A família Pso2/Snm1 e suas possíveis funções na reparação de DNA e na manutenção genômica dos cromossomos

O genoma das células eucarióticas é um dos principais alvos para danos induzidos por inúmeros fatores ambientes, sejam estes de origem biótica ou abiótica. Considerando a complexidade da molécula de DNA, não é supreendente que existam diferentes tipos de lesões com os mais variados graus de severidade. Dentre todas as lesões que podem ser induzidas no DNA, as pontes intercadeias (ICLs) estão entre as mais graves. Se não forem reparadas, a presença de apenas um ICL pode ser letal para a célula. Além disso, as lesões do tipo ICLs são quimicamente heterogêneas, podendo modificar a estrutura do DNA de forma permanente ou temporária. Os mecanismos relacionados à reparação de ICLs ainda são pouco conhecidos em eucariotos. Apesar de várias proteínas terem sido descritas como essenciais ao processo, não há um modelo único que explique esta reparação. Contudo, dentre as diferentes proteínas que participam na reparação de ICLs, destacam-se as nucleases Pso2/Snm1. A forma de atuação das proteínas Pso2/Snm1 não é conhecida, mas inúmeros dados obtidos com mutantes de Saccharomyces cerevisiae e, recentemente, com células de mamífero, mostram que a ausência de Pso2p/Snm1p bloqueia a restituição do DNA de alta massa molecular. Por outro lado, tem sido mostrado que o Pso2p/Snm1p provavelmente atua na manutenção da cromatina, mas de uma forma ainda não completamente esclarecida. Uma das proteínas pertencentes à família Pso2p/Snm1p, Ártemis, possui um papel importante no desenvolvimento do sistema imunológico adaptativo de metazoários e parece ser essencial para outros processos relacionados ao metabolismo de DNA eucariótico. Desta maneira, este trabalho teve como objetivo principal o estudo da família Pso2p/Snm1p por meio da análise filogenética e de seqüências, comparando-a com proteínas homólogas já descritas em outros organismos. Além disso, esta comparação XVII permitiu estabelecer uma correlação funcional entre as proteínas em termos de reparação de DNA e manutenção da cromatina eucariótica. As análises de filogenia e de seqüências claramente demonstraram que as proteínas Pso2/Snm1 podem ser agrupadas em quatro grupos principais ao invés de três, ao contrário do que se conhecia previamente. Três destes grupos, por sua vez, são formados por subgrupos específicos, que possivelmente atuam de forma diferenciada na reparação de DNA, na manutenção da cromatina e na geração de diversidade biológica. Por outro lado, os estudos das seqüências Pso2/Snm1, baseados principalmente na técnica de análises de agrupamentos hidrofóbicos (HCA), revelaram um alto grau de similaridade de estruturas primárias e secundárias entre os diferentes grupos, um indicativo da importância estrutural para a função destas proteínas no metabolismo de DNA. A técnica de HCA permitiu mapear regiões conservadas (CRs) em todas as seqüências estudadas, compondo o chamado domínio Pso2p/Snm1p. Em alguns casos, o domínio Pso2p/Snm1p encontra-se fusionado a outros domínios catalíticos. Neste caso, destaca-se o estudo de uma nova família de DNA ligases dependentes de ATP que são exclusivas de plantas. Esta nova família, denominada de Lig6p, parece ter funções importantes no metabolismo do DNA de plantas, sendo esta a primeira DNA ligase eucariótica com função nucleásica identificada. Usando os dados obtidos neste trabalho em conjunto com os resultados de outros autores, é sugerido um possível modo de atuação das proteínas Pso2p/Snm1p na reparação de danos do tipo ICL, na manutenção da cromatina e na geração de diversidade biológica.

O discurso de divulgação científica : um espaço discursivo intervalar

O presente trabalho investiga o funcionamento do discurso de Divulgação Científica, tomando como corpus de análise as revistas Superinteressante e Ciência Hoje. Partindo da concepção de ciência enquanto prática social e ideológica e tendo como referencial teórico a Análise de Discurso de linha francesa, a preocupação central dessa investigação está pautada no modo como os diferentes sujeitos - o cientista, o jornalista e o leitor - se movimentam, isto é, se constituem no discurso de Divulgação Científica, sendo interpelados tanto pelo poder/verdade da ciência quanto pelo poder/verdade da mídia. Para investigar, então, o funcionamento de tal discurso, a tese está dividida em seis capítulos. O primeiro capítulo aborda a concepção de ciência, de forma a marcar os limites entre a ciência e a não-ciência, bem como trata dos deslocamentos sociais produzidos a partir do conhecimento científico. Entre esses deslocamentos, está o Jornalismo Científico e, por sua vez, o discurso de Divulgação Científica, que também é caracterizado nesse primeiro capítulo. No segundo capítulo, trava-se um diálogo entre três autores: Mikail Bakhtin, Michel Foucault e Michel Pêcheux, havendo um destaque para Pêcheux, que é o fundador da Análise do Discurso. A partir desse diálogo, são apresentadas as principais noções da teoria do discurso que sustentarão as análises sobre o funcionamento discursivo da Divulgação Científica. O terceiro capítulo trata da constituição do corpus e da explicitação da metodologia a ser adotada durante as análises. No quarto capítulo, são apresentadas as primeiras análises sobre o modo como são representadas as imagens da ciência e do cientista no discurso de Divulgação Científica. O quinto capítulo privilegia a discussão acerca do lugar discursivo em que se inscrevem tanto o jornalista quanto o cientista no discurso de Divulgação Científica. Ainda são analisadas as posições-sujeito que operam nesse discurso, a partir da inscrição do jornalista e/ou do cientista em um determinado lugar discursivo. No sexto e último capítulo da tese, as análises estão centradas no sujeito-leitor, enfocando a construção do efeito-leitor e da imagem projetada à ciência, a partir de seqüências selecionadas das Cartas de Leitores de ambas as revistas - Superinteressante e Ciência Hoje. Tais análises focalizam a distinção entre leitor real e leitor virtual. Dessa forma, essa tese enfoca a caracterização do discurso de Divulgação Científica como um espaço discursivo intervalar, no qual se entrecruzam diferentes sujeitos, mas também as diferentes ordens de saberes/as diferentes vozes que esses sujeitos mobilizam, bem como as instituições que eles representam, o que atesta a constituição eminentemente heterogênea desse discurso.

Análise estratigráfica da seção rift da Bacia de Camamu-Almada, Bahia

A seção rift das bacias brasileiras representa o registro associado à quebra do Gondwana e conseqüente separação entre o Brasil e a África, gerando os mais importantes sistemas petrolíferos do país. Porém, a seção rift nas bacias marginais brasileiras não é adequadamente conhecida em termos estratigráficos, e isto se deve claramente a carência de modelos conceituais cientificamente estabilizados acerca da evolução estratigráfica de bacias rift. A maioria dos estudos estratigráficos ainda aborda as seções rift sob o enfoque puramente litoestratigráfico, raros trabalhos desenvolveram uma análise estratigráfica sob uma óptica genética, utilizando a estratigrafia de seqüências. Isto acontece em parte porque os conceitos da estratigrafia de seqüências clássica são baseados em um controle eustático, em bacias do tipo margem passiva; esta abordagem não funciona se aplicada em bacias rift, pois estas possuem uma geometria muito diferente das bacias de margem passiva e, principalmente, bacias rift são controladas pela tectônica e possuem uma geometria bem diferente das bacias de margem passiva. Assim, com a integração dos conceitos e teorias evolutivas de bacias rift apresentados na literatura, foi desenvolvido um modelo evolutivo conceitual onde um pulso tectônico, relativamente rápido no tempo geológico, gera no sistema geométrico básico de uma bacia rift, o sistema de meiograben, um soerguimento e uma subsidência contemporâneos, resultando assim, em eventos erosivos correlatos a pacotes sedimentares. Em termos de padrões de sedimentação, observou-se também, que existe um atraso na chegada do pulso sedimentar em resposta ao pulso tectônico gerador, fazendo com que os eventos tectonicamente mais ativos do rift sejam caracterizados pela deposição de folhelhos, e sucedidos por sedimentos grossos. A aplicação destes conceitos na Bacia de Camamu-Almada (costa central da Bahia, margem leste brasileira), que possui as fases pré-rift, sin-rift e pós-rift preservadas, possibilitou uma maior compreensão da evolução estratigráfica da fase rift. Foram caracterizadas fácies, determinados os sistemas deposicionais, identificados padrões de empilhamento e delimitadas seqüências deposicionais e suas discordâncias limitantes. Assim, foi possível estabelecer modelos evolutivos sedimentológicos e paleogeográficos, que são fundamentais para a localização espacial (e temporal) dos possíveis folhelhos geradores e dos potenciais arenitos reservatórios. Por fim, pioneiramente, foi aplicado o modelo de Tratos Tectônicos, onde os tratos geométricos são identificados e relacionados a determinadas fases tectônicas da evolução da bacia rift, fornecendo assim, na obra completa, importantes avanços e fundamentais informações para o sistema petrolífero e geologia do petróleo da Bacia de Camamu-Almada, os quais também podem ser utilizados como base para avanços tecnológicos e científicos em outras bacias do tipo rift.

Imaginário sobre o gaúcho no discurso literário : da representação do mito em Contos gauchescos, de Joáo Simões Lopes Neto, à desmitificação em Porteira fechada, de Cyro Martins

O presente trabalho tem por objetivo investigar a constituição de imagens de gaúcho no discurso da narrativa literária gauchesca, levando em conta a presença de, pelo menos, duas representações que habitam todo um imaginário social sobre o gaúcho: a do mito e a do não-mito. Para tanto elegemos, como corpus de análise, seqüências discursivas constitutivas de duas obras consagradamente gauchescas: Contos Gauchescos, de João Simões Lopes Neto, e Porteira Fechada, de Cyro Martins. É a Análise de Discurso de Escola Francesa (AD) que dá sustentação teóricometodológica a esse trabalho, que se constitui no “entremeio” de disciplinas da área de Ciências Sociais, compreendendo um percurso que contempla noções advindas da História, da Psicanálise, da Antropologia, da Geografia, cada uma delas vindo a funcionar de maneira bem específica junto às noções próprias da AD. O trabalho está sub-dividido em três partes, assim nomeadas e constituídas: - Parte I - “Sobre o tema e os pressupostos teórico-metodológicos”, que explicita o tema e os pressupostos teórico-metodológicos da AD, mobilizados no desenvolvimento do trabalho; - Parte II - “Sobre a construção do objeto de análise”, sub-dividida em dois capítulos: Capítulo 1, que abrange os entornos teóricos que contribuíram para a reflexão acerca do objeto de estudo; e o Capítulo 2, que apresenta as possibilidades de se circunscrever o objeto de estudo em questão, via um levantamento das condições de produção e via a observação dos entrecruzamentos de discursos sobre o gaúcho; - Parte III - “Sobre o corpus e as análises”, sub-dividida, também, em dois capítulos que apresentam as análises, propriamente ditas. É nessa terceira parte que se revelam as imagens de gaúcho que constituem o discurso da narrativa literária gauchesca em questão, estabelecendo relações de identidade e de 8 alteridade entre o mito e o não-mito gaúcho no discurso literário gauchesco em questão. Importa destacar, ainda que resumidamente, o que as análises revelam: por um lado, a representação das formas de subjetivação do gaúcho nesse discurso; e, por outro, as designações e descrições de gaúcho que constituem o discurso em questão. A análise das formas de subjetivação do gaúcho explicita as não-coincidências entre o lingüístico e o discursivo na constituição dos sentidos. A análise das designações e descrições atribuídas ao gaúcho representado ora como mito e ora como não-mito no discurso literário em questão revelam imagens de gaúcho, desconstruindo efeitos de oposição entre mito e nãomito. Assim, o presente trabalho explicita como se constrói uma e outra imagem de gaúcho no intradiscurso: a imagem do mito, em Contos Gauchescos; e a imagem do nãomito, em Porteira Fechada; bem como explicita que a construção dessas imagens, no discurso da narrativa literária gauchesca, faz parte de um “processo discursivo” onde se constroem e emergem diferentes imagens de gaúcho.

Modelo de um neurônio diferenciador-integrador para representação temporal em arquiteturas conexionistas

O presente trabalho analisa diferentes modelos de representação temporal usados em arquiteturas conexionistas e propõe o uso de um novo modelo neural, chamado Neurônio Diferenciador-Integrador (NDI) para aplicação com processamento de sinais temporais. O NDI pode ser interpretado como filtro digital. Seu funcionamento exige poucos recursos computacionais e pode ser de grande valia em problemas onde a solução ideal depende de uma representação temporal instantânea, facilidade de implementação, modularidade e eliminação de ruído. Após a definição do modelo, o mesmo é sujeito a alguns experimentos teóricos utilizado em conjunto com arquiteturas conexionistas clássicas para resolver problemas que envolvem o tempo, como previsão de séries temporais, controle dinâmico e segmentação de seqüências espaço-temporais. Como conclusão, o modelo neural apresenta grande potencialidade principalmente na robótica, onde é necessário tratar os sinais sensoriais ruidosos do robô de forma rápida e econômica.

Análise estratigráfica do Campo de Namorado (Bacia de Campos) com base na interpretação sísmica tridimensional

O presente trabalho analisa os reservatórios turbidíticos do Campo de Namorado, Bacia de Campos – RJ, com a apresentação de um novo modelo evolutivo para o intervalo entre o Albiano superior e Cenomaniano, na área do referido campo. As ferramentas utilizadas neste estudo consistiram da interpretação sísmica em ambiente tridimensional com o software VoxelGeo®, e da análise faciológica junto à perfilagem de poços do referido campo. A análise desenvolvida permitiu a individualização e a posterior visualização tridimensional de um paleocanal meandrante na base do intervalo estudado, feição esta até então não relatada em interpretações anteriores neste reservatório. Como resultado das análises sísmicas e faciológicas, foi possível elaborar um modelo deposicional, onde foram definidos quatro sistemas turbidíticos distintos, inclusos em duas seqüências de 3ª Ordem. Esses sistemas turbidíticos estariam, portanto, associados às seqüências de 4ª Ordem, que são interpretadas como parasseqüências, inseridas nos dois ciclos de 3ª Ordem. As seqüências de 3ª Ordem, que englobam os reservatórios do Campo de Namorado, representariam intervalos de alta freqüência no registro estratigráfico, dentro do contexto de afogamento (2ª Ordem) da Bacia de Campos. Pelas características da calha deposicional observada para o Campo de Namorado, é possível concluir que o sistema, como um todo, foi depositado em um complexo de canais, junto a sistemas de frentes deltaicas. Esses canais, provavelmente, foram esculpidos por fluxos hiperpicnais, formados a partir de inundações catastróficas. As informações provenientes deste estudo, proporcionaram uma melhor compreensão da gênese dos depósitos turbidíticos, acumuladores de hidrocarbonetos, no intervalo estudado, e cuja ocorrência está relacionada com etapas de rebaixamento relativo do nível do mar.

A ginástica rítmica na corporeidade dos acadêmicos de educação física: relações entre o pensar, falar e agir com o corpo

Esta dissertação trata da Corporeidade dos acadêmicos de Educação Física que cursam a disciplina de Ginástica Rítmica Fundamentos. Analisa como os acadêmicos percebem-se; as relações que estabelecem entre o pensar, o falar e o agir corporalmente; e as contribuições que a percepção do trabalho corporal oferecido por essa modalidade podem prestar ao modo de ser desses estudantes em seu cotidiano. O estudo consistiu em problematizar as questões do corpo, abarcando a importância da imagem corporal, da percepção do corpo e da influência da Ginástica Rítmica nessas relações como fonte de entendimento da corporeidade do acadêmico. O material empírico foi coletado por meio dos seguintes instrumentos: entrevista semi-estruturada (inicial e final), notas de campo, filmagem (quatro seqüências) e memoriais descritivos (ao final de cada aula e um no final do semestre). O grupo de participantes foi constituído pelos integrantes da turma de acadêmicos da ESEF/UFRGS, num total de 12, que cursavam a disciplina de Ginástica Rítmica Fundamentos. Desse grupo, cinco eram garotas e sete eram rapazes. A pesquisa de campo ocorreu no segundo semestre de 2003, nas dependências da Universidade Federal do Rio Grande do Sul, mais precisamente no Ginásio Bugre Lucena da ESEF. O estudo permitiu que as reflexões construídas nesse grupo apresentassem como resultado uma atenção e uma compreensão maiores sobre as questões corpóreas, conduzindo a um entendimento maior sobre a corporeidade desses acadêmicos e configurando uma possibilidade relevante de aprofundamento dos conhecimentos nessa área, tanto para o profissional de Educação Física como para as pessoas em geral.

RST: Reuse through Speculation on Traces

In this thesis, we present a novel approach to combine both reuse and prediction of dynamic sequences of instructions called Reuse through Speculation on Traces (RST). Our technique allows the dynamic identification of instruction traces that are redundant or predictable, and the reuse (speculative or not) of these traces. RST addresses the issue, present on Dynamic Trace Memoization (DTM), of traces not being reused because some of their inputs are not ready for the reuse test. These traces were measured to be 69% of all reusable traces in previous studies. One of the main advantages of RST over just combining a value prediction technique with an unrelated reuse technique is that RST does not require extra tables to store the values to be predicted. Applying reuse and value prediction in unrelated mechanisms but at the same time may require a prohibitive amount of storage in tables. In RST, the values are already stored in the Trace Memoization Table, and there is no extra cost in reading them if compared with a non-speculative trace reuse technique. . The input context of each trace (the input values of all instructions in the trace) already stores the values for the reuse test, which may also be used for prediction. Our main contributions include: (i) a speculative trace reuse framework that can be adapted to different processor architectures; (ii) specification of the modifications in a superscalar, superpipelined processor in order to implement our mechanism; (iii) study of implementation issues related to this architecture; (iv) study of the performance limits of our technique; (v) a performance study of a realistic, constrained implementation of RST; and (vi) simulation tools that can be used in other studies which represent a superscalar, superpipelined processor in detail. In a constrained architecture with realistic confidence, our RST technique is able to achieve average speedups (harmonic means) of 1.29 over the baseline architecture without reuse and 1.09 over a non-speculative trace reuse technique (DTM).

TM-tree : um método de acesso para consultas por similaridade

O armazenamento de grandes quantidades de informações em bases de dados cria a necessidade de se usar Métodos de Acesso a esses dados de uma forma mais eficiente do que uma busca linear. Dessa forma, diversos Métodos de Acesso vêm sendo propostos há décadas. Desde os mais simples Métodos de Acesso como árvores B até os mais sofisticados Métodos de Acesso Métrico tem-se o mesmo objetivo: a eficiência na consulta. Para cada tipo de dados, para cada tipo de consulta, existe uma diferente forma de acesso mais adequada. Se os dados puderem ser ordenados, pode-se usar uma àrvore B. Na busca por pequenas cadeias de caracteres, pode-se utilizar uma árvore de sufixos. Com a evoluçãocomputacional, não se quer armazenar apenas números ou pequenas seqüências de texto. Já existem diversas bases de dados muito mais complexas, como seqüências de sons, imagens ou até mesmo vídeos armazenados. A complexidade desse tipo de dados e do tipo de consulta feita em cima deles gerou a necessidade de novos Métodos de Acesso. Os chamados Métodos de Acesso Métrico são estruturas capazes de acessar dados bastante complexos, como arquivos multimídia, com uma boa eficiência. Esse tipo de estrutura vem sendo estudada há muitos anos, mas a primeira delas realmente eficaz foi a árvore M. Depois dela, vários outros Métodos de Acesso Métricos surgiram, como a árvore Slim, M2, M+, DF, DBM aprimorando sua estrutura básica Esse trabalho propõe a árvore TM, que inova a forma como os dados são indexados, aprimorando a árvore M. Essa nova estrutura, usa o espaço métrico para a busca dos dados, o que é feito por todos Métodos de Acesso Métricos. Mas sua inovação está na forma como os dados são indexados, usando-se um espaço novo também proposto nesse trabalho, o espaço distorcido. Experimentos mostram uma melhora significativa na eficiência da consulta tanto em quantidade de acesso a disco quando em custo de processamento.

Mulher, uma questão de identidade : a perspectiva discursiva

Esta dissertação analisa produções textuais de autoria de alunas universitárias provenientes de distintas áreas do saber científico (Ciências Humanas, Ciências Exatas, Ciências da Saúde). Partindo do tema comum a todas essas produções, “ser mulher é...”, o objetivo deste trabalho é discutir os processos em que se constitui a identidade feminina, como recurso para se chegar à noção de identidade discursiva, questão central. Uma vez entendida como unidade imaginária, a noção de identidade discursiva permite pesquisar o modo como o sentido emerge pleno de atravessamentos, disponibilizados por uma memória que retorna, se atualiza e se transforma. Algo semelhante se observa na instância do sujeito, pois a imagem de unicidade e fechamento é apenas uma ilusão que denega os processos que promovem seu descentramento. Assim, marcados pelo não-um, sentido e sujeito têm, na identidade, a presença da falta do significante – via de entrada à exterioridade. A primeira parte do trabalho está subdivida em três capítulos, que buscam organizar os fundamentos teóricos que embasam a perspectiva discursiva a que se submete a noção de identidade. O primeiro capítulo traz contribuições advindas da Psicanálise, para compreender o modo como o sujeito mulher se deixa determinar em sua condição desejante, faltante, atestando isso na imagem que faz de si. O segundo capítulo percorre leituras situadas no campo dos Estudos Culturais, com o objetivo de averiguar como processos histórico-sociais contribuem na determinação e fragmentação da identidade feminina. O terceiro capítulo reúne as principais noções da Análise do Discurso Francesa, para fundamentar o conceito de identidade discursiva que baliza as análises seguintes. E, por fim, a segunda parte contém o quarto capítulo, que se destina às seqüências discursivas, submetidas a dois momentos concomitantes de análise – busca por posições-sujeito e delineamento da formação discursiva dominante –, visando a compreender e discutir a configuração proposta à noção de identidade: uma unidade imaginária.

Caracterização parcial de um fragmento e detecção por RT-PCR de Rice Stripe Necrosis Virus

O enrolamento do arroz é uma doença viral emergente no Brasil causada pelo Rice stripe necrosis virus (RSNV) que é transmitido pelo protozoário Polymyxa graminis. RSNV é um membro do gênero Benyvirus com genoma dividido em 4 RNAs de fita simples no sentido positivo (ssRNA +). Em função da falta de conhecimento sobre a seqüência de nucleotídeos do seu genoma, a detecção de RSNV através de métodos moleculares não é utilizada. O objetivo deste trabalho foi identificar seqüências do genoma de RSNV que possibilitassem sua detecção em plantas de arroz através da técnica de transcrição reversa seguida da reação em cadeia da polimerase (RT-PCR). As seqüências do genoma foram identificadas a partir de clones de uma biblioteca de cDNAs obtidos de uma amostra do vírus parcialmente purificado. Os clones que hibridizaram com sondas sintetizadas a partir de RNA de plantas infectadas com RSNV foram seqüenciados e comparados às seqüências do GenBank. Um fragmento de 957 nt da extremidade 3’ da fita de um dos 4 RNAs genômicos de RSNV foi obtido. A análise da seqüência nucleotídeos desse fragmento não revelou qualquer similaridade com seqüências conhecidas, tampouco indicou uma possível função. Um par de oligonucleotídeos iniciadores foi desenhado a partir de um clone que potencialmente contém uma seqüência de RSNV. A especificidade e a sensibilidade da RT-PCR utilizando esse par de oligonucleotídeos iniciadores, bem como sua eficiência na detecção do vírus em diferentes partes da planta de arroz, foram avaliadas. Os resultados indicam que a RT-PCR é específica para RSNV e pode detectar o vírus em tecido oriundo das raízes, do colo e de folhas com distorção. Comparada ao diagnóstico da doença através da observação de sintomas e de estruturas do vetor, a RT-PCR é uma ferramenta confiável para a diagnose do enrolamento do arroz.

Caracterização fenotípica e genotípica de amostras de Salmonella enterica sorovar Typhimurium isoladas de suínos no Rio Grande do Sul

A aplicação de métodos de tipificação baseados na caracterização fenotípica e genotípica em vários pontos da cadeia de produção de suínos pode ser uma importante ferramenta para identificar a principal fonte de contaminação por Salmonella sp. A partir disso, o trabalho propôs tipificar uma coleção de 97 amostras de Salmonella enterica subsp. enterica ser. Typhimurium (ST) isolada de suínos levados ao abate em três diferentes frigoríficos no Rio Grande do Sul, por meio de fagotipificação, hibridização com IS200, resistência a antimicrobianos, amplificação da região spvR, amplificação de sequências repetitivas (rep-PCR) e PFGE. Paralelamente, os isolados de ST foram avaliados frente a dois desinfetantes (amônia quaternária e iodofor) pela técnica da diluição em tubo. Os isolados foram classificados em 12 fagotipos distintos, sendo o DT177 o mais freqüentemente identificado. Houve o predomínio de um padrão único de hibridização com o IS200 e em apenas três isolados, a região spvR foi detectada. Um alto número de amostras resistentes à tetraciclina, sulfonamida e estreptomicina foi encontrado, sendo o perfil de resistência relacionado ao frigorífico de origem dos isolados. No rep-PCR, usando seqüências iniciadoras para REP e ERIC, um único padrão de bandas foi gerado entre os isolados de ST. A análise por PFGE mostrou doze diferentes padrões de bandas. Sessenta e quatro isolados apresentaram um padrão idêntico no PFGE. Todas amostras foram inibidas pelo composto quaternário de amônio, na concentração recomendada pelo fabricante e numa concentração inferior à indicada. Frente ao iodofor, quatro amostras mostraram-se resistentes na concentração indicada e 59 na sub-concentração. A combinação da fagotipificação e do perfil de PFGE permitiu alcançar uma melhor discriminação das amostras, sendo essas técnicas consideradas as mais adequadas. Por outro lado, a presença de linhagens clonais parecem estar presentes na região, indicando possíveis pontos comuns de infecção.

Existência de soluções para equações elípticas semilineares com crescimento singular crítico

Neste trabalho estudamos uma equação diferencial parcial elíptica semilinear contendo uma singularidade e um termo de crescimento crítico. A existência de soluções depende da dimensão do espaço e do coeficiente da singularidade. Através da caracterização variacional e com o uso de seqüências de Palais-Smale provamos que o problema possui soluções não triviais.

Identificação de genes envolvidos na interação entre Magnaporthe grisea e arroz (Oryza sativa L.)

A brusone, causada pelo fungo Magnaporthe grisea (Hebert) Barr, é uma das mais importantes doenças da cultura do arroz. A resistência genética é a forma mais efetiva para o controle da doença. Os objetivos do presente trabalho foram: identificar genes envolvidos na resposta de resistência à infecção de M. grisea em arroz através das técnicas de expressão diferencial; obter e caracterizar uma biblioteca de cDNAs utilizando como modelo linhas quase-isogênicas de arroz (NILs = Near Isogenic Lines), contendo os genes de resistência Pi-1 e Pi-2; e avaliar e comparar a expressão diferencial de mRNAs, através dos cDNAs isolados em uma série de cultivares com resposta distinta à infecção de M. grisea. Foram identificados dois isolados com virulência diferencial para as NILs e um isolado para os cultivares. Os cDNAs relacionados à resistência do arroz à M. grisea foram identificados a partir de mRNAs isolados das NILs. Foram obtidos 30 fragmentos de cDNAs e 232 clones de cDNAs pelas técnicas de cDNA-AFLP e SSH, respectivamente. A análise das seqüências permitiu identificar genes envolvidos nos processos de metabolismo, transporte de íon inorgânico; transdução de sinais; fatores de transcrição; metabolismo de coenzima; conversão e produção de energia; metabolismo e transporte de carboidrato e biossíntese de proteína. Noventa clones isolados através da técnica de SSH foram selecionados e a expressão diferencial foi avaliada via hibridização em macroarranjos de cDNAs. A ausência de conservação entre os mRNAs diferencialmente expressos nas interações analisadas e a diversidade dos grupos de genes reflete a complexidade das respostas. A análise funcional in vivo desses genes poderá contribuir para utilização dos mesmos na obtenção de uma resistência de espectro amplo à brusone do arroz.

Estudo de genes expressos diferencialmente durante o processo de estrobilização in vitro de Mesocestoides corti

Os cestódeos são agentes etiológicos de doenças parasíticas em humanos e em animais domesticados. Estamos utilizando Mesocestoides corti como um sistema modelo para estudar a biologia do desenvolvimento dos cestódeos, particularmente a transição da fase larval para a fase adulta segmentada. Com o propósito de isolar seqüências diferencialmente expressas durante o processo de segmentação, aplicamos a metodologia de análise das diferenças de representações de cDNA (cDNA RDA) utilizando RNA total extraído de larvas e vermes segmentados em cultivos in vitro de M. corti. Duas bibliotecas de cDNA subtraídas, enriquecidas com seqüências diferencialmente expressas das formas larvais ou segmentadas, foram construídas usando uma razão de driver:tester de 100:1 e 800:1 no 1º e 2º ciclos de subtração, respectivamente. A eficiência de subtração foi avaliada com experimentos de hibridização, utilizando as seqüências subtraídas como sondas contra os produtos de cDNA amplificados por PCR, com análise de macroarranjos e com confirmação individual, em experimentos de Northern virtual, de clones selecionados. Uma estratégia de RT-PCR em tempo real para confirmação dos resultados está sendo otimizada e resultados preliminares são apresentados. Após o seqüenciamento de 1036 clones de cDNA independentes e adoção de uma estratégia de seqüenciamento de alta qualidade, foram identificadas 190 seqüências, preferencialmente expressas em tetratirídeos (49) ou em vermes segmentados (141). Entre os genes identificados, 71 foram funcionalmente anotados, incluindo seqüências relacionadas a reguladores de estrutura de cromatina e controle de transcrição, cujos ortólogos estão implicados em processos de desenvolvimento em Drosophila e em vertebrados.