Incompatibilidade somática em Rhizoctonia solani AG-1 IA da soja

O fungo Rhizoctonia solani AG-1 IA é um dos patógenos mais importantes que afeta a cultura da soja no Brasil, causando a mela ou queima foliar. A doença está associada com a fase teleomórfica de R. solani, o basidiomiceto Thanatephorus cucumeris. Neste estudo, baseando em conhecimento prévio sobre a biologia de R. solani AG-1 IA, duas hipóteses foram testadas. Na primeira hipótese postulou-se a ocorrência de incompatibilidade somática em populações de R. solani AG-1 IA. A segunda hipótese testada foi de que esta população de R. solani AG-1 IA da soja apresenta indicações de estrutura sexual clonal. Duas amostras de isolados de R. solani AG-1 IA da soja obtidas no Maranhão e no Mato Grosso foram utilizadas. Na primeira amostra, foram selecionados isolados apresentando diferentes perfis de RAPD (Random Amplified Polymorphic DNA), procurando maximizar a diversidade dos isolados, e evitando a introdução de possíveis clones no teste. Os isolados foram pareados em todas as combinações possíveis em meio de BDA mais carvão ativado e examinados quanto às interações somáticas resultantes. Seis grupos de incompatibilidade somática (GCS) foram detectados entre 24 isolados do AG-1 IA. Entretanto, análises microscópicas dos pareamentos entre isolados indicaram maior freqüência de incompatibilidade somática, impossibilitando o grupamento em GCS. No geral, a metodologia de avaliação das interações somáticas macroscópicas em meio BDA + carvão ativado, não se mostrou totalmente apropriada para discriminação das categorias de reações de compatibilidade entre isolados de R. solani AG-1 IA. Com a segunda amostra procurou-se determinar a ocorrência de clones na população do patógeno, ou seja, isolados que compartilham o mesmo padrão fenotípico de RAPD e somaticamente compatíveis. No caso de R. solani AG 1 IA da soja, a gama de interações somáticas entre pareamentos de isolados e, principalmente, os desvios na associação estrita entre os GCS detectados neste trabalho, conjuntamente com os perfis de RAPD observados anteriormente por Fenille (11) e Meyer (20), são consistentes com recombinação. Entretanto, o patógeno ainda apresenta um componente clonal expressivo na população. De um total de 43 isolados, os exemplos de prováveis clones na população do patógeno totalizaram 16 isolados.

Variabilidade genética de Xanthomonas axonopodis pv. passiflorae

A mancha bacteriana, causada por Xanthomonas axonopodis pv. passiflorae, é uma das mais importantes doenças do maracujazeiro, podendo limitar a produção dessa frutífera em algumas regiões do País. O uso de resistência genética e controle químico, juntamente com o emprego de medidas de exclusão, são as práticas de controle da doença mais recomendadas. Para o desenvolvimento de variedades resistentes é necessário conhecer tanto a variabilidade genética do hospedeiro quanto do patógeno. Nesse trabalho foi estudada a variabilidade de cinqüenta isolados patogênicos de Xanthomonas axonopodis pv. passiflorae, coletados em quatro diferentes locais no estado de São Paulo. No estudo da variabilidade genética foram usados dados de marcadores moleculares RAPD (Random Amplified Polymorphic DNA), os quais foram usados para o cálculo do coeficiente de similaridade de Dice entre os isolados, análise de variância molecular (AMOVA) entre e dentro das populações e agrupamento dos isolados pelo método UPGMA. Para análise da agressividade foram usados cinco isolados, mais divergentes, baseado no dendrograma. O coeficiente de similaridade variou entre 0,6887 e 0,9688. Na análise de agrupamento, os isolados foram separados em sete grupos e não houve relação evidente entre local de coleta com a composição dos grupos. Na análise da variância molecular (AMOVA) verificou-se que a maior parte da variabilidade genética está dentro das populações (89,4%) e apenas 10,6%, entre populações. Os resultados da análise de agrupamento e da AMOVA indicam que existe grande fluxo gênico entre isolados bacterianos nas regiões analisadas. No teste de patogenicidade verificou-se diferença significativa de agressividade entre os isolados. Os resultados demonstram a importância do conhecimento da variabilidade genética e da agressividade na seleção dos isolados para serem utilizados em testes de resistência genética no desenvolvimento de variedades resistentes.

Molecular Genetic Characterization of Endemic Yellow Catfish, Horab rus brachysoma (Gunther)

The present study Molecular genetic characterization of endemic yellow catfish ,generated an important information on the genetic variation and stock structure of the endangered yellow catfish(Horabagrus brachysoma) endemic to the western Ghats. Three genetically discrete stocks of the species have been identified for the first time using allozymes, RAPD(Random Amplified Polymorphic DNA) and microsatelite markers and it is a significant step towards realizing the goal of management of fishery and conservation of the yellow catfish populations in the rivers of the Western Ghats region. In conclusion genetic markers were found to be powerful tools to analyze the population genetic structure of the yellow catfish. Geographic isolation by land distance,inbreading as a result of over-exploitation etc are some reasons for the genetic differenciation between the pairs and deficiency of hetrozygosity revealed by the two co dominant markers, allozyme, and microsatelites.the study emphasizes the need for stock-wise, propagation assisted-rehabilitation of the natural populations yellow catfish

Genetic diversity of two Brazilian populations of the Pampas deer (Ozotoceros bezoarticus, Linnaeus 1758)

Fundação de Amparo à Pesquisa do Estado de São Paulo (FAPESP)

Análise cromossômica e molecular do javali europeu Sus scrofa scrofa e do suíno doméstico Sus scrofa domesticus

A presente investigação teve como objetivos: analisar animais presentes em diferentes criações de javalis no estado de São Paulo, com o intuito de auxiliar a identificação de javalis puros assim como javalis híbridos provenientes do cruzamento com o suíno doméstico, para tanto foram utilizadas avaliação do fenótipo dos animais, análises citogenéticas e da técnica molecular de RAPD (Random Amplified Polymorphic DNA).O estudo do número de cromossomos nas células diplóides em 104 animais destinados a análise citogenética e fenotípica, revelou polimorfismo de 2n=36, 37 e 38 cromossomos. Por meio da técnica de bandamento GTG foi possível identificação da translocação Robertsoniana entre os cromossomos 15 e 17 como responsável por esse polimorfismo. Todavia, somente com a análise citogenética isolada, não foi possível determinar se a origem desse polimorfismo é decorrente das hibridações com o suíno doméstico ou se são características inerentes ao javali. Contudo, quando associado a análise citogenética com as características fenotípicas, foi possível identificar a existência de hibridações. A análise citogenética nos animais submetidos a técnica de RAPD, revelou 2n=36 cromossomos nos 16 javalis assim como 2n=38 cromossomos nos 11 suínos e, por meio dessa técnica, foram possíveis agrupamentos, separando o suíno doméstico, javali e um possível híbrido revelando-se uma técnica com potencial no auxílio da identificação de híbridos.

Incompatibilidade somática em Rhizoctonia solani AG-1 IA da soja

Fundação de Amparo à Pesquisa do Estado de São Paulo (FAPESP)

Caracterização de uma região genômica relacionada a uma anomalia de viveiro em Eucalyptus

Conselho Nacional de Desenvolvimento Científico e Tecnológico (CNPq)

Estudo de staphylococcus aureus resistentes à meticilina (MRSA) por técnicas genotípicas e fenotípicas

Pós-graduação em Biociências e Biotecnologia Aplicadas à Farmácia - FCFAR

Caracterização de uma região relacionada à característica Lignotúber em eucalipto

Coordenação de Aperfeiçoamento de Pessoal de Nível Superior (CAPES)

Desenvolvimento de marcadores SNPs (Single Nucleotide Polymorphisms) para estudos populacionais do mosquito Aedes aegypti no Brasil

Coordenação de Aperfeiçoamento de Pessoal de Nível Superior (CAPES)

Molecular characterization of accessions of crabgrass (Digitaria nuda) and response to ametryn

Digitaria species are sugar cane crop weeds in Brazil and are being controlled with herbicides, although there are some reports of control failure, notably to the triazine group. Molecular techniques are recommended to analyze the genetic variability in weeds. RAPD (Random Amplified Polymorphic DNA), PCR-RFLP (Polymerase Chain Reaction - Restriction Fragment Length Polymorphism) and, in combination with sequencing, allow the localization of resistance genes, as well as possible mutations related to the onset of resistant individuals in some species. Thus, the objective of this work was to characterize ten accessions of Digitaria spp. by RAPD and PCR-RFLP markers, to sequence a conserved region of the psbA gene and evaluate the accessions response to ametryn. As showed by molecular analysis there was high genetic similarity among the accessions, all of them presented similar genetics profiles and were susceptible to ametryn.

Estirpes de Leveduras Assimiladoras de Fontes de Carbono para Produção de Etanoll

Nas etapas fermentativas destinadas a produção de etanol, observa-se o desenvolvimento de diversos contaminantes, dentre elas as leveduras selvagens, que muitas vezes comprometem a produtividade e qualidade do produto final. Desta forma, o trabalho objetivou caracterizar, classificar e determinar marcadores genéticos-moleculares para 5 estirpes de leveduras (C69, C128, C271, CAT e Saccharomyces cerevisiae). A avaliação envolveu a determinação da assimilação de fonte de carbono e técnica de RAPD (Random Amplified Polymorphic DNA). Os resultados obtidos através dos testes de assimilação de fontes de carbono são importantes para diferenciação e caracterização de leveduras. Sendo, as leveduras C69,C128 e C271 com habilidade para desdobrar xilose como fonte de carbono. A técnica de RAPD obteve dois primers sozinhos não sendo suficientes para a geração de 100 bandas polimórficas para a população, levando-se em conta os resultados do tratamento 2 de 50ng: que pelo polimorfismo gerado pode-se discriminar três grupos principais e distintos: a amostra três sozinha, porém que ocupa uma similaridade com o grupo formado pelo controle e a estirpe 4, e por último o grupo formado pelas amostras 1 e 2, separados do anterior.

Development of SCAR molecular markers in Eucalyptus saligna and Eucalitus tereticornis

Fundação de Amparo à Pesquisa do Estado de São Paulo (FAPESP)

Preliminary results of random amplification of polymorphic DNA among Triatominae of the phyllosoma complex (Hemiptera, Reduviidae)

In Mexico, Triatoma longipennis (Usinger), Triatoma picturata (Usinger), and Triatoma pallidipennis (Stal), primary Chagas disease vector species of the phyllosoma complex, were analyzed by randomly amplified polymorphic DNA (RAPD). Sixteen decametric primers resolved individual profiles not identical, but partially discriminative between species. Analysis based on pairwise presence/absence comparisons between the three species was performed using three primers and two outgroup species Triatoma infestans (Klug) and Triatoma barberi (Usinger). Fifty-three bands in total were scored, although only two bands were constant among the three phyllosoma complex species. Two other bands were constant only for T. longipennis and T. picturata together, and not present in T. pallidipennis. Neighbor Joining tree and the multiple correspondence analysis discriminated T. pallidipennis clearly from the other two species, although there was overlap between T. longipennis and T. picturata. The results indicate a close relationship between the studied species and support the hypothesis of their recent evolution. The suitability of RAPD to discern populations within the species is discussed.

Evaluation of DNA polymorphisms amplified by arbitrary primers (RAPD) as genetically associated elements to differentiate virulent and non-virulent Paracoccidioides brasiliensis isolates

Randomly amplified polymorphic DNA (RAPD) analysis of 35 Paracoccidioides brasiliensis isolates was carried out to evaluate the correlation of RAPD profiles with the virulence degree or the type of the clinical manifestations of human paracoccidioidomycosis. The dendrogram presented two main groups sharing 64% genetic similarity. Group A included two isolates from patients with chronic paracoccidioidomycosis; group B comprised the following isolates showing 65% similarity: two non-virulent, six attenuated, five virulent, eight from patients with chronic paracoccidioidomycosis and two from patients with acute paracoccidioidomycosis. The virulent Pb18 isolate and six attenuated or non-virulent samples derived from it were genetically indistinguishable (100% of similarity). Thus, in our study, RAPD patterns could not discriminate among 35 P. brasiliensis isolates according to their differences either in the degree of virulence or in the type of the clinical manifestation of this fungal infection. © 2002 Federation of European Microbiological Societies. Published by Elsevier Science B.V. All rights reserved.