Knot localization in proteins.

The backbones of proteins form linear chains. In the case of some proteins, these chains can be characterized as forming linear open knots. The knot type of the full chain reveals only limited information about the entanglement of the chain since, for example, subchains of an unknotted protein can form knots and subchains of a knotted protein can form different types of knots than the entire protein. To understand fully the entanglement within the backbone of a given protein, a complete analysis of the knotting within all of the subchains of that protein is necessary. In the present article, we review efforts to characterize the full knotting complexity within individual proteins and present a matrix that conveys information about various aspects of protein knotting. For a given protein, this matrix identifies the precise localization of knotted regions and shows the knot types formed by all subchains. The pattern in the matrix can be considered as a knotting fingerprint of that protein. We observe that knotting fingerprints of distantly related knotted proteins are strongly conserved during evolution and discuss how some characteristic motifs in the knotting fingerprints are related to the structure of the knotted regions and their possible biological role.

Coarse Global Visual Localization of a Mobile Robot

Localization, which is the ability of a mobile robot to estimate its position within its environment, is a key capability for autonomous operation of any mobile robot. This thesis presents a system for indoor coarse and global localization of a mobile robot based on visual information. The system is based on image matching and uses SIFT features as natural landmarks. Features extracted from training images arestored in a database for use in localization later. During localization an image of the scene is captured using the on-board camera of the robot, features are extracted from the image and the best match is searched from the database. Feature matching is done using the k-d tree algorithm. Experimental results showed that localization accuracy increases with the number of training features used in the training database, while, on the other hand, increasing number of features tended to have a negative impact on the computational time. For some parts of the environment the error rate was relatively high due to a strong correlation of features taken from those places across the environment.

Mobile robot localization using sonar ranging and wlan intensity maps

 Main goal of this thesis was to implement a localization system which uses sonars and WLAN intensity maps to localize an indoor mobile robot. A probabilistic localization method, Monte Carlo Localization is used in localization. Also the theory behind probabilistic localization is explained. Two main problems in mobile robotics, path tracking and global localization, are solved in this thesis. Implemented system can achieve acceptable performance in path tracking. Global localization using WLAN received signal strength information is shown to provide good results, which can be used to localize the robot accurately, but also some bad results, which are no use when trying to localize the robot to the correct place. Main goal of solving ambiguity in office like environment is achieved in many test cases.

Control remoto del robot ABB IRB 120 por tecnología Wifi

Durante toda la evolución de la tecnología, se han empleado aparatos interconexionados por cables. Los cables limitan la libertad de movimiento del usuario y pueden captar interferencias entre ellos si la red de cableado es elevada. Mientras avanzaba la tecnología inalámbrica, se ha ido adaptando al equipamiento electrónico a la vez que se iban haciendo cada vez más pequeños. Por esto, se impone la necesidad de utilizarlos como controles a distancia sin el empleo de cables debido a los inconvenientes que estos conllevan. El presente trabajo, pretende unificar tres tecnologías que pueden tener en el futuro una gran afinidad. · Dispositivos basados en el sistema Android. Desde sus inicios, han tenido una evolución meteórica. Se han ido haciendo cada vez más rápidos y mejores. · Sistemas inalámbricos. Los sistemas wifi o bluetooth, se han ido incorporando a nuestras vidas cada vez más y están prácticamente en cualquier aparato. · Robótica. Cualquier proceso de producción incorpora un robot. Son necesarios para hacer muchos trabajos que, aunque el hombre lo puede realizar, un robot reduce los tiempos y la peligrosidad de los procesos. Aunque las dos primeras tecnologías van unidas, ¿quién no tiene un teléfono con conexión wifi y bluetooth?, pocos diseños aúnan estos campos con la Robótica. El objetivo final de este trabajo es realizar una aplicación en Android para el control remoto de un robot, empleando el sistema de comunicación inalámbrico. La aplicación desarrollada, permite controlar el robot a conveniencia del usuario en un entorno táctil/teledirigido. Gracias a la utilización de simulador en ambos lenguajes (RAPID y Android), ha sido posible realizar la programación sin tener que estar presente ante el robot objeto de este trabajo. A través de su progreso, se ha ido evolucionando en la cantidad de datos enviados al robot y complejidad en su procesamiento, a la vez que se ha mejorado en la estética de la aplicación. Finalmente se usó la aplicación desarrollada con el robot, consiguiendo con éxito que realizara los movimientos que eran enviados con la tablet programada.

A Beacon based Localization System for Autonomous Mobile Robots and its Applications in Traffic and Transport Control

ACCURATE sensing of vehicle position and attitude is still a very challenging problem in many mobile robot applications. The mobile robot vehicle applications must have some means of estimating where they are and in which direction they are heading. Many existing indoor positioning systems are limited in workspace and robustness because they require clear lines-of-sight or do not provide absolute, driftfree measurements.The research work presented in this dissertation provides a new approach to position and attitude sensing system designed specifically to meet the challenges of operation in a realistic, cluttered indoor environment, such as that of an office building, hospital, industrial or warehouse. This is accomplished by an innovative assembly of infrared LED source that restricts the spreading of the light intensity distribution confined to a sheet of light and is encoded with localization and traffic information. This Digital Infrared Sheet of Light Beacon (DISLiB) developed for mobile robot is a high resolution absolute localization system which is simple, fast, accurate and robust, without much of computational burden or significant processing. Most of the available beacon's performance in corridors and narrow passages are not satisfactory, whereas the performance of DISLiB is very encouraging in such situations. This research overcomes most of the inherent limitations of existing systems.The work further examines the odometric localization errors caused by over count readings of an optical encoder based odometric system in a mobile robot due to wheel-slippage and terrain irregularities. A simple and efficient method is investigated and realized using an FPGA for reducing the errors. The detection and correction is based on redundant encoder measurements. The method suggested relies on the fact that the wheel slippage or terrain irregularities cause more count readings from the encoder than what corresponds to the actual distance travelled by the vehicle.The application of encoded Digital Infrared Sheet of Light Beacon (DISLiB) system can be extended to intelligent control of the public transportation system. The system is capable of receiving traffic status input through a GSM (Global System Mobile) modem. The vehicles have infrared receivers and processors capable of decoding the information, and generating the audio and video messages to assist the driver. The thesis further examines the usefulness of the technique to assist the movement of differently-able (blind) persons in indoor or outdoor premises of his residence.The work addressed in this thesis suggests a new way forward in the development of autonomous robotics and guidance systems. However, this work can be easily extended to many other challenging domains, as well.

Un framework per applicazioni di monitoraggio e domotica basato su tecnologie android e arduino

Questa tesi tratta dello sviluppo di un progetto chiamato Faxa e di una sua concreta applicazione nell’ambito della domotica (CasaDomotica). Faxa è un framework per la comunicazione via wireless tra dispositivi che supportano il sistema operativo Android e dispositivi Arduino Ethernet, comunicazione che avviene localmente attraverso il wi-fi. Il progetto si inserisce nel panorama più ampio chiamato “Internet of Things”, ovvero internet delle cose, dove ogni oggetto di uso domestico è collegato ad Internet e può essere quindi manipolato attraverso la rete in modo da realizzare una vera e propria “smart house”; perchè ciò si attui occorre sviluppare applicazioni semplici e alla portata di tutti. Il mio contributo comincia con la realizzazione del framework Faxa, così da fornire un supporto semplice e veloce per comporre programmi per Arduino e Android, sfruttando metodi ad alto livello. Il framework è sviluppato su due fronti: sul lato Android è composto sia da funzioni di alto livello, necessarie ad inviare ordini e messaggi all'Arduino, sia da un demone per Android; sul lato Arduino è composto dalla libreria, per inviare e ricevere messaggi. Per Arduino: sfruttando le librerie Faxa ho redatto un programma chiamato “BroadcastPin”. Questo programma invia costantemente sulla rete i dati dei sensori e controlla se ci sono ordini in ricezione. Il demone chiamato “GetItNow” è una applicazione che lavora costantemente in background. Il suo compito è memorizzare tutti i dati contenuti nei file xml inviati da Arduino. Tali dati corrispondono ai valori dei sensori connessi al dispositivo. I dati sono salvati in un database pubblico, potenzialmente accessibili a tutte le applicazioni presenti sul dispositivo mobile. Sul framework Faxa e grazie al demone “GetItNow” ho implementato “CasaDomotica”, un programma dimostrativo pensato per Android in grado di interoperare con apparecchi elettrici collegati ad un Arduino Ethernet, impiegando un’interfaccia video semplice e veloce. L’utente gestisce l’interfaccia per mezzo di parole chiave, a scelta comandi vocali o digitali, e con essa può accendere e spegnere luci, regolare ventilatori, attuare la rilevazione di temperatura e luminosità degli ambienti o quanto altro sia necessario. Il tutto semplicemente connettendo gli apparecchi all’Arduino e adattando il dispositivo mobile con pochi passi a comunicare con gli elettrodomestici.

Porting monitor di rete per gestione interfacce su device android.

Il lavoro svolto in questa tesi consiste nell'effettuare il porting del Monitor di rete da Linux ad Android,facente parte di un sistema più complesso conosciuto come ABPS. Il ruolo del monitor è quello di configurare dinamicamente tutte le interfacce di rete disponibili sul dispositivo sul quale lavora,in modo da essere connessi sempre alla miglior rete conosciuta,ad esempio al miglior Access Point nel caso del interfaccia wireless.

Customizzazione di android

La tesi tratta in primo piano la personalizzazione di un sistema Android utilizzata come piattaforma per la seconda parte del lavoro. Quest'ultima consiste nell'installazione sul sistema operativo Android, personalizzato, un modulo e un'applicazione, il primo denominato Transmission Error Detector (TED), che estende il funzionamento della tecnologia WiFi e la seconda denominata Wvdial che estende invece il funzionamento della tecnologia 3G(o UMTS). Entrambi fanno parte di una architettura per il supporto alla mobilità in contesti eterogenei.

Comunicazione device-to-device attraverso tecnologia WiFi-Direct: una valutazione sperimentale

Tesi di Laurea relativa allo studio della tecnologia Wi-Fi Direct in ambito Android attraverso test specifici.

Studio, Realizzazione e Simulazione di SaveMe, un'applicazione Android per il Disaster Recovery

Quando avvengono disastri naturali, spesso la copertura dati viene a mancare e le infrastutture o sono danneggiate o sono sovraccariche; in questo modo è difficile comunicare sia da parte delle persone che hanno bisogno di aiuto, sia da parte dei soccorritori che cercano di organizzare i soccorsi. Con questa tesi si è voluto realizzare un'applicazione Android che permetta agli utenti di segnalare il proprio bisogno di aiuto, anche se il device non ha una connessione internet attiva. L'applicazione, sfruttando il Wi-Fi e il Wi-Fi Direct, cercherà di formare una rete di dispositivi, attraverso la quale i messaggi di aiuto degli utenti verranno scambiati tra i device. Questa rete, man mano, si allargherà fino ad arrivare ad includere device che avranno una connessione dati attiva. Questi comunicheranno con il mio server, al quale manderanno tutti i messaggi che gli sono arrivati. I dati del server, ossia i messaggi che sono stati mandati dagli utenti, verranno mostrati sul sito ltw1528.web.cs.unibo.it. Attraverso questo sito, i soccorritori potranno vedere la posizione degli utenti in stato di bisogno, cosicché potranno mandarli un messaggio di soccorso, che si propagherà nella rete formatasi in precedenza, ed organizzare i soccorsi in maniera ottimale. Si è anche voluto fare uno studio simulativo per testare la scalabilità dell'applicazione e per raccogliere dati statistici, quali il delay medio tra l'arrivo del messaggio al device con connessione dati e il tempo in cui è stato creato, l'influenza sulla batteria del numero dei messaggi scambiati e il numero degli host, il delay tra il tempo di invio e il tempo di arrivo nello scambio di messaggi al variare del numero degli host.

Indoor position, localizzazione e tracciamento in ambienti chiusi

Le grandi catene di distribuzione, per sviluppare strategie commerciali sempre più efficaci, sono interessate a comprendere il percorso che ogni cliente effettua all’interno del punto vendita, che reparti visita, il tempo di permanenza in un’area specifica ecc… Quindi è stato necessario trovare un sistema per localizzare e tracciare un cliente all’interno di un ambiente chiuso (indoor position). Prima di tutto ci si è concentrati sulla ricerca e sviluppo di una nuova idea che potesse superare gli ostacoli delle soluzioni attualmente in commercio. Si è pensato di sostituire le tessere punti del punto vendita con delle tessere bluetoothLE e di creare un sistema di posizionamento al chiuso utilizzando la stessa logica di funzionamento del GPS per gli ambienti aperti. Il ricevitore è la tessera BLE posseduta dal cliente e i satelliti sono tre device Android dotati di un’app specifica per rilevare il segnale radio (RSSI) emesso dalla tessera ogni secondo. Le rilevazioni dei tre device Android sono successivamente trasferite all’interno di una web application che si occupa di elaborare i dati tramite il processo di trilaterazione. L’output sono le coordinate x,y di ciascuna tessera in ogni secondo di visita all’interno del punto vendita. Questi dati sono infine utilizzati per mostrare graficamente il percorso effettuato dal cliente, l’orario di ingresso e di uscita e il tempo di permanenza. Riepilogando, il progetto comprende una fase di ricerca e intuizione di una nuova idea, una fase di progettazione per traslare i meccanismi del funzionamento GPS all’utilizzo in un ambiente chiuso, una fase di implementazione dell’app e della web application e infine una fase di sperimentazioni sul campo che si concluderà dopo la laurea con test reali in un supermercato della zona.

Emergency direct: studio e implementazione di un'applicazione android per disseminazione di messaggi d'allarme in reti spontanee

In questa tesi inizialmente ci si è occupati di definire ed approfondire le caratteristiche della tecnologia Wi-Fi Direct, illustrandone il funzionamento, l’architettura e gli scenari di utilizzo. Successivamente è stata sviluppata un’applicazione basata su tale tecnologia, con lo scopo di fornire un servizio di disseminazione di messaggi d’aiuto in situazioni di emergenza o di catastrofi naturali, nelle quali la rete cellulare viene inevitabilmente meno. In queste occasioni c’è il bisogno di avere uno strumento che permetta di comunicare in maniera facile, veloce e che sia alla portata di tutti. Caratteristiche e qualità proprie di uno smartphone, dispositivo che oggigiorno è presente nelle tasche di ognuno di noi. L’obiettivo finale infatti, sarebbe quello di creare un applicativo che possa idealmente essere preinstallato in ogni nostro dispositivo, un servizio che sia diffuso, compreso ed utilizzabile istantaneamente da tutti, in modo tale da essere una sicurezza e un aiuto di vitale importanza in situazioni di pericolo. Per lo sviluppo di una tale applicazione ci si è basati sul sistema operativo Android, che è il più diffuso tra gli utenti di tutto il mondo. Nel primo capitolo ci si è occupati di di presentare ed approfondire la tecnologia Wi-Fi Direct, definendone gli ambiti generali di utilizzo e le problematiche che vengono affrontate. Nel secondo capitolo si prosegue con la presentazione della tecnologia in ambiente Android, descrivendo le API fornite da Google per l’utilizzo del servizio in questione. Nel terzo capitolo, dopo un’analisi dei progetti che coinvolgono tale tecnologia, viene illustrata l’applicazione creata, le sue funzionalità e caratteristiche ed eventuali casi d’uso. Nel quarto capitolo è stata inserita la parte più tecnica, dove illustro i problemi incontrati e le modalità di risoluzione degli stessi, insieme alle strutture ed agli oggetti messi a disposizione da Java che sono stati utilizzati. Infine nel capitolo conclusivo è stato fatto un riepilogo del lavoro svolto, indicando le difficoltà incontrate ed eventuali possibili miglioramenti e sviluppi futuri del mio progetto.

RFID tag localization with virtual multi-antenna systems

In questa tesi si sono valutate le prestazioni di un sistema di localizzazione multi-antenna di tag radio frequency identification (RFID) passivi in ambiente indoor. Il sistema, composto da un reader in movimento che percorre una traiettoria nota, ha come obiettivo localizzare il tag attraverso misure di fase; più precisamente la differenza di fase tra il segnale di interrogazione, emesso dal reader, e il segnale ricevuto riflesso dal tag che è correlato alla distanza tra di essi. Dopo avere eseguito una ricerca sullo stato dell’arte di queste tecniche e aver derivato il criterio maximum likelihood (ML) del sistema si è proceduto a valutarne le prestazioni e come eventuali fattori agissero sul risultato di localizzazione attraverso simulazioni Matlab. Come ultimo passo si è proceduto a effettuare una campagna di misure, testando il sistema in un ambiente reale. Si sono confrontati i risultati di localizzazione di tutti gli algoritmi proposti quando il reader si muove su una traiettoria rettilinea e su una traiettoria angolare, cercando di capire come migliorare i risultati.

Evaluating the Impact of the Number of Access Points in Mobile Robots Localization Using Artificial Neural Networks

Localization is information of fundamental importance to carry out various tasks in the mobile robotic area. The exact degree of precision required in the localization depends on the nature of the task. The GPS provides global position estimation but is restricted to outdoor environments and has an inherent imprecision of a few meters. In indoor spaces, other sensors like lasers and cameras are commonly used for position estimation, but these require landmarks (or maps) in the environment and a fair amount of computation to process complex algorithms. These sensors also have a limited field of vision. Currently, Wireless Networks (WN) are widely available in indoor environments and can allow efficient global localization that requires relatively low computing resources. However, the inherent instability in the wireless signal prevents it from being used for very accurate position estimation. The growth in the number of Access Points (AP) increases the overlap signals areas and this could be a useful means of improving the precision of the localization. In this paper we evaluate the impact of the number of Access Points in mobile nodes localization using Artificial Neural Networks (ANN). We use three to eight APs as a source signal and show how the ANNs learn and generalize the data. Added to this, we evaluate the robustness of the ANNs and evaluate a heuristic to try to decrease the error in the localization. In order to validate our approach several ANNs topologies have been evaluated in experimental tests that were conducted with a mobile node in an indoor space.

Towards Self-Learning Radio-Based Localization Systems

Location-awareness indoors will be an inseparable feature of mobile services/applications in future wireless networks. Its current ubiquitous availability is still obstructed by technological challenges and privacy issues. We propose an innovative approach towards the concept of indoor positioning with main goal to develop a system that is self-learning and able to adapt to various radio propagation environments. The approach combines estimation of propagation conditions, subsequent appropriate channel modelling and optimisation feedback to the used positioning algorithm. Main advantages of the proposal are decreased system set-up effort, automatic re-calibration and increased precision.