L'edició digital d'articles científics accessibles per a cecs

Es presenta una revisió de la literatura sobre l'edició digital d'articles científics accessibles per a persones cegues.

Estudio de la accesibilidad de la documentación científica en soporte digital

El estudio analiza, a partir de una prueba experimental, los problemas de accesibilidad que actualmente presenta la información científica en formato digital, más concretamente los artículos científicos en soporte digital que actualmente se pueden consultar a través de los portales de acceso a las revistas electrónicas y en los repositorios abiertos ("open access") de literatura científica. El estudio se centra en los aspectos de facilidad de uso del contenido de los documentos, sin entrar en la observación de los distintos sistemas de recuperación.Se han analizado los dos formatos más utilizados para la publicación de artículos científicos en soporte digital: HTML y PDF, estudiando la variabilidad interna que representa la presencia de sumarios o de tablas de datos internas o vinculadas.Esta investigación se ha realizado a partir del trabajo experimental con dos colectivos: sujetos ciegos y sujetos no ciegos. El primer grupo se ha concretado en 30 sujetos ciegos que han colaborado de forma voluntaria y que han sido contactados gracias a la mediación de la Fundación ONCE. El segundo grupo se ha concretado en 30 profesores del Departamento de Biblioteconomía y Documentación de la Universidad de Barcelona.

Modelo digital de elevação na caracterização de solos desenvolvidos de basalto e material arenítico

Os levantamentos de solos são na maioria antigos e pouco detalhados, geralmente nos níveis exploratório e de reconhecimento. Isso pode ser explicado pelo fato de que o método tradicional de levantamento de solos é lento e caro, requerendo grande número de observações de campo. Assim, o presente trabalho teve como objetivo caracterizar unidades de mapeamento de solos das regiões de Ibaté e São Carlos, SP, desenvolvidos de materiais basálticos e areníticos em função da declividade e altitudes correspondentes, com base em modelo digital de elevação (MDE). Primeiramente, foi feito um mapa de solos semidetalhado pelo método tradicional. Posteriormente, utilizando-se curvas de nível da região, foi elaborado o MDE, do qual foram extraídos mapas com diferentes classes de declividade e elevação. Por meio da tabulação cruzada, foi determinada a incidência de cada solo nas respectivas classes de declives e altitudes. Cada solo apresentou comportamento diferenciado em relação às classes de declive. Contudo, nas faixas limítrofes de declividade pode ocorrer sobreposição de dois ou mais solos. Na referida região, o Latossolo Amarelo encontra-se predominantemente nas regiões mais altas e de relevo plano; entretanto, solos pouco intemperizados, como os Neossolos Litólicos, aparecem em diferentes faixas de declividade. Conclui-se que o conhecimento da distribuição dos solos no relevo é de grande importância, pois facilita a execução do levantamento de solos. O modelo de elevação apresenta semelhanças com o mapa de solos, podendo auxiliar na sua determinação. As variações de solo, no entanto, são mais complexas, não dispensando as observações de campo.

Sensitive and rapid detection of ganciclovir resistance by PCR based MALDI-TOF analysis.

BACKGROUND: Cytomegalovirus (CMV) infection is associated with significant morbidity and mortality in transplant recipients. Resistance against ganciclovir is increasingly observed. According to current guidelines, direct drug resistance testing is not always performed due to high costs and work effort, even when resistance is suspected. OBJECTIVES: To develop a more sensitive, easy applicable and cost-effective assay as proof of concept for direct drug resistance testing in CMV surveillance of post-transplant patients. STUDY DESIGN: Five consecutive plasma samples from a heart transplant patient with a primary CMV infection were analyzed by quantitative real-time polymerase chain reaction (rtPCR) as a surrogate marker for therapy failure, and by direct drug resistance detection assays such as Sanger sequencing and the novel primer extension (PEX) reaction matrix-assisted laser desorption ionization time-of-flight (MALDI-TOF) based method. RESULTS: This report demonstrates that PEX reaction followed by MALDI-TOF analysis detects the A594V mutation, encoding ganciclovir resistance, ten days earlier compared to Sanger sequencing and more than 30 days prior to an increase in viral load. CONCLUSION: The greatly increased sensitivity and rapid turnaround-time combined with easy handling and moderate costs indicate that this procedure could make a major contribution to improve transplantation outcomes.

PCR detection of the pKM.19/ScrfI RFLP (D7S23), a marker closely linked to the cystic fibrosis mutation

Source: Description: pKM-19 is a 1.0 kb EcoRI human genomic fragment inserted in pUC13, that detects a Scrfl (CC/NGG) RFLP (1, 2). We report here the primer sequences suitable for the detection of this RFLP by PCR...

Measurement of absolute cell volume, osmotic membrane water permeability, and refractive index of transmembrane water and solute flux by digital holographic microscopy.

ABSTRACT. A dual-wavelength digital holographic microscope to measure absolute volume of living cells is proposed. The optical setup allows us to reconstruct two quantitative phase contrast images at two different wavelengths from a single hologram acquisition. When adding the absorbing dye fast green FCF as a dispersive agent to the extracellular medium, cellular thickness can be univocally determined in the full field of view. In addition to the absolute cell volume, the method can be applied to derive important biophysical parameters of living cells including osmotic membrane water permeability coefficient and the integral intracellular refractive index (RI). Further, the RI of transmembrane flux can be determined giving an indication about the nature of transported solutes. The proposed method is applied to cultured human embryonic kidney cells, Chinese hamster ovary cells, human red blood cells, mouse cortical astrocytes, and neurons.

Uso de regressões logísticas múltiplas para mapeamento digital de solos no Planalto Médio do RS

Regressões nominais logísticas estabelecem relações matemáticas entre variáveis independentes contínuas ou discretas e variáveis dependentes discretas. Essas foram avaliadas quanto ao seu potencial em predizer a ocorrência e distribuição de classes de solos na região dos municípios de Ibirubá e Quinze de Novembro (RS). A partir de modelo numérico de terreno digital (MNT) com 90 m de resolução, foram calculadas variáveis de terreno topográficas (elevação, declividade e curvatura) e hidrográficas (distância dos rios, índice de umidade topográfica, comprimento de fluxo de escoamento e índice de poder de escoamento). Foram então estabelecidas regressões logísticas múltiplas entre as classes de solos da região com base em levantamento tradicional na escala 1:80.000 e as variáveis de terreno. As regressões serviram para calcular a probabilidade de ocorrência de cada classe de solo, e o mapa final de solos estimado foi produzido atribuindo-se a cada célula do mapa a denominação da classe de solo com maior probabilidade de ocorrência. Observou-se acurácia geral (AG) de 58 % e acurácia pelo coeficiente Kappa de Cohen de 38 %, comparando-se o mapa original com o mapa estimado dentro da escala original. Uma simplificação de escala foi pouco significativa para o aumento da acurácia do mapa, sendo 61 % de AG e 39 % de Kappa. Concluiu-se que as regressões logísticas múltiplas apresentaram potencial preditivo para serem usadas como ferramentas no mapeamento supervisionado de solos.

Development of a high throughput PCR to detect Coxiella burnetii and its application in a diagnostic laboratory over a 7-year period.

Q fever is a worldwide zoonotic infectious disease due to Coxiella burnetii. The clinical presentation may be acute (pneumonia and/or hepatitis) or chronic (most commonly endocarditis). Diagnosis mainly relies on serology and PCR. We therefore developed a quantitative real-time PCR. We first tested blindly its performance on various clinical samples and then, when thoroughly validated, we applied it during a 7-year period for the diagnosis of both acute and persistent C. burnetii infection. Analytical sensitivity (< 10 copies/PCR) was excellent. When tested blindly on 183 samples, the specificity of the PCR was 100% (142/142) and the sensitivity was 71% (29/41). The sensitivity was 88% (7/8) on valvular samples, 69% (20/29) on blood samples and 50% (2/4) on urine samples. This new quantitative PCR was then successfully applied for the diagnosis of acute Q fever and endovascular infection due to C. burnetii, allowing the diagnosis of Q fever in six patients over a 7-year period. During a local small cluster of cases, the PCR was also applied to blood from 1355 blood donors; all were negative confirming the high specificity of this test. In conclusion, we developed a highly specific method with excellent sensitivity, which may be used on sera for the diagnosis of acute Q fever and on various samples such as sera, valvular samples, aortic specimens, bone and liver, for the diagnosis of persistent C. burnetii infection.

Selection methods regulate evolution of cooperation in digital evolution.

A key, yet often neglected, component of digital evolution and evolutionary models is the 'selection method' which assigns fitness (number of offspring) to individuals based on their performance scores (efficiency in performing tasks). Here, we study with formal analysis and numerical experiments the evolution of cooperation under the five most common selection methods (proportionate, rank, truncation-proportionate, truncation-uniform and tournament). We consider related individuals engaging in a Prisoner's Dilemma game where individuals can either cooperate or defect. A cooperator pays a cost, whereas its partner receives a benefit, which affect their performance scores. These performance scores are translated into fitness by one of the five selection methods. We show that cooperation is positively associated with the relatedness between individuals under all selection methods. By contrast, the change in the performance benefit of cooperation affects the populations' average level of cooperation only under the proportionate methods. We also demonstrate that the truncation and tournament methods may introduce negative frequency-dependence and lead to the evolution of polymorphic populations. Using the example of the evolution of cooperation, we show that the choice of selection method, though it is often marginalized, can considerably affect the evolutionary dynamics.

Integração de dados do quickbird e atributos do terreno no mapeamento digital de solos por redes neurais artificiais

No presente estudo, foi realizada uma avaliação de diferentes variáveis ambientais no mapeamento digital de solos em uma região no norte do Estado de Minas Gerais, utilizando redes neurais artificiais (RNA). Os atributos do terreno declividade e índice topográfico combinado (CTI), derivados de um modelo digital de elevação, três bandas do sensor Quickbird e um mapa de litologia foram combinados, e a importância de cada variável para discriminação das unidades de mapeamento foi avaliada. O simulador de redes neurais utilizado foi o "Java Neural Network Simulator", e o algoritmo de aprendizado, o "backpropagation". Para cada conjunto testado, foi selecionada uma RNA para a predição das unidades de mapeamento; os mapas gerados por esses conjuntos foram comparados com um mapa de solos produzido com o método convencional, para determinação da concordância entre as classificações. Essa comparação mostrou que o mapa produzido com o uso de todas as variáveis ambientais (declividade, índice CTI, bandas 1, 2 e 3 do Quickbird e litologia) obteve desempenho superior (67,4 % de concordância) ao dos mapas produzidos pelos demais conjuntos de variáveis. Das variáveis utilizadas, a declividade foi a que contribuiu com maior peso, pois, quando suprimida da análise, os resultados da concordância foram os mais baixos (33,7 %). Os resultados demonstraram que a abordagem utilizada pode contribuir para superar alguns dos problemas do mapeamento de solos no Brasil, especialmente em escalas maiores que 1:25.000, tornando sua execução mais rápida e mais barata, sobretudo se houver disponibilidade de dados de sensores remotos de alta resolução espacial a custos mais baixos e facilidade de obtenção dos atributos do terreno nos sistemas de informação geográfica (SIG).

Decay of unstable states in the presence of colored noise and random initial conditions. II. Analog experiments and digital simulations

The decay of an unstable state under the influence of external colored noise has been studied by means of analog experiments and digital simulations. For both fixed and random initial conditions, the time evolution of the second moment ¿x2(t)¿ of the system variable was determined and then used to evaluate the nonlinear relaxation time. The results obtained are found to be in excellent agreement with the theoretical predictions of the immediately preceding paper [Casademunt, Jiménez-Aquino, and Sancho, Phys. Rev. A 40, 5905 (1989)].

Digital soil mapping: strategy for data pre-processing

The region of greatest variability on soil maps is along the edge of their polygons, causing disagreement among pedologists about the appropriate description of soil classes at these locations. The objective of this work was to propose a strategy for data pre-processing applied to digital soil mapping (DSM). Soil polygons on a training map were shrunk by 100 and 160 m. This strategy prevented the use of covariates located near the edge of the soil classes for the Decision Tree (DT) models. Three DT models derived from eight predictive covariates, related to relief and organism factors sampled on the original polygons of a soil map and on polygons shrunk by 100 and 160 m were used to predict soil classes. The DT model derived from observations 160 m away from the edge of the polygons on the original map is less complex and has a better predictive performance.

Mapeamento digital de solos por redes neurais artificiais com base na relação solo-paisagem

Técnicas de mapeamento digital podem contribuir para agilizar a realização de levantamentos pedológicos detalhados. Objetivou-se com este trabalho obter um mapa digital de solos (MDS) com uso de redes neurais artificiais (RNA), utilizando correlações entre unidades de mapeamento (UM) e covariáveis ambientais. A área utilizada compreendeu aproximadamente 12.000 ha localizados no município de Barra Bonita, SP. A partir do resultado de uma análise de agrupamento das covariáveis ambientais, foram escolhidas cinco áreas de referência para realizar o mapeamento convencional. As UM identificadas subsidiaram a aplicação da técnica de RNA. Utilizaram-se o simulador de redes neurais JavaNNS e o algoritmo de aprendizado backpropagation. Pontos de referência foram coletados para avaliar o desempenho do mapa digital produzido. A posição na paisagem e o material de origem subjacente foram determinantes para o reconhecimento dos delineamentos das UM. Houve boa concordância entre as UM delineadas pelo MDS e pelo método convencional. A comparação entre os pontos de referência e o mapa de solos digital evidenciou exatidão de 72 %. O uso da abordagem MDS utilizada pode contribuir para diminuir a falta de informações semidetalhadas de solos em locais ainda não mapeados, tomando-se como base informações pedológicas obtidas de áreas de referência adjacentes.