Internal structure of chlorosomes from brown-colored Chlorobium species and the role of carotenoids in their assembly

Chlorosomes are the main light harvesting complexes of green photosynthetic bacteria. Recently, a lamellar model was proposed for the arrangement of pigment aggregates in Chlorobium tepidum chlorosomes, which contain bacteriochlorophyll (BChl) c as the main pigment. Here we demonstrate that the lamellar organization is also found in chlorosomes from two brown-colored species (Chl. phaeovibrioides and Chl. phaeobacteroides) containing BChl e as the main pigment. This suggests that the lamellar model is universal among green sulfur bacteria. In contrast to green-colored Chl. tepidum, chlorosomes from the brown-colored species often contain domains of lamellar aggregates that may help them to survive in extremely low light conditions. We suggest that carotenoids are localized between the lamellar planes and drive lamellar assembly by augmenting hydrophobic interactions. A model for chlorosome assembly, which accounts for the role of carotenoids and secondary BChl homologs, is presented

Pressure-jump-induced kinetics reveals a hydration dependent folding/unfolding mechanism of ribonuclease A

Pressure-jump (p-jump)-induced relaxation kinetics was used to explore the energy landscape of protein folding/unfolding of Y115W, a fluorescent variant of ribonuclease A. Pressure-jumps of 40MPa amplitude (5ms dead-time) were conducted both to higher (unfolding) and to lower (folding) pressure, in the range from 100 to 500MPa, between 30 and 50°C. Significant deviations from the expected symmetrical protein relaxation kinetics were observed. Whereas downward p-jumps resulted always in single exponential kinetics, the kinetics induced by upward p-jumps were biphasic in the low pressure range and monophasic at higher pressures. The relative amplitude of the slow phase decreased as a function of both pressure and temperature. At 50°C, only the fast phase remained. These results can be interpreted within the framework of a two-dimensional energy surface containing a pressure- and temperature-dependent barrier between two unfolded states differing in the isomeric state of the Asn-113–Pro-114 bond. Analysis of the activation volume of the fast kinetic phase revealed a temperature-dependent shift of the unfolding transition state to a larger volume. The observed compensation of this effect by glycerol offers an explanation for its protein stabilizing effect

Characterization and mechanism of action of the biological control agent Pantoea agglomerans EPS125

La soca EPS125 ha mostrat ser un efectiu agent de control biològic de diferents patògens fúngics de postcollita en diferents fruits. Degut a la seva elevada eficàcia, es va plantejar desenvolupar aquesta soca comercialment i per aquest motiu en el present treball es plantejà complementar la informació necessària pel seu registre. D'acord amb els resultats obtinguts mitjançant proves fenotípiques i genotípiques, la soca EPS125 queda inclosa dins l'espècie Pantoea agglomerans (Enterobacter agglomerans-Erwinia herbicola). En relació a la utilització de fonts de carboni, en el perfil i contingut d'àcids grassos cel·lulars i en el polimorfisme en la longitud dels fragments de macrorestricció genòmica (MRFLP), la soca EPS125 mostrà trets característics que la diferencien d'altres soques. Els dos marcadors moleculars (125.2 i 125.3) específics per la soca EPS125 dissenyats en el present treball mostraren ser semiespecífics per la seva detecció mitjançant la tècnica PCR i Real Time PCR. Quedant pendent l'anàlisi d'especificitat de l'ús combinat dels dos marcadors moleculars en una reacció PCR multiplex. P. agglomerans EPS125 ha mostrat ser molt efectiva en el control de Penicillium expansum en poma amb una dosi efectiva mitjana de 2.7x105 a 7x105 ufc/ml, i una ratio de 25-101 cèl·lules de la soca EPS125 per inactivar una espora del patogen segons el model de saturació hiperbòlica. Segons les aproximacions fenotípiques i estudis genotípics realitzats, sembla que els mecanismes de biocontrol utilitzats per la soca EPS125 contra P. expansum en poma estan directament relacionats amb la capacitat de formació de biofilm per aquesta soca.

Mechanism of action of cyclic antimicrobial peptides

This PhD thesis is the result of the combination of experimental and computational techniques with the aim of understanding the mechanism of action of de novo cyclic decapeptides with high antimicrobial activity. By experimental techniques the influence of the replacement of the phenylalanine for tryptophan residue in their antimicrobial activity was tested and the stability in human serum was also analyzed, in order to evaluate their potential therapeutic application as antitumor agents. On the other hand, the interaction amongst the peptide BPC194 c(KKLKKFKKLQ), the best candidate from the whole library of cyclic peptides, and a model anionic membrane was simulated. The results showed a structure-function relationship derived from the stable conformation of the peptides involved in the membrane permeabilization. As a result, a rational design was performed being BPC490 the peptide with best antimicrobial activity compared with the best active peptide from the original library.

Laughing in the mechanism : du choix du silence comme élément autobiographique dans le poème ''Agrippa'' de William Gibson (1992)

Le silence est une composante fondamentale de la création artistique, aussi bien dans le domaine musical qu’au cinéma. La notion de silence atteint toutefois un espace limite dans le domaine littéraire, comme le note Gilles Deleuze en évoquant le « silence dans les mots », la « limite asyntaxique » qui n’est pas « extérieure au langage » dans la poésie d’Antonin Artaud ; cette même notion devenant plus problématique encore dans le domaine de l’autobiographie, traditionnellement informative. Nous posons tout d’abord la question de savoir comment l’auteur, se racontant lui-même, sa vie, son parcours, peut choisir de ne donner à lire qu’un silence plus ou moins long, et sembler ainsi renoncer à sa tâche, pour ensuite étudier le poème « Agrippa—A Book of the Dead » (1992) de l’écrivain américain William Gibson (né en 1948). Inspiré par la découverte d’un album de photos appartenant à son père, l’auteur y évoque les souvenirs de son enfance en Virginie. La singularité d’« Agrippa » réside surtout dans les mécanismes mis en oeuvre lors de sa lecture : à l’origine seulement disponible sur disquette, un programme d’ « encryption » ou « bombe logique » efface le texte au fur et à mesure que l’ordinateur le déchiffre, afin de n’être lu qu’une fois seulement, laissant la place au vide, au silence. Nous proposons ici d’étudier le poème « Agrippa » en démontrant comment la disparition progressive du texte a, dans le travail d’écriture de Gibson, une portée originale. L’objectif de l’étude est de montrer que Gibson se sert du poème pour proposer une révolution littéraire où l’art « quitte le cadre », où « le mot écrit quitte la page » de façon concrète et effective pour soumettre au lecteur un questionnement, esthétique, philosophique, voire théologique fécond – Maurice Blanchot arguant que Dieu communique « seulement par son silence ».