Definition and spatial annotation of the dynamic secretome during early kidney development

The term secretome has been defined as a set of secreted proteins (Grimmond et al. [2003] Genome Res 13:1350-1359). The term secreted protein encompasses all proteins exported from the cell including growth factors, extracellular proteinases, morphogens, and extracellular matrix molecules. Defining the genes encoding secreted proteins that change in expression during organogenesis, the dynamic secretome, is likely to point to key drivers of morphogenesis. Such secreted proteins are involved in the reciprocal interactions between the ureteric bud (UB) and the metanephric mesenchyme (AM) that occur during organogenesis of the metanephros. Some key metanephric secreted proteins have been identified, but many remain to be determined. In this study, microarray expression profiling of E10.5, E11.5, and E13.5 kidney and consensus bioinformatic analysis were used to define a dynamic secretome of early metanephric development. In situ hybridisation was used to confirm microarray results and clarify spatial expression patterns for these genes. Forty-one secreted factors were dynamically expressed between the E10.5 and E13.5 timeframe profiled, and 25 of these factors had not previously been implicated in kidney development. A text-based anatomical ontology was used to spatially annotate the expression pattern of these genes in cultured metanephric explants.

Development of methods for spatial modeling of sediments quality in Lake Okeechobee, Florida

The major objectives of this dissertation were to develop optimal spatial techniques to model the spatial-temporal changes of the lake sediments and their nutrients from 1988 to 2006, and evaluate the impacts of the hurricanes occurred during 1998–2006. Mud zone reduced about 10.5% from 1988 to 1998, and increased about 6.2% from 1998 to 2006. Mud areas, volumes and weight were calculated using validated Kriging models. From 1988 to 1998, mud thicknesses increased up to 26 cm in the central lake area. The mud area and volume decreased about 13.78% and 10.26%, respectively. From 1998 to 2006, mud depths declined by up to 41 cm in the central lake area, mud volume reduced about 27%. Mud weight increased up to 29.32% from 1988 to 1998, but reduced over 20% from 1998 to 2006. The reduction of mud sediments is likely due to re-suspension and redistribution by waves and currents produced by large storm events, particularly Hurricanes Frances and Jeanne in 2004 and Wilma in 2005. Regression, kriging, geographically weighted regression (GWR) and regression-kriging models have been calibrated and validated for the spatial analysis of the sediments TP and TN of the lake. GWR models provide the most accurate predictions for TP and TN based on model performance and error analysis. TP values declined from an average of 651 to 593 mg/kg from 1998 to 2006, especially in the lake’s western and southern regions. From 1988 to 1998, TP declined in the northern and southern areas, and increased in the central-western part of the lake. The TP weights increased about 37.99%–43.68% from 1988 to 1998 and decreased about 29.72%–34.42% from 1998 to 2006. From 1988 to 1998, TN decreased in most areas, especially in the northern and southern lake regions; western littoral zone had the biggest increase, up to 40,000 mg/kg. From 1998 to 2006, TN declined from an average of 9,363 to 8,926 mg/kg, especially in the central and southern regions. The biggest increases occurred in the northern lake and southern edge areas. TN weights increased about 15%–16.2% from 1988 to 1998, and decreased about 7%–11% from 1998 to 2006.

Development of nanostructured hydrogel for spatial and temporal controlled release of active compounds

L’utilisation de nanovecteurs pour la livraison contrôlée de principes actifs est un concept commun de nous jours. Les systèmes de livraison actuels présentent encore cependant des limites au niveau du taux de relargage des principes actifs ainsi que de la stabilité des transporteurs. Les systèmes composés à la fois de nanovecteurs (liposomes, microgels et nanogels) et d’hydrogels peuvent cependant permettre de résoudre ces problèmes. Dans cette étude, nous avons développé un système de livraison contrôlé se basant sur l’incorporation d’un nanovecteur dans une matrice hydrogel dans le but de combler les lacunes des systèmes se basant sur un vecteur uniquement. Une telle combinaison pourrait permettre un contrôle accru du relargage par stabilisation réciproque. Plus spécifiquement, nous avons développé un hydrogel structuré intégrant des liposomes, microgels et nanogels séparément chargés en principes actifs modèles potentiellement relargués de manière contrôlé. Ce contrôle a été obtenu par la modification de différents paramètres tels que la température ainsi que la composition et la concentration en nanovecteurs. Nous avons comparé la capacité de chargement et la cinétique de relargage de la sulforhodamine B et de la rhodamine 6G en utilisant des liposomes de DOPC et DPPC à différents ratios, des nanogels de chitosan/acide hyaluronique et des microgels de N-isopropylacrylamide (NIPAM) à différents ratios d’acide méthacrylique, incorporés dans un hydrogel modèle d’acrylamide. Les liposomes présentaient des capacités de chargement modérés avec un relargage prolongé sur plus de dix jours alors que les nanogels présentaient des capacités de chargement plus élevées mais une cinétique de relargage plus rapide avec un épuisement de la cargaison en deux jours. Comparativement, les microgels relarguaient complétement leur contenu en un jour. Malgré une cinétique de relargage plus rapide, les microgels ont démontré la possibilité de contrôler finement le chargement en principe actif. Ce contrôle peut être atteint par la modification des propriétés structurelles ou en changeant le milieu d’incubation, comme l’a montré la corrélation avec les isothermes de Langmuir. Chaque système développé a démontré un potentiel contrôle du taux de relargage, ce qui en fait des candidats pour des investigations futures.

Housing and Planning in London under the Conservative Government: Spatial impacts, social polarisation, sustainable development and social justice

This paper will be based on my continuing research on planning and housing development in London. It will focus on the proposals in the Government’s Housing and Planning Bill, which are likely to be enacted in Spring 2016. It will review the evidence of potential spatial impacts in terms of the supply of existing affordable homes and the location and affordability of new supply. This will be related to a review of the alternative development options for London’s growth in the context of the Mayor of London’s draft 2050 Infrastructure Plan. The paper will analyse the potential impact of new Government policy and legislation on whether London’s housing requirements can be delivered in accordance with the objectives of sustainable planning and social justice, and will also consider the constraints on the ability of the new Mayor of London, to be elected in May 2016 to achieve manifesto commitments.

Design and development of a diagonal-airflow batch dryer for spatial drying homogeneity

Das Verfahren der Lebensmitteltrocknung wird häufig angewendet, um ein Produkt für längere Zeit haltbar zu machen. Obst und Gemüse sind aufgrund ihres hohen Wassergehalts leicht verderblich durch biochemische Vorgänge innerhalb des Produktes, nicht sachgemäße Lagerung und unzureichende Transportmöglichkeiten. Um solche Verluste zu vermeiden wird die direkte Trocknung eingesetzt, welche die älteste Methode zum langfristigen haltbarmachen ist. Diese Methode ist jedoch veraltet und kann den heutigen Herausforderungen nicht gerecht werden. In der vorliegenden Arbeit wurde ein neuer Chargentrockner, mit diagonalem Luftstömungskanal entlang der Länge des Trocknungsraumes und ohne Leitbleche entwickelt. Neben dem unbestreitbaren Nutzen der Verwendung von Leitblechen, erhöhen diese jedoch die Konstruktionskosten und führen auch zu einer Erhöhung des Druckverlustes. Dadurch wird im Trocknungsprozess mehr Energie verbraucht. Um eine räumlich gleichmäßige Trocknung ohne Leitbleche zu erreichen, wurden die Lebensmittelbehälter diagonal entlang der Länge des Trockners platziert. Das vorrangige Ziel des diagonalen Kanals war, die einströmende, warme Luft gleichmäßig auf das gesamte Produkt auszurichten. Die Simulation des Luftstroms wurde mit ANSYS-Fluent in der ANSYS Workbench Plattform durchgeführt. Zwei verschiedene Geometrien der Trocknungskammer, diagonal und nicht diagonal, wurden modelliert und die Ergebnisse für eine gleichmäßige Luftverteilung aus dem diagonalen Luftströmungsdesign erhalten. Es wurde eine Reihe von Experimenten durchgeführt, um das Design zu bewerten. Kartoffelscheiben dienten als Trocknungsgut. Die statistischen Ergebnisse zeigen einen guten Korrelationskoeffizienten für die Luftstromverteilung (87,09%) zwischen dem durchschnittlich vorhergesagten und der durchschnittlichen gemessenen Strömungsgeschwindigkeit. Um den Effekt der gleichmäßigen Luftverteilung auf die Veränderung der Qualität zu bewerten, wurde die Farbe des Produktes, entlang der gesamten Länge der Trocknungskammer kontaktfrei im on-line-Verfahren bestimmt. Zu diesem Zweck wurde eine Imaging-Box, bestehend aus Kamera und Beleuchtung entwickelt. Räumliche Unterschiede dieses Qualitätsparameters wurden als Kriterium gewählt, um die gleichmäßige Trocknungsqualität in der Trocknungskammer zu bewerten. Entscheidend beim Lebensmittel-Chargentrockner ist sein Energieverbrauch. Dafür wurden thermodynamische Analysen des Trockners durchgeführt. Die Energieeffizienz des Systems wurde unter den gewählten Trocknungsbedingungen mit 50,16% kalkuliert. Die durchschnittlich genutzten Energie in Form von Elektrizität zur Herstellung von 1kg getrockneter Kartoffeln wurde mit weniger als 16,24 MJ/kg und weniger als 4,78 MJ/kg Wasser zum verdampfen bei einer sehr hohen Temperatur von jeweils 65°C und Scheibendicken von 5mm kalkuliert. Die Energie- und Exergieanalysen für diagonale Chargentrockner wurden zudem mit denen anderer Chargentrockner verglichen. Die Auswahl von Trocknungstemperatur, Massenflussrate der Trocknungsluft, Trocknerkapazität und Heiztyp sind die wichtigen Parameter zur Bewertung der genutzten Energie von Chargentrocknern. Die Entwicklung des diagonalen Chargentrockners ist eine nützliche und effektive Möglichkeit um dei Trocknungshomogenität zu erhöhen. Das Design erlaubt es, das gesamte Produkt in der Trocknungskammer gleichmäßigen Luftverhältnissen auszusetzen, statt die Luft von einer Horde zur nächsten zu leiten.

The relationship between early and intermediate level spatial vision during typical development and in autism spectrum disorder

Certaines recherches ont investigué le traitement visuel de bas et de plus hauts niveaux chez des personnes neurotypiques et chez des personnes ayant un trouble du spectre de l’autisme (TSA). Cependant, l’interaction développementale entre chacun de ces niveaux du traitement visuel n’est toujours pas bien comprise. La présente thèse a donc deux objectifs principaux. Le premier objectif (Étude 1) est d’évaluer l’interaction développementale entre l’analyse visuelle de bas niveaux et de niveaux intermédiaires à travers différentes périodes développementales (âge scolaire, adolescence et âge adulte). Le second objectif (Étude 2) est d’évaluer la relation fonctionnelle entre le traitement visuel de bas niveaux et de niveaux intermédiaires chez des adolescents et des adultes ayant un TSA. Ces deux objectifs ont été évalué en utilisant les mêmes stimuli et procédures. Plus précisément, la sensibilité de formes circulaires complexes (Formes de Fréquences Radiales ou FFR), définies par de la luminance ou par de la texture, a été mesurée avec une procédure à choix forcés à deux alternatives. Les résultats de la première étude ont illustré que l’information locale des FFR sous-jacents aux processus visuels de niveaux intermédiaires, affecte différemment la sensibilité à travers des périodes développementales distinctes. Plus précisément, lorsque le contour est défini par de la luminance, la performance des enfants est plus faible comparativement à celle des adolescents et des adultes pour les FFR sollicitant la perception globale. Lorsque les FFR sont définies par la texture, la sensibilité des enfants est plus faible comparativement à celle des adolescents et des adultes pour les conditions locales et globales. Par conséquent, le type d’information locale, qui définit les éléments locaux de la forme globale, influence la période à laquelle la sensibilité visuelle atteint un niveau développemental similaire à celle identifiée chez les adultes. Il est possible qu’une faible intégration visuelle entre les mécanismes de bas et de niveaux intermédiaires explique la sensibilité réduite des FFR chez les enfants. Ceci peut être attribué à des connexions descendantes et horizontales immatures ainsi qu’au sous-développement de certaines aires cérébrales du système visuel. Les résultats de la deuxième étude ont démontré que la sensibilité visuelle en autisme est influencée par la manipulation de l’information locale. Plus précisément, en présence de luminance, la sensibilité est seulement affectée pour les conditions sollicitant un traitement local chez les personnes avec un TSA. Cependant, en présence de texture, la sensibilité est réduite pour le traitement visuel global et local. Ces résultats suggèrent que la perception de formes en autisme est reliée à l’efficacité à laquelle les éléments locaux (luminance versus texture) sont traités. Les connexions latérales et ascendantes / descendantes des aires visuelles primaires sont possiblement tributaires d’un déséquilibre entre les signaux excitateurs et inhibiteurs, influençant ainsi l’efficacité à laquelle l’information visuelle de luminance et de texture est traitée en autisme. Ces résultats supportent l’hypothèse selon laquelle les altérations de la perception visuelle de bas niveaux (local) sont à l’origine des atypies de plus hauts niveaux chez les personnes avec un TSA.

Indoor environment and the impact on the health of pre-exisiting asthmatics at work: the development of a risk management framework

This thesis examines the spatial and temporal variation in nitrogen dioxide (NO2) levels in Guernsey and the impacts on pre-existing asthmatics. Whilst air quality in Guernsey is generally good, the levels of NO2 exceed UK standards in several locations. The evidence indicates that people suffering from asthma have exacerbation of their symptoms if exposed to elevated levels of air pollutants including NO2, although this research has never been carried out in Guernsey before. In addition, exposure assessment of individuals is rarely carried out and research in this area is limited due to the complexity of undertaking such a study, which will include a combination of exposures in the home, the workplace and ambient exposures, which vary depending on the individual daily experience. For the first time in Guernsey, this research has examined NO2 levels in correlation with asthma patient admissions to hospital, assessment of NO2 exposures in typical homes and typical workplaces in Guernsey. The data showed a temporal correlation between NO2 levels and the number of hospital admissions and the trend from 2008-2012 was upwards. Statistical analysis of the data did not show a significant linear correlation due to the small size of the data sets. Exposure assessment of individuals showed a spatial variation in exposures in Guernsey and assessment in indoor environments showed that real-time analysis of NO2 levels needs to be undertaken if indoor micro environments for NO2 are the be assessed adequately. There was temporal and spatial variation in NO2 concentrations measured using diffusion tubes, which provide a monthly mean value, and analysers measuring NO2 concentrations in real time. The research shows that building layout and design are important factors for good air flow and ventilation and the dispersion of NO2 indoors. Environmental Health Officers have statutory responsibilities for ambient air quality, hygiene of buildings and workplace environments and this role needs to be co-ordinated with healthcare professionals to improve health outcomes for asthmatics. The outcome of the thesis was the development of a risk management framework for pre-existing asthmatics at work for use by regulators of workplaces and an information leaflet to assist in improving health outcomes for asthmatics in Guernsey.

Essays on cultural and institutional dynamics in economic development using spatial analysis

This thesis seeks to research patterns of economic growth and development from a number of perspectives often resonated in the growth literature. By addressing themes about history, geography, institutions and culture the thesis is able to bring to bear a wide range of inter-related literatures and methodologies within a single content. Additionally, by targeting different administrative levels in its research design and approach, this thesis is also able to provide a comprehensive treatment of the economic growth dilemma from both cross-national and sub-national perspectives. The three chapters herein discuss economic development from two broad dimensions. The first of these chapters takes on the economic growth inquiry by attempting to incorporate cultural geography within a cross-country formal spatial econometric growth framework. By introducing the global cultural dynamics of languages and ethnic groups as spatial network mechanisms, this chapter is able to distinguish economic growth effects accruing from own-country productive efforts from those accruing from interconnections within a global productive network chain. From this, discussions and deductions about the implications for both developed and developing countries are made as regards potentials for gains and losses from such types and levels of productive integration. The second and third chapters take a different spin to the economic development inquiry. They both focus on economic activity in Africa, tackling the relevant issues from a geo-intersected dimension involving historic regional tribal homelands and modern national and subnational administrative territories. The second chapter specifically focuses on attempting to adopt historical channels to investigate the connection between national institutional quality and economic development in demarcated tribal homelands at the fringes of national African borders. The third chapter on the other hand focuses on looking closer at the effects of demarcations on economic activity. It particularly probes how different kinds of demarcation warranted by two different but very relevant classes of politico-economic players have affected economic activity quite distinguishably within the resulting subnational regions in Africa.

Development of nanostructured hydrogel for spatial and temporal controlled release of active compounds

L’utilisation de nanovecteurs pour la livraison contrôlée de principes actifs est un concept commun de nous jours. Les systèmes de livraison actuels présentent encore cependant des limites au niveau du taux de relargage des principes actifs ainsi que de la stabilité des transporteurs. Les systèmes composés à la fois de nanovecteurs (liposomes, microgels et nanogels) et d’hydrogels peuvent cependant permettre de résoudre ces problèmes. Dans cette étude, nous avons développé un système de livraison contrôlé se basant sur l’incorporation d’un nanovecteur dans une matrice hydrogel dans le but de combler les lacunes des systèmes se basant sur un vecteur uniquement. Une telle combinaison pourrait permettre un contrôle accru du relargage par stabilisation réciproque. Plus spécifiquement, nous avons développé un hydrogel structuré intégrant des liposomes, microgels et nanogels séparément chargés en principes actifs modèles potentiellement relargués de manière contrôlé. Ce contrôle a été obtenu par la modification de différents paramètres tels que la température ainsi que la composition et la concentration en nanovecteurs. Nous avons comparé la capacité de chargement et la cinétique de relargage de la sulforhodamine B et de la rhodamine 6G en utilisant des liposomes de DOPC et DPPC à différents ratios, des nanogels de chitosan/acide hyaluronique et des microgels de N-isopropylacrylamide (NIPAM) à différents ratios d’acide méthacrylique, incorporés dans un hydrogel modèle d’acrylamide. Les liposomes présentaient des capacités de chargement modérés avec un relargage prolongé sur plus de dix jours alors que les nanogels présentaient des capacités de chargement plus élevées mais une cinétique de relargage plus rapide avec un épuisement de la cargaison en deux jours. Comparativement, les microgels relarguaient complétement leur contenu en un jour. Malgré une cinétique de relargage plus rapide, les microgels ont démontré la possibilité de contrôler finement le chargement en principe actif. Ce contrôle peut être atteint par la modification des propriétés structurelles ou en changeant le milieu d’incubation, comme l’a montré la corrélation avec les isothermes de Langmuir. Chaque système développé a démontré un potentiel contrôle du taux de relargage, ce qui en fait des candidats pour des investigations futures.

The relationship between early and intermediate level spatial vision during typical development and in autism spectrum disorder

Certaines recherches ont investigué le traitement visuel de bas et de plus hauts niveaux chez des personnes neurotypiques et chez des personnes ayant un trouble du spectre de l’autisme (TSA). Cependant, l’interaction développementale entre chacun de ces niveaux du traitement visuel n’est toujours pas bien comprise. La présente thèse a donc deux objectifs principaux. Le premier objectif (Étude 1) est d’évaluer l’interaction développementale entre l’analyse visuelle de bas niveaux et de niveaux intermédiaires à travers différentes périodes développementales (âge scolaire, adolescence et âge adulte). Le second objectif (Étude 2) est d’évaluer la relation fonctionnelle entre le traitement visuel de bas niveaux et de niveaux intermédiaires chez des adolescents et des adultes ayant un TSA. Ces deux objectifs ont été évalué en utilisant les mêmes stimuli et procédures. Plus précisément, la sensibilité de formes circulaires complexes (Formes de Fréquences Radiales ou FFR), définies par de la luminance ou par de la texture, a été mesurée avec une procédure à choix forcés à deux alternatives. Les résultats de la première étude ont illustré que l’information locale des FFR sous-jacents aux processus visuels de niveaux intermédiaires, affecte différemment la sensibilité à travers des périodes développementales distinctes. Plus précisément, lorsque le contour est défini par de la luminance, la performance des enfants est plus faible comparativement à celle des adolescents et des adultes pour les FFR sollicitant la perception globale. Lorsque les FFR sont définies par la texture, la sensibilité des enfants est plus faible comparativement à celle des adolescents et des adultes pour les conditions locales et globales. Par conséquent, le type d’information locale, qui définit les éléments locaux de la forme globale, influence la période à laquelle la sensibilité visuelle atteint un niveau développemental similaire à celle identifiée chez les adultes. Il est possible qu’une faible intégration visuelle entre les mécanismes de bas et de niveaux intermédiaires explique la sensibilité réduite des FFR chez les enfants. Ceci peut être attribué à des connexions descendantes et horizontales immatures ainsi qu’au sous-développement de certaines aires cérébrales du système visuel. Les résultats de la deuxième étude ont démontré que la sensibilité visuelle en autisme est influencée par la manipulation de l’information locale. Plus précisément, en présence de luminance, la sensibilité est seulement affectée pour les conditions sollicitant un traitement local chez les personnes avec un TSA. Cependant, en présence de texture, la sensibilité est réduite pour le traitement visuel global et local. Ces résultats suggèrent que la perception de formes en autisme est reliée à l’efficacité à laquelle les éléments locaux (luminance versus texture) sont traités. Les connexions latérales et ascendantes / descendantes des aires visuelles primaires sont possiblement tributaires d’un déséquilibre entre les signaux excitateurs et inhibiteurs, influençant ainsi l’efficacité à laquelle l’information visuelle de luminance et de texture est traitée en autisme. Ces résultats supportent l’hypothèse selon laquelle les altérations de la perception visuelle de bas niveaux (local) sont à l’origine des atypies de plus hauts niveaux chez les personnes avec un TSA.

Transportation and spatial development : an overview and a future direction

Essays in Long-run Development and Spatial Economics

This thesis tries to further our understanding for why some countries today are more prosperous than others. It establishes that part of today's observed variation in several proxies such as income or gender inequality have been determined in the distant past. Chapter one shows that 450 years of (Catholic) Portuguese colonisation had a long-lasting impact in India when it comes to education and female emancipation. Furthermore I use a historical quasi-experiment that happened 250 years ago in order to show that different outcomes have different degrees of persitence over time. Educational gaps between males and females seemingly wash out a few decades after the public provision of schools. The male biased sex-ratios on the other hand stay virtually unchanged despite governmental efforts. This provides evidence that deep rooted son preferences are much harder to overcome, suggesting that a differential approach is needed to tackle sex-selective abortion and female neglect. The second chapter proposes improvements for the execution of Spatial Regression Discontinuity Designs. These suggestions are accompanied by a full-fledged spatial statistical package written in R. Chapter three introduces a quantitative economic geography model in order to study the peculiar evolution of the European urban system on its way to the Industrial Revolution. It can explain the shift of economic gravity from the Mediterranean towards the North-Sea ("little divergence"). The framework provides novel insights on the importance of agricultural trade costs and the peculiar geography of Europe with its extended coastline and dense network of navigable rivers.

Spatial pattern detection modeling of thrips (Thrips tabaci) on onion fields

Onion (Allium cepa) is one of the most cultivated and consumed vegetables in Brazil and its importance is due to the large laborforce involved. One of the main pests that affect this crop is the Onion Thrips (Thrips tabaci), but the spatial distribution of this insect, although important, has not been considered in crop management recommendations, experimental planning or sampling procedures. Our purpose here is to consider statistical tools to detect and model spatial patterns of the occurrence of the onion thrips. In order to characterize the spatial distribution pattern of the Onion Thrips a survey was carried out to record the number of insects in each development phase on onion plant leaves, on different dates and sample locations, in four rural properties with neighboring farms under different infestation levels and planting methods. The Mantel randomization test proved to be a useful tool to test for spatial correlation which, when detected, was described by a mixed spatial Poisson model with a geostatistical random component and parameters allowing for a characterization of the spatial pattern, as well as the production of prediction maps of susceptibility to levels of infestation throughout the area.

Gene Expression Noise in Spatial Patterning: hunchback Promoter Structure Affects Noise Amplitude and Distribution in Drosophila Segmentation

Positional information in developing embryos is specified by spatial gradients of transcriptional regulators. One of the classic systems for studying this is the activation of the hunchback (hb) gene in early fruit fly (Drosophila) segmentation by the maternally-derived gradient of the Bicoid (Bcd) protein. Gene regulation is subject to intrinsic noise which can produce variable expression. This variability must be constrained in the highly reproducible and coordinated events of development. We identify means by which noise is controlled during gene expression by characterizing the dependence of hb mRNA and protein output noise on hb promoter structure and transcriptional dynamics. We use a stochastic model of the hb promoter in which the number and strength of Bcd and Hb (self-regulatory) binding sites can be varied. Model parameters are fit to data from WT embryos, the self-regulation mutant hb(14F), and lacZ reporter constructs using different portions of the hb promoter. We have corroborated model noise predictions experimentally. The results indicate that WT (self-regulatory) Hb output noise is predominantly dependent on the transcription and translation dynamics of its own expression, rather than on Bcd fluctuations. The constructs and mutant, which lack self-regulation, indicate that the multiple Bcd binding sites in the hb promoter (and their strengths) also play a role in buffering noise. The model is robust to the variation in Bcd binding site number across a number of fly species. This study identifies particular ways in which promoter structure and regulatory dynamics reduce hb output noise. Insofar as many of these are common features of genes (e. g. multiple regulatory sites, cooperativity, self-feedback), the current results contribute to the general understanding of the reproducibility and determinacy of spatial patterning in early development.

Online Mammographic Images Database for Development and Comparison of CAD Schemes

Considering the difficulties in finding good-quality images for the development and test of computer-aided diagnosis (CAD), this paper presents a public online mammographic images database free for all interested viewers and aimed to help develop and evaluate CAD schemes. The digitalization of the mammographic images is made with suitable contrast and spatial resolution for processing purposes. The broad recuperation system allows the user to search for different images, exams, or patient characteristics. Comparison with other databases currently available has shown that the presented database has a sufficient number of images, is of high quality, and is the only one to include a functional search system.