Global Ocean Particulate Organic Carbon flux merged with satellite parameters

The efficiency of the biological pump of carbon to the deep ocean depends largely on the biologically mediated export of carbon from the surface ocean and its remineralization with depth. Global satellite studies have primarily focused on chlorophyll concentration and net primary production (NPP) to understand the role of phytoplankton in these processes. Recent satellite retrievals of phytoplankton composition now allow for the size of phytoplankton cells to be considered. Here, we improve understanding of phytoplankton size structure impacts on particle export, remineralization and transfer. Particulate organic carbon (POC) flux observations from sediment traps and 234Th are compiled across the global ocean. Annual climatologies of NPP, percent microplankton, and POC flux at four time series locations and within biogeochemical provinces are constructed, and sinking velocities are calculated to align surface variables with POC flux at depth. Parameters that characterize POC flux vs. depth (export flux ratio, labile fraction, remineralization length scale) are then fit to the aligned dataset. Times of the year dominated by different size compositions are identified and fit separately in regions of the ocean where phytoplankton cell size showed enough dynamic range over the annual cycle. Considering all data together, our findings support the paradigm of high export flux but low transfer efficiency in more productive regions and vice versa for oligotrophic regions. However, when parsing by dominant size class, we find periods dominated by small cells to have both greater export flux and lower transfer efficiency than periods when large cells comprise a greater proportion of the phytoplankton community.

Effects of the ruminal comminution rate and microbial contamination of particles on accuracy of in situ estimates of ruminal degradability and intestinal digestibility of feedstuffs.

Effects of considering the comminution rate -kc- and the correction of microbial contamination -using 15N techniques- of particles in the rumen on estimates of ruminally undegraded fractions and their intestinal digestibility were examined generating composite samples -from rumen-incubated residues- representative of the undegraded feed rumen outflow. The study used sunflower meal -SFM- and Italian ryegrass hay -RGH- and three rumen and duodenum cannulated wethers fed with a 40:60 RGH to concentrate diet -75 g DM/kgBW0.75-. Transit studies up to the duodenum with Yb-SFM and Eu-RGH marked samples showed higher kc values -/h- in SFM than in RGH -0.577 vs. 0.0892, p = 0.034-, whereas similar values occurred for the rumen passage rate -kp-. Estimates of ruminally undegraded and intestinal digestibility of all tested fractions decreased when kc was considered and also applying microbial correction. Thus, microbial uncorrected kp-based proportions of intestinal digested undegraded crude protein overestimated those corrected and kc-kp-based by 39% in SFM -0.146 vs. 0.105- and 761% in RGH -0.373 vs. 0.0433-. Results show that both kc and microbial contamination correction should be considered to obtain accurate in situ estimates in grasses, whereas in protein concentrates not considering kc is an important source of error.

Ammonia and methane gas emissions from pig slurry: variability induced through feeding strategies

Esta Tesis doctoral fue desarrollada para estudiar las emisiones de amoniaco (NH3) y metano (CH4) en purines de cerdos, y los efectos ocasionados por cambios en la formulación de la dieta. Con este propósito, fueron llevados a cabo tres estudios. El experimento 1 fue realizado con el objetivo de analizar los factores de variación de la composición de purines y establecer ecuaciones de predicción para emisiones potenciales de NH3 y CH4. Fueron recogidas setenta y nueve muestras de piensos y purines durante dos estaciones del año (verano y invierno) de granjas comerciales situadas en dos regiones de España (Centro y Mediterráneo). Se muestrearon granjas de gestación, maternidad, lactación y cebo. Se determinó la composición de piensos y purines, y la emisión potencial de NH3 y CH4. El contenido de nutrientes de los piensos fue usado como covariable en el análisis. La espectroscopia de reflectancia del infrarrojo cercano (NIRS) se evaluó como herramienta de predicción de la composición y potencial emisión de gases del purín. Se encontró una amplia variabilidad en la composición de piensos y purines. Las granjas del Mediterráneo tenían mayor pH (P<0,001) y concentración de cenizas (P =0,02) en el purín que las del Centro. El tipo de granja también afectó al contenido de extracto etéreo (EE) del purín (P =0,02), observando los valores más elevados en las instalaciones de animales jóvenes. Los resultados sugieren un efecto tampón de la fibra de la dieta en el pH del purín y una relación directa (P<0,05) con el contenido de fibra fecal. El contenido de proteína del pienso no afectó al contenido de nitrógeno del purín, pero disminuyó (P=0,003) la concentración de sólidos totales (ST) y de sólidos volátiles (SV). Se obtuvieron modelos de predicción de la emisión potencial de NH3 (R2=0,89) y CH4 (R2=0,61) partir de la composición del purín. Los espectros NIRS mostraron una buena precisión para la estimación de la mayor parte de los constituyentes, con coeficientes de determinación de validación cruzada (R2cv) superiores a 0,90, así como para la predicción del potencial de emisiones de NH3 y CH4 (R2cv=0,84 y 0,68, respectivamente). El experimento 2 fue realizado para investigar los efectos del nivel de inclusión de dos fuentes de sub-productos fibrosos: pulpa de naranja (PN) y pulpa de algarroba (PA), en dietas iso-fibrosas de cerdos de cebo, sobre la composición del purín y las emisiones potenciales de NH3 y CH4. Treinta cerdos (85,4±12,3 kg) fueron alimentados con cinco dietas iso-nutritivas: control comercial trigo/cebada (C) y cuatro dietas experimentales incluyendo las dos fuentes de sub-productos a dos niveles (75 y 150 g/kg) en una estructura 2 × 2 factorial. Después de 14 días de periodo de adaptación, heces y orina fueron recogidas separadamente durante 7 días para medir la digestibilidad de los nutrientes y el nitrógeno (N) excretado (6 réplicas por dieta) en cerdos alojados individualmente en jaulas metabólicas. Las emisiones de NH3 y CH4 fueron medidas después de la recogida de los purínes durante 11 y 100 días respectivamente. La fuente y el nivel de subproductos fibrosos afectó a la eficiencia digestiva de diferentes formas, ya que los coeficientes de digestibilidad total aparente (CDTA) para la materia seca (MS), materia orgánica (MO), fracciones fibrosas y energía bruta (EB) aumentaron con la PN pero disminuyeron con la inclusión de PA (P<0,05). El CDTA de proteína bruta (PB) disminuyó con la inclusión de las dos fuentes de fibra, siendo más bajo al mayor nivel de inclusión. La concentración fecal de fracciones fibrosas aumentó (P<0,05) con el nivel de inclusión de PA pero disminuyó con el de PN (P<0,01). El nivel más alto de las dos fuentes de fibra en el pienso aumentó (P<0,02) el contenido de PB fecal pero disminuyó el contenido de N de la orina (de 205 para 168 g/kg MS, P<0,05) en todas las dietas suplementadas comparadas con la dieta C. Adicionalmente, las proporciones de nitrógeno indigerido, nitrógeno soluble en agua, nitrógeno bacteriano y endógeno excretado en heces no fueron afectados por los tratamientos. Las características iniciales del purín no difirieron entre las diferentes fuentes y niveles de fibra, excepto para el pH que disminuyó con la inclusión de altos niveles de sub-productos. La emisión de NH3 por kg de purín fue más baja en todas las dietas suplementadas con fibras que en la dieta C (2,44 vs.1,81g de promedio, P<0,05). Además, purines de dietas suplementadas con alto nivel de sub-productos tendieron (P<0,06) a emitir menos NH3 por kg de nitrógeno total y mostraron un potencial más bajo para emitir CH4, independientemente de la fuente de fibra. El experimento 3 investigó los efectos de la fuente de proteína en dietas prácticas. Tres piensos experimentales fueron diseñados para sustituir una mescla de harina y cascarilla de soja (SOJ) por harina de girasol (GIR) o por DDGS del trigo (DDGST). La proporción de otros ingredientes fue modificada para mantener los contenidos de nutrientes similares a través de las dietas. El cambio en la fuente de proteína dio lugar a diferencias en el contenido de fibra neutro detergente ligada a proteína bruta (FNDPB), fibra soluble (FS) y lignina ácido detergente (LAD) en la dieta. Veinticuatro cerdos (ocho por dieta), con 52,3 o 60,8 kg en la primera y segunda tanda respectivamente, fueron alojados individualmente en jaulas metabólicas. Durante un periodo de 7 días fue determinado el balance de MS, el CDTA de los nutrientes y la composición de heces y orina. Se realizó el mismo procedimiento del experimento 2 para medir las emisiones de NH3 y CH4 de los purines de cada animal. Ni la ingestión de MS ni el CDTA de la MS o de la energía fueron diferentes entre las dietas experimentales, pero el tipo de pienso afectó (P<0.001) la digestibilidad de la PB, que fue mayor para GIR (0,846) que para SOJ (0,775), mientras que la dieta DDGST mostró un valor intermedio (0,794). La concentración fecal de PB fue por tanto influenciada (P<0,001) por el tratamiento, observándose la menor concentración de PB en la dieta GIR y la mayor en la dieta SOJ. La proporción de N excretado en orina o heces disminuyó de 1,63 en la dieta GIR hasta 0,650 en la dieta SOJ, como consecuencia de perdidas más bajas en orina y más altas en heces, con todas las fracciones de nitrógeno fecales creciendo en paralelo a la excreción total. Este resultado fue paralelo a una disminución de la emisión potencial de NH3 (g/kg purín) en la dieta SOJ con respecto a la dieta GIR (desde 1,82 a 1,12, P<0,05), dando valores intermedios (1,58) para los purines de la dieta DDGST. Por otro lado, el CDTA de la FS y de la fibra neutro detergente (FND) fueron afectados (P<0,001 y 0,002, respectivamente) por el tipo de dieta, siendo más bajas en la dieta GIR que en la dieta SOJ; además, se observó un contenido más alto de FND (491 vs. 361g/kg) en la MS fecal para la dieta GIR que en la dieta SOJ, presentando la dieta DDGST valores intermedios. El grado de lignificación de la FND (FAD/FND x 100) de las heces disminuyó en el orden GIR>DDGST>SOJ (desde 0,171 hasta 0,109 y 0,086, respectivamente) en paralelo a la disminución del potencial de emisión de CH4 por g de SV del purín (desde 301 a 269 y 256 mL, respectivamente). Todos los purines obtenidos en estos tres experimentos y Antezana et al. (2015) fueron usados para desarrollar nuevas calibraciones con la tecnología NIRS, para predecir la composición del purín y el potencial de las emisiones de gases. Se observó una buena precisión (R2cv superior a 0,92) de las calibraciones cuando muestras de los ensayos controlados (2, 3 y Antezana et al., 2015) fueron añadidas, aumentando el rango de variación. Una menor exactitud fue observada para TAN y emisiones de NH3 y CH4, lo que podría explicarse por una menor homogeneidad en la distribución de las muestras cuando se amplía el rango de variación del estudio. ABSTRACT This PhD thesis was developed to study the emissions of ammonia (NH3) and methane (CH4) from pig slurry and the effects caused by changes on diet formulation. For these proposes three studies were conducted. Experiment 1 aimed to analyse several factors of variation of slurry composition and to establish prediction equations for potential CH4 and NH3 emissions. Seventy-nine feed and slurry samples were collected at two seasons (summer and winter) from commercial pig farms sited at two Spanish regions (Centre and Mediterranean). Nursery, growing-fattening, gestating and lactating facilities were sampled. Feed and slurry composition were determined, and potential CH4 and NH3 emissions measured. Feed nutrient contents were used as covariates in the analysis. Near infrared reflectance spectroscopy (NIRS) was evaluated as a predicting tool for slurry composition and potential gaseous emissions. A wide variability was found both in feed and slurry composition. Mediterranean farms had a higher pH (P<0.001) and ash (P=0.02) concentration than those located at the centre of Spain. Also, type of farm affected ether extract (EE) content of the slurry (P=0.02), with highest values obtained for the youngest animal facilities. Results suggested a buffer effect of dietary fibre on slurry pH and a direct relationship (P<0.05) with fibre constituents of manure. Dietary protein content did not affect slurry nitrogen content (N) but decreased (P=0.003) in total solid (TS) and volatile solids (VS) concentration. Prediction models of potential NH3 emissions (R2=0.89) and biochemical CH4 potential (B0) (R2=0.61) were obtained from slurry composition. Predictions from NIRS showed a high accuracy for most slurry constituents with coefficient of determination of cross validation (R2cv) above 0.90 and a similar accuracy of prediction of potential NH3 and CH4 emissions (R2cv=0.84 and 0.68, respectively) thus models based on slurry composition from commercial farms. Experiment 2 was conducted to investigate the effects of increasing the level of two sources of fibrous by-products, orange pulp (OP) and carob meal (CM), in iso-fibrous diets for growing-finishing pig, slurry composition and potential NH3 and CH4 emissions. Thirty pigs (85.4±12.3 kg) were fed five iso-nutritive diets: a commercial control wheat/barley (C) and four experimental diets including two sources of fibrous by-products OP and CM and two dietary levels (75 and 150 g/kg) in a 2 × 2 factorial arrangement. After a 14-day adaptation period, faeces and urine were collected separately for 7 days to measure nutrient digestibility and the excretory patterns of N from pigs (6 replicates per diet) housed individually in metabolic pens. For each animal, the derived NH3 and CH4 emissions were measured in samples of slurry over an 11 and 100-day storage periods, respectively. Source and level of the fibrous by-products affected digestion efficiency in a different way as the coefficients of total tract apparent digestibility (CTTAD) for dry matter (DM), organic matter (OM), fibre fractions and gross energy (GE) increased with OP but decreased with CM (P<0.05). Crude protein CTTAD decreased with the inclusion of both sources of fibre, being lower at the highest dietary level. Faecal concentration of fibre fractions increased (P<0.05) with the level of inclusion of CM but decreased with that of OP (P<0.01). High dietary level for both sources of fibre increased (P<0.02) CP faecal content but urine N content decreased (from 205 to 168 g/kg DM, P<0.05) in all the fibre-supplemented compared to C diet. Additionally, the proportions of undigested dietary, water soluble, and bacterial and endogenous debris of faecal N excretion were not affected by treatments. The initial slurry characteristics did not differ among different fibre sources and dietary levels, except pH, which decreased at the highest by-product inclusion levels. Ammonia emission per kg of slurry was lower in all the fibre-supplemented diets than in C diet (2.44 vs. 1.81g as average, P<0.05). Additionally, slurries from the highest dietary level of by-products tended (P<0.06) to emit less NH3 per kg of initial total Kjeldahl nitrogen (TKN) and showed a lower biochemical CH4 potential , independently of the fibre source. Experiment 3 investigated the effects of protein source in practical diets. Three experimental feeds were designed to substitute a mixture of soybean meal and soybean hulls (SB diet) with sunflower meal (SFM) or wheat DDGS (WDDGS). The proportion of other ingredients was also modified in order to maintain similar nutrient contents across diets. Changes in protein source led to differences in dietary content of neutral detergent insoluble crude protein (NDICP), soluble fibre (SF) and acid detergent lignin (ADL). Twenty-four pigs (eight per diet), weighing 52.3 or 60.8 kg at the first and second batch respectively, were housed individually in metabolic pens to determine during a 7-day period DM balance, CTTAD of nutrients, and faecal and urine composition. Representative slurry samples from each animal were used to measure NH3 and CH4 emissions over an 11 and or 100-day storage period, respectively. Neither DM intake, nor DM or energy CTTAD differed among experimental diets, but type of feed affected (P<0.001) CP digestibility, which was highest for SFM (0.846) than for SB (0.775) diet, with WDDGS-based diet giving an intermediate value (0.794). Faecal DM composition was influenced (P<0.001) accordingly, with the lowest CP concentration found for diet SFM and the highest for SB. The ratio of N excreted in urine or faeces decreased from SFM (1.63) to SB diet (0.650), as a consequence of both lower urine and higher faecal losses, with all the faecal N fractions increasing in parallel to total excretion. This result was parallel to a decrease of potential NH3 emission (g/kg slurry) in diet SB with respect to diet SFM (from 1.82 to 1.12, P<0.05), giving slurry from WDDGS-based diet an intermediate value (1.58). Otherwise, SF and insoluble neutral detergent fibre (NDF) CTTAD were affected (P<0.001 and P=0.002, respectively) by type of diet, being lower for SFM than in SB-diet; besides, a higher content of NDF (491 vs. 361 g/kg) in faecal DM was observed for SFM with respect to SB based diet, with WDDGS diet being intermediate. Degree of lignification of NDF (ADL/NDF x 100) of faeces decreased in the order SFM>WDDGS>SB (from 0.171 to 0.109 and 0.086, respectively) in parallel to a decrease of biochemical CH4 potential per g of VS of slurry (from 301 to 269 and 256 ml, respectively). All slurry samples obtained from these three experiments and Antezana et al. (2015) were used to develop new calibrations with NIRS technology, to predict the slurry composition and potential gaseous emissions of samples with greater variability in comparison to experiment 1. Better accuracy (R2cv above 0.92) was observed for calibrations when samples from controlled trials experiments (2, 3 and Antezana et al., 2015) were included, increasing the range of variation. A lower accuracy was observed for TAN, NH3 and CH4 gaseous emissions, which might be explained by the less homogeneous distribution with a wider range of data.

Definición de los procedimientos e indicadores de la cadena de custodia de la industria de pasta y papel vinculados a la normativa ISO 9000/14000

En el trabajo se ha reflejado la génesis del término „desarrollo sostenible‟ y la preocupación social y de los gobiernos hacia la sostenibilidad de los recursos, generando una política forestal a escala internacional, cuyo hito inicial desempeña la Cumbre de Rio y otros procesos, donde surge el término „sostenibilidad‟ - procesos gubernamentales que ponen su atención en los bosques,entre ellos el Proceso paneuropeo del que emanan los Criterios e indicadores de la gestión forestal sostenible, así como otros foros donde aparece la vinculación entre los productos y la sostenibilidad de los bosques de donde proceden. A partir de esos conceptos aparecen los sistemas de certificación, primero FSC, promovido por las ONG ambientalistas, y en respuesta a ello, el sistema PEFC de los propietarios forestales privados con las industrias forestales. En su introducción, el trabajo recoge como surge y evoluciona esta preocupación y como se sucede y desarrollan los sistemas de certificación en España, orientados tanto a la superficie forestal como a sus productos derivados. Tratando de ser una herramienta técnica, en estos últimos quince años, se han ido planteando metodologías y propuestas técnicas que puedan garantizar el origen sostenible del bosque de donde procede la materia prima. Aunque la persistencia de la masa forestal como término tiene importancia, no considera numerosos aspectos incluidos en el concepto “gestión forestal sostenible”. El trabajo manifiesta qué es y cómo se origina la Gestión Forestal Sostenible y muy ligado con ello, el origen de la certificación como herramienta, explicando cómo se incardina la certificación forestal española con las estructuras internacionales y se construyen nuevas estructuras a escala española y autonómica. Se expone el dominio y alcance técnico de la certificación, sus inicios y un análisis de la diversidad de sistemas y etiquetas existentes -como ha ido evolucionando a escala internacional y nacional, por sistemas, sectores y continentes, con especial atención en España, recopilando lo sucedido relevante para el sector forestal, industrias forestales y sistemas de certificación en los años de estudio de elaboración de la tesis. Se refleja la relevancia que adquiere la certificación forestal y de la cadena de custodia para la industria del papel, tanto por las regulaciones, normativas y legislación que involucran al producto derivado del bosque como por ser herramienta que enlaza el bosque sostenible con el consumidor. La aplicación de todas esas especificaciones técnicas que muestran la sostenibilidad del bosque y al trazabilidad en el proceso productivo comporta una carga administrativa de recopilación de información, de control para el seguimiento asociado con los registros necesarios, y de archivo de documentos, conforme a las exigencias que plantean los sistemas de certificación forestal. Por tanto, es importante definir un método y procedimientos genéricos para los correspondientes sistemas de gestión preexistentes en las empresas del sector de pasta y papel (de calidad/ de medio ambiente/integrados), para implantar un Sistema de Cadena de Custodia genérico (común a FSC y PEFC) en una instalación de celulosa y papel y un sistema de diligencia debida. Para ello, ha sido necesario analizar la línea de producción y establecer los puntos de su diagrama en los que se requiere el control de la trazabilidad, puntos en los que se procede al seguimiento y registro de la materia prima, materia semielaborada y producto, y de ahí proceder a redactar o retocar los procedimientos de gestión calidad/ medioambiental, en su caso, para incluir los campos de registro. Según determinen los procedimientos, se efectuará un seguimiento y registro de los, derivados que configuran una característica y se determinará una serie de indicadores del sistema de trazabilidad de la madera en la industria de celulosa y papel, es decir, un conjunto de parámetros cuantitativos y descriptivos, sujetos al seguimiento de forma periódica, que muestren el cambio y permitan observar la evaluación y control del Sistema de Cadena de Custodia. Además de asegurar la trazabilidad de la madera y fibra en la industria de pasta y papel y con ello la sostenibilidad del bosque del que procede, se avalará la legalidad de los aprovechamientos que proporcionan ese recurso maderable, cumpliendo así no sólo la legislación vigente sino también ambos sistemas de certificación FSC y PEFC. El sistema de cadena de custodia de la pasta y papel se caracteriza por los indicadores de seguimiento que permite el control de la trazabilidad. ABSTRACT This paper traces the origins of the term „Sustainable Development‟ and of both citizen and institutional concern for the sustainability of resources, leading to the enactment of a forestry policy at international level, of which the initial milestones are the Rio Summit and other processes in which the term „Sustainability‟ was born. Those forestfocused institutional initiatives include the pan-European process that led to the publication of Sustainable Forest Management Criteria and Indicators, and other forums that highlight the link between finished wood-based products and the sustainability of the forests from which that wood is sourced. Those concepts were the culture in which forest certification systems were engendered, first FSC, promoted by environmental NGOs, and subsequently PEFC, fostered in response to FSC by private forest owners and forest-based industries. In its Introduction, this paper looks at how such concern arose and has evolved and how certification systems came into existence in Spain and developed to encompass both forest lands and forest-based products. As part of a mission to provide an applicable technical tool, new methodologies and technical proposals have been put forward over the past fifteen years aimed at guaranteeing the sustainable origin of the forest from which raw material is sourced. Although the maintenance of forest stands as a term in its own right is important, it does not take many of the aspects included in the concept of “sustainable forest management” into account. This thesis describes what SFM is and how it was born, underlying the close link between SFM and the origin of certification as a tool, explaining how Spanish forest certification is embodied in international structures, while new structures are built here in Spain on both the national and regional scale. This work also details the domain and scope of forest certification from the technical standpoint, explains its beginnings, and assesses the various systems and labels that exist - how certification has evolved internationally and nationally across systems, sectors and continents, with special emphasis on Spain. It provides a compilation of events relevant to forestry, forest industries and forest certification systems that have taken place during the years this thesis has been in preparation. It reflects on the relevance that forest and chain of custody certification holds for the paper industry, in view not only of the regulations, policies and legislation that affect forest-based products but also of its role as a tool that bonds the sustainable forest with the consumer. Implementing the range of technical specifications to demonstrate forest sustainability and traceability throughout the production process entails the administrative burden of collecting information and providing controls to process the relevant records and documents to be kept on file in compliance with the requirements made by forest certification schemes. It is therefore important to define a generic method, together with its relevant procedures,that fits the management systems (quality / environmental / integrated)existing today in pulp and paper companies, in order to implement a generic Chain of Custody scheme (common to FSC and PEFC) in a pulp and paper mill, and a due diligence system. To achieve that, it has first been necessary to analyse the production line and establish points along the route where traceabilitycontrols need to be implemented and points where raw material, semi-finished goods and end products should be monitored and recorded. Subsequently, the procedures in quality / environmental management systems need to be drafted or amended as required to include fields that reflect those records. As required by the procedures, forest-based products that have a specific characteristic shall be monitored and recorded, and a number of indicators identified in the traceability system of wood for pulp & paper, i.e.createa set of quantitative and descriptive parameters subject to regular monitoringthat reveal changes and enable the Chain of Custody system to be assessed and controlled. In addition to ensuring the traceability of wood and fibre in the pulp and paper industry -and so the sustainability of the forest from which it is sourced -, the legality of the harvesting that produces that timber will also be enhanced, thus fulfilling not only the law but also both FSC and PEFC certification schemes. The chain of custody system for pulp and paper is characterised by monitoring indicators that enable traceability to be controlled.

Potenciación de la respuesta productiva en rumiantes mediante el empleo de proteínas protegidas

El principal objetivo de esta tesis fue incrementar la eficiencia proteica en las dietas de rumiantes mediante el uso de proteínas protegidas (harina de girasol y guisante de primavera), así como mejorar la predicción de los aportes de proteína microbiana. Una partida de harinas comerciales de girasol (HG) y de guisante de primavera (GP) fueron tratadas con soluciones 4 N de ácido málico (268,2 g/L) o ácido ortofosfórico (130,6 g/L). Para cada harina, ácido y día de tratamiento, dos fracciones de 12,5 kg fueron pulverizadas sucesivamente en una hormigonera con la solución de ácido correspondiente mediante un pulverizador de campo. Las dos fracciones fueron mezcladas posteriormente y se dejaron reposar durante 1 h a temperatura ambiente. La mezcla fue luego secada en una estufa de aire forzado a 120 ºC durante 1 h. La estufa fue apagada inmediatamente después y el material tratado se mantuvo dentro de ésta hasta la mañana siguiente. El material fue removido durante el proceso de secado cada 30 min durante las primeras 2 h y cada 60 min durante las 5 h posteriores. Este proceso se repitió hasta conseguir las cantidades de harinas tratadas necesarias en los distintos ensayos. En el primer experimento (capitulo 3) se llevaron a cabo estudios de digestión ruminal e intestinal para evaluar los efectos de la aplicación de las soluciones ácidas indicadas y calor a fin de proteger las proteínas de HG y GP contra la degradación ruminal. Estos estudios se realizaron con tres corderos canulados en el rumen y en el duodeno. El estudio de digestión ruminal fue realizado en tres periodos experimentales en los que los corderos fueron alimentados sucesivamente con tres dietas isoproteicas que incluían HG y GP, sin tratar o tratadas con ácidos málico u ortofosfórico. Cada periodo experimental de 21 días incluyó sucesivamente: 10 días de adaptación a las dietas, un estudio del tránsito ruminal de las partículas de HG y GP (días 11 a 14), y la incubación de las muestras de ambos alimentos en bolsas de nailon (días 15–21). Las harinas incubadas en cada periodo experimental correspondieron a las que fueron incluidas en las dietas. Las bacterias ruminales fueron marcadas desde el día 11 hasta el día 21 del periodo experimental mediante infusión intra-ruminal continua con una fuente de 15N. Tras finalizar las incubaciones in situ el día 21 el rumen fue vaciado en cada periodo para aislar las bacterias asociadas a la fase sólida y liquida del rumen. El estudio de digestión intestinal fue realizado veinte días después del final del estudio ruminal a fin de eliminar el enriquecimiento en 15N de la digesta. En este estudio se incubaron muestras compuestas obtenidas mediante la combinación de los diferentes residuos no degradados en el rumen de forma que fuesen representativas de la composición química de la fracción no degradada en el rumen (RU). En esta fase los corderos fueron alimentados con la dieta sin tratar para determinar la digestibilidad de las harinas tanto tratadas como sin tratar mediante la técnica de las bolsas móviles. Además, las proteínas contenidas en las harinas tratadas y sin tratar, así como en las muestras correspondientes a los residuos a 0 h, las muestras compuestas anteriormente indicadas y las muestras no digeridas intestinalmente fueron extraídas y sometidas a electroforesis para determinar el sitio de digestión de las diferentes fracciones proteicas. Las estimaciones de la RU y la digestibilidad intestinal de la materia seca, la materia orgánica (solamente para RU), la proteína bruta (PB) y el almidón (solamente en GP) fueron obtenidos considerando la contaminación microbiana y las tasas de conminución y salida de partículas. Las estimaciones de RU y de la digestibilidad intestinal disminuyeron en todas las fracciones evaluadas de ambos alimentos al corregir por la contaminación microbiana acaecida en el rumen. Todas las estimaciones de RU aumentaron con los tratamientos de protección, incrementándose también la digestibilidad intestinal de la materia seca en la HG. Los bajos valores de la digestibilidad de la proteína de GP tratado y sin tratar sugieren la presencia de algún factor antitripsico no termolábil es esta harina. Los tratamientos de protección incrementaron consistentemente la fracción de materia seca y PB digerida intestinalmente en los dos alimentos, mientras que la fracción de almidón en la muestra de GP solamente aumentó numéricamente (60,5% de media). Sin embargo, los tratamientos también redujeron la fermentación de la materia orgánica, lo cual podría disminuir la síntesis de proteína microbiana. Los estudios de electroforesis muestran la práctica desaparición de la albumina por la degradación ruminal en ambos alimentos, así como que los cambios en otras proteínas de la muestra RU fueron más pronunciados en GP que en HG. La composición de las bacterias asociadas con las fases de digesta ruminal sólida (BAS) y líquida (BAL) fue estudiada para revisar la precisión de un sistema de predicción previo que determinaba la infravaloración del aporte de nutrientes correspondiente a las BAS cuando de usa 15N como marcador y las BAL como referencia microbiana (capitulo 4). Al comparar con BAS, BAL mostraron menores contenidos en materia orgánica, polisacáridos de glucosa y lípidos totales y un mayor contenido en PB, así como un mayor enriquecimiento en 15N. Los datos obtenidos en el estudio actual se ajustan bien a la ecuación previa que predice el enriquecimiento en 15N de las BAS a partir del mismo valor en BAL. Esta nueva ecuación permite establecer que se produce una infravaloración de un 22% en el aporte de PB al animal a partir de las BAS sintetizadas si las BAL son usadas como muestras de referencia. Una segunda relación calculada utilizando los valores medios por dieta expuestos en numerosos trabajos encontrados en la literatura confirma la magnitud de este error. Esta infravaloración asociada al uso de BAL como referencia fue mayor para el aporte de glucosa (43,1%) y todavía mayor para el aporte de lípidos (59,9%), como consecuencia de los menores contenidos de ambas fracciones en BAL frente a SAB. Estos errores deberían ser considerados para obtener mayor precisión en la estimación del aporte de nutrientes microbianos y mejorar la nutrición de los rumiantes. En el experimento 2 se realizó un estudio de producción (capitulo 5) para evaluar los efectos del tratamiento de las harinas HG y GP con soluciones de ácido málico o ácido ortofosfórico sobre el crecimiento, el consumo de concentrado y el rendimiento y engrasamiento de las canales de corderos de engorde. Noventa corderos machos de cruce entrefino procedentes de tres granjas comerciales (peso inicial medio = 14,6, 15,3 y 13,3 kg, respectivamente) fueron asignados aleatoriamente a cinco dietas con diferentes niveles de proteína y diferentes tratamientos con ácidos y engordados hasta un peso medio al sacrificio de 25 kg. Las fuentes de proteína en el pienso control (C; PB=18,0%) fueron harina de soja, HG y GP sin tratar. En tres de los piensos experimentales, las harinas tratadas con ácido ortofosfórico sustituyeron a las de HG y GP sin tratar (Control Ortofosfórico, PC; PB=18,0% sobre materia seca), sustituyéndose, además, la harina de soja parcialmente (Sustitución Media Ortofosfórico, MSP; PB=16,7%) o totalmente (Sustitución Total Ortofosfórico, TSP; PB=15,6%). Finalmente, en uno de los piensos el ácido ortofosfórico fue reemplazo por acido málico para proteger ambas harinas (Sustitución Media Málico, MSM; PB= 16,7%). La paja de trigo (fuente de forraje) y el concentrado fueron ofrecidos ad libitum. Dieciocho corderos fueron distribuidos en seis cubículos con tres animales para cada dieta. Los datos fueron analizados según un análisis factorial considerando el peso inicial como covariable y la granja de procedencia como bloque. Los datos de consumo de concentrado y eficiencia de conversión fueron analizados usando el cubículo como unidad experimental, mientras que los datos sobre ganancia media diaria, rendimiento a la canal, grasa dorsal y grasa pélvico renal fueron analizados usando el cordero como unidad experimental. No se encontró ningún efecto asociado con el nivel de PB sobre ninguna variable estudiada. Esto sugiere que usando proteínas protegidas es posible utilizar concentrados con 15,6% de PB (sobre materia seca) disminuyendo así la cantidad de concentrados de proteína vegetal a incluir en los piensos y la calidad de los concentrados proteicos. Los corderos alimentados con la dieta MSM tuvieron mayores ganancias medias diarias (15,2%; P= 0,042), y mejores rendimiento a la canal en caliente (1,3 unidades porcentuales; P= 0,037) que los corderos alimentados con el concentrado MSP. Esto podría ser explicado por los efectos benéficos ruminales del malato o por el mayor efecto de protección conseguido con el ácido málico. ABSTRACT The main objective of this thesis project was to increase the protein efficiency in ruminant diets by using protected protein (sunflower meal and spring pea), and improving the prediction of microbial protein supply. Commercial sunflower meal (SFM) and spring pea (SP) were treated with 4 N solutions (200 mL/kg) of malic acid (268.2 g/L) or orthophosphoric acid (130.6 g/L). Daily, two fractions of 12.5 kg of one of these meals were successively sprayed with the tested acid solution in a concrete mixer using a sprayer. Both fractions were then mixed and allowed to rest for 1 h at room temperature. The blend was then dried in a forced air oven at 120 ºC for 1 h. Then the oven was turned off and the treated material was left in the oven overnight. During the drying process, the material was stirred every 30 min during the first 2 h and then every 60 min for the subsequent 5 h. This process was repeated until the amounts of treated flour needed for the different trials performed. In the first experiment (chapter 3), ruminal and intestinal digestion trials were conducted to study the effects of the application of these acid solutions and heat to protect proteins of SFM and SP against ruminal degradation using three wethers fitted with rumen and duodenum cannulae. The ruminal digestion study was carried out in three experimental periods in which the wethers were successively fed three isoproteic diets including SFM and SP, untreated or treated with malic or orthophosphoric acids. The experimental periods of 21 days included successively: 10 days of diet adaptation, SFM and SP particle ruminal transit study (days 11–14) and ruminal nylon-bag incubations (days 15–21). The meals incubated in each experimental period were those corresponding to the associated diet. Rumen bacteria were labelled from days 11 to 21 by continuous intra-ruminal infusion of a 15N source and the rumen was emptied at the end of in situ incubations in each period to isolate solid adherent bacteria and liquid associate bacteria. The intestinal digestion trial was conducted twenty days after the end of the ruminal studies to eliminate the 15N enrichment in the digesta. The tested samples were composite samples obtained pooling the different ruminally undegraded residues to be representative of the chemical composition of the ruminally undegraded fraction (RU). Wethers were fed the untreated diet to determine the intestinal digestibility of untreated and treated meals using the mobile nylon bag technique. In addition, protein in untreated and treated meals and their 0 h, composite and intestinally undigested samples were extracted and subjected to electrophoresis to determine the digestion site of the different protein fractions. Estimates of the RU and its intestinal digestibility of dry matter, organic matter (only for RU), crude protein (CP) and starch (only in SP) were obtained considering ruminal microbial contamination and particle comminution and outflow rates. When corrected for the microbial contamination taking place in the rumen, estimates of RU and intestinal digestibility decreased in all tested fractions for both feeds. All RU estimates increased with the protective treatments, whereas intestinal digestibility-dry matter also increased in SFM. Low intestinal digestibility-CP values in untreated and treated samples suggested the presence of non-heat labile antitrypsin factors in SP. Protective treatments of both feeds led to consistent increases in the intestinal digested fraction of dry matter and CP, being only numerically different for SP-starch (60.5% as average). However, treatments also reduced the organic matter fermentation, which may decrease ruminal microbial protein synthesis. Electrophoretic studies showed albumin disappearance in both SFM and SP, whereas changes in other RU proteins were more pronounced in SP than SFM. The chemical composition of bacteria associated with solid (SAB) and liquid (LAB) rumen-digesta phases was studied to examine the accuracy of a previous regression system determining the underevaluation of SAB-nutrient supply using 15N as marker and LAB as microbial reference (chapter 4). Compared with SAB, LAB showed lower contents of organic matter, polysaccharide-glucose and total lipids and the opposite for the CP content and the 15N enrichment. Present data fitted well to the previous relationship predicting the 15N enrichment of SAB from the same value in LAB. This new equation allows establishing an underevaluation in the supply of CP from the synthesized SAB in 22.0% if LAB is used as reference. Another relationship calculated using mean diet values from the literature confirmed the magnitude of this error. This underevaluation was higher for the supply of glucose (43.1%) and still higher for the lipid supply (59.9%) as a consequence of the lower contents of these both fractions in LAB than in SAB. These errors should be considered to obtain more accurate estimates of the microbial nutrient supply and to improve ruminant nutrition. A production study was performed in experiment 2 (chapter 5) to examine the effects of treating SFM and SP meals with orthophosphoric or malic acid solutions on growth performance, concentrate intake, and carcass yield and fatness of growing-fattening lambs. Ninety "Entrefino" cross male lambs from three commercial farms (average initial body weights (BW) = 14.6, 15.3 and 13.3 kg) were randomly assigned to five diets with different acid treatment and protein levels, and fattened to an average slaughter weight of 25 kg. Protein sources in the control concentrate (C; CP=18%) were soybean meal and untreated SFM and SP. In three of the experimental concentrates, orthophosphoric acid-treated meals substituted untreated SFM and SP (Orthophosphoric Control, PC; CP=18% dry matter basis), and soybean meal was partially (Medium Substitution Orthophosphoric, MSP; CP=16.7%) or totally removed (Total Substitution Orthophosphoric, TSP; CP=15.6%). In addition, in one concentrate orthophosphoric acid was replaced by malic acid to protect these meals (Medium Substitution Malic, MSM; CP= 16.7%). Wheat straw (roughage source) and concentrate were offered ad libitum. Eighteen lambs were allocated to six pens of three animals on each diet. Data were analyzed using a factorial analysis with initial body weight BW as covariate and farm of origin as block. Data on concentrate intake and feed conversion efficiency were analyzed using pen as experimental unit, while data on average daily gain, carcass yield, dorsal fat, and kidney-pelvic-fat were analyzed with lamb as experimental unit. No effect associated with the CP level was observed on any parameter. This suggests that with protected proteins it is possible to feed concentrates with 15.6% CP (dry matter basis) reducing the quantity of vegetable protein meals to include in the concentrate as well as the quality of the protein concentrates. Lambs feed MSM had higher average daily gains (15.2%; P= 0.042), and better hot carcass yields (1.3 percentage points; P= 0.037) than lambs feed MSP. This probably can be explained by ruminal malate actions and by greater protection effects obtained with malic acid.

Sunflower meal and spring pea ruminal degradation protection using malic acid or orthophosphoric acid-heat treatments

The effects of solutions of malic or orthophosphoric acids (0.752 Eqg/kg of feed) and heat to protect proteins of sunflower meal (SFM) and spring pea (SP) against ruminal degradation were studied using particle transit, 15N infusion, in situ and electrophoretic techniques. Three wethers fitted with rumen and duodenum cannulae were successively fed three isoproteic diets including SFM and SP, untreated or treated with malic or orthophosphoric acids. Incubations of tested meals were only performed while feeding the respective diet. Estimates of the ruminally undegraded fraction (RU) and its intestinal digestibility of dry matter, organic matter (only for RU), crude protein and starch (only in SP) were obtained considering ruminal microbial contamination and particle comminution and outflow rates. When corrected for microbial contamination, estimates of RU and intestinal digestibility decreased in all tested fractions for both feeds. All RU estimates increased with the protective treatments, whereas intestinal digestibility-dry matter also increased in SFM. Low intestinal digestibility-crude protein values suggested the presence of antitrypsin factors in SP. Protective treatments of both feeds led to consistent increases in the intestinal digested fraction of dry matter and crude protein, being only numerically different for SP-starch (60.5% as average). However, treatments also reduced the organic matter fermentation, which may decrease ruminal microbial protein synthesis. Electrophoretic studies showed albumin disappearance in both SFM and SP, whereas changes in other RU proteins were more pronounced in SP than SFM.

Efecto del tratamiento de harina de girasol con ácido mólico y calor sobre la producción de metano y fermetnación in vitro

Incubations were carried out with batch cultures of ruminal micro-organisms to study the effects of the treatment of sunflower meal (SFM) with malic acid at 150 ºC for 1 (SFM1) or 3 (SFM3) hours on in vitro fermentation. There were no differences (P>0.05) between SFM and SFM1 in the amount of gas and volatile fatty acids (VFA) produced and the disappearance of organic matter (OMD), but CH4 and NH3-N concentrations were reduced (P<0.05) by 11.3 and 14.5% with the malic treatment at 150 ºC for 1 hour, respectively. In contrast, SFM3 treatment reduced when compared to SFM gas and VFA production and OMD by 27.4, 32.5 and 49.6 (P<0.05), respectively, indicating decreased fermentability of SFM. The results indicate that combining malic acid and heat treatment (150ºC) for 1 h could be an effective means to reduce both protein degradability and CH4 production, but increasing the length of the treatment to 3 h resulted in reductions of SFM degradability and VFA production.

Mapping the intrinsic curvature and flexibility along the DNA chain

The energy of DNA deformation plays a crucial and active role in its packaging and its function in the cell. Considerable effort has gone into developing methodologies capable of evaluating the local sequence-directed curvature and flexibility of a DNA chain. These studies thus far have focused on DNA constructs expressly tailored either with anomalous flexibility or curvature tracts. Here we demonstrate that these two structural properties can be mapped also along the chain of a “natural” DNA with any sequence on the basis of its scanning force microscope (SFM) images. To know the orientation of the sequence of the investigated DNA molecules in their SFM images, we prepared a palindromic dimer of the long DNA molecule under study. The palindromic symmetry also acted as an internal gauge of the statistical significance of the analysis carried out on the SFM images of the dimer molecules. It was found that although the curvature modulus is not efficient in separating static and dynamic contributions to the curvature of the population of molecules, the curvature taken with its direction (its sign in two dimensions) permits the direct separation of the intrinsic curvature from the flexibility contributions. The sequence-dependent flexibility seems to vary monotonically with the chain's intrinsic curvature; the chain rigidity was found to modulate as its local thermodynamic stability and does not correlate with the dinucleotide chain rigidities evaluation made from x-ray data by other authors.

Discontinuity Set Extractor

Disponible en Github: https://github.com/adririquelme/DSE

Uso de nubes de puntos 3D para identificación y caracterización de familias de discontinuidades planas en afloramientos rocosos y evaluación de la calidad geomecánica

En este trabajo se estudia el uso de las nubes de puntos en 3D, es decir, un conjunto de puntos en un sistema de referencia cartesiano en R3, para la identificación y caracterización de las discontinuidades que afloran en un macizo rocoso y su aplicación al campo de la Mecánica de Rocas. Las nubes de puntos utilizadas se han adquirido mediante tres técnicas: sintéticas, 3D laser scanner y la técnica de fotogrametría digital Structure From Motion (SfM). El enfoque está orientado a la extracción y caracterización de familias de discontinuidades y su aplicación a la evaluación de la calidad de un talud rocoso mediante la clasificación geomecánica Slope Mass Rating (SMR). El contenido de la misma está dividido en tres bloques, como son: (1) metodología de extracción de discontinuidades y clasificación de la nube de puntos 3D; (2) análisis de espaciados normales en nubes de puntos 3D; y (3) análisis de la evaluación de la calidad geomecánica de taludes rocoso mediante la clasificación geomecánica SMR a partir de nubes de puntos 3D. La primera línea de investigación consiste en el estudio de las nubes de puntos 3D con la finalidad de extraer y caracterizar las discontinuidades planas presentes en la superficie de un macizo rocoso. En primer lugar, se ha recopilado información de las metodologías existentes y la disponibilidad de programas para su estudio. Esto motivó la decisión de investigar y diseñar un proceso de clasificación novedoso, que muestre todos los pasos para su programación e incluso ofreciendo el código programado a la comunidad científica bajo licencia GNU GPL. De esta forma, se ha diseñado una novedosa metodología y se ha programado un software que analiza nubes de puntos 3D de forma semi-automática, permitiendo al usuario interactuar con el proceso de clasificación. Dicho software se llama Discontinuity Set Extractor (DSE). El método se ha validado empleando nubes de puntos sintéticas y adquiridas con 3D laser scanner. En primer lugar, este código analiza la nube de puntos efectuando un test de coplanaridad para cada punto y sus vecinos próximos para, a continuación, calcular el vector normal de la superficie en el punto estudiado. En segundo lugar, se representan los polos de los vectores normales calculados en el paso previo en una falsilla estereográfica. A continuación se calcula la densidad de los polos y los polos con mayor densidad o polos principales. Estos indican las orientaciones de la superficie más representadas, y por tanto las familias de discontinuidades. En tercer lugar, se asigna a cada punto una familia en dependencia del ángulo formado por el vector normal del punto y el de la familia. En este punto el usuario puede visualizar la nube de puntos clasificada con las familias de discontinuidades que ha determinado para validar el resultado intermedio. En cuarto lugar, se realiza un análisis cluster en el que se determina la agrupación de puntos según planos para cada familia (clusters). A continuación, se filtran aquellos que no tengan un número de puntos suficiente y se determina la ecuación de cada plano. Finalmente, se exportan los resultados de la clasificación a un archivo de texto para su análisis y representación en otros programas. La segunda línea de investigación consiste en el estudio del espaciado entre discontinuidades planas que afloran en macizos rocosos a partir de nubes de puntos 3D. Se desarrolló una metodología de cálculo de espaciados a partir de nubes de puntos 3D previamente clasificadas con el fin de determinar las relaciones espaciales entre planos de cada familia y calcular el espaciado normal. El fundamento novedoso del método propuesto es determinar el espaciado normal de familia basándonos en los mismos principios que en campo, pero sin la restricción de las limitaciones espaciales, condiciones de inseguridad y dificultades inherentes al proceso. Se consideraron dos aspectos de las discontinuidades: su persistencia finita o infinita, siendo la primera el aspecto más novedoso de esta publicación. El desarrollo y aplicación del método a varios casos de estudio permitió determinar su ámbito de aplicación. La validación se llevó a cabo con nubes de puntos sintéticas y adquiridas con 3D laser scanner. La tercera línea de investigación consiste en el análisis de la aplicación de la información obtenida con nubes de puntos 3D a la evaluación de la calidad de un talud rocoso mediante la clasificación geomecánica SMR. El análisis se centró en la influencia del uso de orientaciones determinadas con distintas fuentes de información (datos de campo y técnicas de adquisición remota) en la determinación de los factores de ajuste y al valor del índice SMR. Los resultados de este análisis muestran que el uso de fuentes de información y técnicas ampliamente aceptadas pueden ocasionar cambios en la evaluación de la calidad del talud rocoso de hasta una clase geomecánica (es decir, 20 unidades). Asimismo, los análisis realizados han permitido constatar la validez del índice SMR para cartografiar zonas inestables de un talud. Los métodos y programas informáticos desarrollados suponen un importante avance científico para el uso de nubes de puntos 3D para: (1) el estudio y caracterización de las discontinuidades de los macizos rocosos y (2) su aplicación a la evaluación de la calidad de taludes en roca mediante las clasificaciones geomecánicas. Asimismo, las conclusiones obtenidas y los medios y métodos empleados en esta tesis doctoral podrán ser contrastadas y utilizados por otros investigadores, al estar disponibles en la web del autor bajo licencia GNU GPL.

Generation and maturation of dendritic cells for clinical application under serum-free conditions

Monocyte-derived dendritic cells (MoDCs) in clinical use for cancer immunotherapy are ideally generated in serum-free medium (SFM) with inclusion of a suitable maturation factor toward the end of the incubation period. Three good manfacturing practice (GMP) grade SFMs (AIM-V, X-VIVO 15, and X-VIVO 20) were compared with RPMI-1640, supplemented with 10% fetal bovine serum or 10% human serum. DCs generated for 7 days in SFM were less mature and secreted less interleukin (IL) 12p70 and IL-10 than DCs generated in 10% serum. DC yield was comparable in SFMs, and a greater proportion of cells was viable after maturation. Toll-like receptor (TLR) ligands were compared for their ability to induce cytokine secretion under serum-free conditions in the presence of interferon (IFN) gamma. With the exception of Poly I:C, TLR ligands stimulated high levels of IL-10 secretion. High levels of IL-12p70 were induced by two TLR4-mediated stimuli, lipopolysaccharide and Ribomunyl, a clinical-grade bacterial extract. When T-cell responses were compared in allogeneic mixed leukocyte reaction, DCs stimulated with Ribomunyl induced higher levels of IFN gamma than DCs stimulated with the cytokine cocktail: tumor necrosis factor-alpha, IL-1 beta, IL-6, and prostaglandin E-2. In the presence of IL-10 neutralizing antibodies, DC IL-12p70 production and T-cell IFN gamma were increased in vitro. Similarly, DCs stimulated with Ribomunyl, IFN gamma, and anti-IL-10 induced high levels of tetanus toxoid-specific T-cell proliferation and IFN gamma secretion. Thus, MoDCs generated ill SFM efficiently stimulate T-cell IFN gamma production after maturation in the presence of a clinical-grade TLR4 agonist and IL-10 neutralization.

Serum-free process development:improving the yield and consistency of human mesenchymal stromal cell production

Background aims: The cost-effective production of human mesenchymal stromal cells (hMSCs) for off-the-shelf and patient specific therapies will require an increasing focus on improving product yield and driving manufacturing consistency. Methods: Bone marrow-derived hMSCs (BM-hMSCs) from two donors were expanded for 36 days in monolayer with medium supplemented with either fetal bovine serum (FBS) or PRIME-XV serum-free medium (SFM). Cells were assessed throughout culture for proliferation, mean cell diameter, colony-forming potential, osteogenic potential, gene expression and metabolites. Results: Expansion of BM-hMSCs in PRIME-XV SFM resulted in a significantly higher growth rate (P < 0.001) and increased consistency between donors compared with FBS-based culture. FBS-based culture showed an inter-batch production range of 0.9 and 5 days per dose compared with 0.5 and 0.6 days in SFM for each BM-hMSC donor line. The consistency between donors was also improved by the use of PRIME-XV SFM, with a production range of 0.9 days compared with 19.4 days in FBS-based culture. Mean cell diameter has also been demonstrated as a process metric for BM-hMSC growth rate and senescence through a correlation (R² = 0.8705) across all conditions. PRIME-XV SFM has also shown increased consistency in BM-hMSC characteristics such as per cell metabolite utilization, in vitro colony-forming potential and osteogenic potential despite the higher number of population doublings. Conclusions: We have increased the yield and consistency of BM-hMSC expansion between donors, demonstrating a level of control over the product, which has the potential to increase the cost-effectiveness and reduce the risk in these manufacturing processes.

SeaWiFS (version R2010.0) Monthly Global 9 km Microplankton Fraction, links to NetCDF files

Phytoplankton cell size is important to biogeochemical and food web processes. The goal of this study is to estimate phytoplankton cell size distribution from satellite imagery of spectral remote sensing reflectance (Rrs(lambda)). Previous studies have indicated phytoplankton size classes have distinctive absorption spectra despite the physiological and taxonomic variability within an assemblage. For this study, the chlorophyll specific absorption spectra for phytoplankton size class extremes, pico- and microphytoplankton, are weighted by the percent microplankton (Sfm) and are the basis of phytoplankton size retrieval from SeaWiFS imagery. Satellite retrievals of Sfm are done through implementation of a forward optical model look-up table (LUT) that incorporates the range of absorption and scattering variability due to phytoplankton size, chlorophyll concentration ([Chl]) and dissolved and detrital matter (acdm(443)) in the global ocean from which Rrs(lambda) is calculated by the radiative transfer software, Hydrolight. The Hydrolight modeled Rrs(lambda) options for a given combination of [Chl] and acdm(443) within the LUT vary only due to Sfm. For a given pixel, the LUT search space was limited by satellite imagery of [Chl] and acdm(443). Within the narrowed search space, SeaWiFS Rrs(lambda) was matched with the closest LUT Rrs(lambda) option and the associated Sfm was assigned. Thresholds at which changes in Rrs(lambda) due to Sfm could be discerned were established in terms of [Chl] and acdm(443). In situ high-precision liquid chromatography-derived estimates of cell size are used in conjunction with matched daily satellite estimates of Sfm for validation and agree well. A single month is displayed as an example of the Sfm retrieval.

Photographs of the Mount Meager, southwestern British Columbia

On August 6, 2010, a large (~50 Mm**3) debris avalanche occurred on the flank of Mount Meager in the southern Coast Mountains of British Columbia, Canada. We studied the deposits to infer the morphodynamics of the landslide from initiation to emplacement. Structure from motion (SfM) photogrammetry, based on oblique photos taken with a standard SLR camera during a low helicopter traverse, was used to create high-resolution orthophotos and base maps. Interpretation of the images and maps allowed us to recognize two main rheological phases in the debris avalanche. Just below the source area, in the valley of Capricorn Creek, the landslide separated into two phases, one water-rich and more mobile, and the other water-poor and less mobile. The water-rich phase spread quickly, achieved high superelevation on the valley sides, and left distal scattered deposits. The main water-poor phase moved more slowly, did not superelevate, and formed a thick continuous deposit (up to ~30 m) on the valley floor. The water-poor flow deposit has structural features such as hummocks, brittle-ductile faults, and shear zones. Our study, based on a freshly emplaced deposit, advances understanding of large mass movements by showing that a single landslide can develop multiple rheology phases with different behaviours. Rheological evolution and separation of phases should always be taken into account to provide better risk assessment scenarios.

Recupero digitale di dati storici e tracce per un turismo culturale nell'area del Centro Cadore: fotogrammetria e GIS nella valorizzazione di un territorio.

La tesi si occupa dell'uso di più tecniche fotogrammetriche e di strumenti GIS nel recupero digitale e nell'integrazione di una molteplicità di dati storici, opportunamente georeferenziati, inerenti l'area del Centro Cadore, ai fini anche della valorizzazione turistico-culturale del territorio. Un ampio spazio viene dato alla caratterizzazione del territorio e delle fonti - cartografiche, fotografiche e testuali - che sono state recuperate ed organizzate in archivio. Le applicazioni fotogrammetriche comprendono la generazione di ortofoto digitali a scala territoriale da immagini storiche e modelli 3D close-range ottenuti con tecniche SfM.