Expression analysis of heat shock protein 90 (HSP90) and Her2 in colon carcinoma.

PURPOSE The molecular chaperone heat shock protein 90 (HSP90) plays an important role in several types of tumors also participating in the modulation of the activity of receptor tyrosine kinases activity such as members of the Her family. We evaluated the significance of HSP90 and Her2 expression in colon cancer. METHODS HSP90 and Her2 expression was determined by immunohistochemistry and by fluorescence in situ hybridization (FISH) on 355 primary resected colon carcinomas. Results were correlated with pathologic features (Union for International Cancer Control (UICC) pTNM category, tumor localisation, tumor differentiation), additional molecular genetic characteristics (BRAF, KRAS mutational status, mismatch repair genes (MMR)), and survival. RESULTS HSP90 immunoreactivity was observed in various degrees. Fifty-one cases (14 %) were positive for Her2 (score 2+ and 3+) with 16/43 cases with Her2 2+ staining pattern showing amplification of Her2 determined by FISH. There was a significant correlation between high HSP90 expression and Her2 overexpression (p = 0.011). High HSP90 expression was associated with earlier tumor stages (p = 0.019), absence of lymph node (p = 0.006), and absence of distant metastases (p = 0.001). Patients with high tumoral HSP90 levels had a better survival (p = 0.032), but this was not independent from other prognostic relevant pathologic parameters. Her2 expression was not associated with any of the investigated histopathological, molecular, or clinical parameters. CONCLUSIONS High HSP90 levels are reflecting lower malignant potential in colon cancer. Her2 positivity can be observed in a small number of cases. Targeting HSP90 and/or Her2 may be an alternative therapeutic approach in colon cancer in a subset of patients.

Regular exercise decreases liver tumors development in hepatocyte-specific PTEN-deficient mice independently of steatosis.

BACKGROUND & AIMS Unhealthy lifestyles predispose to non-alcoholic steatohepatitis (NASH), which may further result in the development of hepatocellular carcinoma (HCC). Although NASH patients benefit from physical activity, it is unknown whether regular exercise reduces the risk of developing HCC. Therefore, we studied the effect of regular exercise on the development of HCC in male hepatocyte-specific PTEN-deficient mice (AlbCrePten(flox/flox)), which develop steatohepatitis and HCC spontaneously. METHODS Mice were fed a standardized 10% fat diet and were randomly divided into exercise or sedentary groups. The exercise group ran on a motorized treadmill for 60 minutes/day, 5 days/week during 32 weeks. RESULTS After 32 weeks of regular exercise, 71% of exercised mice developed nodules larger than 15 mm(3) vs 100% of mice in the sedentary group. The mean number of tumors per liver was reduced by exercise, as well as the total tumoral volume per liver. Exercise did not affect steatosis and had no effect on the Non-alcoholic fatty liver disease (NAFLD) Activity Score (NAS). Exercise decreased tumor cell proliferation. Mechanistically, exercise stimulated the phosphorylation of AMPK and its substrate raptor, which decreased the kinase activity of mTOR. CONCLUSIONS These data show a benefit of regular exercise on the development of HCC in an experimental model of NASH and offer a rationale for encouraging predisposed patients to increase their physical activity for the prevention of HCC.

Implications of intraglandular lymph node metastases in primary carcinomas of the parotid gland

OBJECTIVES/HYPOTHESIS Assess the diagnostic and prognostic relevance of intraglandular lymph node (IGLN) metastases in primary parotid gland carcinomas (PGCs). STUDY DESIGN Retrospective study at a tertiary referral university hospital. METHODS We reviewed the records of 95 patients with primary PGCs, treated at least surgically, between 1997 and 2010. We assessed the clinicopathological associations of IGLN metastases, their prognostic significance, and predictive value in the diagnosis of occult neck lymph node metastases RESULTS Twenty-four (25.26%) patients had IGLN metastases. This feature was significantly more prevalent in patients with advanced pT status (P = .01), pN status (P < .01), and overall stage (P < .001); high-risk carcinomas (P = .01); as well as in patients with treatment failures (P < .01). IGLN involvement was significantly associated with decreased univariate disease-free survival (P < .001). Positive and negative predictive values and accuracy for IGLN involvement in the detection of occult neck lymph node metastases were 63.64%, 90.48%, and 84.91%, respectively. The diagnostic values were generally higher in patients with low-risk subtype of PGCs. CONCLUSIONS IGLN involvement provides prognostic information and is associated with advanced tumoral stage and higher risk of recurrence. This feature could be used as a potential readout to determine whether a neck dissection in clinically negative neck lymph nodes is needed or not. LEVEL OF EVIDENCE 4.

The role of deregulated E2F1 expression in brain tumors

Mutations disabling the retinoblastoma (Rb) pathway are among the most common in human cancers, including brain cancer. These mutations promote tumor development through deregulated control of the E2F family of transcription factors. E2F1 belongs to a class of E2F's identified as transcriptional activators and involved in the G1/S phase transition of the cell. However, E2F-1 presents with a paradox as it is considered to have membership in two gene classes, functioning as both an oncogene and a tumor suppressor. This unusual trait generates a degree of uncertainty on the role that E2F1 plays in the development or maintenance of any given tumor. Here we show that E2F1 functions as an oncogene in brain tumors through the generation of mice engineered to overexpress E2F1 specifically within glial cells and neuronal progenitors as directed by the GFAP promoter. Mice carrying the transgene develop with high penetrance a phenotype characterized by neurological deficits including paresia, ataxia, head tilt and seizures. MRI imagining of the tgE2F1 mice reveals a low incidence of mild hydrocephalus, and most notably, histological analysis demonstrates that 25% of tgE2F1 mice present with the spontaneous formation of malignant brain tumors. Overall these neoplasms show histological features from a wide range of aggressive brain cancers including medulloblastoma, choroid plexus carcinoma, primary neuroectodermic tumor and malignant gliomas. Isolation and characterization of astrocytes from the tgE2F1 animal reveals a highly proliferative population of cells with 55% ± 2.5 of the tgE2F1astrocytes, 35% ± 3.4 normal mouse astrocytes in S-phase and the acquired capacity to grow in anchorage independent conditions. Additionally tgE2F1 astrocytes show an aberrant phenotype with random chromosomal fusions and nearly all cells demonstrating polyploidy. Taken together, this model forces a comparison to human brain tumor formation. Mouse age as related to tumoral mimics the human scenario with juvenile tgE2F1 mice presenting embryonal tumors typically identified in children, and older tgE2F1 mice demonstrating gliomas. In this regard, this study suggests a global role for E2F1 in the formation and maintenance of multilineage brain tumors, irrefutably establishing E2F1 as an oncogene in the brain. ^

Fibulin-2 stabilizes tumor extracellular matrix and drives malignant progression of lung adenocarcinoma

The ECM of epithelial carcinomas undergoes structural remodeling during periods of uncontrolled growth, creating regional heterogeneity and torsional stress. How tumors maintain ECM integrity in the face of dynamic biophysical forces is still largely unclear. This study addresses these deficiencies using mouse models of human lung adenocarcinoma. Spontaneous lung tumors were marked by disorganized basement membranes, dense collagen networks, and increased tissue stiffness. Metastasis-prone lung adenocarcinoma cells secreted fibulin-2 (Fbln2), a matrix glycoprotein involved in ECM supra-molecular assembly. Fibulin-2 depletion in tumor cells decreased the intra-tumoral abundance of matrix metalloproteinases and reduced collagen cross-linking and tumor compressive properties resulting in inhibited tumor growth and metastasis. Fbln2 deposition within intra-tumoral fibrotic bands was a predictor of poor clinical outcome in patients. Collectively, these findings support a feed-forward model in which tumor cells secrete matrix-stabilizing factors required for the assembly of ECM that preferentially favors malignant progression. To our knowledge, this is the first evidence that tumor cells directly regulate the integrity of their surrounding matrix through the secretion of matrix-stabilizing factors such as fibulin-2. These findings open a new avenue of research into matrix assembly molecules as potential therapeutic targets in cancer patients.

Patrón génico de fibrosis y apoptosis en nefropatía obstructiva experimental : : modulación por rosuvastatina

La nefropatía obstructiva puede ser un desorden renal complejo de tratar debido al severo cuadro inflamatorio, desbalance oxidativo, apoptosis y fibrosis. Estudios previos sostienen que rosuvastatina (Ros) podría tener utilidad como una opción terapéutica en enfermedades renales que cursarían con apoptosis y fibrosis. Objetivo: Evaluar los posibles efectos antiapoptóticos y antifibróticos de Ros durante la obstrucción ureteral unilateral en ratas neonatas. Materiales y Métodos: Ratas Wistar neonatas de 48 hs. de vida fueron intervenidas quirúrgicamente (grupo experimental) o no (grupo control). Ambos grupos fueron subdivididos en tratadas o no tratadas con Ros (10mg / kg por día) vía oral durante 14 días. Posteriormente se procedió a nefrectomizar y procesar las cortezas renales para determinar por RT-PCR las expresiones de genes: óxido nítrico sintasa inducible (iNOS), factor promotor génico de chaperonas (hsf1), proteína de shock térmico (hsp70), bax, bcL2, wt1, p53, snail, proteína morfogénica del hueso (bmp7), caderina E, factor transformador de crecimiento (tgf-β) y factor de necrosis tumoral (tnf-α). Resultados: La obstrucción ureteral unilateral neonatal indujo una marcada fibrosis y apoptosis, mientras que el tratamiento con Ros moduló el patrón de genes fibróticos y apoptóticos mediante disminución de la expresión de bmp7, caderina E, wt1, p53 y bcl2; además indujo una caída en la expresión de los genes profibróticos y proapoptóticos (bax, tnf-α y tgf-β). El análisis de los resultados presentados, permiten sugerir que la protección renal de rosuvastatina durante nefropatía obstructiva de ratas neonatas estaría asociado a la interacción entre hsp70 y la biodisponibilidad del óxido nítrico con el concomitante descenso en genes pro-apoptóticos.

Estado funcional y mortalidad en pacientes neoplásicos hospitalizados

Objetivos: Analizar el estado funcional y su relación con morbimortalidad en pacientes con neoplasias internados en Cínica Médica. Material y métodos: Estudio descriptivo, protocolizado y observacional. Se analizaron variables clínicas, estado funcional, situación anímica y morbimortalidad en pacientes oncológicos hospitalizados y se compararon pacientes con Índice de Karnofsky <40 puntos (grupo A) y >40 puntos (grupo B). Los datos fueron analizados en EPI Info 6.04. Informe de los primeros 3 meses. Resultados: En el período de estudio, ingresaron 66 pacientes con neoplasias, 21 (31.8%) en A, con Karnofsky promedio de 25 puntos (DS±12.09) y 45 (68.2%) en B, con Karnofsky promedio de 77 puntos (DS±16.65). El 77.3% presentó tumores sólidos y el 22.7% hematológicos y las neoplasias más frecuentes fueron del tracto gastrointestinal (19.6%), mama (12.1%), pulmón (9.1%) y primario oculto (7.6%). El estadio tumoral IV fue el más frecuente en ambos grupos (89.5% de A y 88.9% de B)(pNS). La edad media en A fue de 59.57 (DS±13.71) y 52.48 años (DS±15.65) en B (pNS) y el género masculino fue más frecuente en A (66.7 y 44.4% respectivamente) (p<0.05). La permanencia media fue de 17.57 en A (DS±20.84) y de 13.53 días (DS±16.29) en B (pNS). La evaluación de Actividades Básicas de la Vida Diaria [0.81 (DS±1.25) vs 4.57 puntos (DS±1.15)] y Actividades Instrumentales [0.57 (DS±0.74) vs 4 puntos (DS±1.37)] fue superior en B (p<0.05) y no hubo diferencias en la comorbilidad (85.7 vs 82.2%)(pNS). Las infecciones (52.4 vs 26.7%), causa social (38.1 vs 4.4%), complicaciones neoplásicas (81 vs 51.1%) y dolor (81 vs 51.1%) fueron los motivos de internación más frecuentes en A (p<0.05). Los pacientes de A recibieron con mayor frecuencia cuidados paliativos (90.5 vs46.7%) y quimioterapia (90.5 vs 46.7%)(p<0.05), sin diferencias en radioterapia (23.8 vs 13.3%) y cirugía (33.3 vs 33.3%)(pNS). No hubo diferencias entre ambos grupos en la presencia de depresión clínica (69.9 vs 53.3%) y pérdida de peso (86.4 vs 84.2%)(pNS). El síndrome confusional (85.7 vs 11.1%), postración (61.9 vs 6.7%) y escaras (23.8 vs 4.4%) fueron más frecuentes en A (p<0.05). La mortalidad hospitalaria fue 52.4% en A y 8.9% en B (p<0.05). Conclusiones: El grado de estado funcional evaluado por Karnofsky menor de 40 puntos se asoció significativamente a: mayor mortalidad, uso de quimioterapia, cuidados paliativos, internación por infecciones, dolor y complicaciones neoplásicas y presencia de síndrome confusional, postración y escaras de decúbito (p<0.05).

Adipocitoquinas y síndrome metabólico : rol de la vistafina en la patogenia de enfermedad cardiovascular

La enfermedad cardiovascular es la primera causa de morbi-mortalidad en los países industrializados. El síndrome metabólico, caracterizado por hipertensión, dislipidemia, obesidad e hiperglucemia, constituye el principal factor de riesgo para la enfermedad cardiovascular. El tejido adiposo visceral juega un papel fundamental en este proceso, dado que secreta una variedad de sustancias biológicamente activas denominadas adipoquinas o adipocitoquinas, tales como leptina, resistina, adiponectina, factor de necrosis tumoral alfa (TNFa), y visfatina entre otras. La visfatina es una citoquina descubierta recientemente y su rol en la enfermedad cardiovascular es controversial y aún no ha sido completamente dilucidado. Estudios realizados en humanos y en modelos experimentales en animales sugieren que la visfatina tendría un papel muy importante en las patologías asociadas a la enfermedad cardiovascular. Esta revisión intenta mostrar los últimos avances sobre el rol de la visfatina y las principales adipocitoquinas en las patologías cardiovasculares y el síndrome metabólico.

Estudio de alteraciones epigenéticas en genes relacionados con el desarrollo del cáncer de mama humano

A nivel mundial, el cáncer mamario representa el 23% de las enfermedades oncológicas que afectan a las mujeres. En el año 2008 fue responsable de 458.400 muertes. Las probabilidades de curar a una paciente dependen del avance de la enfermedad en el momento del diagnóstico. La estimación del pronóstico y predicción del tratamiento de las pacientes es fundamental para el manejo clínico de la enfermedad. La metástasis en ganglios linfáticos, el tamaño y el grado tumoral son los factores pronóstico más importantes, mientras que la expresión de los receptores de estrógeno, progesterona y del factor de crecimiento epidérmico 2 son marcadores para la predicción de la respuesta a distintos tratamientos. Las células tumorales presentan un genoma y un epigenoma distinto a las células normales. La alteración epigenética mejor entendida y más estudiada es la metilación aberrante de genes reguladores del ciclo celular. Esta tesis doctoral tiene como objetivo identificar las alteraciones epigenéticas relacionadas con el cáncer de mama humano. Para ello el trabajo ha sido dividido en tres bloques. El primero, centrado en el estudio de las alteraciones epigenéticas de la carcinogénesis mamaria. El segundo, enfocado en establecer relaciones entre las alteraciones epigenéticas y los aspectos clínicos de la enfermedad. El tercero, enfocado en la detección no invasiva de procesos oncológicos en las pacientes. Esta tesis muestra los resultados del análisis de la metilación aberrante de 49 regiones del genoma involucradas en el desarrollo de enfermedades oncológicas. El estudio ha permitido determinar el perfil de metilación tumoral de 92 tumores mamarios invasores, 17 melanomas, 8 hepatoblastomas y 6 tumores de próstata. Las alteraciones en la metilación de estos genes es específica para cada paciente y la información epigenética permite diferenciar el proceso tumoral mamario del resto de los tumores. La cantidad y el tipo de genes afectados correlacionan con factores de mal pronóstico y factores que predicen respuesta a tratamientos. Las células que escapan a los ganglios mantienen la metilación aberrante del tumor primario, rasgo que ha servido para detectar ADN tumoral circulando en la sangre de las pacientes con la enfermedad. Los resultados aportan a un mejor entendimiento del proceso tumoral mamario y al futuro diseño de estudios para la detección temprana y no invasiva de la enfermedad.

Problemáticas acerca del final de la vida : La muerte de Lisa

El caso clínico presentado muestra el trabajo psicoterapéutico realizado con una paciente oncológica, dentro del marco de intervención en Psicooncología, en la fase final de la evolución tumoral del cáncer. Si hay algo impreciso, inasible, alterante, dilemático, generador de fantasías y angustias en nuestra labor, es el tiempo que transcurre en torno a la fase final de la vida del paciente. Trabajar con el paciente moribundo, implica trabajar con nuestra propia muerte. Muerte es una palabra temida, olvidada, rechazada, final de todo. Morir hoy en día es un acto triste y solitario en la Unidad de Terapia Intensiva de los hospitales, donde la atención es despersonalizada, donde el paciente pierde el derecho de opinar y se vuelve un cuerpo a ser tratado. El agonizante pierde su status y la experiencia de la muerte es destituida de contenido. Las personas al final de su vida prefieren realmente estar en su casa, con sus afectos, y no en una sala de hospital. En la inmensa mayoría de los pacientes se puede lograr el objetivo de que puedan permanecer libres de dolor y otros síntomas molestos, estando lúcidos y preparándose para morir. Quien recibe el diagnóstico de una enfermedad grave tiene que hacer un duelo, transitar un duelo. No hay duelo solamente en el que se queda, sino también en el que se va. El objeto de duelo en los pacientes terminales es la vida misma. Es fundamental trabajar en el paciente con sus miedos y con su depresión, posibilitándole la oportunidad de participar de la muerte como participó de la vida. La Psicooncología entiende que para que una persona pueda tener cáncer se requiere previamente que ocurra una alteración yoica que lleva a aceptar como propio el tumor. Por ello es sensato y necesario un diagnóstico y tratamiento coadyuvante en el paciente con cáncer. Se entiende que el cáncer le pertenece a esa persona desde el punto de vista orgánico y psíquico. La descripción del tumor es una parte del problema. La otra parte es el individuo. La enfermedad y el pronóstico resultan de la interrelación del cáncer con la totalidad de la persona. Todo él está comprometido. No solo se trata de un proceso local que puede diseminarse por metástasis. Mucho antes, es un proceso general del individuo que se localizará. El cáncer es sólo un síntoma. La persona es mucho más que su enfermedad; así como también lo enfermo puede ser mucho más que el paciente Toda psicoterapia es un compromiso real y vital. La entrevista deberá tener la característica de que el fenómeno transferencial se cumpla desde los primeros instantes y permanezca. La Psicooncología investiga en el alma las respuestas emocionales y afectivas que pudieron provocar como síntoma ese cáncer. No busca traumas, ni estrés; busca la respuesta personal a esas circunstancias. De modo tal que la Psicooncología se ocupa de la VIDA y es un tratamiento coadyuvante que todo paciente tiene derecho a recibir. Con esta actividad no se pretende curar un proceso que ya ocurrió, se intenta buscar razones en lo que caracteriza al ser humano, en sus más importantes valores: buscar razones en su alma

Problemáticas acerca del final de la vida : La muerte de Lisa

El caso clínico presentado muestra el trabajo psicoterapéutico realizado con una paciente oncológica, dentro del marco de intervención en Psicooncología, en la fase final de la evolución tumoral del cáncer. Si hay algo impreciso, inasible, alterante, dilemático, generador de fantasías y angustias en nuestra labor, es el tiempo que transcurre en torno a la fase final de la vida del paciente. Trabajar con el paciente moribundo, implica trabajar con nuestra propia muerte. Muerte es una palabra temida, olvidada, rechazada, final de todo. Morir hoy en día es un acto triste y solitario en la Unidad de Terapia Intensiva de los hospitales, donde la atención es despersonalizada, donde el paciente pierde el derecho de opinar y se vuelve un cuerpo a ser tratado. El agonizante pierde su status y la experiencia de la muerte es destituida de contenido. Las personas al final de su vida prefieren realmente estar en su casa, con sus afectos, y no en una sala de hospital. En la inmensa mayoría de los pacientes se puede lograr el objetivo de que puedan permanecer libres de dolor y otros síntomas molestos, estando lúcidos y preparándose para morir. Quien recibe el diagnóstico de una enfermedad grave tiene que hacer un duelo, transitar un duelo. No hay duelo solamente en el que se queda, sino también en el que se va. El objeto de duelo en los pacientes terminales es la vida misma. Es fundamental trabajar en el paciente con sus miedos y con su depresión, posibilitándole la oportunidad de participar de la muerte como participó de la vida. La Psicooncología entiende que para que una persona pueda tener cáncer se requiere previamente que ocurra una alteración yoica que lleva a aceptar como propio el tumor. Por ello es sensato y necesario un diagnóstico y tratamiento coadyuvante en el paciente con cáncer. Se entiende que el cáncer le pertenece a esa persona desde el punto de vista orgánico y psíquico. La descripción del tumor es una parte del problema. La otra parte es el individuo. La enfermedad y el pronóstico resultan de la interrelación del cáncer con la totalidad de la persona. Todo él está comprometido. No solo se trata de un proceso local que puede diseminarse por metástasis. Mucho antes, es un proceso general del individuo que se localizará. El cáncer es sólo un síntoma. La persona es mucho más que su enfermedad; así como también lo enfermo puede ser mucho más que el paciente Toda psicoterapia es un compromiso real y vital. La entrevista deberá tener la característica de que el fenómeno transferencial se cumpla desde los primeros instantes y permanezca. La Psicooncología investiga en el alma las respuestas emocionales y afectivas que pudieron provocar como síntoma ese cáncer. No busca traumas, ni estrés; busca la respuesta personal a esas circunstancias. De modo tal que la Psicooncología se ocupa de la VIDA y es un tratamiento coadyuvante que todo paciente tiene derecho a recibir. Con esta actividad no se pretende curar un proceso que ya ocurrió, se intenta buscar razones en lo que caracteriza al ser humano, en sus más importantes valores: buscar razones en su alma

Problemáticas acerca del final de la vida : La muerte de Lisa

El caso clínico presentado muestra el trabajo psicoterapéutico realizado con una paciente oncológica, dentro del marco de intervención en Psicooncología, en la fase final de la evolución tumoral del cáncer. Si hay algo impreciso, inasible, alterante, dilemático, generador de fantasías y angustias en nuestra labor, es el tiempo que transcurre en torno a la fase final de la vida del paciente. Trabajar con el paciente moribundo, implica trabajar con nuestra propia muerte. Muerte es una palabra temida, olvidada, rechazada, final de todo. Morir hoy en día es un acto triste y solitario en la Unidad de Terapia Intensiva de los hospitales, donde la atención es despersonalizada, donde el paciente pierde el derecho de opinar y se vuelve un cuerpo a ser tratado. El agonizante pierde su status y la experiencia de la muerte es destituida de contenido. Las personas al final de su vida prefieren realmente estar en su casa, con sus afectos, y no en una sala de hospital. En la inmensa mayoría de los pacientes se puede lograr el objetivo de que puedan permanecer libres de dolor y otros síntomas molestos, estando lúcidos y preparándose para morir. Quien recibe el diagnóstico de una enfermedad grave tiene que hacer un duelo, transitar un duelo. No hay duelo solamente en el que se queda, sino también en el que se va. El objeto de duelo en los pacientes terminales es la vida misma. Es fundamental trabajar en el paciente con sus miedos y con su depresión, posibilitándole la oportunidad de participar de la muerte como participó de la vida. La Psicooncología entiende que para que una persona pueda tener cáncer se requiere previamente que ocurra una alteración yoica que lleva a aceptar como propio el tumor. Por ello es sensato y necesario un diagnóstico y tratamiento coadyuvante en el paciente con cáncer. Se entiende que el cáncer le pertenece a esa persona desde el punto de vista orgánico y psíquico. La descripción del tumor es una parte del problema. La otra parte es el individuo. La enfermedad y el pronóstico resultan de la interrelación del cáncer con la totalidad de la persona. Todo él está comprometido. No solo se trata de un proceso local que puede diseminarse por metástasis. Mucho antes, es un proceso general del individuo que se localizará. El cáncer es sólo un síntoma. La persona es mucho más que su enfermedad; así como también lo enfermo puede ser mucho más que el paciente Toda psicoterapia es un compromiso real y vital. La entrevista deberá tener la característica de que el fenómeno transferencial se cumpla desde los primeros instantes y permanezca. La Psicooncología investiga en el alma las respuestas emocionales y afectivas que pudieron provocar como síntoma ese cáncer. No busca traumas, ni estrés; busca la respuesta personal a esas circunstancias. De modo tal que la Psicooncología se ocupa de la VIDA y es un tratamiento coadyuvante que todo paciente tiene derecho a recibir. Con esta actividad no se pretende curar un proceso que ya ocurrió, se intenta buscar razones en lo que caracteriza al ser humano, en sus más importantes valores: buscar razones en su alma

Identification of a biomarker panel for colorectal cancer diagnosis

Background Malignancies arising in the large bowel cause the second largest number of deaths from cancer in the Western World. Despite progresses made during the last decades, colorectal cancer remains one of the most frequent and deadly neoplasias in the western countries. Methods A genomic study of human colorectal cancer has been carried out on a total of 31 tumoral samples, corresponding to different stages of the disease, and 33 non-tumoral samples. The study was carried out by hybridisation of the tumour samples against a reference pool of non-tumoral samples using Agilent Human 1A 60-mer oligo microarrays. The results obtained were validated by qRT-PCR. In the subsequent bioinformatics analysis, gene networks by means of Bayesian classifiers, variable selection and bootstrap resampling were built. The consensus among all the induced models produced a hierarchy of dependences and, thus, of variables. Results After an exhaustive process of pre-processing to ensure data quality--lost values imputation, probes quality, data smoothing and intraclass variability filtering--the final dataset comprised a total of 8, 104 probes. Next, a supervised classification approach and data analysis was carried out to obtain the most relevant genes. Two of them are directly involved in cancer progression and in particular in colorectal cancer. Finally, a supervised classifier was induced to classify new unseen samples. Conclusions We have developed a tentative model for the diagnosis of colorectal cancer based on a biomarker panel. Our results indicate that the gene profile described herein can discriminate between non-cancerous and cancerous samples with 94.45% accuracy using different supervised classifiers (AUC values in the range of 0.997 and 0.955)

Identification of a biomarker panel for colorectal cancer diagnosis

Background:Malignancies arising in the large bowel cause the second largest number of deaths from cancer in the Western World. Despite progresses made during the last decades, colorectal cancer remains one of the most frequent and deadly neoplasias in the western countries. Methods: A genomic study of human colorectal cancer has been carried out on a total of 31 tumoral samples, corresponding to different stages of the disease, and 33 non-tumoral samples. The study was carried out by hybridisation of the tumour samples against a reference pool of non-tumoral samples using Agilent Human 1A 60-mer oligo microarrays. The results obtained were validated by qRT-PCR. In the subsequent bioinformatics analysis, gene networks by means of Bayesian classifiers, variable selection and bootstrap resampling were built. The consensus among all the induced models produced a hierarchy of dependences and, thus, of variables. Results: After an exhaustive process of pre-processing to ensure data quality--lost values imputation, probes quality, data smoothing and intraclass variability filtering--the final dataset comprised a total of 8, 104 probes. Next, a supervised classification approach and data analysis was carried out to obtain the most relevant genes. Two of them are directly involved in cancer progression and in particular in colorectal cancer. Finally, a supervised classifier was induced to classify new unseen samples. Conclusions: We have developed a tentative model for the diagnosis of colorectal cancer based on a biomarker panel. Our results indicate that the gene profile described herein can discriminate between non-cancerous and cancerous samples with 94.45% accuracy using different supervised classifiers (AUC values in the range of 0.997 and 0.955).

Desarrollo de un sistema de escaneado 3D a partir de un dispositivo de holografía conoscópica

La radioterapia intraoperatoria (RIO) con electrones es una modalidad de tratamiento contra el cáncer que combina cirugía y radiación terapéutica aplicada a un tumor sin resecar o al lecho tumoral después de una resección. Este tratamiento se planifica con una imagen preoperatoria del paciente. Sería adecuado incluir en la planificación información acerca de la superficie del lecho tumoral ya que la acumulación de fluidos, las superficies cóncavas y las irregularidades en la superficie irradiada modifican significativamente la distribución de la dosis. Existen diversos escáneres de superficie pero el que mejor se podría adaptar al entorno de la RIO sería el que utiliza un dispositivo de holografía conoscópica (ConoProbe, Optimet Metrology Ltd.) ya que permite realizar medidas de distancias en cavidades, en superficies reflectantes y en tejidos biológicos. La holografía conoscópica es una técnica de interferometría basada en la propagación de la luz en cristales birrefringentes. Para obtener las coordenadas 3D de los puntos de la superficie barridos por el dispositivo ConoProbe es necesario utilizar un sistema de posicionamiento como el que se utiliza en el quirófano de la RIO para localizar el aplicador de RIO con el que se conduce el haz de electrones (sistema de posicionamiento óptico OptiTrack, NaturalPoint Inc.). El objetivo de este proyecto fin de grado consistió en desarrollar un sistema de escaneado de superficies y realizar diversas pruebas para evaluar la calidad del sistema desarrollado y su viabilidad en el entorno de la RIO. Para integrar la información del dispositivo ConoProbe y del sistema de posicionamiento OptiTrack se realizó una calibración temporal para sincronizar los datos de ambos dispositivos utilizando la función de correlación cruzada y una calibración espacial para transformar la distancia medida por el dispositivo ConoProbe en coordenadas 3D de la superficie del objeto escaneado. Se plantearon dos métodos para realizar esta calibración espacial, por ajuste de pares de puntos y por ajuste a un plano. La calibración espacial elegida fue la primera ya que presentaba menor error. El error del sistema es inferior a 2 mm siendo un error aceptable en el entorno de la RIO. Diferentes pruebas con diversos materiales y formas han permitido comprobar que el sistema de escaneado funciona incluso con líquidos. En un procedimiento de RIO, el escaneado de la superficie se haría después de colocar el aplicador. En este caso, se puede obtener también la superficie del objeto alrededor de centro del aplicador colocando verticalmente el dispositivo ConoProbe. Es complicado obtener la superficie próxima a las paredes del aplicador debido a que estas afectan al cono de luz reflejado. De todas formas, el sistema de escaneado desarrollado proporciona más información en este escenario que un sistema de escáner 3D de luz estructurada (no se podría escanear nada de la superficie con el aplicador colocado). Esta información es útil para la estimación de la distribución de la dosis real que recibe un paciente en un procedimiento de RIO.