Surface plasmon resonance as a tool in the functional analisys of an immunodominant site in foot-and-mouth disease virus

A fast and direct surface plasmon resonance (SPR) method for the kinetic analysis of the interactions between peptide antigens and immobilised monoclonal antibodies (mAb) has been established. Protocols have been developed to overcome the problems posed by the small size of the analytes (< 1600 Da). The interactions were well described by a simple 1:1 bimolecular interaction and the rate constants were self-consistent and reproducible. The key features for the accuracy of the kinetic constants measured were high buffer flow rates, medium antibody surface densities and high peptide concentrations. The method was applied to an extensive analysis of over 40 peptide analogues towards two distinct anti-FMDV antibodies, providing data in total agreement with previous competition ELISA experiments. Eleven linear 15-residue synthetic peptides, reproducing all possible combinations of the four replacements found in foot-and-mouth disease virus (FMDV) field isolate C-S30, were evaluated. The direct kinetic SPR analysis of the interactions between these peptides and three anti-site A mAbs suggested additivity in all combinations of the four relevant mutations, which was confirmed by parallel ELISA analysis. The four-point mutant peptide (A15S30) reproducing site A from the C-S30 strain was the least antigenic of the set, in disagreement with previously reported studies with the virus isolate. Increasing peptide size from 15 to 21 residues did not significantly improve antigenicity. Overnight incubation of A15S30 with mAb 4C4 in solution showed a marked increase in peptide antigenicity not observed for other peptide analogues, suggesting that conformational rearrangement could lead to a stable peptide-antibody complex. In fact, peptide cyclization clearly improved antigenicity, confirming an antigenic reversion in a multiply substituted peptide. Solution NMR studies of both linear and cyclic versions of the antigenic loop of FMDV C-S30 showed that structural features previously correlated with antigenicity were more pronounced in the cyclic peptide. Twenty-six synthetic peptides, corresponding to all possible combinations of five single-point antigenicity-enhancing replacements in the GH loop of FMDV C-S8c1, were also studied. SPR kinetic screening of these peptides was not possible due to problems mainly related to the high mAb affinities displayed by these synthetic antigens. Solution affinity SPR analysis was employed and affinities displayed were generally comparable to or even higher than those corresponding to the C-S8c1 reference peptide A15. The NMR characterisation of one of these multiple mutants in solution showed that it had a conformational behaviour quite similar to that of the native sequence A15 and the X-ray diffraction crystallographic analysis of the peptide ? mAb 4C4 complex showed paratope ? epitope interactions identical to all FMDV peptide ? mAb complexes studied so far. Key residues for these interactions are those directly involved in epitope ? paratope contacts (141Arg, 143Asp, 146His) as well as residues able to stabilise a particular peptide global folding. A quasi-cyclic conformation is held up by a hydrophobic cavity defined by residues 138, 144 and 147 and by other key intrapeptide hydrogen bonds, delineating an open turn at positions 141, 142 and 143 (corresponding to the Arg-Gly-Asp motif).

A bot spooler architecture to integrate virtual worlds with e-learning management systems for corporate training

Joining efforts of academic and corporate teams, we developed an integration architecture - MULTIS - that enables corporate e-learning managers to use a Learning Management System (LMS) for management of educational activities in virtual worlds. This architecture was then implemented for the Formare LMS. In this paper we present this architecture and concretizations of its implementation for the Second Life Grid/OpenSimulator virtual world platforms. Current systems are focused on activities managed by individual trainers, rather than groups of trainers and large numbers of trainees: they focus on providing the LMS with information about educational activities taking place in a virtual world and/or being able to access within the virtual world some of the information stored in the LMS, and disregard the streamlining of activity setup and data collection in multi-trainer contexts, among other administrative issues. This architecture aims to overcome the limitations of existing systems for organizational management of corporate e-learning activities.

Contributo para o estabelecimento de níveis de referência de diagnóstico em equipamentos de TC multidetectores

Actualmente a Tomografia Computorizada (TC) é um dos métodos de diagnóstico por imagem que tem uma maior contribuição para a dose de radiação X recebida pelos pacientes. Pretende-se com este estudo avaliar as doses praticadas em TC e contribuir para o estabelecimento de Níveis de Referência de Diagnóstico (NRD) na região da Grande Lisboa, Portugal. Foram efectuadas medições de dose em 5 equipamentos de TC multidetectores, considerando o abdómen como área anatómica de interesse. Recorreu-se a uma câmara de ionização e a um fantoma para obter o índice de dose de TC (CTDI) e o produto dose-comprimento (DLP), que permitem determinar os NRD. Estes valores foram comparados com os NRD propostos pela Guideline Europeia e com os estudos desenvolvidos em outros países, como o Reino Unido, Grécia e Taiwan. Os resultados revelaram que os valores de NRD obtidos neste estudo (16,7 mGy para o CTDIvol e 436,5 mGy·cm para o DLP) são discrepantes relativamente à Guideline Europeia (±50%), mas muito próximos relativamente aos NRD estabelecidos nos países considerados. Estes valores podem ser eventualmente explicados pelos equipamentos em análise e pela utilização de protocolos de exame adoptados pelos profissionais de Radiologia nas instituições analisadas. ABSTRACT - Nowadays Computed Tomography (CT) is one of the imaging techniques which have a large contribution to radiation dose received by patients. The purpose of this study is to evaluate CT doses and contribute to the establishment of Diagnostic Reference Levels (DRL) in Lisbon, Portugal. Dose measurements on 5 multidetector CT scanners have been performed, considering the abdomen as the anatomic region of interest. All measurements were performed using an ionization chamber and a phantom to obtain the index CT dose (CTDI) and the dose-length product (DLP), which are used to determine DRL. These values were compared not only with European reference dose values but also with DRL studies developed in other countries like United Kingdom, Greece and Taiwan. The results revealed that DRL values obtained in this study (CTDIvol is 16,7 mGy and DLP is 436,5 mGy·cm) have a higher discrepancy to European Guideline (±50%), while the DRL´s of other countries are nearest to values obtained in this study. Those differences may be eventually explained by the type of the evaluated equipments but also by the exam protocols used by the Radiology professionals on the analyzed institutions.

Avaliação dos sistemas WiMAX e GSM-R para ambientes ferroviários

Com este trabalho pretende-se estudar o desempenho das tecnologias GSM-R e WiMAX em ambientes ferroviários. Este tipo de estudo tem uma importância elevada devido grande interesse na reestruturação dos sistemas de comunicações vocacionados para aplicações ferroviárias. Estes sistemas são cada vez mais complexos, apresentando níveis mais elevados de exigência, como a segurança, suporte de sinalização, tráfego ferroviário e interoperabilidade entre sistemas de diferentes países. Com tudo isto é necessário explorar e conhecer o comportamento de diversas tecnologias para este tipo de aplicações. Neste trabalho foi efectuado um primeiro estudo abrangendo a tecnologia WiMAX (Norma IEEE 802.16d) em ambientes interiores de edifícios, de forma a estudar o seu comportamento com e sem linha de vista e em proximidade e afastamento da estação base. Este estudo foi conclusivo quanto há não adequação desta tecnologia em ambientes ferroviários, visto ter sido observado que em situações de ausência de linha de vista a degradação da qualidade do sinal não conseguiria suportar os níveis de exigência necessários para a aplicação do mesmo em ambientes ferroviários. Analisou-se em segundo lugar a tecnologia GSM-R, onde se efectuou um estudo de campo em ambientes reais. Para o estudo desta tecnologia foram utilizados ambientes diversificados de forma a obter um estudo mais aprofundado do seu comportamento. Como objectivo têm-se a criação de melhores métodos de planeamento, mais vocacionados para as características específicas dos ambientes ferroviários e exigências das aplicações dos sistemas de comunicações ferroviários. Através deste estudo foi possível obter conclusões relativamente à variação da potência do sinal para as diversas condições e ambientes de propagação a que o sistema GSM-R foi sujeito, tendo sido possível também caracterizar o tipo de ambientes característicos das linhas ferroviárias. Foi possível também concluir que este tipo de sistemas consegue responder aos níveis de exigência e aplicações dos sistemas de comunicação ferroviários, trazendo uma mais-valia relativamente aos existentes actualmente a nível nacional.

Sistemas de informação: message integration bus

O trabalho apresentado por este documento aborda os problemas que advêm da necessidade de integração de aplicações, desenvolvidas em diferentes instantes no tempo, por diferentes equipas de trabalho, que para enriquecer os processos de negócio necessitam de comunicar entre si. A integração das aplicações tem de ser feita de forma opaca para estas, sendo disponibilizada por uma peça de software genérica, robusta e sem custos para as equipas desenvolvimento, na altura da integração. Esta integração tem de permitir que as aplicações comuniquem utilizando os protocolos que desejarem. Este trabalho propõe um middleware orientado a mensagens como solução para o problema identificado. A solução apresentada por este trabalho disponibiliza a comunicação entre aplicações que utilizam diferentes protocolos, permite ainda o desacoplamento temporal, espacial e de sincronismo na comunicação das aplicações. A implementação da solução tem base num sistema publish/subscribe orientado ao conteúdo e tem de lidar com as maiores exigências computacionais que este tipo de sistema acarta, sendo que a utilização deste se justifica com o enriquecimento da semântica de subscrição de eventos. Esta implementação utiliza uma arquitectura semi-distribuída, com o objectivo de aumentar a escalabilidade do sistema. A utilização da arquitectura semi-distribuída implica que a implementação da solução tem de lidar com o encaminhamento de eventos e divulgação das subscrições, pelos vários servidores de eventos. A implementação da solução disponibiliza garantias de persistência, processamento transaccional e tolerância a falhas, assim como transformação de eventos entre os diversos protocolos. A extensibilidade da solução é conseguida à custa de um sistema de pluggins que permite a adição de suporte a novos protocolos de comunicação. Os protocolos suportados pela implementação final do trabalho são RestMS e TCP.

Distribuição de vídeo sobre uma rede IEEE 802.11n

A recente norma IEEE 802.11n oferece um elevado débito em redes locais sem fios sendo por isso esperado uma adopção massiva desta tecnologia substituindo progressivamente as redes 802.11b/g. Devido à sua elevada capacidade esta recente geração de redes sem fios 802.11n permite um crescimento acentuado de serviços audiovisuais. Neste contexto esta dissertação procura estudar a rede 802.11n, caracterizando o desempenho e a qualidade associada a um serviço de transmissão de vídeo, recorrendo para o efeito a uma arquitectura de simulação da rede 802.11n. Desta forma é caracterizado o impacto das novas funcionalidades da camada MAC introduzidas na norma 801.11n, como é o caso da agregação A-MSDU e A-MPDU, bem como o impacto das novas funcionalidades da camada física como é o caso do MIMO; em ambos os casos uma optimização da parametrização é realizada. Também se verifica que as principais técnicas de codificação de vídeo H.264/AVC para optimizar o processo de distribuição de vídeo, permitem optimizar o desempenho global do sistema de transmissão. Aliando a optimização e parametrização da camada MAC, da camada física, e do processo de codificação, é possível propor um conjunto de configurações que permitem obter o melhor desempenho na qualidade de serviço da transmissão de conteúdos de vídeo numa rede 802.11n. A arquitectura de simulação construída nesta dissertação é especificamente adaptada para suportar as técnicas de agregação da camada MAC, bem como para suportar o encapsulamento em protocolos de rede que permitem a transmissão dos pacotes de vídeo RTP, codificados em H.264/AVC.

Autenticação de vídeo H.264/AVC

Hoje em dia, há cada vez mais informação audiovisual e as transmissões ou ficheiros multimédia podem ser partilhadas com facilidade e eficiência. No entanto, a adulteração de conteúdos vídeo, como informação financeira, notícias ou sessões de videoconferência utilizadas num tribunal, pode ter graves consequências devido à importância desse tipo de informação. Surge então, a necessidade de assegurar a autenticidade e a integridade da informação audiovisual. Nesta dissertação é proposto um sistema de autenticação de vídeo H.264/Advanced Video Coding (AVC), denominado Autenticação de Fluxos utilizando Projecções Aleatórias (AFPA), cujos procedimentos de autenticação, são realizados ao nível de cada imagem do vídeo. Este esquema permite um tipo de autenticação mais flexível, pois permite definir um limite máximo de modificações entre duas imagens. Para efectuar autenticação é utilizada uma nova técnica de autenticação de imagens, que combina a utilização de projecções aleatórias com um mecanismo de correcção de erros nos dados. Assim é possível autenticar cada imagem do vídeo, com um conjunto reduzido de bits de paridade da respectiva projecção aleatória. Como a informação de vídeo é tipicamente, transportada por protocolos não fiáveis pode sofrer perdas de pacotes. De forma a reduzir o efeito das perdas de pacotes, na qualidade do vídeo e na taxa de autenticação, é utilizada Unequal Error Protection (UEP). Para validação e comparação dos resultados implementou-se um sistema clássico que autentica fluxos de vídeo de forma típica, ou seja, recorrendo a assinaturas digitais e códigos de hash. Ambos os esquemas foram avaliados, relativamente ao overhead introduzido e da taxa de autenticação. Os resultados mostram que o sistema AFPA, utilizando um vídeo com qualidade elevada, reduz o overhead de autenticação em quatro vezes relativamente ao esquema que utiliza assinaturas digitais e códigos de hash.

Optimização dos protocolos de reconstrução em imagens TC de AVC isquémico agudo: projecto

Mestrado de Radiações aplicadas às Tecnologias da Saúde. Área de especialização: Imagem Digital com Radiação X.

Deformação miocárdica em atletas de diferentes modalidades – Um estudo por 2D Speckle Tracking: projecto de investigação

Mestrado em Tecnologia de Diagnóstico e Intervenção Cardiovascular. Área de Especialização: Ultrassonografia Cardiovascular

Medições de dose no cristalino e na tiróide em tomografia computorizada: projecto

Mestrado em Radiações Aplicadas às Tecnologias da Saúde. Área de especialização: Protecção Contra Radiações

Avaliação da dose absorvida na tiróide, em cintigrafias com 123I e Na99mTcO4 utilizando modelos biocinéticos e métodos de Monte Carlo

Mestrado em Radiações Aplicadas às Tecnologias da Saúde. Área de especialização: Protecção contra Radiações

Estudo descritivo da unidade de cuidados intensivos e intermédios respiratórios do Hospital Clínico - Barcelona

Este estudo tem como objectivo descrever a Unidade de cuidados intensivos e intermédios respiratórios do Hospital Clínico em Barcelona de forma a caracterizá-la tanto ao nível de recursos materiais e humanos como em termos de protocolos usados. Esta unidade é considerada uma das melhores da Europa, dispondo da mais alta tecnologia, desenvolvendo protocolos baseados na evidência de forma a reduzir ao máximo a taxa de mortalidade neste local. O staff médico sempre em constante actualização, trabalhando muito no campo da investigação. Por outro lado, a fisioterapia integrante no Instituto Clínico do Tórax realiza menos investigação investindo mais no tratamento de doentes não intubados, tendo como técnicas de eleição posicionamento, mobilização, expiração forçada e hidratação oral. Em relação à VNI, muitos dos estudos referentes a este tema foram realizados pelo staff médico deste Hospital. O staff de fisioterapia é responsável pela adaptação da VNI nos pacientes hipercápnicos. Em conclusão, o número e tempo limitado de fisioterapeutas na unidade não contribuem para a aplicação de novas técnicas que requerem a intervenção de dois fisioterapeutas. Palavras-chave: unidade de cuidados intensivos respiratórios, unidade de cuidados intermédios respiratórios, VNI, papel dos fisioterapeutas respiratórios.

Validação do dispositivo automático de medição da pressão arterial, OMRON® M6 Comfort, segundo o Protocolo Internacional da Sociedade Europeia de Hipertensão (2010)

Introdução – A medição da pressão arterial (PA), utilizando dispositivos automáticos, é frequentemente realizada na prática clínica e na automedição, permitindo adquirir informação fiável para o diagnóstico, controlo e tratamento da hipertensão arterial. Porém, muitos dos dispositivos automáticos disponíveis no mercado não estão validados segundo protocolos existentes para o efeito. O objetivo do estudo foi confirmar a validação do dispositivo de medição automática da PA, OMRON® M6 Comfort, segundo o Protocolo Internacional da European Society of Hypertension (ESH), de 2010, para a validação de dispositivos de medição automática da PA em adultos. Metodologia – Foram estudados 33 indivíduos, aos quais foram realizadas 9 medições sequenciais da PA, no braço esquerdo, com um esfignomanómetro aneróide alternando com o dispositivo automático. Seguidamente avaliaram-se as diferenças entre os valores obtidos pelos dispositivos para a pressão arterial sistólica (PAS) e diastólica (PAD), classificando-as em três níveis (≤ 5, ≤ 10 ou ≤ 15 mmHg). O número das diferenças em cada nível foi comparado ao requerido pelo Protocolo (fase 1.1). Para cada sujeito foi ainda determinado o número de diferenças com valores ≤ 5 mmHg. Pelo menos 24 dos 33 indivíduos devem ter 2 ou 3 diferenças com valores ≤ 5 mmHg e no máximo 3 dos 33 indivíduos podem apresentar as 3 diferenças com valores > 5 mmHg (fase 1.2). Resultados – O dispositivo OMRON® M6 Comfort foi aprovado nas fases 1.1 e 1.2 para a PAS e PAD. A média das diferenças entre as medições da PA, determinada pelos dispositivos automático e manual, foi de -0,82 ± 5,62 mmHg para a PAS e 2,14 ± 5,15 mmHg para a PAD. Considerações Finais – O dispositivo OMRON® M6 Comfort é válido para a medição da PA em adultos, de acordo com o Protocolo Internacional da ESH, de 2010. - ABSTRACT - Introduction – The measurement of blood pressure (BP) using automatic devices is often performed in clinical practice and self-measurement allowing the acquisition of reliable information for the diagnosis, monitoring and treatment of hypertension. However not all of the automated devices available in the market are validated in accordance with the existing protocols for this purpose. The purpose of this study was to confirm the validation of the automatic measuring device of the BP, OMRON® M6 Comfort, according to the “European Society of Hypertension International Protocol revision 2010 for the validation of blood pressure measuring devices in adults”. Methodology – The study involved 33 subjects, in each one of them, 9 sequential measurements of BP were performed, in the left arm, with the aneroid sphygmomanometer alternating with the automatic device. Afterwards, the differences on the values obtained by the different devices were evaluated, for systolic blood pressure (SBP) and diastolic (DBP), and these differences were then classified into three levels (≤ 5, ≤ 10 or ≤ 15 mmHg). The number of differences at each level was compared to the number required by the protocol (phase 1.1). For each subject the number of differences with values ≤ 5 mmHg was also determined. At least 24 of the 33 subjects should have 2 or 3 differences with values ≤ 5 mmHg and a maximum of 3 of the 33 subjects may have all differences with values > 5 mmHg (phase 1.2). Results – The device OMRON M6 Comfort ® was approved in phases 1.1 and 1.2 for SBP and DBP. The average difference between measurements of BP, as determined by automatic and manual devices, was -0.82 ± 5.62 mmHg for SBP and 2.14 ± 5.15 mmHg for DBP. Conclusion – The device OMRON M6 Comfort® is valid for measuring BP in adults, according to the ESH International Protocol of 2010.

Otimização da imagem em tomografia computorizada no exame de tórax

Mestrado em Radiações Aplicadas às Tecnologias da Saúde. Área de especialização: Imagem Digital.

IGRT com CBCT: o impacto na precisão em radioterapia

Mestrado em Radiações Aplicadas às Tecnologias da Saúde.