Optimització d'una aplicació bioinformàtica d'aliniament de seqüències executada en processadors many-core (GPUs)

Las herramientas de análisis de secuencias genómicas permiten a los biólogos identificar y entender regiones fundamentales que tienen implicación en enfermedades genéticas. Actualmente existe una necesidad de dotar al ámbito científico de herramientas de análisis eficientes. Este proyecto lleva a cabo una caracterización y análisis del rendimiento de algoritmos utilizados en la comparación de secuencias genómicas completas, y ejecutadas en arquitecturas MultiCore y ManyCore. A partir del análisis se evalúa la idoneidad de este tipo de arquitecturas para resolver el problema de comparar secuencias genómicas. Finalmente se propone una serie de modificaciones en las implementaciones de estos algoritmos con el objetivo de mejorar el rendimiento.

Bioinformàtica : comparació de genomes d'eucariota

La cerca de similituds als codis genètics de dos espècies, ens permet obtenir molta informació de la evolució dels seus genomes. Aquesta informació afavoreix el descobriment de gens que es conserven amb la mateixa funcionalitat a diferents espècies. També té importants aplicacions mèdiques i ens permet entendre els processos evolutius que han portat a la diversitat d'espècies de l'actualitat. El present treball té l'objectiu d'automatitzar una sèrie de processos d'un servidor d'aplicacions web: http://platypus.uab.cat, que realitzin de forma òptima i eficient, la comparació dels genomes eucariotes, tots amb tots, conforme aquests genomes siguin seqüenciats. Així aquestes comparacions entre genomes de organismes superiors podran ser consultades via web.

Optimització d'una aplicacio bioinformàtica d'alineament de seqüències executada en processadors multi-core i many-core (GPUs)

Las aplicaciones de alineamiento de secuencias son una herramienta importante para la comunidad científica. Estas aplicaciones bioinformáticas son usadas en muchos campos distintos como pueden ser la medicina, la biología, la farmacología, la genética, etc. A día de hoy los algoritmos de alineamiento de secuencias tienen una complejidad elevada y cada día tienen que manejar un volumen de datos más grande. Por esta razón se deben buscar alternativas para que estas aplicaciones sean capaces de manejar el aumento de tamaño que los bancos de secuencias están sufriendo día a día. En este proyecto se estudian y se investigan mejoras en este tipo de aplicaciones como puede ser el uso de sistemas paralelos que pueden mejorar el rendimiento notablemente.

Control d'inventaris mitjançant codis de barres

En aquest projecte es desenvolupa un software per a la gestió d’inventaris d’actius de la Universitat Autònoma de Barcelona. El hardware pel qual està dissenyada aquesta aplicació és un notebook i una pistola lectora de codis de barres. Amb aquest software es poden crear inventaris per centres i espais important la informació mitjançant un fitxer extern. L’aplicació detecta automàticament canvis d’ubicació, elements perduts i permet inserir comentaris per a la identificació d’elements en mal estat. L’aplicació està basada en el web i pel seu desenvolupament s’han utilitzat tecnologies com el PHP, SQL, XHTML, CSS, Javascript, servidors Apache i MySQL.

Acceleració d'operacions SQL en GPU

L'objectiu principal d'aquest projecte és avaluar la tecnologia GPU per determinar si pot ser útil en el sector de les bases de dades. En concret s'utilitza el problema específic de les consultes analítiques amb la finalitat de intentar obtenir un temps de resposta més ràpid. Per aconseguir-ho s'executa el benchmark estàndard TCP-H per poder realitzar la comparació entre tres sistemes de gestió de bases de dades CPU amb un altre implementat per GPU.

Estudi i implementació d'un sistema de computació en núvol

En aquest projecte s’ha avaluat la infraestructura de computació en núvol. Concretament, s’ha estudiat el seu funcionament i les diverses implementacions que existeixen, intentant discernir si aquest tipus d’infraestructura informàtica aporta alguna millora respecte a les actuals solucions implantades.

Metodología para la resolución de problemas de optimización

El presente proyecto tiene como objetivo evaluar una metodología para la resolución de problemas de optimización. Para ello se utiliza el formalismo de modelado de Redes de Petri Coloreadas para representar un Sistema de Eventos Discretos, que describirá el problema de optimización a resolver. El caso de estudio a optimizar en este proyecto se conoce como Tiempo de Tránsito de Pasajeros, y se define como el tiempo que tarda un pasajero con escalas en recorrer el trayecto que va desde la puerta de embarque de llegada hasta la puerta de embarque de salida asignada.

Text2Emotion: un gestor d'experiències SOA : extracció d'emocions per al suport a la gestió de relació amb clients

Customer Experience Management (CEM) se ha convertido en un factor clave para el éxito de las empresas. CEM gestiona todas las experiencias que un cliente tiene con un proveedor de servicios o productos. Es muy importante saber como se siente un cliente en cada contacto y entonces poder sugerir automáticamente la próxima tarea a realizar, simplificando tareas realizadas por personas. En este proyecto se desarrolla una solución para evaluar experiencias. Primero se crean servicios web que clasifican experiencias en estados emocionales dependiendo del nivel de satisfacción, interés, … Esto es realizado a través de minería de textos. Se procesa y clasifica información no estructurada (documentos de texto) que representan o describen las experiencias. Se utilizan métodos de aprendizaje supervisado. Esta parte es desarrollada con una arquitectura orientada a servicios (SOA) para asegurar el uso de estándares y que los servicios sean accesibles por cualquier aplicación. Estos servicios son desplegados en un servidor de aplicaciones. En la segunda parte se desarrolla dos aplicaciones basadas en casos reales. En esta fase Cloud computing es clave. Se utiliza una plataforma de desarrollo en línea para crear toda la aplicación incluyendo tablas, objetos, lógica de negocio e interfaces de usuario. Finalmente los servicios de clasificación son integrados a la plataforma asegurando que las experiencias son evaluadas y que las tareas de seguimiento son automáticamente creadas.

OnTheBus

El projecte OnTheBus pretén ser un sistema de guiatge gratuït, destinat per a la plataforma mòbil Android, útil com a eina d’ajuda pel desplaçament d’un punt d’origen a un punt de destí dins de la ciutat, utilitzant la xarxa de transport metropolità. Aquesta memòria s’enllaça amb 6 memòries més, dels meus companys amb els qui he realitzat el projecte OnTheBus. Per poder elaborar amb èxit l’aplicació OntheBus, cal donar importància al disseny i a la implementació de la interfície d’usuari. L’objectiu d’aquesta memòria és explicar com s’ha realitzat i dissenyat l’aplicació perquè sigui accessible per a tothom. Ja que pot tenir un rang molt ampli d’edats d’usuaris, la implementació de la interfície està basada en les directrius del Disseny Universal.

OnTheBus

El projecte OnTheBus pretén ser un sistema de guiatge gratuït, destinat per a la plataforma mòbil Android, per desplaçar-se d’un punt origen a un punt destí dins de la ciutat utilitzant la xarxa de transport metropolità. Aquesta memòria s’enllaça amb sis memòries més, dels companys que han realitzat el projecte OnTheBus. Es descriu el Mòdul de Dades (BDD), el qual recol·lecta i proporciona a l’aplicació tota la informació necessària del diferents sistemes d’autobusos, per a que aquesta pugui assolir el guiatge correctament.

OnTheBus

El projecte OnTheBus pretén ser un sistema de guiatge gratuït, destinat per a la plataforma mòbil Android, útil com a eina d’ajuda pel desplaçament d’un punt d’origen a un punt de destí dins de la ciutat, utilitzant la xarxa de transport metropolità. Aquesta memòria s’enllaça amb 6 memòries més, dels meus companys amb els qui he realitzat el projecte OnTheBus. Per poder elaborar amb èxit l’aplicació OntheBus, cal donar importància al disseny i a la implementació de la interfície d’usuari. L’objectiu d’aquesta memòria és explicar com s’ha realitzat i dissenyat l’aplicació perquè sigui accessible per a tothom. Ja que pot tenir un rang molt ampli d’edats d’usuaris, la implementació de la interfície està basada en les directrius del Disseny Universal.

Integración de Hadoop con planificadores batch

Cada vez es mayor el número de aplicaciones desarrolladas en el ámbito científico, como en la Bioinformática o en las Geociencias, escritas bajo el modelo MapReduce, empleando herramientas de código abierto como Apache Hadoop. De la necesidad de integrar Hadoop en entornos HPC, para posibilitar la ejecutar aplicaciones desarrolladas bajo el paradigma MapReduce, nace el presente proyecto. Se analizan dos frameworks diseñados para facilitar dicha integración a los desarrolladores: HoD y myHadoop. En este proyecto se analiza, tanto las posibilidades en cuanto a entornos que ofrecen dichos frameworks para la ejecución de aplicaciones MapReduce, como el rendimiento de los clúster Hadoop generados con HoD o myHadoop respecto a un clúster Hadoop físico.

OnTheBus

El projecte OnTheBus pretén ser un sistema de guiatge gratuït, destinat per a la plataforma mòbil Android, útil com a eina d’ajuda pel desplaçament d’un punt d’origen a un punt de destí dins de la ciutat, utilitzant la xarxa de transport metropolità. Aquesta memòria s’enllaça amb 6 memòries més, dels meus companys amb els qui he realitzat el projecte OnTheBus. L’objectiu d’aquesta memòria és explicar la gestió del projecte que s’ha realitzat, consisteix en constatar quina metodologia de desenvolupament s’ha seguit, com s’ha dividit i organitzat la feina i els grups de treball. Així com el mòdul de navegació o guiatge que s’ha desenvolupat.