Automatic assignment of absolute configuration from 1D NMR data

Opposite enantiomers exhibit different NMR properties in the presence of an external common chiral element, and a chiral molecule exhibits different NMR properties in the presence of external enantiomeric chiral elements. Automatic prediction of such differences, and comparison with experimental values, leads to the assignment of the absolute configuration. Here two cases are reported, one using a dataset of 80 chiral secondary alcohols esterified with (R)-MTPA and the corresponding 1H NMR chemical shifts and the other with 94 13C NMR chemical shifts of chiral secondary alcohols in two enantiomeric chiral solvents. For the first application, counterpropagation neural networks were trained to predict the sign of the difference between chemical shifts of opposite stereoisomers. The neural networks were trained to process the chirality code of the alcohol as the input, and to give the NMR property as the output. In the second application, similar neural networks were employed, but the property to predict was the difference of chemical shifts in the two enantiomeric solvents. For independent test sets of 20 objects, 100% correct predictions were obtained in both applications concerning the sign of the chemical shifts differences. Additionally, with the second dataset, the difference of chemical shifts in the two enantiomeric solvents was quantitatively predicted, yielding r2 0.936 for the test set between the predicted and experimental values.

Projecto timecloud: software de gestão de tempo laboral numa plataforma cloud

O presente projecto tem como objectivo a disponibilização de uma plataforma de serviços para gestão e contabilização de tempo remunerável, através da marcação de horas de trabalho, férias e faltas (com ou sem justificação). Pretende-se a disponibilização de relatórios com base nesta informação e a possibilidade de análise automática dos dados, como por exemplo excesso de faltas e férias sobrepostas de trabalhadores. A ênfase do projecto está na disponibilização de uma arquitectura que facilite a inclusão destas funcionalidades. O projecto está implementado sobre a plataforma Google App Engine (i.e. GAE), de forma a disponibilizar uma solução sob o paradigma de Software as a Service, com garantia de disponibilidade e replicação de dados. A plataforma foi escolhida a partir da análise das principais plataformas cloud existentes: Google App Engine, Windows Azure e Amazon Web Services. Foram analisadas as características de cada plataforma, nomeadamente os modelos de programação, os modelos de dados disponibilizados, os serviços existentes e respectivos custos. A escolha da plataforma foi realizada com base nas suas características à data de iniciação do presente projecto. A solução está estruturada em camadas, com as seguintes componentes: interface da plataforma, lógica de negócio e lógica de acesso a dados. A interface disponibilizada está concebida com observação dos princípios arquitecturais REST, suportando dados nos formatos JSON e XML. A esta arquitectura base foi acrescentada uma componente de autorização, suportada em Spring-Security, sendo a autenticação delegada para os serviços Google Acounts. De forma a permitir o desacoplamento entre as várias camadas foi utilizado o padrão Dependency Injection. A utilização deste padrão reduz a dependência das tecnologias utilizadas nas diversas camadas. Foi implementado um protótipo, para a demonstração do trabalho realizado, que permite interagir com as funcionalidades do serviço implementadas, via pedidos AJAX. Neste protótipo tirou-se partido de várias bibliotecas javascript e padrões que simplificaram a sua realização, tal como o model-view-viewmodel através de data binding. Para dar suporte ao desenvolvimento do projecto foi adoptada uma abordagem de desenvolvimento ágil, baseada em Scrum, de forma a implementar os requisitos do sistema, expressos em user stories. De forma a garantir a qualidade da implementação do serviço foram realizados testes unitários, sendo também feita previamente a análise da funcionalidade e posteriormente produzida a documentação recorrendo a diagramas UML.

Sistema de apoio à decisão para a classificação de risco em projectos de tecnologias de informação

O trabalho que a seguir se apresenta tem como objectivo descrever a criação de um modelo que sirva de suporte a um sistema de apoio à decisão sobre o risco inerente à execução de projectos na área das Tecnologias de Informação (TI) recorrendo a técnicas de mineração de dados. Durante o ciclo de vida de um projecto, existem inúmeros factores que contribuem para o seu sucesso ou insucesso. A responsabilidade de monitorizar, antever e mitigar esses factores recai sobre o Gestor de Projecto. A gestão de projectos é uma tarefa difícil e dispendiosa, consome muitos recursos, depende de numerosas variáveis e, muitas vezes, até da própria experiência do Gestor de Projecto. Ao ser confrontado com as previsões de duração e de esforço para a execução de uma determinada tarefa, o Gestor de Projecto, exceptuando a sua percepção e intuição pessoal, não tem um modo objectivo de medir a plausibilidade dos valores que lhe são apresentados pelo eventual executor da tarefa. As referidas previsões são fundamentais para a organização, pois sobre elas são tomadas as decisões de planeamento global estratégico corporativo, de execução, de adiamento, de cancelamento, de adjudicação, de renegociação de âmbito, de adjudicação externa, entre outros. Esta propensão para o desvio, quando detectada numa fase inicial, pode ajudar a gerir melhor o risco associado à Gestão de Projectos. O sucesso de cada projecto terminado foi qualificado tendo em conta a ponderação de três factores: o desvio ao orçamentado, o desvio ao planeado e o desvio ao especificado. Analisando os projectos decorridos, e correlacionando alguns dos seus atributos com o seu grau de sucesso o modelo classifica, qualitativamente, um novo projecto quanto ao seu risco. Neste contexto o risco representa o grau de afastamento do projecto ao sucesso. Recorrendo a algoritmos de mineração de dados, tais como, árvores de classificação e redes neuronais, descreve-se o desenvolvimento de um modelo que suporta um sistema de apoio à decisão baseado na classificação de novos projectos. Os modelos são o resultado de um extensivo conjunto de testes de validação onde se procuram e refinam os indicadores que melhor caracterizam os atributos de um projecto e que mais influenciam o risco. Como suporte tecnológico para o desenvolvimento e teste foi utilizada a ferramenta Weka 3. Uma boa utilização do modelo proposto possibilitará a criação de planos de contingência mais detalhados e uma gestão mais próxima para projectos que apresentem uma maior propensão para o risco. Assim, o resultado final pretende constituir mais uma ferramenta à disposição do Gestor de Projecto.

Avaliação da dose absorvida na tiróide, em cintigrafias com 123I e Na99mTcO4 utilizando modelos biocinéticos e métodos de Monte Carlo

Mestrado em Radiações Aplicadas às Tecnologias da Saúde. Área de especialização: Protecção contra Radiações

Geostatistical Mapping of Outfall Plume Dispersion Data gathered with an autonomous underwater vehicle

The main purpose of this study was to examine the applicability of geostatistical modeling to obtain valuable information for assessing the environmental impact of sewage outfall discharges. The data set used was obtained in a monitoring campaign to S. Jacinto outfall, located off the Portuguese west coast near Aveiro region, using an AUV. The Matheron’s classical estimator was used the compute the experimental semivariogram which was fitted to three theoretical models: spherical, exponential and gaussian. The cross-validation procedure suggested the best semivariogram model and ordinary kriging was used to obtain the predictions of salinity at unknown locations. The generated map shows clearly the plume dispersion in the studied area, indicating that the effluent does not reach the near by beaches. Our study suggests that an optimal design for the AUV sampling trajectory from a geostatistical prediction point of view, can help to compute more precise predictions and hence to quantify more accurately dilution. Moreover, since accurate measurements of plume’s dilution are rare, these studies might be very helpful in the future for validation of dispersion models.

Leptonic mixing, family symmetries, and neutrino phenomenology

Tribimaximal leptonic mixing is a mass-independent mixing scheme consistent with the present solar and atmospheric neutrino data. By conveniently decomposing the effective neutrino mass matrix associated to it, we derive generic predictions in terms of the parameters governing the neutrino masses. We extend this phenomenological analysis to other mass-independent mixing schemes which are related to the tribimaximal form by a unitary transformation. We classify models that produce tribimaximal leptonic mixing through the group structure of their family symmetries in order to point out that there is often a direct connection between the group structure and the phenomenological analysis. The type of seesaw mechanism responsible for neutrino masses plays a role here, as it restricts the choices of family representations and affects the viability of leptogenesis. We also present a recipe to generalize a given tribimaximal model to an associated model with a different mass-independent mixing scheme, which preserves the connection between the group structure and phenomenology as in the original model. This procedure is explicitly illustrated by constructing toy models with the transpose tribimaximal, bimaximal, golden ratio, and hexagonal leptonic mixing patterns.

QSAR modeling of antitubercular activity of diverse organic compounds

Tuberculosis (TB) is a worldwide infectious disease that has shown over time extremely high mortality levels. The urgent need to develop new antitubercular drugs is due to the increasing rate of appearance of multi-drug resistant strains to the commonly used drugs, and the longer durations of therapy and recovery, particularly in immuno-compromised patients. The major goal of the present study is the exploration of data from different families of compounds through the use of a variety of machine learning techniques so that robust QSAR-based models can be developed to further guide in the quest for new potent anti-TB compounds. Eight QSAR models were built using various types of descriptors (from ADRIANA.Code and Dragon software) with two publicly available structurally diverse data sets, including recent data deposited in PubChem. QSAR methodologies used Random Forests and Associative Neural Networks. Predictions for the external evaluation sets obtained accuracies in the range of 0.76-0.88 (for active/inactive classifications) and Q(2)=0.66-0.89 for regressions. Models developed in this study can be used to estimate the anti-TB activity of drug candidates at early stages of drug development (C) 2011 Elsevier B.V. All rights reserved.

Role of malnutrition and parasite infections in the spatial variation in children’s anaemia risk in Northern Angola

Anaemia has a significant impact on child development and mortality and is a severe public health problem in most countries in sub-Saharan Africa. Nutritional and infectious causes of anaemia are geographically variable and anaemia maps based on information on the major aetiologies of anaemia are important for identifying communities most in need and the relative contribution of major causes. We investigated the consistency between ecological and individual-level approaches to anaemia mapping, by building spatial anaemia models for children aged ≤15 years using different modeling approaches. We aimed to a) quantify the role of malnutrition, malaria, Schistosoma haematobium and soil-transmitted helminths (STH) for anaemia endemicity in children aged ≤15 years and b) develop a high resolution predictive risk map of anaemia for the municipality of Dande in Northern Angola. We used parasitological survey data on children aged ≤15 years to build Bayesian geostatistical models of malaria (PfPR≤15), S. haematobium, Ascaris lumbricoides and Trichuris trichiura and predict small-scale spatial variation in these infections. The predictions and their associated uncertainty were used as inputs for a model of anemia prevalence to predict small-scale spatial variation of anaemia. Stunting, PfPR≤15, and S. haematobium infections were significantly associated with anaemia risk. An estimated 12.5%, 15.6%, and 9.8%, of anaemia cases could be averted by treating malnutrition, malaria, S. haematobium, respectively. Spatial clusters of high risk of anaemia (>86%) were identified. Using an individual-level approach to anaemia mapping at a small spatial scale, we found that anaemia in children aged ≤15 years is highly heterogeneous and that malnutrition and parasitic infections are important contributors to the spatial variation in anemia risk. The results presented in this study can help inform the integration of the current provincial malaria control program with ancillary micronutrient supplementation and control of neglected tropical diseases, such as urogenital schistosomiasis and STH infection.

Critérios imagiológicos da instabilidade femoro-patelar por ressonância magnética

Objetivo: Este estudo visou avaliar a adequação da Ressonância Magnética (RM) na determinação de indicadores de instabilidade femoro-patelar em exames de RM do joelho. Material e métodos: A amostra foi constituída por 200 imagens adquiridas a partir de 50 RM(s) do joelho e sobre as quais incidiram os procedimentos de medida. Apenas 4 pacientes vinham referidos por alterações do aparelho extensor ou da cartilagem rotuliana. Foram calculados os valores do Índice Insall & Salvatti (ISI), ângulo do sulco troclear, ângulo de inclinação da rótula e o deslocamento da rótula por dois observadores em condições de independência. Nos procedimentos de medida utilizaram-se imagens das ponderações WFS T2*TRS e DP SAG. Resultados: Os valores obtidos de ISI em 49 dos casos sugeriram ser normais para a posição da rótula (<1,3cm). Os valores do ângulo de inclinação externa da rótula indicarem haver fatores predisponentes para a displasia troclear em 17 dos 50 casos com ângulos de abertura interna e inclinação (>11º). O ângulo do sulco troclear apresentou-se displásico em 24% da amostra com valores (>150º). Para o deslocamento externo da rótula, verificou-se que em 39% dos casos a distância assumiu valores negativos (deslocamento externo) superiores a -20mm. Conclusões: Pensa-se ser possível, sem custos acrescidos, desenvolver um algoritmo que determine os valores de referência e métodos standardizados aplicáveis ao despiste de instabilidade da rótula, sempre que é solicitado um exame RM do joelho, mesmo que a referenciação clínica admita diferente causa. Os equipamentos de campo aberto ou de configuração cilíndrica podem contribuir como um recurso eficaz no rastreio desta patologia.

Ciclo testicular e espermatogênese de Devario aequipinnatus (cypriniformes, cyprinidae) submetido a diferentes temperaturas

Pós-graduação em Ciência e Tecnologia Animal - FEIS

Osteometria radiográfica de fetos: contributo para a estimativa da idade à data da morte

A estimativa da idade gestacional em restos cadavéricos de fetos é importante em contextos forenses. Para esse efeito, os especialistas forenses recorrem à avaliação do padrão de calcificação dentária e/ou ao estudo do esqueleto. Neste último, o comprimento das diáfises de ossos longos é um dos métodos mais utilizados, sendo utilizadas tabelas e equações de regressão de obras pouco actuais ou baseadas em dados ecográficos, cujas medições diferem das efectuadas directamente no osso. Este trabalho tem como objectivo principal a construção de tabelas e equações de regressão para a população Portuguesa, com base na medição das diáfises de fémur, tíbia e úmero, utilizando radiografias post-mortem, que não diferem muito das medições em osso. Pretende-se também determinar qual dos três ossos é mais credível e se existem diferenças significativas entre fetos de género feminino e de género masculino.

A model updating technique based on FRFs for damped structures

Model updating methods often neglect that in fact all physical structures are damped. Such simplification relies on the structural modelling approach, although it compromises the accuracy of the predictions of the structural dynamic behaviour. In the present work, the authors address the problem of finite element (FE) model updating based on measured frequency response functions (FRFs), considering damping. The proposed procedure is based upon the complex experimental data, which contains information related to the damped FE model parameters and presents the advantage of requiring no prior knowledge about the damping matrix structure or its content, only demanding the definition of the damping type. Numerical simulations are performed in order to establish the applicability of the proposed damped FE model updating technique and its results are discussed in terms of the correlation between the simulated experimental complex FRFs and the ones obtained from the updated FE model.

Protein-ligand docking study: diterpenes from Juniperus brevifolia as anticancer and antimicrobial agentes

REDCAT: Natural Products and related Redox Catalysts: Basic Research and Applications in Medicine and Agriculture, Aveiro, 25-27 Novembro de 2012.

Modelo de previsão meteorológica baseado em sistemas de inferência difusa

Mestrado em Engenharia Electrotécnica e de Computadores

Efeitos tridimensionais no escoamento em torno de cilindros confinados

Mestrado em Engenharia Química