Relationship of short tandem repeats flanking leptin-melanocortin pathway genes with anthropometric profile and leptinemia in Brazilian individuals

Objective: To investigate the relationship of short tandem repeats (STR) near genes involved in the leptin-melanocortin pathway with body mass index (BMI) and leptinemia. Subjects and methods: Anthropometric variables and leptinemia were measured in 100 obese and 110 non-obese individuals. D1S200, D2S1788, DS11912, and D18S858 loci were analyzed by PCR and high-resolution electrophoresis. Results: Overall STR allele frequencies were similar between the obese and non-obese group (p > 0.05). Individual alleles D1S200 (17), D11S912 (43), D18S858 (11/12) were associated with obesity (p < 0.05). Individuals carrying these alleles showed higher BMI than non-carriers (p < 0.05). Moreover, a relationship between D18S858 11/12 alleles and increased waist circumference was found (p = 0.040). On the other hand, leptinemia was not influenced by the studied STRs (p > 0.05). Conclusions: D1S200, D11S912, and D18S858 loci are associated with increased BMI and risk for obesity in this sample. Arq Bras Endocrinol Metab. 2012;56(1):47-53

Zur Evolution des Cytoskeletts beim Sibirischen Stör Acipenser baeri

Im Rahmen meiner Arbeit wurden erstmals die Intermediärfilament-Proteine (IF-Proteine) des Sibirischen Störs Acipenser baeri (Strahlenflosser, Knorpelganoid) kloniert und sequenziert. Aus einer cDNA-Bank konnten die Sequenzen von 13 IF-Proteine gewonnen werden. Von insgesamt zehn Keratinen codieren sieben für Typ I-Keratine und drei für Typ II. Zusätzlich konnten noch Desmin, Vimentin und ein Lamin identifiziert werden. Je einem Typ I- (K13) und einem Typ-II-Keratin (K2) fehlen wenige Aminosäuren in der Head-Domäne.Cytoskelett-Präparationen aus Epidermis, Mitteldarm, Magen und Kieme wurden mittels 2D-PAGE aufgetrennt. Durch Einsatz des CKBB-Test und Immunoblots wurden die verschiedenen Typ I und II-Keratine sowie Desmin und Vimentin identifiziert. Die gewebsspezifische Expression der Keratine ermöglichte zumeist ihre Einteilung in 'E' (epidermal) und 'S' ('simple epithelial').Die MALDI-MS-Analyse einer 2D-PAGE-Koelektrophorese von Seitenflosse und Mitteldarm zeigte, daß die 34 vorhandenen Proteinflecke auf nur 13 verschiedene IF-Proteine zurückgehen. Neun dieser Flecke konnten Sequenzen zugewiesen werden. Zusammen mit den verbleibenden vier Proteinflecken ergeben sich für den Stör nunmehr insgesamt 17 bekannte IF-Proteine. Von drei biochemisch identifizierten IS-Keratinen kommt eines nur im Mitteldarm vor und nur einem konnte eine Sequenz zugeordnet werden (K18). Dem einzigen Typ IIS-Keratin konnte keine Sequenz zugeordnet werden, wahrscheinlich handelt es sich um dabei um das K8-Orthologe. Jedem der fünf Typ IE-Proteine konnte eine Sequenz zugeordnet werden (K10 bis K14), ebenso wie dem einzigen identifizierten Typ IIE-Keratin (K2). Von den Typ III-Proteinen wurden Desmin und Vimentin ihren Proteinflecken zugeordnet. Die nicht zugeordnete Sequenz aba-k1 codiert möglicherweise für ein IIE-Keratin, während aba-k15 vermutlich die Sequenz für ein IE-Keratin enthält. Bei den Proteinflecken, denen eine Sequenz zugeordnet werden konnten, kann für Aba-K2 die Zugehörigkeit zum IIE-Typ angenommen werden, während es sich bei Aba-K10 wahrscheinlich um ein IE-Keratin handelt.Durch Datenbankvergleiche und molekulare Stammbäume konnte die Zugehörigkeit der identifizierten Lamin-Sequenz zum B3-Subtyp der Vertebraten gezeigt werden.Die Daten der Biochemie und indirekten Immunfluoreszenzmikroskopie zeigen, daß Keratine in Epithelien und Vimentin in mesenchymalen Geweben vorkommen. Es existieren starke Hinweise, daß im letzten Gewebetyp Keratine auch koexprimiert werden. Desmin kommt in großen Mengen im Magen und im Mitteldarm vor und stellt dort das prominenteste Protein.Mit den gewonnenen Sequenzdaten wurden molekulare Stammbäume und Sequenzidentitäten berechnet. Die daraus resultierenden Konsequenzen für die Verwandtschaftsverhältnisse der verschiedenen IF-Proteine sowie der Wirbeltiere werden diskutiert.

Comparing genetic and linguistic diversity in African populations with a focus on the Khoisan of southern Africa

The interaction between disciplines in the study of human population history is of primary importance, profiting from the biological and cultural characteristics of humankind. In fact, data from genetics, linguistics, archaeology and cultural anthropology can be combined to allow for a broader research perspective. This multidisciplinary approach is here applied to the study of the prehistory of sub-Saharan African populations: in this continent, where Homo sapiens originally started his evolution and diversification, the understanding of the patterns of human variation has a crucial relevance. For this dissertation, molecular data is interpreted and complemented with a major contribution from linguistics: linguistic data are compared to the genetic data and the research questions are contextualized within a linguistic perspective. In the four articles proposed, we analyze Y chromosome SNPs and STRs profiles and full mtDNA genomes on a representative number of samples to investigate key questions of African human variability. Some of these questions address i) the amount of genetic variation on a continental scale and the effects of the widespread migration of Bantu speakers, ii) the extent of ancient population structure, which has been lost in present day populations, iii) the colonization of the southern edge of the continent together with the degree of population contact/replacement, and iv) the prehistory of the diverse Khoisan ethnolinguistic groups, who were traditionally understudied despite representing one of the most ancient divergences of modern human phylogeny. Our results uncover a deep level of genetic structure within the continent and a multilayered pattern of contact between populations. These case studies represent a valuable contribution to the debate on our prehistory and open up further research threads.

DNA typing in thirty seconds with a microfabricated device

We report the development of a practical ultrafast allelic profiling assay for the analysis of short tandem repeats (STRs) by using a highly optimized microfluidic electrophoresis device. We have achieved baseline-resolved electrophoretic separations of single-locus STR samples in 30 sec. Analyses of PCR samples containing the four loci CSF1PO, TPOX, THO1, and vWA (abbreviated as CTTv) were performed in less than 2 min. This constitutes a 10- to 100-fold improvement in speed relative to capillary or slab gel systems. The separation device consists of a microfabricated channel 45 μm × 100 μm in cross section and 26 mm in length, filled with a replaceable polyacrylamide matrix operated under denaturing conditions at 50°C. A fluorescently labeled STR ladder was used as an internal standard for allele identification. Samples were prepared by standard procedures and only 4 μl was required for each analysis. The device is capable of repetitive operation and is suitable for automated high-speed and high-throughput applications.

STRBase: a short tandem repeat DNA database for the human identity testing community

The National Institute of Standards and Technology (NIST) has compiled and maintained a Short Tandem Repeat DNA Internet Database (http://www.cstl.nist.gov/biotech/strbase/) since 1997 commonly referred to as STRBase. This database is an information resource for the forensic DNA typing community with details on commonly used short tandem repeat (STR) DNA markers. STRBase consolidates and organizes the abundant literature on this subject to facilitate on-going efforts in DNA typing. Observed alleles and annotated sequence for each STR locus are described along with a review of STR analysis technologies. Additionally, commercially available STR multiplex kits are described, published polymerase chain reaction (PCR) primer sequences are reported, and validation studies conducted by a number of forensic laboratories are listed. To supplement the technical information, addresses for scientists and hyperlinks to organizations working in this area are available, along with the comprehensive reference list of over 1300 publications on STRs used for DNA typing purposes.

Savings in electric cooling energy by the use of a whole-house fan /

"Issued May 1981."

Prenatal diagnosis of tetrasomy 18p using multiplex fluorescent PCR and comparison with a variety of techniques

We report genetic characterization of isochromosome 18p using a combination of cytogenetic and molecular genetic methods, including multiplex fluorescent PCR. The patient was referred for chorionic villus sampling (CVS) due to advanced maternal age and maternal anxiety. The placental karyotype was 47,XX,+mar, with the marker having the appearance of a small supernumerary isochromosome. Because differentiating between isochromosomes and other structural rearrangements is normally very difficult, a variety of genetic tests including fluorescence in situ hybridization (FISH), PCR, and multiplex fluorescent PCR were undertaken to determine chromosomal origin and copy number and, thus, allow accurate diagnosis of the corresponding syndrome. FISH determined that the marker chromosome contained chromosome 18 material. PCR of a variety of short tandem repeats (STRs) confirmed that there was at least one extra copy of the maternal 18p material. However, neither FISH nor PCR could accurately determine copy number. Multiplex fluorescent PCR (MF-PCR) of STRs simultaneously determined that: (1) the marker included 18p material; (2) the marker was maternal in origin; (3) allele copy number indicated tetrasomy; and (4) contamination of the sample could be ruled out. Results were also rapid with accurate diagnosis of the syndrome tetrasomy 18p possible within 5 hours.

Genetic individualization of Cannabis sativa by a short tandem repeat multiplex system

Cannabis sativa is the most frequently used of all illicit drugs in the United States. Cannabis has been used throughout history for its stems in the production of hemp fiber, for its seed for oil and food, and for its buds and leaves as a psychoactive drug. Short tandem repeats (STRs), were chosen as molecular markers because of their distinct advantages over other genetic methods. STRs are co-dominant, can be standardized such that reproducibility between laboratories can be easily achieved, have a high discrimination power and can be multiplexed. ^ In this study, six STR markers previously described for Cannabis were multiplexed into one reaction. The multiplex reaction was able to individualize 98 Cannabis samples (14 hemp and 84 marijuana, authenticated as originating from 33 of the 50 United States) and detect 29 alleles averaging 4.8 alleles per loci. The data did not relate the samples from the same state to each other. This is the first study to report a single reaction six-plex and apply it to the analysis of almost 100 Cannabis samples of known geographic collection site. ^

mtDNA and Y‐chromosome diversity in Aymaras and Quechuas from Bolivia: Different stories and special genetic traits of the Andean Altiplano populations

Two Bolivian samples belonging to the two main Andean linguistic groups (Aymaras and Quechuas) were studied for mtDNA and Y-chromosome uniparental markers to evaluate sex-specific differences and give new insights into the demographic processes of the Andean region. mtDNA-coding polymorphisms, HVI-HVII control regions, 17 Y-STRs, and three SNPs were typed in two well-defined populations with adequate size samples. The two Bolivian samples showed more genetic differences for the mtDNA than for the Y-chromosome. For the mtDNA, 81% of Aymaras and 61% of Quechuas presented haplogroup B2. Native American Y-chromosomes were found in 97% of Aymaras (89% hg Q1a3a and 11% hg Q1a3*) and 78% of Quechuas (100% hg Q1a3a). Our data revealed high diversity values in the two populations, in agreement with other Andean studies. The comparisons with the available literature for both sets of markers indicated that the central Andean area is relatively homogeneous. For mtDNA, the Aymaras seemed to have been more isolated throughout time, maintaining their genetic characteristics, while the Quechuas have been more permeable to the incorporation of female foreigners and Peruvian influences. On the other hand, male mobility would have been widespread across the Andean region according to the homogeneity found in the area. Particular genetic characteristics presented by both samples support a past common origin of the Altiplano populations in the ancient Aymara territory, with independent, although related histories, with Peruvian (Quechuas) populations.

Renar och vindkraft II : Vindkraft i drift och effekter på renar och renskötsel

Utbyggnaden av vindkraft inom renskötselområdet har ökat markant det senaste decenniet, trots att kunskapen om påverkan av vindkraftsetableringar ännu inte är fullt utredd och dokumenterad. I den här rapporten beskriver vi framförallt hur vindkraftparker i driftsfas påverkar renarna och renskötseln i tre olika områden. I Malå sameby har vi studerat kalvningsområdet kring Storliden och Jokkmokkslidens vindkraftparker. I Vilhelmina Norra sameby har vi studerat vinterbetesområdet kring Stor-Rotlidens vindkraftpark, samt Lögdeålandets betesområde med Gabrielsbergets vindkraftpark som används av Byrkije reinbetesdistrikt från Norge. För att få en helhetsbild av hur renarna använder sitt betesområde är det viktigt att studera renarnas betes- och förflyttningsmönster långsiktigt och över hela deras betesområde och inte bara inom det lokala området nära parken. Det är också viktigt att ta hänsyn till att renarnas betesutnyttjande skiftar från år till år och mellan olika årstider beroende på väderlek och andra yttre förutsättningar. Vi vill också understryka vikten av att kombinera den traditionella kunskapen från renskötarna med vedertagna vetenskapliga analysmetoder för att besvara de frågor som är viktiga för att kunna bedriva en hållbar renskötsel. Vi har undersökt renarnas användning av områdena genom att utföra spillningsinventeringar under åren 2009-2015 (endast i Malå sameby), och genom att följa renar utrustade med GPS-halsband under åren 2005-2015. Datat är insamlat före och under byggfas och under driftsfas (för Gabrielsberget finns GPS-data endast för driftsfasen). Vi har analyserat data genom att utveckla statistiska modeller för val av betesområde för varje område där vi har beräknat hur renarna förhåller sig till vindkraftparksområdet före, under och efter byggnation, och på Gabrielsberget när parken varit avstängd under 40 dagar och under drift vid olika renskötselsituationer. Genom intervjuer, möten och samtal, samt information från Gabrielsbergets vindkraftparks kontrollprogram, har vi tagit del av renskötarnas erfarenheter av hur renarnas beteende, och därmed även renskötseln, påverkats av vindkraftsutbyggnaden i respektive område. Våra resultat visar att renarna både på kalvnings- och på vinterbetesområden påverkas negativt av vindkraftsetableringarna (Tabell a). Renarna undviker att beta i områden där de kan se och/eller höra vindkraftsverken och föredrar att vistas i områden där vindkraftverken är skymda. I kalvningsområdet i Malå ökade användningen av skymda områden med 60 % under driftsfas. I vinterbetesområdet på Gabrielsberget, när renarna utfodrades i parken och kantbevakades intensivt för att stanna i parkområdet under driftsfas, ökade användningen av skymda områden med 13 % jämfört med när de inte var utfodrade och fick ströva mer fritt. Resultaten visar också att renarna minskar sin användning av området nära vindkraftparkerna. I kalvningslandet i Malå minskar renarna sin användning av områden inom 5 km från parkerna med 16-20 %. Vintertid vid Gabrielsbergets vindkraftpark undvek renarna parken med 3 km. Våra resultat visar även att renarnas betesro minskar inom en radie på 4 km från vindkraftparkerna under kalvningsperioden och tiden därefter i jämförelse med perioden före byggfas. Exakta avstånd som renarna påverkas beror på förutsättningarna i respektive område, exempelvis hur topografin ser ut eller om området är begränsat av stängsel eller annan infrastruktur. Förändringarna i habitatutnyttjande i våra studieområden blev tydligare när parkerna var centralt belägna i renarnas betesområde, som i kalvningsområdet i Malå eller i vinterbeteslandet på Gabrielsberget, medan det inte var lika tydliga effekter kring Stor-Rotlidens park, som ligger i utkanten av ett huvudbetesområde. Oftast är snöförhållandena bättre ur betessynpunkt högre upp i terrängen än nere i dalgångarna, på grund av stabilare temperatur, vind som blåser bort snötäcket och mer variation i topografin. Därför kan etablering av vindkraftparker i höglänta områden försämra möjligheten att använda sådana viktiga reservbetesområden under vintrar med i övrigt dåliga snöförhållanden, vilka blir allt vanligare i och med klimatförändringarna. Våra resultat tyder inte direkt på att renarna påverkats negativt under dåliga betesvintrar men fler år av studier behövs för att ytterligare klargöra hur vindkraft påverkar renarna under dessa vintrar. Våra studier har visat att etablering av vindkraft har konsekvenser för renskötseln under både barmarkssäsongen och under vintern, men effekterna förmodas få störst inverkan inom vinterbetesområdet där det är svårt att hitta alternativa betesområden för renarna. Under sommaren är betestillgången oftast mindre begränsad och renarna kan lättare hitta alternativa områden. En direkt konsekvens av Gabrielsbergets vindkraftpark som är placerad mitt i ett vinterbetesområde har blivit att renarna behöver tillskottsutfodras och bevakas intensivare för att de inte ska gå ut ur området. När den naturliga vandringen mellan olika betesområden störs för att renarna undviker att vistas i ett område kan det leda till att den totala tillgången till naturligt bete minskar och att man permanent måste tillskottsutfodra, alternativt minska antalet renar. Annan infrastruktur som vägar och kraftledningar påverkar också renarna. Vid Storliden och Jokkmokksliden och vid Stor-Rotliden där data samlats in innan vindkraftparken uppfördes visar våra resultat att renarna undviker de omkringliggande landsvägarna redan innan parkerna etablerades. Vid Stor-Rotliden ökar dock renarna användningen av områden nära vägarna efter att parken är byggd. På Gabrielsberget, där vi endast har data under drifttiden, är renarna närmare vägarna (även stora vägar som E4) när renskötarna minskar på kantbevakningen för att inte hålla renarna nära parken. Detta ökar naturligtvis risken för trafikolyckor och innebär att renskötarna måste bevaka dessa områden intensivare. Sist i rapporten presenterar vi förslag till åtgärder som kan användas för att underlätta arbetet för renskötseln om det är så att en vindkraftpark redan är byggd. Några exempel på åtgärder som är direkt kopplat till parken är att stänga av vägarna in i vindkraftparken för att förhindra nöjeskörning med skoter och bil under den tiden renarna vistas i området samt tät dialog mellan vindkraftsbolag och sameby angående vinterväghållningen av vägarna till och inom vindkraftparken. Andra mer regionala åtgärder för att förbättra förutsättningarna för renskötselarbetet på andra platser för samebyn, kan vara att sätta stängsel längst större vägar och järnvägar (t.ex. E4:an eller stambanan) i kombination med strategiskt utplacerade ekodukter. Detta för att underlätta och återställa möjligheterna till renarnas fria strövning och renskötarnas flytt av renar mellan olika betesområden.   

Études de la liaison du complexe Ku aux télomères et du délai de croissance des survivants de type I chez Saccharomyces cerevisiae

L’extrémité des chromosomes linéaires est une structure nucléoprotéique très conservée chez les organismes eucaryotes. Elle est constituée du télomère et des régions sous-télomériques répétées (STR) qui sont placées en amont du télomère. Chez la levure bourgeonnante, on trouve deux types de télomère, les télomères XY’ et les télomères X, qui se distinguent par la nature des STR positionnées en amont des répétitions télomériques. Le télomère et les STR sont liés par pas moins de dix protéines qui vont participer au maintien et à la régulation de l’extrémité chromosomique nécessaires à la stabilité du génome. Le télomère protège ainsi le chromosome de dégradations ou encore de fusions avec d’autres chromosomes. Le maintien de la taille du télomère est assuré par la télomérase, une transcriptase inverse, qui permet l’ajout de répétitions pour pallier leur perte lors de la phase de réplication durant le cycle cellulaire. Lorsque la télomérase est absente, deux types particuliers de cellules, les survivants de type I et les survivants de type II, peuvent maintenir leurs télomères grâce aux mécanismes de recombinaison homologue. Chez l’humain, les répétitions télomériques sont également liées par un certain nombre de protéines nécessaires au maintien de la stabilité de l’extrémité chromosomique. L’implication des télomères dans les processus de cancérisation, de vieillissement, mais également dans des maladies congénitales fait de cette structure un pivot dans le domaine de la recherche fondamentale. Dans 10 % des cas de cancers, l’allongement n’est pas dû à une réactivation de la télomérase comme c’est en général le cas, mais est inhérent à des processus de recombinaison homologue, comme chez la levure. Les homologies de séquences, de protéines, mais aussi de mécanismes de régulation des télomères avec les cellules humaines, font de S. cerevisiae un excellent modèle d’étude. Cette thèse se divise en trois chapitres. Les deux premiers traitent de l’interaction du complexe yKu avec les télomères de type XY’ dans le chapitre 1 puis de son interaction avec les télomères de type X dans le chapitre 2. Le chapitre 3 traite du comportement d’un type de survivant chez S. cerevisiae. Le chapitre 1 porte donc sur l’analyse des sites de liaison aux télomères XY’ du complexe yKu par la technique de ChEC in vivo. yKu intervient dans de nombreux processus de régulation des télomères, mais aussi dans un mécanisme de réparation des cassures double-brin de l’ADN (DSBs), la NHEJ (Non homologous end-joining). Les résultats présentés dans cette partie appuient un modèle dans lequel yKu aurait plusieurs sites de liaison aux télomères et dans les répétitions télomériques interstitielles. Nous supposons que la liaison du complexe se ferait lors de la formation d’une cassure de type « one-sided break » générée à la suite du passage de la fourche de réplication à l’intérieur des répétitions télomériques. Le chapitre 2 est également une étude des sites de liaison par la technique de ChEC in vivo du complexe yKu, mais cette fois-ci aux télomères X. Les observations faites dans cette partie viennent corroborer les résultats du chapitre 1 de la liaison de yKu à la jonction entre le télomère et les STRs, de plus elle met en évidence des interactions potentielles du complexe avec les éléments X laissant supposer l’existence d’un potentiel repliement du télomère sur la région sous-télomérique chez la levure. Enfin, le chapitre 3 est axé sur l’étude du comportement des survivants de type I, des cellules post-sénescences qui maintiennent leurs télomères par un processus de recombinaison homologue, le mécanisme de BIR (break-induced replication) en l’absence de télomérase. Les survivants de type I présentent une croissance lente liée à un arrêt du cycle cellulaire en phase G2/M qui dépend de la protéine de contrôle Rad9, dont l’activité est en général induite par des cassures double-brin. Ce chapitre a permis d’apporter des précisions sur la croissance lente probablement inhérente à un berceau télomérique très restreint chez ce type cellulaire.

Risco e regulação emocional em idade pré-escolar: A qualidade das interações dos educadores de infância como potencial moderador

A investigação tem demonstrado que as crianças em desvantagem social enfrentam muitos desafios e estão mais vulneráveis a desenvolver dificuldades ao nível da regulação emocional, sendo extremamente relevante identificar fatores protetores que moderem esta vulnerabilidade, de modo a identificar formas de alterar as trajetórias desenvolvimentais. No presente estudo, foi analisado o papel moderador das interações do educador de infância no desenvolvimento da regulação emocional. Os participantes incluíram 345 crianças em idade pré-escolar de dois ambientes sociais distintos: em risco sociocultural (n=183) e em situação de não risco sociocultural. A regulação emocional foi avaliada através de um questionário ao educador, o Emotion Regulation Checklist (ERC; Shields & Cichetti, 1997). A qualidade das interações do educador de infância com as crianças foi observada através de uma escala de observação, o Classroom Assessment Scoring System (CLASS; Pianta, La Paro & Hamre, 2008). Os educadores avaliaram ainda a sua relação com cada criança participante através da Student-Teacher Rating Scale (STRS; Pianta, 2001). Análises multi-grupo multinível indicaram que no grupo de crianças de risco socicultural, em salas em que os educadores de infância estabeleciam interações com mais qualidade a nível emocional e organizacional, as crianças demonstraram competências de regulação emocional mais elevadas, o que sugere o importante papel das interações dos educadores de infância com as crianças no desenvolvimento da regulação emocional.