Bounding right-arm rotation distances

Rotation distance quantifies the difference in shape between two rooted binary trees of the same size by counting the minimum number of elementary changes needed to transform one tree to the other. We describe several types of rotation distance, and provide upper bounds on distances between trees with a fixed number of nodes with respect to each type. These bounds are obtained by relating each restricted rotation distance to the word length of elements of Thompson's group F with respect to different generating sets, including both finite and infinite generating sets.

Morfologia do Mycobacterium leprae hominis e do M. leprae muris: estudo baseado na microscopia electrônica e de contraste de fases

Hansen's Bacillus: By electron microscopy this bacillus shows membrane and halo, this being more visible when sorrounding the globi or bundles of bacilli; shows, also, free granules of various sizes which were before considered as dust of the dyes; shows external granules bound with the membrane and some times branching. By phases contrast microscopy examining leproma suspensions and subcataneous lymph at 400 x we saw many free granules with intense rotatory movement; granulated bacilli with screw, skip or stroke motion, producing slow progressive motion. All such elementes are surrounded by a halo, corresponding to the classical gloea. By a patient and delayed examination we were able to see that the internal granules are motile and help the progression of the bacilli, giving the impression that the cytoplasm is liquid. By a lasting observation we could see the larger granules form prolapse, like a pseudopode and abandon the bacilli and going in very rapid rotatory movement. There are branched bacilli; there are pedunculated fred granules like comets. The addition of a drop of formol at the preparation stops all movements. Stefansky's Bacillus: Repeated examination by RCA electron microscope, type EMU-25 of fresh suspensions of rat lepromas, led us to confirm the close relationship between human and murine leprosy agents. We examined also material from carabo (Lepra bubalorum) from Java, but due to fixation, the material was unsuitable for comparative studies. The Stefansky's bacilli showed also emmbranes and halos, internal or external granules (smaller than those of Hansen's bacillus). The bacilli shaded by chromium look thicker and shorter than those of Hansen. Due to electron bombardment both, Hansen's and Stefansky's baccilli suffer considerable alterations in their structure, showing black barrs of chromatin condensation at their extremities as also in their centers. By phase microscopy the Stefansky's bacilli showed elements with 1, 2 (bipolar), 3 or more internal small granules, developing identical movements as those of Hansen. The globi seem to be non-motile but the free bacilli appearing around the globi show intense movement. At 1000 x the examination is less satisfactory than at 400 x. The addition of formol solution in the preparation suppresses all movements, even the brownian, but the material becomes more suitable for the study of static morphology of the bacilli. CONCLUSION - The electron and phases contrast microscopy of leprous material from different types and phases of the disease may explain some of the unknown aspects of the biology and morphology of the bacilli.

Approximating subtree distances between Phylogenies

We give a 5-approximation algorithm to the rooted Subtree-Prune-and-Regraft (rSPR) distance between two phylogenies, which was recently shown to be NP-complete by Bordewich and Semple [5]. This paper presents the first approximation result for this important tree distance. The algorithm follows a standard format for tree distances such as Rodrigues et al. [24] and Hein et al. [13]. The novel ideas are in the analysis. In the analysis, the cost of the algorithm uses a \cascading" scheme that accounts for possible wrong moves. This accounting is missing from previous analysis of tree distance approximation algorithms. Further, we show how all algorithms of this type can be implemented in linear time and give experimental results.

Informe sobre l’estada de recerca a la Universitat d’Edimburg; agost, octubre – desembre 2006

Estudi realitzat a partir d’una estada al laboratori del Dr. Maurizio Mencuccini a la School of GeoSciences de la University of Edinburgh, entre els mesos d’agost i desembre del 2006. El treball realitzat s’ha centrat en tres projectes. Primerament, s’ha desenvolupat un sensor per mesurar el flux de saba al xilema i al floema, basat en la utilització de polsos de calor per tal d’estimar la velocitat del flux de massa en un medi porós. A diferència del mètode que es fa servir normalment per estimar el flux al xilema, s’ha aconseguit un nou mètode que assoleix l’escalfament fent servir un làser, la qual cosa fa que el mètode sigui no intrusiu. Per altra banda, s’ha estudiat la variabilitat de l’anatomia del floema en funció de l’edat de l’arbre en poblacions de tres espècies diferents (Pinus sylvestris, Fraxinus excelsior i Acer pseudoplatanus). L’objectiu de l’estudi és veure si l’edat/mida dels arbres afecta la mida dels elements conductors al floema, la superfície de floema funcional, o la relació entre superfície de floema funcional i superfície de fulles. Finalment, s’ha estudiat l’intercanvi de gasos a nivell de branca en funció de l’edat de l’arbre i la posició a la capçada en un bosc de Pinus sylvestris.

Generating trees for permutations avoiding generalized patterns

We construct generating trees with with one, two, and three labels for some classes of permutations avoiding generalized patterns of length 3 and 4. These trees are built by adding at each level an entry to the right end of the permutation, which allows us to incorporate the adjacency condition about some entries in an occurrence of a generalized pattern. We use these trees to find functional equations for the generating functions enumerating these classes of permutations with respect to different parameters. In several cases we solve them using the kernel method and some ideas of Bousquet-Mélou [2]. We obtain refinements of known enumerative results and find new ones.

Inoculación con hongos formadores de micorrizas arbusculares de plantones de olivo y portainjertos de frutales micropropagados.Valoración de su comportamiento después de su trasplante a campo

Una gran mayoría de árboles frutales forman micorrizas en condiciones naturales, sin embargo debido a las técnicas de cultivo habituales (fumigación de viveros, utilización de substratos esterilizados, micropropagación de material en condiciones asépticas) se han detectado, en algunos casos, sintomatologías atribuibles a la ausencia de la simbiosis. La micorrización de patrones de frutales se ha estudiado en condiciones controladas obteniéndose una respuesta favorable de las plantas inoculadas frente a las no inoculadas en crecimiento y en protección frente a patógenos del suelo y estreses abióticos. Sin embargo no se ha evaluado la integración de la micorrización en las prácticas habituales de una producción intensiva en vivero y en plantación. Este trabajo estudia la efectividad de la inoculación de porta-injertos de frutales del género Prunus y de plántulas de olivo del cultivar arbequina en plantación. Así mismo también se evalúa la incorporación práctica de la inoculación en la tecnología de viveros comerciales.

Selección de portainjertos de frutales adaptados a condiciones de producción mediterráneas: resistencia a nematodos, aptitud para micorrización y tolerancia a salinidad.

La utilización de portainjertos de frutales adaptados a condiciones mediterráneas que confieran una elevada productividad además de poseer características de resistencia o tolerancia frente a plagas, enfermedades y de adaptación a los parámetros medioambientales predominantes, es una necesidad para las zonas de producción frutícola de nuestro país. Este proyecto se planteó como un estudio multidisciplinar de selección de materiales vegetales para conocer su comportamiento agronómico y poder predecir su capacidad de adaptación a situaciones de replante. La replantación de frutales es actualmente una actividad dinámica, más frecuente que el establecimiento de nuevas plantaciones en las áreas tradicionales de producción, y que plantea generalmente problemas de mortalidad y de crecimiento lento de los árboles, reduciéndose a medio y largo plazo la vida útil de la plantación. Los nematodos fitoparásitos son un componente esencial en las situaciones de replante porque reducen el vigor de las plantas y predisponen a las raíces a infecciones secundarias causadas por otros patógenos de suelo. La elección de portainjertos resistentes a nematodos suele ser esencial para asegurar la supervivencia del árbol, así como su productividad. Las implicaciones medioambientales de esta elección son muy importantes porque la resistencia en cultivos perennes es la alternativa más fiable a los nematicidas de uso restringido por su elevada toxicidad. La resistencia sin embargo, no puede ser la única alternativa a considerar por los productores debido a sus actuales limitaciones. Hay que tener en cuenta la propia variabilidad patogénica de los nematodos y la capacidad de adaptación de los portainjertos resistentes a condiciones de estrés abiótico (salinidad, caliza, déficit hídrico, asfixia) que a su vez pueden modificar la expresión de resistencia.

La pera Abate Fetel: Importància, característiques i solucions tècniques al problema del quallat

El conreu del perer a Europa es caracteritza pel fet que els principals països productors aglutinen la major part de la producció d’una varietat, per exemple, el 90% de Blanquilla es produeix a Espanya, el 50% de Llimonera a França, el 100% de Rocha a Portugal i el 99% d’Abate Fetel a Itàlia. Aquesta preponderància varietal per països solament presenta una excepció; es tracta de Conference. Aquesta varietat era conreada fonamentalment a Holanda i Bèlgica, però actualment el 29% es produeix a Espanya, seguida de Bèlgica amb un 24% i Holanda i Itàlia amb un 20% cadascun. En el cas d’Espanya, Conference es va començar a introduir a finals dels anys 70, i en menys de 30 anys s’ha convertit en el major productor de pera Conference. Aquesta situació guarda un cert paral·lelisme amb la conjuntura actual d’Abate Fetel. Itàlia és el principal productor, els preus de liquidació són bastant favorables i és una varietat poc coneguda. En el cas del perer, és important remarcar la manca de noves varietats, en part degut als pocs programes de millora, la qual cosa fa que hi hagi poques alternatives per omplir el període de collita, això fa que Abate Fetel pugui ser una opció interessant també per la seva època de recol·lecció. Actualment les plantacions d’Abate Fetel a casa nostra, tret d’algunes experiències amb èxit, en general presenten dos problemes agronòmics claus. Per un costat, una entrada en producció lenta i per l’altre, baix rendiment productiu, ambdós problemes deguts a una falta de quallat dels fruits. A més, els arbres són vigorosos i molt sensibles a clorosi fèrrica. Tots aquestos elements fan que Abate Fetel sigui per una part problemàtica des del punt de vista agronòmic, però al mateix temps molt interessant des de una vessant econòmica pels elevats preus de liquidació, i més encara en l’espècie perer per la que pràcticament no hi ha innovació varietal. Des de fa 4 anys a les Estacions Experimentals de l’IRTA a Lleida i Mas Badia s’han dut a terme una sèrie de experiments per abordar els problemes d’entrada en producció lenta i rendiments productius baixos, estudiant l’efecte de l’aplicació de fitohormones i del tipus d’esporga. L’objectiu general és posar a punt les tècniques de cultiu per tal de que Abate Fetel sigui una varietat alternativa a les nostres zones de producció.

Inoculación con hongos formadores de micorrizas arbusculares de plantones de olivo y portainjertos de frutales micropropagados.Valoración de su comportamiento después de su trasplante a campo

Una gran mayoría de árboles frutales forman micorrizas en condiciones naturales, sin embargo debido a las técnicas de cultivo habituales (fumigación de viveros, utilización de substratos esterilizados, micropropagación de material en condiciones asépticas) se han detectado, en algunos casos, sintomatologías atribuibles a la ausencia de la simbiosis. La micorrización de patrones de frutales se ha estudiado en condiciones controladas obteniéndose una respuesta favorable de las plantas inoculadas frente a las no inoculadas en crecimiento y en protección frente a patógenos del suelo y estreses abióticos. Sin embargo no se ha evaluado la integración de la micorrización en las prácticas habituales de una producción intensiva en vivero y en plantación. Este trabajo estudia la efectividad de la inoculación de porta-injertos de frutales del género Prunus y de plántulas de olivo del cultivar arbequina en plantación. Así mismo también se evalúa la incorporación práctica de la inoculación en la tecnología de viveros comerciales.

Renovación y mejora varietal de frutales de hueso

El melocotonero (Prunus persica (L.) Batsch) es un cultivo de importancia creciente en España, particularmente para producción temprana en las regiones meridionales de la Península. Además tiene una elevado ritmo de sustitución de variedades. Solamente entre los años 1990-96 se comercializaron en el mundo alrededor de 500 nuevos cultivares (Fideghelli et al. 1998). El valor de las nuevas obtenciones es muy elevado, por lo que existe también un gran interés en su protección por parte de los mejoradores, y en el control de su identidad por viveristas o agricultores. La identificación varietal con datos sobre la morfología y fisiología de los frutales se realiza en ensayos de campo que requieren largo tiempo, generalmente años, de observación. Estos procesos son demasiado lentos para aplicaciones como el control de identidad en vivero o para la protección de los derechos de obtentor. Los marcadores moleculares, basados en la variabilidad del ADN, pueden detectarse en cualquier momento del desarrollo de la planta, y en diferentes tejidos, permitiendo establecer en pocos días un perfil único para cada variedad. El melocotonero es una de las especies menos variables del género Prunus (Byrne, 1990). Ello se debe a su sistema de autocompatibilidad que permite la autofecundación, lo que probablemente ha causado una importante erosión de su variabilidad genética especialmente desde el uso de las técnicas modernas de mejora genética. La baja variabilidad de este cultivo significa que los 2 marcadores que deben ser utilizados para su identificación han de buscarse entre los de mayor polimorfismo, ya que el uso de marcadores de buena calidad pero poco polimórficos no permite el objetivo de la caracterización individual de cada genotipo (Messeguer et al., 1986).

Dance movement patterns recognition

"Es tracta d'un projecte dividit en dues parts independents però complementàries, realitzades per autors diferents. Aquest document conté originàriament altre material i/o programari només consultable a la Biblioteca de Ciència i Tecnologia"