Metodología para la asignación de vehículos de una flota a rutas preestablecidas

En general, la distribución de una flota de vehículos que recorre rutas fijas no se realiza completamente en base a criterios objetivos, primando otros aspectos más difícilmente cuantificables. El análisis apropiado debería tener en consideración la variabilidad existente entre las diferentes rutas dentro de una misma ciudad para así determinar qué tecnología es la que mejor se adapta a las características de cada itinerario. Este trabajo presenta una metodología para optimizar la asignación de una flota de vehículos a sus rutas, consiguiendo reducir el consumo y las emisiones contaminantes. El método propuesto está organizado según el siguiente procedimiento: - Registro de las características cinemáticas de los vehículos que recorren un conjunto representativo de rutas. - Agrupamiento de las líneas en conglomerados de líneas similares empleando un algoritmo jerárquico que optimice el índice de semejanza entre rutas obtenido mediante contraste de hipótesis de las variables representativas. - Generación de un ciclo cinemático específico para cada conglomerado. - Tipificación de variables macroscópicas que faciliten la clasificación de las restantes líneas utilizando una red neuronal entrenada con la información recopilada en las rutas medidas. - Conocimiento de las características de la flota disponible. - Disponibilidad de un modelo que estime, según la tecnología del vehículo, el consumo y las emisiones asociados a las variables cinemáticas de los ciclos. - Desarrollo de un algoritmo de reasignación de vehículos que optimice una función objetivo dependiente de las emisiones. En el proceso de optimización de la flota se plantean dos escenarios de gran trascendencia en la evaluación ambiental, consistentes en minimizar la emisión de dióxido de carbono y su impacto como gas de efecto invernadero (GEI), y alternativamente, la producción de nitróxidos, por su influencia en la lluvia ácida y en la formación de ozono troposférico en núcleos urbanos. Además, en ambos supuestos se introducen en el problema restricciones adicionales para evitar que las emisiones de las restantes sustancias superen los valores estipulados según la organización de la flota actualmente realizada por el operador. La metodología ha sido aplicada en 160 líneas de autobús de la EMT de Madrid, conociéndose los datos cinemáticos de 25 rutas. Los resultados indican que, en ambos supuestos, es factible obtener una redistribución de la flota que consiga reducir significativamente la mayoría de las sustancias contaminantes, evitando que, en contraprestación, aumente la emisión de cualquier otro contaminante. ABSTRACT In general, the distribution of a fleet of vehicles that travel fixed routes is not usually implemented on the basis of objective criteria, thus prioritizing on other features that are more difficult to quantify. The appropriate analysis should consider the existing variability amongst the different routes within the city in order to determine which technology adapts better to the peculiarities of each itinerary. This study proposes a methodology to optimize the allocation of a fleet of vehicles to the routes in order to reduce fuel consumption and pollutant emissions. The suggested method is structured in accordance with the following procedure: - Recording of the kinematic characteristics of the vehicles that travel a representative set of routes. - Grouping of the lines in clusters of similar routes by utilizing a hierarchical algorithm that optimizes the similarity index between routes, which has been previously obtained by means of hypothesis contrast based on a set of representative variables. - Construction of a specific kinematic cycle to represent each cluster of routes. - Designation of macroscopic variables that allow the classification of the remaining lines using a neural network trained with the information gathered from a sample of routes. - Identification and comprehension of the operational characteristics of the existing fleet. - Availability of a model that evaluates, in accordance with the technology of the vehicle, the fuel consumption and the emissions related with the kinematic variables of the cycles. - Development of an algorithm for the relocation of the vehicle fleet by optimizing an objective function which relies on the values of the pollutant emissions. Two scenarios having great relevance in environmental evaluation are assessed during the optimization process of the fleet, these consisting in minimizing carbon dioxide emissions due to its impact as greenhouse gas (GHG), and alternatively, the production of nitroxides for their influence on acid rain and in the formation of tropospheric ozone in urban areas. Furthermore, additional restrictions are introduced in both assumptions in order to prevent that emission levels for the remaining substances exceed the stipulated values for the actual fleet organization implemented by the system operator. The methodology has been applied in 160 bus lines of the EMT of Madrid, for which kinematic information is known for a sample consisting of 25 routes. The results show that, in both circumstances, it is feasible to obtain a redistribution of the fleet that significantly reduces the emissions for the majority of the pollutant substances, while preventing an alternative increase in the emission level of any other contaminant.

Experimental and numerical assessment of the aeroelastic stability of blade pair packages

The stabilizing effect of grouping rotor blades in pairs has been assessed both, numerically and experimentally. The bending and torsion modes of a low aspect ratio high speed turbine cascade tested in the non-rotating test facility at EPFL (Ecole Polytechnique Fédérale de Lausanne) have been chosen as the case study. The controlled vibration of 20 blades in travelling wave form was performed by means of an electromagnetic excitation system, enabling the adjustement of the vibration amplitude and inter blade phase at a given frequency. Unsteady pressure transducers located along the blade mid-section were used to obtain the modulus and phase of the unsteady pressure caused by the airfoil motion. The stabilizing effect of the torsion mode was clearly observed both in the experiments and the simulations, however the effect of grouping the blades in pairs in the minimum damping at the tested frequency was marginal in the bending mode. A numerical tool was validated using the available experimental data and then used to extend the results at lower and more relevant reduced frequencies. It is shown that the stabilizing effect exists for the bending and torsion modes in the frequency range typical of low-pressure turbines. It is concluded that the stabilizing effect of this configuration is due to the shielding effect of the pressure side of the airfoil that defines the passage of the pair on the suction side of the same passage, since the relative motion between both is null. This effect is observed both in the experiments and simulations.

Comportamiento del paciente de la clínica dental. Modelo basado en la percepción de la calidad del servicio y fidelización del paciente

Esta tesis doctoral propone un modelo de comportamiento del paciente de la clínica dental, basado en la percepción de la calidad del servicio (SERVQUAL), la fidelización del paciente, acciones de Marketing Relacional y aspectos socioeconómicos relevantes, de los pacientes de clínicas dentales. En particular, el estudio de campo se lleva a cabo en el ámbito geográfico de la Comunidad de Madrid, España, durante los años 2012 y 2013. La primera parte del proceso de elaboración del modelo está basada en la recolección de datos. Para ello, se realizaron cinco entrevistas a expertos dentistas y se aplicaron dos tipos encuestas diferentes: una para el universo formado por el conjunto de los pacientes de las clínicas dentales y la otra para el universo formado el conjunto de los dentistas de las clínicas dentales de la Comunidad de Madrid. Se obtuvo muestras de: 200 encuestas de pacientes y 220 encuestas de dentistas activos colegiados en el Ilustre Colegio Oficial de Odontólogos y Estomatólogos de la I Región Madrid. En la segunda parte de la elaboración del modelo, se realizó el análisis de los datos, la inducción y síntesis del modelo propuesto. Se utilizó la metodología de modelos gráficos probabilísticos, específicamente, una Red Bayesiana, donde se integraron variables (nodos) y sus dependencias estadísticas causales (arcos dirigidos), que representan el conocimiento obtenido de los datos recopilados en las encuestas y el conocimiento derivado de investigaciones precedentes en el área. Se obtuvo una Red Bayesiana compuesta por 6 nodos principales, de los cuales dos de ellos son nodos de observación directa: “Revisit Intention” y “SERVQUAL”, y los otros cuatro nodos restantes son submodelos (agrupaciones de variables), estos son respectivamente: “Attitudinal”, “Disease Information”, “Socioeconomical” y “Services”. Entre las conclusiones principales derivadas del uso del modelo, como herramientas de inferencia y los análisis de las entrevistas realizadas se obtiene que: (i) las variables del nodo “Attitudinal” (submodelo), son las más sensibles y significativas. Al realizarse imputaciones particulares en las variables que conforman el nodo “Attitudinal” (“RelationalMk”, “Satisfaction”, “Recommendation” y “Friendship”) se obtienen altas probabilidades a posteriori en la fidelidad del paciente de la clínica dental, medida por su intención de revisita. (ii) En el nodo “Disease Information” (submodelo) se destaca la relación de dependencia causal cuando se imputa la variable “Perception of disease” en “SERVQUAL”, demostrando que la percepción de la gravedad del paciente condiciona significativamente la percepción de la calidad del servicio del paciente. Como ejemplo destacado, si se realiza una imputación en la variable “Clinic_Type” se obtienen altas probabilidades a posteriori de las variables “SERVQUAL” y “Revisit Intention”, lo que evidencia, que el tipo de clínica dental influye significativamente en la percepción de la calidad del servicio y en la fidelidad del paciente (intención de revisita). (iii) En el nodo “Socioeconomical” (submodelo) la variable “Sex” resultó no ser significativa cuando se le imputaban diferentes valores, por el contrario, la variable “Age” e “Income” mostraban altas variabilidades en las probabilidades a posteriori cuando se imputaba alguna variable del submodelo “Services”, lo que evidencia, que estas variables condicionan la intención de contratar servicios (“Services”), sobretodo en las franjas de edad de 30 a 51 años en pacientes con ingresos entre 3000€ y 4000€. (iv) En el nodo “Services” (submodelo) los pacientes de las clínicas dentales mostraron altas probabilidades a priori para contratar servicios de fisiotrapia oral y gingival: “Dental Health Education” y “Parking”. (v) Las variables de fidelidad del paciente medidas desde su perspectiva comportamental que fueron utilizadas en el modelo: “Visit/year” “Time_clinic”, no aportaron información significativa. Tampoco, la variable de fidelidad del cliente (actitudinal): “Churn Efford”. (vi) De las entrevistas realizadas a expertos dentistas se obtiene que, los propietarios de la clínica tradicional tienen poca disposición a implementar nuevas estrategias comerciales, debido a la falta de formación en la gestión comercial y por falta de recursos y herramientas. Existe un rechazo generalizado hacia los nuevos modelos de negocios de clínicas dentales, especialmente en las franquicias y en lo que a políticas comerciales se refiere. Esto evidencia una carencia de gerencia empresarial en el sector. Como líneas futuras de investigación, se propone profundizar en algunas relaciones de dependencia (causales) como SERVQUALServices; SatisfactionServices; RelationalMKServices, Perception of diseaseSatisfaction, entre otras. Así como, otras variables de medición de la fidelidad comportamental que contribuyan a la mejora del modelo, como por ej. Gasto del paciente y rentabilidad de la visita. ABSTRACT This doctoral dissertation proposes a model of the behavior of the dental-clinic customer, based on the service-quality perception (SERVQUAL), loyalty, Relational Marketing and some relevant socio-economical characteristics, of the dental-clinic customers. In particular, the field study has been developed in the geographical region of Madrid, Spain during the years 2012 and 2013. The first stage of the preparation of the model consist in the data gathering process. For this purpose, five interviews where realized to expert dentists and also two different types of surveys: one for the universe defined by the set of dental-clinic patients and the second for the universe defined by the set of the dentists of the dental clinics of the Madrid Community. A sample of 200 surveys where collected for patients and a sample of 220 surveys where collected from active dentists belonging to the Ilustre Colegio Oficial de Odontólogos y Estomatólogos de la I Región Madrid. In the second stage of the model preparation, the processes of data-analysis, induction and synthesis of the final model where performed. The Graphic Probabilistic Models methodology was used to elaborate the final model, specifically, a Bayesian Network, where the variables (nodes) and their statistical and causal dependencies where integrated and modeled, representing thus, the obtained knowledge from the data obtained by the surveys and the scientific knowledge derived from previous research in the field. A Bayesian Net consisting on six principal nodes was obtained, of which two of them are directly observable: “Revisit Intention” y “SERVQUAL”, and the remaining four are submodels (a grouping of variables). These are: “Attitudinal”, “Disease Information”, “Socioeconomical” and “Services”. The main conclusions derived from the model, as an inference tool, and the analysis of the interviews are: (i) the variables inside the “Attitudinal” node are the most sensitive and significant. By making some particular imputations on the variables that conform the “Attitudinal” node (“RelationalMk”, “Satisfaction”, “Recommendation” y “Friendship”), high posterior probabilities (measured in revisit intention) are obtained for the loyalty of the dental-clinic patient. (ii) In the “Disease Information” node, the causal relation between the “Perception of disease” and “SERVQUAL” when “Perception of disease” is imputed is highlighted, showing that the perception of the severity of the patient’s disease conditions significantly the perception of service quality. As an example, by imputing some particular values to the “Clinic_Type” node high posterior probabilities are obtained for the “SERVQUAL” variables and for “Revisit Intention” showing that the clinic type influences significantly in the service quality perception and loyalty (revisit intention). (iii) In the “Socioeconomical” variable, the variable “Sex” showed to be non-significant, however, the “Age” variable and “Income” show high variability in its posterior probabilities when some variable from the “Services” node where imputed, showing thus, that these variables condition the intention to buy new services (“Services”), especially in the age range from 30 to 50 years in patients with incomes between 3000€ and 4000€. (iv) In the “Services” submodel the dental-clinic patients show high priors to buy services such as oral and gingival therapy, Dental Health Education and “Parking” service. (v) The obtained loyalty measures, from the behavioral perspective, “Visit/year” and “Time_clinic”, do not add significant information to the model. Neither the attitudinal loyalty component “Churn Efford”. (vi) From the interviews realized to the expert dentists it is observed that the owners of the traditional clinics have a low propensity to apply new commercial strategies due to a lack of resources and tools. In general, there exists an opposition to new business models in the sector, especially to the franchise dental model. All of this evidences a lack in business management in the sector. As future lines of research, a deep look into some statistical and causal relations is proposed, such as: SERVQUALServices; SatisfactionServices; RelationalMKServices, Perception of diseaseSatisfaction, as well as new measurement variables related to attitudinal loyalty that contribute to improve the model, for example, profit per patient and per visit.

Contributions to Speech Analytics based on Speech Recognition and Topic Identification

La última década ha sido testigo de importantes avances en el campo de la tecnología de reconocimiento de voz. Los sistemas comerciales existentes actualmente poseen la capacidad de reconocer habla continua de múltiples locutores, consiguiendo valores aceptables de error, y sin la necesidad de realizar procedimientos explícitos de adaptación. A pesar del buen momento que vive esta tecnología, el reconocimiento de voz dista de ser un problema resuelto. La mayoría de estos sistemas de reconocimiento se ajustan a dominios particulares y su eficacia depende de manera significativa, entre otros muchos aspectos, de la similitud que exista entre el modelo de lenguaje utilizado y la tarea específica para la cual se está empleando. Esta dependencia cobra aún más importancia en aquellos escenarios en los cuales las propiedades estadísticas del lenguaje varían a lo largo del tiempo, como por ejemplo, en dominios de aplicación que involucren habla espontánea y múltiples temáticas. En los últimos años se ha evidenciado un constante esfuerzo por mejorar los sistemas de reconocimiento para tales dominios. Esto se ha hecho, entre otros muchos enfoques, a través de técnicas automáticas de adaptación. Estas técnicas son aplicadas a sistemas ya existentes, dado que exportar el sistema a una nueva tarea o dominio puede requerir tiempo a la vez que resultar costoso. Las técnicas de adaptación requieren fuentes adicionales de información, y en este sentido, el lenguaje hablado puede aportar algunas de ellas. El habla no sólo transmite un mensaje, también transmite información acerca del contexto en el cual se desarrolla la comunicación hablada (e.g. acerca del tema sobre el cual se está hablando). Por tanto, cuando nos comunicamos a través del habla, es posible identificar los elementos del lenguaje que caracterizan el contexto, y al mismo tiempo, rastrear los cambios que ocurren en estos elementos a lo largo del tiempo. Esta información podría ser capturada y aprovechada por medio de técnicas de recuperación de información (information retrieval) y de aprendizaje de máquina (machine learning). Esto podría permitirnos, dentro del desarrollo de mejores sistemas automáticos de reconocimiento de voz, mejorar la adaptación de modelos del lenguaje a las condiciones del contexto, y por tanto, robustecer al sistema de reconocimiento en dominios con condiciones variables (tales como variaciones potenciales en el vocabulario, el estilo y la temática). En este sentido, la principal contribución de esta Tesis es la propuesta y evaluación de un marco de contextualización motivado por el análisis temático y basado en la adaptación dinámica y no supervisada de modelos de lenguaje para el robustecimiento de un sistema automático de reconocimiento de voz. Esta adaptación toma como base distintos enfoque de los sistemas mencionados (de recuperación de información y aprendizaje de máquina) mediante los cuales buscamos identificar las temáticas sobre las cuales se está hablando en una grabación de audio. Dicha identificación, por lo tanto, permite realizar una adaptación del modelo de lenguaje de acuerdo a las condiciones del contexto. El marco de contextualización propuesto se puede dividir en dos sistemas principales: un sistema de identificación de temática y un sistema de adaptación dinámica de modelos de lenguaje. Esta Tesis puede describirse en detalle desde la perspectiva de las contribuciones particulares realizadas en cada uno de los campos que componen el marco propuesto: _ En lo referente al sistema de identificación de temática, nos hemos enfocado en aportar mejoras a las técnicas de pre-procesamiento de documentos, asimismo en contribuir a la definición de criterios más robustos para la selección de index-terms. – La eficiencia de los sistemas basados tanto en técnicas de recuperación de información como en técnicas de aprendizaje de máquina, y específicamente de aquellos sistemas que particularizan en la tarea de identificación de temática, depende, en gran medida, de los mecanismos de preprocesamiento que se aplican a los documentos. Entre las múltiples operaciones que hacen parte de un esquema de preprocesamiento, la selección adecuada de los términos de indexado (index-terms) es crucial para establecer relaciones semánticas y conceptuales entre los términos y los documentos. Este proceso también puede verse afectado, o bien por una mala elección de stopwords, o bien por la falta de precisión en la definición de reglas de lematización. En este sentido, en este trabajo comparamos y evaluamos diferentes criterios para el preprocesamiento de los documentos, así como también distintas estrategias para la selección de los index-terms. Esto nos permite no sólo reducir el tamaño de la estructura de indexación, sino también mejorar el proceso de identificación de temática. – Uno de los aspectos más importantes en cuanto al rendimiento de los sistemas de identificación de temática es la asignación de diferentes pesos a los términos de acuerdo a su contribución al contenido del documento. En este trabajo evaluamos y proponemos enfoques alternativos a los esquemas tradicionales de ponderado de términos (tales como tf-idf ) que nos permitan mejorar la especificidad de los términos, así como también discriminar mejor las temáticas de los documentos. _ Respecto a la adaptación dinámica de modelos de lenguaje, hemos dividimos el proceso de contextualización en varios pasos. – Para la generación de modelos de lenguaje basados en temática, proponemos dos tipos de enfoques: un enfoque supervisado y un enfoque no supervisado. En el primero de ellos nos basamos en las etiquetas de temática que originalmente acompañan a los documentos del corpus que empleamos. A partir de estas, agrupamos los documentos que forman parte de la misma temática y generamos modelos de lenguaje a partir de dichos grupos. Sin embargo, uno de los objetivos que se persigue en esta Tesis es evaluar si el uso de estas etiquetas para la generación de modelos es óptimo en términos del rendimiento del reconocedor. Por esta razón, nosotros proponemos un segundo enfoque, un enfoque no supervisado, en el cual el objetivo es agrupar, automáticamente, los documentos en clusters temáticos, basándonos en la similaridad semántica existente entre los documentos. Por medio de enfoques de agrupamiento conseguimos mejorar la cohesión conceptual y semántica en cada uno de los clusters, lo que a su vez nos permitió refinar los modelos de lenguaje basados en temática y mejorar el rendimiento del sistema de reconocimiento. – Desarrollamos diversas estrategias para generar un modelo de lenguaje dependiente del contexto. Nuestro objetivo es que este modelo refleje el contexto semántico del habla, i.e. las temáticas más relevantes que se están discutiendo. Este modelo es generado por medio de la interpolación lineal entre aquellos modelos de lenguaje basados en temática que estén relacionados con las temáticas más relevantes. La estimación de los pesos de interpolación está basada principalmente en el resultado del proceso de identificación de temática. – Finalmente, proponemos una metodología para la adaptación dinámica de un modelo de lenguaje general. El proceso de adaptación tiene en cuenta no sólo al modelo dependiente del contexto sino también a la información entregada por el proceso de identificación de temática. El esquema usado para la adaptación es una interpolación lineal entre el modelo general y el modelo dependiente de contexto. Estudiamos también diferentes enfoques para determinar los pesos de interpolación entre ambos modelos. Una vez definida la base teórica de nuestro marco de contextualización, proponemos su aplicación dentro de un sistema automático de reconocimiento de voz. Para esto, nos enfocamos en dos aspectos: la contextualización de los modelos de lenguaje empleados por el sistema y la incorporación de información semántica en el proceso de adaptación basado en temática. En esta Tesis proponemos un marco experimental basado en una arquitectura de reconocimiento en ‘dos etapas’. En la primera etapa, empleamos sistemas basados en técnicas de recuperación de información y aprendizaje de máquina para identificar las temáticas sobre las cuales se habla en una transcripción de un segmento de audio. Esta transcripción es generada por el sistema de reconocimiento empleando un modelo de lenguaje general. De acuerdo con la relevancia de las temáticas que han sido identificadas, se lleva a cabo la adaptación dinámica del modelo de lenguaje. En la segunda etapa de la arquitectura de reconocimiento, usamos este modelo adaptado para realizar de nuevo el reconocimiento del segmento de audio. Para determinar los beneficios del marco de trabajo propuesto, llevamos a cabo la evaluación de cada uno de los sistemas principales previamente mencionados. Esta evaluación es realizada sobre discursos en el dominio de la política usando la base de datos EPPS (European Parliamentary Plenary Sessions - Sesiones Plenarias del Parlamento Europeo) del proyecto europeo TC-STAR. Analizamos distintas métricas acerca del rendimiento de los sistemas y evaluamos las mejoras propuestas con respecto a los sistemas de referencia. ABSTRACT The last decade has witnessed major advances in speech recognition technology. Today’s commercial systems are able to recognize continuous speech from numerous speakers, with acceptable levels of error and without the need for an explicit adaptation procedure. Despite this progress, speech recognition is far from being a solved problem. Most of these systems are adjusted to a particular domain and their efficacy depends significantly, among many other aspects, on the similarity between the language model used and the task that is being addressed. This dependence is even more important in scenarios where the statistical properties of the language fluctuates throughout the time, for example, in application domains involving spontaneous and multitopic speech. Over the last years there has been an increasing effort in enhancing the speech recognition systems for such domains. This has been done, among other approaches, by means of techniques of automatic adaptation. These techniques are applied to the existing systems, specially since exporting the system to a new task or domain may be both time-consuming and expensive. Adaptation techniques require additional sources of information, and the spoken language could provide some of them. It must be considered that speech not only conveys a message, it also provides information on the context in which the spoken communication takes place (e.g. on the subject on which it is being talked about). Therefore, when we communicate through speech, it could be feasible to identify the elements of the language that characterize the context, and at the same time, to track the changes that occur in those elements over time. This information can be extracted and exploited through techniques of information retrieval and machine learning. This allows us, within the development of more robust speech recognition systems, to enhance the adaptation of language models to the conditions of the context, thus strengthening the recognition system for domains under changing conditions (such as potential variations in vocabulary, style and topic). In this sense, the main contribution of this Thesis is the proposal and evaluation of a framework of topic-motivated contextualization based on the dynamic and non-supervised adaptation of language models for the enhancement of an automatic speech recognition system. This adaptation is based on an combined approach (from the perspective of both information retrieval and machine learning fields) whereby we identify the topics that are being discussed in an audio recording. The topic identification, therefore, enables the system to perform an adaptation of the language model according to the contextual conditions. The proposed framework can be divided in two major systems: a topic identification system and a dynamic language model adaptation system. This Thesis can be outlined from the perspective of the particular contributions made in each of the fields that composes the proposed framework: _ Regarding the topic identification system, we have focused on the enhancement of the document preprocessing techniques in addition to contributing in the definition of more robust criteria for the selection of index-terms. – Within both information retrieval and machine learning based approaches, the efficiency of topic identification systems, depends, to a large extent, on the mechanisms of preprocessing applied to the documents. Among the many operations that encloses the preprocessing procedures, an adequate selection of index-terms is critical to establish conceptual and semantic relationships between terms and documents. This process might also be weakened by a poor choice of stopwords or lack of precision in defining stemming rules. In this regard we compare and evaluate different criteria for preprocessing the documents, as well as for improving the selection of the index-terms. This allows us to not only reduce the size of the indexing structure but also to strengthen the topic identification process. – One of the most crucial aspects, in relation to the performance of topic identification systems, is to assign different weights to different terms depending on their contribution to the content of the document. In this sense we evaluate and propose alternative approaches to traditional weighting schemes (such as tf-idf ) that allow us to improve the specificity of terms, and to better identify the topics that are related to documents. _ Regarding the dynamic language model adaptation, we divide the contextualization process into different steps. – We propose supervised and unsupervised approaches for the generation of topic-based language models. The first of them is intended to generate topic-based language models by grouping the documents, in the training set, according to the original topic labels of the corpus. Nevertheless, a goal of this Thesis is to evaluate whether or not the use of these labels to generate language models is optimal in terms of recognition accuracy. For this reason, we propose a second approach, an unsupervised one, in which the objective is to group the data in the training set into automatic topic clusters based on the semantic similarity between the documents. By means of clustering approaches we expect to obtain a more cohesive association of the documents that are related by similar concepts, thus improving the coverage of the topic-based language models and enhancing the performance of the recognition system. – We develop various strategies in order to create a context-dependent language model. Our aim is that this model reflects the semantic context of the current utterance, i.e. the most relevant topics that are being discussed. This model is generated by means of a linear interpolation between the topic-based language models related to the most relevant topics. The estimation of the interpolation weights is based mainly on the outcome of the topic identification process. – Finally, we propose a methodology for the dynamic adaptation of a background language model. The adaptation process takes into account the context-dependent model as well as the information provided by the topic identification process. The scheme used for the adaptation is a linear interpolation between the background model and the context-dependent one. We also study different approaches to determine the interpolation weights used in this adaptation scheme. Once we defined the basis of our topic-motivated contextualization framework, we propose its application into an automatic speech recognition system. We focus on two aspects: the contextualization of the language models used by the system, and the incorporation of semantic-related information into a topic-based adaptation process. To achieve this, we propose an experimental framework based in ‘a two stages’ recognition architecture. In the first stage of the architecture, Information Retrieval and Machine Learning techniques are used to identify the topics in a transcription of an audio segment. This transcription is generated by the recognition system using a background language model. According to the confidence on the topics that have been identified, the dynamic language model adaptation is carried out. In the second stage of the recognition architecture, an adapted language model is used to re-decode the utterance. To test the benefits of the proposed framework, we carry out the evaluation of each of the major systems aforementioned. The evaluation is conducted on speeches of political domain using the EPPS (European Parliamentary Plenary Sessions) database from the European TC-STAR project. We analyse several performance metrics that allow us to compare the improvements of the proposed systems against the baseline ones.

Clasificación de tráfico de Internet mediante análisis de datos

Poder clasificar de manera precisa la aplicación o programa del que provienen los flujos que conforman el tráfico de uso de Internet dentro de una red permite tanto a empresas como a organismos una útil herramienta de gestión de los recursos de sus redes, así como la posibilidad de establecer políticas de prohibición o priorización de tráfico específico. La proliferación de nuevas aplicaciones y de nuevas técnicas han dificultado el uso de valores conocidos (well-known) en puertos de aplicaciones proporcionados por la IANA (Internet Assigned Numbers Authority) para la detección de dichas aplicaciones. Las redes P2P (Peer to Peer), el uso de puertos no conocidos o aleatorios, y el enmascaramiento de tráfico de muchas aplicaciones en tráfico HTTP y HTTPS con el fin de atravesar firewalls y NATs (Network Address Translation), entre otros, crea la necesidad de nuevos métodos de detección de tráfico. El objetivo de este estudio es desarrollar una serie de prácticas que permitan realizar dicha tarea a través de técnicas que están más allá de la observación de puertos y otros valores conocidos. Existen una serie de metodologías como Deep Packet Inspection (DPI) que se basa en la búsqueda de firmas, signatures, en base a patrones creados por el contenido de los paquetes, incluido el payload, que caracterizan cada aplicación. Otras basadas en el aprendizaje automático de parámetros de los flujos, Machine Learning, que permite determinar mediante análisis estadísticos a qué aplicación pueden pertenecer dichos flujos y, por último, técnicas de carácter más heurístico basadas en la intuición o el conocimiento propio sobre tráfico de red. En concreto, se propone el uso de alguna de las técnicas anteriormente comentadas en conjunto con técnicas de minería de datos como son el Análisis de Componentes Principales (PCA por sus siglas en inglés) y Clustering de estadísticos extraídos de los flujos procedentes de ficheros de tráfico de red. Esto implicará la configuración de diversos parámetros que precisarán de un proceso iterativo de prueba y error que permita dar con una clasificación del tráfico fiable. El resultado ideal sería aquel en el que se pudiera identificar cada aplicación presente en el tráfico en un clúster distinto, o en clusters que agrupen grupos de aplicaciones de similar naturaleza. Para ello, se crearán capturas de tráfico dentro de un entorno controlado e identificando cada tráfico con su aplicación correspondiente, a continuación se extraerán los flujos de dichas capturas. Tras esto, parámetros determinados de los paquetes pertenecientes a dichos flujos serán obtenidos, como por ejemplo la fecha y hora de llagada o la longitud en octetos del paquete IP. Estos parámetros serán cargados en una base de datos MySQL y serán usados para obtener estadísticos que ayuden, en un siguiente paso, a realizar una clasificación de los flujos mediante minería de datos. Concretamente, se usarán las técnicas de PCA y clustering haciendo uso del software RapidMiner. Por último, los resultados obtenidos serán plasmados en una matriz de confusión que nos permitirá que sean valorados correctamente. ABSTRACT. Being able to classify the applications that generate the traffic flows in an Internet network allows companies and organisms to implement efficient resource management policies such as prohibition of specific applications or prioritization of certain application traffic, looking for an optimization of the available bandwidth. The proliferation of new applications and new technics in the last years has made it more difficult to use well-known values assigned by the IANA (Internet Assigned Numbers Authority), like UDP and TCP ports, to identify the traffic. Also, P2P networks and data encapsulation over HTTP and HTTPS traffic has increased the necessity to improve these traffic analysis technics. The aim of this project is to develop a number of techniques that make us able to classify the traffic with more than the simple observation of the well-known ports. There are some proposals that have been created to cover this necessity; Deep Packet Inspection (DPI) tries to find signatures in the packets reading the information contained in them, the payload, looking for patterns that can be used to characterize the applications to which that traffic belongs; Machine Learning procedures work with statistical analysis of the flows, trying to generate an automatic process that learns from those statistical parameters and calculate the likelihood of a flow pertaining to a certain application; Heuristic Techniques, finally, are based in the intuition or the knowledge of the researcher himself about the traffic being analyzed that can help him to characterize the traffic. Specifically, the use of some of the techniques previously mentioned in combination with data mining technics such as Principal Component Analysis (PCA) and Clustering (grouping) of the flows extracted from network traffic captures are proposed. An iterative process based in success and failure will be needed to configure these data mining techniques looking for a reliable traffic classification. The perfect result would be the one in which the traffic flows of each application is grouped correctly in each cluster or in clusters that contain group of applications of similar nature. To do this, network traffic captures will be created in a controlled environment in which every capture is classified and known to pertain to a specific application. Then, for each capture, all the flows will be extracted. These flows will be used to extract from them information such as date and arrival time or the IP length of the packets inside them. This information will be then loaded to a MySQL database where all the packets defining a flow will be classified and also, each flow will be assigned to its specific application. All the information obtained from the packets will be used to generate statistical parameters in order to describe each flow in the best possible way. After that, data mining techniques previously mentioned (PCA and Clustering) will be used on these parameters making use of the software RapidMiner. Finally, the results obtained from the data mining will be compared with the real classification of the flows that can be obtained from the database. A Confusion Matrix will be used for the comparison, letting us measure the veracity of the developed classification process.

Acompañando e intensificando la información entrante en el explorar generativo

Los llamados procesos creativos en general, y los del proyectar arquitectónico en particular, mantienen aproximaciones hacia el objeto centradas principalmente en el procedimiento, es decir, en lo estratégico, lo metodológico o/y lo paradigmático. En ellas, además, el potencial de información no suele ser completo ni contemplado o, si lo ha sido, de manera inconciente, o referido de nuevo a lo procedimental. Igualmente, se centra el interés de estas aproximaciones, o en el objeto propuesto o resultado, o en lo procesal, pero sin atender a su constitución, es decir, a la información misma. Por tanto, y como reclama la física, la base constituyente informacional de estas aproximaciones, no ha sido considerada hasta ahora, ni se ha intentado sistematizar. Junto a esta omisión, estos acercamientos no permiten que cada humano configure de manera autónoma, independiente e íntegramente su propio proceso pues, los comentados procedimientos, están apoyados en marcos contextuales, culturales o/y procesales, reflejando así una orientación limitada en espacio-tiempo. Es así que se propone una potencia, o “aquellas cualidades poseídas por las cosas en cuya virtud éstas son totalmente impasibles o inmutables, o no se dejan cambiar fácilmente…”, según la define Aristóteles en “Metafísica”, como la posibilidad de, a la vez, aludir a un abanico informacional completo y apuntar hacia la íntegra elaboración de un proceso personal propio. Desde lo informacional, que a su vez es energético dependiendo de la disciplina científica considerada, se diferencian, en primer lugar, unos atributos o términos mínimos, que son unas potencias que compendian el abanico informacional completo. Es decir, son mínimos máximos. Estos atributos forman la fase cualitativa de la información a la que se llama acompañamiento. En segundo lugar, y apoyado tanto en el funcionamiento cerebral, en el espacio-tiempo cuántico, como en los nuevos experimentos e investigaciones de la biología, la física y la neurociencia en especial, se abren líneas nuevas para acceder a la información, antes contemplada de manera lineal, local y como entidad separada. Por ello, esta segunda aproximación presenta una potencia de intensificación de datos, que permite un aumento de los mismos en el cerebro y, por ello, la posibilidad de evitar el problema del “papel en blanco”. A esta fase se la nombra promoción. En tercer lugar, ambas fases constituyen la generación como propuesta de tesis, siendo la misma un cambio de cualquier tipo en el que alguien es agente de algo, específicamente, cuando un humano es mediador entre sucesos. Fusionando ambas, se añade simultáneamente una con-formación potencial global, que es sinérgicamente más que la suma de las dos anteriores. De esta manera agrupadora, y con objeto de materializar y sistematizar ahora esta generación o potencia, se presenta una puesta en práctica. Para ello, se desarrolla un modelo analítico-geométrico-paramétrico y se expone su aplicación en dicho caso práctico. Además, dicho modelo presenta un funcionamiento autorreferido u holográfico, reflejando tanto a los estudios científicos revisados, como al propio funcionamiento de los atributos o/y de todas las potencias que se presentan en esta investigación. ABSTRACT Generally speaking the so-called creative processes, and particularly those of the architectural design, keep approaches into the object oriented mainly in the process, so to speak, into the strategical, the methodological and/ or into the paradigmatic. In addition, they don’t usually take into account the potential of information neither in a complete manner nor even contemplated or, if considered, worked out unconsciously, or referred back to the procedural. Similarly, the interest of these approaches is focused either in the proposed object or the output, or in the processual, but leaving their constituent out, being it the information itself. Therefore, as physics is claiming nowadays, the constituent core of these approaches have neither been taken into account so far, nor tried to systematize. Along with this omission, these approaches do not allow each human being to set up autonomously, independently and entirely her/ his own process, because the mentioned procedures are supported by contextual, cultural and/ or procedural frameworks, reflecting then a perspective limited in space-time. Thus a potency is proposed, or "those qualities possessed by things under which they are totally impassive or immutable, or are not easily changed...", as defined by Aristotle in "Metaphysics", as the possibility to, and at the same time, alluding to a full informational range and point out to a whole development of an own personal process. From the informational stand, which in turn is energetic depending on the scientific discipline considered, it is distinguished, in the first place, a minimum set of attributes or terms, which are potencies that summarize the full informational range. That is, they are maximum minimums. These attributes build up the qualitative phase of the information being called accompaniment. Secondly, and supported in the brain functioning, in quantum space-time, as in new experiments and research carried out by biology, physics and neuroscience especially, new lines to access information are being opened, being contemplated linearly, locally and as a detached entity before. Thus, this second approach comes up with a potency of data`s intensifying that allows an increase in the brain thereof and, therefore, the possibility of avoiding the problem of "the blank paper". Promotion is how this phase is appointed. In the third place, both phases form the generation as the dissertation proposal, being it a change of any kind in which someone is the agent of something, specifically, when a human being is the mediator in between events. Fusing both of them, a global potential formation-with is added simultaneously, which is synergistically greater than the sum of the previous two. In this grouping way, and now in order to materialize and systemize this generation or potency, an implementation is displayed. To this end, an analytical-geometrical-parametrical model is developed and put into practice as a case study. In addition, this model features a self-referral or holographic functioning, being aligned to both scientific reviewed studies, and the very functioning either of the attributes and/ or all the potencies that are introduced in this research.

El color en la transfiguración del espacio: un estudio empírico de los dispositivos de transformación y configuración

La presente investigación analiza la capacidad del color de cualificar los espacios y propone una clasificación que ordene los diferentes dispositivos que actúan en este proceso. El objetivo de esta tesis es describir estos dispositivos estableciéndolos como parte inequívoca de cualquier proceso desencadenado por la presencia del binomio luz y color. El color ha sido objeto de estudio y experimentación a lo largo de la historia, en todas las artes y las distintas disciplinas relacionadas con la física, la percepción y la interacción. De este modo se realiza una aproximación teórica e histórica al color desde puntos de vista interdisciplinares, para llegar a comprender el modo en el que el color se acaba separando de la forma para pasar a formar parte de la configuración del espacio. Con el propósito de alcanzar este objetivo, se ha realizado un recorrido a través de diferentes teorías y manifestaciones artísticas realizadas en torno al color a lo largo de la Historia, para encontrar las claves de la relación del color con el espacio. Tomando de base este primer acercamiento al tema, se realiza un estudio empírico exhaustivo con modelos físicos con el fin de aislar los dispositivos que intervienen el este proceso en el que el color se pone en relación con el espacio; se analiza su variación a medida que fluctúan las características de los elementos que desencadenan los dispositivos. El objetivo es descubrir un orden, una taxonomía, que permita interpretar cualquier transformación producida por el color en el espacio. Posteriormente, se verifica la validez de esta clasificación estudiando siete espacios modelo en los que el color transfigura el espacio mediante la activación conjunta de varios de los dispositivos analizados. Se ha elegido este grupo de siete espacios debido a que, al tomarlos como suma, sus interiores engloban todos los fenómenos encontrados en el análisis previo. El conjunto de los dispositivos que actúan en cada espacio forma un sistema único e irrepetible que tiene que ver con su transfiguración espacial mediante la luz y el color. Estos sistemas constituyen parte de la génesis propia de cada espacio a través de una secuencia de dispositivos de transformación y configuración espacial que lo hace singular. Los dispositivos clasificados en esta investigación se encuentran en cualquier espacio en el que intervengan la luz y el color, agrupándose secuencialmente en sistemas determinados que cualifican el espacio arquitectónico. ABSTRACT This research analyzes the ability of the colour to qualify the spaces and proposes a classification to arrange the different devices that act in this process. The aim of this thesis is to describe these devices, unequivocally established as part of any process triggered by the presence of light and color pairing. Colour has been the subject of study and experimentation throughout history, in all the arts and disciplines related to physics, perception and interaction. Thus a theoretical and historical approach to the colour is developed from interdisciplinary points of view, in order to understand the way that colour separates from the form and is part of the space configuration. With the purpose of reaching this target, there has been a journey through the artistic movements and theories on colour throughout history, seeking for the key points of its relation with the space. Based on these first intuitions as a starting point, an exhaustive empirical study is made with physical models with the purpose of isolating the devices that participate in this process where colour is related with the space as well as analyzing their variation to the extent that the characteristics of the elements which cause them fluctuate. The objective is to discover an order, a taxonomy that allows to performing any transformation produced by the colour in the space. Afterwards, the validity of this classification is verified by studying seven model spaces in which the colour transfigures the space by the combined activation of several analyzed devices. These seven spaces were chosen due to all the phenomenon set in the previous analysis are included in their interior space. The group of devices that act on each space creates an unrepeatable and unique system that has to do with its spatial transfiguration by means of light and colour. These systems form part of the origin itself of each space through a sequence of devices of spatial transformation and configuration that make this space unique. The devices sorted in this research transform and configure any space in which light and colour participate, sequentially grouping together in determined systems that qualify the architectonic space.

Aplicación de los documentos reconocidos de evaluación de la demanda y certificación energética en España, para el diseño y análisis de tejidos urbanos : el caso de la intervención en barrios partiendo de criterios acústicos

El presente trabajo, trata del ahorro de energía en la edificación y en el urbanismo. Las premisas en este caso, son un contexto normativo europeo y nacional muy exigentes y encaminados de manera decidida hacia edificios cada vez más eficientes y económicos. Se centra el estudio en las decisiones iniciales que se adoptan sobre las condiciones de ocupación de la parcela urbana, las tipologías edificatorias más adecuadas, su morfología y escala y las consecuencias que tienen para el comportamiento energético final, tanto en términos objetivos como normativos. Se trata de cuantificar que suponen estas decisiones en términos de ahorro energético. Todo el análisis se realiza para un contexto climático concreto, el de la ciudad de Madrid. Para los análisis de las diferentes condiciones de implantación objeto del estudio, se han empleado unas herramientas informáticas singulares. Se trata de los programas de evaluación de la demanda y certificación energética de edificios, que el gobierno español pone a disposición de los usuarios de manera gratuita. Estas, son aplicaciones pensadas para la escala del edificio y/o parte de él, pero que con la metodología y simplificaciones que en el trabajo se detallan, pueden ser empleadas en la escala media de intervención urbana, tanto en nueva implantación como en rehabilitación. Hay que tener en cuenta que son estas aplicaciones las que se utilizarán en la mayoría de los casos como instrumento de evaluación y calificación del comportamiento energético de cada una de las unidades. Las tipologías objeto del estudio son: - Vivienda unifamiliar: aislada, pareada y adosada en hilera. - Bloque abierto - Bloque en H - Bloque en cruz - Torre - Manzana cerrada El contenido principal del trabajo se centra en el análisis individual de cada tipología y de su agrupación teórica sobre lo que podíamos llamar "unidad urbana", una manzana tipo de 10.000 m2, 1 ha. Se opta por esta unidad por tratarse de una superficie urbana lo suficientemente amplia para caracterizar la agrupación de las diferentes tipologías estudiadas y por adaptarse a las capacidades de las herramientas informáticas que se han utilizado. Se han analizado diferentes opciones tipológicas de ocupación, manteniendo constantes en todas las soluciones estudiadas, los siguientes parámetros: • el clima (Madrid), • la edificabilidad (en todas menos una en la que el modelo no permite alcanzar la edificabilidad de referencia), • la pureza formal del modelo, evitando los juegos compositivos de retranqueos y salientes de la envolvente que distorsionen el comportamiento de la volumetría primaria, • las soluciones constructivas de la envolvente y particiones interiores de los edificios, • las proporciones de huecos en la envolvente, • las soluciones de sus carpinterías y vidrios • y todas las condiciones operacionales que aplica el programa de simulación. Esta tesis, es un estudio analítico y evaluado, del comportamiento de cada uno de los tipos, su forma y posicionamiento en el espacio. Cada uno de los modelos se simula de manera individual y agrupados, con el fin de conseguir colmatar la edificabilidad de referencia sobre la parcela urbana de 1 ha. Todos los resultados se estudian de forma independiente y los resultados se expresan en diferentes tablas y un resumen en fichas individuales por tipos. La conclusión principal del trabajo es que la tipología elegida como contenedor residencial urbano determina en su elección acertada la primera medida de ahorro energético y reducción de emisiones cuantificables en más del 50% entre las tipologías más favorables y las más desfavorables. Una segunda parte del trabajo de investigación, consiste en la aplicación de esta metodología de simulación y empleando las mismas herramientas, en el estudio de casos reales en la comunidad de Madrid (principalmente en la ciudad de Madrid). El objetivo es validar el procedimiento y dichas herramientas, también para el caso de evaluación de tejidos urbanos consolidados. Como caso singular de estudio de rehabilitación urbana, se analizan las intervenciones de rehabilitación partiendo de criterios acústicos y las oportunidades que plantearía la inclusión de criterios térmicos aprovechando la sinergia entre ambas demandas, la de confort acústico y térmico. ABSTRACT This PhD work is about saving energy in buildings and urban planning. The premises in this case are a very demanding European and national policy, aimed decisively towards efficient and economic buildings. The study focuses on the initial decisions taken on the conditions of occupation of urban land, the most suitable building types, their morphology and scale and the implications for the final energy performance, always considering policy objectives. This essay tries to quantify how important this decisions are in energy savings terms. All analysis are performed for a particular climatic context, the city of Madrid. For the analysis of different implantation conditions under study, we have used a unique software tool. This software, a free tool available online, quantifies demand assessment and energy certification of buildings. It is designed for building scale and / or part of it. With the methodology and simplifications detailed in this paper, the software can be used in medium scale urban intervention. There are different types under study such as, isolated house, semi-detached, terraces row, open block, h block, cross block, tower, etc. The main content of the work focuses on the individual analysis of each type and its theoretical group, named urban unit group. This unit is chosen because it is an urban area large enough to characterize the grouping of the different types studied. It is also possible to simulate with the software tools. Different options of typological occupation have been analyzed taking in consideration the next parameters: climate, floor area, model formal purity, building envelope solutions and interior partitions of buildings, the proportions of voids in the facades. This thesis is an analytical and evaluated study of the behavior of each types, form and position in space. Each of the models is simulated individually and grouped, in order to get the reference buildable urban plot of 1 ha. All results are studied independently and the results are expressed in different tables and a summary in individual files by type. The main conclusion of the study is that the type chosen as urban residential container you choose determines the first step in successful energy savings and quantifiable reduction of emissions by more than 50% in the most favorable and the most unfavorable types. A second part of the research, is the application of this methodology and simulation using the same tools in the study of real cases in the community of Madrid (mainly in the city of Madrid). The aim is to validate the procedure and such tools, also for the case of evaluation of consolidated urban fabric. As a unique case study of urban renewal, rehabilitation interventions based on acoustic criteria and opportunities arise thermal criteria including leveraging the synergy between the two demands, acoustic and thermal comfort are analyzed.

A diversidade cultural e as suas implicações no processo de ensino e aprendizagem : como integrar a diversidade na educação de infância

Relatório de estágio apresentado para obtenção do grau de mestre na especialidade profissional de Educação pré-escolar

MIC-1, a novel macrophage inhibitory cytokine, is a divergent member of the TGF-β superfamily

Macrophages play a key role in both normal and pathological processes involving immune and inflammatory responses, to a large extent through their capacity to secrete a wide range of biologically active molecules. To identify some of these as yet not characterized molecules, we have used a subtraction cloning approach designed to identify genes expressed in association with macrophage activation. One of these genes, designated macrophage inhibitory cytokine 1 (MIC-1), encodes a protein that bears the structural characteristics of a transforming growth factor β (TGF-β) superfamily cytokine. Although it belongs to this superfamily, it has no strong homology to existing families, indicating that it is a divergent member that may represent the first of a new family within this grouping. Expression of MIC-1 mRNA in monocytoid cells is up-regulated by a variety of stimuli associated with activation, including interleukin 1β, tumor necrosis factor α (TNF-α), interleukin 2, and macrophage colony-stimulating factor but not interferon γ, or lipopolysaccharide (LPS). Its expression is also increased by TGF-β. Expression of MIC-1 in CHO cells results in the proteolytic cleavage of the propeptide and secretion of a cysteine-rich dimeric protein of Mr 25 kDa. Purified recombinant MIC-1 is able to inhibit lipopolysaccharide -induced macrophage TNF-α production, suggesting that MIC-1 acts in macrophages as an autocrine regulatory molecule. Its production in response to secreted proinflammatory cytokines and TGF-β may serve to limit the later phases of macrophage activation.

Tracking molecular evolution of photosynthesis by characterization of a major photosynthesis gene cluster from Heliobacillus mobilis

A DNA sequence has been obtained for a 35.6-kb genomic segment from Heliobacillus mobilis that contains a major cluster of photosynthesis genes. A total of 30 ORFs were identified, 20 of which encode enzymes for bacteriochlorophyll and carotenoid biosynthesis, reaction-center (RC) apoprotein, and cytochromes for cyclic electron transport. Donor side electron-transfer components to the RC include a putative RC-associated cytochrome c553 and a unique four-large-subunit cytochrome bc complex consisting of Rieske Fe-S protein (encoded by petC), cytochrome b6 (petB), subunit IV (petD), and a diheme cytochrome c (petX). Phylogenetic analysis of various photosynthesis gene products indicates a consistent grouping of oxygenic lineages that are distinct and descendent from anoxygenic lineages. In addition, H. mobilis was placed as the closest relative to cyanobacteria, which form a monophyletic origin to chloroplast-based photosynthetic lineages. The consensus of the photosynthesis gene trees also indicates that purple bacteria are the earliest emerging photosynthetic lineage. Our analysis also indicates that an ancient gene-duplication event giving rise to the paralogous bchI and bchD genes predates the divergence of all photosynthetic groups. In addition, our analysis of gene duplication of the photosystem I and photosystem II core polypeptides supports a “heterologous fusion model” for the origin and evolution of oxygenic photosynthesis.

Mendel-GFDb and Mendel-ESTS: databases of plant gene families and ESTs annotated with gene family numbers and gene family names

There is no control over the information provided with sequences when they are deposited in the sequence databases. Consequently mistakes can seed the incorrect annotation of other sequences. Grouping genes into families and applying controlled annotation overcomes the problems of incorrect annotation associated with individual sequences. Two databases (http://www.mendel.ac.uk) were created to apply controlled annotation to plant genes and plant ESTs: Mendel-GFDb is a database of plant protein (gene) families based on gapped-BLAST analysis of all sequences in the SWISS-PROT family of databases. Sequences are aligned (ClustalW) and identical and similar residues shaded. The families are visually curated to ensure that one or more criteria, for example overall relatedness and/or domain similarity relate all sequences within a family. Sequence families are assigned a ‘Gene Family Number’ and a unified description is developed which best describes the family and its members. If authority exists the gene family is assigned a ‘Gene Family Name’. This information is placed in Mendel-GFDb. Mendel-ESTS is primarily a database of plant ESTs, which have been compared to Mendel-GFDb, completely sequenced genomes and domain databases. This approach associated ESTs with individual sequences and the controlled annotation of gene families and protein domains; the information being placed in Mendel-ESTS. The controlled annotation applied to genes and ESTs provides a basis from which a plant transcription database can be developed.

Molecular evidence that the asexual industrial fungus Trichoderma reesei is a clonal derivative of the ascomycete Hypocrea jecorina.

The relationship of the important cellulase producing asexual fungus Trichoderma reesei to its putative teleomorphic (sexual) ancestor Hypocrea jecorina and other species of the Trichoderma sect. Longibrachiatum was studied by PCR-fingerprinting and sequence analyses of the nuclear ribosomal DNA region containing the internal transcribed spacers (ITS-1 and ITS-2) and the 5.8S rRNA gene. The differences in the corresponding ITS sequences allowed a grouping of anamorphic (asexual) species of Trichoderma sect. Longibrachiatum into Trichoderma longibrachiatum, Trichoderma pseudokoningii, and Trichoderma reesei. The sexual species Hypocrea schweinitzii and H. jecorina were also clearly separated from each other. H. jecorina and T. reesei exhibited identical sequences, suggesting close relatedness or even species identity. Intraspecific and interspecific variation in the PCR-fingerprinting patterns supported the differentiation of species based on ITS sequences, the grouping of the strains, and the assignment of these strains to individual species. The variations between T. reesei and H. jecorina were at the same order of magnitude as found between all strains of H. jecorina, but much lower than the observed interspecific variations. Identical ITS sequences and the high similarity of PCR-fingerprinting patterns indicate a very close relationship between T. reesei and H. jecorina, whereas differences of the ITS sequences and the PCR-fingerprinting patterns show a clear phylogenetic distance between T. reesei/H. jecorina and T. longibrachiatum. T. reesei is considered to be an asexual, clonal line derived from a population of the tropical ascomycete H. jecorina.

Illusory contours activate specific regions in human visual cortex: evidence from functional magnetic resonance imaging.

The neural basis for perceptual grouping operations in the human visual system, including the processes which generate illusory contours, is fundamental to understanding human vision. We have employed functional magnetic resonance imaging to investigate these processes noninvasively. Images were acquired on a GE Signa 1.5T scanner equipped for echo planar imaging with an in-plane resolution of 1.5 x 1.5 mm and slice thicknesses of 3.0 or 5.0 mm. Visual stimuli included nonaligned inducers (pacmen) that created no perceptual contours, similar inducers at the corners of a Kanizsa square that created illusory contours, and a real square formed by continuous contours. Multiple contiguous axial slices were acquired during baseline, visual stimulation, and poststimulation periods. Activated regions were identified by a multistage statistical analysis of the activation for each volume element sampled and were compared across conditions. Specific brain regions were activated in extrastriate cortex when the illusory contours were perceived but not during conditions when the illusory contours were absent. These unique regions were found primarily in the right hemisphere for all four subjects and demonstrate that specific brain regions are activated during the kind of perceptual grouping operations involved in illusory contour perception.

Anatomia ecológica do lenho de espécies arbustivas e arbóreas que ocorrem naturalmente em bosques com drástico gradiente de precipitação ao Noroeste da Patagônia, Argentina

A utilização de gradientes ambientais no estudo de comunidades vegetais possibilita a eleição de sítios onde há a predominância de um fator abiótico que determina o sucesso ou o fracasso de espécies ao longo de sua extensão. Entre as inúmeras ferramentas utilizadas no estudo de gradientes climáticos, se destaca a anatomia do lenho, pois, é um ramo da ciência que permite analisar, além dos aspectos espaciais, os aspectos temporais dos sítios por meio dos anéis de crescimento. Além disso, a ampla distribuição das plantas lenhosas ao longo do globo possibilita análises em praticamente todos os tipos de biomas e ecossistemas terrestres. Dentro desse contexto estão os bosques andino-patagônicos de Araucaria araucana (Pehuén) ao norte de sua distribuição na Argentina. Esses bosques ocupam territórios caracterizados por um acentuado gradiente de precipitação, que vai de cerca de 3000 a 100 milímetros anuais, entre a cordilheira do Andes e a estepe patagônica, que os define como bosques mésicos e xéricos, com diferenças ecológicas que condicionam a formação vegetal, dinâmica, estrutura, relações com o clima e vulnerabilidade em cenários de mudanças ambientais. O objetivo do projeto foi descrever e analisar comparativamente a estrutura anatômica do lenho de 33 espécies arbóreas e arbustivas ocorrentes ao longo de um gradiente de precipitação, entre a encosta da cordilheira dos Andes e a estepe Patagônica, para verificar possíveis alterações anatômicas que permitam a determinação de tendências e elucidem os limites de distribuição das espécies. Foram coletadas amostras não destrutivas de lenho durante três expedições para a Patagônia entre 2012 e 2014, seguidas de procedimentos laboratoriais de confeccção de lâminas histológicas, preparo de amostras para análises dendrocronológicas, captura de imagens com câmeras acopladas a microscópios óptico e eletrônico de varredura, mensurações, descrições e análises comparativas com o auxílio de softwares. Foram identificados caracteres anatômicos exclusivos de sítios secos e úmidos que permitiram a caracterização, posicionamento ao longo do gradiente de precipitação e grupamento de espécies xerófitas e mesófitas; A ultra-estrutura das pontoações de traqueídeos de Araucaria araucana apresentou diferenças marcantes na frequência e porosidade de suas membranas, sendo maior e menos porosas em sítios xéricos, e menor e mais porosas nos mésicos; a chave dicotômica microscópica permitiu a identificação das 32 espécies arbustivas, as espécies Chuquiraga oppositifolia e Nothofagus antarctica apresentaram potencial dendrocronológico, e foram identificadas tendências anatômicas latitudinais influenciadas pelo clima nos extremos da América do Sul. A anatomia do lenho se mostrou uma ferramenta confiável no estudo de um gradiente de precipitação na Patagônia argentina, e os resultados apontam para riscos de embolismos e morte induzida por falha no sistema hidráulico de Araucaria araucana ao longo de todo o gradiente, em função do atual cenário climático, e suas projeções em médio e longo prazos.