue moléculaire. Les acariens du genre Spinturnix sont des ectoparasites très spécialisés exclusivement associés aux chauves-souris. Ils représentent donc un model idéal pour élargir nos connaissances tant sur l'écologie des parasites de chauves-souris que sur leur coévolution. Durant cette thèse, plusieurs marqueurs moléculaires (ADN mitochondrial) ont été développés pour ainsi comparer la distribution de la variation génétique des parasites du genre Spinturnix avec celle de leurs hôtes, et ceci à différents niveaux. Tout d'abord, la co-phylogénie moléculaire entre les espèces de Spinturnix et les leurs hôtes révèle une co-spéciation partielle ainsi que la présence d'événement de non spéciation et de transferts horizontaux. Ces parasites ne reflètent donc pas entièrement l'histoire évolutive de leurs hôtes, malgré leurs intimes associations. La cohabitation de plusieurs espèces de chauves-souris dans un même gîte permet aux parasites un transfert entre différentes espèces, atténuant ainsi leur degré de co-spéciation. Deuxièmement, l'étude phylogéographique du marin du Maghreb dans le bassin Méditerranéen confirme sa présence en Afrique du Nord, en Corse et en Sardaigne. La comparaison avec un de ses parasites S. myoti suggère que la répartition génétique de S. myoti est façonnée par celle de leurs hôtes, avec les étendues d'eau comme barrière principale tant à la dispersion de l'hôte que de son parasite. De plus, la présence unique d'une lignée européenne de ces parasites sur des marins du Maghreb de Corse suggère fortement la présence du grand ou petit marin en Corse dans le passé. En reflétant la présence potentielle à un endroit donné d'une espèce de chauve-souris actuellement disparue, S. myoti peut représenter une bonne alternative pour comprendre l'histoire évolutive complexe des chauves-souris. Finalement, l'étude des structures génétiques des populations des parasites S. myoti et S. bechsteinii suggère que les contacts corporels entre chauves-souris durant la saison de reproduction ou l'hibernation peuvent permettre la dispersion des parasites entre des colonies éloignées géographiquement. La différence de structure génétique entre ces deux associations particulières montre que la structure génétique des populations de parasites dépend fortement des traits d'histoire de vie de son hôte. Dans l'ensemble, cette thèse démontre l'importance des parasites pour amener des informations sur leurs hôtes, les chauves-souris. Elle illustre aussi comment les différences écologique et biologique des différentes espèces de chauves-souris peuvent amener une étonnante diversité de structure génétique au sein de populations de parasites, ce qui peut peut-être contribuer à la diversification et à la spéciation des parasites.

Análisis de una iniciativa estudiantil de investigación surgida en Criptogamia, una asignatura optativa de segundo ciclo de Biología = Analysis of a students’ research initiative originating in Cryptogamy, an elective course in the last two years of the Biology degree

Presentamos una experiencia exitosa de aprendizaje que partió de Criptogamia (asignatura optativa de segundo ciclo de Biología), que dio lugar a un proyecto de investigación gestionado por los propios alumnos. La iniciativa se consolidó estableciendo una Asociación de Estudiantes centrada en investigación y divulgación. En poco tiempo, los participantes han presentado comunicaciones científicas, y organizado actividades dirigidas a diversos públicos, dentro y fuera de la comunidad universitaria. Actualmente se plantea una colaboración multidisciplinar con otros organismos de investigación y la extensión de su ámbito de estudio. Abordamos su incidencia en el aprendizaje en varios aspectos: científico (técnicas específicas, rigor, búsqueda de información e interpretación de resultados), comunicativo (estructuración y presentación de la información obtenida, para diversos públicos), y organizativo, incluyendo el trabajo en equipo. Aunque de carácter espontáneo, esta experiencia muestra rasgos evaluables en cuanto a sus posibilidades para otras asignaturas. Analizamos las características y planteamiento de esta optativa, el perfil de sus alumnos, y el contexto universitario que la acoge. Detectamos como factores principales los aspectos participativos de la asignatura, la cohesión del grupo, el carácter voluntario de la implicación, los beneficios percibidos por los estudiantes, y la disponibilidad de recursos humanos (supervisión) y materiales (equipamiento y subvenciones).

Validació i adaptació de l'EuropASI a la població penitenciària catalana (Índex europeu de la severitat de l'addicció)

Aquest treball d'investigació fa una anàlisi de les possibilitats de l’escala EuropASI. Aquest instrument, adaptació europea de l'Addiction Severity Index (ASI), ha demostrat la seva utilitat com a instrument que permet avaluar diferents àrees, assignar als usuaris un tractament i avaluar els canvis produïts per un tractament. També s'han administrat altres proves, com ara la CMR-versió presó i la TECVASP, i s'han recollit diferents variables penitenciàries. En aquesta investigació s'ha fet una revisió dels principals treballs relacionats amb aquest instrument i s'ha utilitzat una mostra de 49 interns dels DAE del Centre Penitenciari Quatre Camins i del Centre Penitenciari Brians 2. Després d'analitzar les dades obtingudes, s'han observat algunes diferències significatives entre els interns del dos DAE que l'EuropASI és capaç de detectar. Les correlacions entre les escales de l'EuropASI indiquen una coherència interna en relació amb les mostres observades. Algunes escales, com ara les d'estat psiquiàtric, relacions familiars i socials i consum d'alcohol i drogues són les que aporten major informació en el global de l'escala. La inclusió de l'escala de l'ASI Criminalitat aporta informació especifica que complementa la resta de les escales. Al treball també s'emfatitzen alguns aspectes relacionats amb l'aplicació i amb la recomanació que les persones que utilitzin aquest instrument tinguin algun tipus de formació, així com algunes propostes relacionades amb l'escala.

Desenvolupament d’un pla operatiu per a la gestió del medicament en els centres penitenciaris

Les drogodependències, la infecció pel VIH-VHC i la tuberculosi, entre d’altres patologies, incideixen actualment de manera molt important en els centres penitenciaris, de manera que han canviat radicalment la sanitat en aquestes institucions en les darreres dues dècades. Les necessitats terapèutiques són diferents i la utilització de fàrmacs a les presons s’ha convertit en més complexa. La població penitenciària ha crescut en els darrers cinc anys més d’un 36% i, d’aquesta manera, ha augmentat la demanda assistencial i en conseqüència la prescripció farmacèutica, amb una corresponent pujada de la despesa en medicaments. Segons la legislació penitenciària general, l’Administració Penitenciària és responsable del control de les malalties transmissibles a les presons, en col·laboració amb l’Administració Sanitària. La gestió dels medicaments, per ser eficaç, ha d’incidir en una sèrie d’elements, com ara la selecció dels medicaments, l’adquisició, la distribució, la dispensació i l’administració, entre d’altres. Els medicaments utilitzats per al tractament de patologies del sistema nerviós són els productes més consumits en el CPHB, amb una major quantitat d’unitats dispensades. Alhora, la despesa d’aquests medicaments suposa aproximadament la meitat de la factura total. La diferència de preus entre especialitats farmacèutiques genèriques i especialitats farmacèutiques de marca evidencia de manera teòrica que la utilització de genèrics pot reduir la despesa total farmacèutica. Els estudis de selecció, adquisició i control de medicaments a centres penitenciaris per part de professionals sanitaris són eines fonamentals i necessàries per a la millora en l’ús de fàrmacs.

Síndrome d'alienació parental (SAP): aproximació al perfil de competències parentals del progenitor alienat: elaboració d'una guia d'exploració tècnica

De l’experiència professional de l’equip del SATAF al llarg dels anys, s’ha constatat que un dels conflictes més recurrents, existents en els procediments contenciosos, és el rebuig filial envers un dels progenitors, habitualment, el no-custodi. Un tipus de rebuig filial és la Síndrome d’Alienació Parental (SAP), descrita per Gardner, inicialment, l’any 1985. A partir dels estudis realitzats d’ençà l’any 2004, aquest grup d’investigació pretén centrar la present recerca en el perfil de competències parentals del progenitor alienat. Paral·lelament, s’ha elaborat una entrevista semiestructurada d’exploració de la SAP. Altrament, també s’ha creat una guia d’observadors per tal d’aconseguir certa operativitat diagnòstica. Els resultats obtinguts han partit d’una anàlisis estadística no-paramètrica, considerant el petit tamany de la mostra. Amb l’anàlisi, es constata que la gravetat de la SAP no manté relació quant a presència d’habilitats parentals en el progenitor alienat. D'altra banda, l’actitud d’aquests progenitors incideix en el manteniment de la Síndrome. Disposar d’eines específiques per a l’avaluació d’aquests casos optimitza i operatitvitza les intervencions amb aquestes famílies.

Estudi comparatiu sobre competències parentals de famílies amb dinàmiques violentes vs. famílies amb dinàmiques no violentes ateses al SATAF

A partir de la recerca pilot "Estudi descriptiu de famílies amb dinàmiques de violència domèstica en un context judicial d'ordre civil" es constatà que la valoració tècnica prioritza de forma clara la consideració de les competències i habilitats parentals d'ambdós progenitors quant a formular propostes relacionals. Tenint en compte l'escassa literatura especialitzada quant a les competències parentals de les famílies sotmeses a dinàmiques de violència a la llar, aquest estudi pretén establir una comparativa entre les competències parentals de les famílies ateses al SATAF de Barcelona durant l'any 2008, que presenten dinàmiques amb continguts violents, vs. d'altres famílies que no queden contextualitzades en la violència relacional. Això respon a l'objectiu de constatar l'existència o no de diferències en els estils de criança d'ambdós tipus de famílies, així com si existeixen divergències associades al gènere. A tal fi s'han emprat el test CUIDA i una graella tècnica heteroaplicada per obtenir una mesura de les competències d'aquestes famílies. Els principals resultats obtinguts han partit d'una anàlisi estadística no-paramètrica, considerant el petit tamany de la mostra. A partir d'aquesta anàlisi es copsen diferències entre ambdós tipus de famílies quant a llurs capacitats parentals, així com s'observen dèficits en les mares i pares provinents de dinàmiques violentes. Així mateix, es conclou la dificultat de mesura de les competències parentals a partir de proves d'autoinforme. Finalment, es suggereix el desenvolupament de programes de recuperació i/o millora específics de la parentalitat orientats a aquests progenitors, per tal d'augmentar els nivells de benestar dels seus fills.

Eficàcia predictiva de l’HCR-20 i del PCL:SV en contexts institucionals

L’estudi es dirigeix a avaluar la capacitat predictiva sobre la violència dels instruments de judici clínic estructurat, amb una metodologia que aporti resultats comparables a estudis de l’àmbit internacional. La investigació es va portar a terme en un hospital civil de salut mental i la mostra està composta per 114 pacients de les unitats de crònics i subaguts. A l’avaluació inicial, l’HCR-20, el PCL:SV i el Protocol 7 van ser els instruments utilitzats per a la recollida d’informació de les variables predictors. La variable depenent o resultat va ser registrada prospectivament per part de l’equip d’infermeria amb un instrument observacional de fàcil ús, el MOAS. Mitjançant índexs de correlació, càlcul de riscos relatius, i anàlisis de regressió logística i corbes ROC va ser possible conèixer que l’HCR-20 i el PCL-SV són mesures vàlides per a la predicció de la violència intrahospitalària en el curt i mig termini en una mostra espanyola de persones amb malaltia mental severa. L’HCR-20 i particularment els ítems clínics van ser els millors predictors de la violència física envers a persones i objectes. Tant la puntuació numèrica de l’HCR-20 com el judici clínic estructurat van demostrar una precisió predictiva alta i comparable a l'obtinguda amb la versió original de l'instrument. El PCL:SV va arribar una precisió predictiva moderada que va anar disminuint al llarg del seguiment. Altres factors de risc com les agressions o la ira prèvies a l’avaluació també van augmentar significativament el risc de violència durant l’any de seguiment.