Expression profiles in the progression of ductal carcinoma in the breast

An understanding of the multi-step nature of cancer as it is in the breast, as a series of pivotal genetic/epigenetic modifications is irrefutably a milestone in diagnostics, prognostics and eventually providing a cure. Here we have utilised a variant of analysis of variance (ANOVA) as a model for the identification and tracking of specific mRNA species whose transcription has been significantly altered at each grade in the progression of ductal carcinoma, making it possible to correlate histological progression with the genetic events underlying breast cancer. We show that in the progression of ductal carcinomas, from grade 1 to 3, there is a reduction in the actual number of mRNA species, which are significantly over or under expressed. We also show that this technique can be employed to generate differential gene expression patterns, whereby the combined expression profile of the tailored spectra of genes in the comparison of each ductal grade is sufficient to render them on clearly separate arms of an array-wise hierarchical cluster dendrogram.

Use of virulence determinants and seropathotypes to distinguish high- and low-risk Escherichia coli O157 and non-O157 isolates from Europe

The presence of 10 virulence genes was examined using polymerase chain reaction (PCR) in 365 European O157 and non-O157 Escherichia coli isolates associated with verotoxin production. Strain-specific PCR data were analysed using hierarchical clustering. The resulting dendrogram clearly separated O157 from non-O157 strains. The former clustered typical high-risk seropathotype (SPT) A strains from all regions, including Sweden and Spain, which were homogenous by Cramer's V statistic, and strains with less typical O157 features mostly from Hungary. The non-O157 strains divided into a high-risk SPTB harbouring O26, O111 and O103 strains, a group pathogenic to pigs, and a group with few virulence genes other than for verotoxin. The data demonstrate SPT designation and selected PCR separated verotoxigenic E. coli of high and low risk to humans; although more virulence genes or pulsed-field gel electrophoresis will need to be included to separate high-risk strains further for epidemiological tracing.

Bioecologia da ictiofauna marinha descartada pelo arrasto camaroeiro em praias da Bacia Potiguar, Brasil

The composition of ichthyofauna discarded by trawling shrimping, their reproductive status and feeding ecology were studied on the beaches of Basin Rio Grande do Norte, Brazil. Fish were collected monthly in the year of 2012. During biometrics, portions of the digestive tract and of gonads were removed, fixed in formalin 10% and Bouin, respectively, for be submitted to histological processing by the techniques of hematoxylin-eosin. Stomach content analyzes were performed using the methods of Frequency of Occurrence and Volumetric and was calculated the repletion index. Throughout the study period were recorded a total of 49 species. The fish assemblages differed between sections monitoring, with the highest abundance, biomass and indices of richness and diversity in sections B, D and C. Already the excerpt A, showed higher values for dominance and equitability. In the cluster analysis according to the faunal similarity was observed the formation of three groups: group I formed by excerpts B and D, group II by excerpt C and group III formed by excerpt A. The assessment of reproductive stage revealed that the fish assemblages discarded by trawling are composed mainly of juveniles. Regarding the feeding ecology, the species Larimus breviceps, Menticirrhus littoralis and Pomadasys corvinaeformis characterized as carnivorous with tendency to carcinofagia. Already Conodon nobilis characterized as carnivorous with tendency to piscivory, but all proved generalist-opportunistic with increase of feeding activity during drought. The dendrogram of grouping of the species developed based on the food items used shows the formation of four groups: Group I consists of species that feed mainly of "gastropod" and "sediment"; group II of "teleost fish"; the group III of "crustacea" and group IV of "echinodermata" and "bivalve". The anatomical and histological characteristics of the digestive tract were consistent with the dietary habits of the analyzed species. In this context, the Costa Branca of Rio Grande do Norte can be considered a feeding site and recruitment for juveniles, which, opportunistically, utilize resources associated with the background

Caracterização molecular e diversidade genética de diferentes variedades de abacate por marcadores microssatélites

Pertencente à família Lauraceae, o abacateiro compreende três raças hortícolas: antilhana, guatemalense e mexicana. Os marcadores moleculares são uma ferramenta rápida e eficaz para estudos genômicos, uma vez que detectam o polimorfismo diretamente ao nível do DNA e não sofrem qualquer tipo de influência ambiental. Com base nesse polimorfismo, é possível fazer inferências sobre as relações entre o genótipo e o fenótipo dos indivíduos, o que, em última análise, permite aumentar a eficiência dos programas de melhoramento. Diante o exposto, o objetivo foi investigar a diversidade genética entre sete variedades de abacate a partir de 5 lócus de marcadores moleculares microssatélites (SSR). Nas amostras de abacateiros avaliadas, encontrou-se um total de 18 alelos, com uma média de 3,6 alelos por lócus. O dendrograma gerado a partir de análise de agrupamento UPGMA agrupou, separadamente do resto dos genótipos, a cultivar Geada da raça Antilhana, possivelmente por esta variedade ser uma raça pura, e o restante foi agrupado em dois grandes grupos das raças, a Guatemalense e a Mexicana. Os genótipos das sete variedades de abacate apresentam diversidade genética nos cinco lócus de marcadores moleculares microssatélites (SSR) avaliados, o que indica que são materiais promissores para utilização em futuros programas de melhoramento.

Dinâmica da comunidade de macrófitas aquáticas no reservatório de Santana, RJ

Apesar da importância na dinâmica dos ecossistemas aquáticos, as macrófitas podem formar densas e extensas colonizações em corpos hídricos cujos equilíbrios ecológicos foram rompidos. Nessas condições, essas plantas promovem uma série de problemas que as tornam alvos de controle. Para elaboração de planos adequados de manejo dessa vegetação, é fundamental o conhecimento das dinâmicas relativas das populações que a compõem. O objetivo deste trabalho foi realizar levantamentos mensais da composição específica da comunidade de macrófitas que coloniza o reservatório de Santana, localizado no município de Piraí/RJ, monitorando 97 pontos georreferenciados, abrangendo toda a lâmina d'água. Foram identificadas 41 espécies, inseridas em 21 famílias botânicas. As famílias Poaceae, Pontederiaceae e Cyperacae foram as que apresentaram os maiores números de espécies ao longo do ano. Salvinia herzogii e Egeria densa apresentaram as maiores notas anuais de colonização do reservatório. As populações de Eichhornia azurea, Brachiaria arrecta e Paspalum repens completaram o grupo das espécies numericamente mais relevantes. As plantas de hábito flutuante tenderam a apresentar populações com padrão de distribuição geográfica casualizado, enquanto as espécies fixadas no sedimento e as submersas apresentaram populações com padrão agregado. Não houve expressivas variações mensais dos valores dos índices de diversidade (H') e de equitabilidade (E') das comunidades de macrófitas aquáticas ao longo do ano. O dendrograma construído com o coeficiente de Odum mostrou uma seqüência lógica dos meses, evidenciando uma definida sucessão de populações divididas em dois grupos de similaridade separados pelo mês de junho. Nessa época, o nível de água do reservatório foi reduzido e o sedimento ficou exposto, favorecendo as espécies de hábito emergente.

Variabilidade genética de acessos de aguapé coletados no Estado de São Paulo

No presente trabalho foram coletados acessos de Eichhornia crassipes (aguapé) nos reservatórios das hidrelétricas de Barra Bonita, Bariri, Três Irmãos, Ilha Solteira, Salto Grande, Promissão, Ibitinga, Nova Avanhandava, Mogi-Guaçu, Euclides da Cunha, Jaguari, Jurumirim, Jupiá, Paraibuna e Porto Primavera, do Estado de São Paulo. Estes acessos foram submetidos a um estudo de variabilidade genética por meio de RAPD. Os primers utilizados foram OP X02, OP X07, OP X11 e OP P10 (TTCCGCCACC, GAGCGAGGCT, GGAGCCTCAG, TCCCGCCTAG, respectivamente). Dentre os acessos coletados e analisados, 21 apresentaram índice de identidade genética acima de 0,90. O dendrograma gerado com dados entre populações revelou forte coerência com a distribuição geográfica dos reservatórios que continham as plantas de aguapé. A variabilidade genética encontrada entre os acessos coletados nos diferentes reservatórios estudados foi elevada, considerando que a principal via de reprodução dessa espécie é a vegetativa.

Genetic diversity in Egeria densa and E. najas in Jupia Reservoir, Brazil

Fundação de Amparo à Pesquisa do Estado de São Paulo (FAPESP)

Genetic differentiation among ten populations of the genus Neoplecostomus (Teleostei: Loricariidae) from the upper Parana River basin

Conselho Nacional de Desenvolvimento Científico e Tecnológico (CNPq)

Assessment of the ichthyofauna in stretches under the influence of Salto Grande Reservoir (Middle Paranapanema River, SP/PR, Brazil).

Aim: To analyze the composition, species richness and spatial distribution of the fish fauna in the area under influence of the Salto Grande Reservoir; Methods: Fish were caught every two months from November/05 to October/06, using gill nets, seining nets and sieve; Results: It was registered 67 fish species, 1,964 individuals and 146.2 kg, representing CPUEn of 1,964 and CPUEb of 278 kg. The most representative orders were Characiformes, with 29 species, Siluriformes (21 species) and Perciformes (11 species) Nine non-native species were registered. The most abundant species in the reservoir were Astyanax altiparanae, Steindachnerina insculpta and Acestrorhynchus lacustris, indicating the predominance of medium and small fishes in this reservoir. The dendrogram of similarity separated the Dam and Pedra Branca stretches from Pardo River Mouth, indicating differences in the assemblages. The species turnover among the stretches was demonstrated by the beta diversity, which may be related to the diversity of habitat; Conclusions: Although being a small reservoir, it displays great habitat diversity, reflecting in the composition and structure of fish assemblages.

Proventriculus of Cephalotes ants: A structural and comparative analysis

Conselho Nacional de Desenvolvimento Científico e Tecnológico (CNPq)

(1)H NMR Fingerprinting of Brazilian Commercial Gasoline: Pattern-Recognition Analyses for Origin Authentication Purposes

Coordenação de Aperfeiçoamento de Pessoal de Nível Superior (CAPES)

Similaridade genética entre acessos de goiabeiras e araçazeiros baseada em marcadores moleculares AFLP

Espécies do gênero Psidium, como goiabeira e araçazeiros, são economicamente importantes e têm como área de diversidade genética primária o Brasil. Foram determinadas as relações genéticas, com base no marcador AFLP, para acessos do Banco Ativo de Germoplasma (BAG) de Psidium da Empresa Brasileira de Pesquisa Agropecuária (EMBRAPA) Semiárido, para orientar trabalhos de melhoramento e de manejo de recursos genéticos do gênero. Foram analisados 88 acessos, sendo 64 de goiabeira e 24 de araçazeiros, coletados em dez Estados brasileiros, adotando-se para agrupamento o dendrograma UPGMA, considerando a matriz de similaridade do coeficiente de Jaccard de 149 bandas polimórficas de AFLP de 16 combinações dos iniciadores EcoRI e MseI. A análise da variância de dados moleculares foi realizada considerando a variação entre e dentro das populações de goiabeira dos dez Estados. O dendrograma apresentou boa definição, com coeficiente de correlação cofenética de 0,94. Foram observados dois grandes grupos: um formado por acessos de goiabeira e outro com acessos de araçazeiros, com inclusão de alguns acessos de goiabeira. Foram observados agrupamentos específicos no dendograma apenas para os indivíduos de goiabeira coletados em Goiás e Roraima. Os acessos estudados apresentaram similaridade variando de 28 a 98%, evidenciando a alta variabilidade genética dos mesmos. A variação entre acessos foi estimada em 0,16 (ΦST), indicando diferenciação genética moderada entre as populações de goiabeira dos dez Estados. Para aumentar a variabilidade genética do BAG estudado, sugere-se a coleta de um número maior de acessos nos Estados de Goiás e Roraima, dado o alto índice de similaridade entre os acessos provenientes destes Estados, bem como coletas amplas em outros Estados brasileiros. Sugerem-se ainda cruzamentos entre os poucos acessos de goiabeira posicionados no grupo dos araçazeiros para o desenvolvimento de híbridos interespecificos no gênero Psidium.

Lianas da estação ecológica do Noroeste Paulista, São José do Rio Preto/Mirassol, SP, Brasil

Lianas são membros característicos das florestas tropicais, onde são abundantes e de grande importância ecológica. Entretanto, têm sido negligenciadas em estudos florísticos e fitossociológicos. Este trabalho apresenta as espécies de lianas da Estação Ecológica do Noroeste Paulista (EENP) e as compara àquelas encontradas em outros fragmentos florestais. A EENP (20º48'36'' S e 49º22'50'' W) está a 468 m de altitude e abrange área de 168,63 ha, composta de três fragmentos de vegetação descontínua, classificada como floresta estacional semidecidual, entremeadas por pastagens. As amostras de lianas foram coletadas realizando caminhadas na periferia e no interior da mata. Foram identificadas 105 espécies; delas, 99 são Magnoliopsida (60 gêneros e 22 famílias); e seis, Liliopsida (três gêneros e três famílias). As famílias mais ricas em espécies representaram 59% do total das lianas. A análise do dendrograma de similaridade mostrou que esta é baixa entre a Floresta Atlântica de São Paulo e aquelas localizadas no interior. Situação semelhante foi observada por outros autores na análise de similaridade com espécies de porte arbóreo, e também, entre florestas do interior e Floresta Atlântica.

Identificação de marcas moleculares associadas à ausência de sementes em videira

A ausência de sementes tem sido uma característica bastante exigida pelos consumidores de uvas de mesa. O objetivo deste trabalho foi identificar marcas moleculares associadas à ausência de sementes, utilizando as técnicas RAPD e fAFLP. Foram utilizadas folhas jovens de 19 cultivares. Na análise RAPD 30, iniciadores possibilitaram amplificação de todas as amostras, produzindo 392 bandas polimórficas. Foi possível encontrar uma marca específica para a ausência de sementes, utilizando o iniciador UBC 443, que poderá futuramente ser utilizado para o desenvolvimento de marcadores SCAR, possibilitando a criação de um teste de identificação rápida e precoce de apirenia em videira. A análise fAFLP proporcionou a visualização de um dendrograma com grupos específicos de cultivares com sementes, sem sementes e porta enxertos.

A comparative floristic analysis of a cerrado area in Botucatu, State of São Paulo (Brazil)

Based on the results of a phytosociological survey in a ''cerrado'' area located within the municipality of Botucatu, state of São Paulo Brazil, a comparative analysis of the 58 sampled tree species' is here presented using the data of other available floristics works for the ''cerrados in the same state. With a binary matrix of presence/absence of shared common species with the studied plot, a clustering analysis was performed thus obtaining a dendrogram which groups northern and southern areas with the same vegetation in the state of São Paulo previously treated as floristicaly differentiated. These results are discussed under the assumption that Isolated areas of ''cerrados'' are to be taken as targets for immediate conservation.