Semantic integration of gene expression analysis tools and data sources using software connectors

Abstract Background The study and analysis of gene expression measurements is the primary focus of functional genomics. Once expression data is available, biologists are faced with the task of extracting (new) knowledge associated to the underlying biological phenomenon. Most often, in order to perform this task, biologists execute a number of analysis activities on the available gene expression dataset rather than a single analysis activity. The integration of heteregeneous tools and data sources to create an integrated analysis environment represents a challenging and error-prone task. Semantic integration enables the assignment of unambiguous meanings to data shared among different applications in an integrated environment, allowing the exchange of data in a semantically consistent and meaningful way. This work aims at developing an ontology-based methodology for the semantic integration of gene expression analysis tools and data sources. The proposed methodology relies on software connectors to support not only the access to heterogeneous data sources but also the definition of transformation rules on exchanged data. Results We have studied the different challenges involved in the integration of computer systems and the role software connectors play in this task. We have also studied a number of gene expression technologies, analysis tools and related ontologies in order to devise basic integration scenarios and propose a reference ontology for the gene expression domain. Then, we have defined a number of activities and associated guidelines to prescribe how the development of connectors should be carried out. Finally, we have applied the proposed methodology in the construction of three different integration scenarios involving the use of different tools for the analysis of different types of gene expression data. Conclusions The proposed methodology facilitates the development of connectors capable of semantically integrating different gene expression analysis tools and data sources. The methodology can be used in the development of connectors supporting both simple and nontrivial processing requirements, thus assuring accurate data exchange and information interpretation from exchanged data.

Software libre

En el marco de las sociedades de control, en el capitalismo -axiomática, en su oposición a la lógica dominante del software propietario- el movimiento del software libre crea alternativas que ponen en tela de juicio desde la legislación vigente en derechos de autor hasta la dinámica de trabajo actual en la que se sustenta el capitalismo.

La escasez impuesta : el software libre y el status económico de los bienes inmateriales

Ante el despliegue de posibilidades para crear, reproducir y compartir contenidos que la informática proporciona, surgieron incesantes debates sobre su estatuto económico. Las leyes de propiedad intelectual promulgan medidas cada vez más restrictivas para consumidores y productores, lo que erige barreras a la cultura y favorece monopolios sobredimensionados. Frente a esta situación emergen voces disidentes como el movimiento del software libre. En este artículo, haremos un análisis del debate de los bienes inmateriales, el papel de las leyes de propiedad intelectual y las reivindicaciones del los partidarios del software libre.

Incorporación de software a las organizaciones

Se unifican los temas de selección y desarrollo de software, en una presentación más didáctica y actulizada. Asimismo, se expone como nuevo contenido al software libre o código abierto. Las tres alternativas son explicadas mediante la metodología de análisis de sistemas. El objetivo es facilitar la comprensión de estos temas para que los alumnos lleven a cabo un aprendizaje efectivo, de contenidos que hacen a su incumbencia profesional como contadores públicos.

Fundamentación del uso de software libre en la universidad pública. Enseñando matemática con herramientas alternativas

En el presente trabajo se caracterizará al Software Libre, sus ventajas técnicas, morales y pedagógicas por sobre sus contrapartes privativas. Es mi convicción que la Universidad pública debe enseñar métodos de trabajo y no a utilizar una herramienta en particular; principalmente porque los programas de mayor difusión en el ámbito académico no permiten su distribución ni el estudio de su funcionamiento interno. Se presentarán los principales reemplazos a MATLAB y Maple (SAGE, Python+NumPy y Maxima) y se dará una introducción a estos con ejemplos reales.

Creación del OPAC de la Biblioteca Conjunta de la FCAyF-FCV, UNLP : Implementación del software Koha-UNLP

En el presente trabajo se exponen las condiciones de la creación de la única unidad de información para dos Unidades Académicas dentro de la UNLP -la Biblioteca Conjunta de Facultad de Ciencias Agrarias y Forestales y de la Facultad de Ciencias Veterinarias- y cómo esta situación influyó directamente en la conformación del OPAC de la Biblioteca Conjunta en su reconversión al sistema de gestión de bibliotecas Koha-UNLP. Dado que Bienes Patrimoniales requiere que se mantenga el inventario de cadabiblioteca origen, se tuvo que implementar una codificación para asignar losinventarios. Ya que Koha-UNLP genera los inventarios en forma automática, en nuestrocaso decidimos completar manualmente el campo "código de barras", para así poder agregar al número de inventario y la codificación correspondiente a cada Facultad. Dicha codificación es la que dio el CAICYT, DAG (Agrarias/Forestales), DVE (Veterinaria). De esta manera se diferencian los fondos bibliográficos de las distintas facultades, y a su vez el fondo completo lleva la identificación dada por nosotros de Biblioteca Conjunta (DAV) para facilitar la circulación de los libros. Al quedar identificada la Biblioteca Conjunta con la sigla DAV, se pueden realizar movimientos en las colecciones (DAG, DVE) simultáneamente, sin importar a qué Unidad Académica pertenezcan los usuarios, y sin tener que entrar y salir del sistema KOHAUNLP para realizar las transacciones del Área de Circulación.

Adopción de software libre y cooperación bibliotecaria : Implementación del sistema Koha en una biblioteca de investigación especializada en ciencias sociales

El objetivo del presente trabajo es describir la experiencia de implementación del Sistema Integrado de Gestión Bibliotecaria (SIGB) Koha en una biblioteca especializada en el campo de las ciencias sociales, la Biblioteca de Ciencias Sociales "Enzo Faletto" de la Facultad Latinoamericana de Ciencias Sociales, Sede Académica Argentina. El software seleccionado responde a la intención de adaptar sus procesos a los avances tecnológicos y estándares internacionales que permitan la interoperabilidad con otros sistemas, así como al trabajo cooperativo con otras bibliotecas que facilite el intercambio de datos. De igual forma se corresponde con la política institucional de la Facultad de utilización de software libre. Se exponen las etapas de trabajo aplicadas para el cambio de sistema: tareas iniciales de evaluación de todos los tipos de datos registrados en los catálogos de la biblioteca y las correcciones y homogeneización de los mismos. Asimismo, se detalla el proceso de migración, a través de una proceso de reformateo, de los formatos CEPAL y RELAP, que incluyen registros bibliográficos de ;obras monográficas, artículos y revistas en diversos soportes físicos, al formato MARC21 empleado por Koha. Se destaca la captación de la experiencia realizada por una biblioteca universitaria en este aspecto para resolver de modo cooperativo la problemática de la migración de datos. Se presenta también una de las principales dificultades de la biblioteca de no contar con un número de identificación unívoco que identifique cada ítem existente en su colección, requisito indispensable para todos los SIGB, y la solución adoptada ante esta problemática. Finalmente, se exponen la etapa ;de instalación y configuración del software en su versión 3.16.01.000, y las tareas de adaptación y ajustes del catálogo para su consulta en línea por los usuarios finales, con opciones enriquecidas para las búsquedas de diferente tipo y la navegabilidad de los resultados

Construcción de repositorios institucionales open source con Software Greenstone

Se aborda la construcción de repositorios institucionales open source con Software Greenstone. Se realiza un recorrido teórico y otro modélico desarrollando en él una aplicación práctica. El primer recorrido, que constituye el marco teórico, comprende una descripción, de: la filosofía open access (acceso abierto) y open source (código abierto) para la creación de repositorios institucionales. También abarca en líneas generales las temáticas relacionadas al protocolo OAI, el marco legal en lo que hace a la propiedad intelectual, las licencias y una aproximación a los metadatos. En el mismo recorrido se abordan aspectos teóricos de los repositorios institucionales: acepciones, beneficios, tipos, componentes intervinientes, herramientas open source para la creación de repositorios, descripción de las herramientas y finalmente, la descripción ampliada del Software Greenstone; elegido para el desarrollo modélico del repositorio institucional colocado en un demostrativo digital. El segundo recorrido, correspondiente al desarrollo modélico, incluye por un lado el modelo en sí del repositorio con el Software Greenstone; detallándose aquí uno a uno los componentes que lo conforman. Es el insumo teórico-práctico para el diseño -paso a paso- del repositorio institucional. Por otro lado, se incluye el resultado de la modelización, es decir el repositorio creado, el cual es exportado en entorno web a un soporte digital para su visibilización. El diseño del repositorio, paso a paso, constituye el núcleo sustantivo de aportes de este trabajo de tesina

Construcción de repositorios institucionales open source con Software Greenstone

Se aborda la construcción de repositorios institucionales open source con Software Greenstone. Se realiza un recorrido teórico y otro modélico desarrollando en él una aplicación práctica. El primer recorrido, que constituye el marco teórico, comprende una descripción, de: la filosofía open access (acceso abierto) y open source (código abierto) para la creación de repositorios institucionales. También abarca en líneas generales las temáticas relacionadas al protocolo OAI, el marco legal en lo que hace a la propiedad intelectual, las licencias y una aproximación a los metadatos. En el mismo recorrido se abordan aspectos teóricos de los repositorios institucionales: acepciones, beneficios, tipos, componentes intervinientes, herramientas open source para la creación de repositorios, descripción de las herramientas y finalmente, la descripción ampliada del Software Greenstone; elegido para el desarrollo modélico del repositorio institucional colocado en un demostrativo digital. El segundo recorrido, correspondiente al desarrollo modélico, incluye por un lado el modelo en sí del repositorio con el Software Greenstone; detallándose aquí uno a uno los componentes que lo conforman. Es el insumo teórico-práctico para el diseño -paso a paso- del repositorio institucional. Por otro lado, se incluye el resultado de la modelización, es decir el repositorio creado, el cual es exportado en entorno web a un soporte digital para su visibilización. El diseño del repositorio, paso a paso, constituye el núcleo sustantivo de aportes de este trabajo de tesina