907 resultados para MIXED MODELS
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The Queensland east coast trawl fishery is by far the largest prawn and scallop otter trawl fleet in Australia in terms of number of vessels, with 504 vessels licensed to fish for species including tiger prawns, endeavour prawns, red spot king prawns, eastern king prawns and saucer scallops by the end of 2004. The vessel fleet has gradually upgraded characteristics such as engine power and use of propeller nozzles, quad nets, global positioning systems (GPS) and computer mapping software. These changes, together with the ever-changing profile of the fleet, were analysed by linear mixed models to quantify annual efficiency increases of an average vessel at catching prawns or scallops. The analyses included vessel characteristics (treated as fixed effects) and vessel identifier codes (treated as random effects). For the period from 1989 to 2004 the models estimated overall fishing power increases of 6% in the northern tiger, 6% in the northern endeavour, 12% in the southern tiger, 18% in the red spot king, 46% in the eastern king prawn and 15% in the saucer scallop sector. The results illustrate the importance of ongoing monitoring of vessel and fleet characteristics and the need to use this information to standardise catch rate indices used in stock assessment and management.
The use of genetic correlations to evaluate associations between SNP markers and quantitative traits
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Open-pollinated progeny of Corymbia citriodora established in replicated field trials were assessed for stem diameter, wood density, and pulp yield prior to genotyping single nucleotide polymorphisms (SNP) and testing the significance of associations between markers and assessment traits. Multiple individuals within each family were genotyped and phenotyped, which facilitated a comparison of standard association testing methods and an alternative method developed to relate markers to additive genetic effects. Narrow-sense heritability estimates indicated there was significant additive genetic variance within this population for assessment traits ( h ˆ 2 =0.28to0.44 ) and genetic correlations between the three traits were negligible to moderate (r G = 0.08 to 0.50). The significance of association tests (p values) were compared for four different analyses based on two different approaches: (1) two software packages were used to fit standard univariate mixed models that include SNP-fixed effects, (2) bivariate and multivariate mixed models including each SNP as an additional selection trait were used. Within either the univariate or multivariate approach, correlations between the tests of significance approached +1; however, correspondence between the two approaches was less strong, although between-approach correlations remained significantly positive. Similar SNP markers would be selected using multivariate analyses and standard marker-trait association methods, where the former facilitates integration into the existing genetic analysis systems of applied breeding programs and may be used with either single markers or indices of markers created with genomic selection processes.
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The influence of grazing management on total soil organic carbon (SOC) and soil total nitrogen (TN) in tropical grasslands is an issue of considerable ecological and economic interest. Here we have used linear mixed models to investigate the effect of grazing management on stocks of SOC and TN in the top 0.5 m of the soil profile. The study site was a long-term pasture utilization experiment, 26 years after the experiment was established for sheep grazing on native Mitchell grass (Astrebla spp.) pasture in northern Australia. The pasture utilization rates were between 0% (exclosure) and 80%, assessed visually. We found that a significant amount of TN had been lost from the top 0.1 m of the soil profile as a result of grazing, with 80% pasture utilization resulting in a loss of 84 kg ha−1 over the 26-year period. There was no significant effect of pasture utilization rate on TN when greater soil depths were considered. There was no significant effect of pasture utilization rate on stocks of SOC and soil particulate organic carbon (POC), or the C:N ratio at any depth; however, visual trends in the data suggested some agreement with the literature, whereby increased grazing pressure appeared to: (i) decrease SOC and POC stocks; and, (ii) increase the C:N ratio. Overall, the statistical power of the study was limited, and future research would benefit from a more comprehensive sampling scheme. Previous studies at the site have found that a pasture utilization rate of 30% is sustainable for grazing production on Mitchell grass; however, given our results, we conclude that N inputs (possibly through management of native N2-fixing pasture legumes) should be made for long-term maintenance of soil health, and pasture productivity, within this ecosystem.
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Bats of the genus Pteropus (flying-foxes) are the natural host of Hendra virus (HeV) which periodically causes fatal disease in horses and humans in Australia. The increased urban presence of flying-foxes often provokes negative community sentiments because of reduced social amenity and concerns of HeV exposure risk, and has resulted in calls for the dispersal of urban flying-fox roosts. However, it has been hypothesised that disturbance of urban roosts may result in a stress-mediated increase in HeV infection in flying-foxes, and an increased spillover risk. We sought to examine the impact of roost modification and dispersal on HeV infection dynamics and cortisol concentration dynamics in flying-foxes. The data were analysed in generalised linear mixed models using restricted maximum likelihood (REML). The difference in mean HeV prevalence in samples collected before (4.9%), during (4.7%) and after (3.4%) roost disturbance was small and non-significant (P = 0.440). Similarly, the difference in mean urine specific gravity-corrected urinary cortisol concentrations was small and non-significant (before = 22.71 ng/mL, during = 27.17, after = 18.39) (P= 0.550). We did find an underlying association between cortisol concentration and season, and cortisol concentration and region, suggesting that other (plausibly biological or environmental) variables play a role in cortisol concentration dynamics. The effect of roost disturbance on cortisol concentration approached statistical significance for region, suggesting that the relationship is not fixed, and plausibly reflecting the nature and timing of disturbance. We also found a small positive statistical association between HeV excretion status and urinary cortisol concentration. Finally, we found that the level of flying-fox distress associated with roost disturbance reflected the nature and timing of the activity, highlighting the need for a ‘best practice’ approach to dispersal or roost modification activities. The findings usefully inform public discussion and policy development in relation to Hendra virus and flying-fox management.
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- Objective To evaluate dietary intake impact outcomes up to 3.5 years after the NOURISH early feeding intervention (concealed allocation, assessor masked RCT). - Methods 698 first-time mothers with healthy term infants were allocated to receive anticipatory guidance on protective feeding practices or usual care. Outcomes were assessed at 2, 3.7 and 5 years (3.5 years post-intervention). Dietary intake was assessed by 24-hour recall and Child Dietary Questionnaire. Mothers completed a food preference questionnaire and Children’s Eating Behaviour Questionnaire. Linear mixed models assessed group, time and time x group effects. - Results There were no group or time x group effects for fruit, vegetables, discretionary food and non-milk sweetened beverages intake. Intervention children showed a higher preference for fruits (74.6% vs 69.0% liked, P<.001), higher Child Dietary Questionnaire score for fruit and vegetables (15.3 vs 14.5, target>18, P=0.03), lower food responsiveness (2.3 vs 2.4, of maximum 5, P=.04) and higher satiety responsiveness (3.1 vs 3.0, of maximum 5, P=.04). - Conclusions Compared to usual care, an early feeding intervention providing anticipatory guidance regarding positive feeding practices led to small improvements in child dietary score, food preferences and eating behaviours up to 5 years of age, but not in dietary intake measured by 24-hour recall.
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PURPOSE To examine longitudinal changes in choroidal thickness and axial length in a population of children with a range of refractive errors. METHODS One hundred and one children (41 myopes and 60 nonmyopes) aged 10 to 15 years participated in this prospective, observational longitudinal study. For each child, 6-month measures of choroidal thickness (using enhanced depth imaging optical coherence tomography) and axial ocular biometry were collected four times over an 18-month period. Linear mixed-models were used to examine the longitudinal changes in choroidal thickness and the relationship between changes in choroidal thickness and axial eye growth over the study period. RESULTS A significant group mean increase in subfoveal choroidal thickness was observed over 18 months (mean increase 13 6 22 lm, P < 0.001). Myopic children exhibited significantly thinner choroids compared with nonmyopic children (P < 0.001), although there was no significant time by refractive group interaction (P ¼ 0.46), indicating similar changes in choroidal thickness over time in myopes and nonmyopes. However, a significant association between the change in choroidal thickness and the change in axial length over time was found (P < 0.001, β = −0.14). Children showing faster axial eye growth exhibited significantly less choroidal thickening over time compared with children showing slower axial eye growth. CONCLUSIONS A significant increase in choroidal thickness occurs over an 18-month period in normal 10- to 15-year-old children. Children undergoing faster axial eye growth exhibited less thickening and, in some cases, a thinning of the choroid. These findings support a potential role for the choroid in the mechanisms regulating eye growth in childhood.
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Introduction Recent reports have highlighted the prevalence of vitamin D deficiency and suggested an association with excess mortality in critically ill patients. Serum vitamin D concentrations in these studies were measured following resuscitation. It is unclear whether aggressive fluid resuscitation independently influences serum vitamin D. Methods Nineteen patients undergoing cardiopulmonary bypass were studied. Serum 25(OH)D3, 1α,25(OH)2D3, parathyroid hormone, C-reactive protein (CRP), and ionised calcium were measured at five defined timepoints: T1 - baseline, T2 - 5 minutes after onset of cardiopulmonary bypass (CPB) (time of maximal fluid effect), T3 - on return to the intensive care unit, T4 - 24 hrs after surgery and T5 - 5 days after surgery. Linear mixed models were used to compare measures at T2-T5 with baseline measures. Results Acute fluid loading resulted in a 35% reduction in 25(OH)D3 (59 ± 16 to 38 ± 14 nmol/L, P < 0.0001) and a 45% reduction in 1α,25(OH)2D3 (99 ± 40 to 54 ± 22 pmol/L P < 0.0001) and i(Ca) (P < 0.01), with elevation in parathyroid hormone (P < 0.0001). Serum 25(OH)D3 returned to baseline only at T5 while 1α,25(OH)2D3 demonstrated an overshoot above baseline at T5 (P < 0.0001). There was a delayed rise in CRP at T4 and T5; this was not associated with a reduction in vitamin D levels at these time points. Conclusions Hemodilution significantly lowers serum 25(OH)D3 and 1α,25(OH)2D3, which may take up to 24 hours to resolve. Moreover, delayed overshoot of 1α,25(OH)2D3 needs consideration. We urge caution in interpreting serum vitamin D in critically ill patients in the context of major resuscitation, and would advocate repeating the measurement once the effects of the resuscitation have abated.
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"In rats, sucking milk reduces anxiety and promotes non-rapid eye movement (NREM) sleep, and in calves it induces resting but the effect on sleep is unknown. Here, we investigated how calves' sleep was affected by colostrum feeding methods. Forty-one calves were blocked by birth date and randomly allotted within blocks to the experimental treatments. Calves were housed for four days either with their dam (DAM) or individually with warm colostrum feeding (2 L four times a day) from either a teat bucket (TEAT) or an open bucket (BUCKET). DAM calves suckled their dam freely. Calves' sleeping and sucking behaviour was filmed continuously for 48 h at the ages of two and three days. Behavioural sleep (BS) was defined as calves resting at least 30 s with their head still and raised (non-rapid eye movement) or with their head against their body or the ground (rapid eye movement, REM). Latency from the end of colostrum feeding to the start of BS was recorded. We compared behaviour of TEAT calves with that of DAM and BUCKET calves using mixed models. Milk meal duration was significantly longer for TEAT calves than for BUCKET calves (mean +/- S.E.M.; 8.3 +/- 0.6 min vs. 5.2 +/- 0.6 min), but equal to that of DAM calves. We found no effect of feeding method on the duration of daily BS (12 h 59 min I h 38 min) but we found a tendency for the daily amount of NREM sleep; BUCKET calves had less NREM sleep per day than TEAT calves (6 h 18 min vs. 7 h 48 min, S.E.M. = 45 min) and also longer latencies from milk ingestion to BS (21.9 +/- 2.0 min vs. 16.2 +/- 2.0 min). DAM calves slept longer bouts than TEAT calves (10.8 +/- 1.0 min vs. 8.3 +/- 1.0 min) and less often (78 +/- 4 vs. 92 +/- 4). Sucking colostrum from a teat bucket compared with drinking from an open"
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Esta tese investiga os efeitos agudos da poluição atmosférica no pico de fluxo expiratório (PFE) de escolares com idades entre 6 e 15 anos, residentes em municípios da Amazônia Brasileira. O primeiro artigo avaliou os efeitos do material particulado fino (PM2,5) no PFE de 309 escolares do município de Alta Floresta, Mato Grosso (MT), durante a estação seca de 2006. Modelos de efeitos mistos foram estimados para toda a amostra e estratificados por turno escolar e presença de sintomas de asma. O segundo artigo expõe as estratégias utilizadas para a determinação da função de variância do erro aleatório dos modelos de efeitos mistos. O terceiro artigo analisa os dados do estudo de painel com 234 escolares, realizado na estação seca de 2008 em Tangará da Serra, MT. Avaliou-se os efeitos lineares e com defasagem distribuída (PDLM) do material particulado inalável (PM10), do PM2,5 e do Black Carbon (BC) no PFE de todos os escolares e estratificados por grupos de idade. Nos três artigos, os modelos de efeitos mistos foram ajustados por tendência temporal, temperatura, umidade e características individuais. Os modelos também consideraram o ajuste da autocorrelação residual e da função de variância do erro aleatório. Quanto às exposições, foram avaliados os efeitos das exposições de 5hs, 6hs, 12hs e 24hs, no dia corrente, com defasagens de 1 a 5 dias e das médias móveis de 2 e 3 dias. No que se refere aos resultados de Alta Floresta, os modelos para todas as crianças indicaram reduções no PFE variando de 0,26 l/min (IC95%: 0,49; 0,04) a 0,38 l/min (IC95%: 0,71; 0,04), para cada aumento de 10g/m3 no PM2,5. Não foram observados efeitos significativos da poluição no grupo das crianças asmáticas. A exposição de 24hs apresentou efeito significativo no grupo de alunos da tarde e no grupo dos não asmáticos. A exposição de 0hs a 5:30hs foi significativa tanto para os alunos da manhã quanto para a tarde. Em Tangará da Serra, os resultados mostraram reduções significativas do PFE para aumentos de 10 unidades do poluente, principalmente para as defasagens de 3, 4 e 5 dias. Para o PM10, as reduções variaram de 0,15 (IC95%: 0,29; 0,01) a 0,25 l/min (IC95%: 0,40 ; 0,10). Para o PM2,5, as reduções estiveram entre 0,46 l/min (IC95%: 0,86 to 0,06 ) e 0,54 l/min (IC95%: 0,95; 0,14). E no BC, a redução foi de aproximadamente 0,014 l/min. Em relação ao PDLM, efeitos mais importantes foram observados nos modelos baseados na exposição do dia corrente até 5 dias passados. O efeito global foi significativo apenas para o PM10, com redução do PFE de 0,31 l/min (IC95%: 0,56; 0,05). Esta abordagem também indicou efeitos defasados significativos para todos os poluentes. Por fim, o estudo apontou as crianças de 6 a 8 anos como grupo mais sensível aos efeitos da poluição. Os achados da tese sugerem que a poluição atmosférica decorrente da queima de biomassa está associada a redução do PFE de crianças e adolescentes com idades entre 6 e 15 anos, residentes na Amazônia Brasileira.
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Esta tese é composta por três artigos que veiculam os resultados da realização e análise de uma intervenção de base escolar com o objetivo de reduzir o ganho de peso excessivo em adolescentes. O ensaio, denominado PAPPAS (Pais, Alunos e Professores Pela Alimentação Saudável), foi conduzido com alunos do 5 ano de vinte escolas públicas do município de Duque de Caxias, Rio de Janeiro. As atividades desenvolvidas durante o ano letivo de 2010 desencorajaram o consumo de bebidas adoçadas e biscoitos e estimularam o consumo de feijão e frutas. Pais/ responsáveis e professores receberam informação e material de divulgação sobre os mesmos temas abordados em sala de aula. O consumo de alimentos foi avaliado por meio de um questionário de frequência alimentar aplicado ao início e ao final do estudo. A aferição do peso e da estatura se deu em três momentos: na linha de base, na metade do ano letivo e ao fim do estudo. Para as análises longitudinais, empregou-se modelos generalizados lineares mistos, que levam em conta tanto os dados faltantes quanto o efeito de conglomerado. No primeiro artigo é apresentado o efeito da intervenção no Índice de Massa Corporal (IMC) dos estudantes. Análise por intenção de tratamento revelou que a alteração no IMC dos adolescentes ao longo do tempo não foi estatisticamente diferente entre os grupos intervenção e controle. Observou-se redução estatisticamente significativa no consumo de bebidas adoçadas e biscoitos e aumento no consumo de frutas nos participantes do grupo intervenção quando comparados aos do grupo controle. Pôde-se concluir que estratégias baseadas exclusivamente na qualidade da dieta podem não levar à alterações no peso corporal de adolescentes. No segundo artigo verificou-se a influência do estágio de prontidão para modificação dos hábitos alimentares dos adolescentes na alteração do consumo de refrigerantes, biscoitos e frutas. Observou-se maior alteração no consumo dentre os participantes do grupo intervenção que se encontravam nos estágios de ação na linha de base (relataram já ter alterado seus hábitos alimentares), sugerindo que essa estratégia pode auxiliar em estudos de intervenção visando à alteração do comportamento. O terceiro artigo revisou evidências do ajuste inadequado para características da linha de base, em análises de ensaios randomizados de base escolar que objetivaram alteração no estado nutricional de adolescentes. Foram avaliados 37 estudos e 35% apresentaram desbalanceamento estatisticamente significativo para o IMC na linha de base. Concluiu-se que o ajuste para o IMC na linha de base é frequente em ensaios comunitários randomizados, porém, esta prática força um balanço, que pode levar à resultados espúrios sobre o efeito do tratamento. Os resultados dos artigos 2 e 3 permitem explicar, ao menos em parte, as inconsistências nos resultados de estudos de intervenções voltadas para alteração de hábitos alimentares em escolares.
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Essa tese teve como objetivo avaliar a associação do consumo de padrões alimentares e produtos alimentícios ultraprocessados (UP) sobre indicadores antropométricos e sua variação entre adolescentes. Para tal, foram analisados os dados de 1.031 estudantes de quatro escolas privadas e duas escolas públicas da região metropolitana do Rio de Janeiro que foram acompanhados por três anos consecutivos (2010 a 2012) no Estudo Longitudinal de Avaliação Nutricional de adolescentes (ELANA). Os resultados estão apresentados em três manuscritos que compõem a tese. O primeiro manuscrito identificou três padrões alimentares: Ocidental, composto por massas, embutidos e bacon, carnes, doces, bebidas açucaradas, salgados e fast food, biscoito, pães e cereais, leite e derivados e ovos, o Saudável, caracterizado por peixes, hortaliças, verduras, raízes e feculentos, frutas e sucos e o Arroz/Feijão, composto pelo consumo de arroz, feijão e café. Na análise dos dados na linha de base o padrão Ocidental associou-se a um menor índice de massa corporal (IMC) e não foi observada associação estatisticamente significativa em relação ao percentual de gordura corpórea (%GC) e o padrão em questão. Adicionalmente, foi verificada uma associação negativa entre o padrão Arroz/Feijão e ambos os indicadores antropométricos sugerindo que esse padrão de consumo tradicional possa ser protetor para a obesidade. No segundo manuscrito avaliou-se a relação entre o consumo de UP e indicadores de qualidade da dieta. O consumo de UP foi avaliado em gramas por dia e em gramas/total de calorias. Observou-se um aumento das variáveis marcadoras de alimentação não saudável e saudável com o aumento do consumo de UP. No entanto, quando relacionados ao aumento de consumo de UP/energia observou-se um aumento de marcadores de alimentação não saudável e, com exceção da vitamina C, uma redução de marcadores de alimentação saudável. Assim, a densidade do consumo de UP mostrou-se um bom indicador de qualidade da dieta entre adolescentes. No terceiro manuscrito avaliou-se a associação entre o consumo de UP e a evolução temporal do IMC e %GC. A análise longitudinal por modelos lineares mistos, que levam em conta todas as observações ao longo do tempo, indicou que nas análises não ajustados havia uma associação negativa entre consumo de UP e o IMC e %GC, porém nas análises de UP/energia e nas análises ajustadas por atividade física e uma variável de controle para a qualidade do relato não mais foram observadas associações com o consumo de UP e as medidas antropométricas de adiposidade. Pode-se concluir que não evidenciamos associação do consumo de UP com medidas antropométricas de obesidade uma vez que o consumo elevado de UP associado ao crescimento do %GC nas análises transversais, não se manteve nas análises longitudinais. A discrepância entre os achados dos estudos seccionais e os longitudinais pode decorrer de confundimento residual nos estudos seccionais. Conclui-se, que para redução do ganho excessivo de peso, orientações relativas exclusivamente a um padrão de alimentação saudável que incorpora a ideia de UP, devem ser acompanhadas de redução da quantidade de alimentos consumidos.
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Essa tese teve como objetivo avaliar a associação do consumo de padrões alimentares e produtos alimentícios ultraprocessados (UP) sobre indicadores antropométricos e sua variação entre adolescentes. Para tal, foram analisados os dados de 1.031 estudantes de quatro escolas privadas e duas escolas públicas da região metropolitana do Rio de Janeiro que foram acompanhados por três anos consecutivos (2010 a 2012) no Estudo Longitudinal de Avaliação Nutricional de adolescentes (ELANA). Os resultados estão apresentados em três manuscritos que compõem a tese. O primeiro manuscrito identificou três padrões alimentares: Ocidental, composto por massas, embutidos e bacon, carnes, doces, bebidas açucaradas, salgados e fast food, biscoito, pães e cereais, leite e derivados e ovos, o Saudável, caracterizado por peixes, hortaliças, verduras, raízes e feculentos, frutas e sucos e o Arroz/Feijão, composto pelo consumo de arroz, feijão e café. Na análise dos dados na linha de base o padrão Ocidental associou-se a um menor índice de massa corporal (IMC) e não foi observada associação estatisticamente significativa em relação ao percentual de gordura corpórea (%GC) e o padrão em questão. Adicionalmente, foi verificada uma associação negativa entre o padrão Arroz/Feijão e ambos os indicadores antropométricos sugerindo que esse padrão de consumo tradicional possa ser protetor para a obesidade. No segundo manuscrito avaliou-se a relação entre o consumo de UP e indicadores de qualidade da dieta. O consumo de UP foi avaliado em gramas por dia e em gramas/total de calorias. Observou-se um aumento das variáveis marcadoras de alimentação não saudável e saudável com o aumento do consumo de UP. No entanto, quando relacionados ao aumento de consumo de UP/energia observou-se um aumento de marcadores de alimentação não saudável e, com exceção da vitamina C, uma redução de marcadores de alimentação saudável. Assim, a densidade do consumo de UP mostrou-se um bom indicador de qualidade da dieta entre adolescentes. No terceiro manuscrito avaliou-se a associação entre o consumo de UP e a evolução temporal do IMC e %GC. A análise longitudinal por modelos lineares mistos, que levam em conta todas as observações ao longo do tempo, indicou que nas análises não ajustados havia uma associação negativa entre consumo de UP e o IMC e %GC, porém nas análises de UP/energia e nas análises ajustadas por atividade física e uma variável de controle para a qualidade do relato não mais foram observadas associações com o consumo de UP e as medidas antropométricas de adiposidade. Pode-se concluir que não evidenciamos associação do consumo de UP com medidas antropométricas de obesidade uma vez que o consumo elevado de UP associado ao crescimento do %GC nas análises transversais, não se manteve nas análises longitudinais. A discrepância entre os achados dos estudos seccionais e os longitudinais pode decorrer de confundimento residual nos estudos seccionais. Conclui-se, que para redução do ganho excessivo de peso, orientações relativas exclusivamente a um padrão de alimentação saudável que incorpora a ideia de UP, devem ser acompanhadas de redução da quantidade de alimentos consumidos.
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BACKGROUND: Despite the impact of hypertension and widely accepted target values for blood pressure (BP), interventions to improve BP control have had limited success. OBJECTIVES: We describe the design of a 'translational' study that examines the implementation, impact, sustainability, and cost of an evidence-based nurse-delivered tailored behavioral self-management intervention to improve BP control as it moves from a research context to healthcare delivery. The study addresses four specific aims: assess the implementation of an evidence-based behavioral self-management intervention to improve BP levels; evaluate the clinical impact of the intervention as it is implemented; assess organizational factors associated with the sustainability of the intervention; and assess the cost of implementing and sustaining the intervention. METHODS: The project involves three geographically diverse VA intervention facilities and nine control sites. We first conduct an evaluation of barriers and facilitators for implementing the intervention at intervention sites. We examine the impact of the intervention by comparing 12-month pre/post changes in BP control between patients in intervention sites versus patients in the matched control sites. Next, we examine the sustainability of the intervention and organizational factors facilitating or hindering the sustained implementation. Finally, we examine the costs of intervention implementation. Key outcomes are acceptability and costs of the program, as well as changes in BP. Outcomes will be assessed using mixed methods (e.g., qualitative analyses--pattern matching; quantitative methods--linear mixed models). DISCUSSION: The study results will provide information about the challenges and costs to implement and sustain the intervention, and what clinical impact can be expected.
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Lipoprotein-associated phospholipase A(2) (Lp-PLA(2)) is an emerging risk factor and therapeutic target for cardiovascular disease. The activity and mass of this enzyme are heritable traits, but major genetic determinants have not been explored in a systematic, genome-wide fashion. We carried out a genome-wide association study of Lp-PLA(2) activity and mass in 6,668 Caucasian subjects from the population-based Framingham Heart Study. Clinical data and genotypes from the Affymetrix 550K SNP array were obtained from the open-access Framingham SHARe project. Each polymorphism that passed quality control was tested for associations with Lp-PLA(2) activity and mass using linear mixed models implemented in the R statistical package, accounting for familial correlations, and controlling for age, sex, smoking, lipid-lowering-medication use, and cohort. For Lp-PLA(2) activity, polymorphisms at four independent loci reached genome-wide significance, including the APOE/APOC1 region on chromosome 19 (p = 6 x 10(-24)); CELSR2/PSRC1 on chromosome 1 (p = 3 x 10(-15)); SCARB1 on chromosome 12 (p = 1x10(-8)) and ZNF259/BUD13 in the APOA5/APOA1 gene region on chromosome 11 (p = 4 x 10(-8)). All of these remained significant after accounting for associations with LDL cholesterol, HDL cholesterol, or triglycerides. For Lp-PLA(2) mass, 12 SNPs achieved genome-wide significance, all clustering in a region on chromosome 6p12.3 near the PLA2G7 gene. Our analyses demonstrate that genetic polymorphisms may contribute to inter-individual variation in Lp-PLA(2) activity and mass.
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BACKGROUND: Dropouts and missing data are nearly-ubiquitous in obesity randomized controlled trails, threatening validity and generalizability of conclusions. Herein, we meta-analytically evaluate the extent of missing data, the frequency with which various analytic methods are employed to accommodate dropouts, and the performance of multiple statistical methods. METHODOLOGY/PRINCIPAL FINDINGS: We searched PubMed and Cochrane databases (2000-2006) for articles published in English and manually searched bibliographic references. Articles of pharmaceutical randomized controlled trials with weight loss or weight gain prevention as major endpoints were included. Two authors independently reviewed each publication for inclusion. 121 articles met the inclusion criteria. Two authors independently extracted treatment, sample size, drop-out rates, study duration, and statistical method used to handle missing data from all articles and resolved disagreements by consensus. In the meta-analysis, drop-out rates were substantial with the survival (non-dropout) rates being approximated by an exponential decay curve (e(-lambdat)) where lambda was estimated to be .0088 (95% bootstrap confidence interval: .0076 to .0100) and t represents time in weeks. The estimated drop-out rate at 1 year was 37%. Most studies used last observation carried forward as the primary analytic method to handle missing data. We also obtained 12 raw obesity randomized controlled trial datasets for empirical analyses. Analyses of raw randomized controlled trial data suggested that both mixed models and multiple imputation performed well, but that multiple imputation may be more robust when missing data are extensive. CONCLUSION/SIGNIFICANCE: Our analysis offers an equation for predictions of dropout rates useful for future study planning. Our raw data analyses suggests that multiple imputation is better than other methods for handling missing data in obesity randomized controlled trials, followed closely by mixed models. We suggest these methods supplant last observation carried forward as the primary method of analysis.