Trajectory of DNA in the RNA polymerase II transcription preinitiation complex

By using site-specific protein-DNA photocrosslinking, we define the positions of TATA-binding protein, transcription factor IIB, transcription factor IIF, and subunits of RNA polymerase II (RNAPII) relative to promoter DNA within the human transcription preinitiation complex. The results indicate that the interface between the largest and second-largest subunits of RNAPII forms an extended, ≈240 Å channel that interacts with promoter DNA both upstream and downstream of the transcription start. By using electron microscopy, we show that RNAPII compacts promoter DNA by the equivalent of ≈50 bp. Together with the published structure of RNAPII, the results indicate that RNAPII wraps DNA around its surface and suggest a specific model for the trajectory of the wrapped DNA.

High-resolution mapping of nucleoprotein complexes by site-specific protein-DNA photocrosslinking: organization of the human TBP-TFIIA-TFIIB-DNA quaternary complex.

We have used a novel site-specific protein-DNA photocrosslinking procedure to define the positions of polypeptide chains relative to promoter DNA in binary, ternary, and quaternary complexes containing human TATA-binding protein, human or yeast transcription factor IIA (TFIIA), human transcription factor IIB (TFIIB), and promoter DNA. The results indicate that TFIIA and TFIIB make more extensive interactions with promoter DNA than previously anticipated. TATA-binding protein, TFIIA, and TFIIB surround promoter DNA for two turns of DNA helix and thus may form a "cylindrical clamp" effectively topologically linked to promoter DNA. Our results have implications for the energetics, DNA-sequence-specificity, and pathway of assembly of eukaryotic transcription complexes.

Relação espacial dos óbitos e internações por tuberculose com indicadores sociais em Ribeirão Preto (SP)

Objetivo: Propôs-se analisar a relação espacial dos óbitos e internações evitáveis por TB com indicadores sociais em Ribeirão Preto/SP. Métodos: Trata-se de um estudo ecológico em que foram considerados os casos de óbitos e internações, tendo como causa básica do óbito e motivo principal da internação, a tuberculose (CID A15.0 a A19.9), ocorridos na zona urbana de Ribeirão Preto e registrados respectivamente no Sistema de Informação sobre Mortalidade e no Sistema de Internação Hospitalar do Sistema Único de Saúde no período de 2006 a 2012. Foi realizada a análise univariada das variáveis sociodemográficas e operacionais dos casos investigados. Para construção dos indicadores sociais utilizou-se a análise de componentes principais, sendo selecionados dados das áreas de abrangência do município, considerando os dados do Censo Demográfico de 2010. A geocodificação dos casos foi processada no TerraView versão 4.2.2. Recorreu-se à regressão linear múltipla, pelo método dos mínimos quadrados e à regressão espacial para análise da relação de dependência espacial entre os indicadores sociais e as taxas de mortalidade e de internações por TB. A autocorrelação nos resíduos da regressão linear múltipla foi testada por meio do Teste Global de Moran, as análises foram realizadas considerando os softwares Arcgis-versão 10.1, Statistica versão 12.0, OpenGeoDa versão 1.0 e R versão 3.2.3. Para o diagnóstico do melhor modelo de regressão espacial, utilizou-se o teste Multiplicador de Lagrange. Em todos os testes, foi fixado o nivel de significancia de alfa em 5% (p< 0,05). Resultados: Foram registrados 50 casos de óbitos e 196 casos de internações por TB. A maioria dos casos registrados em ambos os sistemas se deu em pessoas do sexo masculino (n=41; 82%/n=146; 74,5%) e com a forma clínica pulmonar (n=44; 80,0%/n=138; 67,9%). Na construção dos indicadores sociais, três novas variáveis surgiram, apresentando respectivamente variância total de 46,2%, 18,7% e 14,6% sendo denominadas como indicadores de renda, desigualdade social e equidade social. Na modelagem para verificar relação espacial entre os óbitos e os indicadores sociais observou-se que a equidade social foi indicador estatisticamente significativo (p=0,0013) com relação negativa a mortalidade, sendo o Modelo da Defasagem Espacial o melhor método para testar a dependência espacial, com valor de ? (rho) estimado em 0,53 e altamente significativo (p=0,0014). Já na modelagem da relação espacial entre as internações por tuberculose e os indicadores sociais, o indicador de renda apresentou-se estatisticamente significativo (p=0,015) com relação negativa a internação e o melhor método para testar a dependência espacial também foi o Modelo da Defasagem Espacial com valor de ? (rho) estimado em 0,80 e altamente significativo (p<0,0001). Conclusão: O estudo contribuiu no avanço do conhecimento de que a mortalidade e as internações por tuberculose são eventos socialmente determinados, o que sugere investimento por parte da gestão

Controle de um pêndulo invertido com 6 graus de liberdade e rodas de reação.

Nesta dissertação, um tipo diferente de pêndulo invertido controlado por rodas de reação é apresentado. Sua principal diferença está em seu ponto de articulação, que é constituído por uma junta esférica que permite com que o pêndulo gire em torno de seus três eixos. Além disso, três rodas de reação são utilizadas para seu controle e estabilização. Primeiramente, um modelo do sistema é obtido a partir das equação de Euler-Lagrange, das leis de Newton e das leis de Kirchhoff. Em seguida, uma lei de controle que assegura a estabilização assintótica do sistema em um grande domínio é proposta. Por fim, simulações são realizadas para validar o controlador projetado. Esse sistema possui diversas características interessantes, tanto do ponto de vista teórico como do ponto de vista de pesquisa. Do ponto de vista teórico, o sistema é nãolinear e suas entradas são fortemente acopladas, o que torna particularmente adequado para o processo de projeto e implementação de diversas técnicas de estabilização. Do ponto de vista de pesquisa, são consideradas duas técnicas de controle não linear: linearização padrão e linearização exata. Para que o sistema seja robusto e não desperdice energia, essas duas leis de controle diferentes são comutadas para a obtencão de um número suficiente de domínio de estabilidade.

Controlador integrado baseado em conceito híbrido e controle geométrico para embarcações posicionadas dinamicamente.

O conceito de controle híbrido é aplicado à operação de alívio entre um FPWSO e um navio aliviador. Ambos os navios mantêm suas posições e aproamentos pelo resultado da ação do seu Sistema de Posicionamento Dinâmico (SPD). O alívio dura cerca de 24 horas para ser concluído. Durante este período, o estado de mar pode se alterar e os calados estão sendo constantemente alterados. Um controlador híbrido é projetado para permitir modificacões dos parâmetros de controle/observação se alguma alteração significante do estado de mar e/ou calado das embarcações ocorrer. O principal objetivo dos controladores é manter o posicionamento relativo entre os navios com o intuito de evitar perigosa proximidade ou excesso de tensão no cabo. Com isto em mente, uma nova estratégia de controle que atue integradamente em ambos os navios é proposta baseda em geometria diferencial. Observadores não lineares baseados em passividade são aplicados para estimar a posição, a velocidade e as forças externas de mares calmos até extremos. O critério para troca do controle/observação é baseado na variação do calado e no estado de mar. O calado é assumido conhecido e o estado de mar é estimado pela frequência de pico do espectro do movimento de primeira ordem dos navios. Um modelo de perturbação é proposto para encontrar o número de controladores do sistema híbrido. A equivalência entre o controle geométrico e o controlador baseado em Multiplicadores de Lagrange é demonstrada. Assumindo algumas hipóteses, a equivalência entre os controladores geométrico e o PD é também apresentada. O desempenho da nova estratégia é avaliada por meio de simulações numéricas e comparada a um controlador PD. Os resultados apresentam muito bom desempenho em função do objetivo proposto. A comparação entre a abordagem geométrica e o controlador PD aponta um desempenho muito parecido entre eles.

Optimización (curso 2011-2012)

Material docente de la asignatura «Simulación y Optimización de procesos químicos». Parte de Optimización OPTIMIZACIÓN TEMA 6. Conceptos Básicos 6.1 Introducción. Desarrollo histórico de la optimización de procesos. 6.2 Funciones y regiones cóncavas y convexas. 6.3 Optimización sin restricciones. 6.4 Optimización con restricciones de igualdad y desigualdad. Condiciones de optimalidad de Karush Khun Tucker 6.5 Interpretación de los Multiplicadores de Lagrange. TEMA 7. Programación lineal 7.1 Introducción. Planteamiento del problema en forma canónica y forma estándar. 7.2 Teoremas de la programación lineal 7.3 Resolución gráfica 7.4 Resolución en forma de tabla. El método simplex. 7.5 Variables artificiales. Método de la Gran M y método de las dos fases. 7.6 Conceptos básicos de dualidad. TEMA 8. Programación no lineal 8.1 Repaso de métodos numéricos de optimización sin restricciones 8.2 Optimización con restricciones. Fundamento de los métodos de programación cuadrática sucesiva y de gradiente reducido. TEMA 9. Introducción a la programación lineal y no lineal con variables discretas. 9.1 Conceptos básicos para la resolución de problemas lineales con variables discretas.(MILP, mixed integer linear programming) 9.2 Introducción a la programación no lineal con variables continuas y discretas (MINLP mixed integer non linear programming) 9.3 Modelado de problemas con variables binarias: 9.3.1 Conceptos básicos de álgebra de Boole 9.3.2 Transformación de expresiones lógicas a expresiones algebraicas 9.3.3 Modelado con variables discretas y continuas. Formulación de envolvente convexa y de la gran M.

Efficient sampling of band-limited signals from sine wave crossings

This correspondence presents an efficient method for reconstructing a band-limited signal in the discrete domain from its crossings with a sine wave. The method makes it possible to design A/D converters that only deliver the crossing timings, which are then used to interpolate the input signal at arbitrary instants. Potentially, it may allow for reductions in power consumption and complexity in these converters. The reconstruction in the discrete domain is based on a recently-proposed modification of the Lagrange interpolator, which is readily implementable with linear complexity and efficiently, given that it re-uses known schemes for variable fractional-delay (VFD) filters. As a spin-off, the method allows one to perform spectral analysis from sine wave crossings with the complexity of the FFT. Finally, the results in the correspondence are validated in several numerical examples.

Penobscot County, Maine, 1859 (Image 1 of 2) (Raster Image)

This layer is a georeferenced raster image of the historic paper map entitled: Topographical map of the county of Penobscot Maine, from surveys under the direction of H.F. Walling; field work under the direction of L.H. Eaton. It was published by Lee & Marsh in 1859, Scale 1:80,000. This layer is image 1 of 2 total images, representing the southwest portion of the four sheet source map. The image inside the map neatline is georeferenced to the surface of the earth and fit to the Universal Transverse Mercator projection (UTM Zone 19N, meters, NAD1983). All map collar and inset information is also available as part of the raster image, including any inset maps, profiles, statistical tables, directories, text, illustrations, index maps, legends, or other information associated with the principal map. This map shows features such as roads, railroads, drainage, public buildings, schools, churches, cemeteries, industry locations (e.g. mills, factories, mines, etc.), private buildings with names of property owners, town boundaries, and more. Relief shown by hachures. It includes many cadastral insets of individual county towns and villages. It also includes illustrations, business directories, and tables of statistics and distances.This layer is part of a selection of digitally scanned and georeferenced historic maps of New England from the Harvard Map Collection. These maps typically portray both natural and manmade features. The selection represents a range of regions, originators, ground condition dates, scales, and map purposes.

Penobscot County, Maine, 1859 (Image 2 of 2) (Raster Image)

This layer is a georeferenced raster image of the historic paper map entitled: Topographical map of the county of Penobscot Maine, from surveys under the direction of H.F. Walling; field work under the direction of L.H. Eaton. It was published by Lee & Marsh in 1859, Scale 1:80,000. This layer is image 2 of 2 total images, representing the northeast portion of the four sheet source map. The image inside the map neatline is georeferenced to the surface of the earth and fit to the Universal Transverse Mercator projection (UTM Zone 19N, meters, NAD1983). All map collar and inset information is also available as part of the raster image, including any inset maps, profiles, statistical tables, directories, text, illustrations, index maps, legends, or other information associated with the principal map. This map shows features such as roads, railroads, drainage, public buildings, schools, churches, cemeteries, industry locations (e.g. mills, factories, mines, etc.), private buildings with names of property owners, town boundaries, and more. Relief shown by hachures. It includes many cadastral insets of individual county towns and villages. It also includes illustrations, business directories, and tables of statistics and distances.This layer is part of a selection of digitally scanned and georeferenced historic maps of New England from the Harvard Map Collection. These maps typically portray both natural and manmade features. The selection represents a range of regions, originators, ground condition dates, scales, and map purposes.

Le Messianisme chez Juifs : (150 av. J.-C. à 200 ap. J.-C.)

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Traité de la résolution des équations numériques de tous les degrés /

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Mécanique analytique /

Contiene:T.2.

État des prisons, des hopitaux et des maisons de force /

Es un informe sobre el estado de distintas prisiones y hospitales europeos visitadas por el autor. La sección XVIII se refiere a España donde visita: Badajoz, Talavera, Toledo, Madrid, Valladolid, Burgos y Pamplona (p. 1-26)

État des prisons, des hopitaux et des maisons de force /

Es un informe sobre el estado de distintas prisiones y hospitales europeos visitadas por el autor.

Cours d'étude pharmaceutique /

T.1 Physique -- T.2 Matiere médicale -- T.3 Botanique -- T.4 Chimie pharmaceutique.