The ModFOLD4 server for the quality assessment of 3D protein models

Once you have generated a 3D model of a protein, how do you know whether it bears any resemblance to the actual structure? To determine the usefulness of 3D models of proteins, they must be assessed in terms of their quality by methods that predict their similarity to the native structure. The ModFOLD4 server is the latest version of our leading independent server for the estimation of both the global and local (per-residue) quality of 3D protein models. The server produces both machine readable and graphical output, providing users with intuitive visual reports on the quality of predicted protein tertiary structures. The ModFOLD4 server is freely available to all at: http://www.reading.ac.uk/bioinf/ModFOLD/.

The FunFOLD2 server for the prediction of protein-ligand interactions

The FunFOLD2 server is a new independent server that integrates our novel protein–ligand binding site and quality assessment protocols for the prediction of protein function (FN) from sequence via structure. Our guiding principles were, first, to provide a simple unified resource to make our function prediction software easily accessible to all via a simple web interface and, second, to produce integrated output for predictions that can be easily interpreted. The server provides a clean web interface so that results can be viewed on a single page and interpreted by non-experts at a glance. The output for the prediction is an image of the top predicted tertiary structure annotated to indicate putative ligand-binding site residues. The results page also includes a list of the most likely binding site residues and the types of predicted ligands and their frequencies in similar structures. The protein–ligand interactions can also be interactively visualized in 3D using the Jmol plug-in. The raw machine readable data are provided for developers, which comply with the Critical Assessment of Techniques for Protein Structure Prediction data standards for FN predictions. The FunFOLD2 webserver is freely available to all at the following web site: http://www.reading.ac.uk/bioinf/FunFOLD/FunFOLD_form_2_0.html.

The influence of system designer intention over collaborative tagging. an analysis of tagging behaviour in CiteULike and Delicious

Tagging provides support for retrieval and categorization of online content depending on users' tag choice. A number of models of tagging behaviour have been proposed to identify factors that are considered to affect taggers, such as users' tagging history. In this paper, we use Semiotics Analysis and Activity theory, to study the effect the system designer has over tagging behaviour. The framework we use shows the components that comprise the tagging system and how they interact together to direct tagging behaviour. We analysed two collaborative tagging systems: CiteULike and Delicious by studying their components by applying our framework. Using datasets from both systems, we found that 35% of CiteULike users did not provide tags compared to only 0.1% of Delicious users. This was directly linked to the type of tools used by the system designer to support tagging.

Prescription software for recovery and rehabilitation using Microsoft Kinect

Brain injuries, including stroke, can be debilitating incidents with potential for severe long term effects; many people stop making significant progress once leaving in-patient medical care and are unable to fully restore their quality of life when returning home. The aim of this collaborative project, between the Royal Berkshire NHS Foundation Trust and the University of Reading, is to provide a low cost portable system that supports a patient's condition and their recovery in hospital or at home. This is done by providing engaging applications with targeted gameplay that is individually tailored to the rehabilitation of the patient's symptoms. The applications are capable of real-time data capture and analysis in order to provide information to therapists on patient progress and to further improve the personalized care that an individual can receive.

Construção de um ambiente de desenvolvimento de software baseado em um sistema de gerência de workflow e outros produtos comerciais

Este trabalho apresenta uma arquitetura para Ambientes de Desenvolvimento de Software (ADS). Esta arquitetura é baseada em produtos comerciais de prateleira (COTS), principalmente em um Sistema de Gerência de Workflow – SGW (Microsoft Exchange 2000 Server – E2K) - e tem como plataforma de funcionamento a Internet, integrando também algumas ferramentas que fazem parte do grande conjunto de aplicativos que é utilizado no processo de desenvolvimento de software. O desenvolvimento de um protótipo (WOSDIE – WOrkflow-based Software Development Integrated Environment) baseado na arquitetura apresentada é descrito em detalhes, mostrando as etapas de construção, funções implementadas e dispositivos necessários para a integração de um SGW, ferramentas de desenvolvimento, banco de dados (WSS – Web Storage System) e outros, para a construção de um ADS. O processo de software aplicado no WOSDIE foi extraído do RUP (Rational Unified Process – Processo Unificado Rational). Este processo foi modelado na ferramenta Workflow Designer, que permite a modelagem dos processos de workflow dentro do E2K. A ativação de ferramentas a partir de um navegador Web e o armazenamento dos artefatos produzidos em um projeto de software também são abordados. O E2K faz o monitoramento dos eventos que ocorrem dentro do ambiente WOSDIE, definindo, a partir das condições modeladas no Workflow Designer, quais atividades devem ser iniciadas após o término de alguma atividade anterior e quem é o responsável pela execução destas novas atividades (assinalamento de atividades). A arquitetura proposta e o protótipo WOSDIE são avaliados segundo alguns critérios retirados de vários trabalhos. Estas avaliações mostram em mais detalhes as características da arquitetura proposta e proporcionam uma descrição das vantagens e problemas associados ao WOSDIE.

Anuário de pesquisa 2013-2014

Este anuário apresenta sínteses de pesquisas realizadas pelos professores pesquisadores da FGV-EAESP. Os trabalhos foram financiados pelo GVpesquisa, nossa área de apoio às atividades de pesquisa, em quatro categorias, sendo duas de apoio individual, relacionadas a projetos realizados com apoio da bolsa balcão e da bolsa colegiado, e duas de apoio coletivo, relacionadas a projetos de Linhas de Pesquisa e de Centros de Estudos. Os textos oferecem uma visão panorâmica da contribuição dos pesquisadores da FGV-EAESP para o desenvolvimento da Administração no Brasil. Oferecem, também, indicações para a construção de uma agenda de pesquisa, para o presente e para o futuro. Como parte das comemorações de 60 anos da FGV-EAESP, este anuário traz, ainda, seis entrevistas especiais sobre administração de empresas, administração pública e gestão pública, finanças, marketing, operações e tecnologia de informação. Registramos nosso agradecimento aos professores entrevistados – Carlos Osmar Bertero, Fernando de Souza Meirelles, João Mário Csillag, Juracy Gomes Parente e Luiz Artur Ledur Brito, Luiz Carlos Bresser Pereira e William Eid Jr. – que partilharam sua valiosa perspectiva sobre a evolução do campo da Administração e sobre o papel da FGV-EAESP. As sínteses das pesquisas foram preparadas pelos jornalistas Adriana Wilner, Anne Dias, Elisa Correa e Lucas Callegari. O projeto gráfico foi conduzido pela designer Cris Tassi, e a coordenação geral do projeto coube a Ana Paula Rodrigues Diniz, da equipe GVpesquisa. A preparação das sínteses contou com apoio dos próprios autores.

Anuário de pesquisa 2012-2013

Este anuário apresenta sínteses de pesquisas realizadas pelos professores pesquisadores da FGV-EAESP. Os trabalhos foram financiados pelo GVpesquisa, nossa área de apoio às atividades de pesquisa, em quatro categorias, sendo duas de apoio individual e duas de apoio coletivo, relacionadas a projetos de Linhas de Pesquisa e de Centros de Estudo. Este anuário traz, também, cinco matérias sobre temas que têm ganhado destaque na FGV-EAESP e reflete áreas emergentes de expertise da instituição: competitividade internacional, qualidade da gestão pública, políticas de desenvolvimento, economia verde e inclusiva, e educação e capital humano. Examinados em conjunto, estes textos oferecem uma visão panorâmica da diversidade e da riqueza das reflexões realizadas pelos pesquisadores da instituição. Permitem, ainda, identificar oportunidades para futuros desenvolvimentos, tanto teóricos como de aplicação prática. As sínteses das pesquisas foram preparadas pelos jornalistas Lucas Callegari e Adriana Wilner. As matérias foram escritas pelas jornalistas Verônica Couto e Adriana Wilner. O projeto gráfico foi conduzido pela designer Cris Tassi, e a coordenação geral do projeto coube a Daniela Mansour M. da Silveira, da equipe GVpesquisa. A preparação das sínteses contou com decisivo apoio dos próprios autores.

Uma linguagem de modelagem da interação para auxiliar a comunicação designer-usuário

The development of interactive systems involves several professionals and the integration between them normally uses common artifacts, such as models, that drive the development process. In the model-driven development approach, the interaction model is an artifact that includes the most of the aspects related to what and how the user can do while he/she interacting with the system. Furthermore, the interactive model may be used to identify usability problems at design time. Therefore, the central problematic addressed by this thesis is twofold. In the first place, the interaction modeling, in a perspective that helps the designer to explicit to developer, who will implement the interface, the aspcts related to the interaction process. In the second place, the anticipated identification of usability problems, that aims to reduce the application final costs. To achieve these goals, this work presents (i) the ALaDIM language, that aims to help the designer on the conception, representation and validation of his interactive message models; (ii) the ALaDIM editor, which was built using the EMF (Eclipse Modeling Framework) and its standardized technologies by OMG (Object Management Group); and (iii) the ALaDIM inspection method, which allows the anticipated identification of usability problems using ALaDIM models. ALaDIM language and editor were respectively specified and implemented using the OMG standards and they can be used in MDA (Model Driven Architecture) activities. Beyond that, we evaluated both ALaDIM language and editor using a CDN (Cognitive Dimensions of Notations) analysis. Finally, this work reports an experiment that validated the ALaDIM inspection method

Desenvolvimento de um sistema de laudos histopatológicos baseado na plataforma microsoft .net 2.0

Coordenação de Aperfeiçoamento de Pessoal de Nível Superior (CAPES)

O papel do designer contemporâneo a partir das contribuições europeias na formação do profissional

This article presents a reflection on the profession of designer from the historical period for the pre-industrial revolution approaching the figure of the industrial designer in France and emphasizes the special attention given to it in England as the focus of the Industrial Revolution. Deals with some of the changes that the designer profession suffered along the way, that these changes occur in parallel to social, economic, technological. This study also reflects on the role of the professional in contemporary society and the challenges facing the profession.

Progetto, sviluppo e messa in opera di un server per cartografia digitale attiva

La tesi riguarda la creazione di una architettura che ha lo scopo di far interagire attivamente un utente con una mappa digitale tramite browser web e un applicativo che calcola dei percorsi in base ad un algoritmo di ottimizzazione. Un ambito interessante, attuale e che avrà, molto probabilmente, notevoli sviluppi futuri. Basti pensare per esempio a come le persone interagiscono con le mappe digitali tramite i famosi Google Maps o Google Earth, Bing Maps e OpenStreetMap. Questa interazione è diventata talmente naturale che è ormai intuitivo ruotare la rotellina del mouse per zoomare oppure tenere premuto il tasto sinistro per trascinare la mappa. Spesso questi applicativi web offrono servizi per il calcolo di percorsi, o rilasciano anche delle API per interagire e personalizzare alcuni aspetti, anche se spesso in modo limitato per questioni di copyright. In questo contesto entrano in gioco associazioni, singoli individui e fondazioni che creano software e standard fruibili da chiunque per creare applicativi e architetture personalizzate senza vincoli di diritti troppo limitanti. In questa tesi viene mostrato un approccio che permette una personalizzazione molto dettagliata e un'alta interoperabilità con queste applicazioni specifiche. Ma tutti questi aspetti positivi sono fruibili, per ora, solo mediante supporto umano avente un bagaglio di esperienze tecniche adeguate.

Progettazione e sviluppo di applicazioni distribuite su Web: da JavaScript a TypeScript

Il Web nel corso della sua esistenza ha subito un mutamento dovuto in parte dalle richieste del mercato, ma soprattutto dall’evoluzione e la nascita costante delle numerose tecnologie coinvolte in esso. Si è passati da un’iniziale semplice diffusione di contenuti statici, ad una successiva collezione di siti web, dapprima con limitate presenze di dinamicità e interattività (a causa dei limiti tecnologici), ma successivamente poi evoluti alle attuali applicazioni web moderne che hanno colmato il gap con le applicazioni desktop, sia a livello tecnologico, che a livello di diffusione effettiva sul mercato. Tali applicazioni web moderne possono presentare un grado di complessità paragonabile in tutto e per tutto ai sistemi software desktop tradizionali; le tecnologie web hanno subito nel tempo un evoluzione legata ai cambiamenti del web stesso e tra le tecnologie più diffuse troviamo JavaScript, un linguaggio di scripting nato per dare dinamicità ai siti web che si ritrova tutt’ora ad essere utilizzato come linguaggio di programmazione di applicazioni altamente strutturate. Nel corso degli anni la comunità di sviluppo che ruota intorno a JavaScript ha prodotto numerose librerie al supporto del linguaggio dotando così gli sviluppatori di un linguaggio completo in grado di far realizzare applicazioni web avanzate. Le recenti evoluzioni dei motori javascript presenti nei browser hanno inoltre incrementato le prestazioni del linguaggio consacrandone la sua leadership nei confronti dei linguaggi concorrenti. Negli ultimi anni a causa della crescita della complessità delle applicazioni web, javascript è stato messo molto in discussione in quanto come linguaggio non offre le classiche astrazioni consolidate nel tempo per la programmazione altamente strutturata; per questo motivo sono nati linguaggi orientati alla programmazione ad oggetti per il web che si pongono come obiettivo la risoluzione di questo problema: tra questi si trovano linguaggi che hanno l’ambizione di soppiantare JavaScript come ad esempio Dart creato da Google, oppure altri che invece sfruttano JavaScript come linguaggio base al quale aggiungono le caratteristiche mancanti e, mediante il processo di compilazione, producono codice JavaScript puro compatibile con i motori JavaScript presenti nei browser. JavaScript storicamente fu introdotto come linguaggio sia per la programmazione client-side, che per la controparte server-side, ma per vari motivi (la forte concorrenza, basse performance, etc.) ebbe successo solo come linguaggio per la programmazione client; le recenti evoluzioni del linguaggio lo hanno però riportato in auge anche per la programmazione server-side, soprattutto per i miglioramenti delle performance, ma anche per la sua naturale predisposizione per la programmazione event-driven, paradigma alternativo al multi-threading per la programmazione concorrente. Un’applicazione web di elevata complessità al giorno d’oggi può quindi essere interamente sviluppata utilizzando il linguaggio JavaScript, acquisendone sia i suoi vantaggi che gli svantaggi; le nuove tecnologie introdotte ambiscono quindi a diventare la soluzione per i problemi presenti in JavaScript e di conseguenza si propongono come potenziali nuovi linguaggi completi per la programmazione web del futuro, anticipando anche le prossime evoluzioni delle tecnologie già esistenti preannunciate dagli enti standard della programmazione web, il W3C ed ECMAScript. In questa tesi saranno affrontate le tematiche appena introdotte confrontando tra loro le tecnologie in gioco con lo scopo di ottenere un’ampia panoramica delle soluzioni che uno sviluppatore web dovrà prendere in considerazione per realizzare un sistema di importanti dimensioni; in particolare sarà approfondito il linguaggio TypeScript proposto da Microsoft, il quale è nato in successione a Dart apparentemente con lo stesso scopo, ma grazie alla compatibilità con JavaScript e soprattutto con il vasto mondo di librerie legate ad esso nate in questi ultimi anni, si presenta nel mercato come tecnologia facile da apprendere per tutti gli sviluppatori che già da tempo hanno sviluppato abilità nella programmazione JavaScript.

Progettazione di un'applicazione web-oriented per la gestione di un sistema informativo aziendale

L’azienda committente vuole ampliare la possibilità di accedere al suo database, sia dall’esterno che dall’interno, non solamente da parte di un unico utente amministratore, ma anche da tutti gli agenti distribuiti sul territorio nazionale e tutti gli impiegati degli uffici. Si vuole inoltre creare un sistema di notifiche via email che permetta a tutti gli utenti (agenti) registrati di avere in tempo reale informazioni sempre aggiornate riguardo i propri clienti. La ditta si chiama Tropical Lane S.p.A. e vuole realizzare questo progetto per rendere maggiormente accessibili le informazioni per i propri agenti, distribuiti nelle varie regioni italiane, direttamente tramite un loro dispositivo mobile, come smartphone o tablet, senza dover necessariamente telefonare continuamente in ditta dove è presente una segretaria che svolge solamente questa mansione. In questo modo si cerca di velocizzare la procedura di accesso ai dati così da liberare una risorsa utile per lo svolgimento di altre funzioni interne. Si è deciso quindi di creare un sito web, basato su tecnologia Active Server Pages e interfacciato al database aziendale, che sia fruibile dall’esterno della rete aziendale e sul quale vengono mostrati i dati, organizzati in modo da essere facilmente comprensibili e visualizzabili da tutti. La realizzazione del sito è stata effettuata utilizzando notepad++ sia per le pagine ASP che per le poche pagine di HTML statico presenti. Gli script sono stati realizzati in linguaggio Javascript, compatibile con le specifiche dei browser più diffusi. Il sito è supportato da un unico database realizzato in precedenza con Microsoft SQL ed integrato.